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| -rw-r--r-- | Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README | 8 | ||||
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diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README index 9ed2a189937..836ecaee061 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README @@ -2,9 +2,9 @@ ___________________________________ The ChemFig package - v0.3a + v0.4 - 2011/01/08 + 2011/03/07 ___________________________________ Maintainer: Christian Tellechea @@ -25,10 +25,10 @@ in dvi or pdf mode. ---------------------------------------------------------------------- Cette extension fournit la commande \chemfig{<code>} qui dessine la -représentation en 2D d'une molécule chimique. Le <code> décrit le +représentation en 2D d'une molécule chimique. Le <code> décrit le dessin selon une syntaxe simple, souple et intuitive. Le dessin est fait avec l'extension tikz. ChemFig fonctionne donc en mode dvi ou pdf. - Christian Tellechea + Christian Tellechea
\ No newline at end of file diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig.tex new file mode 100644 index 00000000000..870b9d1b5f0 --- /dev/null +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig.tex @@ -0,0 +1,1504 @@ +% __________________________________________________________________ +% | | +% | | +% | chemfig v0.4 | +% | | +% | March 7, 2011 | +% | | +% |__________________________________________________________________| +% +% This is chemfig.tex, the code of the "chemfig" package. +% +% Maintainer: Christian Tellechea +% E-mail : unbonpetit@gmail.com +% Comments, bug reports and suggestions are welcome. +% Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c or +% later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt +% Copyright : Christian Tellechea 2010-2011 +% +% The "chemfig" package consists of the 8 following files: +% chemfig.tex (this file) +% chemfig.sty (the package file for LaTeX) +% t-chemfig.tex (the package file for conTeXt) +% README +% chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual) +% chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (manual in french) +% +% -------------------------------------------------------------------- +% This work may be distributed and/or modified under the +% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3 +% of this license or (at your option) any later version. +% The latest version of this license is in +% +% % http://www.latex-project.org/lppl.txt +% +% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX +% version 2005/12/01 or later. +% -------------------------------------------------------------------- +% This work has the LPPL maintenance status `maintained'. +% +% The Current Maintainer of this work is Christian Tellechea +% -------------------------------------------------------------------- +% +% Sauvegarde tous les catcodes des caract\`eres sp\'eciaux sauf # + +\begingroup +\def\X#1{\catcode\number`#1=\number\catcode`#1\relax} +% Sauve tous les catcode sauf # +\expandafter\xdef\csname CF@savedcatcode\endcsname{% + \X\[\X\]\X\:\X\(\X\)\X\,\X\-\X\=\X\~\X\!\X\?\X\<\X\>\X\;\X\*\X\|\X\@% +} +\endgroup + +% Pour la dur\'ee de lecture du package, changer les catcodes : +\catcode`\[12 \catcode`\]12 \catcode`\:12 \catcode`\(12 +\catcode`\)12 \catcode`\,12 \catcode`\-12 \catcode`\=12 +\catcode`\~12 \catcode`\!12 \catcode`\?12 \catcode`\<12 +\catcode`\>12 \catcode`\;12 \catcode`\*12 \catcode`\|12 +\catcode`\@11 \catcode`\#6 + +\def\CF@def#1{% + \ifdefined#1% + \errmessage{Package chemfig Error: the macro \string#1\space is already defined. Please, email the author.}% + \fi + \def#1% +} + +\CF@def\CF@ver {0.4} +\CF@def\CF@date {2011/03/07} +\CF@def\CF@fr@date {7 mars 2011} +\CF@def\CF@en@date {March 7, 2011} +\CF@def\CF@package@name{chemfig} + +\expandafter\ifx\csname @latexerr\endcsname\relax% on n'utilise pas LaTeX ? + \ifdefined\tikzpicture\else + \def\CF@next@action{\input tikz.tex}% + \expandafter\CF@next@action + \fi + \immediate\write\m@ne{Package: \CF@package@name\space\CF@date\space\space v\CF@ver\space\space Draw molecule with an easy syntax}% + \long\def\@firstoftwo#1#2{#1} + \long\def\@secondoftwo#1#2{#2} + \long\def\@firstofone#1{#1} + \long\def\@gobble#1{} + \long\def\@gobbletwo#1#2{} + \def\@car#1#2\@nil{#1} + \def\@makeother#1{\catcode`#1=12\relax} + \long\def\@ifnextchar#1#2#3{% + \let\reserved@d=#1% + \def\reserved@a{#2}% + \def\reserved@b{#3}% + \futurelet\@let@arg\@ifnch} + \def\@ifnch{% + \ifx\@let@arg\@sptoken + \let\reserved@c\@xifnch + \else + \ifx\@let@arg\reserved@d + \let\reserved@c\reserved@a + \else + \let\reserved@c\reserved@b + \fi + \fi + \reserved@c} + \def\:{\let\@sptoken= } \: + \def\:{\@xifnch} \expandafter\def\: {\futurelet\@let@arg\@ifnch} + \def\@ifstar#1{\@ifnextchar *{\@firstoftwo{#1}}} + \long\def\@testopt#1#2{\@ifnextchar[{#1}{#1[{#2}]}} + \def\@empty{} + \def\space{ } + \CF@def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}% \printatom pour TeX et ConTeXt +\else% fin des d\'efinitions LaTeX + \CF@def\printatom#1{\ensuremath{\mathrm{#1}}}% \printatom pour LaTeX. +\fi + +\newcount\CF@cnt@atomingroup +\newcount\CF@cnt@groupnumber +\newcount\CF@cnt@atomnumber +\newcount\CF@cnt@cycle + +\newif\ifCF@incycle +\newif\ifCF@cyclearc +\newif\ifCF@definesubmol + +\newdimen\CF@dim + +\newbox\CF@lewis@box +\newbox\CF@box@boxa +\newbox\CF@box@boxb +\newbox\CF@stuff@box + +\newwrite\CF@unused + +\CF@def\CF@specialchar@list{\[\]\:\(\)\,\-\=\~\!\?\<\>\;\*\|\#\@} + +\CF@def\CF@sanitize@catcode{% + \expandafter\CF@sanitize@catcode@i\expandafter{\CF@specialchar@list}% +} + +\CF@def\CF@sanitize@catcode@i#1{% + \ifx\@empty#1\@empty + \else + \expandafter\@makeother\@car#1\@nil + \CF@swap@fi + \expandafter\CF@sanitize@catcode@i\expandafter{\@gobble#1}% + \fi +} + +\CF@def\CF@save@catcode{% + \let\CF@restore@catcode\@empty + \expandafter\CF@save@catcode@i\expandafter{\CF@specialchar@list}% +} + +\CF@def\CF@save@catcode@i#1{% + \ifx\@empty#1\@empty + \else + \CF@edefadd@tocs\CF@restore@catcode{\catcode`\expandafter\noexpand\@car#1\@nil=\number\expandafter\catcode\expandafter`\@car#1\@nil\noexpand\space}% + \CF@swap@fi + \expandafter\CF@save@catcode@i\expandafter{\@gobble#1}% + \fi +} + +\CF@def\CF@node@content{\expandafter\printatom\expandafter{\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\CF@node@strut}} + +\CF@def\chemskipalign{% + \ifx\CF@bond@outcontentsaved\@empty% sauf si un \chemskipalign a \'et\'e fait \`a l'atome pr\'ec\'edent + \global\let\CF@bond@outcontentsaved\CF@bond@outcontent% sauvegarder l'atome d'o\`u vient la liaison + \fi + \let\CF@node@strut\@empty +} + +\CF@def\CF@empty@node{{}} + +\CF@def\CF@cycle@inraduiscoeff{0.75}% coeff multiplicateur du rayon des arcs dans les cycles + +\CF@def\setcrambond#1#2#3{% + \def\CF@cram@basewidth{#1}% + \ifx\@empty#2\@empty\def\CF@cram@dashlength{1pt}\else\def\CF@cram@dashlength{#2}\fi + \ifx\@empty#3\@empty\def\CF@cram@dashsep{2pt}\else\def\CF@cram@dashsep{#3}\fi} +\setcrambond{}{}{} + +\CF@def\setatomsep{\def\CF@atom@sep}% espacement des atomes li\'es +\setatomsep{} + +\CF@def\setbondoffset{\def\CF@bond@offset}% offset des liaisons +\setbondoffset{2pt} + +\CF@def\setdoublesep{\def\CF@double@sep} +\setdoublesep{2pt} + +\CF@def\definesubmol{\CF@definesubmoltrue\CF@def@submol} +\CF@def\redefinesubmol{\CF@definesubmolfalse\CF@def@submol} + +\CF@def\CF@def@submol#1{% + \begingroup + \def\CF@tmp@str{#1}% + \catcode`[\@ne\catcode`]\tw@ + \futurelet\CF@toks@a\CF@test@nxttok +} + +\CF@def\CF@test@nxttok{% + \if[\noexpand\CF@toks@a + \expandafter\expandafter\expandafter\CF@grab@optalias\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF@tmp@str\expandafter}% + \else + \CF@swap@fi + \expandafter\endgroup + \expandafter\CF@def@submol@i\expandafter{\CF@tmp@str}{}% + \fi +} + +\CF@def\CF@grab@optalias#1#2{% + \endgroup + \begingroup + \everyeof{\@nil}\endlinechar\m@ne + \expandafter\assign@tonil\expandafter\CF@tmp@str\scantokens{#2}% + \CF@expand@second{\endgroup\CF@def@submol@i{#1}}\CF@tmp@str +} + +\CF@def\CF@def@submol@i#1#2#3{% #1 nom, #2 = code si liaison arrive de droite , #3 = code si liaison arrive de gauche + \ifcat\relax\expandafter\noexpand\@car#1\@nil% si #1 est une s\'equence de contr\^ole + \expandafter\ifdefined\@car#1\@nil + \ifCF@definesubmol + \immediate\write\CF@unused{Package \CF@package@name\space Warning: the macro \expandafter\string\@car#1\@nil\space is already defined, the previous definition is lost on input line \the\inputlineno.}% + \fi + \fi + \ifx\@empty#2\@empty + \expandafter\def\@car#1\@nil{\@empty#3}% + \else + \expandafter\def\@car#1\@nil{% + \romannumeral + \ifdim\CF@current@angle pt>90pt + \ifdim\CF@current@angle pt<270pt + \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo + \else + \expandafter\expandafter\expandafter\@secondoftwo + \fi + \else + \expandafter\@secondoftwo + \fi + {\z@#2}{\z@#3}}% + \fi + \else + \ifcsname CF@@#1\endcsname + \ifCF@definesubmol + \immediate\write\CF@unused{Package \CF@package@name\space Warning:the submol "#1" is already defined, the previous definition is lost on input line \the\inputlineno.}% + \fi + \fi + \ifx\@empty#2\@empty + \expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname{\@empty#3}% "\@empty" car tout ça sera 1-d\'evelopp\'e lorsque rencontr\'ee + \else + \expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname{% + \romannumeral% donnera le d\'eveloppement souhait\'e en 1 coup + \ifdim\CF@current@angle pt>90pt + \ifdim\CF@current@angle pt<270pt + \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo + \else + \expandafter\expandafter\expandafter\@secondoftwo + \fi + \else + \expandafter\@secondoftwo + \fi + {\z@#2}{\z@#3}}% + \fi + \fi +} + +\CF@def\CF@if@integer#1{% + \begingroup + \afterassignment\CF@after@integer + \CF@cnt@cycle0#1\relax +} + +\CF@def\CF@after@integer#1\relax{% + \endgroup + \ifx\@empty#1\@empty\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi +} + +\CF@def\CF@swap@fi#1\fi{\fi#1} + +\CF@def\CF@gobble@tonil#1\@nil{} + +\CF@def\CF@expafterarg@ntimes#1#2#3{% + \CF@expafterarg@ntimes@i{#1}{#3}% + \expandafter\CF@swap@arg\expandafter{\CF@tmp@str}{#2}% +} + +\CF@def\CF@expafterarg@ntimes@i#1#2{% + \ifnum#1=\z@ + \def\CF@tmp@str{#2}% + \else + \CF@swap@fi + \expandafter\CF@expafterarg@ntimes@i\expandafter{\number\numexpr#1-1\expandafter}\expandafter{#2}% + \fi +} + +\CF@def\CF@swap@arg#1#2{#2{#1}} + +\CF@def\CF@expand@second#1#2{\expandafter\CF@swap@arg\expandafter{#2}{#1}} + +\CF@def\CF@swap@char#1#2{#2#1} + +\CF@def\CF@expand@afterfirst#1#2{\expandafter\CF@swap@char\expandafter{#2}{#1}} + +\CF@def\CF@edef@second#1#2{% + \edef\CF@tmp@str{#2}% + \expandafter\CF@swap@char\expandafter{\CF@tmp@str}{#1}% +} + +\CF@def\CF@add@tocs#1#2{\expandafter\def\expandafter#1\expandafter{#1#2}} + +\CF@def\CF@expadd@tocs#1#2{\expandafter\CF@add@tocs\expandafter#1\expandafter{#2}} + +\CF@def\CF@edefadd@tocs#1#2{% + \edef\CF@tmp@str{#2}% + \expandafter\CF@add@tocs\expandafter#1\expandafter{\CF@tmp@str}% +} + +\CF@def\CF@if@firsttokmatch#1#2{% est ce que #1 et #2 commencent par les mêmes tokens ? + \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil + \futurelet\CF@toks@b\CF@gobble@tonil#2\relax\@nil + \ifx\CF@toks@a\CF@toks@b\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi +} + +\CF@def\CF@if@firsttokin#1{% teste si le token qui commence #1 appartient aux tokens mis dans #2 + \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil + \CF@if@firsttokin@i +} + +\CF@def\CF@if@firsttokin@i#1{% + \ifx\@empty#1\@empty + \expandafter\@secondoftwo + \else + \futurelet\CF@toks@b\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil + \ifx\CF@toks@a\CF@toks@b + \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo + \else + \CF@swap@fi\CF@swap@fi + \expandafter\CF@if@firsttokin@i\expandafter{\@gobble#1}% + \fi + \fi +} + +\CF@def\CF@if@instr#1#2{% + \def\CF@if@instr@i##1#2##2\@nil{\ifx\@empty##2\@empty\expandafter\@secondoftwo\else\expandafter\@firstoftwo\fi}% + \CF@if@instr@i#1\@@nil#2\@nil +} + +\CF@def\CF@after@space#1 #2\@nil{#2} + +\CF@def\CF@seek@node#1#2#3{% cherche un noeud au d\'ebut de #1 l'assigne dans la sc #2 et met le reste dans #3 + \let#2\@empty + \def#3{#1}% + \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil + \ifx\CF@toks@a\@sptoken\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\expandafter\CF@seek@node@i\expandafter{\CF@after@space#1\@nil}#2#3}% ignore l'espace qui commence un groupe d'atome + {\CF@seek@node@i{#1}#2#3}% +} + +\CF@def\CF@seek@node@i#1#2#3{% + \ifx\@empty#1\@empty + \let#3\@empty + \else + \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil + \ifx\CF@toks@a\@sptoken\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\CF@add@tocs#2{ }% + \CF@swap@fi\expandafter\CF@seek@node@i\expandafter{\CF@after@space#1\@nil}#2#3% + }% + {\ifx\CF@toks@a\bgroup\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\CF@expadd@tocs#2{\expandafter{\@car#1\@nil}}% + \CF@swap@fi\expandafter\CF@seek@node@i\expandafter{\@gobble#1}#2#3% + }% + {\CF@if@firsttokin@i{-=(*<>!~}% + {\def#3{#1}}% + {\CF@expadd@tocs#2{\@car#1\@nil}% + \CF@swap@fi\expandafter\CF@seek@node@i\expandafter{\@gobble#1}#2#3% + }% + }% + }% + \fi +} + +% on sait que #1 commence par -,=,~,<,>. On analyse cette liaison +% #2 reçoit le type de liaisons (1 pour -, 2 pour =, 3 pour ~) +\CF@def\CF@bond@findnum#1#2{% + \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\@nil + \edef#2{% + \ifx-\CF@toks@a1% + \else + \ifx=\CF@toks@a2% + \else + \ifx~\CF@toks@a3% + \else + \ifx>\CF@toks@a4% + \else + \ifx<\CF@toks@a5% + \else0% si 0 --> il y a une erreur non dûe \`a l'utilisateur + \fi + \fi + \fi + \fi + \fi}% + \ifnum#2>\thr@@% si c'est une liaison de Cram + \expandafter\futurelet\expandafter\CF@toks@a\expandafter\CF@gobble@tonil\@gobble#1\@nil% chope le caract\`ere suivant + \ifx:\CF@toks@a + \edef#2{\number\numexpr#2+2}% si c 'est un ":", signe du pointill\'e, ajoute 2 + \else + \ifx|\CF@toks@a + \edef#2{\number\numexpr#2+4}% si c 'est un "|", signe du triangle \'evid\'e, ajouter 4 + \fi + \fi + \fi +} + +\CF@def\CF@analyse@bondoffset#1,#2\@nil{% + \def\CF@start@offset{#1}\def\CF@end@offset{#2}% +} + +\expandafter\CF@def\expandafter\CF@grab@bondoffset\string#(#1)#2\@nil{% + \ifx\@empty#1\@empty + \else + \CF@if@instr{#1},% + {\CF@analyse@bondoffset#1\@nil}% + {\def\CF@start@offset{#1}}% + \fi + \def\CF@remain@afterbond{#2}% +} + +\CF@def\CF@analyse@bond#1#2{% + \CF@bond@findnum{#1}#2% + \expandafter\def\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter{\@gobble#1}%mange le premier signe de la liaison + \let\CF@doublebond@type\z@ + \ifnum#2=\tw@% si c'est une double liaison, regarde s'il y a un + ou - derri\`ere + \expandafter\futurelet\expandafter\CF@toks@a\expandafter\CF@gobble@tonil\@gobble#1\@nil + \ifx^\CF@toks@a + \let\CF@doublebond@type\@ne + \expandafter\def\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter{\@gobbletwo#1}% mange le "^" + \else + \ifx_\CF@toks@a + \let\CF@doublebond@type\tw@ + \expandafter\def\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter{\@gobbletwo#1}% mange le "_" + \fi + \fi + \else + \ifnum#2>5 % si c'est une laision de Cram pointill\'ee ou triangle \'evid\'e + \expandafter\def\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter{\@gobbletwo#1}% mange un caract\`ere de plus + \fi + \fi + \expandafter\expandafter\expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter}\string##% + {\expandafter\CF@grab@bondoffset\CF@remain@afterbond\@nil}% + \relax + \expandafter\expandafter\expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter}\string @% + {\expandafter\CF@grab@movearg\CF@remain@afterbond\@nil}% + \relax + \expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter{\CF@remain@afterbond}[% + {\expandafter\CF@analyse@optarg\CF@remain@afterbond\@nil\CF@remain@afterbond}% + {\let\CF@current@stringangle\CF@default@stringangle + \let\CF@current@length\CF@default@length + \let\CF@current@fromatom\CF@default@fromatom + \let\CF@current@toatom\CF@default@toatom + \let\CF@current@tikz\CF@default@tikz + \let\CF@movebond@name\@empty + }% + \ifCF@incycle + \pgfmathparse{360/\CF@cycle@num+\CF@initcycle@angle}% + \edef\CF@current@stringangle{::+\pgfmathresult}% + \def\CF@initcycle@angle{0}% + \let\CF@current@length\CF@default@length% et on ignore la longueur de liaison sp\'ecifi\'ee + \fi + \expandafter\CF@set@bondangle\expandafter{\CF@current@stringangle}\CF@current@angle +} + +\CF@def\CF@set@bondangle#1#2{% le code de la direction est contenu dans #1, en sortie, #2 contient l'angle + \ifx\@empty#1\@empty% + \let#2\CF@default@angle + \else + \if:\expandafter\noexpand\@car#1\@nil + \if:\expandafter\expandafter\expandafter\noexpand\expandafter\@car\@gobble#1\@nil + \pgfmathparse{\CF@previous@angle+\expandafter\@gobble\@gobble#1}% + \let#2\pgfmathresult + \else + \expandafter\def\expandafter#2\expandafter{\@gobble#1} + \fi% puis normalise l'angle entre 0 et 360 + \ifdim\ifdim#2pt<\z@-\fi#2pt>360pt % si |#2|>360 + \pgfmathparse{#2-360*floor(#2/360)}% + \ifdim\pgfmathresult pt<\z@\pgfmathparse{\pgfmathresult+360}\fi + \let#2\pgfmathresult + \else + \ifdim#2pt<\z@ + \pgfmathparse{#2+360}% + \let#2\pgfmathresult + \fi + \fi + \else + \ifnum#1>7 + \pgfmathparse{#1-floor(#1/8)*8}% + \ifdim\pgfmathresult pt<\z@\pgfmathparse{\pgfmathresult+8}\fi + \edef#2{\ifcase\expandafter\CF@int@part\pgfmathresult\@nil0\or45\or90\or135\or180\or225\or270\or315\else-1\fi}% angle =-1 --> erreur + \else + \edef#2{\ifcase#1 0\or45\or90\or135\or180\or225\or270\or315\else-1\fi}% + \fi + \fi + \fi +} + +\CF@def\CF@int@part#1.#2\@nil{#1 } + +\CF@def\CF@analyse@movearg#1,#2\@nil#3{% + \def#3{#1}\def\CF@movebond@coeff{#2}% +} + +% Argument limit\'es l\'egitimes ici car #2 (qui est ce qui suit "@{<nom>}" dans l'argument optionnel) ne DOIT +% pas commencer par une accolade. +\expandafter\CF@def\expandafter\CF@grab@movearg\string @#1#2\@nil{% + \CF@if@instr{#1},% + {\CF@analyse@movearg#1\@nil\CF@movebond@name}% + {\def\CF@movebond@name{#1}\def\CF@movebond@coeff{0.5}}% + \def\CF@remain@optarg{#2}% +} + +\CF@def\CF@testempty@andassign#1#2#3{\ifx\@empty#2\@empty\let#1#3\else\def#1{#2}\fi} + +\CF@def\CF@sanitize@lastitem#1,\@empty#2\@nil{#1} + +\CF@def\CF@parse@optlist#1,#2,#3,#4,#5\@nil{% + \CF@testempty@andassign\CF@current@stringangle{#1}\CF@default@stringangle + \CF@testempty@andassign\CF@current@length{#2}\CF@default@length + \CF@testempty@andassign\CF@current@fromatom{#3}\CF@default@fromatom + \CF@testempty@andassign\CF@current@toatom{#4}\CF@default@toatom + \expandafter\CF@testempty@andassign\expandafter\CF@current@tikz\expandafter{\CF@sanitize@lastitem#5,\@empty\@nil}\CF@default@tikz +}% + +\CF@def\CF@analyse@optarg[#1]#2\@nil#3{% + \ifx\@empty#1\@empty + \else + \CF@expand@afterfirst{\CF@if@firsttokmatch{#1}}{\string @}% + {\CF@grab@movearg#1\@nil}% + {\let\CF@movebond@name\@empty + \def\CF@remain@optarg{#1}}% + \expandafter\CF@parse@optlist\CF@remain@optarg,\@empty,\@empty,\@empty,\@empty\@nil + \def#3{#2}% + \fi +} + +\CF@def\CF@seek@submol{% + \expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter{\CF@remain@molecule}!% + {\expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter + \CF@remain@molecule\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}% enl\`eve le ``!'' + \ifcat\relax\expandafter\expandafter\expandafter\noexpand\expandafter\@car\CF@remain@molecule\@nil + \CF@expafterarg@ntimes5{\def\CF@insert@submol}{\expandafter\@car\CF@remain@molecule\@nil}% + \else + \CF@expafterarg@ntimes3{\def\CF@insert@submol}{\csname CF@@\expandafter\@car\CF@remain@molecule\@nil\endcsname}% + \fi + \expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter\CF@remain@molecule\expandafter\expandafter\expandafter + {\csname CF@insert@submol\expandafter\expandafter\expandafter\endcsname\csname @gobble\expandafter\endcsname\CF@remain@molecule}% + \CF@seek@submol + }% + \relax +} + +\CF@def\CF@insert@emptygroup#1{% ins\`ere {} au d\'ebut de la sc #1 + \expandafter\def\expandafter#1\expandafter{\expandafter{\expandafter}#1}% +} + +\CF@def\CF@make@other#1{% + \ifx\@empty#1\@empty + \else + \expandafter\@makeother\@car#1\@nil + \CF@swap@fi + \expandafter\CF@make@other\expandafter{\@gobble#1}% + \fi +} + +\CF@def\chemfig{\@testopt\CF@chemfig@i{}} + +\CF@def\CF@chemfig@i[#1]{\@testopt{\CF@chemfig@ii[#1]}{}} + +\CF@def\CF@chemfig@ii[#1][#2]{% + \edef\CF@tmp@str{[remember picture,every node/.style={anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt\ifx\@empty#2\@empty\else,#2\fi},baseline\ifx\@empty#1\@empty\else,#1\fi]}% + \expandafter\tikzpicture\CF@tmp@str + \begingroup + \let\CF@hook@list\@empty + \ifx\CF@atom@sep\@empty\def\CF@atom@sep{3em}\fi + \ifx\CF@cram@basewidth\@empty\def\CF@cram@basewidth{1.5ex}\fi + \CF@incyclefalse + \CF@cnt@groupnumber\z@ + \let\CF@last@action\z@% 0=d\'ebut du dessin 1=trac\'e d'un noeud 2=trac\'e d'une liaison + \let\CF@start@offset\@empty + \let\CF@end@offset\@empty + \let\CF@bond@outcontentsaved\@empty + \def\CF@cycle@anglecorrection{180/\CF@cycle@num}% + \everyeof{\@nil}\endlinechar\m@ne + \CF@sanitize@catcode + \CF@chemfig@iii +} + +\CF@def\CF@chemfig@iii#1{% + \CF@chemfig@iv{#1}% + \endtikzpicture + \let\CF@split@state\z@ +} + +\CF@def\CF@chemfig@iv#1{% #1 est le code de la mol\'ecule + \ifnum\CF@last@action=\thr@@ + \ifCF@incycle + \def\CF@default@angle{0}% + \else + \ifnum\CF@cnt@cycle=\z@% si c'est le d\'ebut d'un cycle + \pgfmathparse{\CF@previous@angle+180+\CF@cycle@anglecorrection}% on met la liaison \`a +180° + correction + \else + \pgfmathparse{\CF@previous@angle-90+180/\CF@cycle@num}% sinon \`a la bissectrice du sommet du cycle + \fi + \let\CF@default@angle\pgfmathresult + \fi + \let\CF@default@stringangle\@empty + \else + \def\CF@default@angle{0}% + \def\CF@default@stringangle{:0}% angle pris par d\'efaut si le champ est vide + \fi + \let\CF@current@angle\CF@default@angle + \ifCF@incycle\else\def\CF@default@length{1}\fi% longueur de la liaison par d\'efaut sauf pour un cycle o\`u on prend celle en cours + \let\CF@default@fromatom\@empty% numero de l'atome d'o\`u partent les liaisons par d\'efaut + \let\CF@default@toatom\@empty% num\'ero de l'atome o\`u arrivent les laisons par d\'efaut + \let\CF@default@tikz\@empty + \if[\expandafter\noexpand\@car#1\@nil + \CF@analyse@optarg#1\@nil\CF@remain@molecule + \expandafter\CF@set@bondangle\expandafter{\CF@current@stringangle}\CF@current@angle + \let\CF@default@angle\CF@current@angle + \let\CF@previous@angle\CF@current@angle + \unless\ifx\@empty\CF@current@stringangle\let\CF@default@angle\CF@current@angle\fi + \unless\ifx\@empty\CF@current@length\let\CF@default@length\CF@current@length\fi + \unless\ifx\@empty\CF@current@fromatom\let\CF@default@fromatom\CF@current@fromatom\fi + \unless\ifx\@empty\CF@current@toatom\let\CF@default@toatom\CF@current@toatom\fi + \unless\ifx\@empty\CF@current@tikz\let\CF@default@tikz\CF@current@tikz\fi + \else + \def\CF@remain@molecule{#1}% on prend tout puisque pas d'argument optionnel au d\'ebut + \fi% apr\`es l'argument entre crochet au d\'ebut, on passe \`a la suite + \ifCF@incycle% si on commence un cycle + \let\CF@current@angle\CF@previous@angle + \else + \let\CF@current@angle\CF@default@angle + \fi + \edef\CF@default@stringangle{:\CF@default@angle}% + \let\CF@current@length\CF@default@length + \let\CF@current@fromatom\CF@default@fromatom + \let\CF@current@toatom\CF@default@toatom + \let\CF@current@tikz\CF@default@tikz + \ifnum\CF@last@action=\z@ + \let\CF@previous@angle\CF@default@angle + \node(CF@node){}; + \expandafter\CF@if@firsttokin\expandafter{\CF@remain@molecule}{-=(*~?<>}% + {\CF@insert@emptygroup\CF@remain@molecule}% + \relax + \fi + \CF@chemfig@v +} + +\CF@def\CF@chemfig@v{% + \let\CF@next@action\CF@chemfig@v% \`a prioi, on reboucle + \ifx\CF@remain@molecule\@empty + \let\CF@next@action\endgroup + \else + \CF@seek@submol + \expandafter\CF@seek@node\expandafter{\CF@remain@molecule}\CF@current@atomgroup\CF@remain@molecule + \ifx\@empty\CF@current@atomgroup% pas de noeud pour commencer ? + \def\CF@bond@outnode{n\CF@last@groupnumber-% + \ifx\CF@current@fromatom\@empty + \ifdim\CF@current@angle pt<90pt \number\CF@cnt@atomingroup + \else\ifdim\CF@current@angle pt>270pt \number\CF@cnt@atomingroup\else1\fi + \fi + \else\CF@current@fromatom + \fi}% + \expandafter\futurelet\expandafter\CF@toks@a\expandafter\CF@gobble@tonil\CF@remain@molecule\relax\@nil + \CF@if@firsttokin@i{-=<>~}% la suite est une liaison + {\ifnum\CF@last@action=\tw@% c'est la deuxi\`eme liaison cons\'ecutive ? + \CF@insert@emptygroup\CF@remain@molecule% ins\`ere un groupe vide + \edef\CF@bond@outnode{\CF@bond@outnode}% + \else + \ifCF@incycle\advance\CF@cnt@cycle\@ne\fi + \expandafter\CF@analyse@bond\expandafter{\CF@remain@molecule}\CF@bond@type + \edef\CF@bond@outnode{\CF@bond@outnode}% + \let\CF@remain@molecule\CF@remain@afterbond + \ifCF@incycle + \ifnum\CF@cnt@cycle=\CF@cycle@num\relax + \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo + \else + \expandafter\expandafter\expandafter\@secondoftwo + \fi + \else + \expandafter\@secondoftwo + \fi + {\let\CF@next@action\endgroup + \CF@draw@bond\CF@bond@type{\CF@bond@outnode}{\CF@hook@cycle}\CF@previous@atomgroup\CF@hook@atomgroup + }% + {\node[at=(\CF@bond@outnode),shift=(\ifcase\CF@split@state\or180-\or-\fi\CF@current@angle:\CF@current@length*\CF@atom@sep)](CF@node){}; + \let\CF@previous@angle\CF@current@angle + \let\CF@last@action\tw@ + }% + \fi + \ifx\CF@remain@molecule\@empty% plus rien apr\`es la liaison -> ins\`ere un groupe vide + \CF@insert@emptygroup\CF@remain@molecule + \fi + }% + {\edef\CF@bond@outnode{\CF@bond@outnode}% \'evalue le l'atome de d\'epart de liaison + \ifx(\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi% une parenth\`ese pour commencer ? + {\ifnum\CF@last@action=\tw@% il y avait une liaison juste avant ? + \CF@insert@emptygroup\CF@remain@molecule + \else + \expandafter\CF@grab@submol\expandafter{\CF@remain@molecule}% + \begingroup + \ifCF@incycle\let\CF@last@action\thr@@\fi% on \'etait dans un cycle + \CF@incyclefalse + \aftergroup\CF@chemfig@v + \def\CF@next@action{\expandafter\CF@chemfig@iv\expandafter{\CF@sub@mol}}% + \fi + }% + {\ifx\CF@remain@molecule\@empty + \let\CF@next@action\endgroup + \else% ce qui reste apr\`es le noeud courant n'est pas vide, ne commence pas par "-=~", ni par une parenth\`ese + \ifx*\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi% un cycle ? + {\ifnum\CF@last@action=\tw@ + \CF@insert@emptygroup\CF@remain@molecule% ins\`ere un groupe vide + \else + \ifCF@incycle\let\CF@last@action\thr@@\fi% on \'etait dans un cycle + \ifnum\CF@last@action=\thr@@\let\CF@lastcycle@num\CF@cycle@num\fi + \CF@expafterarg@ntimes2\CF@if@firsttokmatch{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}*% un 2\`e "*" ? + {\CF@expafterarg@ntimes2{\def\CF@remain@molecule}{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}% enl\`eve la 1er \'etoile + \CF@expafterarg@ntimes2\CF@if@firsttokmatch{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}[% un crochet ensuite ? + {\expandafter\CF@cycle@parsepreamblewithoptarg\CF@remain@molecule\@nil% \begingroup inclus + }% + {\def\CF@cyclearc@startangle{0}\def\CF@cyclearc@endangle{360}% + \let\CF@cyclearc@directtikz\@empty + \expandafter\CF@cycle@parsepreamble\CF@remain@molecule\@nil% \begingroup inclus + }% + \CF@cyclearctrue + }% + {\expandafter\CF@cycle@parsepreamble\CF@remain@molecule\@nil% \begingroup inclus + \CF@cyclearcfalse + }% + \CF@cnt@cycle\z@ + \edef\CF@hook@cycle{\CF@bond@outnode}% + \let\CF@hook@atomgroup\CF@previous@atomgroup + \CF@incycletrue + \ifnum\CF@last@action=\thr@@ + \pgfmathparse{360/\CF@lastcycle@num-180}% c'est un cycle dans un cycle + \else + \pgfmathparse{-180/\CF@cycle@num-90+\CF@cycle@anglecorrection}% + \fi + \let\CF@initcycle@angle\pgfmathresult + \ifCF@cyclearc% on doit tracer l'arc de cercle dans le cycle ? + \pgfmathparse{\CF@cycle@inraduiscoeff*\CF@current@length*\CF@atom@sep/(2*tan(180/\CF@cycle@num))}% + \let\CF@cyclearc@radius\pgfmathresult + \pgfmathparse{\CF@current@angle+\CF@initcycle@angle+180/\CF@cycle@num+90} + \let\CF@cyclearc@initangle\pgfmathresult + \pgfmathparse{\CF@current@length*\CF@atom@sep/(2*sin(180/\CF@cycle@num))}% + \node[at=(\CF@bond@outnode),shift=(\CF@cyclearc@initangle:\pgfmathresult pt)](arccenter){};% le centre de l'arc + \node[at=(arccenter),shift=(\CF@cyclearc@startangle:\CF@cyclearc@radius pt)](initarc){};% le d\'ebut de l'arc + \expandafter\draw\expandafter[\CF@cyclearc@directtikz](initarc) arc (\CF@cyclearc@startangle:\CF@cyclearc@endangle:\CF@cyclearc@radius pt); + \fi + \aftergroup\CF@chemfig@v + \def\CF@next@action{\expandafter\CF@chemfig@iv\expandafter{\CF@sub@mol}}% + \fi + }% + {\errmessage{Package \CF@package@name\space Error: something went wrong at this point: \detokenize\expandafter{\CF@remain@molecule}^^JIf you think it's a bug, please, send a Minimal Example to the author.}}% + \fi}% + }% + \else + \CF@expand@second{\CF@expand@second{\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup\CF@current@angle}\CF@current@toatom}\CF@current@atomgroup + \fi + \fi + \CF@next@action +} + +\CF@def\CF@cycle@parsepreamble*#1#2\@nil{% + \ifnum#1<\thr@@ + \errmessage{Package \CF@package@name\space Error: A cycle must be at least a triangle.^^JThe number following "*" must be 3 or more}% + \fi + \def\CF@remain@molecule{#2}% + \expandafter\CF@grab@submol\expandafter{\CF@remain@molecule}% + \begingroup + \def\CF@cycle@num{#1}% +} + +\CF@def\CF@cycle@parsepreamblewithoptarg*[#1]#2#3\@nil{% + \CF@cycle@parseoptarg#1,\@empty,\@empty,\@empty\@nil + \CF@cycle@parsepreamble*#2#3\@nil +} + +\CF@def\CF@cycle@parseoptarg#1,#2,#3\@nil{% + \ifx\@empty#1\@empty\def\CF@cyclearc@startangle{0}\else\def\CF@cyclearc@startangle{#1}\fi + \ifx\@empty#2\@empty\def\CF@cyclearc@endangle{360}\else\def\CF@cyclearc@endangle{#2}\fi + \expandafter\def\expandafter\CF@cyclearc@directtikz\expandafter{\CF@sanitize@lastitem#3,\@empty\@nil}% +} + +\CF@def\CF@grab@submol#1{% + \begingroup + \catcode`(\@ne\catcode`)\tw@ + \expandafter\expandafter\expandafter + \endgroup + \expandafter\CF@grab@submol@i\scantokens{\relax#1}% le \relax sert \`a meubler pour ne pas que l'argument d\'elimit\'e n'enl\`eve les accolades +} + +\CF@def\CF@grab@submol@i#1\@nil{% + \expandafter\assign@tonil\expandafter\CF@remain@molecule\scantokens\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\@gobble\@gobble#1}% + \expandafter\assign@tonil\expandafter\CF@sub@mol\scantokens\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\@car\@gobble#1\@nil}% +} + +\CF@def\assign@tonil#1#2\@nil{\def#1{#2}} + +\CF@def\CF@ifcar@isupperletter#1{% + \ifcat\relax\noexpand#1% + \let\CF@next\@secondoftwo% faux si c'est une sc + \else + \ifnum`#1<`A + \let\CF@next\@secondoftwo + \else + \ifnum`#1>`Z + \let\CF@next\@secondoftwo + \else + \let\CF@next\@firstoftwo + \fi + \fi + \fi + \CF@next +} + +% Cr\'e\'e 4 noeuds au dessus et au dessous des noeuds #1 et #2 +% \`a une distance de #3 du noeud #1 et #4 du noeud #2 +\CF@def\CF@create@normnodes#1#2#3#4{% + \ifx\@empty#3\@empty\else + \node[at=(#1),xshift=#3*\CF@norm@x,yshift=#3*\CF@norm@y](#11){}; + \node[at=(#1),xshift=-#3*\CF@norm@x,yshift=-#3*\CF@norm@y](#12){}; + \fi + \ifx\@empty#4\@empty\else + \node[at=(#2),xshift=#4*\CF@norm@x,yshift=#4*\CF@norm@y](#21){}; + \node[at=(#2),xshift=-#4*\CF@norm@x,yshift=-#4*\CF@norm@y](#22){}; + \fi +} + +\CF@def\CF@compute@nodevect#1#2{% + \pgfextractx\CF@dim{\pgfpointanchor{#1}{center}}\edef\CF@dimax{\the\CF@dim}% + \pgfextracty\CF@dim{\pgfpointanchor{#1}{center}}\edef\CF@dimay{\the\CF@dim}% + \pgfextractx\CF@dim{\pgfpointanchor{#2}{center}}\edef\CF@dimbx{\the\CF@dim}% + \pgfextracty\CF@dim{\pgfpointanchor{#2}{center}}\edef\CF@dimby{\the\CF@dim}% + \pgfmathparse{veclen(\CF@dimbx-\CF@dimax,\CF@dimby-\CF@dimay)}\let\CF@len@vector\pgfmathresult + \pgfmathparse{(\CF@dimay-\CF@dimby)/\CF@len@vector}\let\CF@norm@x\pgfmathresult + \pgfmathparse{(\CF@dimbx-\CF@dimax)/\CF@len@vector}\let\CF@norm@y\pgfmathresult +} + +\CF@def\CF@draw@bond#1#2#3#4#5{% #1=type de liaison #2 et #3:nom de noeuds de d\'ebut et fin #4 et #5: contenu des atomes de d\'ebut et fin + \edef\CF@start@offset{% + \ifx\CF@start@offset\@empty + \ifx#4\CF@empty@node0pt\else\ifx#4\@empty0pt\else\CF@bond@offset\fi\fi + \else + \CF@start@offset + \fi + }% + \edef\CF@end@offset{% + \ifx\CF@end@offset\@empty + \ifx#5\CF@empty@node0pt\else\ifx#5\@empty0pt\else\CF@bond@offset\fi\fi + \else + \CF@end@offset + \fi + }% + \path(#2)--(#3)coordinate[pos=0](#2@)coordinate[pos=1](#3@);% + \CF@compute@nodevect{#2@}{#3@}% + \pgfmathparse{\CF@start@offset/\CF@len@vector}\let\CF@start@coeff\pgfmathresult + \pgfmathparse{1-\CF@end@offset/\CF@len@vector}\let\CF@end@coeff\pgfmathresult + \path(#2@)--(#3@)coordinate[pos=\CF@start@coeff](#2@@)coordinate[pos=\CF@end@coeff](#3@@);% + \unless\ifx\CF@movebond@name\@empty% on doit poser un nœud sur la liaison + \path(#2@@)--(#3@@)coordinate[overlay,pos=\CF@movebond@coeff](\CF@movebond@name); + \let\CF@movebond@name\@empty + \fi + \ifcase#1\relax + \errmessage{Package \CF@package@name\space Error: unknown bond type, this error should not occur^^JIf you think it's a bug, send a Minimal Example to the author}% + \or% 1 = liaison simple + \CF@draw@bond@i(#2@@)--(#3@@); + \or% 2 = liaison double + \ifCF@incycle + \ifnum\CF@doublebond@type=\z@ + \let\CF@doublebond@type\@ne + \fi + \pgfmathparse{\CF@double@sep*tan(180/\CF@cycle@num)}% + \let\CF@doublebond@lengthcorrection\pgfmathresult + \fi + \ifcase\CF@doublebond@type + \CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}{\CF@double@sep/2}{\CF@double@sep/2}% + \CF@draw@bond@i(#2@@1)--(#3@@1); + \CF@draw@bond@i(#2@@2)--(#3@@2); + \or + \CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}\CF@double@sep\CF@double@sep + \CF@draw@bond@i(#2@@)--(#3@@); + \begingroup% ajuste \'eventuellement les longueurs des liaisons doubles + \ifCF@incycle + \ifdim\CF@start@offset=\z@ + \CF@add@tocs\CF@current@tikz{,shorten <=\CF@doublebond@lengthcorrection pt}% + \fi + \ifdim\CF@end@offset=\z@ + \CF@add@tocs\CF@current@tikz{,shorten >=\CF@doublebond@lengthcorrection pt}% + \fi + \fi + \CF@draw@bond@i(#2@@1)--(#3@@1); + \endgroup + \or + \CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}\CF@double@sep\CF@double@sep + \CF@draw@bond@i(#2@@)--(#3@@); + \begingroup% ajuste \'eventuellement les longueurs des liaisons doubles + \ifCF@incycle + \ifdim\CF@start@offset=\z@ + \CF@add@tocs\CF@current@tikz{,shorten <=-\CF@doublebond@lengthcorrection pt}% + \fi + \ifdim\CF@end@offset=\z@ + \CF@add@tocs\CF@current@tikz{,shorten >=-\CF@doublebond@lengthcorrection pt}% + \fi + \fi + \CF@draw@bond@i(#2@@2)--(#3@@2); + \endgroup + \fi + \or% 3 = liaison triple + \CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}\CF@double@sep\CF@double@sep + \CF@draw@bond@i(#2@@)--(#3@@); + \CF@draw@bond@i(#2@@1)--(#3@@1); + \CF@draw@bond@i(#2@@2)--(#3@@2); + \or% 4 = liaison Cram pleine de #2 vers #3 + \CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}% + \expandafter\filldraw\expandafter[\CF@current@tikz,line join=bevel](#2@@1)--(#2@@2)--(#3@@)--(#2@@1); + \or% 5 = liaison Cram pleine de #3 vers #2 + \CF@create@normnodes{#3@@}{#2@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}% + \expandafter\filldraw\expandafter[\CF@current@tikz,line join=bevel](#3@@1)--(#3@@2)--(#2@@)--(#3@@1); + \or% 6 = liaison Cram pointill\'ee de #2 vers #3 + \scope + \CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}% + \clip(#2@@1)--(#2@@2)--(#3@@)--(#2@@1); + \expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz,dash pattern=on \CF@cram@dashlength off \CF@cram@dashsep,line width=\CF@cram@basewidth](#2@@)--(#3@@); + \endscope + \or% 7 = liaison Cram pointill\'ee de #3 vers #2 + \scope + \CF@create@normnodes{#3@@}{#2@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}% + \clip(#3@@1)--(#3@@2)--(#2@@)--(#3@@1); + \expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz,dash pattern=on \CF@cram@dashlength off \CF@cram@dashsep,line width=\CF@cram@basewidth](#3@@)--(#2@@); + \endscope + \or% 8 = liaison Cram triangle \'evid\'e de #2 vers #3 + \CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}% + \expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz,line join=bevel](#2@@1)--(#2@@2)--(#3@@)--(#2@@1); + \or% 9 = liaison Cram triangle \'evid\'e de #3 vers #1 + \CF@create@normnodes{#3@@}{#2@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}% + \expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz,line join=bevel](#3@@1)--(#3@@2)--(#2@@)--(#3@@1); + \else + \errmessage{Package \CF@package@name\space Error: unknown bond type, this error should not occur^^JIf you think it's a bug, send a Minimal Example to the author}% + \fi + \let\CF@start@offset\@empty + \let\CF@end@offset\@empty +} + +\CF@def\CF@draw@bond@i{\expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz]} + +\CF@def\CF@hook@drawall{% dessine tous les crochets contenus dansla sc \CF@hook@draw + \unless\ifx\CF@hook@drawlist\@empty + \expandafter\CF@hook@drawfirst\CF@hook@drawlist\@nil% trace un lien de crochet \`a crochet + \expandafter\CF@hook@drawall + \fi +} + +\CF@def\CF@hook@drawfirst[#1,#2,#3]#4#5#6#7#8\@nil{% + \def\CF@hook@drawlist{#8}% + \begingroup + \def\CF@current@tikz{#3}% + \def\CF@hook@startcontent{#6}\def\CF@hook@endcontent{#7}% + \CF@if@integer{#2}% + {\CF@draw@bond{#2}{#4}{#5}\CF@hook@startcontent\CF@hook@endcontent}% + {\CF@bond@findnum{#2}\CF@bond@currentnum + \CF@draw@bond\CF@bond@currentnum{#4}{#5}\CF@hook@startcontent\CF@hook@endcontent + }% + \endgroup +} + +\CF@def\CF@extract@atom#1-#2\@nil{#2}% transforme le bound@outnode en n° de l'atome + +\CF@def\setnodestyle{\def\CF@node@style} +\setnodestyle{} + +\expandafter\CF@def\expandafter\CF@gobble@movearg\string @#1#2\@nil#3% +{% + \expandafter\def\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname{#2}% + \CF@if@instr{#1},% + {\CF@analyse@movearg#1\@nil#3\let\CF@movebond@coeff\@empty}% + {\def#3{#1}}% + \ifx\@empty#2\@empty\let\CF@node@strut\@empty\fi +}% + +\CF@def\hflipnext{\let\CF@split@state\@ne} + +\CF@def\vflipnext{\let\CF@split@state\tw@} +\let\CF@split@state\z@ + +\CF@def\CF@draw@atomgroup#1#2#3{% #1=angle d'arriv\'ee de la liaison #2=numero atome sur lequel arrive la liaison #3=groupe d'atomes + \expandafter\let\expandafter\CF@bond@outcontent% assigne le contenu de l'atome d'o\`u part la liaison + \csname + \ifdefined\CF@bond@outnode + atom@\expandafter\CF@extract@atom\CF@bond@outnode\@nil + \else + @empty% + \fi + \endcsname + \global\advance\CF@cnt@groupnumber\@ne + \let\CF@current@atom\@empty + \global\let\CF@hook@drawlist\@empty + \CF@cnt@atomingroup\z@ + \CF@if@firsttokmatch{#3}?{\CF@draw@atomgroup@i{{}#3}}{\CF@draw@atomgroup@i{#3}}% + \def\CF@current@atomgroup{#3}% + \CF@remove@movearg\CF@current@atomgroup% enl\`eve les "@{<nom>}" + \CF@if@instr{#3}?% + {\CF@remove@hook\CF@current@atomgroup + \ifx\@empty\CF@current@atomgroup\let\CF@current@atomgroup\CF@empty@node\fi}% + \relax + \ifx\@empty#2\@empty% + \else + \ifnum#2<\@ne + \immediate\write\CF@unused{Package \CF@package@name\space Warning: no atom found at position #2.^^JPershaps you mispelled the optional argument of the bond on input line \the\inputlineno.}% + \else + \ifnum#2>\CF@cnt@atomingroup + \errmessage{Package \CF@package@name\space Error: no atom found at position #2, pershaps you mispelled the optional argument of the bond.}% + \fi + \fi + \fi + \edef\CF@hook@atomnumber{% + \ifx\@empty#2\@empty%\relax + \ifdim#1pt>90pt + \ifdim#1pt<270pt \number\CF@cnt@atomingroup\else1\fi + \else1% + \fi + \else#2% + \fi}% + \CF@cnt@atomnumber\CF@hook@atomnumber + \ifx\CF@current@atomgroup\CF@empty@node + \let\CF@node@strut\@empty + \else + \ifx\@empty\CF@bond@outcontentsaved + \def\CF@node@strut{\vphantom\CF@bond@outcontent}% + \else + \def\CF@node@strut{\vphantom\CF@bond@outcontentsaved}% + \fi + \fi + \edef\CF@opt@string{anchor=\ifnum\CF@last@action=\z@ base\else center\fi,at=(CF@node),\CF@node@style}% premier atome de la mol\'ecule affich\'e + \loop + \unless\ifnum\CF@cnt@atomnumber>\CF@cnt@atomingroup + \expandafter\expandafter\expandafter\futurelet\expandafter\expandafter\expandafter\CF@toks@a\expandafter\expandafter\expandafter + \CF@gobble@tonil\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\@nil + \expandafter\ifx\string @\CF@toks@a% l'atome courant commence par un "@" + \expandafter\expandafter\expandafter\CF@gobble@movearg\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\@nil\CF@moveatom@name + \expandafter\node\expandafter[\CF@opt@string,overlay](\CF@moveatom@name){\phantom{\CF@node@content}};% + \let\CF@moveatom@name\@empty + \fi + \expandafter\node\expandafter[\CF@opt@string](n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomnumber){\CF@node@content};% + \let\CF@node@strut\@empty + \advance\CF@cnt@atomnumber\@ne + \edef\CF@opt@string{anchor=base \ifnum\CF@split@state=\@ne east\else west\fi,at=(n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\numexpr\CF@cnt@atomnumber-1.base \ifnum\CF@split@state=\@ne west\else east\fi),\CF@node@style}% + \repeat + \CF@cnt@atomnumber\CF@hook@atomnumber + \ifnum\CF@last@action=\tw@% s'il faut tracer une liaison + \gdef\CF@cycle@anglecorrection{0}% alors c'est qu'un cycle ne peut pas commencer la mol\'ecule : annulation de la correction d'angle + \CF@draw@bond\CF@bond@type{\CF@bond@outnode}{n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomnumber}\CF@previous@atomgroup\CF@current@atomgroup + \fi + \let\CF@last@action\@ne% met la derni\`ere action \`a 1 : affichage d'un noeud + \loop + \ifnum\CF@cnt@atomnumber>\@ne + \advance\CF@cnt@atomnumber\m@ne + \edef\CF@opt@string{anchor=base \ifnum\CF@split@state=\@ne west\else east\fi,at=(n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\numexpr\CF@cnt@atomnumber+1.base \ifnum\CF@split@state=\@ne east\else west\fi),\CF@node@style}% + \expandafter\expandafter\expandafter\futurelet\expandafter\expandafter\expandafter\CF@toks@a\expandafter\expandafter\expandafter + \CF@gobble@tonil\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\@nil + \expandafter\ifx\string @\CF@toks@a% l'atome courant commence par un "@" + \expandafter\expandafter\expandafter\CF@gobble@movearg\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\@nil\CF@moveatom@name + \expandafter\node\expandafter[\CF@opt@string,overlay](\CF@moveatom@name){\phantom{\CF@node@content}};% + \let\CF@moveatom@name\@empty + \fi + \expandafter\node\expandafter[\CF@opt@string](n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomnumber){\CF@node@content};% + \repeat + \CF@hook@drawall + \edef\CF@last@groupnumber{\number\CF@cnt@groupnumber}% + \let\CF@previous@atomgroup\CF@current@atomgroup +} + +\expandafter\CF@def\expandafter\CF@keep@movearg\string @#1#2\@nil{\expandafter\def\expandafter\CF@current@atom\expandafter{\string @{#1}}} + +\CF@def\CF@draw@atomgroup@i#1{% transforme #1 en un groupe d'atomes + \ifx\@empty#1\@empty + \expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom + \else + \advance\CF@cnt@atomingroup\@ne + \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\@nil + \expandafter\ifx\string @\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\CF@keep@movearg#1\@nil + \CF@swap@fi + \CF@remove@movearg@i#1\@nil\CF@after@movearg + \expandafter\CF@draw@atomgroup@ii\expandafter{\CF@after@movearg}% + }% + {\CF@swap@fi + \let\CF@current@atom\@empty + \CF@draw@atomgroup@ii{#1}% + }% + \fi +} + +\CF@def\CF@draw@atomgroup@ii#1{% + \ifx\@empty#1\@empty + \expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom + \else + \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\@nil + \ifx\bgroup\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\expandafter{\@car#1\@nil}}% + \expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\@gobble#1}% + }% + {\ifx\@sptoken\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\CF@add@tocs\CF@current@atom{ }% + \expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\CF@after@space#1\@nil}% + }% + {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\@car#1\@nil}% + \expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\@gobble#1}% + }% + }% + \fi +} + +% enl\`eve tous les "@{nom}" de la sc #1 +\CF@def\CF@remove@movearg#1{% + \CF@expand@afterfirst{\expandafter\CF@if@instr\expandafter{#1}}{\string @}% + {\expandafter\CF@remove@movearg@i#1\@nil#1% + \CF@remove@movearg#1}% + \relax +} + +% enl\`eve le premier "@{<nom>}" de l'argument et l'assigne \`a #2 +\CF@def\CF@remove@movearg@i#1\@nil#2{% + \expandafter\def\expandafter\CF@remove@movearg@ii\expandafter##\expandafter1\string @{% + \expandafter\def\expandafter#2\expandafter{\@gobble##1}% mange le \relax + \CF@remove@movearg@iii\relax + }% + \def\CF@remove@movearg@iii##1\@nil{\CF@expadd@tocs#2{\@gobbletwo##1}}% mange le \relax et le <nom> + \CF@remove@movearg@ii\relax#1\@nil +} + +\CF@def\CF@draw@atomgroup@iii#1{% transforme #1 en un groupe d'atomes + \ifx\@empty#1\@empty% + \expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom + \let\CF@current@atom\@empty + \else + \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\@nil + \expandafter\ifx\string @\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom + \let\CF@current@atom\@empty + \CF@swap@fi\CF@draw@atomgroup@i{#1}% + }% + {\ifx|\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom + \let\CF@current@atom\@empty + \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@i\expandafter{\@gobble#1}% + }% + {\ifx\@sptoken\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\CF@add@tocs\CF@current@atom{ }% + \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\CF@after@space#1\@nil}% + }% + {\ifx\bgroup\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\expandafter{\@car#1\@nil}}% + \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\@gobble#1}% + }% + {\expandafter\CF@ifcar@isupperletter\expandafter{\@car#1\@nil}% + {\expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom + \let\CF@current@atom\@empty + \CF@swap@fi\CF@draw@atomgroup@i{#1}% + }% + {\ifx?