summaryrefslogtreecommitdiff
diff options
context:
space:
mode:
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README4
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdfbin856679 -> 940038 bytes
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex676
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdfbin868662 -> 938923 bytes
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex770
-rw-r--r--Master/texmf-dist/tex/latex/chemfig/chemfig.sty701
6 files changed, 1741 insertions, 410 deletions
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README
index de30c302cb0..d8e340533a6 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/README
@@ -2,9 +2,9 @@ ___________________________________
The
ChemFig package
- v0.2
+ v0.3
- 2010/08/31
+ 2010/11/21
___________________________________
Maintainer: Christian Tellechea
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdf b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdf
index 5d254c43086..9cb9bdd3963 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdf
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.pdf
Binary files differ
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex
index df1233816e0..3b6b069ee05 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_en.tex
@@ -3,7 +3,7 @@
% | |
% | ChemFig Documentation |
% | |
-% | August 31, 2010 |
+% | November 21, 2010 |
% | |
% |_________________________________________________________________|
%
@@ -18,7 +18,7 @@
% Copyright : Christian Tellechea 2010
%
% The "chemfig" package consists of the 6 following files:
-% chemfig.sty (this file)
+% chemfig.sty
% README
% chemfig_doc_en.tex, chemfig_doc_en.pdf (english manual)
% chemfig_doc_fr.tex, chemfig_doc_fr.pdf (french manual)
@@ -41,7 +41,7 @@
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
-\usepackage[a4paper,margin=2.5cm]{geometry}
+\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,head=5mm,headsep=5mm,footskip=10mm]{geometry}
\usepackage[bottom]{footmisc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{amsmath}
@@ -54,7 +54,7 @@
\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}
\usepackage{emerald}
-\usepackage[protrusion=true,expansion,final,verbose=true,babel=true]{microtype}
+\usepackage[protrusion=true,expansion,final,babel=true]{microtype}
\usepackage{fancyhdr}
\fancyhead[L]{\small\bfseries\CF}
\fancyhead[C]{}
@@ -64,8 +64,6 @@
\fancyfoot[r]{\thepage}
\makeatletter
-\verbtocs\@diese|#|
-\verbtocs\@@diese|##|
\newcommand\disable@lig[1]{%
\catcode`#1\active
@@ -86,6 +84,7 @@
\bgroup
\obeylines\frenchspacing
\let\do\@makeother\dospecials
+ \@makeother:%
\@vobeyspaces
\disable@lig,\disable@lig-%
\exemple@@
@@ -93,7 +92,8 @@
\newcommand\exemple@@[1]{%
\def\@tempa##1#1{%
- \xdef\left@content{##1}\egroup
+ \xdef\left@content{##1}%
+ \egroup
\begingroup
\endlinechar\m@ne\everyeof{\relax}\catcode`\^^M=10
\@makeother:\@makeother~\@makeother!\@makeother?\@makeother;%
@@ -104,9 +104,12 @@
\@tempa
}
-\newcommand\exemple@@@{%
+\begingroup
+\catcode`#=12
+\gdef\exemple@@@%
+{%
\begingroup
- \StrSubstitute\left@content{\@diese\@diese}\@diese[\left@content]%
+ \StrSubstitute\left@content{##}#[\left@content]%
\if@exstar
\edef\part@left{\the\dimexpr\linewidth-2\fboxsep-2\fboxrule}%
\let\part@right\part@left
@@ -129,8 +132,10 @@
\vskip5pt\relax\ttfamily\footnotesize\left@content
\vskip3pt\hrule\vskip3pt
\everypar{{\color{lightgray}\rlap{\vrule height0.1pt width\part@right depth0.1pt}}}%
- \par
- \hfill\normalfont\right@content\hfill\null}%
+ \par\normalfont
+ \subst@in\right@content\par\def
+ \subst@in\right@content\def{\hfill\null\par\hfill}%
+ \hfill\right@content\hfill\null}%
\else
\parbox[c]\part@left{\vskip5pt\relax\ttfamily\footnotesize\left@content}%
\parbox[c]\part@right{%
@@ -144,6 +149,20 @@
\vskip7.5pt\relax
\endgroup
}
+\endgroup
+
+\long\def\if@instr#1#2{%
+ \long\def\if@instr@i##1#2##2\@nil{\ifx\@empty##2\@empty\expandafter\@secondoftwo\else\expandafter\@firstoftwo\fi}%
+ \if@instr@i#1\relax#2\@nil
+}
+
+\long\def\subst@in#1#2#3{%
+ \long\def\subst@in@i##1#2##2\@nil{##1#3##2}%
+ \expandafter\if@instr\expandafter{#1}{#2}%
+ {\expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter#1\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\subst@in@i#1\@nil}%
+ \subst@in#1{#2}{#3}%
+ }\relax
+}
\long\def\grab@toks#1\relax{\gdef\right@content{#1}}
@@ -178,42 +197,110 @@
{1pc}%
{\titlerule\vspace{1pc}\Huge}
+\newcommand*\nouveau[1][0pt]{\leavevmode\llap{\footnotesize\itshape\bfseries\color{red}New\kern\dimexpr15pt+#1\relax}}
+
\begin{document}
\begin{titlepage}
+ \catcode`!12
\begin{tikzpicture}[remember picture,overlay]
- \filldraw[blue](current page.south west) rectangle ([yshift=2.5cm]current page.center);
- \filldraw[black](current page.north west) rectangle ([yshift=2.5cm]current page.east);
+ \filldraw[blue!75](current page.south west) rectangle ([yshift=2cm,xshift=-3cm]current page.center);
+ \shade [left color=blue!75,right color=white]([yshift=2cm,xshift=-3cm]current page.center) rectangle ([xshift=3cm]current page.south);
+ \filldraw[black](current page.north west) rectangle ([yshift=7cm]current page.east);
+ \shade[top color=black,bottom color=blue]([yshift=7cm]current page.east)rectangle([yshift=2.5cm]current page.west);
+ \filldraw[black!55!blue!100]([yshift=2.5cm]current page.east)rectangle([yshift=2cm]current page.west);
\end{tikzpicture}
\begin{center}
- \color{white}\ECFAugie\fontsize{50pt}{50pt}\selectfont\CF\ v\csname CF@ver\endcsname\par\medskip
+ \color{white}\ECFAugie\fontsize{50pt}{50pt}\selectfont\CF\par
+ \Large v\csname CF@ver\endcsname\par\bigskip
\footnotesize\csname CF@en@date\endcsname\par
\normalsize Christian Tellechea\par\vskip1.5cm
- \huge A \LaTeX{} package for drawing molecules
+ \huge A \LaTeX{} package for drawing molecules%
\end{center}
\vskip4cm
+ \begin{center}
+ \scriptsize
+ \setatomsep{3em}%
+ \chemfig{-[::-30](-[5])(-[7])-[::+60]-[::-60]O-[::+60](=[::-45]O)-[::+90]HN>:[::-60](-[::+60]**6(------))-[::-30](<:[2]OH)-[::-60](=[6]O)-[::+60]O>:[::-60]*7(---?(<[::-120]OH)-(<|[1]CH_3)(<:[::-90]CH_3)-(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90])-[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O)-[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}%
+ \par
+ {\ECFAugie\small Taxotere}%
+ \end{center}
+ \vskip1.5cm
\hfill
- \chemfig{-[::-30](-[5])(-[7])-[::+60]-[::-60]O-[::+60](=[::-45]O)-[::+90]HN>:[::-60](-[::+60]**6(------))-[::-30](<:[2]OH)-[::-60](=[6]O)-[::+60]O>:[::-60]*7(---?(<[::-120]OH)-(<|[1]CH_3)(<:[::-90]CH_3)-(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90])-[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O)-[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}%
- \hfill\null\par\bigskip
- {\hfill\ECFAugie\small Taxotere\hfill\null}%
+ \hbox to 0pt{\hss
+ \scriptsize
+ \setbondoffset{1pt}
+ \setatomsep{2em}
+ \chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}%
+ \kern-1em
+ \chemrel[\chemfig{\chemabove{H}{\kern10pt\oplus}}]{<>}%
+ \kern-0.5em
+ \chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\oplus}H_2}%
+ \chemmove[red,-stealth,shorten <=2pt]{%
+ \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1);
+ \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180);
+ }
+ \kern-1.5em
+ \chemrel[\chemfig{{-}H_2O}]{<>}%
+ $\left[\begin{tabular}{c}
+ \chemfig{R'-N=@{a1}\chemabove{C}\oplus-R}\\
+ \tikz\draw[stealth-stealth](0,3mm)--(0,-3mm);\\
+ \chemfig{R'-\chemabove{N}\oplus~C-R}
+ \end{tabular}\right]$%
+ \chemrel[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]{<>}%
+ \chemmove[red,-stealth,shorten <=3pt]{%
+ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);
+ }%
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}\oplus H_2)}%
+ \chemrel[\chemfig{{-}\chemabove{H}{\kern10pt\oplus}}]{<>}%
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}%
+ \chemrel{-stealth}%
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}\par\bigskip
+ \hss}\hfill\null
+ \begin{center}
+ \ECFAugie\small The Beckmann rearrangement%
+ \end{center}
\end{titlepage}
\parindent0pt\pagestyle{fancy}
\tableofcontents
\parskip\medskipamount
-\newpage
+\vspace{2cm}
+
+\fbox{\vbox{\hsize\dimexpr\linewidth-2\fboxrule-2\fboxsep\relax\noindent\color{red}\bfseries The translation of the new features is not done yet, but should be available within a few weeks. The corresponding text, still in french, is gray in this manual. I apologize for the inconvenience.}}
+\vspace{2cm}
\setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt}
\part{Introduction}
+\begingroup\color{gray}% !!! Nouveau
+\section{Nouveautés de la version 0.3}
+\nouveau Suite à des demandes d'utilisateurs et des lacunes qui devaient de toutes façons être comblées, voici les nouveautés de la version 0.3 :
+\begin{enumerate}
+ \item Amélioration de la commande \verb-\definesubmol- qui accepte les séquences de contrôle comme alias. On peut aussi choisir un alias dont la substitution est différente selon l'orientation de la liaison qui lui arrive dessus. Voir page~\pageref{definesubmol};
+ \item Le caractère ``\verb-|-'' force la fin d'un atome. Si on écrit ``D|ef'' alors, \CF verra deux atomes ``D'' et ``ef''. Lire page~\pageref{decoupage.atomes};
+ \item Le caractère ``\verb-#-'' est reconnu lorsqu'il suit un caractère de liaison. Il doit être suivi d'un argument entre parenthèses qui contient le retrait de début et de fin qui s'appliqueront à cette liaison. Voir page~\pageref{modif.retrait}.
+ \item La macro \verb-\chemfig- admet des arguments optionnels qui seront passés à l'environnement ``tikzpicture'' dans lequel elle est dessinée. Lire page~\pageref{arguments.optionnels};
+ \item Mise en place de la représentation des mouvement d'électrons et des mécanismes réactionnels avec la syntaxe ``\verb-@{<nom>}-'' devant un atome ou
+ ``\verb-@{<nom>,<coeff>}-'' au tout début de l'argument d'une liaison.\par
+ Cette syntaxe permet de placer un nœud (au sens de \TIKZ) qui deviendra l'extrémité des flèches dessinées. Le tracé des flèches est fait par la macro \verb-\chemmove- dont l'argument optionnel devient celui de l'environnement ``tikzpicture'' dans lequel sont faites les flèches. Lire page~\pageref{mecanismes-reactionnels};
+ \item Pour le mécanisme d'alignement vertical des atomes sur une même horizontale, la commande \verb-\chemskipalign- permet d'ignorer ce mécanisme pour le groupe d'atomes dans lequel elle est écrite. Voir page~\pageref{chemskipalign};
+ \item La commande \verb-\chemname- permet d'afficher un nom sous une molécule. La commande \verb-\chemnameinit- initialise l'alignement des noms. Lire page~\pageref{chemname};
+ \item les dessins des décorations qu'effectue la commande \verb-\lewis- ont été améliorés;
+ \item Corrections de bugs et optimisation du code.
+\end{enumerate}
+\endgroup% !!! fin
+
\section{Foreword}
This package has seen the light of day thanks to the assistance of Christophe \textsc{Casseau}, who had the idea after being confronted with the complexity of the syntax of the \href{http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/ppchtex.html}{\texttt{\textbf{ppchtex}}} package.
-Throughout the writing of the code, he helped me find interesting features. He always encouraged me to write more advanced features even though I was sometimes (nearly always?) reluctant; if \CF has the features it does, it is in large part thanks to him. I thank him as well for his testing of beta versions of this package, and for his contributions to the writing of this manual.
+Throughout the writing of the code, he helped me find interesting features. He always encouraged me to write more advanced features even though I was sometimes (nearly always?) reluctant; if \CF has the features it does, it is in large part thanks to him. I thank him as well for his testing of beta versions of this package, and for his contributions to the writing of this manual.\medskip
-\hfill\begin{minipage}{0.8\linewidth}%
+\begingroup
+\leftskip0.1\linewidth
+\rightskip0.1\linewidth
\itshape\small
-Experience shows that is it has been difficult to combine drawing of molecules with the typographic quality of a program like \LaTeX, leaving little choice for the user who wishes to have a vector format for these drawings. After having abandoned the \emph{ppchtex} package (developed for con\TeX t and available under \LaTeX) because of the complexity of its syntax, I turned to the world of programs outside \LaTeX. The difficulty in this case is finding a compromise between quality and price. After many unsuccessful attempts I found the only option was a new package, and I would like to thank Christian \textsc{Tellechea} for bringing it to life. To meet my requirements, \CF needed to be easy to use but still have advanced features, something well nigh impossible. Yet he was able to put together a very flexible \TeX{} code which makes it a pleasure for me to write my molecules. I hope it will be the same for you readers looking for a package useful in the field of chemistry.
+Experience shows that is it has been difficult to combine drawing of molecules with the typographic quality of a program like \LaTeX, leaving little choice for the user who wishes to have a vector format for these drawings. After having abandoned the \emph{ppchtex} package (developed for con\TeX t and available under \LaTeX) because of the complexity of its syntax, I turned to the world of programs outside \LaTeX. The difficulty in this case is finding a compromise between quality and price. After many unsuccessful attempts I found the only option was a new package, and I would like to thank Christian \textsc{Tellechea} for bringing it to life. To meet my requirements, \CF needed to be easy to use but still have advanced features, something well nigh impossible. Yet he was able to put together a very flexible \TeX{} code which makes it a pleasure for me to write my molecules. I hope it will be the same for you readers looking for a package useful in the field of chemistry.\smallskip
-\hfill Christophe \textsc{Casseau}%
-\end{minipage}\hfill\null\bigskip
+\hfill Christophe \textsc{Casseau}\kern0.1\linewidth
+\endgroup\medskip
Finally, I wish to warmly thank Theo \textsc{Hopman} for offering to translate this manual into English.
@@ -406,10 +493,11 @@ Drawing a molecule consists inherently of connecting groups of atoms with lines.
{\fboxsep1pt
However, in this molecule
\molht{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}
-there are four groups of atoms: ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' and ``OH''. For reasons which we shall see later, \CF splits each group into single atoms. Each atom extends up to the next capital letter or one of these special characters: {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>}}. \CF ignores all characters inside braces when splitting groups into atoms.
+there are four groups of atoms: ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' and ``OH''. For reasons which we shall see later, \CF splits each group into single atoms. Each atom extends up to the next capital letter or one of these special characters: {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. \CF ignores all characters inside braces when splitting groups into atoms.
-Therefore the first group of atoms "$\mathrm{H_3C}$" is split into two atoms: $\boxednode{H_3}{}$ and $\boxednode C{}$. In terms of chemistry, of course, these are not real atoms; $\mathrm{H_3}$, for example, consists of three hydrogen atoms. In what follows the word atom refers to \CF's definition. Thus \CF sees the preceding molecule as follows:
-\molht{\boxednode{H_3}{}\boxednode{C}{}-[,1.75]\boxednode{C}{}(-[:-30,1.5]\boxednode{O}{}\boxednode{H}{})=[:30,1.5]\boxednode{O}{}}}
+Therefore the first group of atoms ``$\mathrm{H_3C}$'' is split into two atoms: $\boxednode{H_3}{}$ and $\boxednode C{}$. In terms of chemistry, of course, these are not real atoms; $\mathrm{H_3}$, for example, consists of three hydrogen atoms. In what follows the word atom refers to \CF's definition. Thus \CF sees the preceding molecule as follows:
+\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
+\molht{H_3C-[,1.75]C(=[:30,1.5]O)(-[:-30,1.5]OH)}}
\section{Different types of bonds}
As we have already seen (see page~\pageref{types.liaisons}), bonds can be one of nine types, each corresponding to the characters \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} and \boxedfalseverb{<|}.
@@ -443,7 +531,7 @@ As we have already seen (see page~\pageref{types.liaisons}), bonds can be one of
\exemple{Interatomic distance}|\setatomsep{2em}\chemfig{A-B}\par
\setatomsep{50pt}\chemfig{A-B}|
-\label{setbondoffset}The command \verb-\setbondoffset{<dimension>}- sets the spacing $\delta$ between the bond line and the atom:
+\label{setbondoffset}The command \verb-\setbondoffset{<dimension>}- sets the spacing $\delta$ between the bond line and the atom. If the \verb-<dimension>- is empty, $\delta$ takes the default value of 2pt.
\exemple{Trimming bonds}|\setbondoffset{0pt}\chemfig{A-B}\par
\setbondoffset{5pt}\chemfig{A-B}|
@@ -451,6 +539,18 @@ If one bond is followed immediately by another, then \CF inserts an empty group
\exemple{Empty groups}/\chemfig{A-B=-=C}\par
\chemfig{A>B><>|<C}/
+\begingroup\color{gray}% !!! Nouveau
+\nouveau\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur ``B'', puis partant de ``B'' et enfin pour les deux à la fois :
+\begingroup
+\catcode`\#12
+\exemple{Réglage fin du retrait des liaisons}/\setbondoffset{4pt}
+\chemfig{A-B-C}\par
+\chemfig{A-#(,0pt)B-C}\par
+\chemfig{A-B-#(0pt)C}\par
+\chemfig{A-#(,0pt)B-#(0pt)C}/
+\endgroup
+\endgroup% !!! fin
+
By default, all atoms within groups of atoms are typeset in math mode (spaces are ignored). They may therefore contain math mode specific commands such as subscripts or superscripts\footnote{There is a problem with the placement of groups of atoms containing exponents or subscripts. See page~\pageref{alignement.vertical}.}:
\exemple{Math mode}|\chemfig{A_1B^2-C _ 3 ^ 4}|
@@ -578,7 +678,7 @@ In this example, the sub-molecule ``\verb/-[1]W-X/'' will be attached to atom ``
There can be several sub-molecules which are to be attached to the same atom. Just have several parentheses containing the code for each sub-molecule:
\exemple{Multiple branches}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[6]Y-[7]Z)-C}|
-The code of each sub-molecule can define its own default values, which will be valid throughout the whole sub-molecule. Here a sub-molecule ``\verb/[:60]-D-E/'' is attached to atom ``B'', with a default angle of 60\degres{} absolute. A second sub-molecule ``\verb/[::-60,1.5]-X-Y/"'' is attached to ``B'' with a default bond angle 60\degres{} less than that of the preceding bond (which will be the one between ``A'' and ``B'') and with an interatomic distance 1.5 times the default value:
+The code of each sub-molecule can define its own default values, which will be valid throughout the whole sub-molecule. Here a sub-molecule ``\verb/[:60]-D-E/'' is attached to atom ``B'', with a default angle of 60\degres{} absolute. A second sub-molecule ``\verb/[::-60,1.5]-X-Y/'' is attached to ``B'' with a default bond angle 60\degres{} less than that of the preceding bond (which will be the one between ``A'' and ``B'') and with an interatomic distance 1.5 times the default value:
\exemple{Default values in branches}|\chemfig{A-B([:60]-D-E)([::-30,1.5]-X-Y)-C}|
Observe what happens if, at the beginning of the main molecule, one writes ``\verb/[:-45]/'':
@@ -739,9 +839,193 @@ Some care must be taken with rings when one or more vertices are made up of grou
In order for the ring to have a regular shape, it is necessary to override the \CF mechanism which automatically calculates the departure and arrival atoms of bonds. Here, \verb/C-F/ and \verb/F-G/ must be connected by using the optional argument of these bonds:
\exemple{Forced departure and arrival atoms}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|
+
+\begingroup\color{gray}% !!! Nouveau
+\section{Représentation des déplacements d'électrons}\label{mecanismes-reactionnels}
+\nouveau Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe ``\verb-@{<argument>}-''. Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option ``\texttt{remember picture}'' qui est passée à tous les environnements ``tikzpicture''. Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le ``picture remembering'' et que la compilation soit lancée deux fois.