\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter{\@gobble#1}[% un crochet apr\`es le "?" + {\expandafter\CF@grab@optarg\@gobble#1\@nil\CF@after@hook}% + {\expandafter\CF@grab@optarg\expandafter[\expandafter]\@gobble#1\@nil\CF@after@hook}% + \CF@expand@second{\CF@expand@second\CF@if@instr\CF@hook@list}{\expandafter(\CF@hook@currentname)}% crochet d\'ej\`a d\'efini ? + {\expandafter\CF@hook@parselist\expandafter{\CF@hook@currentname}% va chercher les caract\'eristiques du crochet sauvegard\'e + \CF@edefadd@tocs\CF@hook@drawlist{% + [\CF@hook@currentname,\CF@hook@currentlink,\CF@hook@currenttikz]{\CF@hook@savedcoord}{n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomingroup}}% + \CF@expadd@tocs\CF@hook@drawlist{\expandafter{\CF@hook@savedcontent}}% + \CF@expadd@tocs\CF@hook@drawlist{\expandafter{\CF@current@atom}}% ajoute les 4 arguments \`a la liste des crochets \`a tracer + \global\let\CF@hook@drawlist\CF@hook@drawlist + }% + {\CF@edefadd@tocs\CF@hook@list{(\CF@hook@currentname)|n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomingroup|}% + \CF@expadd@tocs\CF@hook@list{\CF@current@atom|}% + \global\let\CF@hook@list\CF@hook@list + }% + \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\CF@after@hook}% + }% + {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\@car#1\@nil}% + \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\@gobble#1}% + }% + }% + }% + }% + }% + }% + \fi +} + +\CF@def\CF@kook@defaultname{a} +\CF@def\CF@hook@defaultlink{-} +\CF@def\CF@hook@defaulttikz{} + +\CF@def\CF@hook@parseoptarg#1,#2,#3\@nil{% + \CF@testempty@andassign\CF@hook@currentname{#1}\CF@kook@defaultname + \CF@testempty@andassign\CF@hook@currentlink{#2}\CF@hook@defaultlink + \CF@testempty@andassign\CF@hook@currenttikz{#3}\CF@hook@defaulttikz +} + +\CF@def\CF@grab@optarg[#1]#2\@nil#3{% + \CF@hook@parseoptarg#1,,\@nil + \def#3{#2}% +} + +\CF@def\CF@hook@parselist#1{% #1 est le nom du noeud \`a retrouver + \def\CF@hook@parselist@i##1(#1)|##2|##3|##4\@nil{% + \def\CF@hook@savedcoord{##2}\def\CF@hook@savedcontent{##3}% + }% + \expandafter\CF@hook@parselist@i\CF@hook@list\@nil +} + +\CF@def\CF@remove@hook#1{% enl\`eve tous les crochets (et leurs arguments optionnels) de la sc #1 + \expandafter\CF@if@instr\expandafter{#1}{?[}% + {\expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter#1% + \expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF@remove@opthook#1\@nil}% + \CF@remove@hook#1% + }% + {\CF@remove@hook@i#1}% +} + +\CF@def\CF@remove@hook@i#1{% + \expandafter\CF@if@instr\expandafter{#1}?% + {\expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter#1% + \expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF@remove@singlehook#1\@nil}% + \CF@remove@hook@i#1% + }% + \relax +} + +\CF@def\CF@remove@opthook#1?[#2]#3\@nil{#1#3} + +\CF@def\CF@remove@singlehook#1?#2\@nil{#1#2} + +\CF@def\setlewis{\@testopt\CF@setlewis{0.3ex}} + +\CF@def\CF@setlewis[#1]#2#3#4{% + \def\CF@lewis@widthdouble{#1}% + \ifx\@empty#2\@empty\def\CF@lewis@offset{0.4ex}\else\def\CF@lewis@offset{#2}\fi + \ifx\@empty#3\@empty\def\CF@lewis@length{1.5ex}\else\def\CF@lewis@length{#3}\fi + \ifx\@empty#4\@empty\def\CF@lewis@style{}\else\def\CF@lewis@style{#4}\fi +} + +\setlewis{}{}{} + +\CF@def\lewis{\begingroup\@makeother;\@makeother:\CF@lewis@i} + +\CF@def\CF@lewis@i#1{\CF@lewis@ii#1\@nil} + +\CF@def\CF@lewis@ii#1,#2\@nil{% + \setbox\CF@lewis@box\hbox{\printatom{#2}}% + \def\CF@lewis@remainpos{#1}% + \let\CF@lewis@previouspos\@empty + \loop + \unless\ifx\CF@lewis@remainpos\@empty + \edef\CF@lewis@currentpos{\expandafter\@car\CF@lewis@remainpos\@nil}% + \edef\CF@lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF@lewis@remainpos}% + \pgfmathparse{\wd\CF@lewis@box/2+\ifcase\CF@lewis@currentpos\space1\or1\or0\or-1\or-1\or-1\or0\or1\fi*(\wd\CF@lewis@box/2+\CF@lewis@offset)}% + \let\CF@lewis@x\pgfmathresult + \pgfmathparse{\ht\CF@lewis@box/2+\ifcase\CF@lewis@currentpos\space0\or1\or1\or1\or0\or-1\or-1\or-1\fi*(\ht\CF@lewis@box/2\ifnum\CF@lewis@currentpos>4 +\dp\CF@lewis@box\fi+\CF@lewis@offset)}% + \let\CF@lewis@y\pgfmathresult + \edef\CF@lewis@xoffset{\ifcase\CF@lewis@currentpos\space + 0\or0.70711\or1\or0.70711\or0\or-0.70711\or-1\or-0.70711\fi}% + \edef\CF@lewis@yoffset{\ifcase\CF@lewis@currentpos\space + -1\or-0.70711\or0\or0.70711\or1\or0.70711\or0\or-0.70711\fi}% + \pgfmathparse{veclen(\CF@lewis@xoffset,\CF@lewis@yoffset)}\let\CF@len@normvec\pgfmathresult + \edef\CF@lewis@diagmul{\ifcase\CF@lewis@currentpos\space1\or0\or1\or0\or1\or0\or1\or0\fi}% annule l'offset pour les diagonales + \if.\expandafter\@car\CF@lewis@remainpos\relax\@nil + \edef\CF@lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF@lewis@remainpos}% + \tikz \draw[overlay,fill,black] + (\CF@lewis@x pt-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@diagmul*0.1ex, + \CF@lewis@y pt+\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@diagmul*0.1ex)circle(0.15ex);% + \else + \if|\expandafter\@car\CF@lewis@remainpos\relax\@nil + \edef\CF@lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF@lewis@remainpos}% + \expandafter\tikz\expandafter\draw\expandafter[\CF@lewis@style,overlay]% + (\CF@lewis@x-\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y-\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)-- + ([xshift=-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@widthdouble,yshift=\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@widthdouble]\CF@lewis@x-\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@length/2 pt,\CF@lewis@y-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@length/2 pt)-- + ([xshift=-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@widthdouble,yshift=\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@widthdouble]\CF@lewis@x+\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y+\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)-- + (\CF@lewis@x+\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y+\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)--cycle;% + \else + \if:\expandafter\@car\CF@lewis@remainpos\relax\@nil + \edef\CF@lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF@lewis@remainpos}% + \tikz \draw[overlay,fill,black] + (\CF@lewis@x pt-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@diagmul*0.2ex-.2em*\CF@lewis@xoffset/\CF@len@normvec,\CF@lewis@y pt+\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@diagmul*0.2ex-.2em*\CF@lewis@yoffset/\CF@len@normvec)circle(0.15ex)% + (\CF@lewis@x pt-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@diagmul*0.2ex+.2em*\CF@lewis@xoffset/\CF@len@normvec,\CF@lewis@y pt+\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@diagmul*0.2ex+.2em*\CF@lewis@yoffset/\CF@len@normvec)circle(0.15ex);% + \else + \expandafter\tikz\expandafter\draw\expandafter[\CF@lewis@style,overlay]% + (\CF@lewis@x-\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y-\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)--% + (\CF@lewis@x+\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y+\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt);% + \fi + \fi + \fi + \repeat + \box\CF@lewis@box + \endgroup +} + +\CF@def\chembelow{\CF@save@catcode\CF@sanitize@catcode\@testopt\CF@chembelow{1.5pt}} + +\CF@def\CF@chembelow[#1]#2#3{% + \setbox\CF@box@boxa\hbox{\printatom{#2}}\setbox\CF@box@boxb\hbox{\printatom{#3}}% + \vtop{% + \hbox{\printatom{#2}}% + \hrule width0pt depth0pt height#1\relax + \hbox{% + \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/\tw@ + \printatom{#3}% + \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/\tw@ + }% + \vskip-\dimexpr\ht\CF@box@boxb+\dp\CF@box@boxb+#1\relax + }% + \CF@restore@catcode +} + +\CF@def\chemabove{\CF@save@catcode\CF@sanitize@catcode\@testopt\CF@chemabove{1.5pt}} + +\CF@def\CF@chemabove[#1]#2#3{% + \setbox\CF@box@boxa\hbox{\printatom{#2}}\setbox\CF@box@boxb\hbox{\printatom{#3}}% + \vtop{% + \hbox{\printatom{#2}}% + \hrule width0pt depth0pt height-\dimexpr#1+\ht\CF@box@boxa+\ht\CF@box@boxb+\dp\CF@box@boxb\relax + \hbox{% + \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/\tw@ + \printatom{#3}% + \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/\tw@ + }% + }% + \CF@restore@catcode +} + +%%%%%% les signes et les fl\`eches +\CF@def\chemsign{\@testopt\CF@chemsign{0.5em}} + +\CF@def\CF@chemsign[#1]#2{\hbox{\kern#1\relax#2\kern#1}} + +\CF@def\setchemrel#1#2#3{% + \ifx\@empty#1\@empty\def\CF@chemrel@vsep{2pt}\else\def\CF@chemrel@vsep{#1}\fi + \ifx\@empty#2\@empty\def\CF@chemrel@hsep{0.7em}\else\def\CF@chemrel@hsep{#2}\fi + \ifx\@empty#3\@empty\def\CF@chemrel@length{4em}\else\def\CF@chemrel@length{#3}\fi +} + +\setchemrel{}{}{} + +\CF@def\chemrel{\CF@save@catcode\CF@sanitize@catcode\@testopt\CF@chemchemrel@i{}} + +\CF@def\CF@chemchemrel@i[#1]{\@testopt{\CF@chemchemrel@ii[#1]}{}} + +\CF@def\CF@chemchemrel@ii[#1][#2]#3{% + \def\CF@chemrel@stuff + {\leavevmode\kern\CF@chemrel@hsep + \tikzpicture[every node/.style={anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]% + \CF@if@instr{#3}{<>}% + {\node[yshift=-1pt] at(0,0)(chemrel@start){\vphantom I};\node[yshift=-1pt] at(\CF@chemrel@length,0)(chemrel@end){\vphantom I};% + \expandafter\draw\expandafter[\CF@remove@equichars#3,\@nil-](chemrel@end)--(chemrel@start);\fill (chemrel@start)--++(4pt,-1.75pt)--+(-1.5pt,1.75pt)--cycle;% + \node[yshift=1pt] at(0,0)(chemrel@start){\vphantom I};\node[yshift=1pt] at(\CF@chemrel@length,0)(chemrel@end){\vphantom I};% + \expandafter\draw\expandafter[\CF@remove@equichars#3,\@nil-](chemrel@start)--(chemrel@end);\fill(chemrel@end)--++(-4pt,1.75pt)--+(1.5pt,-1.75pt)--cycle; + }% + {\node at(0,0)(chemrel@start){\vphantom I};\node at(\CF@chemrel@length,0)(chemrel@end){\vphantom I};% + \draw[#3](chemrel@start)--(chemrel@end);% + }% + \endtikzpicture + \kern\CF@chemrel@hsep + }% + \ifx\@empty#1\@empty + \ifx\@empty#2\@empty\CF@chemrel@stuff + \else\chembelow[\CF@chemrel@vsep]\CF@chemrel@stuff{\hbox{#2}}% + \fi + \else + \ifx\@empty#2\@empty\chemabove[\CF@chemrel@vsep]\CF@chemrel@stuff{\hbox{#1}}% + \else\chemabove[\CF@chemrel@vsep]{\chembelow[\CF@chemrel@vsep]\CF@chemrel@stuff{\hbox{#2}}}{\hbox{#1}}% + \fi + \fi + \CF@restore@catcode +} + +\CF@def\CF@remove@equichars#1<>#2\@nil{#1#2} + +\CF@def\chemmove{\CF@save@catcode\CF@sanitize@catcode\@testopt\CF@chemmove{}} + +\CF@def\CF@chemmove[#1]#2{% + \ifx\@empty#2\@empty + \expandafter\@gobble + \else + \expandafter\@firstofone + \fi + {\expandafter\tikzpicture\romannumeral\ifx\@empty#1\@empty\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi + {\z@[remember picture,overlay]}{\z@[remember picture,overlay,#1]}#2 + \endtikzpicture + }% + \CF@restore@catcode +} + +\CF@def\chemnameinit#1{% + \CF@save@catcode\CF@sanitize@catcode + \setbox\CF@stuff@box\hbox{#1}% + \edef\CF@dp@max{\the\dp\CF@stuff@box}% + \CF@restore@catcode +} +\chemnameinit{} + +\CF@def\CF@parse@molname#1\\#2\@nil{% + \hbox to\CF@wd@stuffbox{\hss#1\hss}% + \ifx\@empty#2\@empty + \else + \CF@swap@fi + \CF@parse@molname#2\@nil + \fi +} + +\CF@def\chemname{\CF@save@catcode\CF@sanitize@catcode\@testopt\CF@chemname{1.5ex}} + +\CF@def\CF@chemname[#1]#2#3{% + \setbox\CF@stuff@box\hbox{#2}% + \edef\CF@wd@stuffbox{\the\wd\CF@stuff@box}\edef\CF@dp@stuffbox{\the\dp\CF@stuff@box}% + \leavevmode + \ifdim\CF@dp@max<\CF@dp@stuffbox\let\CF@dp@max\CF@dp@stuffbox\fi + \vtop{% + \box\CF@stuff@box + \nointerlineskip + \kern\dimexpr#1+\CF@dp@max-\CF@dp@stuffbox\relax + \CF@parse@molname#3\\\@nil + }% + \CF@restore@catcode +} + +\CF@savedcatcode + +\endinput + +###################################################################### +# Historique # +###################################################################### + +v0.1 2010/06/23 + - Premi\`ere version publique sur le CTAN +---------------------------------------------------------------------- +v0.2 2010/08/31 + - Ajout de la documentation en anglais. + - Correction de bugs. + - \printatom est d\'esormais une macro publique. + - Les espaces sont permis dans les mol\'ecules. Ils seront + ignor\'es par d\'efaut puisque les atomes sont compos\'es en + mode math par \printatom + - Une paire de Lewis peut être repr\'esent\'ee ":". + - Dans les cycles, une correction de la longueur du trait + d\'eport\'e des liaisons doubles est fait de telle sorte que si + l'on \'ecrit \chemfig{*5(=====)}, on obtient deux polygones + r\'eguliers concentriques. + - La s\'equence de contr\^ole \setnodestyle permet de sp\'ecifier + le style des nœuds dessin\'es par tikz. +---------------------------------------------------------------------- +v0.3 2010/11/21 + - Am\'elioration de \definesubmol qui accepte les s\'equences de + contr\^ole. On peut aussi choisir un alias dont la substitution + est diff\'erente selon l'orientation de la liaison qui lui + arrive dessus. + - Le caract\`ere "|" force la fin d'un atome. Si on \'ecrit + "D|ef" alors, chemfig verra deux atomes "D" et "ef". + - Le caract\`ere "#" est reconnu lorsqu'il suit un caract\`ere de + liaison. Il doit être suivi d'un argument entre parenth\`eses + qui contient l'offset de d\'ebut et de fin qui s'appliqueront + \`a cette liaison. + - La macro \chemfig admet un argument optionnel qui sera pass\'e + \`a l'environnement tikzpicture dans lequel elle est dessin\'ee + - Mise en place de la repr\'esentation des m\'ecanismes + r\'eactionnels avec la synatxe "@{<nom>}" devant un atome o\`u + "@{<nom>,<coeff>}" au tout d\'ebut de l'argument d'une liaison. + Cette syntaxe permet de placer un nœud (au sens de tikz) qui + deviendra l'extr\'emit\'e des fl\`eches des m\'ecanismes. + Le trac\'e des fl\`eches est faite par la macro \chemmove dont + l'argument optionnel devient celui de l'environnement + tikspicture dans lequel sont faites les fl\`eches. + - Pour le m\'ecanisme d'alignement vertical via le \vphantom, la + commande \chemskipalign permet d'ignorer le groupe d'atomes + dans lequel elle est \'ecrite. + - La commande \chemname permet d'afficher un nom sous une + mol\'ecule. la commande \chemnameinit initialise la plus grande + profondeur rencontr\'ee. + - La commande \lewis a \'et\'e modifi\'ee de telle sorte que les + dessins des d\'ecorations soient proportionnels \`a la taille + de la police. +---------------------------------------------------------------------- +v0.3a 2011/01/08 + - Correction d'un bug dans l'argument optionnel de \definesubmol + lorsque celui-ci comporte des crochets. + - Mise \`a jour du manuel en anglais. + - Ajout de \vflipnext et \hflipnext pour retourner + horizontalement ou verticalement la prochaine mol\'ecule. +---------------------------------------------------------------------- +v0.4 2011/03/07 + - chemfig est d\'esormais \'ecrit en plain-etex et donc + utilisable par d'autres formats que LaTeX. + - Un peu plus de rigueur avec les catcodes des caract\`eres + sp\'eciaux, notamment lorsque la commande \chemfig se trouve + dans l'argument de \chemmove, \chemabove, \chembelow, \chemrel. + TODO : faut-il \scantoker l'argument de \chemfig pour \^etre + d\'efinitivement d\'ebarass\'e de ces histoires de catcode ??? + - Correction d'un bug dans le calcul de l'angle des liaisons
\ No newline at end of file diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdf b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdf Binary files differindex 1b61e25e272..57180796859 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdf +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdf diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex index e045695e65a..f6747ab5e0f 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex @@ -3,7 +3,7 @@ % | | % | ChemFig Documentation | % | | -% | January 08, 2011 | +% | March 7, 2011 | % | | % |_________________________________________________________________| % @@ -17,11 +17,13 @@ % later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt % Copyright : Christian Tellechea 2010-2011 % -% The "chemfig" package consists of the 6 following files: -% chemfig.sty +% The "chemfig" package consists of the 8 following files: +% chemfig.tex (the code of the package) +% chemfig.sty (the file for LaTeX) +% t-chemfig.tex (the file for ConTeXt) % README -% chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual) % chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (french manual) +% chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual) % % ------------------------------------------------------------------- % This work may be distributed and/or modified under the @@ -41,7 +43,7 @@ \documentclass[10pt]{article} \usepackage[utf8]{inputenc} \usepackage[T1]{fontenc} -\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,head=5mm,headsep=5mm,footskip=10mm]{geometry} +\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,head=17pt,headsep=3mm,footskip=10mm]{geometry} \usepackage[bottom]{footmisc} \usepackage{libertine} \renewcommand*\oldstylenums[1]{{\fontfamily{fxlj}\selectfont #1}} @@ -55,20 +57,37 @@ \usepackage{textcomp} \usepackage{enumitem} \usepackage{chemfig} +\usepackage{siunitx} \usetikzlibrary{decorations.pathmorphing} \usepackage{emerald} \usepackage[protrusion=true,expansion,final,babel=true]{microtype} \usepackage{fancyhdr} - \fancyhead[L]{\small\bfseries\CF} +\fancypagestyle{plain}{% + \fancyhead[L]{\colorbox{gray!40}{\rlap{\small\bfseries\CF}\kern\dimexpr\linewidth-2\fboxsep}} \fancyhead[C]{} - \fancyhead[R]{\scriptsize\slshape \leftmark} - \fancyfoot[l]{\tiny \LaTeX ed by Christian \textsc{Tellechea}, the \today.} + \fancyhead[R]{\scriptsize\slshape\leftmark\kern0.5em} + \fancyfoot[l]{\tiny\LaTeX ed by Christian \textsc{Tellechea}, the \today.} \fancyfoot[c]{} - \fancyfoot[r]{\thepage} + \fancyfoot[r]{\thepage}} +\renewcommand\headrulewidth{0pt} \makeatletter - -\long\def\grab@toks#1\relax{\endgroup\def\right@content{#1}} +\let\gobble\@gobble +\newcommand\idx{\@ifstar{\let\print@or@not\@gobble\idx@}{\let\print@or@not\@firstofone\idx@}} +\newcommand\idx@[1]{% + \ifcat\expandafter\noexpand\@car#1\@nil\relax% si sc + \expandafter\ifx\@car#1\@nil\protect + \index{#1}% + \print@or@not{#1}% + \else + \expandafter\index\expandafter{\expandafter\@gobble\string#1@\protect\texttt{\protect\string\protect#1}}% + \print@or@not{\texttt{\string#1}}% + \fi + \else + \index{#1}% + \print@or@not{#1}% + \fi +} \newcommand\make@car@active[2]{% \catcode`#1\active @@ -153,19 +172,6 @@ \endgroup } -\long\def\if@instr#1#2{% - \long\def\if@instr@i##1#2##2\@nil{\ifx\@empty##2\@empty\expandafter\@secondoftwo\else\expandafter\@firstoftwo\fi}% - \if@instr@i#1\relax#2\@nil -} - -\long\def\subst@in#1#2#3{% - \long\def\subst@in@i##1#2##2\@nil{##1#3##2}% - \expandafter\if@instr\expandafter{#1}{#2}% - {\expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter#1\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\subst@in@i#1\@nil}% - \subst@in#1{#2}{#3}% - }\relax -} - \newcommand\falseverb[1]{{\ttfamily\detokenize{#1}}} \long\def\centerverb#1{% @@ -198,14 +204,26 @@ {1pc}% {\titlerule\vspace{1pc}\Huge} -\newcommand*\nouveau[1][0pt]{\leavevmode\llap{\footnotesize\itshape\bfseries\color{red}New\kern\dimexpr15pt+#1\relax}} - +\begin{filecontents*}{chemfig_doc_en.ist} +% Fichier de style makeindex +heading_prefix "{\\bfseries\\hfill " +heading_suffix "\\hfill\\null}\\nopagebreak\n" +headings_flag 1 +symhead_positive "Symbols" +symhead_negative "Symbols" +delim_0 "\\dotfill" +delim_1 "\\dotfill" +delim_2 "\\dotfill" +\end{filecontents*} + +\usepackage{makeidx} +\makeindex \begin{document} \begin{titlepage} \catcode`!12 \begin{tikzpicture}[remember picture,overlay] - \filldraw[blue!75](current page.south west) rectangle ([yshift=2cm,xshift=-3cm]current page.center); - \shade [left color=blue!75,right color=white]([yshift=2cm,xshift=-3cm]current page.center) rectangle ([xshift=3cm]current page.south); + \shade [left color=blue,right color=white]([yshift=2cm]current page.west) rectangle ([xshift=-1cm]current page.south); + \shade [left color=white,right color=blue] ([xshift=1cm]current page.south) rectangle ([yshift=2cm]current page.east); \filldraw[black](current page.north west) rectangle ([yshift=7cm]current page.east); \shade[top color=black,bottom color=blue]([yshift=7cm]current page.east)rectangle([yshift=2.5cm]current page.west); \filldraw[black!55!blue!100]([yshift=2.5cm]current page.east)rectangle([yshift=2cm]current page.west); @@ -215,7 +233,7 @@ \Large v\csname CF@ver\endcsname\par\bigskip \footnotesize\csname CF@en@date\endcsname\par \normalsize Christian Tellechea\par\vskip1.5cm - \huge A \LaTeX{} package for drawing molecules% + \huge A \TeX{} package for drawing molecules% \end{center} \vskip4cm \begin{center} @@ -233,26 +251,26 @@ \setatomsep{2em} \chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}% \kern-1em - \chemrel[\chemfig{\chemabove{H}{\kern10pt\oplus}}]{<>}% + \chemrel[\chemfig{\chemabove{H}{\kern10pt\scriptstyle\oplus}}]{<>}% \kern-0.5em - \chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\oplus}H_2}% - \chemmove[red,-stealth,shorten <=2pt]{% + \chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}H_2}% + \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=2pt]{% \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1); \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180); } \kern-1.5em \chemrel[\chemfig{{-}H_2O}]{<>}% $\left[\begin{tabular}{c} - \chemfig{R'-N=@{a1}\chemabove{C}\oplus-R}\\ + \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}\\ \tikz\draw[stealth-stealth](0,3mm)--(0,-3mm);\\ - \chemfig{R'-\chemabove{N}\oplus~C-R} + \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R} \end{tabular}\right]$% \chemrel[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]{<>}% - \chemmove[red,-stealth,shorten <=3pt]{% + \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{% \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45); }% - \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}\oplus H_2)}% - \chemrel[\chemfig{{-}\chemabove{H}{\kern10pt\oplus}}]{<>}% + \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)}% + \chemrel[\chemfig{{-}\chemabove{H}{\kern10pt\scriptstyle\oplus}}]{<>}% \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}% \chemrel{-stealth}% \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}\par\bigskip @@ -261,7 +279,7 @@ \ECFAugie\small The Beckmann rearrangement% \end{center} \end{titlepage} -\parindent0pt\pagestyle{fancy} +\parindent0pt\pagestyle{plain} \tableofcontents \parskip\medskipamount \vspace{2cm} @@ -269,20 +287,10 @@ \setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt} \part{Introduction} \section{New in version 0.3} -\nouveau Here's what's new in version 0.3, in response to requests from users and to gaps that needed filling anyway: +Here's what's new in version 0.4: \begin{enumerate} - \item Improvements to the command \verb-\definesubmol- which now accepts control sequences as aliases. An alias can also be set up so that the substitution is different depending on the orientation of the bond which arrives at it. See page~\pageref{definesubmol}; - \item The character ``\verb-|-'' forces the end of an atom. Thus if one writes ``D|ef'', \CF will see two atoms ``D'' and ``ef''. Read page~\pageref{decoupage.atomes}; - \item The character ``\verb-#-'' is recognized when it follows a bond character. It must be followed by an argument between parentheses which contains the shortening of the start and end which will be applied to this bond. See page~\pageref{modif.retrait}; - \item The macro \verb-\chemfig- accepts optional arguments which are passed to the ``tikzpicture'' environment in which it is drawn. Read page ~\pageref{arguments.optionnels}; - \item Addition of representation of electron movement and reaction mechanisms with the syntax ``\verb-@{<name>}-'' before an atom or - ``\verb-@{<name>,<coeff>}-'' at the beginning of the argument of a bond.\par - This syntax allows placement of a node (in the \TIKZ sense) which will become the tip of any arrows draw. The layout of the arrows is done by the macro \verb-\chemmove- whose optional argument becomes that of the ``tikzpicture'' environment in which the arrows are drawn. Read page~\pageref{mecanismes-reactionnels}; - \item For the vertical alignment mechanism to get atoms on the same horizontal line, the macro \verb-\chemskipalign- allows this mechanism to be ignored for the group of atoms in which it is written. See page~\pageref{chemskipalign}; - \item The commands \verb-\chemname- allows a name to be displayed underneath a molecule and \verb-\chemnameinit- sets the alignment of the names. See page~\pageref{chemname}; - \item The commands \verb-\hflipnext- and \verb-\vflipnext- horizontaly or verticaly flip the next molecule drawn. See page~\pageref{retournement}; - \item Drawing of the decorations which carry our the command \verb-\lewis- have been improved; - \item Bug fixes and code optimization. + \item The code is now written in plain $\varepsilon$\TeX\idx*{etex@$\protect\varepsilon$\protect\TeX}. Therefore, the package may be used with \LaTeX{}\idx*{Latex@\protect\LaTeX} or Con\TeX{}t\idx*{ConTeXt@Con\protect\TeX{}t}. + \item Bugfixes. \end{enumerate} \section{Foreword} @@ -301,43 +309,48 @@ Experience shows that is it has been difficult to combine drawing of molecules w Finally, I wish to warmly thank Theo \textsc{Hopman} for offering to translate this manual into English. -\section{Presenting \CF} +\section{Presenting \protect\CF} To use this package, start by adding the following code to the preamble: -\centerverb/\usepackage{chemfig}/ -\smallskip +\begin{itemize} + \item {\color{blue}\verb-\input chemfig.tex-} with $\varepsilon$\TeX\idx*\input; + \item {\color{blue}\verb-\usepackage{chemfig}-} with \LaTeX\idx*{Latex@\protect\LaTeX}\idx*\usepackage; + \item {\color{blue}\verb-\usemodule[chemfig]-} with Con\TeX t\idx*{ConTeXt@Con\protect\TeX{}t}\idx*\usemodule. +\end{itemize} + +In all cases, the \TIKZ\idx*{tikz} package, if not loaded before, is loaded by \CF. -The most important command for drawing molecules is \verb|\chemfig{<code>}|. The argument \verb|code| is a set of characters describing the structure of the molecule according to the rules which are described in this manual. +The most important command for drawing molecules is \verb|\chemfig{<code>}|\idx*\chemfig. The argument \verb|code| is a set of characters describing the structure of the molecule according to the rules which are described in this manual. Care has been taken to make it possible to draw the greatest possible number of molecular configurations, while maintaining a simple, flexible, and intuitive syntax. Despite this, the \verb-<code>- which describes the 2D structure of the molecule increases in complexity in proportion to that of the molecule being drawn. -The command \verb|\chemfig| draws a molecule using the commands provided by the \TIKZ package, placed inside a \verb|tikzpicture| environment. The choice of \TIKZ implies that: +The command \verb|\chemfig| draws a molecule using the commands provided by the \TIKZ\idx*{tikz} package, placed inside a \verb|tikzpicture|\idx*{tikzpicture} environment. The choice of \TIKZ implies that: \begin{itemize} -\item the user has a choice of compilation method: pdf\LaTeX{} can be used equally well in dvi mode (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) or in pdf mode (tex $\longrightarrow$ pdf). In effect \TIKZ, via the underlying pgf, gives identical graphical results in the two modes; -\item the bounding box is automatically calculated by \TIKZ and the user need not worry about any overlap with the text. However, care must be taken with alignment when the molecule is drawn in a paragraph. In the following example, we have drawn the bounding box for the molecule: {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF always places the first atom of the molecule on the baseline of the preceding code. +\item the user has a choice of compilation method\idx*{compilation method}: pdf\LaTeX{} can be used equally well in \idx{dvi mode} (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) or in \idx{pdf mode} (tex $\longrightarrow$ pdf). In effect \TIKZ, via the underlying \idx{pgf}, gives identical graphical results in the two modes; +\item the \idx{bounding box} is automatically calculated by \TIKZ and the user need not worry about any overlap with the text. However, care must be taken with alignment when the molecule is drawn in a paragraph. In the following example, we have drawn the \idx{bounding box} for the molecule: {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF always places the first atom of the molecule on the \idx{baseline} of the preceding code. \end{itemize} \newpage -\part{\CF for the impatient} +\part{\protect\CF for the impatient} This part is a non-exhaustive overview of the features of \CF. The goal is to introduce the basic ideas, allowing the user to get started drawing molecules as quickly as possible. This part does not go into detail; advanced use and a more formal approach to \CF commands will be discussed in the following parts. \section{Syntax} -The command \verb|\chemfig| is used in the following way: +The command \verb|\chemfig|\idx*{\chemfig} is used in the following way: \centerverb/\chemfig{<atom1><bond type>[<angle>,<coeff>,<n1>,<n2>,<tikz code>]<atom2>}/ \begin{itemize} -\item \verb-<angle>- is the bond angle between the two atoms; -\item \verb-<coeff>- is a coefficient multiplying the default bond length; -\item \verb-<n1>- and \verb-<n2>- are the numbers of the departure and arrival atoms of the bond; -\item \verb-<tikz code>- is additional options concerning the colour or style of a bond. +\item \verb-<angle>- is the bond angle\idx*{bond!angle} between the two atoms; +\item \verb-<coeff>- is a coefficient multiplying the default bond length\idx*{bond!length}; +\item \verb-<n1>- and \verb-<n2>- are the numbers of the departure and arrival atoms of the bond\idx*{bond!departure and arrival atoms}; +\item \verb-<tikz code>- is additional options concerning the colour or style of a bond\idx*{bond!customization}. \end{itemize} \medskip -Each bond takes optional arguments which are placed in square brackets. These arguments can adjust everything one needs for the bond. Each argument has a default value, so one can simply write: +Each bond takes optional arguments\idx*{bond!optional argument} which are placed in square brackets. These arguments can adjust everything one needs for the bond. Each argument has a default value, so one can simply write: \exemple{The water molecule}|\chemfig{H-O-H}| -In all the examples, the grey line represents the baseline. +In all the examples, the grey line represents the \idx{baseline}. \section{The different types of bonds} -For \CF, bonds between two atoms are one of nine types, represented by the characters \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} and \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons} +\idx*{bond!types}For \CF, bonds between two atoms are one of nine types, represented by the characters \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} and \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons} \begin{center} \begin{tabular}{>{\centering\arraybackslash}m{1.7cm}>{\centering\arraybackslash}m{3cm}>{\centering\arraybackslash}m{2cm}m{4cm}} \hline @@ -353,30 +366,30 @@ Bond \#&Code &Result &Bond type\\\hline 9 &\verb+\chemfig{A<|B}+&\chemfig{A<|B}&left Cram, hollow\\\hline \end{tabular} \end{center} -\label{setdoublesep}The command \verb-\setdoublesep{<dim>}- adjusts the spacing between the lines in double or triple bonds. This spacing is 2pt by default. +\label{setdoublesep}The command \verb-\setdoublesep{<dim>}-\idx*{\setdoublesep} adjusts the spacing between the lines in double or triple bonds. This spacing is 2pt by default. \section{Different types of diagrams} \subsection{Complete structural diagram} \exemple{Ethane}|\chemfig{C(-[2]H)(-[4]H)(-[6]H)-C(-[2]H)(-[6]H)-H}| -Each bond takes several optional arguments. The first optional argument defines the \verb-<angle>- of the bond. Angles increase counterclockwise. If no angle is give then its default value is 0\degres. +Each bond takes several optional arguments\idx*{bond!optional argument}. The first optional argument defines the \verb-<angle>- of the bond\idx*{bond!angle}. Angles increase counterclockwise. If no angle is give then its default value is 0\degres. -Note: the parentheses allow multiple bonds from the same atom; see ``Branched molecules'', page~\pageref{molecules.ramifiees}. +Note: the parentheses allow multiple bonds from the same atom; see ``Branched molecules''\idx*{branched molecule}, page~\pageref{molecules.ramifiees}. There are many ways of specifying the angle of a bond. \begin{description} -\item[Predefined angles] When the optional argument contains a whole number, this represents the angle that the bond makes with the horizontal, in multiples of 45\degres. +\item[Predefined angles] \idx*{bond!angle!predefined}When the optional argument contains a whole number, this represents the angle that the bond makes with the horizontal, in multiples of 45\degres. \exemple{Predefined angles}|\chemfig{(-[1]1)(-[2]2)(-[3]3)(-[4]4)(-[5]5)(-[6]6)(-[7]7)-0}| -\item[Absolute angle] To give an angle in degrees relative to the horizontal, the optional argument must take this form: \verb-[:<absolute angle>]-. The \verb-<absolute angle>- may be positive or negative, and may have decimal places. It is reduced to the interval $[0,360)$. -\item[Relative angle] It is often useful to give the bond angle relative to the preceding bond. In this case, the following syntax must be used:\verb-[::<relative angle>]-. The \verb-<relative angle>- may be positive or negative, and may have decimal places. +\item[Absolute angle] \idx*{bond!angle!absolute}To give an angle in degrees relative to the horizontal, the optional argument must take this form: \verb-[:<absolute angle>]-. The \verb-<absolute angle>- may be positive or negative, and may have decimal places. It is reduced to the interval $[0,360)$. +\item[Relative angle] \idx*{bond!angle!relative}It is often useful to give the bond angle relative to the preceding bond. In this case, the following syntax must be used:\verb-[::<relative angle>]-. The \verb-<relative angle>- may be positive or negative, and may have decimal places. \end{description} \subsection{Condensed structural diagram} \exemple{Hex-1-ene}|\chemfig{H_3C-{{(CH_2)}_3}-CH=CH_2}| -It is sometimes useful to change the length of a bond. In the preceding example, the first two bonds need to be lengthened; they are too short compared to the double bond. To do this, the \verb|<coeff>| is needed in the optional arguments. +It is sometimes useful to change the length of a bond\idx*{bond!length}. In the preceding example, the first two bonds need to be lengthened; they are too short compared to the double bond. To do this, the \verb|<coeff>| is needed in the optional arguments\idx*{bond!optional argument}. \exemple{Hex-1-ene}|\chemfig{H_3C-[,1.5]{{(CH_2)}_3}-[,1.5]CH=CH_2}| @@ -387,19 +400,19 @@ Notes: \end{itemize} \subsection{Cram representation} -Another way of showing the bond angle between two atoms. +\idx*{Cram representation}Another way of showing the bond angle between two atoms. \exemple{Methane}|\chemfig{C(-[5]H)(-[2]H)(<[:-70]H)(<:[:-20]H)}| \subsection{Skeleton diagram} -The simplest input, only covalent bonds are listed with their possible settings. +\idx*{skeleton diagram}The simplest input, only covalent bonds are listed with their possible settings. \exemple{But-2-ene}|\chemfig{-[:30]=[:-30,,,,red]-[:30]}| -The double bond lines are drawn on either side of where the single bond line would be. To keep graphical consistency between skeleton diagrams of various compounds it is useful to shift the second double bond line above or below the single bond line. Just follow the \verb-=- symbol with \verb-^- or \verb-_-, as shown below: +The double bond lines are drawn on either side of where the single bond line would be. To keep graphical consistency between skeleton diagrams of various compounds it is useful to shift the second double bond line above or below the single bond line\idx*{bond!shifted}. Just follow the \verb-=- symbol with \verb-^- or \verb-_-, as shown below: \exemple{Comparison between double bonds and shifted double bonds}/\chemfig{-[:-30]=[:30]-[:-30]} \chemfig{-[:-30]=^[:30]-[:-30]}\par \chemfig{=[:-30]-[:30]=[:-30]} \chemfig{=_[:-30]-[:30]=^[:-30]}/ \subsection{Lewis diagrams} -The syntax is as follows: +\idx*{Lewis diagram}The syntax is as follows: \centerverb/\lewis{<position index><electron state>,<atom>}/ \smallskip @@ -414,12 +427,12 @@ Note: the positions take whole number values between 0 and 7. \lewis{1357,Ar}/ \section{Branched molecules}\label{molecules.ramifiees} -To indicate a branch, simply follow the atom holding the branch with a \verb-<code>- in parentheses. This \verb-<code>- is the code of the submolecule which will be attached to the atom. Multiple branches can be attached to the same atom, and these can be nested. +\idx*{branched molecule}To indicate a branch, simply follow the atom holding the branch with a \verb-<code>- in parentheses. This \verb-<code>- is the code of the submolecule which will be attached to the atom. Multiple branches can be attached to the same atom, and these can be nested. \exemple{Alkanes}|\chemfig{H_3C-CH(-[2]CH_3)-CH_3} \hspace{.5cm}\chemfig{-(-[2])(-[6])-}| -In this type of representation it is sometimes necessary to connect to distant atoms. To do this, the character \verb|?| is used, which creates a hook between two atoms. The function +In this type of representation it is sometimes necessary to connect to distant atoms\idx*{bond!distant atoms}. To do this, the character \verb|?| is used, which creates a hook between two atoms. The function \centerverb/?[<name>,<bond>,<tikz>]/ takes three arguments: the name of the hook, the bond type, and tikz code. The following example shows how to make two different hooks. @@ -427,7 +440,7 @@ takes three arguments: the name of the hook, the bond type, and tikz code. The f -[2]CH_2-[,1.7]CH(-[3]N?[a]-[3]H_3C)(-[,1.35]C?[b]H-CO-OCH_3)}| \section{Rings} -\CF can easily draw regular polygons. The syntax is the following: +\idx*{ring}\CF can easily draw regular polygons. The syntax is the following: \centerverb/\chemfig{*n(<code for the molecule>)}/ \smallskip @@ -436,7 +449,7 @@ takes three arguments: the name of the hook, the bond type, and tikz code. The f \chemfig{*5(-=-=-)}\hspace{.5cm} \chemfig{*6(-=-=-=)}| -Branches are used in the same way as before. +\idx*{ring!branch}Branches are used in the same way as before. \exemple{Rings and branches}|\chemfig{*4(-(--[1]*4(----))---)}| @@ -448,13 +461,13 @@ Note: a ring does not start or finish with the atom or group of atoms with which \chemfig{*4(-B-C-D-A)}| \section{Ions} -The \verb|chemfig| commands enters the math mode\footnote{There is a problem with the placement of groups of atoms containing exponents or subscripts. See page~\pageref{alignement.vertical}.} of \TeX, so it is very simple to write an ion. A negative charge ($-$) must always be enclosed in braces to avoid \CF confusing it with the symbol for a single bond. +The \verb|chemfig| commands enters the \idx{math mode}\footnote{There is a problem with the placement of groups of atoms containing exponents or subscripts. See page~\pageref{alignement.vertical}.