+
+Deux cas de figure peuvent se présenter, on peut poser :
+\begin{itemize}
+ \item un nœud de dimension nulle sur une liaison en utilisant la syntaxe ``\verb-@{<nom>,<coeff>}-'' placée immédiatement au début de l'argument optionnel de la liaison concernée sans être suivi d'une virgule s'il y a un premier argument optionnel. Dans ce cas, le nœud portera le nom ``\verb-<nom>-'' et le \verb-<coeff>-, compris entre 0 et 1, déterminera où le nœud se situera sur la liaison. Si on utilise ``\verb-@{<nom>}-'', le \verb-<coeff>- prend la valeur de 0.5 par défaut ce qui signifie que le nœud est posé au milieu de la liaison;
+ \item un nœud sur un atome en utilisant la syntaxe ``\verb-@{<nom>}-'' immédiatement avant l'atome concerné. Dans ce cas, le nœud a exactement le même encombrement que l'atome, il peut notamment être vide et donc avoir des dimensions nulles.
+\end{itemize}
+Une fois que la commande \verb-\chemfig- a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} met son argument dans un environnement ``tikzpicture'' avec les options ``\texttt{remember picture,overlay}''.} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom ``\verb-<nom1>-'' au nœud portant le nom ``\verb-<nom2>-'' :
+\centerverb|\chemmove[<opt>]{\draw[<opt tikz>](<nom1>)<link tikz>(<nom2>);}|
+\smallskip
+
+L'argument optionnel \verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement tikzpicture dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \verb-<opt tikz>- et \verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ.
+
+\subsection{Effets mésomères}
+Pour fixer les idées prenons l'exemple d'un effet mésomère impliquant une double liaison et un doublet non liant conjugués. Commençons par la possible délocalisation des électrons de la double liaison. On va poser un nœud nommé ``db'' (double bond) au milieu de la double liaison et un nœud nommé ``a1'' sur l'extrémité de la double liaison.
+
+\exemple{Effet mésomère 1}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\lewis{2,X}}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{\draw[->](db).. controls +(80:8mm) and +(145:8mm).. (a1);}/
+
+Comme on l'a dit, on remarque qu'il n'y pas de virgule derrière le nœud posé dans les arguments optionnels d'une liaison; On écrit ``\verb|=_[@{db}::30]|'' et non pas ``\verb|=_[@{db},::30]|'' comme on serait tenté de le faire.\\
+Pour relier les nœuds ``db'' et ``a1'', nous avons utilisé la syntaxe suivante :
+\centerverb|\chemmove{\draw[->](db)..controls +(80:8mm) and +(145:8mm)..(a1);}|
+\medskip
+
+Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 80\degres{} et 8~mm de ``db'' pour le premier et à 145\degres{} et 8~mm de ``a1'' pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud ``dnl'') vers la liaison simple (nœud ``sb'').
+\exemple{Effet mésomère 2}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{\draw[->](db)..controls +(80:8mm) and +(145:8mm)..(a1);}
+\chemmove{\draw[->](dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/
+
+Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de ``dnl'' et un angle de 45\degres{} à 4~mm de ``sb''. Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche.
+\exemple{Effet mésomère 3}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{\draw[->](db).. controls +(80:8mm) and +(145:8mm).. (a1);}
+\chemmove{\draw[->, shorten <=3pt, shorten >= 1pt]
+ (dnl).. controls +(90:4mm) and +(70:6mm).. (sb);}/
+
+L'option ``\verb|shorten <=3pt|'' indique que le point de départ de la flèche doit être raccourci de 3~pt de même ``\verb|shorten >=2pt|'' indique que le point d'arrivé doit être raccourci de 2~pt.
+
+On peut utiliser toute la puissance des instructions de \TIKZ pour modifier le dessin de la flèche. Ici, nous changeons l'extrémité de la flèche partant de la double liaison, non plus écrite ``\verb|->|'' mais ``\verb|-stealth|'', nous la dessinons en pointillés d'épaisseur fine et rouge. Nous rajoutons également la lettre $\pi$ au dessus de la flèche en son milieu :
+\exemple{Effet mésomère 4}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{\draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
+ (db).. controls +(80:8mm) and +(145:8mm)..
+ node[sloped,above] {$\pi$} (a1);}
+\chemmove{\draw[->, shorten <=3pt, shorten >= 1pt]
+ (dnl).. controls +(90:4mm) and +(70:6mm).. (sb);}/
+
+Dans l'exemple suivant nous allons voir comment indiquer la position de l'ancre de départ ou d'arrivée. Si nous écrivons
+\exemple{Ancre de départ et d'arrivée 1}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
+\hspace{2cm}
+\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
+\chemmove{\draw[->,shorten >=4pt]
+ (x1).. controls +(90:1cm) and +(90:1cm).. (x2);}/
+
+Nous constatons que l'ancre de départ de notre flèche ne pointe pas correctement sur nos électrons. La flèche part du milieu du bord supérieur du nœud. En effet, nous avons choisi un angle de départ de 90\degres{} et tikz fait donc partir la flèche de l’ancre ``x1.90'' qui correspond à l’intersection de la demi droite partant du centre du nœud ``x1'' et faisant un angle avec l’horizontale de 90\degres{} avec le bord du nœud qui est un rectangle. Pour obtenir le départ de la flèche d’où nous voulons, nous devons spécifier sa position. Après quelques tâtonnements, c’est ``x1.57'' :
+\exemple{Ancres de départ et d'arrivée 2}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
+\hspace{2cm}
+\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
+\chemmove{\draw[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]
+ (x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/
+
+Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de ``x1'' et 1,5~cm verticalement :
+\exemple{Un seul point de contrôle}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
+\hspace{2cm}
+\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
+\chemmove{\draw[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]
+ (x1.57).. controls +(1cm,1.5cm).. (x2);}/
+
+Dans ce cas nous plaçons un point de contrôle à 1~cm horizontalement et 2~cm verticalement de ``x1''. Tous les objets graphiques dessinées par l’intermédiaire de la commande \verb|\chemmove| sont faits en surimpression et ne seront pas comptés dans les boîtes englobantes. On peut le constater sur l’exemple précédent.
+
+\subsection{Mécanismes réactionnels}
+Grâce à l'option \verb|remenber picture| qui est passée à tous les environnements ``tikzpicture'' nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification.
+\exemple{Estérification: étape 1}/\setatomsep{7mm}
+\setchemrel{}{}{5mm}
+\chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H}
+\chemsign{+}
+\chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O}
+\chemrel[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]{<>}
+\chemmove[->,shorten <=2pt]{
+ \draw[shorten >=2pt](dnl).. controls +(90:1cm) and +(north:1cm).. (atoc);
+ \draw[shorten >=6pt](db).. controls +(north:5mm) and +(100:1cm).. (atoh);}/
+
+L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| ne change pas les dimensions de la boite englobante du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de ``atoh'' et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code.
+\exemple{Estérification: étape 2}/\setatomsep{7mm}
+\setchemrel{}{}{5mm}
+\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm}
+\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{\draw[->,shorten <=2pt, shorten >=7pt]
+ (dnl).. controls +(south:1cm) and +(north:1.5cm).. (atoh);}/
+
+Nous laissons le soin au lecteur d'écrire la suite\ldots
+
+\section{Écrire un nom sous une molécule}\label{chemname}
+\nouveau Pour plus de commodité, \CF permet d'écrire le nom d'une molécule sous celle-ci avec la commande
+\centerverb/\chemname[<dim>]{\chemfig{<code de la molécule>}}{<nom>}/
+\smallskip
+
+La \verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la ligne de base de la molécule et le haut des lettres du \verb-<nom>-. Le \verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \verb-<nom>- est toujours nul.
+
+Voici une réaction avec les noms sous les molécules :
+\exemple*{Affichage du nom des molécules}/
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+\chemrel{->}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+/
+
+Il y a quelques contraintes avec cette commande. Pour en pendre conscience, mettons que l'on ait inversé l'acide et l'alcool dans le membre de gauche :
+\exemple*{Alignement des noms 1}/
+\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+\chemrel{->}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+/
+
+En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \verb-<nom>-, la commande \verb-\chemname- insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. La macro \verb-\chemnameinit{<argument>}- initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\verb-<argument>-. Il convient donc :
+\begin{itemize}
+ \item d'écrire \verb-\chemnameinit{<plus profonde molécule>}- avant d'impliquer cette commande dans une réaction, sauf si cette réaction commence par la plus profonde molécule;
+ \item d'écrire \verb-\chemnameinit{}- après avoir écrit tous les noms d'une réaction chimique afin d'éviter que la plus grande profondeur trouvée dans cette réaction n'interfère dans une réaction future.