} of \TeX, so it is very simple to write an ion. A negative charge ($-$) must always be enclosed in braces to avoid \CF confusing it with the symbol for a single bond. \exemple{Acetate ion}|\chemfig{-(-[1]O^{-})=[7]O}| -For purists it is possible to circle the charge of an ion by using the commands \verb|\ominus| and \verb|\oplus|. +For purists it is possible to circle the charge of an ion by using the commands \verb|\ominus| and \verb|\oplus|\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}. -To meet all requirements, there are two other commands \verb|\chemabove| and \verb|\chembelow| which allow placement of charges above or below the current atom. +To meet all requirements, there are two other commands \idx{\chemabove} and \idx{\chembelow} which allow placement of charges above or below the current atom\idx*\lewis. \exemple{Some ions}|\chemfig{-(-[1]O^{\ominus})=[7]O} \hspace{1cm} @@ -463,17 +476,17 @@ To meet all requirements, there are two other commands \verb|\chemabove| and \ve \vskip5pt \chemfig{-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}(=[1]O)-[7]O^{\ominus}}| -For those who are extremely picky, the commands \verb|\chemabove| and \verb|\chembelow| accept an optional argument which sets the distance between the charge and the atom. +For those who are extremely picky, the commands \idx{\chemabove} and \idx{\chembelow} accept an optional argument which sets the distance between the charge and the atom\idx*\lewis. \exemple{Charge position}|\chemfig{\lewis{35,O}=C-\chemabove [3pt]{\lewis{246,O}}{\hspace{.5cm}\ominus}}| \section{Chemical equations} -Here is an example of a chemical reaction: +Here is an example of a \idx{chemical reaction}: \exemple*{Chemical reaction}/\chemfig{**6(------)} \hspace{.5cm} + \hspace{.5cm} \chemfig{H_3C-Cl} \hspace{.5cm} $\xrightarrow{catalyst}$ \hspace{.5cm} \chemfig{**6(---(-)---)} \hspace{.5cm} + \hspace{.5cm} \chemfig{H-Cl}/ -\CF adds two new commands \verb-\chemsign- and \verb-\chemrel- which slightly simplify the preceding syntax. +\CF adds two new commands \idx{\chemsign} and \idx{\chemrel} which slightly simplify the preceding syntax. \exemple*{Using the \CF commands}|\setchemrel{0pt}{1.2em}{6em} \chemfig{**6(------)}\chemsign[0.5cm]+\chemfig{H_3C-Cl} @@ -481,7 +494,7 @@ Here is an example of a chemical reaction: \chemfig{**6(---(-)---)}\chemsign[0.5cm]+\chemfig{H-Cl}| \newpage -\part{Operation of \CF} +\part{Operation of \protect\CF} This part is devoted to describing the most common features of \CF. The outline of this description far exceeds that of ``\CF for the impatient``, but the user will find here explanations sufficient to draw most molecules. The presentation of features is done from a theoretical angle, and the goal of this part is not to draw real molecules but to give the user a formal description of the functionality of \CF. The ``Advanced usage'', page~\pageref{utilisation.avancee}, will be more practical and will illustrate advanced features for the most demanding uses. It will also highlight methods of building real molecules, page~\pageref{exemples.commentes}. Finally, the last part will give examples of molecules and the code used to draw them. \section{Groups of atoms} @@ -490,16 +503,16 @@ Drawing a molecule consists inherently of connecting groups of atoms with lines. {\fboxsep1pt However, in this molecule \molht{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O} -there are four groups of atoms: ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' and ``OH''. For reasons which we shall see later, \CF splits each group into single atoms. Each atom extends up to the next capital letter or one of these special characters: {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. \CF ignores all characters inside braces when splitting groups into atoms. +there are four groups of atoms: ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' and ``OH''. For reasons which we shall see later, \CF splits each group into single atoms. Each atom extends up to the next capital letter or one of these special characters: {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. \CF ignores all characters inside braces when splitting groups into atoms\idx*{separating atom mechanism}. Therefore the first group of atoms ``$\mathrm{H_3C}$'' is split into two atoms: $\boxednode{H_3}{}$ and $\boxednode C{}$. In terms of chemistry, of course, these are not real atoms; $\mathrm{H_3}$, for example, consists of three hydrogen atoms. In what follows the word atom refers to \CF's definition. Thus \CF sees the preceding molecule as follows: \renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} \molht{H_3C-[,1.75]C(=[:30,1.5]O)(-[:-30,1.5]OH)}} \section{Different types of bonds} -As we have already seen (see page~\pageref{types.liaisons}), bonds can be one of nine types, each corresponding to the characters \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} and \boxedfalseverb{<|}. +\idx*{bond!types}As we have already seen (see page~\pageref{types.liaisons}), bonds can be one of nine types, each corresponding to the characters \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} and \boxedfalseverb{<|}. -\label{longueur.liaison}We must understand that when a bond is made between two atoms, these atoms are contained within invisible rectangular boxes. The centres of these two rectangles are separated by an adjustable distance $\Delta$ called the ``interatomic distance''. Furthermore, bonds do not connect to the exact edges of the rectangles: a length $\delta$, also adjustable, separates the edges of the rectangles and the beginning and end of the bond line. The rectangular boxes are made visible in the diagram below to help understanding. +\label{longueur.liaison}\idx*{bond!length}We must understand that when a bond is made between two atoms, these atoms are contained within invisible rectangular boxes. The centres of these two rectangles are separated by an adjustable distance $\Delta$ called the ``interatomic distance''. Furthermore, bonds do not connect to the exact edges of the rectangles: a length $\delta$, also adjustable, separates the edges of the rectangles and the beginning and end of the bond line. The rectangular boxes are made visible in the diagram below to help understanding. \begin{center} \begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline] \node[draw] at(0,0)(aa){\huge A}; @@ -523,19 +536,19 @@ As we have already seen (see page~\pageref{types.liaisons}), bonds can be one of \end{tikzpicture} \end{center} -\label{setatomsep}The macro \verb-\setatomsep{<dimension>}- adjusts the interatomic distance $\Delta$. If the \verb-<dimension>- is empty, it takes the default value of 3em. This command, like all other settings commands, affects all the following molecules. +\label{setatomsep}The macro \verb-\setatomsep{<dimension>}-\idx*{\setatomsep} adjusts the interatomic distance $\Delta$. If the \verb-<dimension>- is empty, it takes the default value of 3em. This command, like all other settings commands, affects all the following molecules. \exemple{Interatomic distance}|\setatomsep{2em}\chemfig{A-B}\par \setatomsep{50pt}\chemfig{A-B}| -\label{setbondoffset}The command \verb-\setbondoffset{<dimension>}- sets the spacing $\delta$ between the bond line and the atom. If the \verb-<dimension>- is empty, $\delta$ takes the default value of 2pt. +\label{setbondoffset}\idx*{\setbondoffset}The command \verb-\setbondoffset{<dimension>}- sets the spacing $\delta$ between the bond line and the atom. If the \verb-<dimension>- is empty, $\delta$ takes the default value of 2pt. \exemple{Trimming bonds}|\setbondoffset{0pt}\chemfig{A-B}\par \setbondoffset{5pt}\chemfig{A-B}| If one bond is followed immediately by another, then \CF inserts an empty group \verb-{}-. Around this empty group the separation $\delta$ is zero: \exemple{Empty groups}/\chemfig{A-B=-=C}/ -\nouveau\label{modif.retrait} The spacing $\delta$ for just one bond can be specified with the character \verb-#-. This character must be placed \emph{immediately} after the bond symbol and has one required argument between parentheses of the form ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', where \verb-<dim1>- is the spacing $\delta$ at the beginning of the bond and \verb-<dim2>- is the that at the end. If \verb-<dim2>- is omitted, the spacing at the end of the bond takes the value of $\delta$ in effect at that time. One can see in the example how the shortening, set to 4pt to be more visible, is nullified for the bond arriving at ``B'', then for the one leaving ``B'', and finally for both: +\label{modif.retrait} The spacing $\delta$ for just one bond can be specified with the character \verb-#-\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}. This character must be placed \emph{immediately} after the bond symbol and has one required argument between parentheses of the form ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', where \verb-<dim1>- is the spacing $\delta$ at the beginning of the bond and \verb-<dim2>- is the that at the end. If \verb-<dim2>- is omitted, the spacing at the end of the bond takes the value of $\delta$ in effect at that time. One can see in the example how the shortening, set to 4pt to be more visible, is nullified for the bond arriving at ``B'', then for the one leaving ``B'', and finally for both: \begingroup \catcode`\#12 \exemple{Fine adjustment of bond shortening}/\setbondoffset{4pt} @@ -545,10 +558,10 @@ If one bond is followed immediately by another, then \CF inserts an empty group \chemfig{A-#(,0pt)B-#(0pt)C}/ \endgroup -By default, all atoms within groups of atoms are typeset in math mode (spaces are ignored). They may therefore contain math mode specific commands such as subscripts or superscripts\footnote{There is a problem with the placement of groups of atoms containing exponents or subscripts. See page~\pageref{alignement.vertical}.}: +By default, all atoms within groups of atoms are typeset in \idx{math mode} (spaces are ignored). They may therefore contain math mode specific commands such as subscripts or superscripts\footnote{There is a problem with the placement of groups of atoms containing exponents or subscripts. See page~\pageref{alignement.vertical}.}: \exemple{Math mode}|\chemfig{A_1B^2-C _ 3 ^ 4}| -There are settings specifically for Cram bonds. This syntax is used: \label{setcrambond} +There are settings specifically for Cram bonds\idx*{Cram representation}\idx*\setcrambond. This syntax is used: \label{setcrambond} \centerverb/\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}/ \smallskip @@ -565,11 +578,11 @@ Here is an example where the three dimensions are changed: \chemfig{A>B>:C>|D}- \section{Bond angle} -Each bond takes an optional argument in brackets. This optional argument can adjust every aspect of a bond, and consists of five optional fields separated by commas. The first of these fields defines the bond angle. Angles increase counterclockwise, and are relative to the horizontal. If the angle field is empty, the angle takes its default value of 0\degres. We will see later how to change this default. +\idx*{bond!angle}\idx*{bond!optional argument|(}Each bond takes an optional argument in brackets. This optional argument can adjust every aspect of a bond, and consists of five optional fields separated by commas. The first of these fields defines the bond angle. Angles increase counterclockwise, and are relative to the horizontal. If the angle field is empty, the angle takes its default value of 0\degres. We will see later how to change this default. There are several ways of specifying the bond angle. \subsection{Predefined angles} -When the angle field contains an integer, this represents the angle the bond makes relative to the horizontal, in multiples of 45\degres. For example, \verb-[0]- specifies an angle of 0\degres, \verb-[1]- is 45\degres, and so on up to \verb-[7]- which specifies an angle of 315\degres. The integer may lie outside the interval $[0,7]$, in which case the angle is reduced to the interval $[0,360)$. +\idx*{bond!angle!predefined}When the angle field contains an integer, this represents the angle the bond makes relative to the horizontal, in multiples of 45\degres. For example, \verb-[0]- specifies an angle of 0\degres, \verb-[1]- is 45\degres, and so on up to \verb-[7]- which specifies an angle of 315\degres. The integer may lie outside the interval $[0,7]$, in which case the angle is reduced to the interval $[0,360)$. \exemple{Predefined angles}|\chemfig{A-B-[1]C-[3]-D-[7]E-[6]F}| @@ -577,11 +590,11 @@ These angles remain valid if the atoms are empty, and this is the case for all t \exemple{Predefined angles with empty groups}|\chemfig{--[1]-[3]--[7]-[6]}| \subsection{Absolute angles} -If one wishes to specify an angle in degrees relative to the horizontal, then the optional angle field must take this form: \verb-[:<absolute angle>]-. If necessary, the \verb-<absolute angle>- is reduced to the interval $[0,360)$: +\idx*{bond!angle!absolute}If one wishes to specify an angle in degrees relative to the horizontal, then the optional angle field must take this form: \verb-[:<absolute angle>]-. If necessary, the \verb-<absolute angle>- is reduced to the interval $[0,360)$: \exemple{Absolute angles}/\chemfig{A-[:30]B=[:-75]C-[:10]D-[:90]>|[:60]-[:-20]E-[:0]~[:-75]F}/ \subsection{Relative angles}\label{angle.relatif} -It is often useful to specify a bond angle relative to the preceding bond. This syntax must be then be used: \verb-[::<relative angle>]-. The sign of the \verb-<relative angle>- can be omitted if it is a \verb-+-. +\idx*{bond!angle!relative}It is often useful to specify a bond angle relative to the preceding bond. This syntax must be then be used: \verb-[::<relative angle>]-. The sign of the \verb-<relative angle>- can be omitted if it is a \verb-+-. Here is a molecule where the first bond has an absolute angle of $-5\degres$, and the rest of the bond angles are incremented by 20\degres: \exemple{Result of relative angles}|\chemfig{A-[:-5]-[::+20]-[::20]B-[::+20]-[::20]C-[::20]}| @@ -590,7 +603,7 @@ One can ``break'' a chain of relative angles by putting an absolute or predefine \exemple{Result of relative angles followed by absolute}|\chemfig{A-[:-5]-[::20]-[::20]B-[7]-[::20]C-[::20]}| \section{Length of a bond} -Rather than speaking of length of a bond, we should use the term interatomic spacing. If effect, only the interatomic spacing is adjustable with \verb-\setatomsep- as we have seen on page~\pageref{longueur.liaison}. Once this parameter is set, the length of a bond depends on the content of atoms and, to a lesser extent, the angle the bond makes with the horizontal. It should be obvious that two ``slimmer'' atoms will have larger edge separations than two which are larger. This can be seen easily in the following example where an ``I'' atom is narrower than an ``M'' atom, which means that the bond between the ``I'' atoms is longer than that between the ``M'' atoms: +\idx*{bond!length}Rather than speaking of length of a bond, we should use the term interatomic spacing. If effect, only the interatomic spacing is adjustable with \idx{\setatomsep} as we have seen on page~\pageref{longueur.liaison}. Once this parameter is set, the length of a bond depends on the content of atoms and, to a lesser extent, the angle the bond makes with the horizontal. It should be obvious that two ``slimmer'' atoms will have larger edge separations than two which are larger. This can be seen easily in the following example where an ``I'' atom is narrower than an ``M'' atom, which means that the bond between the ``I'' atoms is longer than that between the ``M'' atoms: \exemple{Influence of the size of atoms}|\chemfig{I-I}\par \chemfig{M-M}| @@ -600,12 +613,12 @@ This aspect of the size of atoms becomes particularly acute when the atom involv It is important to note that the exponent \verb+-+ is \emph{put inside braces}. If this were not done, \CF would stop the atom on this character, which is a bond character. The atom would then be ``\verb-B^-'', which would lead to unexpected results. We see in the example above that is it sometimes necessary to increase (or perhaps reduce) the interatomic distance associated with a bond. For this, the optional argument to bonds is actually made up of several comma-separated fields. As we have seen, the first field specifies the angle. -The second field, if it is not empty, is a coefficient which multiplies the default interatomic distance $\Delta$. Thus, writing \verb+-[,2]+ asks that this bond have the default angle (first field is empty) and that the atoms it connects be separated by twice the default distance. +The second field, if it is not empty, is a coefficient which multiplies the default interatomic distance $\Delta$. Thus, writing \verb+-[,2]+ asks that this bond have the default angle (first field is empty) and that the atoms it connects be separated by twice the default distance\idx*{bond!length}. \exemple{Modified bond length}/\chemfig{A^{++}_{2}-[,2]B^{-}_3}\par \chemfig{A-B-[,2]C=[,0.5]D}\par \chemfig{-=[,1.5]-[,0.75]=[:-20,2]}/ -We can change the size of molecules by altering the font size or the argument of \verb-\setatomsep-, possibly on both \footnote{You can also use the second optional argument of \texttt{\string\chemfig}, see page~\pageref{arguments.optionnels}.}, being careful to confine these changes within a group if we want to limit the scope: +We can change the \idx{size of molecules} by altering the font size or the argument of \idx{\setatomsep}, possibly on both \footnote{You can also use the second optional argument of \texttt{\string\chemfig}, see page~\pageref{arguments.optionnels}.}, being careful to confine these changes within a group if we want to limit the scope: \exemple{How to modify the size of molecule}/\normalsize \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par \setatomsep{2.5em}\chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par \small \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par @@ -614,7 +627,7 @@ We can change the size of molecules by altering the font size or the argument of \tiny \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}/ \section{Departure and arrival atoms} -A group of atoms can contain several atoms. Suppose we want to connect the group ``ABCD'' to the group ``EFG'' with a bond. \CF calculates which atom of the first group and which of the second group are to be connected by looking at the angle of bond relative to the horizontal. If the angle is between (but not including) $-90\degres$ and 90\degres{} (modulo 360\degres) then the bond is made between the last atom of the first group and the first atom of the second group. In all other cases, the bond is made between the first atom of the first group and the last atom of the second group. +\idx*{bond!departure and arrival atoms}A group of atoms can contain several atoms. Suppose we want to connect the group ``ABCD'' to the group ``EFG'' with a bond. \CF calculates which atom of the first group and which of the second group are to be connected by looking at the angle of bond relative to the horizontal. If the angle is between (but not including) $-90\degres$ and 90\degres{} (modulo 360\degres) then the bond is made between the last atom of the first group and the first atom of the second group. In all other cases, the bond is made between the first atom of the first group and the last atom of the second group. Here are some examples where the bond is in the interval $(-90,90)$, and where the bond is made between D and E: \exemple{Default atom connections}|\chemfig{ABCD-[:75]EFG}\quad @@ -636,11 +649,11 @@ where \verb-<integer 1>- and \verb-<integer 2>- are the numbers of the desired d \chemfig{ABCD-[:75,,3,2]EFG}| \section{Customization of bonds} -There is a fifth and last optional argument for bonds which is found after the fourth comma: +\idx*{bond!customization}There is a fifth and last optional argument for bonds which is found after the fourth comma: \centerverb/[,,,,<tikz code>]/ \smallskip -This \verb-<tikz code>- is passed directly to \TIKZ when the bond is drawn. There one can put characteristics such as colour (\verb-red-), dash type (\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-), thickness (\verb-line width=2pt-), or even decoration if the \TIKZ decoration library has been loaded. A bond can be made invisible by writing ``\verb-draw=none-''. To set several attributes, the syntax of \TIKZ is used, separating them by a comma: +\idx*{tikz}This \verb-<tikz code>- is passed directly to \TIKZ when the bond is drawn. There one can put characteristics such as colour (\verb-red-), dash type (\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-), thickness (\verb-line width=2pt-), or even decoration if the \TIKZ decoration library has been loaded. A bond can be made invisible by writing ``\verb-draw=none-''\idx*{bond!invisible}. To set several attributes, the syntax of \TIKZ is used, separating them by a comma: \exemple{Passing tikz code}|\chemfig{A-[,,,,red]B}\par \chemfig{A-[,,,,dash pattern=on 2pt off 2pt]B}\par \chemfig{A-[,,,,line width=2pt]B}\par @@ -652,7 +665,7 @@ Numerous \TIKZ decoration libraries are available. For example, one can use the Cram bonds ignore thickness and dash settings. \section{Default values} -At the beginning of each molecule, the default values for the optional arguments are initialized. They are: +\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}}At the beginning of each molecule, the default values for the optional arguments are initialized. They are: \begin{itemize} \item 0\degres{} for the bond angle; \item 1 for the length multiplication coefficient; @@ -668,9 +681,9 @@ Thus, if the code of a molecule begins with \verb-[:20,1.5]-, then all the bonds \exemple{Overriding default values}|\chemfig{[:20,1.5]A-B-C-[:-80,0.7]D-E-F}| If something odd like \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]- is written, then unless otherwise indicated all the bonds will have an angle of 45\degres{}, the interatomic distances will be 1.5 times the default distance, the bonds will begin and end on the second atom of each group, and the bonds will be red and thick: -\exemple{Default values}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}| +\exemple{Default values}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}|\idx*{bond!optional argument|)} -\section{Branches} +\section{Branches}\idx*{branched molecule} \subsection{Principle} Up to now, all the molecules have been linear, which is rare. A sub-molecule can be attached to an atom by following the atom with \verb-<code>- in parentheses. This \verb-<code>- is the code of the submolecule which will be attached to the atom. @@ -706,7 +719,7 @@ Because we used only relative angles, we can rotate this molecule by giving a de \exemple[70]{Rotation of a molecule}|\chemfig{[:75]R-C(=[::+60]O)-[::-60]O-[::-60]C(=[::+60]O)-[::-60]R}| \section{Connecting distant atoms} -We have seen how to connect atoms \emph{which are adjacent in the code}. It is often necessary to connect atoms which are not next to each other in the code. Let's call these particular bonds ``distant bonds''. +\idx*{bond!distant atoms}We have seen how to connect atoms \emph{which are adjacent in the code}. It is often necessary to connect atoms which are not next to each other in the code. Let's call these particular bonds ``distant bonds''. Let's take this molecule: \exemple{Branched structure}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[7]Y-Z)-C}| @@ -741,7 +754,7 @@ Several different hooks can be written after an atom. Suppose that in this unfin Then we must do this: \exemple{Multiple distant bonds}|\chemfig{A?[a]-[:-72]B-C?[a]?[b]-[:72]D-[:144]E?[a]?[b]}| -\section{Rings} +\section{Rings}\idx*{ring|(} The preceding example shows how to draw a regular polygon, but the method used is tedious because the angles depend on the number of sides of the polygon. \subsection{Syntax} @@ -757,12 +770,12 @@ Here is a 5-ring, attached to the atom ``\verb/A/'': A ring can also be drawn with one, several, or all the groups of atoms empty, as is the case for diagrams outside rings: \exemple{5-ring with empty groups}|\chemfig{*5(-=--=)}| -A ring can be incomplete: +A ring can be incomplete\idx*{ring!unfinished}: \exemple{Incomplete 5-ring}|\chemfig{*5(-B=C-D)}| If a ring has a code which contains too many bonds and atom groups for the given number of vertices, all the bonds and groups over the maximum allowed are ignored: \exemple{Truncated 5-ring}|\chemfig{A*5(-B=C-D-E=F-G=H-I)}| -It is possible to draw a circle or an arc in the inside of a ring. To do so, the following syntax is used: +It is possible to draw a circle or an arc in the inside of a ring\idx*{ring!inside arc}. To do so, the following syntax is used: \centerverb/<atom>**[<angle 1>,<angle 2>,<tikz>]<n>(<code>)/ \smallskip @@ -778,7 +791,7 @@ where each field of the optional argument takes its default value if it is empty \subsection{Angular position} \subsubsection{At the start} -As can be seen in the examples above, the rule is that the attachment atom ``\verb/A/'' is always at the south-west of the ring. Furthermore, the ring is always constructed counterclockwise, and the last bond descends vertically onto the attachment atom: +\idx*{ring!angular position}As can be seen in the examples above, the rule is that the attachment atom ``\verb/A/'' is always at the south-west of the ring. Furthermore, the ring is always constructed counterclockwise, and the last bond descends vertically onto the attachment atom: \exemple{Angular position of rings}|\chemfig{A*4(-B-C-D-)}\qquad\chemfig{A*6(------)}| If this angular position is not convenient, it is possible to specify another angle using the optional argument at the beginning of the molecule. Here is a 6-cycle which has been rotated by $+30\degres$, by $-30\degres$, and lastly by $+60\degres$: @@ -797,7 +810,7 @@ The rule remains valid, whatever the angle of the preceding bond: \chemfig{A=[:-30]*6(=-=-=-)}| \subsection{Branches on a ring} -To have branches attached to the vertices of a ring, we use the syntax we have already seen: +\idx*{ring!branch}To have branches attached to the vertices of a ring, we use the syntax we have already seen: \centerverb/<atom>(<code>)/ \smallskip @@ -818,7 +831,7 @@ We can now connect together rings with bonds: \exemple{Connected rings}|\chemfig{*6(--(-*5(----(-*4(----))-))----)}| \subsection{Nested rings} -To ``glue'' two rings together, the syntax is only slightly different: the vertex is specified where the other ring is going to start. Simply follow this vertex by the usual syntax for a ring. Here for example is a 5-ring which is attached to the second vertex of a 6-ring: +\idx*{ring!nested}To ``glue'' two rings together, the syntax is only slightly different: the vertex is specified where the other ring is going to start. Simply follow this vertex by the usual syntax for a ring. Here for example is a 5-ring which is attached to the second vertex of a 6-ring: \exemple{Nested rings}|\chemfig{A*6(-B*5(----)=-=-=)}| Note that the ring which is going to be attached to the main ring has an angular position such that two of the rings' sides coincide. In addition, the 5-ring has only four bonds ``\verb/----/''. In effect, the fifth will be useless because it is the second side of the 6-ring, which has already been drawn. @@ -839,22 +852,22 @@ We could also use a \verb-\phantom{E}- at the last vertex of the 5-ring: Some care must be taken with rings when one or more vertices are made up of groups of atoms: \exemple{Ring and groups of atoms}|\chemfig{AB*5(-CDE-F-GH-I-)}| -In order for the ring to have a regular shape, it is necessary to override the \CF mechanism which automatically calculates the departure and arrival atoms of bonds. Here, \verb/C-F/ and \verb/F-G/ must be connected by using the optional argument of these bonds: -\exemple{Forced departure and arrival atoms}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}| +In order for the ring to have a regular shape, it is necessary to override the \CF mechanism which automatically calculates the departure and arrival atoms of bonds\idx*{bond!departure and arrival atoms}. Here, \verb/C-F/ and \verb/F-G/ must be connected by using the optional argument\idx*{bond!optional argument} of these bonds: +\exemple{Forced departure and arrival atoms}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|\idx*{ring|)} -\section{Representing electron movements}\label{mecanismes-reactionnels} -\nouveau Starting with \CF version 0.3, we can represent the movement of electrons in mesomeric effects or reaction mechanisms. This is done by marking the departure and arrival points of the electron movement arrow using the syntax ``\verb-@{<argument>}-''. This syntax allows a \TIKZ node to be placed and makes this node accessible outside the argument of the \verb-\chemfig- command thanks to the ``\texttt{remember picture}'' option which is passed to all the ``tikzpicture'' environments. It is assumed that the viewer supports ``picture remembering'' and that the compilation is done twice. +\section{Representing electron movements}\label{mecanismes-reactionnels}\idx*{electron movements|(} +Starting with \CF version 0.3, we can represent the movement of electrons in mesomeric effects or reaction mechanisms. This is done by marking the departure and arrival points of the electron movement arrow using the syntax ``\verb-@{<argument>}-''\idx*{"@}. This syntax allows a \TIKZ node to be placed and makes this node accessible outside the argument of the \verb-\chemfig- command thanks to the ``\texttt{remember picture}'' option which is passed to all the ``\idx{tikzpicture}'' environments. It is assumed that the viewer supports ``\idx{picture remembering}'' and that the compilation is done twice. Two types of diagrams can arise, so we can ask for: \begin{itemize} \item a zero size node on a bond using the syntax ``\verb-@{<name>,<coeff>}-'' placed at the beginning of the optional argument of the relevant bond, without being followed by a comma if there is a first optional argument. In this case, the node takes the name ``\verb-<name>-'' and the \verb-<coeff>-, which must be between 0 and 1, determines where the node is located on the bond. If ``\verb-@{<name>}-'' is used, the \verb-<coeff>- is set to 0.5 by default, which means that the node is placed halfway along the bond; \item a node on an atom using the syntax ``\verb-@{<name>}-'' immediately before the relevant atom. In this case, the node has exactly the same footprint as the atom, but may be empty and therefore have zero dimensions. \end{itemize} -Once the \verb-\chemfig- command has drawn the molecule(s) and has placed the nodes with the syntax described above, we can connect these nodes to each other with \TIKZ instructions. These instructions are placed in the argument of the command \verb-\chemmove-\footnote{Actually, the \texttt{\string\chemmove} command puts its argument in a ``tikzpicture'' environment with the options ``\texttt{remember picture, overlay}''.} and has the following syntax if (for example) we need to connect a node named ``\verb-<name1>-'' to the node named ``\verb-<name2>-'': +Once the \idx{\chemfig} command has drawn the molecule(s) and has placed the nodes with the syntax described above, we can connect these nodes to each other with \TIKZ instructions. These instructions are placed in the argument of the command \verb-\chemmove-\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|(}\footnote{Actually, the \texttt{\string\chemmove} command puts its argument in a ``\idx{tikzpicture}'' environment with the options ``\texttt{remember picture, overlay}''.} and has the following syntax if (for example) we need to connect a node named ``\verb-<name1>-'' to the node named ``\verb-<name2>-'': \centerverb|\chemmove[<opt>]{\draw[<tikz opt>](<name1>)<tikz link>(<name2>);}| \smallskip -The optional argument \verb-<opt>- of the \verb-\chemmove- command will be added to the argument of the tikzpicture environment in which the links between the nodes will be drawn. The \verb-<tikz opt>- and \verb-<tikz link>- instructions are describe in detail in the documentation of the \TIKZ package. +The optional argument \verb-<opt>- of the \verb-\chemmove- command will be added to the argument of the \idx{tikzpicture} environment in which the links between the nodes will be drawn. The \verb-<tikz opt>- and \verb-<tikz link>- instructions are describe in detail in the documentation of the \TIKZ package. \subsection{Mesomeric effects} To make these concepts concrete, let's take the example of a mesomeric effect involving a double bond and non-bonding lone pair conjugate. Let's begin with the possible delocalization of electrons from the double bond. We will place a node named ``db'' (double bond) in the middle of the double bond and a node named ``a1'' on the end of the double bond. @@ -871,7 +884,7 @@ To link the nodes ``db'' and ``a1'' we have used the following syntax: \centerverb|\chemmove{\draw[->](db)..controls +(80:8mm) and +(145:8mm)..(a1);}| \medskip -In this example we ask for an arrow (\verb/[->]/) and we use two control points\footnote{To find all the ways of connecting two nodes with \TIKZ, read the documentation for that package.}. These will be located using polar coordinates at 80\degres{} and 8~mm from ``db'' for the first and at 145\degres{} and 8~mm from ``a1'' for the second. Though this syntax may seem complicated at first reading, one need not be alarmed because its use will usually be a matter of copying and pasting. Only the names and coordinates of the control points need be changed, as can be verified from the example below, where an arrow has been added from the lone pair (node ``dnl'' to the single bond (node ``sb''). +In this example we ask for an arrow (\verb/[->]/) and we use two \idx{control points}\footnote{To find all the ways of connecting two nodes with \TIKZ, read the documentation for that package.}. These will be located using polar coordinates at 80\degres{} and 8~mm from ``db'' for the first and at 145\degres{} and 8~mm from ``a1'' for the second. Though this syntax may seem complicated at first reading, one need not be alarmed because its use will usually be a matter of copying and pasting. Only the names and coordinates of the control points need be changed, as can be verified from the example below, where an arrow has been added from the lone pair (node ``dnl'' to the single bond (node ``sb''). \exemple{Mesomeric effect 2}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} \chemrel{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] @@ -880,7 +893,7 @@ In this example we ask for an arrow (\verb/[->]/) and we use two control points\ \draw[->](db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1); \draw[->](dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/ -For our new arrow we have set the control points as follows: 4~mm at an angle of 90\degres{} from ``dnl'' and 4~mm at an angle of 45\degres{} from ``sb''. But we are not completely satisfied, since we would like the arrow not to touch the line segment representing the lone pair. To do this we will add some options to our arrow. +For our new arrow we have set the \idx{control points} as follows: 4~mm at an angle of 90\degres{} from ``dnl'' and 4~mm at an angle of 45\degres{} from ``sb''. But we are not completely satisfied, since we would like the arrow not to touch the line segment representing the lone pair. To do this we will add some options to our arrow. \exemple{Mesomeric effect 3}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} \chemrel{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] @@ -918,7 +931,7 @@ Note that the tail of the arrow does not leave correctly from our electrons; it \chemmove{\draw[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt] (x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/ -In some cases it will be easier to use Cartesian coordinated for the control points. Here we use just one control point placed 1~cm to the right of and 1.5~cm above ``x1'': +In some cases it will be easier to use Cartesian coordinated for the \idx{control points}. Here we use just one control point placed 1~cm to the right of and 1.5~cm above ``x1'': \exemple{A single control point}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}} \hspace{2cm} \chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}} @@ -928,7 +941,7 @@ In some cases it will be easier to use Cartesian coordinated for the control poi All the graphics drawn by means of the command \verb|\chemmove| are superimposed and will not be included in the bounding boxes. We can see this in the preceding example. \subsection{Reaction mechanisms} -Thanks to the option \verb|remenber picture| which is passed to all the ``tikzpicture'' environments we can easily draw arrows indicating reaction mechanisms. Let's take for example the first step of the esterification reaction. +Thanks to the option \verb|remenber picture| which is passed to all the ``tikzpicture'' environments we can easily draw arrows indicating reaction mechanisms. Let's take for example the first step of the esterification reaction\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}. \exemple{Esterification: step 1}/\setatomsep{7mm} \setchemrel{}{}{5mm} \chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H} @@ -936,10 +949,10 @@ Thanks to the option \verb|remenber picture| which is passed to all the ``tikzpi \chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O} \chemrel[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]{<>} \chemmove[->,shorten <=2pt]{ - \draw[shorten >=2pt](dnl).. controls +(90:1cm) and +(north:1cm).. (atoc); - \draw[shorten >=6pt](db).. controls +(north:5mm) and +(100:1cm).. (atoh);}/ + \draw[shorten >=2pt](dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc); + \draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/ -The use of the \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| command does not change the dimensions of the bounding box of \verb|<code>|. For this reason we can run into some difficulty in pointing to the symbol representing the charge carried ($\oplus$ or $\ominus$). In the example above the solution is to create a control point with an angle of 110\degres{} at 1~cm from ``atoh'' and to shorten the arrow by 6pt. In the following example, the second step of the esterification reaction, we can see that the arrow can take more complicated forms without complicating the code. +The use of the \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}|\idx*{\chemabove} command does not change the dimensions of the \idx{bounding box} of \verb|<code>|. For this reason we can run into some difficulty in pointing to the symbol representing the charge carried ($\oplus$ or $\ominus$). In the example above the solution is to create a control point\idx*{control points} with an angle of 110\degres{} at 1~cm from ``atoh'' and to shorten the arrow by 6pt. In the following example, the second step of the esterification reaction, we can see that the arrow can take more complicated forms without complicating the code. \exemple{Esterification: step 2}/\setatomsep{7mm} \setchemrel{}{}{5mm} \chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm} @@ -948,16 +961,16 @@ The use of the \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| command does not change the \draw[->,shorten <=2pt, shorten >=7pt] (dnl).. controls +(south:1cm) and +(north:1.5cm).. (atoh);}/ -The rest is left as an exercise to the reader\dots. +The rest is left as an exercise to the reader\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|)}\idx*{electron movements|)}\dots. \section{Writing a name under a molecule}\label{chemname} -For convenience, \CF can write the name of a molecule underneath it with the command +For convenience, \CF can write the name of a molecule underneath it with the command\idx*\chemname \centerverb/\chemname[<dim>]{\chemfig{<code of the molecule>}}{<name>}/ \smallskip -The \verb-<dim>-, which is 1.5ex by default, will be inserted between the baseline of the molecule and the top of the letters of the \verb-<name>-. The \verb-<name>- will be centred relative to the molecule, but the \verb-<name>- may not contain multiple paragraphs. As we see in this example: \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries The water molecule: $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, the \verb-<name>- which is displayed under the molecule is taken into account only for the vertical size of the bounding box. The horizontal size of \verb-<name>- is always zero. +The \verb-<dim>-, which is 1.5ex by default, will be inserted between the \idx{baseline} of the molecule and the top of the letters of the \verb-<name>-. The \verb-<name>- will be centred relative to the molecule, but the \verb-<name>- may not contain multiple paragraphs. As we see in this example: \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries The water molecule: $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, the \verb-<name>- which is displayed under the molecule is taken into account only for the vertical size of the bounding box. The horizontal size of \verb-<name>- is always zero. -Here is a reaction with the names under the molecules: +Here is a reaction with the names under the molecules\idx*{chemical reaction}: \exemple*{Displaying names of molecules}/ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid} \chemsign{+} @@ -977,13 +990,13 @@ There are some limitations to this command. Suppose we switch the acid and the a \chemsign{+} \chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}/ -In fact, to draw the \verb-<name>- the command \verb-\chemname- inserts 1.5ex${}+{}$\emph{the largest of the depths\footnote{In \TeX{} terms, the depth is the dimension which extends vertically below the baseline.} of the molecules thus far} below the baseline of each molecule (light grey for the examples in this manual). The macro \verb-\chemnameinit{<stuff>}- initializes this largest depth with the \verb-<stuff>-. Therefore one should: +In fact, to draw the \verb-<name>- the command \idx{\chemname} inserts 1.5ex${}+{}$\emph{the largest of the depths\footnote{In \TeX{} terms, the depth is the dimension which extends vertically below the baseline.} of the molecules thus far} below the baseline of each molecule (light grey for the examples in this manual). The command \idx{\chenameinit}\verb-{<stuff>}- initializes this largest depth with the \verb-<stuff>-. Therefore one should: \begin{itemize} \item write \verb-\chemnameinit{<deepest molecule>}- before using the \verb-\chemname- command in a reaction, unless the reaction begins with the deepest molecule; \item write \verb-\chemnameinit{}- after having written all the names in a chemical reaction lest the greatest depth in this reaction interfere with a future reaction. \end{itemize} -Thus the correct code uses \verb-\chemnameinit- before and after the reaction: +Thus the correct code uses \idx{\chemnameinit} before and after the reaction: \exemple*{Name alignment 2}/ \chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}} \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol} @@ -995,7 +1008,7 @@ Thus the correct code uses \verb-\chemnameinit- before and after the reaction: \chemname{\chemfig{H_2O}}{Water} \chemnameinit{}/ -Finally, to write a name on multiple lines, the command \verb-\\- encountered in a \verb-<name>- causes a line break\footnote{Conversely, the command \texttt{\textbackslash par} is forbidden and causes a compilation error.}: +Finally, to write a name on multiple lines, the command \verb-\\-\idx*{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}@\protect\texttt{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}}} encountered in a \verb-<name>- causes a line break\footnote{Conversely, the command \texttt{\textbackslash par} is forbidden and causes a compilation error.}: \exemple*{Name on 2 lines}/ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic\\acid} \chemsign{+} @@ -1009,13 +1022,13 @@ Finally, to write a name on multiple lines, the command \verb-\\- encountered in \part{Advanced usage}\label{utilisation.avancee} \section{Separating atoms}\label{decoupage.atomes} -\nouveau The atom separating mechanism described previously extends each atom until the next capital letter or one of the characters {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}} +The \idx{separating atom mechanism} described previously extends each atom until the next capital letter or one of the characters {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}} In certain cases this automatic separation produces incorrect atoms which can translate into an imperfect diagram. Consider this example molecule, noting that the ``\texttt('' character is placed between braces so that \CF doesn't incorrectly create a branch: \exemple*{Alkene}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}/ -We find that the bond which arrives at the carbon atom in the upper right is too short. This happens because, if we apply the \CF rules for separating atoms to the upper right group, the atoms are split in this way: ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. We now realize that the first atom contains a parenthesis and thus has too great a depth in math mode; we can see this by making the bounding boxes visible: +We find that the bond which arrives at the carbon atom in the upper right is too short. This happens because, if we apply the \CF rules for separating atoms\idx*{separating atom mechanism} to the upper right group, the atoms are split in this way: ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. We now realize that the first atom contains a parenthesis and thus has too great a depth in math mode; we can see this by making the bounding boxes visible: \begin{center} \fboxsep=0pt \renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}% @@ -1026,11 +1039,13 @@ The character ``|'' forces splitting of the atom when it is encountered. Thus we \exemple*{Alkene}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C|{(CH_3)_3}}/ \section{Displaying atoms}\label{perso.affichage} -Once a molecule has been split into atoms, the macro \verb-\printatom- is called internally by \CF in order to display each atom. Its sole argument is the code of the atom to be displayed (e.g. ``\verb-H_3-''). By default, this macro enters math mode and displays its argument with the math font family ``rm''. It is defined by the following code: - -\hfill\verb-\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}-\hfill\null +Once a molecule has been split into atoms, the macro \idx{\printatom} is called internally by \CF in order to display each atom. Its sole argument is the code of the atom to be displayed (e.g. ``\verb-H_3-''). By default, this macro enters \idx{math mode} and displays its argument with the math font family ``rm''. It is defined by the following code: +\begin{itemize} + \item \verb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}|\qquad when compiling with \LaTeX{}\idx*{Latex@\protect\LaTeX} + \item \verb|\def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}|\qquad when compiling with $\varepsilon$\TeX{}\idx*{etex@$\protect\varepsilon$\protect\TeX} ou Con\TeX tX\idx*{ConTeXt@Con\protect\TeX{}t}. +\end{itemize} -One can modify the code of this macro to customize how atoms are displayed. In the following example, we redefine \verb-\printatom- so that each atom will be enclosed in a rectangular box: +One can modify the code of this macro to customize how atoms are displayed. In the following example, we redefine \idx{\printatom} so that each atom will be enclosed in a rectangular box: \exemple{Redefinition of \string\printatom}/\fboxsep=1pt \renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} \chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/ @@ -1040,18 +1055,18 @@ Here is how to redefine it to use the ``sf'' font family of math mode: \chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/ \section{Optional arguments}\label{arguments.optionnels} -\nouveau The \verb-\chemfig- command takes two optional arguments; their syntax is as follows: +The \idx{\chemfig} command takes two optional arguments\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments}; their syntax is as follows: \centerverb|\chemfig[<opt1>][<opt2>]{<molecule code>}| \smallskip -The first optional argument \verb-<opt1>- contains \TIKZ instructions which will be passed to the tikzpicture environment in which the molecule is drawn. The second optional argument \verb-<opt2>- contains \TIKZ instructions which will be executed when each node\footnote{These instructions are added to the end of the argument of \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. This argument contains by default the following instructions: ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.} is drawn. +The first optional argument \verb-<opt1>- contains \TIKZ instructions which will be passed to the \idx{tikzpicture} environment in which the molecule is drawn. The second optional argument \verb-<opt2>- contains \TIKZ instructions which will be executed when each node\footnote{These instructions are added to the end of the argument of \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. This argument contains by default the following instructions: ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.} is drawn. With the use of the first optional argument one can, for example, choose the global colour or thickness of lines: \exemple{Style choice}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip \chemfig[line width=1.5pt]{A-B-[2]C}\par\medskip \chemfig[red]{A-B-[2]C}/ -With the second optional argument, one can choose the colour of nodes drawn by \TIKZ, change the angle of the drawing or its scale: +With the second optional argument, one can choose the colour of nodes drawn by \TIKZ, change the angle of the drawing or its scale\idx*{size of molecules}: \exemple{Style choices}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip \chemfig[][red]{A-B-[2]C}\par\medskip \chemfig[dash pattern=on 1pt off 2pt][red]{A-B-[2]C}\par\medskip @@ -1059,18 +1074,18 @@ With the second optional argument, one can choose the colour of nodes drawn by \ \chemfig[][scale=0.5]{A-B-[2]C}/ \section{Vertical alignment}\label{alignement.vertical} -In some cases with condensed structural diagram of molecules having horizontal bonds, the placement of groups of atoms is incorrect. +\idx*{vertical alignment}In some cases with condensed structural diagram of molecules having horizontal bonds, the placement of groups of atoms is incorrect. -Careful study of the following example shows that the groups of atoms are not correctly aligned on the baseline: +Careful study of the following example shows that the groups of atoms are not correctly aligned on the \idx{baseline}: \exemple*{Vertical placement}/\Huge\setatomsep{2em} \chemfig{A^1-B-C-D}\qquad \chemfig{E_1-F-G-H}/ Surprisingly, the second atom is correctly aligned while the last two undergo a vertical shift which seems to be the results of the different height of the bounding box of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1''-. -In order to understand this phenomenon, we need to consider how \CF places groups of atoms relative to each other. Let us limit ourselves to the case of horizontal bonds in order to simplify terminology, although the algorithm is the same for other bonds. A horizontal bond leaves from the middle of the right side of the bounding box of the departure atom of this bond. The arrival atom is positioned in such a way that the middle of the left side of its bounding box is at the end of the bond. It follows that the vertical placement of the arrival atom depends on the height of the departure atom. To limit this phenomenon, \CF adds to each arrival atom the \verb-\vphantom- of the departure atom, but does not include it in the contents of the arrival atom; this \verb-\vphantom- is not intended to affect the following atoms. The atoms remaining in each group are aligned so that their baseline coincides with the baseline of the preceding atom. +In order to understand this phenomenon, we need to consider how \CF places groups of atoms relative to each other. Let us limit ourselves to the case of horizontal bonds in order to simplify terminology, although the algorithm is the same for other bonds. A horizontal bond leaves from the middle of the right side of the bounding box of the departure atom of this bond. The arrival atom is positioned in such a way that the middle of the left side of its bounding box is at the end of the bond. It follows that the vertical placement of the arrival atom depends on the height of the departure atom. To limit this phenomenon, \CF adds to each arrival atom the \idx{\vphantom} of the departure atom, but does not include it in the contents of the arrival atom; this \idx{\vphantom} is not intended to affect the following atoms. The atoms remaining in each group are aligned so that their baseline coincides with the baseline of the preceding atom. -The defective alignment can thus be explained. The atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' are aligned correctly as they reflect the height of the atoms before them because of their \verb-\vphantom-. For the atoms ``\verb-C-'' and ``\verb-F-'', the heights of the immediately preceding atoms are taken into account, but those of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1-'' are ignored! It follows that these atoms are a little too high or too low, depending on the height of these bonds. +The defective alignment can thus be explained. The atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' are aligned correctly as they reflect the height of the atoms before them because of their \idx{\vphantom}. For the atoms ``\verb-C-'' and ``\verb-F-'', the heights of the immediately preceding atoms are taken into account, but those of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1-'' are ignored! It follows that these atoms are a little too high or too low, depending on the height of these bonds. We can show this by making visible the bounding boxes of the atoms; one sees clearly that the atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' have bounding boxes that reflect the heights of the immediately preceding atoms: \exemple*{Vertical placement and bounding boxes}/\Huge\setatomsep{2em} @@ -1079,12 +1094,12 @@ We can show this by making visible the bounding boxes of the atoms; one sees cle \chemfig{A^1-B-C-D}\qquad \chemfig{E_1-F-G-H}/ -Since there is no satisfactory manual solution, this problem can be worked around manually by putting \emph{inside} the third atom a \verb-\vphantom- having the same height as the first, so that the height affects the following atoms: +Since there is no satisfactory manual solution, this problem can be worked around manually by putting \emph{inside} the third atom a \idx{\vphantom} having the same height as the first, so that the height affects the following atoms: \exemple*{Vertical placement workaround}/\Huge\setatomsep{2em} \chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad \chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/ -\nouveau \label{chemskipalign}For any group of atoms it is possible to temporarily deactivate the alignment adjustment mechanism and thus neutralize the \verb-\vphantom-. Simply place the \verb-\chemskipalign- command in the group of atoms; the alignment will resume in the following group of atoms as if the group of atoms containing \verb-\chemskipalign- had never existed. The following example shows the effects of this instruction: the reference point of the box containing the first atom is placed at the level of the bond which arrives from the left. The bounding boxes of the atoms are drawn in the second line. +\label{chemskipalign}For any group of atoms it is possible to temporarily deactivate the alignment adjustment mechanism and thus neutralize the \idx{\vphantom}. Simply place the \idx{\chemskipalign} command in the group of atoms; the alignment will resume in the following group of atoms as if the group of atoms containing \idx{\chemskipalign} had never existed. The following example shows the effects of this instruction: the reference point of the box containing the first atom is placed at the level of the bond which arrives from the left. The bounding boxes of the atoms are drawn in the second line. \exemple[60]{Deactivation of the alignment mechanism}/\large \chemfig{A-.-B}\quad @@ -1094,7 +1109,7 @@ Since there is no satisfactory manual solution, this problem can be worked aroun \chemfig{A-.-B}\quad \chemfig{A-\chemskipalign.-B}/ -This command is to be used with caution lest the alignment of atoms in the next group be disrupted. In general, all will be well if the group of atoms featuring \verb-\chemskipalign- contains \emph{a single atom} whose height and depth are \emph{less} than those of the preceding and following atoms, and if the preceding and following atoms have identical heights and depths. Here is an example of the mess that results when the group of atoms contains two atoms, here ``\verb-\chemskipalign.-'' and ``\verb-B-'': +This command is to be used with caution lest the alignment of atoms in the next group be disrupted. In general, all will be well if the group of atoms featuring \idx{\chemskipalign} contains \emph{a single atom} whose height and depth are \emph{less} than those of the preceding and following atoms, and if the preceding and following atoms have identical heights and depths. Here is an example of the mess that results when the group of atoms contains two atoms, here ``\verb-\chemskipalign.-'' and ``\verb-B-'': \exemple{Consequence of the \string\chemskipalign command}/\large \fboxsep=0pt \renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} @@ -1107,7 +1122,7 @@ This feature can sometimes be useful. Suppose we want to draw the following mole \def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}% \chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}% \end{center} -We can define commands which will draw the empty and full disks with \TIKZ. To ensure that these disks are at the right height, namely the height of the bond arriving at them, we will use the command \verb-\chemskipalign-. In the second line below the bonds are ``stuck'' to the disks by using the ability to change the bond shortening with the ``\verb-#-'' character, a feature seen on page~\pageref{modif.retrait}. +We can define commands which will draw the empty and full disks with \TIKZ. To ensure that these disks are at the right height, namely the height of the bond arriving at them, we will use the command \idx{\chemskipalign}. In the second line below the bonds are ``stuck'' to the disks by using the ability to change the bond shortening with the ``\verb-#-''\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}} character, a feature seen on page~\pageref{modif.retrait}. \begingroup\catcode`;12 \catcode`#12 \exemple{Use of \string\chemskipalign\ and #}/ \begingroup @@ -1118,7 +1133,7 @@ We can define commands which will draw the empty and full disks with \TIKZ. To e \endgroup/\endgroup \section{Shifted double bonds} -All double bonds are made up of two line segments, and these segments are drawn on either side of the imaginary line along which a single bond would be drawn. It is possible to shift a double bond so that one of the line segments lies on the imaginary line. The other segment is then shifted above or below the bond. Actually, it is more correct to say ``left'' or ``right'' of the imaginary line, as the bond is traversed in the direction of drawing. +\idx*{bond!shifted}All double bonds are made up of two line segments, and these segments are drawn on either side of the imaginary line along which a single bond would be drawn. It is possible to shift a double bond so that one of the line segments lies on the imaginary line. The other segment is then shifted above or below the bond. Actually, it is more correct to say ``left'' or ``right'' of the imaginary line, as the bond is traversed in the direction of drawing. To shift the bond to the left, write ``\verb-=^-'' and to shift it to the right, write ``\verb-=_-'': \exemple{Shifted double bonds}/\chemfig{A-=-B}\par @@ -1135,7 +1150,7 @@ Shifted bonds are particularly useful in drawing skeleton diagrams of molecules \chemfig{-[:30]=_[:-30]-[:30]=_[:-30]-[:30]}/ \section{Delocalized double bonds} -It is sometimes necessary to draw a double bond so that one line segment is dashed while the other is solid\footnote{Thanks to Andreas \textsc{Bröermann} who suggested this feature and who gave me the solution to this problem.}. This feature is not hard-coded into \CF; instead \TIKZ, its ``decorations'' library and its programmable styles make it possible. +\idx*{bond!delocalized}It is sometimes necessary to draw a double bond so that one line segment is dashed while the other is solid\footnote{Thanks to Andreas \textsc{Bröermann} who suggested this feature and who gave me the solution to this problem.}. This feature is not hard-coded into \CF; instead \TIKZ, its ``decorations'' library and its programmable styles make it possible. First of all, after having loaded the ``decorations'' library by putting \verb-\usetikzlibrary{decorations}- in the preamble, a decoration named ``ddbond'' (for Dashed Double Bond) is defined (lines 1 to 14) and then two \TIKZ styles called ``lddbond'' and ``rddbond'' (lines 15 and 16). For the former, the dashed line segment is on the left of the solid middle segment; for the latter it is on the right. These styles can be called with the fifth optional argument of bonds: \exemple*{Custom decorations}|\pgfdeclaredecoration{ddbond}{initial} @@ -1158,20 +1173,20 @@ First of all, after having loaded the ``decorations'' library by putting \verb-\ \chemfig{[:-30]R-C-[::60]C(-[::60,,,,rddbond]O)-[,,,,lddbond]N(-[::-60]H)-[::60]C-R}| \section{Saving a sub-molecule}\label{definesubmol} -\CF is capable of saving a \verb-<code>- as an alias for reuse in a more compact form in the code of a molecule. This is particularly useful when the \verb-<code>- appears several times. +\idx*{save a molecule}\CF is capable of saving a \verb-<code>- as an alias for reuse in a more compact form in the code of a molecule. This is particularly useful when the \verb-<code>- appears several times. -To do this, one gives the command +To do this, one gives the command\idx*{\definesubmol} \centerverb|\definesubmol{<name>}{<code>}| \smallskip which saves the \verb/<code>/ for recall in the code of the molecule via the shortcut ``\verb/!{name}/''. This \verb-<name>- can be: \begin{itemize} \item a sequence of characters: all the alphanumeric characters able to be between \texttt{\string\csname} and \texttt{\string\endcsname} are accepted; - \item \nouveau[30pt] a control sequence. + \item a control sequence. \end{itemize} -In all cases, if the alias is already defined you should not overwrite it with a new definition using \verb-\definesubmol-. A warning will be issued to the user that the old alias will be overwritten by the new one. To override the definition of an alias made previously, use:\label{redefinesubmol} -\centerverb|\redefinesubmol{<name>}{<code>}| +In all cases, if the alias is already defined you should not overwrite it with a new definition using \idx{\definesubmol}. A warning will be issued to the user that the old alias will be overwritten by the new one. To override the definition of an alias made previously, use:\label{redefinesubmol} +\centerverb|\redefinesubmol{<name>}{<code>}|\idx*{\redefinesubmol} \smallskip Here is a code which draws the pentane molecule. An alias ``\verb/xy/'' was defined beforehand for the code \verb/CH_2/: @@ -1180,48 +1195,48 @@ Here is a code which draws the pentane molecule. An alias ``\verb/xy/'' was defi In this case the technique is not very interesting because ``\verb/!{xy}/'' is just as long to type as the code it replaces. -But in certain cases, this feature saves a lot of space in the code of the molecule and increases readability. In the following example, we draw the complete structural diagram of butane. We will define an alias with the control sequence ``\verb/\xx/'' for the sub-molecule $\mathrm{CH_2}$. If we use only relative angles, it is possible to rotate the entire molecule to any given angle by using the optional global angle parameter which specifies the default bond angle of the main molecule. It is set to 15\degres{} here: +But in certain cases, this feature saves a lot of space in the code of the molecule and increases readability. In the following example, we draw the complete structural diagram of butane. We will define an alias with the control sequence ``\verb/\xx/'' for the sub-molecule $\mathrm{CH_2}$. If we use only relative angles\idx*{bond!angle!relative}, it is possible to rotate the entire molecule to any given angle by using the optional global angle parameter which specifies the default bond angle of the main molecule. It is set to 15\degres{} here: \exemple{Butane}|\definesubmol\xx{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)} \chemfig{[:15]H-!\xx-!\xx-!\xx-!\xx-H}| -\nouveau The \verb-\definesubmol- command takes an optional argument; its syntax is as follows: +The \idx{\definesubmol} command takes an optional argument; its syntax is as follows: \centerverb/\definesubmol{<name>}[<code1>]{code2}/ \medskip When the optional argument is present, the alias ``\verb-!<name>-'' will be replaced by \verb'<code1>' if the bond which arrives at the alias comes from the right, i.e., if the angle which the arriving bond makes is between but is not equal to 90\degres{} and 270\degres{}. For all the other cases where the bond arrives from the left of vertically, the alias will be replaced by \verb-<code2>-. -We will define a control sequence \verb-\Me- pour ``methyl'' so that the alias ``\verb-!\Me-'' will be replaced by ``\verb-H_3C-'' when the bond arrives from the right and by ``\verb-CH_3-'' when it arrives from the left. We can observe in the example that with this alias we need no longer worry about the angle: +We will define a control sequence \verb-\Me- pour ``methyl'' so that the alias ``\verb-!\Me-'' will be replaced by ``\verb-H_3C-'' when the bond arrives from the right and by ``\verb-CH_3-'' when it arrives from the left. We can observe in the example that with this alias we need no longer worry about the angle\idx*{\definesubmol}: \exemple{Dual alias}/\definesubmol\Me[H_3C]{CH_3} -\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/ +\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/\idx*{save a molecule} \section{Decorations} \subsection{Lewis diagrams}\label{lewis} -The macro \verb+\lewis+ allows placement of pairs of electrons, of single electrons, or of empty slots. This syntax is used: +\idx*{Lewis diagram}The macro \idx{\lewis} allows placement of pairs of electrons, of single electrons, or of empty slots. This syntax is used: \centerverb|\lewis{<n1><n2>...<ni>,<atom>}| \smallskip where the \verb-<n1>-\dots\verb-<ni>- represent the desired positions (in multiples of 45\degres) around the \verb-<atom>-. These whole numbers must be between 0 and 7. -This command can also be used inside the argument of \verb-\chemfig-: +This command can also be used inside the argument of \verb-\chemfig-\idx*{\lewis}: \exemple{The \string\lewis\ macro}|\lewis{0246,A}\par\medskip \lewis{1357,B}\par\medskip \chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O}) (=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}| -If one wishes to draw two electrons instead of a line, follow the integer with a ``\verb-:-''. If one wishes to draw a single electron, follow it with a ``\verb-.-''. To draw a lacuna, follow it with a ``\verb-|-'': +If one wishes to draw two electrons instead of a line, follow the integer with a ``\verb-:-''. If one wishes to draw a single electron, follow it with a ``\verb-.-''. To draw a lacuna, follow it with a ``\verb-|-''\idx*{\lewis}: \exemple{Lewis diagrams}*\lewis{0:2:4:6:,C}\qquad\lewis{1:3:5:7:,C}\par\bigskip \lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip \lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip Hydronium ion: \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}* -All the decorations drawn by \verb-\lewis- are not included in the bounding box of the atom; they are drawn afterwards. A consequence of this is seen in the two examples above, where the frame does not appear to be properly fitted to the drawing of the molecule, which extends downward slightly. This will be seen more often in this the ``Decorations'' chapter, which presents commands which do not change the bounding box. +All the decorations drawn by \idx{\lewis} are not included in the \idx{bounding box} of the atom; they are drawn afterwards. A consequence of this is seen in the two examples above, where the frame does not appear to be properly fitted to the drawing of the molecule, which extends downward slightly. This will be seen more often in this the ``Decorations'' chapter, which presents commands which do not change the bounding box. -This can be seen more clearly by drawing an \verb-\fbox- around decorated atoms: +This can be seen more clearly by drawing an \verb-\fbox- around decorated atoms\idx*{\lewis}: \exemple{Bounding box and the \string\lewis\ macro}*\fboxsep0pt \fbox{\lewis{0.2.4.6.,A}}\par\medskip \fbox{\lewis{13,B}}* -\label{setlewis}Several parameters can be set with the help of the macro +\label{setlewis}Several parameters can be set with the help of the macro\idx*{\setlewis} \centerverb|\setlewis[dim1]{<dim2>}{<dim3>}{<tikz code>}| \smallskip @@ -1233,41 +1248,41 @@ If an argument is empty, it takes its default value. \item \verb-<code tikz>- is code which is passed directly to \TIKZ. This code is empty by default. \end{itemize} -\exemple{Parameters for the \string\lewis\ macro}*\setlewis{4pt}{1.5em}{red} +\idx*{\lewis}\exemple{Parameters for the \string\lewis\ macro}*\setlewis{4pt}{1.5em}{red} \chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\par\bigskip \setlewis{}{}{line width=0.4pt} \chemfig{A-\lewis{2|,B}-C}* \subsection{Stacking characters} -The macros\label{chemabove} +The macros\label{chemabove}\idx*{\chemabove} \centerverb|\chemabove[<dim>]{<code>}{<stuff>}| -and +and\idx*{\chembelow} \centerverb|\chembelow[<dim>]{<code>}{<stuff>}| \smallskip -place the \verb-<stuff>- above and below the \verb-<code>- respectively at a vertical distance \verb-<dim>-, without changing the bounding box of \verb-<code>-. The length \verb-<dim>- is 1.5pt by default. +place the \verb-<stuff>- above and below the \verb-<code>- respectively at a vertical distance \verb-<dim>-, without changing the \idx{bounding box} of \verb-<code>-. The length \verb-<dim>- is 1.5pt by default. These commands are independent of the macro \verb-\chemfig- and can be used either inside or outside its argument. They are especially useful in rings, if care is taken to put braces around the letters A, B, C and D in order to prevent \CF from starting a new atom on these letters: \exemple{Staking in rings}|\chemfig{*5(-\chembelow{A}{B}--\chemabove{C}{D}--)}| -They are sometimes useful for placing pseudo-exponents which do not change the bounding box of the atoms, so that the bonds do not end up being too short: +They are sometimes useful for placing pseudo-exponents\idx{ring!charge} which do not change the bounding box of the atoms, so that the bonds do not end up being too short: \exemple{Hydronium ion}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H}* -\subsection{Chemical reactions} +\subsection{Chemical reactions}\idx*{chemical reaction} To write chemical reactions, \CF provides a command for the signs and a command for the arrows. -\label{chemsign}The command \verb-\chemsign[<dim>]<sign>- typesets the \verb-<sign>-, which is surrounded on both sides by an unbreakable horizontal space \verb-<dim>- defaulting to 0.5em. +\label{chemsign}The command \verb-\chemsign[<dim>]<sign>-\idx*{\chemsign} typesets the \verb-<sign>-, which is surrounded on both sides by an unbreakable horizontal space \verb-<dim>- defaulting to 0.5em. -\label{chemrel}The command \verb-\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<arrow code>}- draws an arrow where the optional arguments \verb-<arg1>- and \verb-<arg2>- are placed above and below the arrow respectively, without modifying its bounding box. The \verb-<arrow code>- is passed directly to \TIKZ except when it involves ``\verb/<>/'', which allows two arrows to be drawn one above the other. +\label{chemrel}The command \verb-\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<arrow code>}-\idx*{\chemrel} draws an arrow where the optional arguments \verb-<arg1>- and \verb-<arg2>- are placed above and below the arrow respectively, without modifying its bounding box. The \verb-<arrow code>- is passed directly to \TIKZ except when it involves ``\verb/<>/'', which allows two arrows to be drawn one above the other. \exemple{Types of arrows}*A\chemrel{->}B\par A\chemrel{<-}B\par A\chemrel{<->}B\par A\chemrel{<>}B\par A\chemrel{->,red,thick}B* -\label{setchemrel}The command \verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- allows settings of the dimensions used in drawing the arrow: +\label{setchemrel}The command \verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-\idx*{\setchemrel} allows settings of the dimensions used in drawing the arrow: \begin{itemize} \item \verb-<dim1>- is the vertical spacing between the arrow and the optional text above and/or below it. If the argument is empty, it defaults to 2pt; \item \verb-<dim2>- is the unbreakable horizontal space inserted before and after the arrow. If the argument is empty, it defaults to 0.7em; @@ -1288,8 +1303,8 @@ And another: \chemrel[\chemfig{NaNH_2}][\chemfig{NH_3}]{->} \chemfig{*6(-=(-~)-=-=)}/ -\section{Using {\ttfamily\textbackslash chemfig} in the {\ttfamily tikzpicture} environment} -It is possible to call the \verb-\chemfig- inside a \verb-tikzpicture- environment: +\section{Using {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} in the {\protect\ttfamily tikzpicture} environment} +It is possible to call the \idx{\chemfig} inside a {\ttfamily\idx{tikzpicture}} environment: \exemple{\textbackslash chemfig inside tikzpicture}|\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}] \draw[help lines] (0,0) grid (4,4); \draw(0,0) -- (2,1); @@ -1301,16 +1316,16 @@ It is possible to call the \verb-\chemfig- inside a \verb-tikzpicture- environme \section{Beyond chemistry}\label{style.noeuds} At heart \CF is a tool for drawing graphs, and this tool has been programmed to adapt it for chemistry. In some ways it is possible to return \CF to its roots to draw organization charts or other diagrams represented by graphs. -Each atom is contained in a \TIKZ node. By default these nodes have an ``inner sep'' and an ``outer sep'' equal to 0pt. They are rectangular as seen on page~\pageref{longueur.liaison}. These defaults can be overwritten with the macro \verb-\setnodestyle-, the argument of which is passed to \TIKZ and specifies the style of the nodes containing the atoms. +Each atom is contained in a \TIKZ node. By default these nodes have an ``inner sep'' and an ``outer sep'' equal to 0pt. They are rectangular as seen on page~\pageref{longueur.liaison}. These defaults can be overwritten with the macro \idx{\setnodestyle}, the argument of which is passed to \TIKZ and specifies the style of the nodes containing the atoms. -In this example we specify only ``draw,inner sep=2pt'', which has the effect of drawing the outline of the nodes and separating the outline and node contents by 2pt. We also specify \verb-\setbondoffset{0pt}- so that the bonds touch the edges of the nodes. The interatomic spacing is increased to 75pt. Finally, the command \verb-\printatom- is made as simple as possible so that math mode is no longer used and spaces are thus preserved. +In this example we specify only ``draw,inner sep=2pt'', which has the effect of drawing the outline of the nodes and separating the outline and node contents by 2pt. We also specify \verb-\setbondoffset{0pt}-\idx{\setbondoffset} so that the bonds touch the edges of the nodes. The interatomic spacing is increased to 75pt. Finally, the command \idx{\printatom} is made as simple as possible so that math mode is no longer used and spaces are thus preserved. \exemple*{An organization chart}/\setnodestyle{draw,inner sep=2pt} \setbondoffset{0pt} \setatomsep{75pt} \renewcommand\printatom[1]{#1} \chemfig{The boss-[6]Me(-[4]Them(-[6]The others)(-[7,2]Group 1))-You(-[:-120,0.5]Him)(-[:-60,0.5]Her)}/ -Here is another organization chart where the nodes are circular and coloured cyan: +Here is another organization chart where the nodes are circular and coloured cyan\idx*{\printatom}: \exemple*{Family diagram}/\setnodestyle{draw,circle,fill=cyan,minimum size=30pt} \setbondoffset{0pt} \setatomsep{80pt} @@ -1327,10 +1342,10 @@ In addition, several possibilities --- some intuitive and others less so --- wil \subsection{Ethanal} Here we will draw the ethanal (or acetaldehyde) molecule: \chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O} -The best method for non-cyclic molecules is to select the longest chain. Here one could take ``\verb|H-C-C=0|'' for example. The bond \verb|C=O| is tilted to 45\degres{} by using the predefined angle ``\verb-[1]-''. This give a ``backbone'' of the molecule to which the branches merely have to be added: +The best method for non-cyclic molecules is to select the longest chain. Here one could take ``\verb|H-C-C=0|'' for example. The bond \verb|C=O| is tilted to 45\degres{} by using the predefined angle ``\verb-[1]-''. This give a ``backbone'' of the molecule to which the branches merely have to be added\idx*{bond!angle!predefined}: \exemple{Backbone of ethanal}|\chemfig{H-C-C=[1]O}| -The three hydrogen atoms still have to placed at the correct orientation with the help of predefined angles. The first is at 90\degres{} with the branch ``\verb/(-[2]H)/'', the second at 270\degres{} with ``\verb/(-[6H])/'', and the one on the right at 315\degres{} with ``\verb/(-[7]H)/'': +The three hydrogen atoms still have to placed at the correct orientation with the help of predefined angles. The first is at 90\degres{} with the branch\idx*{bond!branch} ``\verb/(-[2]H)/'', the second at 270\degres{} with ``\verb/(-[6H])/'', and the one on the right at 315\degres{} with ``\verb/(-[7]H)/'': \exemple{Ethanal}|\chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}| \subsection{2-amino-4-oxohexanoic acid} @@ -1339,14 +1354,14 @@ Here is the molecule to be drawn: \chemfig{-[::+30]-[::-60](=[:-90]O)-[::+60]-[: As is often the case for most molecules, there are several methods and for each several different ways of getting the result. Here we will look at four different methods. \subsubsection{Absolute angles} -We will first of all draw the central chain with absolute angles. We set the default angle to $+30\degres$ with the optional argument, and so only the descending bonds need to have their absolute angle set to $-30\degres$: +\idx*{bond!angle!absolute}We will first of all draw the central chain with absolute angles. We set the default angle to $+30\degres$ with the optional argument\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments}, and so only the descending bonds need to have their absolute angle set to $-30\degres$: \exemple{Backbone (absolute angles)}|\chemfig{[:30]--[:-30]--[:-30]--[:-30]OH}| -The branches ``\verb/(=[6]O)/'', ``\verb/(-[6]NH_2)/'' and ``\verb/(=[2]O)/'' still have to be added to the correct vertices: +The branches\idx*{bond!branch} ``\verb/(=[6]O)/'', ``\verb/(-[6]NH_2)/'' and ``\verb/(=[2]O)/'' still have to be added to the correct vertices: \exemple{Molecule (absolute angles)}|\chemfig{[:30]--[:-30](=[6]O)--[:-30](-[6]NH_2)-(=[2]O)-[:-30]OH}| \subsubsection{Relative angles} -A more general approach uses only relative angles, in this way: +\idx*{bond!angle!relative}A more general approach uses only relative angles, in this way: \exemple{Structure (relative angles)}|\chemfig{[:30]--[::-60]--[::-60]--[::-60]OH}| then @@ -1354,14 +1369,14 @@ then -(=[::60]O)-[::-60]OH}| \subsubsection{Ring} -Since the angles between the bonds are 120\degres{}, it is possible to use a 6-ring, although this method is less natural. Here we take advantage of the fact that a ring can be left unfinished. The ring must be rotated 120\degres{} so that the first vertex is to the south-east of the ring: +Since the angles between the bonds are 120\degres{}, it is possible to use a 6-ring, although this method is less natural. Here we take advantage of the fact that a ring can be left unfinished\idx*{ring!unfinished}. The ring must be rotated 120\degres{} so that the first vertex is to the south-east of the ring: \exemple{Backbone (ring)}|\chemfig{[:120]NH_2*6(---=O)}| -Now the branches must be added to the right vertices: +\idx*{ring!branch}Now the branches must be added to the right vertices: \exemple{Molecule (ring)}|\chemfig{[:120]NH_2*6(-(-(=[::60]O)-[::-60]OH)--(--[::60])=O)}| \subsubsection{Nested rings} -Delving deeper into the ring method, we can also consider nesting incomplete 6-rings. We could start with this backbone: +\idx*{ring!nested}Delving deeper into the ring method, we can also consider nesting incomplete 6-rings. We could start with this backbone: \exemple{Backbone (nested rings)}|\chemfig{*6(--*6(--=O))}| And then add the bonds which leave the vertices of these rings. There are no angles to worry about because the bonds leaving the rings are the bisectors of the sides of the ring, exactly what we want here: @@ -1374,7 +1389,7 @@ A close look shows that the second line segment of the double bond to the oxygen The goal here is to represent the glucose molecule according to several different conventions. \subsubsection{Skeleton diagram} -The code here looks like that of 2-amino-4-oxohexanoic acid. This gives almost the same structure with absolute angles, except here the default angle is $-30\degres$: +\idx*{skeleton diagram}The code here looks like that of 2-amino-4-oxohexanoic acid. This gives almost the same structure with absolute angles, except here the default angle is $-30\degres$: \exemple[60]{Backbone}|\chemfig{[:-30]HO--[:30]--[:30]--[:30]-H}| Adding the branches is no problem. We use predefined absolute angles: @@ -1382,7 +1397,7 @@ Adding the branches is no problem. We use predefined absolute angles: -[:30](<:[2]OH)-(<:[6]OH)-[:30](=[2]O)-H}| \subsubsection{Fisher projection} -The goal is to get the molecule below: +\idx*{Fisher projection}The goal is to get the molecule below: \begin{center} \definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)} \definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)} @@ -1391,13 +1406,13 @@ The goal is to get the molecule below: The idea is to begin to draw the longest chain vertically by giving a default angle of ``\verb-[2]-''. Here is the skeleton, where we have added lower case letters at the end of each vertical bond: \exemple{Skeleton}|\chemfig{[2]OH-[3]-a-b-c-d-=[1]O}| -Next we define two aliases for the horizontal bonds and the atoms at their ends. Lets choose ``\verb-x-'' which we will put in place of the lower case a, c and d, and ``\verb-y-'' which will replace the letter c. Since these alias are just one character, we do not need braces and can write ``\verb-!x-'' instead of ``\verb-!{x}-'': +Next we define two aliases for the horizontal bonds and the atoms at their ends. Lets choose ``\verb-x-'' which we will put in place of the lower case a, c and d, and ``\verb-y-'' which will replace the letter c. Since these alias are just one character, we do not need braces and can write ``\verb-!x-'' instead of ``\verb-!{x}-''\idx*{\definesubmol}: \exemple{Glucose (Fisher projection)}|\definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)} \definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)} \chemfig{[2]OH-[3]-!x-!x-!y-!x-=[1]O}| \subsubsection{``Chair'' representation} -We will depict the $\alpha$-D-glucose molecule: +\idx*{chair representation}We will depict the $\alpha$-D-glucose molecule: \chemfig{?(-[:190]OH)-[:-50](-[:170]OH)-[:10](-[:-55,0.7]OH)-[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)} To do this, we will first of all draw five sides of the chair and link the first vertex to the last with a hook ``\verb-?-''. We will use the following absolute angles, running counterclockwise: $-50\degres$, $10\degres$, $-10\degres$, $130\degres$, $190\degres$. @@ -1409,18 +1424,18 @@ Now we simply add the branches inside parentheses. The angles are chosen to give -[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)}| \subsubsection{Haworth projection} -The goal is to depict this D-glucopyranose molecule: +\idx*{Haworth projection}The goal is to depict this D-glucopyranose molecule: {\setcrambond{2pt}{}{} \chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}} -First of all we will choose the longest chain, which starts at the ``HO'' group on the left and continues through fives sides of the ring. The ring will be closed with a hook. For the vertical bond which leaves from the first ``HO'' group, we need to specify that it will leave from the second atom using the optional argument. Furthermore, it will be shortened with a coefficient of 0.5. Its optional argument will thus be ``\verb/[2,0.5,2]/''. +First of all we will choose the longest chain, which starts at the ``HO'' group on the left and continues through fives sides of the ring. The ring will be closed with a hook. For the vertical bond which leaves from the first ``HO'' group, we need to specify that it will leave from the second atom using the optional argument. Furthermore, it will be shortened with a coefficient of 0.5. Its optional argument\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments} will thus be ``\verb/[2,0.5,2]/''. -Next, to give the impression of perspective to the ring, the diagonal bonds will be shortened by a coefficient of 0.7. For the bold diagonal lines we will use Cram bonds, having redefined the base of the triangles to be 2pt. The bold horizontal bond needs to be drawn with a thickness of 2pt, and so its optional argument will be ``\verb/[0,,,,line width=2pt]/''. Here is the skeleton of the molecule: +Next, to give the impression of perspective to the ring, the diagonal bonds will be shortened by a coefficient of 0.7. For the bold diagonal lines we will use Cram bonds, having redefined the base of the triangles to be 2pt. The bold horizontal bond needs to be drawn with a thickness of 2pt, and so its optional argument will be ``\verb/[0,,,,line width=2pt]/''. Here is the skeleton of the molecule\idx*{\setcrambond}: \exemple{Structure}|\setcrambond{2pt}{}{} \chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7]-[,,,, line width=2pt]>[1,0.7]-[3,0.7]O-[4]?}| -All that needs to be done now is to add the branches at the correct places, giving the right absolute angles and sometimes reducing the length to better give the illusion of perspective: +All that needs to be done now is to add the branches at the correct places, giving the right absolute angles and sometimes reducing the length to better give the illusion of perspective\idx*{\setcrambond}: \exemple{Haworth projection}|\setcrambond{2pt}{}{} \chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,, line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7] @@ -1433,32 +1448,32 @@ We want to draw the adrenaline molecule: We are going to use two different methods. \subsubsection{Using one ring} -First of all, we start with a 6-ring and we draw the start of the branches which leave it: +First of all, we start with a 6-ring and we draw the start of the branches\idx*{ring!branch} which leave it: \exemple[60]{Skeleton of adrenaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-)=-(-HO)=)}| The branch on the right still needs to be completed using, for example, relative angles: \exemple[60]{Adrenaline, step two}|\chemfig{*6((-HO)-=-(--[::-60]-[::-60] HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}| -Then we need to add a Cram-bonded \verb-OH- and indicate that the bond which arrives at ``\verb-HN-'' does so on the second atom, i.e., ``N''. We use the fourth optional argument of the bond: +Then we need to add a Cram-bonded \verb-OH- and indicate that the bond which arrives at ``\verb-HN-'' does so on the second atom, i.e., ``N''. We use the fourth optional argument of the bond\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments}: \exemple[60]{Adrenaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-(<[::60]OH)-[::-60]-[::-60,,,2] HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}| \subsubsection{Using two rings} -This method is less natural, but the goal is to show here how to make a bond invisible. +This method is less natural, but the goal is to show here how to make a bond invisible\idx*{bond!invisible}. -We could improve this code by considering that the drawing of the adrenaline molecule is made of two 6-rings adjacent to each other: +We could improve this code by considering that the drawing of the adrenaline molecule is made of two 6-rings adjacent\idx*{ring!nested} to each other: \exemple[60]{Adrenaline, two-ring skeleton}|\chemfig{*6((-HO)-=*6(--HN---)-=-(-HO)=)}| -Now the first two bonds of the ring on the right need to be made invisible. To do this we use the argument that is passed to \TIKZ, specifying ``\verb-draw=none-''. These bonds will thus have this code: ``\verb/-[,,,,,draw=none]/''. To keep the code readable, we define an alias named ``\verb-&-'' for these bonds: +Now the first two bonds of the ring on the right need to be made invisible. To do this we use the argument that is passed to \TIKZ, specifying ``\verb-draw=none-''. These bonds will thus have this code: ``\verb/-[,,,,,draw=none]/''. To keep the code readable, we define an alias named ``\verb-&-'' for these bonds\idx*{\definesubmol}: \exemple[60]{Adrenaline, step two}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]} \chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN---)-=-(-HO)=)}| -The rest becomes easy; just add the branches to the right vertices: +The rest becomes easy; just add the branches to the right vertices\idx*{\definesubmol}: \exemple[60]{Adrenaline, step three}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]} \chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN(-CH_3)--(<OH)-)-=-(-HO)=)}| -To finish, we specify that the bonds that \emph{arrive at and leave from} ``\verb-HN-'' must do so at the second atom. We therefore define another alias for the invisible bond which arrives at ``\verb-HN-'': +To finish, we specify that the bonds that \emph{arrive at and leave from} ``\verb-HN-'' must do so at the second atom. We therefore define another alias for the invisible bond which arrives at ``\verb-HN-''\idx*{\definesubmol}: \exemple[60]{Adrenaline}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]} \definesubmol{&&}{-[,,,2,draw=none]} \chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!