+\end{itemize}
+
+Le code correct est donc d'utiliser \verb-\chemnameinit- avant et après la réaction :
+\exemple*{Alignement des noms 2}/
+\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}
+\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+\chemrel{->}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\chemnameinit{}
+/
+
+Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande \verb-\\- rencontrée dans un \verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} :
+\exemple*{Nom sur 2 lignes}/
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide\\carboxylique}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+\chemrel{->}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\chemnameinit{}
+/
+\endgroup% !!!fin
\newpage
\part{Advanced usage}\label{utilisation.avancee}
+\begingroup\color{gray}% !!! Nouveau
+\section{Découpage des atomes}\label{decoupage.atomes}
+\nouveau Le mécanisme de découpage des atomes, déjà décrit auparavant, fait s'étendre chaque atome jusqu'à la prochaine lettre majuscule ou l'un des caractères {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}
+
+Dans certains cas, ce découpage automatique produit des atomes incorrects ce qui peut se traduire par un affichage imparfait. Prenons cette molécule par exemple où l'on remarquera que le caractère ``\texttt('' est mis entre accolade de façon à éviter que \CF ne comprenne à tort qu'une ramification est créée :
+
+\exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}/
+
+On constate que la liaison qui arrive sur l'atome de carbone en haut à droite est trop courte. Cela se produit car, si l'on applique les règles de découpage de \CF dans le groupe d'atomes en haut à droite, les atomes sont découpés de cette façon : ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. On comprend alors qu'en mode math, le premier atome qui contient une parenthèse ait une profondeur trop importante comme on le voit en rendant visibles les boites contenant les atomes :
+\begin{center}
+\fboxsep=0pt
+\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}%
+\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}%
+\end{center}
+Le caractère ``|'' force la coupure de l'atome en cours lorsqu'il est rencontré. Ainsi, on peut écrire \texttt{C\textcolor{red}{|}\detokenize{{(CH_3)_3}}} pour faire en sorte que \CF ne découpe que 2 atomes ici : ``\texttt{\detokenize{C}}'' et ``\texttt{\detokenize{{(CH_3)_3}}}. Le problème de la liaison trop courte est ainsi résolu :
+
+\exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C|{(CH_3)_3}}/
+\endgroup% !!! fin
+
\section{Displaying atoms}\label{perso.affichage}
Once a molecule has been split into atoms, the macro \verb-\printatom- is called internally by \CF in order to display each atom. Its sole argument is the code of the atom to be displayed (e.g. ``\verb-H_3-''). By default, this macro enters math mode and displays its argument with the math font family ``rm''. It is defined by the following code:
@@ -756,6 +1040,90 @@ Here is how to redefine it to use the ``sf'' font family of math mode:
\exemple{Atoms displayed with ``sf'' font family}/\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{##1}}}
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/
+\begingroup\color{gray}% !!! Nouveau
+\section{Arguments optionnels}\label{arguments.optionnels}
+\nouveau La commande \verb-\chemfig- admet deux arguments optionnels et sa syntaxe complète est la suivante :
+\centerverb|\chemfig[<opt1>][<opt2>]{<code molécule>}|
+\smallskip
+
+Le premier argument optionnel \verb-<opt1>- contient des instructions \TIKZ qui seront passées à l'environnement tikzpicture dans lequel est dessinée la molécule. Le deuxième argument optionnel \verb-<opt2>- contient des instructions \TIKZ qui seront exécutées lors du dessin de chaque nœud\footnote{Ces instructions sont ajoutées à la fin de l'argument de \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. Cet argument contient par défaut les instructions suivantes : ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.}.
+
+Par l'intermédiaire du premier argument optionnel, on peut choisir par exemple la couleur générale ou l'épaisseur des lignes :
+\exemple{Choix du style}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[line width=1.5pt]{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[red]{A-B-[2]C}/
+
+Avec le second argument optionnel, on peut choisir la couleur des nœud dessinés par \TIKZ, et même modifier l'inclinaison du dessin :
+\exemple{Choix des styles}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[][red]{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[dash pattern=on 1pt off 2pt][red]{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[][rotate=20]{A-B-[2]C}/
+\endgroup% !!! fin
+
+\section{Vertical alignment}\label{alignement.vertical}
+In some cases with condensed structural diagram of molecules having horizontal bonds, the placement of groups of atoms is incorrect.
+
+Careful study of the following example shows that the groups of atoms are not correctly aligned on the baseline:
+\exemple*{Vertical placement}/\Huge\setatomsep{2em}
+\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
+\chemfig{E_1-F-G-H}/
+
+Surprisingly, the second atom is correctly aligned while the last two undergo a vertical shift which seems to be the results of the different height of the bounding box of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1''-.
+
+In order to understand this phenomenon, we need to consider how \CF places groups of atoms relative to each other. Let us limit ourselves to the case of horizontal bonds in order to simplify terminology, although the algorithm is the same for other bonds. A horizontal bond leaves from the middle of the right side of the bounding box of the departure atom of this bond. The arrival atom is positioned in such a way that the middle of the left side of its bounding box is at the end of the bond. It follows that the vertical placement of the arrival atom depends on the height of the departure atom. To limit this phenomenon, \CF adds to each arrival atom the \verb-\vphantom- of the departure atom, but does not include it in the contents of the arrival atom; this \verb-\vphantom- is not intended to affect the following atoms.
+\begingroup\color{gray}% !!! nouveau
+Les atomes qui restent dans chaque groupe sont alignés de telle sorte que leur ligne de base coïncide avec la ligne de base de l'atome précédent.
+\endgroup%!!! fin
+
+The defective alignment can thus be explained. The atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' are aligned correctly as they reflect the height of the atoms before them because of their \verb-\vphantom-. For the atoms ``\verb-C-'' and ``\verb-F-'', the heights of the immediately preceding atoms are taken into account, but those of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1-'' are ignored! It follows that these atoms are a little too high or too low, depending on the height of these bonds.
+
+We can show this by making visible the bounding boxes of the atoms; one sees clearly that the atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' have bounding boxes that reflect the heights of the immediately preceding atoms:
+\exemple*{Vertical placement and bounding boxes}/\Huge\setatomsep{2em}
+\fboxsep=0pt
+\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm##1}}}
+\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
+\chemfig{E_1-F-G-H}/
+
+Since there is no satisfactory manual solution, this problem can be worked around manually by putting \emph{inside} the third atom a \verb-\vphantom- having the same height as the first, so that the height affects the following atoms:
+\exemple*{Vertical placement workaround}/\Huge\setatomsep{2em}
+\chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad
+\chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/
+
+\begingroup\color{gray}% !!! Nouveau
+\nouveau \label{chemskipalign}Il est possible pour n'importe quel groupe d'atomes de désactiver momentanément le mécanisme d'ajustement d'alignement et neutraliser le \verb-\vphantom-. Il suffit pour cela de placer dans le groupe d'atomes la commande \verb-\chemskipalign- : l'alignement reprendra au groupe d'atomes suivant comme si le groupe d'atome contenant \verb-\chemskipalign- n'avait pas existé. On peut se rendre compte sur l'exemple suivant de l'effet de cette instruction qui a pour effet de placer le point de référence de la boîte contenant le premier atome au niveau de la liaison qui arrive de gauche. Les boîtes englobant les atomes ont été dessinées à la seconde ligne :
+
+\exemple[60]{Désactivation du mécanisme d'alignement}/\large
+\chemfig{A-.-B}\quad
+\chemfig{A-\chemskipalign.-B}\par\bigskip
+\fboxsep=0pt
+\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{##1}}}}
+\chemfig{A-.-B}\quad
+\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/
+
+Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \verb-\chemskipalign- contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici ``\verb-\chemskipalign.-'' et ``\verb-B-'' :
+\exemple{Conséquence de la commande \string\chemskipalign}/\large
+\fboxsep=0pt
+\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{##1}}}}
+\chemfig{A-\chemskipalign.B-C}/
+
+Cette fonctionnalité peut parfois s'avérer utile. Mettons que l'on veuille dessiner la molécule
+\begin{center}
+ \catcode`;12
+ \def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}%
+ \def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}%
+ \chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}%
+\end{center}
+On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à-dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \verb-\chemskipalign-. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons ``collent'' aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère ``\verb-#-'', fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}.% ########## Ne pas traduire ce passage, merci ########## Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option ``frenchb'', il est nécessaire de désactiver le caractère actif ``\verb-;-'' qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}- :
+\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12
+\exemple{Utilisation de \string\chemskipalign\ et #}/
+\begingroup
+\def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}
+\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}
+\chemfig{A-\emptydisk-\fulldisk-B}\par
+\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}
+\endgroup/\endgroup
+\endgroup% !!! fin
+
\section{Shifted double bonds}
All double bonds are made up of two line segments, and these segments are drawn on either side of the imaginary line along which a single bond would be drawn. It is possible to shift a double bond so that one of the line segments lies on the imaginary line. The other segment is then shifted above or below the bond. Actually, it is more correct to say ``left'' or ``right'' of the imaginary line, as the bond is traversed in the direction of drawing.
@@ -803,9 +1171,16 @@ To do this, one gives the command
\centerverb|\definesubmol{<name>}{<code>}|
\smallskip
-which saves the \verb/<code>/ for recall in the code of the molecule via the shortcut ``\verb/!{name}/''. All alphanumeric characters\footnote{Actually all the characters that can be put between \texttt{\string\csname...\string\endcsname} are allowed.} are accepted for the \verb/<name>/. The \verb/<code>/ can itself contain other aliases.
+which saves the \verb/<code>/ for recall in the code of the molecule via the shortcut ``\verb/!{name}/''.
+\begingroup\color{gray}% !!! Nouveau
+Ce \verb-<nom>- peut être :
+\begin{itemize}
+ \item une suite de caractères : tous les caractères alphanumériques pouvant se trouver entre \texttt{\string\csname} et \texttt{\string\endcsname} sont acceptés;
+ \item \nouveau[30pt] une séquence de contrôle.
+\end{itemize}
-A previous definition can be overwritten by\label{redefinesubmol}
+Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \verb-\definesubmol-, d'ailleurs, un ``warning'' sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol}
+\endgroup% !!! fin
\centerverb|\redefinesubmol{<name>}{<code>}|
\smallskip
@@ -815,9 +1190,21 @@ Here is a code which draws the pentane molecule. An alias ``\verb/xy/'' was defi
In this case the technique is not very interesting because ``\verb/!{xy}/'' is just as long to type as the code it replaces.
-But in certain cases, this feature saves a lot of space in the code of the molecule and increases readability. In the following example, we draw the complete structural diagram of butane. We will define an alias ``\verb/CH2/'' for the sub-molecule $\mathrm{CH_2}$. If we use only relative angles, it is possible to rotate the entire molecule to any given angle by using the optional global angle parameter which specifies the default bond angle of the main molecule. It is set to 15\degres{} here:
-\exemple{Butane}|\definesubmol{CH2}{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)}
- \chemfig{[:15]H-!{CH2}-!{CH2}-!{CH2}-!{CH2}-H}|
+But in certain cases, this feature saves a lot of space in the code of the molecule and increases readability. In the following example, we draw the complete structural diagram of butane. We will define an alias with the control sequence ``\verb/\xx/'' for the sub-molecule $\mathrm{CH_2}$. If we use only relative angles, it is possible to rotate the entire molecule to any given angle by using the optional global angle parameter which specifies the default bond angle of the main molecule. It is set to 15\degres{} here:
+\exemple{Butane}|\definesubmol\xx{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)}
+\chemfig{[:15]H-!\xx-!\xx-!\xx-!\xx-H}|
+
+\begingroup\color{gray}% !!! Nouveau
+\nouveau La commande \verb-\definesubmol- admet un argument optionnel et sa syntaxe complète est la suivante :
+\centerverb/\definesubmol{<nom>}[<code1>]{code2}/
+\medskip
+
+Dans la cas où l'argument optionnel est présent, l'alias ``\verb-!<nom>-'' sera remplacé par \verb'<code1>' si la liaison qui arrive sur l'alias vient de droite, c'est à dire si l'angle que fait la liaison arrivant est compris entre 90\degres{} et 270\degres{}, ces valeurs étant non comprises. Pour tous les autres cas où la liaison arrive de gauche ou verticalement, l'alias sera remplacé par \verb-<code2>-.
+
+On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour ``méthyl'' de telle sorte que l'alias ``\verb-!\Me-'' soit remplacé par ``\verb-H_3C-'' lorsque la liaison arrive de droite et par ``\verb-CH_3-'' lorsqu'elle arrive de droite. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules complexes on ne connait même pas) :
+\exemple{Alias dual}/\definesubmol\Me[H_3C]{CH_3}
+\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/
+\endgroup% !!! fin
\section{Decorations}
\subsection{Lewis diagrams}\label{lewis}
@@ -852,7 +1239,7 @@ This can be seen more clearly by drawing an \verb-\fbox- around decorated atoms:
If an argument is empty, it takes its default value.
\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- is the distance between the bounding box and the decoration. It is 1.5pt by default;
+ \item \verb-<dim1>- is the distance between the bounding box and the decoration. It is 0.2ex by default;
\item \verb-<dim2>- is the length of the line segment representing a pair of electrons. It is 1.5ex by default;
\item \verb-<code tikz>- is code which is passed directly to \TIKZ. This code is empty by default.
\end{itemize}
@@ -922,36 +1309,6 @@ It is possible to call the \verb-\chemfig- inside a \verb-tikzpicture- environme
\node[draw,red,anchor=base] at(3,2){\chemfig{X>[2,,,,blue]Y}};
\end{tikzpicture}|
-\section{Vertical alignment}\label{alignement.vertical}
-In some cases with condensed structural diagram of molecules having horizontal bonds, the placement of groups of atoms is incorrect.
-
-Careful study of the following example shows that the groups of atoms are not correctly aligned on the baseline:
-\exemple*{Vertical placement}/\Huge\setatomsep{2em}
-\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
-\chemfig{E_1-F-G-H}/
-
-Surprisingly, the second atom is correctly aligned while the last two undergo a vertical shift which seems to be the results of the different height of the bounding box of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1''-.
-
-In order to understand this phenomenon, we need to consider how \CF places groups of atoms relative to each other. Let us limit ourselves to the case of horizontal bonds in order to simplify terminology, although the algorithm is the same for other bonds. A horizontal bond leaves from the middle of the right side of the bounding box of the departure atom of this bond. The arrival atom is positioned in such a way that the middle of the left side of its bounding box is at the end of the bond. It follows that the vertical placement of the arrival atom depends on the height of the departure atom. To limit this phenomenon, \CF adds to each arrival atom the \verb-\vphantom- of the departure atom, but does not include it in the contents of the arrival atom; this \verb-\vphantom- is not intended to affect the following atoms.
-
-The defective alignment can thus be explained. The atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' are aligned correctly as they reflect the height of the atoms before them because of their \verb-\vphantom-. For the atoms ``\verb-C-'' and ``\verb-F-'', the heights of the immediately preceding atoms are taken into account, but those of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1-'' are ignored! It follows that these atoms are a little too high or too low, depending on the height of these bonds.
-
-We can show this by making visible the bounding boxes of the atoms; one sees clearly that the atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' have bounding boxes that reflect the heights of the immediately preceding atoms:
-\bgroup
-\makeatletter
-\def\CF@display@chem#1{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
-\makeatother
-\exemple*{Vertical placement and bounding boxes}/\Huge\setatomsep{2em}
-\fboxsep=0pt
-\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
-\chemfig{E_1-F-G-H}/
-\egroup
-
-Since there is no satisfactory manual solution, this problem can be worked around manually by putting \emph{inside} the third atom a \verb-\vphantom- having the same height as the first, so that the height affects the following atoms:
-\exemple*{Vertical placement workaround}/\Huge\setatomsep{2em}
-\chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad
-\chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/
-
\section{Beyond chemistry}\label{style.noeuds}
At heart \CF is a tool for drawing graphs, and this tool has been programmed to adapt it for chemistry. In some ways it is possible to return \CF to its roots to draw organization charts or other diagrams represented by graphs.
@@ -1144,7 +1501,8 @@ The commands created by \CF are:
\verb-\chemfig<code>-& draws the molecule whose design is described by the \verb-<code>-\\
\verb-\printatom- & displays the atoms within the molecules. It can be redefined to customize the ouput. See page~\pageref{perso.affichage}\\
\verb-\setnodestyle{<style tikz>}-& using \TIKZ syntax, this macro defines the style of nodes containing the atoms. See page~\pageref{style.noeuds}\\
-\verb-\definesubmol{<name>}{<code>}- & creates an alias \verb-!<name>- which replaces \verb-<code>- in the code of the molecule being drawn. See page~\pageref{definesubmol}\\
+\verb-\definesubmol{<nom>}[code1]{<code2>}- & créé un alias \verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \verb-<code1>- ou le \verb-<code2>- selon l'inclinaison de la dernière liaison. Voir page~\pageref{definesubmol}\\
+\verb-\chemskipalign- & Ignore le groupe d'atomes en cours pour le mécanisme d'alignement vertical. Voir page~\pageref{chemskipalign}.\\
\verb-\redefinesubmol{<name>}{<code>}- & replaces a pre-existing alias \verb-!<name>- with the new \verb-<code>-. See page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline
&\\
\verb-\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & sets the dimensions of the triangles representing Cram bonds: \verb-<dim1>- is the size of the base, \verb-<dim2>- is the spacing between the dashes and \verb-<dim3>- is the side of the dashes. See page~\pageref{setcrambond}\\
@@ -1155,12 +1513,15 @@ The commands created by \CF are:
\verb-\lewis{<codes>,<atom>}- & displays the \verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \verb-<code>-. The dots drawn do not change the bounding box. See page~\pageref{lewis}\\
\verb-\setlewis{<dim1>}{<dim2>}{<tikz code>}- & sets the Lewis dot parameters; \verb-<dim1>- is the distance between the atoms and the decoration, \verb-<dim2>- is the length of the line representing the pair of electrons and \verb-<tikz code>- is code which is passed directly to \TIKZ. See page~\pageref{setlewis}\\[2ex]\hline
&\\
+\verb-\chemmove[<options tikz>]<code tikz>- & Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère ``\verb-@-''. Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\
\verb-\chemsign[<dim>]<sign>- & draws the \verb-<sign>-, placing before and after it an unbreakable space of length \verb-<dim>-. See page~\pageref{chemsign}\\
\verb-\chemrel[<txt1>][<txt2>]{<arrow code>}- & draws an arrow described by its \verb-<arrow code>- and places the optional text \verb-<txt1>- and \verb-<txt2>- above and below the arrow respectively. See page~\pageref{chemrel}\\
\verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & sets the dimensions of the arrow drawn with the command \verb-\chemrel-: \verb-<dim1>- is the vertical space between the arrow and the optional text, \verb-<dim2>- is the unbreakable horizontal space inserted before and after the arrow and \verb-<dim3>- is the length of the arrow. See page~\pageref{setchemrel}\\[2ex]\hline
&\\
\verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-<txt1>- and places \verb-<txt2>- above, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\
-\verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\\hline
+\verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\
+\verb-\chemname[<dim>]{<molécule>}{<nom>}- & Affiche le \verb-<nom>- sous la \verb-<molécule>-\\
+\verb-\chemnameinit- & Initialise la plus grande profondeur des molécules rencontrées pour avoir un alignement correct de leurs noms\\\hline
\end{tabular}
\end{center}
\newpage
@@ -1175,13 +1536,6 @@ Anyway, I hope that this package will help all \LaTeX{} users wishing to draw mo
\hfill Christian \textsc{Tellechea}
\bigskip
-TODO list :
-\begin{itemize}
- \item allow the user to specify, if he wishes for one bond, the distance $\delta$ (see page~\pageref{longueur.liaison}) between the ends of this bond and the bounding boxes of the atoms it links. One syntax idea would be to use the character ``\verb-#-'':\par\smallskip
- \hfill\verb-<atom><bond characters>-{\color{red}\verb-#(dim1,dim2)-}\verb-[<optional argument>]<atom>-\hfill\null\par\smallskip
- where \verb-<dim1>- and \verb-<dim2>- would be the dimensions $\delta$ at the start and end of the bond;
- \item add Newman projections to the features of \CF.