{&&}HN(-CH_3)-[,,2]-(<OH)-)-=-(-HO)=)}| @@ -1467,10 +1482,10 @@ To finish, we specify that the bonds that \emph{arrive at and leave from} ``\ver We will draw the guanine molecule: \chemfig{*6((-H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=O)-HN-[,,2])}\medskip -First of all, let's begin by drawing the nested rings, putting just the nitrogen atoms at the vertices: +First of all, let's begin by drawing the nested rings\idx*{ring!nested}, putting just the nitrogen atoms at the vertices: \exemple{Guanine, skeleton}|\chemfig{*6(=N-*6(-N-=N)=--N-)}| -Then we can draw the horizontal bond in the right ring with a hook. We will also place a hydrogen atom under the nitrogen atom of the 5-ring with the command \verb-\chembelow{N}{H}-. We also need to write ``\verb-HN-'' instead of ``\verb-N-'' at the vertex at the upper left of the molecule: +Then we can draw the horizontal bond in the right ring with a hook. We will also place a hydrogen atom under the nitrogen atom of the 5-ring with the command \verb-\chembelow{N}{H}-. We also need to write ``\verb-HN-'' instead of ``\verb-N-'' at the vertex at the upper left of the molecule\idx*{\chembelow}: \exemple{Guanine, step two}|\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?--HN-)}| We note that one bond leaves from the wrong atom\footnote{This seems illogical because the angle of the bond from the \texttt{HN} group toward the first vertex lies between $-90\degres$ and $90\degres$; \CF should therefore leave from the second atom. To explain this contradiction, one must know that in rings, the last bond always links the last vertex to the first, ignoring the \emph{calculated theoretical} angle of this bond (which here is $-90\degres$). \CF uses this theoretical angle to determine the departure and arrival atoms, but does not use it to draw the bond because the two ends are already defined. The departure atom for the last bond is thus the first atom.}! The automatic calculation mechanism must be corrected so that the bond leaves from the second atom ``\verb-N-'' instead of the first. To do this we give an optional argument for the last bond of the first 6-ring ``\verb-[,,2]-'': @@ -1482,13 +1497,13 @@ Simply add the branches to the right vertices. Note especially the branch leavin We could also draw the same molecule with a regular 5-ring, as is sometimes done: \exemple{Guanine with 5-ring}|\chemfig{*6((-H_2N)=N-*5(-\chembelow{N}{H}-=N-)=-(=O)-HN-[,,2])}| -\section{How to\ldots} +\section{How to \protect\ldots} \subsection{Write a colored atom} -As the package \verb-xcolor- is loaded by \TIKZ, itself loaded by \CF, we can write color commands in the code of a molecule, mainly \verb-\color- et \verb-\textcolor-. The atoms are displayed in \TIKZ nodes which behaves like boxes of \TeX{} and it is as if these atoms were put in a group. Therefore, the color change remains local to the atom. +\idx*{color (atom)}Since the package \verb-xcolor- is loaded by \TIKZ, itself loaded by \CF, we can write color commands in the code of a molecule, mainly \idx{\color} and \idx\textcolor. The atoms are displayed in \TIKZ nodes which behaves like boxes of \TeX{} and it is as if these atoms were put in a group. Therefore, the color change remains local to the atom. \exemple{Colors}/\chemfig{C\color{blue}H_3-C(=[1]O)-[7]O\color{red}H}/ -This code does not work, because of the rule used to separate atoms: here, the first atom sarts at ``\verb-C-'' and spreads to the next uppercase letter. Therefore, this atom is ``\verb-C\color{blue}-'' and the color change occurs at the end of atom and has no effect. We need to force \CF to cut the first atom just after ``\verb-C-'' with the character ``\verb-|-'' and then include \verb-\color{blue}H_3- between braces so that \CF does not stop the atom 2 before the uppercase ``\verb-H-'' which would leave the color change alone and therefore ineffective in an atom: +This code does not work, because of the rule used to separate atoms\idx*{separating atom mechanism}: here, the first atom sarts at ``\verb-C-'' and spreads to the next uppercase letter. Therefore, this atom is ``\verb-C\color{blue}-'' and the color change occurs at the end of atom and has no effect. We need to force \CF to cut the first atom just after ``\verb-C-'' with the character ``\verb-|-'' and then include \verb-\color{blue}H_3- between braces so that \CF does not stop the atom 2 before the uppercase ``\verb-H-'' which would leave the color change alone and therefore ineffective in an atom: \exemple{Colors}/\chemfig{C|{\color{blue}H_3}-C(=[1]O)-[7]O|{\color{red}H}}/ @@ -1498,15 +1513,30 @@ The same effect can be obtained with \verb-\textcolor-: The main disadvantage is that we have to do the same for every atom that need to be colored, even if they are contiguous. +\subsection{Add a superscript without modifying a bond} +Adding a \idx{charge} to an atom with a mathematical exponent implies that the box (and therefore the \TIKZ node) containing the atom has its dimensions modified. It has no importance when the atom is trailing but the alignment may be compromised if a bond is attached to the atom. The first reaction is to put the charge in a box with no width and therefore use the command \idx\rlap\footnote{If you have to put the charge at the left of the atom, you must use the command \texttt{\string\llap.}}, which often gives good results. We see here that with \idx\rlap, the \idx{horizontal alignment} of atoms is preserved: +\exemple{Charge and bond}/\chemfig{A^+-[2]B} +\qquad +\chemfig{A\rlap{${}^+$}-[2]B}/ +If you want to use the command \verb-\oplus- which displays ``$\oplus$''\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}, some could find that the charge is too low: $\mathrm{A^\oplus}$. In that case, why not use \idx{\chemabove} to put as precisely as you will, both vertically and horizontally the charge: +\exemple{Charge et \string\chemabove}/\chemfig{\chemabove[0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}-[2]B} +\qquad +\chemfig{{\chemabove[-0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}}-[2]B}/ +We notice an additional level of braces for the second molecule. Indeed, as we specify ``\verb/-0.5pt/'' for the optional argument of \idx{\chemabove} to lower the charge, it is necessary to prevent \CF to understand the sign ``\verb/-/'' as a single bond. + +To add a load near the vertex of a cycle \idx*{charge}, the best method is to attach an invisible bond \idx*{bond!invisible} to this vertex, which is done here with \idx{\definesubmol} with a bond with a length coefficient equal to 0.2: +\exemple{Charges and cycles}/\definesubmol\nobond{-[,0.2,,,draw=none]} +\chemfig{*5(---(!\nobond\scriptstyle\oplus)-(!\nobond\scriptstyle{-})-)}/ + \subsection{Draw a curve bond} -We have already seen that with the \TIKZ library ``\verb-decorations.pathmorphing-'', we can draw a wavy bond: +We have already seen that with the \TIKZ library ``\verb-decorations.pathmorphing-'', we can draw a wavy bond\idx*{bond!wavy}: \exemple{Wavy bond}|\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration=snake]B} \chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration={snake,amplitude=1.5mm, segment length=2.5mm}]B}| -For more flexibility, you can also define nodes using the character ``\verb-@-'' and reuse these nodes after the molecule has been drawn to connect them with a curved line using \verb-\chemmove-: +For more flexibility, you can also define nodes using the character ``\verb-@-''\idx*{"@} and reuse these nodes after the molecule has been drawn to connect them with a curved line using \idx\chemmove: \exemple{Curved bonds}/\chemfig{@{a}A-[,,,,draw=none]@{b}B} \chemmove{\draw[-](a)..controls +(45:7mm) and +(225:7mm)..(b);} @@ -1520,7 +1550,7 @@ For more flexibility, you can also define nodes using the character ``\verb-@-'' ++(20:2em) ..controls +(210:3em) and +(-120:4em) ..(b);}/ \subsection{Modify the size of a molecule} -Two parameters determine the default size of a molecule: the font size and the parameter of \verb-\setatomsep- which is 3em the default. We can modify independently these two parameters to change the size of a molecule: +\idx{size of molecules}Two parameters determine the default size of a molecule: the font size and the parameter of \idx{\setatomsep} which is 3em the default. We can modify independently these two parameters to change the size of a molecule: \exemple{Change the size}/\definesubmol\hho{H-[:30]O-[:-30]H} \chemfig{!\hho} @@ -1531,7 +1561,7 @@ Two parameters determine the default size of a molecule: the font size and the p \tiny\chemfig{!\hho}\setatomsep{5em}\chemfig{!\hho}/ -You can use the optional second argument of \verb-\chemfig- to \emph{globally} enlarge or reduce a molecule, i.e. the text and links will be reduced by the same ratio: +You can use the optional second argument of \verb-\chemfig-\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!optional arguments} to \emph{globally} enlarge or reduce a molecule, i.e. the text and links will be reduced by the same ratio: \exemple{Global change of the size}/\definesubmol\hho{H-[:30]O-[:-30]H} \chemfig{!\hho} @@ -1543,7 +1573,7 @@ You can use the optional second argument of \verb-\chemfig- to \emph{globally} e \chemfig[][scale=0.33]{!\hho}/ \subsection{Draw a ploymer element} -The difficulty lies in the display of delimiters (parentheses or brackets) on bond. For this, we will again use the character ``\verb-@-'' to define global nodes that will be used later as anchors for delimiters. We will assume that the node for the location of the opening delimiter is called ``opbr'' and the one of the closing delimiter ``clbr''. +\idx*{polymer}The difficulty lies in the display of delimiters (parentheses or brackets) on bond. For this, we will again use the character ``\verb-@-''\idx*{"@} to define global nodes that will be used later as anchors for delimiters. We will assume that the node for the location of the opening delimiter is called ``opbr'' and the one of the closing delimiter ``clbr''. We will write a simple macro \verb-\setpolymerbracket-, followed by two characters which define the opening delimiter and closing delimiter. @@ -1588,7 +1618,7 @@ Polyphenylen sulfide: \makebraces[15pt,15pt]{}| \subsection{Draw the symmetrical of a molecule}\label{retournement} -The two commands \verb-\hflipnext- and \verb-\vflipnext- allow to draw the symmetrical of the next molecule about a horizontal or vertical axis. If we want to draw more symmetrical molecules, we need to write these commands before each molecule involved. +\idx*{symmetrical of a molecule}The two commands \idx{\hflipnext} and \idx{\vflipnext} allow to draw the symmetrical of the next molecule about a horizontal or vertical axis. If we want to draw more symmetrical molecules, we need to write these commands before each molecule involved. \exemple{Symmetry}/\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}% original @@ -1599,37 +1629,75 @@ The two commands \verb-\hflipnext- and \verb-\vflipnext- allow to draw the symme \hflipnext \chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}/ +\subsection{Add text above bonds and arc to angles} +\idx*{bond!with text}Once we have understood that the character ``\verb-@-''\idx*{"@} can put a ``global'' \TIKZ node, that is to say a node accessible after the molecule has been drawn, everything that \TIKZ can do with nodes (that is to say a lot of things) becomes possible. + +To write something above or below a bond, we can put two ``global'' nodes on the atoms at the ends of this bond and write midway of them a text, raised or lowered so that it falls to just above or below the bond. This is done by the macro \verb-\bondname- in the code below \footnote{The \texttt{\string\si} command is provided by the \href{http://www.ctan.org / tex-archive/help/Catalogue/entries/siunitx.html}{\texttt{\textbf{siunitx }}} package.}. + +\idx*{bond!angle!arc}To draw an arc between two bonds, three atoms are involved on which we have to put three ``global'' nodes. The macro \verb-\arcbetweennodes- calculates the angle between two lines drawn from a node. Then \verb-\arclabel- draws an arc between two bonds and writes a text next to the arc: the optional argument of this macro is the \TIKZ code used to custom the arc. The second argument is the radius of the arc and the following three arguments are the names of global nodes between which the arc must be drawn, the middle name needs to be the vertex of the angle. The last argument is the text to write. + +\exemple*{Arcs and text on bonds}| +\newcommand\namebond[4][5pt]{\chemmove{\path(#2)--(#3)node[midway,sloped,yshift=#1]{#4};}} + +\newcommand\arcbetweennodes[3]{% + \pgfmathanglebetweenpoints{\pgfpointanchor{#1}{center}}{\pgfpointanchor{#2}{center}}% + \let#3\pgfmathresult} + +\newcommand\arclabel[6][stealth-stealth,shorten <=1pt,shorten >=1pt]{% + \chemmove{% + \arcbetweennodes{#4}{#3}\anglestart \arcbetweennodes{#4}{#5}\angleend + \draw[#1]([shift=(\anglestart:#2)]#4)arc(\anglestart:\angleend:#2); + \pgfmathparse{(\anglestart+\angleend)/2}\let\anglestart\pgfmathresult + \node[shift=(\anglestart:#2+1pt)#4,anchor=\anglestart+180,rotate=\anglestart+90,inner sep=0pt, + outer sep=0pt]at(#4){#6};}} + +\chemfig{@{a}A=[:30,1.5]@{b}B-[7,2]@{c}C-@{d}D} +\namebond{a}{b}{\scriptsize My text} +\namebond[-3.5pt]{b}{c}{\small\color{red}$\pi$} +\namebond{c}{d}{\small1\si\angstrom} +\medskip + +Horizontal water molecule: \chemfig{@{1}H-[::37.775,2]@{2}O-[::-75.55,2]@{3}H}. +\namebond{1}{2}{\footnotesize0.9584\si\angstrom} +\namebond{2}{3}{\footnotesize0.9584\si\angstrom} +\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\si\degree} +\qquad +Water molecule rorated 30\si\degree: \chemfig{[:30]@1H-[::37.775,2]@2O-[::-75.55,2]@3H} +\namebond12{\footnotesize0.9584\si\angstrom} +\namebond23{\footnotesize0.9584\si\angstrom} +\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\si\degree}| + \section{List of commands} The commands created by \CF are: \begin{center} \begin{longtable}{>\footnotesize l>\footnotesize p{9cm}}\\\hline \hfill\normalsize Commands\hfill\null &\hfill\normalsize Description\hfill\null\\\hline -\verb-\chemfig<code>-& draws the molecule whose design is described by the \verb-<code>-\\ -\verb-\printatom- & displays the atoms within the molecules. It can be redefined to customize the output. See page~\pageref{perso.affichage}\\ -\verb-\setnodestyle{<style tikz>}-& using \TIKZ syntax, this macro defines the style of nodes containing the atoms. See page~\pageref{style.noeuds}\\ -\verb-\hflipnext-&the next molecule will be horizontally flipped\\ -\verb-\vflipnext-&the next molecule will be vertically flipped\\ -\verb-\definesubmol{<name>}[code1]{<code2>}- & creates an alias \verb-!<nom>- which can be put in the code of molecules to be drawn, and which will be replaced with \verb-<code1>- or \verb-<code2>- depending on the angle of the last bond. See page~\pageref{definesubmol}\\ -\verb-\chemskipalign- & tells the vertical alignment mechanism to ignore the current group of atoms. See page~\pageref{chemskipalign}.\\ -\verb-\redefinesubmol{<name>}{<code>}- & replaces a preexisting alias \verb-!<name>- with the new \verb-<code>-. See page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline +\verb-\chemfig<code>-\idx*\chemfig& draws the molecule whose design is described by the \verb-<code>-\\ +\verb-\printatom-\idx*\printatom& displays the atoms within the molecules. It can be redefined to customize the output. See page~\pageref{perso.affichage}\\ +\verb-\setnodestyle{<style tikz>}-\idx*\setnodestyle& using \TIKZ syntax, this macro defines the style of nodes containing the atoms. See page~\pageref{style.noeuds}\\ +\idx\hflipnext&the next molecule will be horizontally flipped\\ +\idx\vflipnext&the next molecule will be vertically flipped\\ +\verb-\definesubmol{<name>}[code1]{<code2>}-\idx*\definesubmol& creates an alias \verb-!<nom>- which can be put in the code of molecules to be drawn, and which will be replaced with \verb-<code1>- or \verb-<code2>- depending on the angle of the last bond. See page~\pageref{definesubmol}\\ +\idx\chemskipalign& tells the vertical alignment mechanism to ignore the current group of atoms. See page~\pageref{chemskipalign}.\\ +\verb-\redefinesubmol{<name>}{<code>}-\idx*\redefinesubmol & replaces a preexisting alias \verb-!<name>- with the new \verb-<code>-. See page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline &\\ -\verb-\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & sets the dimensions of the triangles representing Cram bonds: \verb-<dim1>- is the size of the base, \verb-<dim2>- is the spacing between the dashes and \verb-<dim3>- is the side of the dashes. See page~\pageref{setcrambond}\\ -\verb-\setatomsep{<dim>}>- & sets the interatomic distance. See page~\pageref{setatomsep}\\ -\verb-\setbondoffset{<dim>}- & sets the space between bonded atoms and the bond. See page~\pageref{setbondoffset}\\ -\verb-\setdoublesep{<dim>}- & sets the spacing between the two lines of a double bond. See page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline +\verb-\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-\idx*\setcrambond & sets the dimensions of the triangles representing Cram bonds: \verb-<dim1>- is the size of the base, \verb-<dim2>- is the spacing between the dashes and \verb-<dim3>- is the side of the dashes. See page~\pageref{setcrambond}\\ +\verb-\setatomsep{<dim>}>-\idx*\setatomsep & sets the interatomic distance. See page~\pageref{setatomsep}\\ +\verb-\setbondoffset{<dim>}-\idx*\setbondoffset & sets the space between bonded atoms and the bond. See page~\pageref{setbondoffset}\\ +\verb-\setdoublesep{<dim>}-\idx*\setdoublesep & sets the spacing between the two lines of a double bond. See page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline &\\ -\verb-\lewis{<codes>,<atom>}- & displays the \verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \verb-<code>-. The dots drawn do not change the bounding box. See page~\pageref{lewis}\\ -\verb-\setlewis{<dim1>}{<dim2>}{<tikz code>}- & sets the Lewis dot parameters; \verb-<dim1>- is the distance between the atoms and the decoration, \verb-<dim2>- is the length of the line representing the pair of electrons and \verb-<tikz code>- is code which is passed directly to \TIKZ. See page~\pageref{setlewis}\\[2ex]\hline +\verb-\lewis{<codes>,<atom>}-\idx*\lewis & displays the \verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \verb-<code>-. The dots drawn do not change the bounding box. See page~\pageref{lewis}\\ +\verb-\setlewis{<dim1>}{<dim2>}{<tikz code>}-\idx*\setlewis & sets the Lewis dot parameters; \verb-<dim1>- is the distance between the atoms and the decoration, \verb-<dim2>- is the length of the line representing the pair of electrons and \verb-<tikz code>- is code which is passed directly to \TIKZ. See page~\pageref{setlewis}\\[2ex]\hline &\\ -\verb-\chemmove[<tikz options>]<tikz code>- & Makes a \verb-tikzpicture- environment, adding to it the \verb-<tikz options>-. Uses the \verb-<tikz code>- to join the nodes specified in the molecules with the help pf the ``\verb-@-'' character. See page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\ -\verb-\chemsign[<dim>]<sign>- & draws the \verb-<sign>-, placing before and after it an unbreakable space of length \verb-<dim>-. See page~\pageref{chemsign}\\ -\verb-\chemrel[<txt1>][<txt2>]{<arrow code>}- & draws an arrow described by its \verb-<arrow code>- and places the optional text \verb-<txt1>- and \verb-<txt2>- above and below the arrow respectively. See page~\pageref{chemrel}\\ -\verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & sets the dimensions of the arrow drawn with the command \verb-\chemrel-: \verb-<dim1>- is the vertical space between the arrow and the optional text, \verb-<dim2>- is the unbreakable horizontal space inserted before and after the arrow and \verb-<dim3>- is the length of the arrow. See page~\pageref{setchemrel}\\[2ex]\hline +\verb-\chemmove[<tikz options>]<tikz code>-\idx*\chemmove & Makes a \verb-tikzpicture- environment, adding to it the \verb-<tikz options>-. Uses the \verb-<tikz code>- to join the nodes specified in the molecules with the help pf the ``\verb-@-'' character. See page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\ +\verb-\chemsign[<dim>]<sign>-\idx*\chemsign & draws the \verb-<sign>-, placing before and after it an unbreakable space of length \verb-<dim>-. See page~\pageref{chemsign}\\ +\verb-\chemrel[<txt1>][<txt2>]{<arrow code>}-\idx*\chemrel & draws an arrow described by its \verb-<arrow code>- and places the optional text \verb-<txt1>- and \verb-<txt2>- above and below the arrow respectively. See page~\pageref{chemrel}\\ +\verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-\idx*\setchemrel & sets the dimensions of the arrow drawn with the command \verb-\chemrel-: \verb-<dim1>- is the vertical space between the arrow and the optional text, \verb-<dim2>- is the unbreakable horizontal space inserted before and after the arrow and \verb-<dim3>- is the length of the arrow. See page~\pageref{setchemrel}\\[2ex]\hline &\\ -\verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-<txt1>- and places \verb-<txt2>- above, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\ -\verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\ -\verb-\chemname[<dim>]{<molecule>}{<name>}- & Places \verb-<name>- under the \verb-<molecule>-\\ -\verb-\chemnameinit- & Initializes the greatest molecule depth to ensure correct alignment of the names of the following molecules.\\\hline +\verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chemabove & writes \verb-<txt1>- and places \verb-<txt2>- above, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\ +\verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chembelow & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\ +\verb-\chemname[<dim>]{<molecule>}{<name>}-\idx*\chemname & Places \verb-<name>- under the \verb-<molecule>-\\ +\verb-\chemnameinit-\idx*\chemnameinit & Initializes the greatest molecule depth to ensure correct alignment of the names of the following molecules.\\\hline \end{longtable} \end{center} \newpage @@ -1655,9 +1723,12 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{3-ethyl-2-methylhexane}/\chemfig{H_3C-[7]CH(-[6]CH_3)-[1]CH(-[7]C_3H_7)-[2]CH_2-[3]H_3C}/ +\idx*\definesubmol +\idx*\phantom \exemple*{Stearine, condensed structural diagram}/\definesubmol{@}{([0,2]-O-[0,1]C(=[2,1]O)-C_{17}H_{33})} \chemfig{[2,2]CH_2!@-CH_{\phantom 2}!@-CH_2!@}/ +\idx*\definesubmol \exemple*{Stearine, skeleton diagram}/\definesubmol{x}{-[:+30,.6]-[:-30,.6]} \definesubmol{y}{-O-(=[2,.6]O)-!x!x!x!x!x!x!x!x} \chemfig{[2](!y)-[,1.5](!y)-[,1.5](!y)}/ @@ -1673,17 +1744,21 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Phthalic anhydride}/\chemfig{*6(=*5(-(=O)-O-(=O)-)-=-=-)}/ +\idx*\setcrambond \exemple*{Camphor}/\chemfig{*6(-(<:[::120](-[::-100,0.7])(-[::100,0.7]))--(=O)-(-)(<:[::120])--)} \quad or \quad \setcrambond{3pt}{}{} \chemfig{<[:10](>[:85,1.8]?(-[:160,0.6])-[:20,0.6]) >[:-10]-[:60](=[:30,0.6]O)-[:170]?(-[:30,0.6])-[:190]-[:240]}/ +\idx*\definesubmol \exemple*{Triphenylmethane}/\chemfig{*6(-=-*6(-(-*6(=-=-=-))-*6(=-=-=-))=-=)} \quad or \quad \definesubmol{@}{*6(=-=-=-)} \chemfig{(-[:-30]!@)(-[:90]!@)(-[:210]!@)}/ +\idx*\setcrambond +\idx*\definesubmol \exemple*{Amygdalin}/\setcrambond{2pt}{}{} \definesubmol{c1}{-[:200]-[:120]O-[:190]} \definesubmol{c2}{-[:170](-[:200,0.7]HO)<[:300](-[:170,0.6]HO) @@ -1691,6 +1766,8 @@ $\star\quad\star$ \definesubmol{csub}{-[:155,0.65]-[:90,0.65]} \chemfig{O(!{c1}(!{csub}O(!{c1}(!{csub}OH)!{c2}))!{c2})-[:-30](-[:-90]CN)-[:30]*6(=-=-=-)}/ +\idx*\setcrambond +\idx*\definesubmol \exemple*{Adenosine triphosphate}/\setcrambond{3pt}{}{} \definesubmol{a}{-P(=[::-90,0.75]O)(-[::90,0.75]HO)-} \chemfig{[:-54]*5((--[::60]O([::-60]!aO([::-60]!aO([::60]!aHO))))<(-OH) @@ -1705,6 +1782,7 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Porphyrin}/\chemfig{?=[::+72]*5(-N=(-=[::-72]*5(-[,,,2]HN-[,,2](=-[::-36]*5(=N-(=-[::-72]*5(-NH-[,,1]?=-=)) -=-))-=-))-=-)}/ +\idx*\definesubmol \exemple*{Manganese 5,10,15,20-tetra(N-ethyl-3-carbazolyl) porphyrin}/\definesubmol{A}{*6(=-*5(-*6(-=-=-)--N(--[::-60])-)=-=-)} \chemfig{([::+180]-!A)=[::+72]*5(-N=(-(-[::+54]!A)=[::-72]*5(-N(-[::-33,1.5,,,draw=none]Mn) -(=(-[::+72]!A)-[::-36]*5(=N-(=(-[::+54]!A)-[::-72]*5(-N-(-)=-=))-=-))-=-))-=-)}/ @@ -1712,6 +1790,7 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Penicillin}/\chemfig{[:-90]HN(-[::-45](-[::-45]R)=[::+45]O)>[::+45]*4(-(=O)-N*5(-(<:(=[::-60]O) -[::+60]OH)-(<[::+0])(<:[::-108])-S>)--)}/ +\idx*\chembelow \exemple*{LSD}/\chemfig{[:150]?*6(=*6(--*6(-N(-CH_3)--(<(=[::+60]O)-[::-60]N(-[::+60]-[::-60]) -[::-60]-[::+60])-=)([::-120]<H)---)-*6(-=-=-(-[::-30,1.155]\chembelow{N}{H}?)=))}/ @@ -1721,17 +1800,29 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Codeine}/\chemfig{[:-30]**6(-(-OH)-?-*6(-(-[3]-[2,2]-[0,.5])*6(-(<:[:-150,1.155]O?) -(<:OH)-=-)-(<:[1]H)-(-[2]NCH_3)--)---)}/ +\idx*\lewis \exemple*{A dye (red)}/\chemfig{**6(--*6(-(-NO_2)=-(-\lewis{26,O}-[0]H)=(-\lewis{4,N}=[0]\lewis{2,N}-[0]Ar)-)----)}/ +\idx*\lewis \exemple*{Menthone}/\chemfig{CH_3-?(-[2]H)(-[::-30,2]-[::+60](=[1]\lewis{20,O}) -[::-150,1.5](-[:20]CH(-[1]CH_3)(-[7]CH_3))(-[6]H)-[::-90,2]-[::+60]?)}/ +\idx*\chembelow +\idx*\chemsign +\idx*\chemrel \exemple*{Fischer indole synthesis}/\chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)} \chemsign+ \chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1} \chemrel[$\mathrm{H^+}$]{-stealth} \chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}/ +\idx*\chemabove +\idx*\chemrel +\idx*\lewis +\idx*{"@} +\idx*\chemmove +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}} +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}} \exemple*{Reaction mechanisms: carbonyl group}/ \chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}} \chemrel{<>} @@ -1739,6 +1830,12 @@ $\star\quad\star$ {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}} \chemmove{\draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/ +\idx*\chembelow +\idx*\lewis +\idx*\chemabove +\idx*{"@} +\idx*\chemrel +\idx*\chemmove \exemple*{Reaction mechanisms: nitro group}/ \chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2} \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})} @@ -1749,6 +1846,14 @@ $\star\quad\star$ \draw[->,shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb); }/ +\idx*\lewis +\idx*\chemsign +\idx*\chemabove +\idx*\chemmove +\idx*\chemrel +\idx*{"@} +\idx*\chembelow +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}} \exemple*{Nucleophilic addition. Primary amines}/\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2} \chemsign{+} \chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O} @@ -1775,6 +1880,13 @@ $\star\quad\star$ \chemsign{+} \chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}/ +\idx*\setbondoffset +\idx*\setatomsep +\idx*\lewis +\idx*\chemrel +\idx*\chemsign +\idx*\chemmove +\idx*{"@} \exemple*{Reaction mechanism of chlorination}/\scriptsize \setbondoffset{1pt}\setatomsep{2em} \chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\chemsign{+} @@ -1797,6 +1909,12 @@ $\star\quad\star$ \draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5); \draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/ +\idx*\chemrel +\idx*\chemabove +\idx*\chembelow +\idx*{"@} +\idx*\chemmove +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}} \exemple*{Cannizzaro reaction}/\chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)} \chemrel[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]{-stealth} \chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{ @@ -1820,6 +1938,14 @@ $\star\quad\star$ \begingroup \catcode`;=12 +\idx*\setbondoffset +\idx*\setatomsep +\idx*\chemrel +\idx*{"@} +\idx*\chemabove +\idx*\chemmove +\idx*\lewis +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}} \exemple*{Beckmann rearrangement}/ \setbondoffset{1pt} \setatomsep{2.5em} @@ -1851,6 +1977,13 @@ $\left[\begin{tabular}{c} / \endgroup +\idx*\definesubmol +\idx*\setatomsep +\idx*\chemname +\idx*\chemsign +\idx*\chemrel +\idx*\chemmove +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}} \exemple*{Sulfonation of naphthalene}/\newcommand\putchemnode[1]{\begin{tikzpicture}[remember picture]\node(#1){};\end{tikzpicture}} \definesubmol\cycleoplus{-[,0.25,,,draw=none]\oplus} \definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH} @@ -1871,6 +2004,12 @@ $\left[\begin{tabular}{c} \draw(a)--node[sloped,above]{80\degres C}(l1);\draw(a)--node[sloped,above]{160\degres C}(l2);}/ \begingroup\catcode`;12 +\idx*\chemname +\idx*\color +\idx*\lewis +\idx*{"@} +\idx*\chemmove +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\delta}} \exemple*{Explanatory diagram}/\parbox{0.8\linewidth}{ \hspace{10em} \tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attacks\\nucleophiles}};\par @@ -1891,6 +2030,11 @@ $\left[\begin{tabular}{c} }}/ \endgroup +\idx*\setatomsep +\idx*\printatom +\idx*\setbondoffset +\idx*\definesubmol +\idx*\redefinesubmol \exemple*{Crystallography}/\newcommand\disk{\tikz\draw[fill=black,overlay](0,0)circle(2pt);} \setatomsep{20pt} \renewcommand\printatom[1]{#1} @@ -1918,4 +2062,21 @@ $\left[\begin{tabular}{c} -(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90]) -[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O) -[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}/ + +\idx*{(\kern1cm)|see{branched molecule}} +\idx*{?@\protect\texttt{?}|see{bond/distant atoms}} +\idx*{interatom length|see{bond/length}} +\idx*{*|see{ring}} +\idx*{**|see{ring/inside arc}} +\idx*{\protect\symbol{'0174}@\protect\texttt{\protect\symbol{'0174}}|see{separating atom mechanism}} +\idx*{>, <, >\protect\symbol{'0174}, <\protect\symbol{'0174}, >:, <:@\protect\texttt>, \protect\texttt<, \protect\texttt{>\protect\symbol{'0174}}, \protect\texttt{<\protect\symbol{'0174}}, >\protect\string:, <\protect\string:|see{Cram diagram}} +\idx*{-, =, \protect\string\protect~@\protect\texttt-, \protect\texttt=, \protect\texttt{\protect\string~}|see{bond/types}} +\idx*{=\protect\string_, =\protect\string^@\protect\texttt{=\protect\string_}, \protect\texttt{=\protect\string^}|see{bond/shifted}} +\idx*{"!|see{save a molecule}} +% +% +\clearpage +\phantomsection +\addcontentsline{toc}{part}{Index} +\printindex \end{document}
\ No newline at end of file diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf Binary files differindex 404e00e7a92..44ce3e02a9f 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex index 7916a9bd907..292d37847e0 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex @@ -3,7 +3,7 @@ % | | % | Documentation de ChemFig | % | | -% | 8 janvier 2011 | +% | 7 mars 2011 | % | | % |_________________________________________________________________| % @@ -17,8 +17,10 @@ % later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt % Copyright : Christian Tellechea 2010-2011 % -% L'extension "chemfig" est constituée de ces 6 fichiers : -% chemfig.sty +% L'extension "chemfig" est constituée de ces 8 fichiers : +% chemfig.tex (le code de l'extention) +% chemfig.sty (le fichier pour LaTeX) +% t-chemfig.tex (le fichier pour ConTeXt) % README % chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (documentation en français) % chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (documentation en anglais) @@ -41,7 +43,7 @@ \documentclass[10pt]{article} \usepackage[utf8]{inputenc} \usepackage[T1]{fontenc} -\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,head=5mm,headsep=5mm,footskip=10mm]{geometry} +\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,head=17pt,headsep=3mm,footskip=10mm]{geometry} \usepackage[bottom]{footmisc} \usepackage{libertine} \renewcommand*\oldstylenums[1]{{\fontfamily{fxlj}\selectfont #1}} @@ -55,20 +57,37 @@ \usepackage{textcomp} \usepackage{enumitem} \usepackage{chemfig} +\usepackage{siunitx} \usetikzlibrary{decorations.pathmorphing} \usepackage{emerald} \usepackage[protrusion=true,expansion,final,babel=true]{microtype} \usepackage{fancyhdr} - \fancyhead[L]{\small\bfseries\CF} +\fancypagestyle{plain}{% + \fancyhead[L]{\colorbox{gray!40}{\rlap{\small\bfseries\CF}\kern\dimexpr\linewidth-2\fboxsep}} \fancyhead[C]{} - \fancyhead[R]{\scriptsize\slshape \leftmark} + \fancyhead[R]{\scriptsize\slshape\leftmark\kern0.5em} \fancyfoot[l]{\tiny Compilé par Christian \textsc{Tellechea}, le \today.} \fancyfoot[c]{} - \fancyfoot[r]{\thepage} + \fancyfoot[r]{\thepage}} +\renewcommand\headrulewidth{0pt} \makeatletter - -\long\def\grab@toks#1\relax{\endgroup\def\right@content{#1}} +\let\gobble\@gobble +\newcommand\idx{\@ifstar{\let\print@or@not\@gobble\idx@}{\let\print@or@not\@firstofone\idx@}} +\newcommand\idx@[1]{% + \ifcat\expandafter\noexpand\@car#1\@nil\relax% si sc + \expandafter\ifx\@car#1\@nil\protect + \index{#1}% + \print@or@not{#1}% + \else + \expandafter\index\expandafter{\expandafter\@gobble\string#1@\protect\texttt{\protect\string\protect#1}}% + \print@or@not{\texttt{\string#1}}% + \fi + \else + \index{#1}% + \print@or@not{#1}% + \fi +} \newcommand\make@car@active[2]{% \catcode`#1\active @@ -153,19 +172,6 @@ \endgroup } -\long\def\if@instr#1#2{% - \long\def\if@instr@i##1#2##2\@nil{\ifx\@empty##2\@empty\expandafter\@secondoftwo\else\expandafter\@firstoftwo\fi}% - \if@instr@i#1\relax#2\@nil -} - -\long\def\subst@in#1#2#3{% - \long\def\subst@in@i##1#2##2\@nil{##1#3##2}% - \expandafter\if@instr\expandafter{#1}{#2}% - {\expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter#1\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\subst@in@i#1\@nil}% - \subst@in#1{#2}{#3}% - }\relax -} - \newcommand\falseverb[1]{{\ttfamily\detokenize{#1}}} \long\def\centerverb#1{% @@ -198,14 +204,26 @@ {1pc}% {\titlerule\vspace{1pc}\Huge} -\newcommand*\nouveau[1][0pt]{\leavevmode\llap{\footnotesize\itshape\bfseries\color{red}Nouveau\kern\dimexpr15pt+#1\relax}} - +\begin{filecontents*}{chemfig_doc_fr.ist} +% Fichier de style makeindex +heading_prefix "{\\bfseries\\hfill " +heading_suffix "\\hfill\\null}\\nopagebreak\n" +headings_flag 1 +symhead_positive "Symboles" +symhead_negative "Symboles" +delim_0 "\\dotfill" +delim_1 "\\dotfill" +delim_2 "\\dotfill" +\end{filecontents*} + +\usepackage{makeidx} +\makeindex \begin{document} \begin{titlepage} \catcode`!12 \begin{tikzpicture}[remember picture,overlay] - \filldraw[blue!75](current page.south west) rectangle ([yshift=2cm,xshift=-3cm]current page.center); - \shade [left color=blue!75,right color=white]([yshift=2cm,xshift=-3cm]current page.center) rectangle ([xshift=3cm]current page.south); + \shade [left color=blue,right color=white]([yshift=2cm]current page.west) rectangle ([xshift=-1cm]current page.south); + \shade [left color=white,right color=blue] ([xshift=1cm]current page.south) rectangle ([yshift=2cm]current page.east); \filldraw[black](current page.north west) rectangle ([yshift=7cm]current page.east); \shade[top color=black,bottom color=blue]([yshift=7cm]current page.east)rectangle([yshift=2.5cm]current page.west); \filldraw[black!55!blue!100]([yshift=2.5cm]current page.east)rectangle([yshift=2cm]current page.west); @@ -215,7 +233,7 @@ \Large v\csname CF@ver\endcsname\par\bigskip \footnotesize\csname CF@fr@date\endcsname\par \normalsize Christian Tellechea\par\vskip1.5cm - \huge Une extension \LaTeX{} pour dessiner des molécules% + \huge Une extension \TeX{} pour dessiner des molécules% \end{center} \vskip4cm \begin{center} @@ -261,28 +279,18 @@ \ECFAugie\small Réarrangement de Beckmann% \end{center} \end{titlepage} -\parindent0pt\pagestyle{fancy} +\parindent0pt\pagestyle{plain} \tableofcontents \parskip\medskipamount \vspace{2cm} \setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt,label=--} \part{Introduction} -\section{Nouveautés de la version 0.3} -\nouveau Suite à des demandes d'utilisateurs et des lacunes qui devaient de toutes façons être comblées, voici les nouveautés de la version 0.3 : +\section{Nouveautés de la version 0.4} +Voici les nouveautés de la version 0.4 : \begin{enumerate} - \item Amélioration de la commande \verb-\definesubmol- qui accepte les séquences de contrôle comme alias. On peut aussi choisir un alias dont la substitution est différente selon l'orientation de la liaison qui lui arrive dessus. Voir page~\pageref{definesubmol}; - \item Le caractère ``\verb-|-'' force la fin d'un atome. Si on écrit ``D|ef'' alors, \CF verra deux atomes ``D'' et ``ef''. Lire page~\pageref{decoupage.atomes}; - \item Le caractère ``\verb-#-'' est reconnu lorsqu'il suit un caractère de liaison. Il doit être suivi d'un argument entre parenthèses qui contient le retrait de début et de fin qui s'appliqueront à cette liaison. Voir page~\pageref{modif.retrait}. - \item La macro \verb-\chemfig- admet des arguments optionnels qui seront passés à l'environnement ``tikzpicture'' dans lequel elle est dessinée. Lire page~\pageref{arguments.optionnels}; - \item Mise en place de la représentation des mouvement d'électrons et des mécanismes réactionnels avec la syntaxe ``\verb-@{<nom>}-'' devant un atome ou - ``\verb-@{<nom>,<coeff>}-'' au tout début de l'argument d'une liaison.