-\end{itemize}
\begin{center}
\parskip0pt
$\star$\par
@@ -1202,7 +1556,6 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Methyl 2-methylpropanoate}/\chemfig{H_3C-CH_2(-[2]CH_3)-C(=[1]O)-[7]O-CH_3}/
-
\exemple*{Vanillin}/\chemfig{HC*6(-C(-OH)=C(-O-[::-60]CH_3)-CH=C(-[,,,2]HC=[::-60]O)-HC=[,,2])} \quad or \quad
\chemfig{*6(-(-OH)=(-OCH_3)-=(-=[::-60]O)-=)}/
@@ -1231,7 +1584,7 @@ $\star\quad\star$
\chemfig{O(!{c1}(!{csub}O(!{c1}(!{csub}OH)!{c2}))!{c2})-[:-30](-[:-90]CN)-[:30]*6(=-=-=-)}/
\exemple*{Adenosine triphosphate}/\setcrambond{3pt}{}{}
-\definesubmol{a}{-P(=[::-90]O)(-[::90]HO)-}
+\definesubmol{a}{-P(=[::-90,0.75]O)(-[::90,0.75]HO)-}
\chemfig{[:-54]*5((--[::60]O([::-60]!aO([::-60]!aO([::60]!aHO))))<(-OH)
-[,,,,line width=2pt](-OH)>(-N*5(-=N-*6(-(-NH_2)=N-=N-)=_-))-O-)}/
@@ -1267,9 +1620,178 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Fischer indole synthesis}/\chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)}
\chemsign+
-\chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1}\chemrel[$\mathrm{H^+}$]{->}
+\chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1}
+\chemrel[$\mathrm{H^+}$]{-stealth}
\chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}/
+\exemple*{Mécanisme réactionnel : groupement carbonyle}/
+\chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}}
+\chemrel{<>}
+\chemfig{\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}([3]-)([5]-)-\chemabove
+ {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}}
+\chemmove{\draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/
+
+\exemple*{Mécanismes réactionnels : dérivés nitrés}/
+\chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2}
+ \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{R-\chemabove{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]-\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})([7]=O)}
+\chemmove{
+ \draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:5mm)..(atoo1);
+ \draw[->,shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb);
+}/
+
+\exemple*{Addition nucléophile. Amines primaires}/\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2}
+\chemsign{+}
+\chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O}
+\hspace{1cm}
+\chemfig{@{atoo2}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove[-stealth,shorten <=3pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten >=2pt](aton) ..controls +(up:10mm) and +(left:5mm)..(atoc);
+ \draw[shorten >=8pt](atoo1) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoo2);}
+\chemrel[\tiny addition]{<>}
+\chemfig{R-@{aton}\chembelow{N}{\scriptstyle\oplus}H([2]-[@{sb}]H)-C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-OH}
+\par
+\chemmove{
+ \draw[-stealth,dash pattern= on 1pt off 1pt,shorten <=3pt, shorten >=2pt]
+ (sb)..controls +(left:5mm) and +(135:2mm)..(aton);}
+\chemrel{<>}
+\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo}
+\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[1]H)(-[7]H)}
+\chemmove[-stealth,shorten <=3pt,shorten >=2pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw(aton) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(sb);
+ \draw(sbh) ..controls +(left:5mm) and +(south west:5mm)..(aton);
+ \draw(sbo) ..controls +(up:5mm) and +(north west:5mm)..(atoo);}
+\chemrel[\tiny élimination]{<>}
+\chemfig{R-N=C(-[1]CH_3)(-[7]CH_3)}
+\chemsign{+}
+\chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}/
+
+\exemple*{Mécanismes réactionnels de la chloration}/\scriptsize
+\setbondoffset{1pt}\setatomsep{2em}
+\chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}
+\chemsign{+}
+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)}
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{*6((-O-[:150](=[2]O)-[:-150](=[6]O)-[:150]Cl)=-=-=-)}
+\chemsign{+}
+\chemfig{HCl}
+\par
+\chemfig{*6(-=*6(-O-*6(-@{o2}(=[@{o3}]@{o4}O)-Cl)=)-=-=)}
+\chemsign{+}
+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh2}OH)-=)}
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\lewis{6.,O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)}
+\kern-3em \chemrel{-stealth}
+\chemfig{[:30]*6(=-(-O-[:-60](=O)-[:-120](=[4]O)-[:-60]O-*6(=-=-=-))=-=-)}
+\kern-3em \chemsign{+}
+\chemfig{HCl}
+\chemmove[line width=0.2pt,-stealth,dash pattern = on 2pt off 1pt]{
+ \draw[shorten <=2pt](a1)..controls+(200:5mm)and+(200:5mm)..(a2);
+ \draw[shorten >=2pt](oh1.west)..controls+(180:15mm)and+(60:5mm)..(a0);
+ \draw[shorten <=6pt,shorten >=2pt](o1)..controls+(270:5mm)and+(270:5mm)..(o0);
+ \draw[shorten <=2pt](cl0)..controls+(150:5mm)and+(150:5mm)..(cl1.150);
+ \draw[shorten <=2pt](o3)..controls +(30:3mm) and +(30:5mm)..(o4.east);
+ \draw[shorten >=2pt](oh2.135).. controls +(150:10mm) and +(90:10mm).. (o2);
+ \draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5);
+ \draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/
+
+\exemple*{Cannizzaro}/\chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)}
+\chemrel[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]{-stealth}
+\chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten <=8pt](atoo2) ..controls +(up:10mm) and +(up:10mm)..(atoc);
+ \draw[shorten <=2pt](db) ..controls +(left:5mm) and +(west:5mm)..(atoo1);}
+\chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([6]-[@{sb1}]@{atoo1}\chembelow{O}{\scriptstyle\ominus})([2]-OH)-[@{sb2}]H)-=-)}
+\hspace{1cm}
+\chemfig{[:-30]*6((-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo2}O)-[2]H)-=-=-=)}
+\chemmove[-stealth,shorten <=2pt,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw([yshift=-4pt]atoo1.270) ..controls +(0:5mm) and +(right:10mm)..(sb1);
+ \draw(sb2) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoc);
+ \draw(db) ..controls +(right:5mm) and +(east:5mm)..(atoo2);}
+\vspace{1cm}
+\par
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([1]-@{atoo2}O-[@{sb}0]@{atoh}H)([6]=O))-=-)} \hspace{1cm}
+\chemfig{[:-30]*6((-C(-[5]H)(-[7]H)-[2]@{atoo1}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})-=-=-=)}
+\chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten <=7pt](atoo1.90) ..controls +(+90:8mm) and +(up:10mm)..(atoh);
+ \draw[shorten <=2pt](sb) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo2);}/
+
+\begingroup
+\catcode`;=12
+\exemple*{Réarrangement de Beckmann}/
+\setbondoffset{1pt}
+\setatomsep{2.5em}
+\chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
+\kern-1em
+\chemrel[\chemfig{\chemabove{H}{\kern10pt\scriptstyle\oplus}}]{<>}
+\kern-0.5em
+\chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}H_2}
+\chemmove[red,-stealth,red,shorten <=2pt]{
+ \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1);
+ \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180);
+}
+\kern-1.5em
+\chemrel[\chemfig{{-}H_2O}]{<>}
+$\left[\begin{tabular}{c}
+ \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}\\
+ \tikz\draw[stealth-stealth](0,3mm)--(0,-3mm);\\
+ \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R}
+\end{tabular}\right]$
+\chemrel[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]{<>}\par
+\chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{
+ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);
+}
+\chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)}
+\chemrel[\chemfig{{-}\chemabove{H}{\kern10pt\scriptstyle\oplus}}]{<>}
+\chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}
+/
+\endgroup
+
+\exemple*{Sulfonation de la naphtalène}/\newcommand\putchemnode[1]{\begin{tikzpicture}[remember picture]\node(##1){};\end{tikzpicture}}
+\definesubmol\cycleoplus{-[,0.25,,,draw=none]\oplus}
+\definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH}
+\footnotesize
+\setatomsep{2.5em}
+\begin{tabular}{ll}
+&\putchemnode{l1}\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(!\cycleoplus)-(-SO_3H)-)=-=-)}}{Ion 1-arenium}
+\chemrel{-stealth}
+\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=(-!{so2oh})-)=-=-)}}{Acide 1-naphthalenesulfonique}\\
+\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}
+\chemsign{+}
+\chemfig{H_2SO_4}\putchemnode{a}\kern1cm&\\[-5ex]
+&\putchemnode{l2}\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-SO_3H)-(!\cycleoplus)-)=-=-)}}{Ion 2-arenium}\kern-3em
+\chemrel{-stealth}
+\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-!{so2oh})=-)=-=-)}}{Acide 2-naphthalenesulfonique}
+\end{tabular}
+\chemmove[-stealth,yshift=1cm]{
+ \draw(a)--node[sloped,above]{80\degres C}(l1);\draw(a)--node[sloped,above]{160\degres C}(l2);}/
+
+\begingroup\catcode`;12
+\exemple*{Schéma explicatif}/\parbox{0.8\linewidth}{
+\hspace{10em}
+\tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attaques\\nucléophiles}};\par
+\vspace{2ex}\hspace{15em}
+\chemfig{R^2-(-[:-60]@{m3}H)-[:60]@{m0}(-[:120]R^1)(-[1,0.25,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta+)
+ =[@{m1}]@{m2}\lewis{1:7:,O}-[1,0.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta{-}}
+\hspace{5em}
+\chemname[-15ex]{}{\tikz[remember picture]\node(n1){};Réactions d'addition}\kern1em
+\chemname{}{\tikz[remember picture]\node(n2){};Propriétés basiques}\par
+\vspace{6ex}\hspace{8em}
+\chemname{}{Propriétés acides des atomes\tikz[remember picture]\node(n3){};
+ \\d'hydrogène en position $\alpha$}
+\chemmove[-stealth,line width=0.8pt,green!60!black!70]{
+ \draw[shorten >=2pt](n0)..controls+(270:4em)and+(180:2em)..(m0);
+ \draw[shorten >=8pt](n1)..controls+(180:2em)and+(60:2em)..(m1);
+ \draw[shorten >=5pt](n2)..controls+(180:2em)and+(270:2em)..([xshift=3pt]m2.315);
+ \draw[shorten >=2pt](n3)..controls+(0:2em)and+(270:2em)..(m3);
+}}/
+\endgroup
+