\par - Cette syntaxe permet de placer un nœud (au sens de \TIKZ) qui deviendra l'extrémité des flèches dessinées. Le tracé des flèches est fait par la macro \verb-\chemmove- dont l'argument optionnel devient celui de l'environnement ``tikzpicture'' dans lequel sont faites les flèches. Lire page~\pageref{mecanismes-reactionnels}; - \item Concernant le mécanisme d'alignement vertical des atomes sur une même horizontale, l'utilisation de la commande \verb-\chemskipalign- permet d'ignorer ce mécanisme pour le groupe d'atomes dans lequel elle est écrite. Voir page~\pageref{chemskipalign}; - \item La commande \verb-\chemname- permet d'afficher un nom sous une molécule. La commande \verb-\chemnameinit- initialise l'alignement des noms. Lire page~\pageref{chemname}; - \item Les commandes \verb-\hflipnext- et \verb-\vflipnext- provoquent un retournement horizontal ou vertical de la prochaine molécule. Voir page~\pageref{retournement}; - \item Les dessins des décorations qu'effectue la commande \verb-\lewis- ont été améliorés; - \item Corrections de bugs et optimisation du code. + \item Le code a été ré-écrit en plain $\varepsilon$\TeX\idx*{etex@$\protect\varepsilon$\protect\TeX}. L'extention est donc utilisable avec \LaTeX{}\idx*{Latex@\protect\LaTeX} et avec Con\TeX{}t\idx*{ConTeXt@Con\protect\TeX{}t}.; + \item Corrections de bugs. \end{enumerate} \section{Avant propos} @@ -302,42 +310,47 @@ L'expérience montre qu'il est toujours difficile d'associer le dessin des molé Enfin, je tiens à chaleureusement remercier Theo \textsc{Hopman} qui m'a spontanément proposé d'effectuer la traduction de ce manuel en anglais. \section{Présentation} -Pour utiliser ce package, il faut commencer par placer dans le préambule le code suivant : -\centerverb/\usepackage{chemfig}/ -\smallskip +Pour charger \CF, il faut écrire : +\begin{itemize} + \item {\color{blue}\verb-\input chemfig.tex-} avec $\varepsilon$\TeX\idx*\input; + \item {\color{blue}\verb-\usepackage{chemfig}-} avec \LaTeX\idx*{Latex@\protect\LaTeX}\idx*\usepackage; + \item {\color{blue}\verb-\usemodule[chemfig]-} avec Con\TeX t\idx*{ConTeXt@Con\protect\TeX{}t}\idx*\usemodule. +\end{itemize} -La commande principale permettant de dessiner les molécules est \verb|\chemfig{<code>}|. L'argument \verb|<code>| est la suite de caractères décrivant le dessin de la molécule selon les règles qui seront exposées dans ce manuel. +Dans tous les cas, le package \TIKZ\idx*{tikz}, s'il n'a pas été chargé auparavant, est chargé par \CF. + +La commande principale permettant de dessiner les molécules est \verb|\chemfig{<code>}|\idx*\chemfig. L'argument \verb|<code>| est la suite de caractères décrivant le dessin de la molécule selon les règles qui seront exposées dans ce manuel. Tout a été fait pour qu'il soit possible de dessiner le plus grand nombre de configurations de molécules chimiques, tout en privilégiant une syntaxe simple, souple et intuitive. Malgré tout, le \verb-<code>- qui décrit le dessin en 2D de la molécule voit sa complexité augmenter proportionnellement à celle de la molécule à dessiner. -La commande \verb|\chemfig| dessine une molécule en se servant de commandes de l'extension \TIKZ, placées à l'intérieur de l'environnement \verb|tikzpicture|. Le choix de \TIKZ implique que: +La commande \verb|\chemfig| dessine une molécule en se servant de commandes de l'extension \TIKZ\idx*{tikz}, placées à l'intérieur de l'environnement \verb|tikzpicture|\idx*{tikzpicture}. Le choix de \TIKZ implique que: \begin{itemize} -\item l'utilisateur a le choix pour le moteur de compilation : pdf\LaTeX{} peut indifféremment être utilisé en mode dvi (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) ou en mode pdf (tex $\longrightarrow$ pdf). En effet, \TIKZ, via la sous-couche pgf, donne des résultats graphiques identiques dans les deux modes; -\item la boîte englobante est automatiquement calculée par \TIKZ et l'utilisateur n'a pas à se préoccuper d'éventuels chevauchements avec le texte. En revanche il faut faire attention à la régularité des interlignes lorsque la molécule est dessinée dans un paragraphe. À titre d'exemple, on a tracé la boîte englobante pour cette molécule : {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF placera toujours le premier atome de la molécule sur la ligne de base du code qui précède. +\item l'utilisateur a le choix pour le moteur de compilation\idx*{mode de compilation} : pdf\LaTeX{} peut indifféremment être utilisé en mode dvi\idx*{dvi (mode)} (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) ou en mode pdf\idx*{pdf (mode)} (tex $\longrightarrow$ pdf). En effet, \TIKZ, via la sous-couche \idx{pgf}, donne des résultats graphiques identiques dans les deux modes; +\item la boîte englobante\idx*{boite englobante@boîte englobante} est automatiquement calculée par \TIKZ et l'utilisateur n'a pas à se préoccuper d'éventuels chevauchements avec le texte. En revanche il faut faire attention à la régularité des interlignes lorsque la molécule est dessinée dans un paragraphe. À titre d'exemple, on a tracé la boîte englobante\idx*{boite englobante@boîte englobante} pour cette molécule : {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF placera toujours le premier atome de la molécule sur la \idx{ligne de base} du code qui précède. \end{itemize} \newpage -\part{\CF pour l'impatient} +\part{\protect\CF pour l'impatient} Cette partie est un condensé non exhaustif des fonctionnalités de \CF. L'objectif est d'introduire les notions de base permettant au lecteur de dessiner ses premières molécules le plus vite possible. Cette partie ne donne pas de connaissance approfondie. Une utilisation plus avancée et une approche nettement plus formelle des commandes de \CF sera abordée dans les parties suivantes. \section{Syntaxe} -La commande \verb|\chemfig| s'utilise de la manière suivante : +La commande \idx{\chemfig} s'utilise de la manière suivante : \centerverb/\chemfig{<atome1><type de liaison>[<angle>,<coeff>,<n1>,<n2>,<code tikz>]<atome2>}/ \begin{itemize} -\item \verb-<angle>- est l'angle de la liaison entre deux atomes; -\item \verb-<coeff>- est le coefficient multiplicateur de la longueur de liaison par défaut; -\item \verb-<n1>- et \verb-<n2>- sont les numéros de l'atome de départ et de l'atome d'arrivée de la liaison; -\item \verb-<code tikz>- est l'option supplémentaire de couleurs ou de formes pour une liaison. +\item \verb-<angle>- est l'angle de la liaison\idx*{liaison!angle} entre deux atomes; +\item \verb-<coeff>- est le coefficient multiplicateur de la longueur de liaison\idx*{liaison!longueur} par défaut; +\item \verb-<n1>- et \verb-<n2>- sont les numéros de l'atome de départ et de l'atome d'arrivée de la liaison\idx*{liaison!atome de départ et d'arrivée}; +\item \verb-<code tikz>- est l'option supplémentaire de couleurs ou de formes pour une liaison\idx*{liaison!personnalisation}. \end{itemize} \medskip -Chaque liaison admet des arguments optionnels qui se mettent entre crochets. Ces arguments permettent de régler tout ce dont on a besoin pour la liaison. Chaque argument possède une valeur par défaut. On peut écrire très simplement : +Chaque liaison\idx*{liaison!argument optionnel} admet des arguments optionnels qui se mettent entre crochets. Ces arguments permettent de régler tout ce dont on a besoin pour la liaison. Chaque argument possède une valeur par défaut. On peut écrire très simplement : \exemple{La molécule d'eau}|\chemfig{H-O-H}| -Pour cet exemple comme pour tous les autres, la ligne grise représente la ligne de base. +Pour cet exemple comme pour tous les autres, la ligne grise représente la \idx{ligne de base}. \section{Les différents types de liaisons} -Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractères \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} et \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons} +\idx*{liaison!types}Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractères \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} et \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons} \begin{center} \begin{tabular}{>{\centering\arraybackslash}m{1.7cm}>{\centering\arraybackslash}m{3cm}>{\centering\arraybackslash}m{2cm}m{4cm}} \hline @@ -353,30 +366,30 @@ Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractà 9 &\verb+\chemfig{A<|B}+&\chemfig{A<|B}&Cram évidée gauche\\\hline \end{tabular} \end{center} -\label{setdoublesep}La commande \verb-\setdoublesep{<dim>}- permet de régler l'espacement entre les traits des liaisons doubles ou triples. Cet espacement vaut 2pt par défaut. +\label{setdoublesep}La commande \verb-\setdoublesep{<dim>}-\idx*{\setdoublesep} permet de régler l'espacement entre les traits des liaisons doubles ou triples. Cet espacement vaut 2pt par défaut. \section{Les différents types de formules} \subsection{Formule développée} \exemple{L'éthane}|\chemfig{C(-[2]H)(-[4]H)(-[6]H)-C(-[2]H)(-[6]H)-H}| -Chaque liaison admet des arguments optionnels. Le premier des arguments optionnels définit l'\verb-<angle>- de la liaison. Les angles vont croissant dans le sens trigonométrique. Si l'angle n'est pas indiqué, alors sa valeur par défaut vaut 0\degres. +Chaque liaison admet des arguments optionnels\idx*{liaison!argument optionnel}. Le premier des arguments optionnels définit l'\verb-<angle>- de la liaison\idx*{liaison!angle}. Les angles vont croissant dans le sens trigonométrique. Si l'angle n'est pas indiqué, alors sa valeur par défaut vaut 0\degres. -Remarque : les parenthèses permettent d'autoriser plusieurs liaisons à partir d'un même atome, voir ``Molécules ramifiées'', page~\pageref{molecules.ramifiees}. +Remarque : les parenthèses permettent d'autoriser plusieurs liaisons à partir d'un même atome, voir ``Molécules ramifiées''\idx*{ramification}, page~\pageref{molecules.ramifiees}. Il y a plusieurs façons de spécifier l'angle d'une liaison. \begin{description} -\item[Angles prédéfinis] Lorsque l'argument optionnel contient un entier celui-ci représente l'angle que fait la liaison avec l'horizontale, en multiples de 45\degres. +\item[Angles prédéfinis] \idx*{liaison!angle!prédéfini}Lorsque l'argument optionnel contient un entier celui-ci représente l'angle que fait la liaison avec l'horizontale, en multiples de 45\degres. \exemple{Angles prédéfinis}|\chemfig{(-[1]1)(-[2]2)(-[3]3)(-[4]4)(-[5]5)(-[6]6)(-[7]7)-0}| -\item[Angle absolu] Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \verb-[:<angle absolu>]-. L'\verb-<angle absolu>- peut être positif, négatif, décimal. Il est ramené dans l'intervalle $[0\;;360]$. -\item[Angle relatif] Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera relativement à la précédente. On doit alors employer cette syntaxe pour l'argument optionnel : \verb-[::<angle relatif>]-. L'\verb-<angle relatif>- peut être positif, négatif, décimal. +\item[Angle absolu] \idx*{liaison!angle!absolu}Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \verb-[:<angle absolu>]-. L'\verb-<angle absolu>- peut être positif, négatif, décimal. Il est ramené dans l'intervalle $[0\;;360]$. +\item[Angle relatif]\idx*{liaison!angle!relatif}Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera relativement à la précédente. On doit alors employer cette syntaxe pour l'argument optionnel : \verb-[::<angle relatif>]-. L'\verb-<angle relatif>- peut être positif, négatif, décimal. \end{description} \subsection{Formule semi-développée} \exemple{L'hex-1-ène}|\chemfig{H_3C-{{(CH_2)}_3}-CH=CH_2}| -Il peut-être utile dans certains cas de pouvoir modifier la longueur d'une liaison. Dans l'exemple précédent, il nécessaire d'allonger les deux premières liaisons, beaucoup trop courtes par rapport à la double liaison. Pour cela il faut utiliser l'argument \verb|<coeff>| des arguments optionnels : +Il peut-être utile dans certains cas de pouvoir modifier la longueur d'une liaison\idx*{liaison!longueur}. Dans l'exemple précédent, il nécessaire d'allonger les deux premières liaisons, beaucoup trop courtes par rapport à la double liaison. Pour cela il faut utiliser l'argument \verb|<coeff>| des arguments optionnels\idx*{liaison!argument optionnel} : \exemple{L'hex-1-ène}|\chemfig{H_3C-[,1.5]{{(CH_2)}_3}-[,1.5]CH=CH_2}| @@ -387,19 +400,19 @@ Remarques : \end{itemize} \subsection{Représentation de CRAM} -Une autre façon d'indiquer l'angle de la liaison entre deux atomes. +\idx*{representation de Cram@représentation de Cram}Une autre façon d'indiquer l'angle de la liaison entre deux atomes. \exemple{Le méthane}|\chemfig{C(-[5]H)(-[2]H)(<[:-70]H)(<:[:-20]H)}| \subsection{Formule topologique} -Une saisie simplifiée à son maximum, seule les liaisons covalentes sont indiquées ainsi que leurs éventuels paramètres. +\idx*{formule topologique}Une saisie simplifiée à son maximum, seule les liaisons covalentes sont indiquées ainsi que leurs éventuels paramètres. \exemple{Le but-2-ène}|\chemfig{-[:30]=[:-30,,,,red]-[:30]}| -La liaison double est tracée de part et d'autre de la ligne de liaison simple. Pour garder une cohérence graphique des formules topologiques de certains composés, il est intéressant de déporter cette liaison double soit au dessus de cette ligne, soit au dessous. Il suffit alors de faire suivre le signe ``\verb-=-'' de ``\verb-^-'' ou ``\verb-_-'' : +La liaison double est tracée de part et d'autre de la ligne de liaison simple. Pour garder une cohérence graphique des formules topologiques de certains composés, il est intéressant de déporter\idx*{liaison!déportées} cette liaison double soit au dessus de cette ligne, soit au dessous. Il suffit alors de faire suivre le signe ``\verb-=-'' de ``\verb-^-'' ou ``\verb-_-'' : \exemple{Comparaison doubles liaisons/doubles liaisons déportées}/\chemfig{-[:-30]=[:30]-[:-30]} \chemfig{-[:-30]=^[:30]-[:-30]}\par \chemfig{=[:-30]-[:30]=[:-30]} \chemfig{=_[:-30]-[:30]=^[:-30]}/ \subsection{Formule de Lewis} -La syntaxe est la suivante : +\idx*{representation de Lewis@représentation de Lewis}La syntaxe est la suivante : \centerverb/\lewis{<indice de position><état électronique>,<atome>}/ \smallskip @@ -414,12 +427,12 @@ Remarque : les positions prennent des valeurs entières allant de 0 à 7. \lewis{1357,Ar}/ \section{Molécules ramifiées}\label{molecules.ramifiees} -Pour indiquer une ramification, il suffit de faire suivre l'atome portant la ramification d'un \verb-<code>- entre parenthèses. Ce \verb-<code>- est le code de la sous molécule qui viendra s'attacher sur l'atome. Il peut bien sûr y avoir plusieurs ramifications sur un même atome. Celles-ci peuvent aussi être imbriquées. +Pour indiquer une \idx{ramification}, il suffit de faire suivre l'atome portant la ramification d'un \verb-<code>- entre parenthèses. Ce \verb-<code>- est le code de la sous molécule qui viendra s'attacher sur l'atome. Il peut bien sûr y avoir plusieurs ramifications sur un même atome. Celles-ci peuvent aussi être imbriquées. \exemple{Alcanes}|\chemfig{H_3C-CH(-[2]CH_3)-CH_3} \hspace{.5cm}\chemfig{-(-[2])(-[6])-}| -Dans ce type de représentation il est parfois nécessaire de relier deux atomes distants. Pour cela on dispose du caractère \verb|?| qui va servir de crochet entre deux atomes. La fonction +Dans ce type de représentation il est parfois nécessaire de relier deux atomes distants. Pour cela on dispose du caractère \verb|?|\idx*{liaison!atomes éloignés} qui va servir de crochet entre deux atomes. La fonction \centerverb/?[<nom>,<liaison>,<tikz>]/ accepte trois arguments, le nom du crochet, le type de liaison et du code tikz. L'exemple suivant indique comment poser deux crochets différents. @@ -427,7 +440,7 @@ accepte trois arguments, le nom du crochet, le type de liaison et du code tikz. -[2]CH_2-[,1.7]CH(-[3]N?[a]-[3]H_3C)(-[,1.35]C?[b]H-CO-OCH_3)}| \section{Cycles} -\CF peut tracer des polygones réguliers facilement. La syntaxe est la suivante : +\idx*{cycle}\CF peut tracer des polygones réguliers facilement. La syntaxe est la suivante : \centerverb/\chemfig{*n(<code de la molécule>)}/ \smallskip @@ -436,7 +449,7 @@ accepte trois arguments, le nom du crochet, le type de liaison et du code tikz. \chemfig{*5(-=-=-)}\hspace{.5cm} \chemfig{*6(-=-=-=)}| -Les ramifications s'utilisent de la même façon +Les ramifications s'utilisent de la même façon\idx*{cycle!ramification} \exemple{Cycles et ramifications}|\chemfig{*4(-(--[1]*4(----))---)}| @@ -448,13 +461,13 @@ Remarque : un cycle ne pas commencer ou finir par l'atome ou le groupe d'atomes \chemfig{*4(-B-C-D-A)}| \section{Ions} -La commande \verb|\chemfig| vous place directement dans l'environnement mathématique\footnote{Il existe un problème de placement des groupes d'atomes contenant des exposants ou des indices. Voir page~\pageref{alignement.vertical}.} de \TeX, il est donc très simple d'écrire un ion. Il faut toutefois placer le signe $-$ entre accolades pour éviter à \CF qu'il le confonde avec le symbole d'une liaison covalente. +La commande \verb|\chemfig| vous place directement dans le mode mathématique\idx*{mode mathematique@mode mathématique}\footnote{Il existe un problème de placement des groupes d'atomes contenant des exposants ou des indices. Voir page~\pageref{alignement.vertical}.} de \TeX, il est donc très simple d'écrire un ion. Il faut toutefois placer le signe $-$ entre accolades pour éviter à \CF qu'il le confonde avec le symbole d'une liaison covalente. \exemple{L'ion acétate}|\chemfig{-(-[1]O^{-})=[7]O}| -Pour les puristes il est possible d'entourer la charge de l'ion en utilisant les commandes \verb|\ominus| et \verb|\oplus|. +Pour les puristes il est possible d'entourer la charge de l'ion en utilisant les commandes \verb|\ominus| et \verb|\oplus|\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}. -Pour répondre à toutes les exigences, il existe deux autres commandes \verb|\chemabove| et \verb|\chembelow| qui permettent de placer les charges au dessus et en dessous de l'atome considéré. +Pour répondre à toutes les exigences, il existe deux autres commandes \idx{\chemabove} et \idx{\chembelow} qui permettent de placer les charges au dessus et en dessous de l'atome considéré.\idx*\lewis \exemple{Quelques ions}|\chemfig{-(-[1]O^{\ominus})=[7]O} \hspace{1cm} @@ -463,17 +476,17 @@ Pour répondre à toutes les exigences, il existe deux autres commandes \verb|\c \vskip5pt \chemfig{-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}(=[1]O)-[7]O^{\ominus}}| -Pour ceux qui font du zèle, les commandes \verb|\chemabove| et \verb|\chembelow| acceptent un argument optionnel qui règle la distance entre la charge et l'atome. +Pour ceux qui font du zèle, les commandes \idx{\chemabove} et \idx{\chembelow} acceptent un argument optionnel qui règle la distance entre la charge et l'atome.\idx*\lewis \exemple{Position de la charge}|\chemfig{\lewis{35,O}=C-\chemabove [3pt]{\lewis{246,O}}{\hspace{.5cm}\ominus}}| \section{Équations chimiques} -Voici un exemple de réaction chimique : +\idx*{reaction chimique@réaction chimique}Voici un exemple de réaction chimique : \exemple*{Réaction chimique}/\chemfig{**6(------)} \hspace{.5cm} + \hspace{.5cm} \chemfig{H_3C-Cl} \hspace{.5cm} $\xrightarrow{catalyseur}$ \hspace{.5cm} \chemfig{**6(---(-)---)} \hspace{.5cm} + \hspace{.5cm} \chemfig{H-Cl}/ -\CF introduit également deux nouvelles commandes \verb-\chemsign- et \verb-\chemrel- qui permettent de simplifier légèrement la syntaxe précédente. +\CF introduit également deux nouvelles commandes \idx{\chemsign} et \idx{\chemrel} qui permettent de simplifier légèrement la syntaxe précédente. \exemple*{Avec les commandes \CF}|\setchemrel{0pt}{1.2em}{6em} \chemfig{**6(------)}\chemsign[0.5cm]+\chemfig{H_3C-Cl} @@ -481,7 +494,7 @@ Voici un exemple de réaction chimique : \chemfig{**6(---(-)---)}\chemsign[0.5cm]+\chemfig{H-Cl}| \newpage -\part{Fonctionnement de \CF} +\part{Fonctionnement de \protect\CF} Cette partie est consacrée à la description des fonctionnalités les plus courantes de \CF. Le cadre de cette description dépasse largement celui de \og\CF pour l'impatient\fg{} mais l'utilisateur trouvera ici les explications suffisantes pour dessiner la plupart des molécules. La présentation des fonctionnalités est faite sous un angle théorique, et le but de cette partie n'est pas de dessiner de vraies molécules chimiques mais de donner à l'utilisateur une description formelle des fonctionnalités de \CF. La partie ``Utilisation avancée'', page~\pageref{utilisation.avancee}, sera plus pratique et dévoilera des fonctionnalités plus avancées pour les utilisations les plus pointues. On y mettra aussi en avant des méthodes pour construire de vraies molécules chimiques, page \pageref{exemples.commentes}. Enfin, la dernière partie présentera des molécules chimiques et le code utilisé pour les dessiner. \section{Groupes d'atomes} @@ -490,16 +503,16 @@ Intrinsèquement, le dessin d'une molécule chimique consiste à relier par des {\fboxsep1pt Mais dans cette molécule \molht{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O} -on compte 4 groupes d'atomes : ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' et ``OH''. Pour des raisons que nous verrons plus tard, \CF examine chaque groupe d'atomes et le découpe en atomes. Chaque atome s'étend jusqu'à rencontrer une lettre majuscule ou un de ces caractères spéciaux : {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. Pour \CF, tous les caractères entre accolades sont ignorés pour le découpage en atomes. +on compte 4 groupes d'atomes : ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' et ``OH''. Pour des raisons que nous verrons plus tard, \CF examine chaque groupe d'atomes et le découpe en atomes. Chaque atome s'étend jusqu'à rencontrer une lettre majuscule ou un de ces caractères spéciaux : {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. Pour \CF, tous les caractères entre accolades sont ignorés pour le découpage en atomes\idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes}. Par conséquent, le premier groupe d'atomes ``$\mathrm{H_3C}$'' est découpé en 2 atomes : $\boxednode{H_3}{}$ et $\boxednode C{}$. Chimiquement, il arrive que ce ne soient pas de vrais atomes puisque $\mathrm{H_3}$ par exemple, est constitué de 3 atomes d'hydrogène. Par abus de langage, on parlera d'atomes par la suite. Par conséquent, \CF voit la molécule précédente ainsi : \renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} \molht{H_3C-[,1.75]C(=[:30,1.5]O)(-[:-30,1.5]OH)}} \section{Différents types de liaisons} -Comme on l'a vu (voir page~\pageref{types.liaisons}), les liaisons peuvent être de 9 types, chacune correspondant aux caractères \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} et \boxedfalseverb{<|}. +\idx*{liaison!types}Comme on l'a vu (voir page~\pageref{types.liaisons}), les liaisons peuvent être de 9 types, chacune correspondant aux caractères \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} et \boxedfalseverb{<|}. -\label{longueur.liaison}Lorsqu'une liaison est faite entre 2 atomes, il faut comprendre que ces atomes sont contenus dans des boîtes invisibles rectangulaires. Les centres des deux rectangles sont séparés par une distance réglable $\Delta$, appelée ``distance interatome''. De plus, les liaisons ne relient pas exactement les frontières des rectangles : une distance $\delta$, réglable elle aussi, sépare le bord des rectangles du début et de la fin de la liaison. Pour aider à la compréhension, les boîtes rectangulaires sont rendues visibles dans ce schéma : +\label{longueur.liaison}\idx*{liaison!longueur}Lorsqu'une liaison est faite entre 2 atomes, il faut comprendre que ces atomes sont contenus dans des boîtes invisibles rectangulaires. Les centres des deux rectangles sont séparés par une distance réglable $\Delta$, appelée ``distance interatome''. De plus, les liaisons ne relient pas exactement les frontières des rectangles : une distance $\delta$, réglable elle aussi, sépare le bord des rectangles du début et de la fin de la liaison. Pour aider à la compréhension, les boîtes rectangulaires sont rendues visibles dans ce schéma : \begin{center} \begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline] \node[draw] at(0,0)(aa){\huge A}; @@ -523,19 +536,19 @@ Comme on l'a vu (voir page~\pageref{types.liaisons}), les liaisons peuvent être \end{tikzpicture} \end{center} -\label{setatomsep}La macro \verb-\setatomsep{<dimension>}- règle cette distance interatome $\Delta$. Si la \verb-<dimension>- est vide, elle prend sa valeur par défaut : 3em. Cette commande, comme toutes les commandes de réglage, agit sur toutes les molécules qui vont suivre. +\label{setatomsep}La macro \verb-\setatomsep{<dimension>}-\idx*{\setatomsep} règle cette distance interatome $\Delta$. Si la \verb-<dimension>- est vide, elle prend sa valeur par défaut : 3em. Cette commande, comme toutes les commandes de réglage, agit sur toutes les molécules qui vont suivre. \exemple{Distance interatome}|\setatomsep{2em}\chemfig{A-B}\par \setatomsep{50pt}\chemfig{A-B}| -\label{setbondoffset}La commande \verb-\setbondoffset{<dimension>}- permet de régler l'espacement $\delta$ entre le trait représentant la liaison et l'atome. Si la \verb-<dimension>- est vide, alors $\delta=\text{2 pt}$. +\label{setbondoffset}\idx*{\setbondoffset}La commande \verb-\setbondoffset{<dimension>}- permet de régler l'espacement $\delta$ entre le trait représentant la liaison et l'atome. Si la \verb-<dimension>- est vide, alors $\delta=\text{2 pt}$. \exemple{Retrait des liaisons}|\setbondoffset{0pt}\chemfig{A-B}\par \setbondoffset{5pt}\chemfig{A-B}| Si deux liaisons se suivent, alors \CF insère un groupe vide \verb-{}-, et autour de ce groupe vide, l'espacement $\delta$ est nul : \exemple{Groupes vides}/\chemfig{A-B=-=C}/ -\nouveau\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur ``B'', puis partant de ``B'' et enfin pour les deux à la fois : +\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur ``B'', puis partant de ``B'' et enfin pour les deux à la fois : \begingroup \catcode`\#12 \exemple{Réglage fin du retrait des liaisons}/\setbondoffset{4pt} @@ -545,10 +558,10 @@ Si deux liaisons se suivent, alors \CF insère un groupe vide \verb-{}-, et auto \chemfig{A-#(,0pt)B-#(0pt)C}/ \endgroup -Par défaut, tous les atomes se trouvant dans les groupes d'atomes sont composés en mode mathématique (les espaces sont ignorés). Ils peuvent donc contenir des caractères propres à ce mode comme la mise en indice ou en exposant\footnote{Il existe un problème de placement des groupes d'atomes contenant des exposants ou des indices. Voir page~\pageref{alignement.vertical}.}: +Par défaut, tous les atomes se trouvant dans les groupes d'atomes sont composés en mode mathématique\idx*{mode mathematique@mode mathématique} (les espaces sont ignorés). Ils peuvent donc contenir des caractères propres à ce mode comme la mise en indice ou en exposant\footnote{Il existe un problème de placement des groupes d'atomes contenant des exposants ou des indices. Voir page~\pageref{alignement.vertical}.}: \exemple{Mode mathématique}|\chemfig{A_1B^2-C _ 3 ^ 4}| -Il existe des réglages spécifiques aux liaisons de Cram. On utilise cette syntaxe :\label{setcrambond} +Il existe des réglages spécifiques aux liaisons de Cram\idx*{representation de Cram@représentation de Cram}\idx*\setcrambond. On utilise cette syntaxe :\label{setcrambond} \centerverb/\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}/ \smallskip @@ -565,11 +578,11 @@ Voici un exemple où les 3 dimensions sont modifiées : \chemfig{A>B>:C>|D}- \section{Angle d'une liaison} -Chaque liaison admet un argument optionnel qui se met entre crochet. Le contenu de cet argument optionnel permet de régler tout ce dont on a besoin pour la liaison. Cet argument optionnel est constitué de 5 champs séparés par des virgules qui sont autant d'arguments optionnels pour la liaison. Le premier de ces arguments définit l'angle optionnel de la liaison. Les angles vont croissant dans le sens trigonométrique et sont définis par rapport à l'horizontale. Si l'argument optionnel est vide, alors l'angle par défaut vaut 0\degres. Nous verrons plus loin comment modifier cet angle par défaut. +\idx*{liaison!angle}\idx*{liaison!argument optionnel|(}Chaque liaison admet un argument optionnel qui se met entre crochet. Le contenu de cet argument optionnel permet de régler tout ce dont on a besoin pour la liaison. Cet argument optionnel est constitué de 5 champs séparés par des virgules qui sont autant d'arguments optionnels pour la liaison. Le premier de ces arguments définit l'angle optionnel de la liaison. Les angles vont croissant dans le sens trigonométrique et sont définis par rapport à l'horizontale. Si l'argument optionnel est vide, alors l'angle par défaut vaut 0\degres. Nous verrons plus loin comment modifier cet angle par défaut. Il y a plusieurs façons de spécifier l'angle d'une liaison. \subsection{Angle prédéfini} -Lorsque l'argument optionnel contient un entier celui-ci représente l'angle que fait la liaison avec l'horizontale, en multiples de 45\degres. Ainsi, \verb-[0]- spécifie un angle de 0\degres, \verb-[1]- de 45\degres, ainsi de suite jusqu'à \verb-[7]- qui spécifie un angle de 315\degres. L'entier peut trouver en dehors de l'intervalle $[0\;;\;7]$ auquel cas l'angle est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$. +\idx*{liaison!angle!prédéfini}Lorsque l'argument optionnel contient un entier celui-ci représente l'angle que fait la liaison avec l'horizontale, en multiples de 45\degres. Ainsi, \verb-[0]- spécifie un angle de 0\degres, \verb-[1]- de 45\degres, ainsi de suite jusqu'à \verb-[7]- qui spécifie un angle de 315\degres. L'entier peut trouver en dehors de l'intervalle $[0\;;\;7]$ auquel cas l'angle est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$. \exemple{Angles prédéfinis}|\chemfig{A-B-[1]C-[3]-D-[7]E-[6]F}| @@ -577,11 +590,11 @@ Ces angles restent valable si les atomes sont vides et il en sera de même par l \exemple{Angles prédéfinis, groupes vides}|\chemfig{--[1]-[3]--[7]-[6]}| \subsection{Angle absolu} -Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \verb-[:<angle absolu>]-. S'il le faut, l'\verb-<angle absolu>- est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$ : +\idx*{liaison!angle!absolu}Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \verb-[:<angle absolu>]-. S'il le faut, l'\verb-<angle absolu>- est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$ : \exemple{Angles absolus}/\chemfig{A-[:30]B=[:-75]C-[:10]D-[:90]>|[:60]-[:-20]E-[:0]~[:-75]F}/ \subsection{Angle relatif}\label{angle.relatif} -Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera relativement à la précédente. On doit alors employer cette syntaxe pour l'argument optionnel : \verb-[::<angle relatif>]-. Le signe de l'\verb-<angle relatif>- peut être omis s'il s'agit d'un \verb-+-. +\idx*{liaison!angle!relatif}Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera relativement à la précédente. On doit alors employer cette syntaxe pour l'argument optionnel : \verb-[::<angle relatif>]-. Le signe de l'\verb-<angle relatif>- peut être omis s'il s'agit d'un \verb-+-. Voici une molécule où les angles des liaisons augmentent de 20\degres{} à chacune après la première dont l'angle est absolu de $-5\degres$ : \exemple{Suite d'angles relatifs}|\chemfig{A-[:-5]-[::+20]-[::20]B-[::+20]-[::20]C-[::20]}| @@ -590,7 +603,7 @@ On peut ``casser'' un enchaînement d'angles relatifs en mettant un angle absolu \exemple{Suite d'angles relatif puis angle absolu}|\chemfig{A-[:-5]-[::20]-[::20]B-[7]-[::20]C-[::20]}| \section{Longueur d'une liaison} -En fait, il faudrait plutôt parler d'espace interatome que de longueur d'une liaison. En effet, seul l'espace interatome est réglable avec \verb-\setatomsep- comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Une fois ce paramètre fixé, la longueur d'une liaison dépend du contenu des atomes et, dans une moindre mesure, de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Il est bien évident que deux atomes peu ``encombrants'' auront leurs bords plus lointains que s'il avaient été encombrants. On s'en rend très bien compte sur cet exemple où les atomes ``I'' sont plus étroits que les atomes ``M'' ce qui entraîne que la liaison entre les ``I'' est plus longue que celle entre les ``M'' : +\idx*{liaison!longueur}En fait, il faudrait plutôt parler d'espace interatome que de longueur d'une liaison. En effet, seul l'espace interatome est réglable avec \idx{\setatomsep} comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Une fois ce paramètre fixé, la longueur d'une liaison dépend du contenu des atomes et, dans une moindre mesure, de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Il est bien évident que deux atomes peu ``encombrants'' auront leurs bords plus lointains que s'il avaient été encombrants. On s'en rend très bien compte sur cet exemple où les atomes ``I'' sont plus étroits que les atomes ``M'' ce qui entraîne que la liaison entre les ``I'' est plus longue que celle entre les ``M'' : \exemple{Influence de la largeur de l'atome}|\chemfig{I-I}\par \chemfig{M-M}| @@ -600,12 +613,12 @@ Cet aspect de l'encombrement des atomes se fait particulièrement sentir lorsqu' Il est important de remarquer que l'exposant \verb+-+ est \emph{mis entre accolades}. En effet si ce n'était pas le cas, \CF stopperait l'atome sur ce caractère qui est un caractère de liaison. L'atome serait donc ``\verb-B^-'', ce qui conduirait à des résultats inattendus. On voit sur l'exemple ci-dessus qu'il est donc nécessaire de pouvoir augmenter (ou parfois réduire) la distance interatome par l'intermédiaire de leur liaison. Pour cela, l'argument optionnel des liaisons est en réalité constitué de plusieurs champs séparés par des virgules. Comme on l'a vu, le premier champ spécifie l'angle. -Le deuxième champ, s'il est non vide, est un coefficient qui multipliera la distance interatome $\Delta$ par défaut. Ainsi, écrire \verb+-[,2]+ demandera à ce que cette liaison ait l'angle par défaut (1\ier{} champ vide) et que les atomes qu'elle relie soit espacés d'une distance double de celle par défaut. +Le deuxième champ, s'il est non vide, est un coefficient qui multipliera la distance interatome $\Delta$ par défaut. Ainsi, écrire \verb+-[,2]+ demandera à ce que cette liaison ait l'angle par défaut (1\ier{} champ vide) et que les atomes qu'elle relie soit espacés d'une distance double de celle par défaut.\idx*{liaison!longueur} \exemple{Longueur de liaison modifiée}/\chemfig{A^{++}_{2}-[,2]B^{-}_3}\par \chemfig{A-B-[,2]C=[,0.5]D}\par \chemfig{-=[,1.5]-[,0.75]=[:-20,2]}/ -On peut modifier la taille des molécules en jouant sur la taille de la police ou sur \verb-\setatomsep-, éventuellement sur les deux\footnote{On peut aussi utiliser le deuxième argument optionnel de la commande \texttt{\string\chemfig}, voir page~\pageref{arguments.optionnels}.}, en prenant soin de confiner ces changements à l'intérieur d'un groupe si on veut en limiter la portée : +On peut modifier la taille des molécules\idx*{taille des molécules@taille des molecules} en jouant sur la taille de la police ou sur \idx\setatomsep, éventuellement sur les deux\footnote{On peut aussi utiliser le deuxième argument optionnel de la commande \texttt{\string\chemfig}, voir page~\pageref{arguments.optionnels}.}, en prenant soin de confiner ces changements à l'intérieur d'un groupe si on veut en limiter la portée : \exemple{Modifier la taille des molécules}/\normalsize \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par \setatomsep{2.5em}\chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par \small \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}\par @@ -614,7 +627,7 @@ On peut modifier la taille des molécules en jouant sur la taille de la police o \tiny \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}/ \section{Atome de départ et d'arrivée} -Un groupe d'atomes peut contenir plusieurs atomes. Mettons que l'on veuille relier le groupe ``ABCD'' au groupe ``EFG'' avec une liaison. \CF calcule quel atome du premier groupe et quel atome de second groupe il faut relier en fonction de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Si l'angle est compris entre $-90\degres$ et 90\degres{} (modulo 360\degres) ces valeurs étant \emph{non comprises}, alors, la liaison se fait entre le dernier atome du premier groupe et de premier atome du second groupe. Dans tous les autres cas, la liaison se fait par défaut entre le premier atome du premier groupe et le dernier atome du second groupe. +\idx*{liaison!atome de départ et d'arrivée}Un groupe d'atomes peut contenir plusieurs atomes. Mettons que l'on veuille relier le groupe ``ABCD'' au groupe ``EFG'' avec une liaison. \CF calcule quel atome du premier groupe et quel atome de second groupe il faut relier en fonction de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Si l'angle est compris entre $-90\degres$ et 90\degres{} (modulo 360\degres) ces valeurs étant \emph{non comprises}, alors, la liaison se fait entre le dernier atome du premier groupe et de premier atome du second groupe. Dans tous les autres cas, la liaison se fait par défaut entre le premier atome du premier groupe et le dernier atome du second groupe. Voici des exemples où les angles sont dans l'intervalle $]-90\;;90[$, et où la liaison se fait donc entre D et E : \exemple{Atomes liés par défaut}|\chemfig{ABCD-[:75]EFG}\quad @@ -636,11 +649,11 @@ où \verb-<entier 1>- et \verb-<entier 2>- sont les numéros des atomes de dépa \chemfig{ABCD-[:75,,3,2]EFG}| \section{Personnalisation des liaisons} -Il existe un 5\ieme{} et dernier argument optionnel pour les liaisons qui se trouve à droite de la 4\ieme{} virgule : +\idx*{liaison!personnalisation}Il existe un 5\ieme{} et dernier argument optionnel pour les liaisons qui se trouve à droite de la 4\ieme{} virgule : \centerverb/[,,,,<code tikz>]/ \smallskip -Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme ``\verb-red-'', de pointillés comme ``\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-'', d'épaisseur comme ``\verb-line width=2pt-'' ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant ``\verb-draw=none-''. Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule : +\idx*{tikz}Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme ``\verb-red-'', de pointillés comme ``\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-'', d'épaisseur comme ``\verb-line width=2pt-'' ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant ``\verb-draw=none-''\idx*{liaison!invisible}. Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule : \exemple{Passage de code tikz}|\chemfig{A-[,,,,red]B}\par \chemfig{A-[,,,,dash pattern=on 2pt off 2pt]B}\par \chemfig{A-[,,,,line width=2pt]B}\par @@ -652,7 +665,7 @@ On peut ainsi avoir accès aux nombreuses librairies de décoration de \TIKZ. On Les liaisons de Cram sont insensibles aux attributs d'épaisseur et de pointillés. \section{Valeurs par défaut} -Au début de chaque molécule, les valeurs par défaut des arguments optionnels des liaisons sont initialisées. Elles valent : +\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!valeurs par défaut}Au début de chaque molécule, les valeurs par défaut des arguments optionnels des liaisons sont initialisées. Elles valent : \begin{itemize} \item 0\degres{} pour l'angle des liaisons; \item 1 pour le coefficient multiplication des longueurs; @@ -668,9 +681,9 @@ Ainsi, si le code de la molécule commence par \verb-[:20,1.5]-, alors toutes le \exemple{Écrasement des valeurs par défaut}|\chemfig{[:20,1.5]A-B-C-[:-80,0.7]D-E-F}| Si on écrit un improbable \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]-, sauf indication contraire, toutes les liaisons auront un angle de 45\degres{} avec l'horizontale, les distances interatomes vaudront 1,5 fois la distance par défaut, les liaisons partiront et arriveront sur le deuxième atome de chaque groupe et seront rouges et épaisses : -\exemple{Valeurs par défaut}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}| +\exemple{Valeurs par défaut}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}|\idx*{liaison!argument optionnel|)} -\section{Ramifications} +\section{Ramifications}\idx*{ramification} \subsection{Principe} Jusqu'à présent, toutes les molécules étaient linéaires, ce qui est rare. On peut attacher une sous molécule à un atome faisant suivre cet atome d'un \verb-<code>- entre parenthèses. Ce \verb-<code>- est le code d'une sous molécule qui viendra d'attacher sur l'atome. @@ -706,7 +719,7 @@ N'ayant utilisé que des angles relatifs, on peut faire pivoter cette molécule, \exemple[70]{Rotation de la molécule}|\chemfig{[:75]R-C(=[::+60]O)-[::-60]O-[::-60]C(=[::+60]O)-[::-60]R}| \section{Lier des atomes éloignés} -Nous avons vu comment relier des atomes \emph{qui se suivent dans le code}. Il est parfois indispensable de relier entre-eux des atomes ne se suivant pas dans le code. Appelons ``liaisons distantes'' ces liaisons particulières. +\idx*{liaison!atomes éloignés}Nous avons vu comment relier des atomes \emph{qui se suivent dans le code}. Il est parfois indispensable de relier entre-eux des atomes ne se suivant pas dans le code. Appelons ``liaisons distantes'' ces liaisons particulières. Prenons cette molécule : \exemple{Structure ramifiée}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[7]Y-Z)-C}| @@ -741,7 +754,7 @@ On peut écrire plusieurs crochets différents après un atome. Mettons que dans Alors, il faut procéder de cette façon : \exemple{Plusieurs liaisons éloignées}|\chemfig{A?[a]-[:-72]B-C?[a]?[b]-[:72]D-[:144]E?[a]?[b]}| -\section{Cycles} +\section{Cycles}\idx*{cycle|(} L'exemple précédent montre comment tracer un polygone régulier, mais la méthode est fastidieuse puisque les angles dépendent du nombre de côté du polygone. \subsection{Syntaxe} @@ -757,12 +770,12 @@ Voici un 5-cycle, attaché a l'atome ``\verb/A/'' : On peut également dessiner un cycle avec un, plusieurs, ou tous les groupes d'atomes vides, comme c'est le cas pour les dessins hors des cycles : \exemple{5-cycle avec groupes vides}|\chemfig{*5(-=--=)}| -Un cycle peut être incomplet : +Un cycle peut être incomplet\idx*{cycle!incomplet} : \exemple{5-cycle incomplet}|\chemfig{*5(-B=C-D)}| Si un cycle a un code qui contient trop de liaisons et de groupes d'atomes pour le nombre de sommets spécifiés, toutes les liaisons et les groupes au delà du maximum admissible sont ignorés : \exemple{5-cycle tronqué}|\chemfig{A*5(-B=C-D-E=F-G=H-I)}| -Il est possible de dessiner un cercle ou un arc de cercle à l'intérieur d'un cycle. Pour cela, on utilise cette syntaxe : +Il est possible de dessiner un cercle ou un arc de cercle à l'intérieur d'un cycle\idx*{cycle!cercle intérieur}. Pour cela, on utilise cette syntaxe : \centerverb/<atome>**[<angle 1>,<angle 2>,<tikz>]<n>(<code>)/ \smallskip @@ -778,7 +791,7 @@ où chaque champ de l'argument optionnel prend sa valeur par défaut s'il est vi \subsection{Position angulaire} \subsubsection{Au départ} -Comme on le voit dans les exemples ci-dessous, la règle est que l'atome d'attache ``\verb/A/'' se trouve toujours au sud ouest du cycle. De plus, le cycle est toujours construit dans le sens trigonométrique et la dernière liaison tombe verticalement sur l'atome de rattachement : +\idx*{cycle!position angulaire}Comme on le voit dans les exemples ci-dessous, la règle est que l'atome d'attache ``\verb/A/'' se trouve toujours au sud ouest du cycle. De plus, le cycle est toujours construit dans le sens trigonométrique et la dernière liaison tombe verticalement sur l'atome de rattachement : \exemple{Position angulaire des cycles}|\chemfig{A*4(-B-C-D-)}\qquad\chemfig{A*6(------)}| Si cette position angulaire ne convient pas, il est possible de spécifier via l'argument optionnel du début de la molécule un autre angle par défaut. Voici un 6-cycle qui a été pivoté de $+30\degres$, de $-30\degres$ puis de $+60\degres$ : @@ -797,7 +810,7 @@ La règle reste valable, quelque soit l'angle de la liaison précédente : \chemfig{A=[:-30]*6(=-=-=-)}| \subsection{Ramifications partant d'un cycle} -Pour faire partir une ramification d'un des sommets du cycle, on emploie la syntaxe déjà vue : +\idx*{cycle!ramification}Pour faire partir une ramification d'un des sommets du cycle, on emploie la syntaxe déjà vue : \centerverb/<atome>(<code>)/ \smallskip @@ -818,7 +831,7 @@ On peut désormais lier des cycles entre eux par des liaisons : \exemple{Cycles liés}|\chemfig{*6(--(-*5(----(-*4(----))-))----)}| \subsection{Cycles emboîtés} -Pour ``coller'' 2 cycles entre eux, la syntaxe est légèrement différente : on identifie le sommet d'où va commencer l'autre cycle. Il suffit de faire suivre ce sommet par la syntaxe habituelle d'un cycle. Voici par exemple un 5-cycle qui part du deuxième sommet d'un 6-cycle : +\idx*{cycle!imbrication}Pour ``coller'' 2 cycles entre eux, la syntaxe est légèrement différente : on identifie le sommet d'où va commencer l'autre cycle. Il suffit de faire suivre ce sommet par la syntaxe habituelle d'un cycle. Voici par exemple un 5-cycle qui part du deuxième sommet d'un 6-cycle : \exemple{Cycles imbriqués}|\chemfig{A*6(-B*5(----)=-=-=)}| On remarque que le cycle qui vient se greffer sur le cycle principal a une position angulaire telle que deux de leurs côté coïncident. De plus, le 5-cycle n'a que 4 liaisons ``\verb/----/''. En effet, la 5\ieme{} serait inutile puisqu'il s'agit du deuxième côté du 6-cycle qui est déjà tracé. @@ -839,22 +852,22 @@ On aurait aussi pu utiliser un \verb-\phantom{E}- au dernier sommet du 5-cycle : Il faut prendre des précautions avec les cycles lorsque un ou plusieurs sommets sont constitués de plusieurs atomes : \exemple{Cycle et groupes d'atomes}|\chemfig{AB*5(-CDE-F-GH-I-)}| -Pour que le cycle ait une forme régulière, il faut passer outre le mécanisme de \CF qui calcule automatiquement les atomes de départ et d'arrivée des liaisons. Ici, il faut relier \verb/C-F/ et \verb/F-G/ en le spécifiant avec l'argument optionnel de ces liaisons : -\exemple{Atomes de départ et d'arrivée imposés}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}| +Pour que le cycle ait une forme régulière, il faut passer outre le mécanisme de \CF qui calcule automatiquement les atomes de départ et d'arrivée des liaisons\idx*{liaison!atome de départ et d'arrivée}. Ici, il faut relier \verb/C-F/ et \verb/F-G/ en le spécifiant avec l'argument optionnel de ces liaisons\idx*{liaison!argument optionnel} : +\exemple{Atomes de départ et d'arrivée imposés}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|\idx*{cycle|)} -\section{Représentation des déplacements d'électrons}\label{mecanismes-reactionnels} -\nouveau Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe ``\verb-@{<argument>}-''. Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option ``\texttt{remember picture}'' qui est passée à tous les environnements ``tikzpicture''. Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le ``picture remembering'' et que la compilation soit lancée deux fois. +\section{Représentation des déplacements d'électrons}\label{mecanismes-reactionnels}\idx*{mécanismes réactionnels|(} +Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe ``\verb-@{<argument>}-''\idx*{"@}. Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option ``\texttt{remember picture}'' qui est passée à tous les environnements ``\idx{tikzpicture}''. Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le ``\idx{picture remembering}'' et que la compilation soit lancée deux fois. Deux cas de figure peuvent se présenter, on peut poser : \begin{itemize} \item un nœud de dimension nulle sur une liaison en utilisant la syntaxe ``\verb-@{<nom>,<coeff>}-'' placée immédiatement au début de l'argument optionnel de la liaison concernée sans être suivi d'une virgule s'il y a un premier argument optionnel. Dans ce cas, le nœud portera le nom ``\verb-<nom>-'' et le \verb-<coeff>-, compris entre 0 et 1, déterminera où le nœud se situera sur la liaison. Si on utilise ``\verb-@{<nom>}-'', le \verb-<coeff>- prend la valeur de 0.5 par défaut ce qui signifie que le nœud est posé au milieu de la liaison; \item un nœud sur un atome en utilisant la syntaxe ``\verb-@{<nom>}-'' immédiatement avant l'atome concerné. Dans ce cas, le nœud a exactement le même encombrement que l'atome, il peut notamment être vide et donc avoir des dimensions nulles. \end{itemize} -Une fois que la commande \verb-\chemfig- a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} place son argument dans un environnement ``tikzpicture'' dans lequel les options sont ``\texttt{remember picture,overlay}''.} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom ``\verb-<nom1>-'' au nœud portant le nom ``\verb-<nom2>-'' : +Une fois que la commande \idx{\chemfig} a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|(}\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} place son argument dans un environnement ``\idx{tikzpicture}'' dans lequel les options sont ``\texttt{remember picture,overlay}''.} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom ``\verb-<nom1>-'' au nœud portant le nom ``\verb-<nom2>-'' : \centerverb|\chemmove[<opt>]{\draw[<opt tikz>](<nom1>)<link tikz>(<nom2>);}| \smallskip -L'argument optionnel \verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement tikzpicture dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \verb-<opt tikz>- et \verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ. +L'argument optionnel \verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement \idx{tikzpicture} dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \verb-<opt tikz>- et \verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ. \subsection{Effets mésomères} Pour fixer les idées prenons l'exemple d'un effet mésomère impliquant une double liaison et un doublet non liant conjugués. Commençons par la possible délocalisation des électrons de la double liaison. On va poser un nœud nommé ``db'' (double bond) au milieu de la double liaison et un nœud nommé ``a1'' sur l'extrémité de la double liaison. @@ -871,7 +884,7 @@ Pour relier les nœuds ``db'' et ``a1'', nous avons utilisé la syntaxe suivante \centerverb|\chemmove{\draw[->](db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);}| \medskip -Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de ``db'' pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de ``a1'' pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud ``dnl'') vers la liaison simple (nœud ``sb''). +Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle}\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de ``db'' pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de ``a1'' pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud ``dnl'') vers la liaison simple (nœud ``sb''). \exemple{Effet mésomère 2}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} \chemrel{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] @@ -880,7 +893,7 @@ Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 po \draw[->](db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1); \draw[->](dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/ -Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de ``dnl'' et un angle de 45\degres{} à 4~mm de ``sb''. Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche. +Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle} comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de ``dnl'' et un angle de 45\degres{} à 4~mm de ``sb''. Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche. \exemple{Effet mésomère 3}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} \chemrel{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] @@ -918,7 +931,7 @@ Nous constatons que l'ancre de départ de notre flèche ne pointe pas correcteme \chemmove[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]{ \draw(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/ -Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de ``x1'' et 1,5~cm verticalement : +Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle}. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de ``x1'' et 1,5~cm verticalement : \exemple{Un seul point de contrôle}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}} \hspace{2cm} \chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}} @@ -928,7 +941,7 @@ Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes Dans ce cas nous plaçons un point de contrôle à 1~cm horizontalement et 2~cm verticalement de ``x1''. Tous les objets graphiques dessinées par l’intermédiaire de la commande \verb|\chemmove| sont faits en surimpression et ne seront pas comptés dans les boîtes englobantes. On peut le constater sur l’exemple précédent. \subsection{Mécanismes réactionnels} -Grâce à l'option \verb|remenber picture| qui est passée à tous les environnements ``tikzpicture'' nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification. +Grâce à l'option \verb|remember picture| qui est passée à tous les environnements ``tikzpicture'' nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}. \exemple{Estérification: étape 1}/\setatomsep{7mm} \setchemrel{}{}{5mm} \chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H} @@ -939,7 +952,7 @@ Grâce à l'option \verb|remenber picture| qui est passée à tous les environne \draw[shorten >=2pt](dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc); \draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/ -L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| ne change pas les dimensions de la boite englobante du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de ``atoh'' et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code. +L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}|\idx*{\chemabove} ne change pas les dimensions de la boîte englobante\idx*{boite englobante@boîte englobante} du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle} avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de ``atoh'' et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code. \exemple{Estérification: étape 2}/\setatomsep{7mm} \setchemrel{}{}{5mm} \chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm} @@ -948,16 +961,16 @@ L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| ne change pas \draw[->,shorten <=2pt, shorten >=7pt] (dnl).. controls +(south:1cm) and +(north:1.5cm).. (atoh);}/ -Nous laissons le soin au lecteur d'écrire la suite\ldots +Nous laissons le soin au lecteur d'écrire la suite\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|)}\ldots\idx*{mécanismes réactionnels|)} \section{Écrire un nom sous une molécule}\label{chemname} -\nouveau Pour plus de commodité, \CF permet d'écrire le nom d'une molécule sous celle-ci avec la commande +Pour plus de commodité, \CF permet d'écrire le nom d'une molécule sous celle-ci avec la commande\idx*\chemname \centerverb/\chemname[<dim>]{\chemfig{<code de la molécule>}}{<nom>}/ \smallskip -La \verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la ligne de base de la molécule et le haut des lettres du \verb-<nom>-. Le \verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \verb-<nom>- est toujours nul. +La \verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la \idx{ligne de base} de la molécule et le haut des lettres du \verb-<nom>-. Le \verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \verb-<nom>- est toujours nul. -Voici une réaction avec les noms sous les molécules : +Voici une réaction avec les noms sous les molécules\idx*{reaction chimique@réaction chimique} : \exemple*{Affichage du nom des molécules}/ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique} \chemsign{+} @@ -977,13 +990,13 @@ Il y a quelques contraintes avec cette commande. Pour en pendre conscience, mett \chemsign{+} \chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}/ -En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \verb-<nom>-, la commande \verb-\chemname- insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. La macro \verb-\chemnameinit{<argument>}- initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\verb-<argument>-. Il convient donc : +En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \verb-<nom>-, la commande \idx{\chemname} insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. La macro \verb-\chemnameinit{<argument>}-\idx*{\chemnameinit} initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\verb-<argument>-. Il convient donc : \begin{itemize} \item d'écrire \verb-\chemnameinit{<plus profonde molécule>}- avant d'impliquer cette commande dans une réaction, sauf si cette réaction commence par la plus profonde molécule; \item d'écrire \verb-\chemnameinit{}- après avoir écrit tous les noms d'une réaction chimique afin d'éviter que la plus grande profondeur trouvée dans cette réaction n'interfère dans une réaction future. \end{itemize} -Le code correct est donc d'utiliser \verb-\chemnameinit- avant et après la réaction : +Le code correct est donc d'utiliser \idx{\chemnameinit} avant et après la réaction : \exemple*{Alignement des noms 2}/ \chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}} \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool} @@ -995,7 +1008,7 @@ Le code correct est donc d'utiliser \verb-\chemnameinit- avant et après la réa \chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau} \chemnameinit{}/ -Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande \verb-\\- rencontrée dans un \verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} : +Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande \idx*{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}@\protect\texttt{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}}} rencontrée dans un \verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} : \exemple*{Nom sur 2 lignes}/ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide\\carboxylique} \chemsign{+} @@ -1009,13 +1022,13 @@ Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande \verb-\\- rencontrà \part{Utilisation avancée}\label{utilisation.avancee} \section{Découpage des atomes}\label{decoupage.atomes} -\nouveau Le mécanisme de découpage des atomes, déjà décrit auparavant, fait s'étendre chaque atome jusqu'à la prochaine lettre majuscule ou l'un des caractères {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}} +Le mécanisme de découpage en atomes\idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes}, déjà décrit auparavant, fait s'étendre chaque atome jusqu'à la prochaine lettre majuscule ou l'un des caractères {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}} Dans certains cas, ce découpage automatique produit des atomes incorrects ce qui peut se traduire par un affichage imparfait. Prenons cette molécule par exemple où l'on remarquera que le caractère ``\texttt('' est mis entre accolade de façon à éviter que \CF ne comprenne à tort qu'une ramification est créée : \exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}/ -On constate que la liaison qui arrive sur l'atome de carbone en haut à droite est trop courte. Cela se produit car, si l'on applique les règles de découpage de \CF dans le groupe d'atomes en haut à droite, les atomes sont découpés de cette façon : ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. On comprend alors qu'en mode math, le premier atome qui contient une parenthèse ait une profondeur trop importante comme on le voit en rendant visibles les boites contenant les atomes : +On constate que la liaison qui arrive sur l'atome de carbone en haut à droite est trop courte. Cela se produit car, si l'on applique les règles de découpage\idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes} de \CF dans le groupe d'atomes en haut à droite, les atomes sont découpés de cette façon : ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. On comprend alors qu'en mode math, le premier atome qui contient une parenthèse ait une profondeur trop importante comme on le voit en rendant visibles les boîtes contenant les atomes : \begin{center} \fboxsep=0pt \renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}% @@ -1026,11 +1039,13 @@ Le caractère ``|'' provoque la coupure de l'atome en cours à l'endroit où il \exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C|{(CH_3)_3}}/ \section{Affichage des atomes}\label{perso.affichage} -Une fois le découpage en atomes effectué, la macro \verb-\printatom- est appelée de façon interne par \CF pour afficher chaque atome. Son unique argument est le code produisant l'affichage de l'atome (par exemple ``\verb-H_3-''). Par défaut, cette macro se place en mode mathématique et affiche son argument avec la police mathématique ``rm''. Elle est définie par le code suivant : -\centerverb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}| -\medskip +Une fois le découpage en atomes effectué, la macro \idx{\printatom} est appelée de façon interne par \CF pour afficher chaque atome. Son unique argument est le code produisant l'affichage de l'atome (par exemple ``\verb-H_3-''). Par défaut, cette macro se place en mode mathématique\idx*{mode mathematique@mode mathématique} et affiche son argument avec la police mathématique ``rm''. Elle est définie par le code suivant : +\begin{itemize} + \item \verb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}|\qquad en compilant avec \LaTeX{}\idx*{Latex@\protect\LaTeX} + \item \verb|\def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}|\qquad en compilant avec $\varepsilon$\TeX{}\idx*{etex@$\protect\varepsilon$\protect\TeX} ou Con\TeX tX\idx*{ConTeXt@Con\protect\TeX{}t}. +\end{itemize}\medskip -On peut modifier le code de cette macro pour personnaliser l'affichage de atomes. Dans l'exemple ci-dessous, on redéfinit \verb-\printatom- de façon à ce que chaque atome soit contenu dans une boîte rectangulaire : +On peut modifier le code de cette macro pour personnaliser l'affichage de atomes. Dans l'exemple ci-dessous, on redéfinit \idx{\printatom} de façon à ce que chaque atome soit contenu dans une boîte rectangulaire : \exemple{Redéfinition de \string\printatom}/\fboxsep=1pt \renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} \chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/ @@ -1040,18 +1055,18 @@ Voici comment la redéfinir pour utiliser de la police ``sf'' du mode math : \chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/ \section{Arguments optionnels}\label{arguments.optionnels} -\nouveau La commande \verb-\chemfig- admet deux arguments optionnels et sa syntaxe complète est la suivante : +La commande \idx{\chemfig} admet deux arguments optionnels\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} et sa syntaxe complète est la suivante : \centerverb|\chemfig[<opt1>][<opt2>]{<code molécule>}| \smallskip -Le premier argument optionnel \verb-<opt1>- contient des instructions \TIKZ qui seront passées à l'environnement tikzpicture dans lequel est dessinée la molécule. Le deuxième argument optionnel \verb-<opt2>- contient des instructions \TIKZ qui seront exécutées lors du dessin de chaque nœud\footnote{Ces instructions sont ajoutées à la fin de l'argument de \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. Cet argument contient par défaut les instructions suivantes : ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.}. +Le premier argument optionnel \verb-<opt1>- contient des instructions \TIKZ qui seront passées à l'environnement \idx{tikzpicture} dans lequel est dessinée la molécule. Le deuxième argument optionnel \verb-<opt2>- contient des instructions \TIKZ qui seront exécutées lors du dessin de chaque nœud\footnote{Ces instructions sont ajoutées à la fin de l'argument de \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. Cet argument contient par défaut les instructions suivantes : ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.}. Par l'intermédiaire du premier argument optionnel, on peut choisir par exemple la couleur générale ou l'épaisseur des lignes : \exemple{Choix du style}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip \chemfig[line width=1.5pt]{A-B-[2]C}\par\medskip \chemfig[red]{A-B-[2]C}/ -Avec le second argument optionnel, on peut choisir la couleur des nœud dessinés par \TIKZ, modifier l'inclinaison du dessin ou changer l'échelle : +Avec le second argument optionnel, on peut choisir la couleur des nœud dessinés par \TIKZ, modifier l'inclinaison du dessin ou changer l'échelle\idx*{taille des molécules@taille des molecules} : \exemple{Choix des styles}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip \chemfig[][red]{A-B-[2]C}\par\medskip \chemfig[dash pattern=on 1pt off 2pt][red]{A-B-[2]C}\par\medskip @@ -1059,18 +1074,18 @@ Avec le second argument optionnel, on peut choisir la couleur des nœud dessiné \chemfig[][scale=0.5]{A-B-[2]C}/ \section{Alignement vertical}\label{alignement.vertical} -Dans certains cas de molécules semi développées dont les liaisons sont horizontales, le placement des groupes d'atomes est incorrect. +\idx*{alignement vertical}Dans certains cas de molécules semi développées dont les liaisons sont horizontales, le placement des groupes d'atomes est incorrect. -Un examen attentif de l'exemple suivant révèle que les groupes d'atomes ne sont pas correctement alignés sur la ligne de base : +Un examen attentif de l'exemple suivant révèle que les groupes d'atomes ne sont pas correctement alignés sur la \idx{ligne de base} : \exemple*{Placement horizontal}/\Huge\setatomsep{2em} \chemfig{A^1-B-C-D}\qquad \chemfig{E_1-F-G-H}/ Il est étonnant que le deuxième atome soit correctement aligné alors que les deux derniers subissent un décalage vertical qui semblent être la conséquence de la hauteur différente de la boîte englobant le premier atome ``\verb-A^1-'' et ``\verb-E_1-''. -Pour comprendre ce phénomène, il faut examiner comment \CF place les groupes d'atomes les uns par rapport aux autres. Pour cela, limitons nous aux liaisons horizontales ce qui permet d'employer un vocabulaire particulier, mais l'algorithme est le même pour les autres inclinaisons. En fait, une liaison horizontale part du milieu du côté droit de la boîte englobant l'atome d'où part cette liaison. L'atome d'arrivée est positionné de telle sorte que le milieu du côté gauche de sa boîte englobante soit à l'extrémité de la liaison. Il en découle que le placement vertical de l'atome d'arrivée dépend de l'encombrement vertical de l'atome de départ. Pour limiter ce phénomène, \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \verb-\vphantom- de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \verb-\vphantom- n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants. Les atomes qui restent dans chaque groupe sont alignés de telle sorte que leur ligne de base coïncide avec la ligne de base de l'atome précédent. +Pour comprendre ce phénomène, il faut examiner comment \CF place les groupes d'atomes les uns par rapport aux autres. Pour cela, limitons nous aux liaisons horizontales ce qui permet d'employer un vocabulaire particulier, mais l'algorithme est le même pour les autres inclinaisons. En fait, une liaison horizontale part du milieu du côté droit de la boîte englobant l'atome d'où part cette liaison. L'atome d'arrivée est positionné de telle sorte que le milieu du côté gauche de sa boîte englobante soit à l'extrémité de la liaison. Il en découle que le placement vertical de l'atome d'arrivée dépend de l'encombrement vertical de l'atome de départ. Pour limiter ce phénomène, \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \idx{\vphantom} de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \idx{\vphantom} n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants. Les atomes qui restent dans chaque groupe sont alignés de telle sorte que leur ligne de base coïncide avec la ligne de base de l'atome précédent. -On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes ``\verb-B-'' et ``\verb-F-'' sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \verb-\vphantom-. Pour les atomes ``\verb-C-'' et ``\verb-F-'', la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes ``\verb-A^1-'' et ``\verb-E_1-'' est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas. +On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes ``\verb-B-'' et ``\verb-F-'' sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \idx\vphantom. Pour les atomes ``\verb-C-'' et ``\verb-F-'', la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes ``\verb-A^1-'' et ``\verb-E_1-'' est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas. On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englobantes des atomes où l'on voit clairement que les atomes ``\verb-B-'' et ``\verb-F-'' ont des boîtes englobantes dont la hauteur qui tient compte des hauteurs des atomes précédents : \exemple*{Placement horizontal et boîtes englobantes}/\Huge\setatomsep{2em} @@ -1079,12 +1094,12 @@ On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englob \chemfig{A^1-B-C-D}\qquad \chemfig{E_1-F-G-H}/ -Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellement ce problème en plaçant \emph{à l'intérieur} du troisième atome un \verb-\vphantom- ayant la même hauteur que le premier pour que cette hauteur se répercute sur les suivants : +Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellement ce problème en plaçant \emph{à l'intérieur} du troisième atome un \idx{\vphantom} ayant la même hauteur que le premier pour que cette hauteur se répercute sur les suivants : \exemple*{Contournement du placement vertical}/\Huge\setatomsep{2em} \chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad \chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/ -\nouveau \label{chemskipalign}Il est possible pour n'importe quel groupe d'atomes de désactiver momentanément le mécanisme d'ajustement d'alignement et neutraliser le \verb-\vphantom-. Il suffit pour cela de placer dans le groupe d'atomes la commande \verb-\chemskipalign- : l'alignement reprendra au groupe d'atomes suivant comme si le groupe d'atome contenant \verb-\chemskipalign- n'avait pas existé. On peut se rendre compte sur l'exemple suivant de l'effet de cette instruction qui a pour effet de placer le point de référence de la boîte contenant le premier atome au niveau de la liaison qui arrive de gauche. Les boîtes englobant les atomes ont été dessinées à la seconde ligne : +\label{chemskipalign}Il est possible pour n'importe quel groupe d'atomes de désactiver momentanément le mécanisme d'ajustement d'alignement et neutraliser le \idx\vphantom. Il suffit pour cela de placer dans le groupe d'atomes la commande \idx{\chemskipalign} : l'alignement reprendra au groupe d'atomes suivant comme si le groupe d'atome contenant \idx{\chemskipalign} n'avait pas existé. On peut se rendre compte sur l'exemple suivant de l'effet de cette instruction qui a pour effet de placer le point de référence de la boîte contenant le premier atome au niveau de la liaison qui arrive de gauche. Les boîtes englobant les atomes ont été dessinées à la seconde ligne : \exemple[60]{Désactivation du mécanisme d'alignement}/\large \chemfig{A-.-B}\quad @@ -1094,7 +1109,7 @@ Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellem \chemfig{A-.-B}\quad \chemfig{A-\chemskipalign.-B}/ -Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \verb-\chemskipalign- contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici ``\verb-\chemskipalign.-'' et ``\verb-B-'' : +Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \idx{\chemskipalign} contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici ``\verb-\chemskipalign.-'' et ``\verb-B-'' : \exemple{Conséquence de la commande \string\chemskipalign}/\large \fboxsep=0pt \renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} @@ -1107,7 +1122,7 @@ Cette fonctionnalité peut parfois s'avérer utile. Mettons que l'on veuille des \def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}% \chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}% \end{center} -On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à -dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \verb-\chemskipalign-. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons ``collent'' aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère ``\verb-#-'', fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option ``frenchb'', il est nécessaire de désactiver le caractère actif ``\verb-;-'' qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}- : +On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à -dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \idx{\chemskipalign}. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons ``collent'' aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère ``\verb-#-''\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}, fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option ``frenchb'', il est nécessaire de désactiver le caractère actif ``\verb-;-'' qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}-\idx*{\shorthandoff} : \begingroup\catcode`;12 \catcode`#12 \exemple{Utilisation de \string\chemskipalign\ et #}/\begingroup \shorthandoff{;} @@ -1118,7 +1133,7 @@ On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins ave \endgroup/\endgroup \section{Liaisons doubles déportées} -Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit dans le prolongement de cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire ``à gauche'' ou ``à droite'' de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé. +\idx*{liaison!déportées}Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit sur cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire ``à gauche'' ou ``à droite'' de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé. Pour déporter la liaison vers la gauche, il suffit d'écrire ``\verb-=^-'' et pour la déporter vers la droite ``\verb-=_-'' : \exemple{Liaisons doubles déportées}/\chemfig{A-=-B}\par @@ -1135,7 +1150,7 @@ Les liaisons déportées sont particulièrement utiles dans le tracé de formule \chemfig{-[:30]=_[:-30]-[:30]=_[:-30]-[:30]}/ \section{Liaisons doubles délocalisées} -Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé\footnote{Merci à Andreas \textsc{Bröermann} qui m'a suggéré cette fonctionnalité et m'a donné la solution à ce problème.}. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, sa librairie ``decorations'' et ses styles programmables ont tout ce qu'il faut pour le rendre possible. +\idx*{liaison!delocalisee@délocalisée}Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé\footnote{Merci à Andreas \textsc{Bröermann} qui m'a suggéré cette fonctionnalité et m'a donné la solution à ce problème.}. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, sa librairie ``decorations'' et ses styles programmables ont tout ce qu'il faut pour le rendre possible. Tout d'abord, après avoir chargé la librairie ``decorations'' en mettant \verb-\usetikzlibrary{decorations}- dans le préambule, il faut définir (lignes 1 à 14) une décoration baptisée ``ddbond'' pour \og Dashed Double Bond\fg puis définir (lignes 15 et 16) deux styles de \TIKZ que l'on appelle ``lddbond'' et ``rddbond''. Pour le premier, le trait pointillé se fera à gauche du trait médian et pour le second à droite. Ces styles peuvent désormais être appelés avec le 5\ieme{} argument optionnel des liaisons : \exemple*{Décorations personnalisées}|\pgfdeclaredecoration{ddbond}{initial} @@ -1158,20 +1173,20 @@ Tout d'abord, après avoir chargé la librairie ``decorations'' en mettant \verb \chemfig{[:-30]R-C-[::60]C(-[::60,,,,rddbond]O)-[,,,,lddbond]N(-[::-60]H)-[::60]C-R}| \section{Sauvegarde d'une sous molécule}\label{definesubmol} -\CF est capable de sauvegarder un \verb-<code>- sous forme d'un alias pour le réutiliser sous forme compacte dans le code d'une molécule. Ceci est particulièrement utile lorsque le \verb-<code>- apparaît plusieurs fois. +\idx*{sauvegarde d'une molécule|(}\CF est capable de sauvegarder un \verb-<code>- sous forme d'un alias pour le réutiliser sous forme compacte dans le code d'une molécule. Ceci est particulièrement utile lorsque le \verb-<code>- apparaît plusieurs fois. -Pour cela, on dispose de la commande +Pour cela, on dispose de la commande\idx*{\definesubmol} \centerverb|\definesubmol{<nom>}{<code>}| \smallskip qui sauvegarde le \verb/<code>/ de façon à l'appeler dans le code de la molécule par le raccourci ``\verb/!{<nom>}/''. Ce \verb-<nom>- peut être : \begin{itemize} \item une suite de caractères : tous les caractères alphanumériques pouvant se trouver entre \texttt{\string\csname} et \texttt{\string\endcsname} sont acceptés; - \item \nouveau[30pt] une séquence de contrôle. + \item une séquence de contrôle. \end{itemize} -Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \verb-\definesubmol-, d'ailleurs, un ``warning'' sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol} -\centerverb|\redefinesubmol{<nom>}{<code>}| +Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \idx{\definesubmol}, d'ailleurs, un ``warning'' sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol} +\centerverb|\redefinesubmol{<nom>}{<code>}|\idx*\redefinesubmol \smallskip Voici un code qui dessine la molécule de pentane. On a pris soin auparavant de définir un alias ``\verb/xy/'' pour le code \verb/CH_2/ : @@ -1180,48 +1195,48 @@ Voici un code qui dessine la molécule de pentane. On a pris soin auparavant de Ici, la manœuvre n'est pas très intéressante puisque ``\verb/!{xy}/'' est aussi long à taper que le code qu'il remplace. -Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans le code de la molécule et en améliore la lisibilité. Dans l'exemple suivant, on dessine la molécule développée de butane. Pour cela, on va définir un alias avec la séquence de contrôle ``\verb/\xx/'' pour la sous molécule $\mathrm{CH_2}$. Comme on n'emploie que des angles relatifs, il est possible de faire pivoter la molécule entière de l'angle que l'on veut via l'angle du paramètre optionnel global qui spécifie l'angle par défaut des liaisons de la molécule principale. On met ici 15\degres : +Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans le code de la molécule et en améliore la lisibilité. Dans l'exemple suivant, on dessine la molécule développée de butane. Pour cela, on va définir un alias avec la séquence de contrôle ``\verb/\xx/'' pour la sous molécule $\mathrm{CH_2}$. Comme on n'emploie que des angles relatifs\idx*{liaison!angle!relatif}, il est possible de faire pivoter la molécule entière de l'angle que l'on veut via l'angle du paramètre optionnel global qui spécifie l'angle par défaut des liaisons de la molécule principale. On met ici 15\degres : \exemple{Butane}|\definesubmol\xx{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)} \chemfig{[:15]H-!\xx-!\xx-!\xx-!\xx-H}| -\nouveau La commande \verb-\definesubmol- admet un argument optionnel et sa syntaxe complète est la suivante : +La commande \idx{\definesubmol} admet un argument optionnel et sa syntaxe complète est la suivante : \centerverb/\definesubmol{<nom>}[<code1>]{<code2>}/ \medskip Dans la cas où l'argument optionnel est présent, l'alias ``\verb-!<nom>-'' sera remplacé par \verb'<code1>' si la liaison qui arrive sur l'alias vient de droite, c'est à dire si l'angle que fait la liaison entrante est compris entre $-90$\degres{} et 90\degres{}, ces valeurs étant non comprises. Pour tous les autres cas où la liaison arrive de gauche ou verticalement, l'alias sera remplacé par \verb-<code2>-. -On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour ``méthyl'' de telle sorte que l'alias ``\verb-!\Me-'' soit remplacé par ``\verb-H_3C-'' lorsque la liaison arrive de droite et par ``\verb-CH_3-'' lorsqu'elle arrive de gauche. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules plus complexes on ne connaît même pas) : +On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour ``méthyl'' de telle sorte que l'alias ``\verb-!\Me-'' soit remplacé par ``\verb-H_3C-'' lorsque la liaison arrive de droite et par ``\verb-CH_3-'' lorsqu'elle arrive de gauche. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules plus complexes on ne connaît même pas)\idx*{\definesubmol} : \exemple{Alias dual}/\definesubmol\Me[H_3C]{CH_3} -\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/ +\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/\idx*{sauvegarde d'une molécule|)} \section{Décorations} \subsection{Formule de Lewis}\label{lewis} -La macro \verb+\lewis+ permet de placer des paires d'électrons, des électrons ou une lacune. On utilise cette syntaxe : +\idx*{representation de Lewis@représentation de Lewis}La macro \idx{\lewis} permet de placer des paires d'électrons, des électrons ou une lacune. On utilise cette syntaxe : \centerverb|\lewis{<n1><n2>...<ni>,<atome>}| \smallskip où les \verb-<n1>-\ldots\verb-<ni>- représentent les positions (en multiples de 45\degres) désirées autour de l'\verb-<atome>-. Ces entiers doivent être compris entre 0 et 7. -Cette commande peut également être utilisée en dehors de l'argument de \verb-\chemfig- : +Cette commande peut également être utilisée en dehors de l'argument de \verb-\chemfig-\idx*{\lewis} : \exemple{La macro \string\lewis}|\lewis{0246,A}\par\medskip \lewis{1357,B}\par\medskip \chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O}) (=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}| -Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par ``\verb-:-''. Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un ``\verb-.-''. Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un ``\verb-|-'' : +Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par ``\verb-:-''. Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un ``\verb-.-''. Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un ``\verb-|-''\idx*{\lewis} : \exemple{Décorations de Lewis}*\lewis{0:2:4:6:,C}\qquad\lewis{1:3:5:7:,C}\par\bigskip \lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip \lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip Ion oxonuim : \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}* -Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \verb-\lewis- ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre ``Décorations'' où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante. +Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \idx{\lewis} ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante\idx*{boite englobante@boîte englobante} de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre ``Décorations'' où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante. -On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autour des atomes décorés : +On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autour des atomes décorés\idx*{\lewis} : \exemple{Boîte englobante et macro \string\lewis}*\fboxsep0pt \fbox{\lewis{0.2.4.6.,A}}\par\medskip \fbox{\lewis{13,B}}* -\label{setlewis}On peut régler plusieurs paramètres à l'aide la macro +\label{setlewis}On peut régler plusieurs paramètres à l'aide la macro\idx*\setlewis \centerverb|\setlewis[<dim1>]{<dim2>}{<dim3>}{<code tikz>}| \smallskip @@ -1233,41 +1248,41 @@ Si un argument est vide, il prend sa valeur par défaut. \item \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Ce code est vide par défaut. \end{itemize} -\exemple{Les paramètres de la macro \string\lewis}*\setlewis{4pt}{1.5em}{red} +\idx*{\lewis}\exemple{Les paramètres de la macro \string\lewis}*\setlewis{4pt}{1.5em}{red} \chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\par\bigskip \setlewis[0.8ex]{}{}{line width=1pt} \chemfig{A-\lewis{2|,B}-C}* \subsection{Empilement de caractères} -Les macros\label{chemabove} +Les macros\label{chemabove}\idx*{\chemabove} \centerverb|\chemabove[<dim>]{<code>}{<matériel>}| -et +et\idx*{\chembelow} \centerverb|\chembelow[<dim>]{<code>}{<matériel>}| \smallskip -placent le \verb-<matériel>- respectivement au dessus et au dessous du \verb-<code>- à une distance verticale \verb-<dim>-, et cela sans changer la boîte englobante du \verb-<code>-. La dimension \verb-<dim>- vaut 1.5pt par défaut. +placent le \verb-<matériel>- respectivement au dessus et au dessous du \verb-<code>- à une distance verticale \verb-<dim>-, et cela sans changer la \idx*{boite englobante@boîte englobante} du \verb-<code>-. La dimension \verb-<dim>- vaut 1.5pt par défaut. Ces commandes sont indépendantes de la macro \verb-\chemfig- et peuvent aussi bien être appelées à l'intérieur ou à l'extérieur de son argument. On peut les utiliser notamment dans les cycles en prenant soin de mettre des accolades autour des lettres A, B, C et D pour éviter que \CF ne stoppe la lecture de l'atome sur ces lettres : \exemple{Superposition dans les cycles}|\chemfig{*5(-\chembelow{A}{B}--\chemabove{C}{D}--)}| -Elles sont parfois utiles pour placer des pseudo exposants qui ne changent pas la boîte englobante de l'atome, de façon à ce que les liaisons n'en soient pas trop éloignées : +Elles sont parfois utiles pour placer des pseudo exposants tenant lieu de charge\idx*{cycle!charge} qui ne changent pas la boîte englobante de l'atome, de façon à ce que les liaisons n'en soient pas trop éloignées : \exemple{ion oxonium}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H}* -\subsection{Réactions chimiques} +\subsection{Réactions chimiques}\idx*{reaction chimique@réaction chimique} Pour écrire des réactions chimiques, \CF fournit une commande pour les signes et une commande pour les flèches. -\label{chemsign}La commande \verb-\chemsign[<dim>]<signe>- écrit le \verb-<signe>-, celui-ci étant entouré de part et d'autre d'un espacement horizontal insécable \verb-<dim>- qui vaut 0.5em par défaut. +\label{chemsign}La commande \verb-\chemsign[<dim>]<signe>-\idx*{\chemsign} écrit le \verb-<signe>-, celui-ci étant entouré de part et d'autre d'un espacement horizontal insécable \verb-<dim>- qui vaut 0.5em par défaut. -\label{chemrel}La commande \verb-\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<code flèche>}- trace une flèche où les argument optionnels \verb-<arg1>- et \verb-<arg2>- seront placés respectivement au dessus et au dessous de la flèche, sans que sa boîte englobante soit modifiée. Le \verb-<code flèche>- est directement passé à \TIKZ sauf dans le cas où il comporte ``\verb/<>/'' qui permet de tracer deux flèches l'une au dessus de l'autre. +\label{chemrel}La commande \verb-\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<code flèche>}-\idx*{\chemrel} trace une flèche où les argument optionnels \verb-<arg1>- et \verb-<arg2>- seront placés respectivement au dessus et au dessous de la flèche, sans que sa boîte englobante soit modifiée. Le \verb-<code flèche>- est directement passé à \TIKZ sauf dans le cas où il comporte ``\verb/<>/'' qui permet de tracer deux flèches l'une au dessus de l'autre. \exemple{Types de flèches}*A\chemrel{->}B\par A\chemrel{<-}B\par A\chemrel{<->}B\par A\chemrel{<>}B\par A\chemrel{->,red,thick}B* -\label{setchemrel}La commande \verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- permet de régler les dimensions dans le tracé de la flèche : +\label{setchemrel}La commande \verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-\idx*{\setchemrel} permet de régler les dimensions dans le tracé de la flèche : \begin{itemize} \item \verb-<dim1>- est l'espacement vertical entre la flèche et les textes optionnels écrits au dessus et/ou au dessous. Si cet argument est vide, il prend la valeur 2pt par défaut; \item \verb-<dim2>- est l'espacement horizontal insécable inséré avant et après la flèche. Si cet argument est vide, il prend sa valeur par défaut de 0,7em; @@ -1288,8 +1303,8 @@ Et en voici une autre : \chemrel[\chemfig{NaNH_2}][\chemfig{NH_3}]{->} \chemfig{*6(-=(-~)-=-=)}/ -\section{Utilisation de {\ttfamily\textbackslash chemfig} dans l'environnement \ttfamily tikzpicture} -Il est possible d'appeler la commande \verb-\chemfig- à l'intérieur d'un environnement \verb-tikzpicture- : +\section{Utilisation de {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} dans l'environnement \protect\ttfamily tikzpicture} +Il est possible d'appeler la commande \idx{\chemfig} à l'intérieur d'un environnement {\ttfamily\idx{tikzpicture}} : \exemple{\textbackslash chemfig dans tikzpicture}|\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}] \draw[help lines] (0,0) grid (4,4); \draw(0,0) -- (2,1); @@ -1301,16 +1316,16 @@ Il est possible d'appeler la commande \verb-\chemfig- à l'intérieur d'un envir \section{Au delà de la chimie}\label{style.noeuds} Intrinsèquement, \CF est un outil pour tracer des graphes, et cet outil a été programmé pour qu'il soit adapté à la chimie. Dans une certaine mesure, il est possible de détourner \CF de son usage premier pour tracer des organigrammes ou autres schémas se ramenant à des graphes. -Chaque atome est contenu dans un nœud de \TIKZ. Par défaut, ces nœuds ont un ``inner sep'' et un ``outer sep'' égal à 0pt. Ils sont rectangulaires comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Ces valeurs par défaut peuvent être écrasées avec la macro \verb-\setnodestyle- dont l'argument est passé à \TIKZ et spécifie le style des nœuds contenant les atomes. +Chaque atome est contenu dans un nœud de \TIKZ. Par défaut, ces nœuds ont un ``inner sep'' et un ``outer sep'' égal à 0pt. Ils sont rectangulaires comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Ces valeurs par défaut peuvent être écrasées avec la macro \idx{\setnodestyle} dont l'argument est passé à \TIKZ et spécifie le style des nœuds contenant les atomes. -Dans cet exemple, on spécifie simplement ``draw,inner sep=2pt'' ce qui a pour effet de tracer le contour des nœuds et espacer de 2pt leur contour de leur contenu. On spécifie également \verb-\setbondoffset{0pt}- pour que les liaisons touchent les frontières des nœuds. L'espace interatome est allongé à 75pt. Enfin, la commande \verb-\printatom- est réduite à sa plus simple expression de façon à ne plus se placer en mode mathématique pour afficher les atomes et donc tenir compte des espaces : +Dans cet exemple, on spécifie simplement ``draw,inner sep=2pt'' ce qui a pour effet de tracer le contour des nœuds et espacer de 2pt leur contour de leur contenu. On spécifie également \verb-\setbondoffset{0pt}-\idx{\setbondoffset} pour que les liaisons touchent les frontières des nœuds. L'espace interatome est allongé à 75pt. Enfin, la commande \idx{\printatom} est réduite à sa plus simple expression de façon à ne plus se placer en mode mathématique pour afficher les atomes et donc tenir compte des espaces : \exemple*{Un organigramme}/\setnodestyle{draw,inner sep=2pt} \setbondoffset{0pt} \setatomsep{75pt} \renewcommand\printatom[1]{#1} \chemfig{Le chef-[6]Moi(-[4]Eux(-[6]Les autres)(-[7,2]Groupe 1))-Toi(-[:-120,0.5]Lui)(-[:-60,0.5]Elle)}/ -Voici un autre organigramme où les nœuds sont circulaires et colorés en bleu cyan : +Voici un autre organigramme où les nœuds sont circulaires et colorés en bleu cyan\idx*{\printatom} : \exemple*{Schéma de famille}/\setnodestyle{draw,circle,fill=cyan,minimum size=25pt} \setbondoffset{0pt} \setatomsep{80pt} @@ -1327,10 +1342,10 @@ De plus, on mettra en évidence que plusieurs possibilités s'offrent à l'utili \subsection{L'éthanal} On va ici dessiner la molécule d'éthanal : \chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O} -La meilleure méthode pour les molécules non cycliques est de choisir la plus longue chaîne. Ici on peut prendre ``\verb|H-C-C=O|'' par exemple. Il faut incliner la liaison \verb|C=O| de 45\degres{} en utilisant l'angle prédéfini ``\verb-[1]-''. On obtient la ``structure'' de la molécule sur laquelle il suffira de rajouter les ramifications : +La meilleure méthode pour les molécules non cycliques est de choisir la plus longue chaîne. Ici on peut prendre ``\verb|H-C-C=O|'' par exemple. Il faut incliner la liaison \verb|C=O| de 45\degres{} en utilisant l'angle prédéfini ``\verb-[1]-''. On obtient la ``structure'' de la molécule sur laquelle il suffira de rajouter les ramifications\idx*{liaison!angle!prédéfini} : \exemple{Structure de l'éthanal}|\chemfig{H-C-C=[1]O}| -Il reste à placer 3 atomes d'hydrogène avec les bonnes inclinaisons à l'aide des angles prédéfinis. Le premier à 90\degres{} avec la ramification ``\verb/(-[1]H)/'', le second à 270\degres{} avec ``\verb/(-[6]H)/'' et celui de droite à 315\degres{} avec ``\verb/(-[7]H)/'' : +Il reste à placer 3 atomes d'hydrogène avec les bonnes inclinaisons à l'aide des angles prédéfinis. Le premier à 90\degres{} avec la ramification\idx*{liaison!ramification} ``\verb/(-[1]H)/'', le second à 270\degres{} avec ``\verb/(-[6]H)/'' et celui de droite à 315\degres{} avec ``\verb/(-[7]H)/'' : \exemple{Ethanal}|\chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}| \subsection{L'acide 2-amino-4-oxohexanoïque} @@ -1339,14 +1354,14 @@ Voici la molécule à dessiner : \chemfig{-[::+30]-[::-60](=[:-90]O)-[::+60]-[:: Il existe ---~comme c'est le souvent cas pour la plupart des molécules~--- plusieurs méthodes, et pour chacune, plusieurs façons différentes d'arriver au résultat. Ici, nous allons examiner 4 méthodes différentes. \subsubsection{Angles absolus} -On va tout d'abord tracer la chaîne médiane avec des angles absolus. On règle l'angle par défaut à $+30\degres$ avec l'argument optionnel, ainsi seules les liaisons ``descendantes'' auront besoin que l'on spécifie leur angle absolu de $-30\degres$ : +\idx*{liaison!angle!absolu}On va tout d'abord tracer la chaîne médiane avec des angles absolus. On règle l'angle par défaut à $+30\degres$ avec l'argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels}, ainsi seules les liaisons ``descendantes'' auront besoin que l'on spécifie leur angle absolu de $-30\degres$ : \exemple{Structure (angles absolus)}|\chemfig{[:30]--[:-30]--[:-30]--[:-30]OH}| -Il reste à ajouter les ramifications ``\verb/(=[6]O)/'', ``\verb/(-[6]NH_2)/'' et ``\verb/(=[2]O)/'' sur les bons sommets : +Il reste à ajouter les ramifications\idx*{liaison!ramification} ``\verb/(=[6]O)/'', ``\verb/(-[6]NH_2)/'' et ``\verb/(=[2]O)/'' sur les bons sommets : \exemple{Molécule (angles absolus)}|\chemfig{[:30]--[:-30](=[6]O)--[:-30](-[6]NH_2)-(=[2]O)-[:-30]OH}| \subsubsection{Angles relatifs} -Une approche plus générale aurait été de n'utiliser que des angles relatifs. Il aurait fallu procéder de cette façon : +\idx*{liaison!angle!relatif}Une approche plus générale aurait été de n'utiliser que des angles relatifs. Il aurait fallu procéder de cette façon : \exemple{Structure (angles relatifs)}|\chemfig{[:30]--[::-60]--[::-60]--[::-60]OH}| puis @@ -1354,14 +1369,14 @@ puis -(=[::60]O)-[::-60]OH}| \subsubsection{Cycle} -Les angles entre les liaisons étant de 120\degres{}, on peut penser à utiliser un 6-cycle, quoique cette méthode soit moins naturelle. Il faut ici profiter du fait qu'un cycle peut être incomplet. Il est également nécessaire de faire pivoter le cycle de 120\degres{} pour que le premier sommet soit au sud-est du cycle : +Les angles entre les liaisons étant de 120\degres{}, on peut penser à utiliser un 6-cycle, quoique cette méthode soit moins naturelle. Il faut ici profiter du fait qu'un cycle peut être incomplet\idx*{cycle!incomplet}. Il est également nécessaire de faire pivoter le cycle de 120\degres{} pour que le premier sommet soit au sud-est du cycle : \exemple{Structure}|\chemfig{[:120]NH_2*6(---=O)}| -Il faut maintenant faire partir les ramifications des sommets adéquats : +\idx*{cycle!ramification}Il faut maintenant faire partir les ramifications des sommets adéquats : \exemple{Molécule (cycle)}|\chemfig{[:120]NH_2*6(-(-(=[::60]O)-[::-60]OH)--(--[::60])=O)}| \subsubsection{Cycles imbriqués} -En approfondissant la méthode avec les cycles, on peut aussi penser à imbriquer des 6-cycles incomplets. On pourrait partir de cette structure : +\idx*{cycle!imbrication}En approfondissant la méthode avec les cycles, on peut aussi penser à imbriquer des 6-cycles incomplets. On pourrait partir de cette structure : \exemple{Structure}|\chemfig{*6(--*6(--=O))}| Et ensuite ajouter les liaisons qui partent des sommets des ces cycles. Il n'y a pas à se préoccuper des angles puisque les liaisons qui partent des cycles sont les bissectrices des côtés du cycle, ce que justement, on cherche ici : @@ -1374,7 +1389,7 @@ Un examen attentif révèle cependant que la seconde double liaison vers l'atome Le but ici est de représenter selon différentes conventions la molécule de glucose. \subsubsection{Formule topologique} -Le code ressemble ici à celui de l'acide 2-amino-4-oxohexanoïque. On obtient quasiment la même structure avec des angles absolus sauf qu'ici, l'angle par défaut est de $-30\degres$ : +\idx*{formule topologique}Le code ressemble ici à celui de l'acide 2-amino-4-oxohexanoïque. On obtient quasiment la même structure avec des angles absolus sauf qu'ici, l'angle par défaut est de $-30\degres$ : \exemple[60]{Structure}|\chemfig{[:-30]HO--[:30]--[:30]--[:30]-H}| Et l'ajout des ramifications ne pose pas de problème particulier. On utilise des angles absolus : @@ -1382,7 +1397,7 @@ Et l'ajout des ramifications ne pose pas de problème particulier. On utilise de -[:30](<:[2]OH)-(<:[6]OH)-[:30](=[2]O)-H}| \subsubsection{Projection de Fisher} -Le but est d'obtenir la molécule ci dessous : +\idx*{projection de Fisher}Le but est d'obtenir la molécule ci dessous : \begin{center} \definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)} \definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)} @@ -1391,13 +1406,13 @@ Le but est d'obtenir la molécule ci dessous : L'idée est de commencer à dessiner la plus longue chaîne verticale en indiquant un angle ``\verb-[2]-'' par défaut. Voici la structure où l'on met volontairement des lettres minuscules au bout de chaque liaison verticale : \exemple{Structure}|\chemfig{[2]OH-[3]-a-b-c-d-=[1]O}| -Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui les termineront. Prenons ``\verb-x-'' que nous mettrons à la place des minuscules a, c et d et ``\verb-y-'' qui prendra la place de la lettre c. Comme les alias ne comportent qu'un seul caractère, on peut se passer d'accolade et écrire ``\verb-!x-'' au lieu de ``\verb-!