\exemple*{Cristallography}/\newcommand\disk{\tikz\draw[fill=black,overlay](0,0)circle(2pt);}
\setatomsep{20pt}
\renewcommand\printatom[1]{##1}
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf
index b94055cab63..d25e5daace7 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf
Binary files differ
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex
index de0ea998f29..3e389018e96 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/chemfig/chemfig_doc_fr.tex
@@ -3,7 +3,7 @@
% | |
% | Documentation de ChemFig |
% | |
-% | 31 aout 2010 |
+% | 21 novembre 2010 |
% | |
% |_________________________________________________________________|
%
@@ -41,7 +41,7 @@
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
-\usepackage[a4paper,margin=2.5cm]{geometry}
+\usepackage[a4paper,margin=2.5cm,head=5mm,headsep=5mm,footskip=10mm]{geometry}
\usepackage[bottom]{footmisc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{amsmath}
@@ -54,7 +54,7 @@
\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}
\usepackage{emerald}
-\usepackage[protrusion=true,expansion,final,verbose=true,babel=true]{microtype}
+\usepackage[protrusion=true,expansion,final,babel=true]{microtype}
\usepackage{fancyhdr}
\fancyhead[L]{\small\bfseries\CF}
\fancyhead[C]{}
@@ -64,8 +64,6 @@
\fancyfoot[r]{\thepage}
\makeatletter
-\verbtocs\@diese|#|
-\verbtocs\@@diese|##|
\newcommand\disable@lig[1]{%
\catcode`#1\active
@@ -86,6 +84,7 @@
\bgroup
\obeylines\frenchspacing
\let\do\@makeother\dospecials
+ \@makeother:%
\@vobeyspaces
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\exemple@@
@@ -93,7 +92,8 @@
\newcommand\exemple@@[1]{%
\def\@tempa##1#1{%
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+ \xdef\left@content{##1}%
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\begingroup
\endlinechar\m@ne\everyeof{\relax}\catcode`\^^M=10
\@makeother:\@makeother~\@makeother!\@makeother?\@makeother;%
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\@tempa
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-\newcommand\exemple@@@{%
+\begingroup
+\catcode`#=12
+\gdef\exemple@@@%
+{%
\begingroup
- \StrSubstitute\left@content{\@diese\@diese}\@diese[\left@content]%
+ \StrSubstitute\left@content{##}#[\left@content]%
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\edef\part@left{\the\dimexpr\linewidth-2\fboxsep-2\fboxrule}%
\let\part@right\part@left
@@ -129,8 +132,10 @@
\vskip5pt\relax\ttfamily\footnotesize\left@content
\vskip3pt\hrule\vskip3pt
\everypar{{\color{lightgray}\rlap{\vrule height0.1pt width\part@right depth0.1pt}}}%
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- \hfill\normalfont\right@content\hfill\null}%
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+ \subst@in\right@content\def{\hfill\null\par\hfill}%
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\vskip7.5pt\relax
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}
+\endgroup
+
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+
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+}
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@@ -178,42 +197,105 @@
{1pc}%
{\titlerule\vspace{1pc}\Huge}
+\newcommand*\nouveau[1][0pt]{\leavevmode\llap{\footnotesize\itshape\bfseries\color{red}Nouveau\kern\dimexpr15pt+#1\relax}}
+
\begin{document}
\begin{titlepage}
+ \catcode`!12
\begin{tikzpicture}[remember picture,overlay]
- \filldraw[blue](current page.south west) rectangle ([yshift=2.5cm]current page.center);
- \filldraw[black](current page.north west) rectangle ([yshift=2.5cm]current page.east);
+ \filldraw[blue!75](current page.south west) rectangle ([yshift=2cm,xshift=-3cm]current page.center);
+ \shade [left color=blue!75,right color=white]([yshift=2cm,xshift=-3cm]current page.center) rectangle ([xshift=3cm]current page.south);
+ \filldraw[black](current page.north west) rectangle ([yshift=7cm]current page.east);
+ \shade[top color=black,bottom color=blue]([yshift=7cm]current page.east)rectangle([yshift=2.5cm]current page.west);
+ \filldraw[black!55!blue!100]([yshift=2.5cm]current page.east)rectangle([yshift=2cm]current page.west);
\end{tikzpicture}
\begin{center}
- \color{white}\ECFAugie\fontsize{50pt}{50pt}\selectfont\CF\ v\csname CF@ver\endcsname\par\medskip
+ \color{white}\ECFAugie\fontsize{50pt}{50pt}\selectfont\CF\par
+ \Large v\csname CF@ver\endcsname\par\bigskip
\footnotesize\csname CF@fr@date\endcsname\par
\normalsize Christian Tellechea\par\vskip1.5cm
- \huge Une extension \LaTeX{} pour dessiner des molécules
+ \huge Une extension \LaTeX{} pour dessiner des molécules%
\end{center}
\vskip4cm
+ \begin{center}
+ \scriptsize
+ \setatomsep{3em}%
+ \chemfig{-[::-30](-[5])(-[7])-[::+60]-[::-60]O-[::+60](=[::-45]O)-[::+90]HN>:[::-60](-[::+60]**6(------))-[::-30](<:[2]OH)-[::-60](=[6]O)-[::+60]O>:[::-60]*7(---?(<[::-120]OH)-(<|[1]CH_3)(<:[::-90]CH_3)-(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90])-[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O)-[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}%
+ \par
+ {\ECFAugie\small Le taxotère}%
+ \end{center}
+ \vskip1.5cm
\hfill
- \chemfig{-[::-30](-[5])(-[7])-[::+60]-[::-60]O-[::+60](=[::-45]O)-[::+90]HN>:[::-60](-[::+60]**6(------))-[::-30](<:[2]OH)-[::-60](=[6]O)-[::+60]O>:[::-60]*7(---?(<[::-120]OH)-(<|[1]CH_3)(<:[::-90]CH_3)-(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90])-[::-60](<[::+90])(<:[::+30]O-[7](-[6]CH_3)=[0]O)-[::-60])-[6]-[5,1.3]?(<:[7]O-[5](=[::-60]O)-[6]**6(------)))=(-[2]CH_3)-)}%
- \hfill\null\par\bigskip
- {\hfill\ECFAugie\small Le taxotère\hfill\null}%
+ \hbox to 0pt{\hss
+ \scriptsize
+ \setbondoffset{1pt}
+ \setatomsep{2em}
+ \chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}%
+ \kern-1em
+ \chemrel[\chemfig{\chemabove{H}{\kern10pt\scriptstyle\oplus}}]{<>}%
+ \kern-0.5em
+ \chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}H_2}%
+ \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=2pt]{%
+ \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1);
+ \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180);
+ }
+ \kern-1.5em
+ \chemrel[\chemfig{{-}H_2O}]{<>}%
+ $\left[\begin{tabular}{c}
+ \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}\\
+ \tikz\draw[stealth-stealth](0,3mm)--(0,-3mm);\\
+ \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R}
+ \end{tabular}\right]$%
+ \chemrel[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]{<>}%
+ \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{%
+ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);
+ }%
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)}%
+ \chemrel[\chemfig{{-}\chemabove{H}{\kern10pt\scriptstyle\oplus}}]{<>}%
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}%
+ \chemrel{-stealth}%
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}\par\bigskip
+ \hss}\hfill\null
+ \begin{center}
+ \ECFAugie\small Réarrangement de Beckmann%
+ \end{center}
\end{titlepage}
\parindent0pt\pagestyle{fancy}
\tableofcontents
\parskip\medskipamount
-\newpage
+\vspace{2cm}
\setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt,label=--}
\part{Introduction}
+\section{Nouveautés de la version 0.3}
+\nouveau Suite à des demandes d'utilisateurs et des lacunes qui devaient de toutes façons être comblées, voici les nouveautés de la version 0.3 :
+\begin{enumerate}
+ \item Amélioration de la commande \verb-\definesubmol- qui accepte les séquences de contrôle comme alias. On peut aussi choisir un alias dont la substitution est différente selon l'orientation de la liaison qui lui arrive dessus. Voir page~\pageref{definesubmol};
+ \item Le caractère ``\verb-|-'' force la fin d'un atome. Si on écrit ``D|ef'' alors, \CF verra deux atomes ``D'' et ``ef''. Lire page~\pageref{decoupage.atomes};
+ \item Le caractère ``\verb-#-'' est reconnu lorsqu'il suit un caractère de liaison. Il doit être suivi d'un argument entre parenthèses qui contient le retrait de début et de fin qui s'appliqueront à cette liaison. Voir page~\pageref{modif.retrait}.
+ \item La macro \verb-\chemfig- admet des arguments optionnels qui seront passés à l'environnement ``tikzpicture'' dans lequel elle est dessinée. Lire page~\pageref{arguments.optionnels};
+ \item Mise en place de la représentation des mouvement d'électrons et des mécanismes réactionnels avec la syntaxe ``\verb-@{<nom>}-'' devant un atome ou
+ ``\verb-@{<nom>,<coeff>}-'' au tout début de l'argument d'une liaison.\par
+ Cette syntaxe permet de placer un nœud (au sens de \TIKZ) qui deviendra l'extrémité des flèches dessinées. Le tracé des flèches est fait par la macro \verb-\chemmove- dont l'argument optionnel devient celui de l'environnement ``tikzpicture'' dans lequel sont faites les flèches. Lire page~\pageref{mecanismes-reactionnels};
+ \item Pour le mécanisme d'alignement vertical des atomes sur une même horizontale, la commande \verb-\chemskipalign- permet d'ignorer ce mécanisme pour le groupe d'atomes dans lequel elle est écrite. Voir page~\pageref{chemskipalign};
+ \item La commande \verb-\chemname- permet d'afficher un nom sous une molécule. La commande \verb-\chemnameinit- initialise l'alignement des noms. Lire page~\pageref{chemname};
+ \item les dessins des décorations qu'effectue la commande \verb-\lewis- ont été améliorés;
+ \item Corrections de bugs et optimisation du code.
+\end{enumerate}
+
\section{Avant propos}
Cette extension a pu voir le jour grâce à l'aide de Christophe \textsc{Casseau} qui en a eu l'idée après s'être confronté à la complexité de la syntaxe de l'extension \href{http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/ppchtex.html}{\texttt{\textbf{ppchtex}}}.