{x}-'' : +Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui les termineront. Prenons ``\verb-x-'' que nous mettrons à la place des minuscules a, c et d et ``\verb-y-'' qui prendra la place de la lettre c. Comme les alias ne comportent qu'un seul caractère, on peut se passer d'accolade et écrire ``\verb-!x-'' au lieu de ``\verb-!{x}-''\idx*{\definesubmol} : \exemple{Glucose (projection de Fisher)}|\definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)} \definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)} \chemfig{[2]OH-[3]-!x-!x-!y-!x-=[1]O}| -\subsubsection{Représentation \og chaise\fg} -On va représenter cette molécule d'$\alpha$-D-glucose : +\subsubsection{Représentation \protect\og chaise\protect\fg} +\idx*{representation chaise@représentation chaise}On va représenter cette molécule d'$\alpha$-D-glucose : \chemfig{?(-[:190]OH)-[:-50](-[:170]OH)-[:10](-[:-55,0.7]OH)-[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)} Pour cela, on va tout d'abord tracer 5 côtés de la chaise et relier le premier sommet au dernier avec un crochet ``\verb-?-''. On adopte les angles absolus suivants, donnés dans l'ordre de parcourt trigonométrique : $-50\degres$, $10\degres$, $-10\degres$, $130\degres$, $190\degres$. @@ -1409,18 +1424,18 @@ Maintenant, il suffit de rajouter les ramifications entre parenthèses. Les angl -[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)}| \subsubsection{Projection de Haworth} -Le but est de représenter cette molécule de D-glucopyranose : +\idx*{projection de Haworth}Le but est de représenter cette molécule de D-glucopyranose : {\setcrambond{2pt}{}{} \chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}} -Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe ``HO'' de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe ``HO'', il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel sera donc ``\verb/[2,0.5,2]/''. +Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe ``HO'' de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe ``HO'', il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} sera donc ``\verb/[2,0.5,2]/''. -Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc ``\verb/[0,,,,line width=2pt]/''. Voici la structure de la molécule : +Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc ``\verb/[0,,,,line width=2pt]/''. Voici la structure de la molécule\idx*{\setcrambond} : \exemple{Structure}|\setcrambond{2pt}{}{} \chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7]-[,,,, line width=2pt]>[1,0.7]-[3,0.7]O-[4]?}| -Il ne reste plus qu'à rajouter les ramifications, mises au bon endroit, en spécifiant des angles absolus correctement choisis et des longueurs parfois réduites pour mieux donner l'illusion de la perspective : +Il ne reste plus qu'à rajouter les ramifications, mises au bon endroit, en spécifiant des angles absolus correctement choisis et des longueurs parfois réduites pour mieux donner l'illusion de la perspective\idx*{\setcrambond} : \exemple{Projection de Haworth}|\setcrambond{2pt}{}{} \chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,, line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7] @@ -1433,32 +1448,32 @@ On cherche à dessiner la molécule d'adrénaline : Nous allons utiliser deux méthodes différentes. \subsubsection{Utilisation d'un cycle} -Tout d'abord, on part du 6-cycle et nous dessinons le début des ramifications qui en partent : +Tout d'abord, on part du 6-cycle et nous dessinons le début des ramifications\idx*{cycle!ramification} qui en partent : \exemple[60]{Structure de l'adrénaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-)=-(-HO)=)}| Il faut maintenant compléter la ramification de droite en utilisant, par exemple, des angles relatifs : \exemple[60]{Adrénaline, étape 2}|\chemfig{*6((-HO)-=-(--[::-60]-[::-60] HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}| -Puis, il faut rajouter la liaison de Cram vers \verb-OH- et spécifier que la liaison qui arrive sur ``\verb-NH-'' le fait sur le second atome ``N''. Nous utilisons le 4\ieme{} argument optionnel de la liaison : +Puis, il faut rajouter la liaison de Cram vers \verb-OH- et spécifier que la liaison qui arrive sur ``\verb-NH-'' le fait sur le second atome ``N''. Nous utilisons le 4\ieme{} argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} de la liaison : \exemple[60]{Adrénaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-(<[::60]OH)-[::-60]-[::-60,,,2] HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}| \subsubsection{Utilisation de 2 cycles} -Cette méthode est moins naturelle, mais le but est ici d'expliquer comment rendre une liaison invisible. +Cette méthode est moins naturelle, mais le but est ici d'expliquer comment rendre une liaison invisible\idx*{liaison!invisible}. -On pourrait améliorer ce code en considérant que le dessin de la molécule d'adrénaline est constitué de deux 6-cycles accolés l'un à l'autre : +On pourrait améliorer ce code en considérant que le dessin de la molécule d'adrénaline est constitué de deux 6-cycles accolés\idx*{cycle!imbrication} l'un à l'autre : \exemple[60]{Adrénaline, structure 2 cycles}|\chemfig{*6((-HO)-=*6(--HN---)-=-(-HO)=)}| -Il faut donc rendre invisible les deux premières liaisons du cycle de droite. Pour cela, on se sert de l'argument qui est passé à \TIKZ en spécifiant ``\verb-draw=none-''. Ces liaisons ont donc ce code : ``\verb/-[,,,,,draw=none]/''. Pour que le code reste lisible, on définit un alias nommé ``\verb-&-'' pour ces liaisons : +Il faut donc rendre invisible les deux premières liaisons du cycle de droite. Pour cela, on se sert de l'argument qui est passé à \TIKZ en spécifiant ``\verb-draw=none-''. Ces liaisons ont donc ce code : ``\verb/-[,,,,,draw=none]/''. Pour que le code reste lisible, on définit un alias nommé ``\verb-&-'' pour ces liaisons\idx*{\definesubmol} : \exemple[60]{Adrénaline, étape 2}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]} \chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN---)-=-(-HO)=)}| -Le reste devient facile, il suffit d'ajouter les ramification aux bons sommets : +Le reste devient facile, il suffit d'ajouter les ramification aux bons sommets\idx*{\definesubmol} : \exemple[60]{Adrénaline, étape 3}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]} \chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN(-CH_3)--(<OH)-)-=-(-HO)=)}| -Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de ``\verb-HN-'' doivent le faire sur deuxième atome. On définit donc un autre alias pour la liaison invisible qui arrive sur ``\verb-HN-'' : +Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de ``\verb-HN-'' doivent le faire sur deuxième atome. On définit donc un autre alias pour la liaison invisible qui arrive sur ``\verb-HN-''\idx*{\definesubmol} : \exemple[60]{Adrénaline}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]} \definesubmol{&&}{-[,,,2,draw=none]} \chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!{&&}HN(-CH_3)-[,,2]-(<OH)-)-=-(-HO)=)}| @@ -1467,10 +1482,10 @@ Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de ``\v Nous allons dessiner la molécule de guanine : \chemfig{*6((-H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=O)-HN-[,,2])}\medskip -Tout d'abord, commençons par dessiner les cycles imbriqués en mettant seulement les atomes d'azote aux sommets : +Tout d'abord, commençons par dessiner les cycles imbriqués\idx*{cycle!imbrication} en mettant seulement les atomes d'azote aux sommets : \exemple{Guanine, structure}|\chemfig{*6(=N-*6(-N-=N)=--N-)}| -Puis nous allons tracer la liaison horizontale dans le cycle de droite avec un crochet. Nous allons aussi positionner un atome d'hydrogène sous l'atome d'azote du 5-cycle avec la commande \verb-\chembelow{N}{H}-. Il faut aussi écrire ``\verb-HN-'' au lieu de ``\verb-N-'' au sommet en haut à gauche de la molécule : +Puis nous allons tracer la liaison horizontale dans le cycle de droite avec un crochet. Nous allons aussi positionner un atome d'hydrogène sous l'atome d'azote du 5-cycle avec la commande \verb-\chembelow{N}{H}-. Il faut aussi écrire ``\verb-HN-'' au lieu de ``\verb-N-'' au sommet en haut à gauche de la molécule\idx*{\chembelow} : \exemple{Guanine, étape 2}|\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?--HN-)}| On constate qu'une liaison part du mauvais atome\footnote{Ceci semble illogique puisque l'angle de la liaison du groupe \texttt{HN} vers le premier sommet du 6-cycle est comprise entre $-90\degres$ et $90\degres$; \CF devrait donc partir du 2\ieme{} atome. Pour expliquer cette contradiction, il faut savoir que dans les cycles, la dernière liaison relie toujours le dernier sommet au premier sommet en ignorant l'angle \emph{calculé théorique} de cette liaison (qui est ici de $-90\degres{}$). \CF utilise cet angle théorique pour déterminer les atomes de départ et d'arrivée, mais ne s'en sert pas pour tracer la liaison puisque les deux extrémités sont déjà définies. L'atome de départ de la dernière liaison est donc le \no1.} ! Il faut corriger le mécanisme de calcul automatique pour que la liaison parte du 2\ieme{} atome ``\verb-N-'' au lieu du premier. Pour cela, on spécifie un argument optionnel pour la dernière liaison du premier 6-cycle ``\verb-[,,2]-'' : @@ -1482,13 +1497,13 @@ Il suffit de rajouter les ramifications aux bons sommets. On peut notamment rema On aurait aussi pu dessiner cette même molécule avec un 5-cycle \emph{régulier}, comme cela se fait parfois : \exemple{Guanine avec 5-cycle}|\chemfig{*6((-H_2N)=N-*5(-\chembelow{N}{H}-=N-)=-(=O)-HN-[,,2])}| -\section{Comment faire\ldots} +\section{Comment faire\protect\ldots} \subsection{Écrire un atome en couleur} -Comme le package \verb-xcolor- est chargé par \TIKZ, lui même chargé par \CF, on peut donc mettre dans le code d'une molécule des instructions de couleur, principalement \verb-\color- et \verb-\textcolor-. Les atomes étant affichés dans des nœuds de \TIKZ qui se comportent comme des boîtes de \TeX{}, tout se passe comme si ces atomes étaient confinés dans un groupe ce qui fait que le changement de couleur reste local à l'atome. +\idx*{couleur (atome)}Comme le package \verb-xcolor- est chargé par \TIKZ, lui même chargé par \CF, on peut donc mettre dans le code d'une molécule des instructions de couleur, principalement \idx{\color} et \idx{\textcolor}. Les atomes étant affichés dans des nœuds de \TIKZ qui se comportent comme des boîtes de \TeX{}, tout se passe comme si ces atomes étaient confinés dans un groupe ce qui fait que le changement de couleur reste local à l'atome. \exemple{Couleurs}/\chemfig{C\color{blue}H_3-C(=[1]O)-[7]O\color{red}H}/ -On constate que ce code ne fonctionne pas, toujours à cause de la règle de découpage des atomes qu'utilise \CF : ici, le premier atome de la molécule commence à ``\verb-C-'' et s'étend jusqu'à la prochaine lettre majuscule. Cet atome est donc ``\verb-C\color{blue}-'' et donc, le changement de couleur se fait en fin d'atome et reste sans effet. Il faut forcer \CF à couper le premier atome juste après ``\verb-C-'' avec le caractère ``\verb-|-'' et ensuite, englober \verb-\color{blue}H_3- entre accolades de façons à ce que \CF ne stoppe pas l'atome \no2 avant le ``\verb-H-'' ce qui laisserait le changement de couleur seul et donc inefficace dans un atome : +On constate que ce code ne fonctionne pas, toujours à cause de la règle de \idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes} qu'utilise \CF : ici, le premier atome de la molécule commence à ``\verb-C-'' et s'étend jusqu'à la prochaine lettre majuscule. Cet atome est donc ``\verb-C\color{blue}-'' et donc, le changement de couleur se fait en fin d'atome et reste sans effet. Il faut forcer \CF à couper le premier atome juste après ``\verb-C-'' avec le caractère ``\verb-|-'' et ensuite, englober \verb-\color{blue}H_3- entre accolades de façons à ce que \CF ne stoppe pas l'atome \no2 avant le ``\verb-H-'' ce qui laisserait le changement de couleur seul et donc inefficace dans un atome : \exemple{Couleurs}/\chemfig{C|{\color{blue}H_3}-C(=[1]O)-[7]O|{\color{red}H}}/ @@ -1498,15 +1513,30 @@ On peut obtenir le même effet avec \verb-\textcolor- : Le principal inconvénient est qu'il faut répéter l'opération pour chaque atome que l'on veut colorer, même si ceux-ci sont contigus. +\subsection{Ajouter un exposant sans influer sur une liaison} +Ajouter une \idx{charge} sous forme d'exposant mathématique à un atome implique que la boîte (et donc le nœud de \TIKZ) le contenant aura ses dimensions modifiées. Cela n'a guerre d'importance si l'atome est un fin de chaîne mais l'esthétique peut être compromise si une liaison doit en partir. Le premier réflexe est de mettre l'exposant dans une boîte de \TeX{} de dimensions nulles et donc d'utiliser la macro\idx\rlap\footnote{Si l'on doit mettre la charge a gauche de l'atome, il faut employer la commande \texttt{\string\llap}.}, ce qui donne des résultats souvent satisfaisants. On voit ici que grâce à \idx\rlap, l'\idx{alignement horizontal} des atomes est préservé : +\exemple{Charge et liaison}/\chemfig{A^+-[2]B} +\qquad +\chemfig{A\rlap{${}^+$}-[2]B}/ +Si l'on veut utiliser la commande \verb-\oplus- qui affiche ``$\oplus$''\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}, on peut trouver que la charge est trop basse : $\mathrm{A^\oplus}$. Dans ce cas, pourquoi ne pas se servir de \idx{\chemabove} pour placer aussi précisément que l'on veut, aussi bien verticalement qu'horizontalement la charge : +\exemple{Charge et \string\chemabove}/\chemfig{\chemabove[0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}-[2]B} +\qquad +\chemfig{{\chemabove[-0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}}-[2]B}/ +On remarque un niveau d'accolades supplémentaire pour la seconde molécule. En effet, comme on spécifie ``\verb/-0.5pt/'' pour l'argument optionnel de \idx{\chemabove} pour descendre la charge, il faut éviter que \CF ne comprenne ce signe ``\verb/-/'' comme une liaison simple. + +Pour ajouter une charge près du sommet d'un cycle\idx*{charge}, la meilleure méthode est de créer une liaison invisible\idx*{liaison!invisible} qui parte de ce sommet, ce qu'on fait ici avec \idx\definesubmol{} avec une liaison ayant un coefficient de longueur égal à 0.2 : +\exemple{Charges et cycles}/\definesubmol\nobond{-[,0.2,,,draw=none]} +\chemfig{*5(---(!\nobond\scriptstyle\oplus)-(!\nobond\scriptstyle{-})-)}/ + \subsection{Dessiner une liaison courbe} -Nous avons déjà vu qu'avec la librairie ``\verb-decorations.pathmorphing-'' de \TIKZ, on peut dessiner une liaison ondulée : +Nous avons déjà vu qu'avec la librairie ``\verb-decorations.pathmorphing-'' de \TIKZ, on peut dessiner une liaison ondulée\idx*{liaison!courbe} : \exemple{Liaison ondulée}|\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration=snake]B} \chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration={snake,amplitude=1.5mm, segment length=2.5mm}]B}| -Pour plus de souplesse, on peut aussi poser des nœuds avec le marqueur ``\verb-@-'' et réutiliser ces nœuds après que la molécule ait été tracée pour les relier avec une ligne courbe à l'aide de \verb-\chemmove- : +Pour plus de souplesse, on peut aussi poser des nœuds avec le marqueur ``\verb-@-''\idx*{"@} et réutiliser ces nœuds après que la molécule ait été tracée pour les relier avec une ligne courbe à l'aide de \idx{\chemmove} : \exemple{Liaisons courbes}/\chemfig{@{a}A-[,,,,draw=none]@{b}B} \chemmove{\draw[-](a)..controls +(45:7mm) and +(225:7mm)..(b);} @@ -1520,7 +1550,7 @@ Pour plus de souplesse, on peut aussi poser des nœuds avec le marqueur ``\verb- ++(20:2em) ..controls +(210:3em) and +(-120:4em) ..(b);}/ \subsection{Modifier la taille d'une molécule} -Deux paramètres déterminent par défaut la taille d'une molécule : la taille de la police et le paramètre de \verb-\setatomsep- qui est de 3em par défaut. On peut jouer indépendamment sur ces deux paramètres pour modifier la taille d'une molécule : +\idx*{taille des molécules@taille des molecules}Deux paramètres déterminent par défaut la taille d'une molécule : la taille de la police et le paramètre de \idx{\setatomsep} qui est de 3em par défaut. On peut jouer indépendamment sur ces deux paramètres pour modifier la taille d'une molécule : \exemple{Modification de la taille}/\definesubmol\hho{H-[:30]O-[:-30]H} \chemfig{!\hho} @@ -1531,7 +1561,7 @@ Deux paramètres déterminent par défaut la taille d'une molécule : la taille \tiny\chemfig{!\hho}\setatomsep{5em}\chemfig{!\hho}/ -Il est possible d'utiliser le second argument optionnel de \verb-\chemfig- pour agrandir ou réduire une molécule, et ceci globalement, c'est-à -dire que le texte et les liaisons seront réduits selon la même proportion : +Il est possible d'utiliser le second argument optionnel de \verb-\chemfig-\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} pour agrandir ou réduire une molécule, et ceci globalement, c'est-à -dire que le texte et les liaisons seront réduits selon la même proportion : \exemple{Modification globale de la taille}/\definesubmol\hho{H-[:30]O-[:-30]H} \chemfig{!\hho} @@ -1543,7 +1573,7 @@ Il est possible d'utiliser le second argument optionnel de \verb-\chemfig- pour \chemfig[][scale=0.33]{!\hho}/ \subsection{Dessiner un élément de polymère} -La difficulté réside dans le fait d'afficher des délimiteurs (parenthèses ou crochets) sur des liaisons. Pour cela, on va encore définir avec le caractère ``\verb-@-'' des nœuds globaux que l'on utilisera ensuite pour qu'ils servent d'ancre aux délimiteurs. Nous partirons du principe que le nœud marquant l'emplacement du délimiteur ouvrant porte le nom ``opbr'' et celui du délimiteur fermant le nom ``clbr''. +\idx*{polymère}La difficulté réside dans le fait d'afficher des délimiteurs (parenthèses ou crochets) sur des liaisons. Pour cela, on va encore définir avec le caractère ``\verb-@-''\idx*{"@} des nœuds globaux que l'on utilisera ensuite pour qu'ils servent d'ancre aux délimiteurs. Nous partirons du principe que le nœud marquant l'emplacement du délimiteur ouvrant porte le nom ``opbr'' et celui du délimiteur fermant le nom ``clbr''. Nous allons écrire une macro toute simple \verb-\setpolymerbracket- dont les deux caractères qui suivent définissent le délimiteur ouvrant et le délimiteur fermant. @@ -1588,7 +1618,7 @@ Polyphénylène sulfide: \makebraces[15pt,15pt]{}| \subsection{Dessiner le symétrique d'une molécule}\label{retournement} -Il existe deux commandes \verb-\hflipnext- et \verb-\vflipnext- qui permettent de tracer le symétrique de la prochaine molécule par rapport à un axe horizontal ou vertical. Si on souhaite construire le symétrique de plusieurs molécules, il faut écrire les commandes avant chaque molécule concernée. +\idx*{symetrique d'une molecule@symétrique d'une molécule}Il existe deux commandes \idx{\hflipnext} et \idx{\vflipnext} qui permettent de tracer le symétrique de la prochaine molécule par rapport à un axe horizontal ou vertical. Si on souhaite construire le symétrique de plusieurs molécules, il faut écrire les commandes avant chaque molécule concernée. \exemple{Symétriques}/\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}% original @@ -1599,37 +1629,75 @@ Il existe deux commandes \verb-\hflipnext- et \verb-\vflipnext- qui permettent d \hflipnext% dessine le symétrique horizontal de : \chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}/ +\subsection{Ajouter du texte au dessus des liaisons et coder les angles} +\idx*{liaison!avec texte}Une fois que l'on a compris que le caractère ``\verb-@-''\idx*{"@} permet de poser un nœud ``global'' pour \TIKZ, c'est-à -dire accessible après que la molécule ait été dessinée, tout ce qui est possible avec \TIKZ et les nœuds (c'est-à -dire beaucoup de choses) devient envisageable. + +Pour écrire quelque chose au-dessus ou au-dessous d'une liaison, on peut donc poser des nœuds ``globaux'' sur les atomes situés aux extrémités de cette liaison et écrire à mi-chemin de ces deux nœuds un texte que l'on aura soin d'élever ou d'abaisser pour qu'il se situe juste au dessus ou au dessous de la liaison. C'est ce que fait la commande \verb-\bondname- dans le code ci-dessous\footnote{La commande \texttt{\string\si} est fournie par le package \href{http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/siunitx.html}{\texttt{\textbf{siunitx}}}.}. + +\idx*{liaison!angle!codage}Pour les angles entre deux liaisons partant d'un atome, 3 atomes sont impliqués et il faudra poser un nœud global sur chacun d'eux. On peut aisément calculer l'angle entre deux lignes issues d'un même nœud, c'est ce que fait la commande \verb-\arcbetweennodes-. Ensuite, la macro \verb-\arclabel- trace un arc de cercle entre deux liaisons et écrit un texte à côté de cet arc : l'argument optionnel de cette macro est le code passé à \TIKZ. L'argument \no2 est le rayon de l'arc tandis que les trois arguments suivants sont les noms des nœuds globaux entre lesquels doit être tracé l'arc, le nom du milieu devant être celui du sommet de l'angle. Enfin, le dernier argument est le texte à écrire. + +\exemple*{Angles et texte sur les liaisons}| +\newcommand\namebond[4][5pt]{\chemmove{\path(#2)--(#3)node[midway,sloped,yshift=#1]{#4};}} + +\newcommand\arcbetweennodes[3]{% + \pgfmathanglebetweenpoints{\pgfpointanchor{#1}{center}}{\pgfpointanchor{#2}{center}}% + \let#3\pgfmathresult} + +\newcommand\arclabel[6][stealth-stealth,shorten <=1pt,shorten >=1pt]{% + \chemmove{% + \arcbetweennodes{#4}{#3}\anglestart \arcbetweennodes{#4}{#5}\angleend + \draw[#1]([shift=(\anglestart:#2)]#4)arc(\anglestart:\angleend:#2); + \pgfmathparse{(\anglestart+\angleend)/2}\let\anglestart\pgfmathresult + \node[shift=(\anglestart:#2+1pt)#4,anchor=\anglestart+180,rotate=\anglestart+90,inner sep=0pt, + outer sep=0pt]at(#4){#6};}} + +\chemfig{@{a}A=[:30,1.5]@{b}B-[7,2]@{c}C-@{d}D} +\namebond{a}{b}{\scriptsize My text} +\namebond[-3.5pt]{b}{c}{\small\color{red}$\pi$} +\namebond{c}{d}{\small1\si\angstrom} +\medskip + +Molécule d'eau horizontale : \chemfig{@{1}H-[::37.775,2]@{2}O-[::-75.55,2]@{3}H}. +\namebond{1}{2}{\footnotesize0.9584\si\angstrom} +\namebond{2}{3}{\footnotesize0.9584\si\angstrom} +\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\si\degree} +\qquad +Molécule d'eau pivotée de +30\si\degree : \chemfig{[:30]@1H-[::37.775,2]@2O-[::-75.55,2]@3H} +\namebond12{\footnotesize0.9584\si\angstrom} +\namebond23{\footnotesize0.9584\si\angstrom} +\arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\si\degree}| + \section{Liste des commandes} Les commandes créées par \CF sont : \begin{center} \begin{longtable}{>\footnotesize l>\footnotesize p{9cm}}\\\hline \hfill\normalsize Commandes\hfill\null &\hfill\normalsize Description\hfill\null\\\hline -\verb-\chemfig<code>-&dessine la molécule dont le dessin est décrit par le \verb-<code>-\\ -\verb-\printatom- & cette macro affiche les atomes dans les molécules. Elle peut être redéfinie pour personnaliser l'affichage, voir~\pageref{perso.affichage}\\ -\verb-\setnodestyle{<style tikz>}-& à l'aide de la syntaxe de \TIKZ, cette macro définit le style de nœuds contenant les atomes, voir~\pageref{style.noeuds}\\ -\verb-\hflipnext-&la prochaine molécule sera inversée horizontalement\\ -\verb-\vflipnext-&la prochaine molécule sera inversée verticalement\\ -\verb-\definesubmol{<nom>}[code1]{<code2>}- & créé un alias \verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \verb-<code1>- ou le \verb-<code2>- selon l'inclinaison de la dernière liaison. Voir page~\pageref{definesubmol}\\ -\verb-\chemskipalign- & Ignore le groupe d'atomes en cours pour le mécanisme d'alignement vertical. Voir page~\pageref{chemskipalign}.\\ -\verb-\redefinesubmol{<nom>}{<code>}- & remplace l'alias déjà existant \verb-!<nom>- par le nouveau \verb-<code>-. Voir page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline +\verb-\chemfig<code>-\idx*\chemfig&dessine la molécule dont le dessin est décrit par le \verb-<code>-\\ +\verb-\printatom-\idx*\printatom & cette macro affiche les atomes dans les molécules. Elle peut être redéfinie pour personnaliser l'affichage, voir~\pageref{perso.affichage}\\ +\verb-\setnodestyle{<style tikz>}-\idx*\setnodestyle& à l'aide de la syntaxe de \TIKZ, cette macro définit le style de nœuds contenant les atomes, voir~\pageref{style.noeuds}\\ +\verb-\hflipnext-\idx*\hflipnext&la prochaine molécule sera inversée horizontalement\\ +\verb-\vflipnext-\idx*\vflipnext&la prochaine molécule sera inversée verticalement\\ +\verb-\definesubmol{<nom>}[code1]{<code2>}-\idx*\definesubmol & créé un alias \verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \verb-<code1>- ou le \verb-<code2>- selon l'inclinaison de la dernière liaison. Voir page~\pageref{definesubmol}\\ +\verb-\chemskipalign-\idx*\chemskipalign & Ignore le groupe d'atomes en cours pour le mécanisme d'alignement vertical. Voir page~\pageref{chemskipalign}.\\ +\verb-\redefinesubmol{<nom>}{<code>}-\idx*\redefinesubmol & remplace l'alias déjà existant \verb-!<nom>- par le nouveau \verb-<code>-. Voir page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline &\\ -\verb-\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & règle les dimensions des triangles représentant les liaisons de Cram : \verb-<dim1>- est la largeur de la base, \verb-<dim2>- est l'espacement entre les pointillés et \verb-<dim3>- est la largeur des pointillés. Voir page~\pageref{setcrambond}\\ -\verb-\setatomsep{<dim>}>- & règle la distance interatome. Voir page~\pageref{setatomsep}\\ -\verb-\setbondoffset{<dim>}- & règle l'espacement entre les atomes liés et la liaison. Voir page~\pageref{setbondoffset}\\ -\verb-\setdoublesep{<dim>}- & règle l'espacement entre les deux traits d'une double liaison. Voir page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline +\verb-\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-\idx*\setcrambond & règle les dimensions des triangles représentant les liaisons de Cram : \verb-<dim1>- est la largeur de la base, \verb-<dim2>- est l'espacement entre les pointillés et \verb-<dim3>- est la largeur des pointillés. Voir page~\pageref{setcrambond}\\ +\verb-\setatomsep{<dim>}>-\idx*\setatomsep & règle la distance interatome. Voir page~\pageref{setatomsep}\\ +\verb-\setbondoffset{<dim>}-\idx*\setbondoffset & règle l'espacement entre les atomes liés et la liaison. Voir page~\pageref{setbondoffset}\\ +\verb-\setdoublesep{<dim>}-\idx*\setdoublesep & règle l'espacement entre les deux traits d'une double liaison. Voir page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline &\\ -\verb-\lewis{<codes>,<atome>}- & affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Les décorations dessinées ne modifient pas la boîte englobante de l'\verb-<atome>-. Voir page~\pageref{lewis}\\ -\verb-\setlewis{<dim1>}{<dim2>}{<code tikz>}- & règle les décoration de Lewis; \verb-<dim1>- est la distance entre l'atome et la décoration, \verb-<dim2>- est la longueur du trait représentant la paire d'électrons et \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Voir page~\pageref{setlewis}\\[2ex]\hline +\verb-\lewis{<codes>,<atome>}-\idx*\lewis & affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Les décorations dessinées ne modifient pas la boîte englobante de l'\verb-<atome>-. Voir page~\pageref{lewis}\\ +\verb-\setlewis{<dim1>}{<dim2>}{<code tikz>}-\idx*\setlewis & règle les décoration de Lewis; \verb-<dim1>- est la distance entre l'atome et la décoration, \verb-<dim2>- est la longueur du trait représentant la paire d'électrons et \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Voir page~\pageref{setlewis}\\[2ex]\hline &\\ -\verb-\chemmove[<options tikz>]<code tikz>- & Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère ``\verb-@-''. Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\ -\verb-\chemsign[<dim>]<signe>- & affiche le \verb-<signe>- en plaçant avant et après un espace insécable de longueur \verb-<dim>-. Voir page~\pageref{chemsign}\\ -\verb-\chemrel[<txt1>][<txt2>]{<code fleche>}- & affiche une flèche décrite par son \verb-<code fleche>- en positionnant les textes optionnels \verb-<txt1>- et \verb-<txt2>- respectivement au dessus et au dessous de la flèche. Voir page~\pageref{chemrel}\\ -\verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & règle les dimensions des flèches dessinées avec la commande \verb-\chemrel- : \verb-<dim1>- est l'espacement vertical entre la flèche et les textes optionnels, \verb-<dim2>- est l'espacement horizontal insécable inséré avant et après la flèche et \verb-<dim3>- est la longueur de la flèche. Voir page~\pageref{setchemrel}\\[2ex]\hline +\verb-\chemmove[<options tikz>]<code tikz>-\idx*\chemmove & Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère ``\verb-@-''. Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\ +\verb-\chemsign[<dim>]<signe>-\idx*\chemsign & affiche le \verb-<signe>- en plaçant avant et après un espace insécable de longueur \verb-<dim>-. Voir page~\pageref{chemsign}\\ +\verb-\chemrel[<txt1>][<txt2>]{<code fleche>}-\idx*\chemrel & affiche une flèche décrite par son \verb-<code fleche>- en positionnant les textes optionnels \verb-<txt1>- et \verb-<txt2>- respectivement au dessus et au dessous de la flèche. Voir page~\pageref{chemrel}\\ +\verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-\idx*\setchemrel & règle les dimensions des flèches dessinées avec la commande \verb-\chemrel- : \verb-<dim1>- est l'espacement vertical entre la flèche et les textes optionnels, \verb-<dim2>- est l'espacement horizontal insécable inséré avant et après la flèche et \verb-<dim3>- est la longueur de la flèche. Voir page~\pageref{setchemrel}\\[2ex]\hline &\\ -\verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ -\verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ -\verb-\chemname[<dim>]{<molécule>}{<nom>}- & Affiche le \verb-<nom>- sous la \verb-<molécule>-\\ -\verb-\chemnameinit- & Initialise la plus grande profondeur des molécules rencontrées pour avoir un alignement correct de leurs noms\\\hline +\verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chemabove & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ +\verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chembelow & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ +\verb-\chemname[<dim>]{<molécule>}{<nom>}-\idx*\chemname & Affiche le \verb-<nom>- sous la \verb-<molécule>-\\ +\verb-\chemnameinit-\idx*\chemnameinit & Initialise la plus grande profondeur des molécules rencontrées pour avoir un alignement correct de leurs noms\\\hline \end{longtable} \end{center} \newpage @@ -1655,9 +1723,12 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{3-éthyl-2-méthylhexane}/\chemfig{H_3C-[7]CH(-[6]CH_3)-[1]CH(-[7]C_3H_7)-[2]CH_2-[3]H_3C}/ +\idx*\definesubmol +\idx*\phantom \exemple*{Stéarine, formule semi développée}/\definesubmol{@}{([0,2]-O-[0,1]C(=[2,1]O)-C_{17}H_{33})} \chemfig{[2,2]CH_2!@-CH_{\phantom 2}!@-CH_2!@}/ +\idx*\definesubmol \exemple*{Stéarine, formule topologique}/\definesubmol{x}{-[:+30,.6]-[:-30,.6]} \definesubmol{y}{-O-(=[2,.6]O)-!x!x!x!x!x!x!x!x} \chemfig{[2](!y)-[,1.5](!y)-[,1.5](!y)}/ @@ -1673,17 +1744,21 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Anhydride phtalique}/\chemfig{*6(=*5(-(=O)-O-(=O)-)-=-=-)}/ +\idx*\setcrambond \exemple*{Camphre}/\chemfig{*6(-(<:[::120](-[::-100,0.7])(-[::100,0.7]))--(=O)-(-)(<:[::120])--)} \quad ou \quad \setcrambond{3pt}{}{} \chemfig{<[:10](>[:85,1.8]?(-[:160,0.6])-[:20,0.6]) >[:-10]-[:60](=[:30,0.6]O)-[:170]?(-[:30,0.6])-[:190]-[:240]}/ +\idx*\definesubmol \exemple*{Triphenylméthane}/\chemfig{*6(-=-*6(-(-*6(=-=-=-))-*6(=-=-=-))=-=)} \quad ou \quad \definesubmol{@}{*6(=-=-=-)} \chemfig{(-[:-30]!@)(-[:90]!@)(-[:210]!@)}/ +\idx*\setcrambond +\idx*\definesubmol \exemple*{Amygdaline}/\setcrambond{2pt}{}{} \definesubmol{c1}{-[:200]-[:120]O-[:190]} \definesubmol{c2}{-[:170](-[:200,0.7]HO)<[:300](-[:170,0.6]HO) @@ -1691,6 +1766,8 @@ $\star\quad\star$ \definesubmol{csub}{-[:155,0.65]-[:90,0.65]} \chemfig{O(!{c1}(!{csub}O(!{c1}(!{csub}OH)!{c2}))!{c2})-[:-30](-[:-90]CN)-[:30]*6(=-=-=-)}/ +\idx*\setcrambond +\idx*\definesubmol \exemple*{Adénosine triphosphate}/\setcrambond{3pt}{}{} \definesubmol{a}{-P(=[::-90,0.75]O)(-[::90,0.75]HO)-} \chemfig{[:-54]*5((--[::60]O([::-60]!aO([::-60]!aO([::60]!aHO))))<(-OH) @@ -1705,6 +1782,7 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Porphyrine}/\chemfig{?=[::+72]*5(-N=(-=[::-72]*5(-[,,,2]HN-[,,2](=-[::-36]*5(=N-(=-[::-72]*5(-NH-[,,1]?=-=)) -=-))-=-))-=-)}/ +\idx*\definesubmol \exemple*{Manganese 5,10,15,20-tétra(N-ethyl-3-carbazolyl) porphyrine}/\definesubmol{A}{*6(=-*5(-*6(-=-=-)--N(--[::-60])-)=-=-)} \chemfig{([::+180]-!A)=[::+72]*5(-N=(-(-[::+54]!A)=[::-72]*5(-N(-[::-33,1.5,,,draw=none]Mn) -(=(-[::+72]!A)-[::-36]*5(=N-(=(-[::+54]!A)-[::-72]*5(-N-(-)=-=))-=-))-=-))-=-)}/ @@ -1712,6 +1790,7 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Pénicilline}/\chemfig{[:-90]HN(-[::-45](-[::-45]R)=[::+45]O)>[::+45]*4(-(=O)-N*5(-(<:(=[::-60]O) -[::+60]OH)-(<[::+0])(<:[::-108])-S>)--)}/ +\idx*\chembelow \exemple*{LSD}/\chemfig{[:150]?*6(=*6(--*6(-N(-CH_3)--(<(=[::+60]O)-[::-60]N(-[::+60]-[::-60]) -[::-60]-[::+60])-=)([::-120]<H)---)-*6(-=-=-(-[::-30,1.155]\chembelow{N}{H}?)=))}/ @@ -1721,17 +1800,29 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Codéïne}/\chemfig{[:-30]**6(-(-OH)-?-*6(-(-[3]-[2,2]-[0,.5])*6(-(<:[:-150,1.155]O?) -(<:OH)-=-)-(<:[1]H)-(-[2]NCH_3)--)---)}/ +\idx*\lewis \exemple*{Colorant(rouge)}/\chemfig{**6(--*6(-(-NO_2)=-(-\lewis{26,O}-[0]H)=(-\lewis{4,N}=[0]\lewis{2,N}-[0]Ar)-)----)}/ +\idx*\lewis \exemple*{Menthone}/\chemfig{CH_3-?(-[2]H)(-[::-30,2]-[::+60](=[1]\lewis{20,O}) -[::-150,1.5](-[:20]CH(-[1]CH_3)(-[7]CH_3))(-[6]H)-[::-90,2]-[::+60]?)}/ +\idx*\chembelow +\idx*\chemsign +\idx*\chemrel \exemple*{Synthèse de Fischer de l'indole}/\chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)} \chemsign+ \chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1} \chemrel[$\mathrm{H^+}$]{-stealth} \chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}/ +\idx*\chemabove +\idx*\chemrel +\idx*\lewis +\idx*{"@} +\idx*\chemmove +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}} +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}} \exemple*{Mécanisme réactionnel : groupement carbonyle}/ \chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}} \chemrel{<>} @@ -1739,6 +1830,12 @@ $\star\quad\star$ {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}} \chemmove{\draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/ +\idx*\chembelow +\idx*\lewis +\idx*\chemabove +\idx*{"@} +\idx*\chemrel +\idx*\chemmove \exemple*{Mécanismes réactionnels : dérivés nitrés}/ \chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2} \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})} @@ -1749,6 +1846,14 @@ $\star\quad\star$ \draw[->,shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb); }/ +\idx*\lewis +\idx*\chemsign +\idx*\chemabove +\idx*\chemmove +\idx*\chemrel +\idx*{"@} +\idx*\chembelow +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}} \exemple*{Addition nucléophile. Amines primaires}/\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2} \chemsign{+} \chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O} @@ -1775,6 +1880,13 @@ $\star\quad\star$ \chemsign{+} \chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}/ +\idx*\setbondoffset +\idx*\setatomsep +\idx*\lewis +\idx*\chemrel +\idx*\chemsign +\idx*\chemmove +\idx*{"@} \exemple*{Mécanismes réactionnels de la chloration}/\scriptsize \setbondoffset{1pt}\setatomsep{2em} \chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\chemsign{+} @@ -1797,6 +1909,12 @@ $\star\quad\star$ \draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5); \draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/ +\idx*\chemrel +\idx*\chemabove +\idx*\chembelow +\idx*{"@} +\idx*\chemmove +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}} \exemple*{Cannizzaro}/\chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)} \chemrel[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]{-stealth} \chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{ @@ -1820,6 +1938,14 @@ $\star\quad\star$ \begingroup \catcode`;=12 +\idx*\setbondoffset +\idx*\setatomsep +\idx*\chemrel +\idx*{"@} +\idx*\chemabove +\idx*\chemmove +\idx*\lewis +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}} \exemple*{Réarrangement de Beckmann}/ \setbondoffset{1pt} \setatomsep{2.5em} @@ -1851,6 +1977,13 @@ $\left[\begin{tabular}{c} / \endgroup +\idx*\definesubmol +\idx*\setatomsep +\idx*\chemname +\idx*\chemsign +\idx*\chemrel +\idx*\chemmove +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}} \exemple*{Sulfonation de la naphtalène}/\newcommand\putchemnode[1]{\begin{tikzpicture}[remember picture]\node(#1){};\end{tikzpicture}} \definesubmol\cycleoplus{-[,0.25,,,draw=none]\oplus} \definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH} @@ -1871,6 +2004,12 @@ $\left[\begin{tabular}{c} \draw(a)--node[sloped,above]{80\degre C}(l1);\draw(a)--node[sloped,above]{160\degre C}(l2);}/ \begingroup\catcode`;12 +\idx*\chemname +\idx*\color +\idx*\lewis +\idx*{"@} +\idx*\chemmove +\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\delta}} \exemple*{Schéma explicatif}/\parbox{0.8\linewidth}{ \hspace{10em} \tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attaques\\nucléophiles}};\par @@ -1891,6 +2030,11 @@ $\left[\begin{tabular}{c} }}/ \endgroup +\idx*\setatomsep +\idx*\printatom +\idx*\setbondoffset +\idx*\definesubmol +\idx*\redefinesubmol \exemple*{Cristallographie}/\newcommand\disk{\tikz\draw[fill=black,overlay](0,0)circle(2pt);} \setatomsep{20pt} \renewcommand\printatom[1]{#1} @@ -1918,4 +2062,21 @@ $\left[\begin{tabular}{c} -(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90]) -[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O) -[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}/ + +\idx*{(\kern1cm)|see{ramification}} +\idx*{?@\protect\texttt{?}|see{liaison/atomes éloignés}} +\idx*{distance interatome|see{liaison/longueur}} +\idx*{*|see{cycle}} +\idx*{**|see{cycle/cercle intérieur}} +\idx*{\protect\symbol{'0174}@\protect\texttt{\protect\symbol{'0174}}|see{découpage en atomes}} +\idx*{>, <, >\protect\symbol{'0174}, <\protect\symbol{'0174}, >:, <:@\protect\texttt>, \protect\texttt<, \protect\texttt{>\protect\symbol{'0174}}, \protect\texttt{<\protect\symbol{'0174}}, >\protect\string:, <\protect\string:|see{représentation de Cram}} +\idx*{-, =, \protect\string\protect~@\protect\texttt-, \protect\texttt=, \protect\texttt{\protect\string~}|see{liaison/types}} +\idx*{=\protect\string_, =\protect\string^@\protect\texttt{=\protect\string_}, \protect\texttt{=\protect\string^}|see{liaison/déportées}} +\idx*{"!|see{sauvegarde d'une molécule}} +\idx*{Cram|see{représentation de Cram}} +\idx*{Lewis|see{représentation de Lewis}} +\clearpage +\phantomsection +\addcontentsline{toc}{part}{Index} +\printindex \end{document}
\ No newline at end of file diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/t-chemfig.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/t-chemfig.tex new file mode 100644 index 00000000000..73b20b64dd9 --- /dev/null +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/t-chemfig.tex @@ -0,0 +1,48 @@ +% __________________________________________________________________ +% | | +% | | +% | chemfig v0.4 | +% | | +% | March 7, 2011 | +% | | +% |__________________________________________________________________| +% +% This is t-chemfig.tex, the package file for conTeXt. +% +% Maintainer: Christian Tellechea +% E-mail : unbonpetit@gmail.com +% Comments, bug reports and suggestions are welcome. +% Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c or +% later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt +% Copyright : Christian Tellechea 2010-2011 +% +% The "chemfig" package consists of the 8 following files: +% chemfig.tex (the code of the package) +% chemfig.sty (the package file for LaTeX) +% t-chemfig.tex (this file) +% README +% chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual) +% chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (manual in french) +% +% -------------------------------------------------------------------- +% This work may be distributed and/or modified under the +% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3 +% of this license or (at your option) any later version. +% The latest version of this license is in +% +% % http://www.latex-project.org/lppl.txt +% +% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX +% version 2005/12/01 or later. +% -------------------------------------------------------------------- +% This work has the LPPL maintenance status `maintained'. +% +% The Current Maintainer of this work is Christian Tellechea +% -------------------------------------------------------------------- +\ifdefined\tikzpicture +\else + \expandafter\def\csname CF@next@action\endcsname{\usemodule[tikz]}% + \csname CF@next@action\expandafter\endcsname +\fi +\input chemfig.tex +\endinput
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