Il m'a aidé tout au long de l'écriture du code à trouver des fonctionnalités intéressantes. Il m'a souvent encouragé à coder des fonctionnalités plus avancées alors que j'étais parfois (presque toujours ?) réticent et donc, si \CF a les fonctionnalités qu'il a, c'est en grande partie grâce à lui. Je lui adresse également mes remerciements pour les tests qu'il a effectués lors des versions beta de cette extension et pour sa contribution à l'écriture de ce manuel.\medskip
-\hfill\begin{minipage}{0.8\linewidth}%
+\begingroup
+\leftskip0.1\linewidth
+\rightskip0.1\linewidth
\itshape\small
L'expérience montre qu'il est toujours difficile d'associer le dessin des molécules à la qualité typographique d'un logiciel comme \LaTeX, de ce fait l'utilisateur exigeant et désireux d'avoir un format vectoriel pour ses molécules n'a que peu de choix. Après avoir abandonné en raison de sa complexité le package \emph{ppchtex} développé pour con\TeX t et disponible sous \LaTeX, je me suis tourné vers le monde des logiciels extérieurs à \LaTeX. La difficulté est dans ce cas de trouver un compromis entre qualité et gratuité. Après de nombreux essais infructueux le seule alternative était qu'un nouveau package pour les molécules voit le jour et je remercie vivement Christian \textsc{Tellechea} pour la réalisation de \CF. Il a su être attentif à toutes mes exigences, \CF devait être simple d'utilisation mais posséder des fonctionnalités étendues autant dire que ce n'était pas gagné. Il a pourtant su composer un code \TeX{} d'une grande souplesse avec lequel je prends beaucoup de plaisir à écrire mes molécules. J'espère qu'il en sera de même pour vous lecteur à la recherche d'un package efficace dans ce domaine de la chimie.\smallskip
-\hfill Christophe \textsc{Casseau}%
-\end{minipage}\hfill\null\bigskip
+\hfill Christophe \textsc{Casseau}\kern0.1\linewidth
+\endgroup\medskip
Enfin, je tiens à chaleureusement remercier Theo \textsc{Hopman} qui m'a spontanément proposé d'effectuer la traduction de ce manuel en anglais.
@@ -277,7 +359,7 @@ Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractÃ
Chaque liaison admet des arguments optionnels. Le premier des arguments optionnels définit l'\verb-<angle>- de la liaison. Les angles vont croissant dans le sens trigonométrique. Si l'angle n'est pas indiqué, alors sa valeur par défaut vaut 0\degres.
-Remarque : les parenthèses permettent d'autoriser plusieurs liaisons à partir d'un même atome, voir "Molécules ramifiées", page~\pageref{molecules.ramifiees}.
+Remarque : les parenthèses permettent d'autoriser plusieurs liaisons à partir d'un même atome, voir ``Molécules ramifiées'', page~\pageref{molecules.ramifiees}.
Il y a plusieurs façons de spécifier l'angle d'une liaison.
\begin{description}
@@ -310,7 +392,7 @@ Une autre façon d'indiquer l'angle de la liaison entre deux atomes.
Une saisie simplifiée à son maximum, seule les liaisons covalentes sont indiquées ainsi que leurs éventuels paramètres.
\exemple{Le but-2-ène}|\chemfig{-[:30]=[:-30,,,,red]-[:30]}|
-La liaison double est tracée de part et d'autre de la ligne de liaison simple. Pour garder une cohérence graphique des formules topologiques de certains composés, il est intéressant de déporter cette liaison double soit au dessus de cette ligne, soit au dessous. Il suffit alors de faire suivre le signe "\verb-=-" de "\verb-^-" ou "\verb-_-" :
+La liaison double est tracée de part et d'autre de la ligne de liaison simple. Pour garder une cohérence graphique des formules topologiques de certains composés, il est intéressant de déporter cette liaison double soit au dessus de cette ligne, soit au dessous. Il suffit alors de faire suivre le signe ``\verb-=-'' de ``\verb-^-'' ou ``\verb-_-'' :
\exemple{Comparaison doubles liaisons/doubles liaisons déportées}/\chemfig{-[:-30]=[:30]-[:-30]} \chemfig{-[:-30]=^[:30]-[:-30]}\par
\chemfig{=[:-30]-[:30]=[:-30]} \chemfig{=_[:-30]-[:30]=^[:-30]}/
@@ -398,25 +480,25 @@ Voici un exemple de réaction chimique :
\newpage
\part{Fonctionnement de \CF}
-Cette partie est consacrée à la description des fonctionnalités les plus courantes de \CF. Le cadre de cette description dépasse largement celui de \og\CF pour l'impatient\fg{} mais l'utilisateur trouvera ici les explications suffisantes pour dessiner la plupart des molécules. La présentation des fonctionnalités est faite sous un angle théorique, et le but de cette partie n'est pas de dessiner de vraies molécules chimiques mais de donner à l'utilisateur une description formelle des fonctionnalités de \CF. La partie "Utilisation avancée", page~\pageref{utilisation.avancee}, sera plus pratique et dévoilera des fonctionnalités plus avancées pour les utilisations les plus pointues. On y mettra aussi en avant des méthodes pour construire de vraies molécules chimiques, page \pageref{exemples.commentes}. Enfin, la dernière partie présentera des molécules chimiques et le code utilisé pour les dessiner.
+Cette partie est consacrée à la description des fonctionnalités les plus courantes de \CF. Le cadre de cette description dépasse largement celui de \og\CF pour l'impatient\fg{} mais l'utilisateur trouvera ici les explications suffisantes pour dessiner la plupart des molécules. La présentation des fonctionnalités est faite sous un angle théorique, et le but de cette partie n'est pas de dessiner de vraies molécules chimiques mais de donner à l'utilisateur une description formelle des fonctionnalités de \CF. La partie ``Utilisation avancée'', page~\pageref{utilisation.avancee}, sera plus pratique et dévoilera des fonctionnalités plus avancées pour les utilisations les plus pointues. On y mettra aussi en avant des méthodes pour construire de vraies molécules chimiques, page \pageref{exemples.commentes}. Enfin, la dernière partie présentera des molécules chimiques et le code utilisé pour les dessiner.
\section{Groupes d'atomes}
-Intrinsèquement, le dessin d'une molécule chimique consiste à relier par des traits de différents types des groupes d'atomes. Ainsi, dans la molécule \chemfig{O=O}, il y a 2 groupes d'atomes, chacun constitué d'un seul atome "O".
+Intrinsèquement, le dessin d'une molécule chimique consiste à relier par des traits de différents types des groupes d'atomes. Ainsi, dans la molécule \chemfig{O=O}, il y a 2 groupes d'atomes, chacun constitué d'un seul atome ``O''.
{\fboxsep1pt
Mais dans cette molécule
\molht{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}
-on compte 4 groupes d'atomes : "$\mathrm{H_3C}$", "C", "O" et "OH". Pour des raisons que nous verrons plus tard, \CF examine chaque groupe d'atomes et le découpe en atomes. Chaque atome s'étend jusqu'à rencontrer une lettre majuscule ou un de ces caractères spéciaux : {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>}}. Pour \CF, tous les caractères entre accolades sont ignorés pour le découpage en atomes.
+on compte 4 groupes d'atomes : ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' et ``OH''. Pour des raisons que nous verrons plus tard, \CF examine chaque groupe d'atomes et le découpe en atomes. Chaque atome s'étend jusqu'à rencontrer une lettre majuscule ou un de ces caractères spéciaux : {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. Pour \CF, tous les caractères entre accolades sont ignorés pour le découpage en atomes.
-Par conséquent, le premier groupe d'atomes "$\mathrm{H_3C}$" est découpé en 2 atomes : $\boxednode{H_3}{}$ et $\boxednode C{}$. Chimiquement, il arrive que ce ne soient pas de vrais atomes puisque $\mathrm{H_3}$ par exemple, est constitué de 3 atomes d'hydrogène. Par abus de langage, on parlera d'atomes par la suite. Par conséquent, \CF voit la molécule précédente ainsi :
-\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{\vphantom{H_3}#1}}}}
+Par conséquent, le premier groupe d'atomes ``$\mathrm{H_3C}$'' est découpé en 2 atomes : $\boxednode{H_3}{}$ et $\boxednode C{}$. Chimiquement, il arrive que ce ne soient pas de vrais atomes puisque $\mathrm{H_3}$ par exemple, est constitué de 3 atomes d'hydrogène. Par abus de langage, on parlera d'atomes par la suite. Par conséquent, \CF voit la molécule précédente ainsi :
+\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
\molht{H_3C-[,1.75]C(=[:30,1.5]O)(-[:-30,1.5]OH)}}
\section{Différents types de liaisons}
Comme on l'a vu (voir page~\pageref{types.liaisons}), les liaisons peuvent être de 9 types, chacune correspondant aux caractères \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} et \boxedfalseverb{<|}.
-\label{longueur.liaison}Lorsqu'une liaison est faite entre 2 atomes, il faut comprendre que ces atomes sont contenus dans des boîtes invisibles rectangulaires. Les centres des deux rectangles sont séparés par une distance réglable $\Delta$, appelée "distance interatome". De plus, les liaisons ne relient pas exactement les frontières des rectangles : une distance $\delta$, réglable elle aussi, sépare le bord des rectangles du début et de la fin de la liaison. Pour aider à la compréhension, les boîtes rectangulaires sont rendues visibles dans ce schéma :
+\label{longueur.liaison}Lorsqu'une liaison est faite entre 2 atomes, il faut comprendre que ces atomes sont contenus dans des boîtes invisibles rectangulaires. Les centres des deux rectangles sont séparés par une distance réglable $\Delta$, appelée ``distance interatome''. De plus, les liaisons ne relient pas exactement les frontières des rectangles : une distance $\delta$, réglable elle aussi, sépare le bord des rectangles du début et de la fin de la liaison. Pour aider à la compréhension, les boîtes rectangulaires sont rendues visibles dans ce schéma :
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]
\node[draw] at(0,0)(aa){\huge A};
@@ -445,13 +527,22 @@ Comme on l'a vu (voir page~\pageref{types.liaisons}), les liaisons peuvent être
\exemple{Distance interatome}|\setatomsep{2em}\chemfig{A-B}\par
\setatomsep{50pt}\chemfig{A-B}|
-\label{setbondoffset}La commande \verb-\setbondoffset{<dimension>}- permet de régler l'espacement $\delta$ entre le trait représentant la liaison et l'atome :
+\label{setbondoffset}La commande \verb-\setbondoffset{<dimension>}- permet de régler l'espacement $\delta$ entre le trait représentant la liaison et l'atome. Si la \verb-<dimension>- est vide, alors $\delta=\text{2 pt}$.
\exemple{Retrait des liaisons}|\setbondoffset{0pt}\chemfig{A-B}\par
\setbondoffset{5pt}\chemfig{A-B}|
Si deux liaisons se suivent, alors \CF insère un groupe vide \verb-{}-, et autour de ce groupe vide, l'espacement $\delta$ est nul :
-\exemple{Groupes vides}/\chemfig{A-B=-=C}\par
-\chemfig{A>B><>|<C}/
+\exemple{Groupes vides}/\chemfig{A-B=-=C}/
+
+\nouveau\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur ``B'', puis partant de ``B'' et enfin pour les deux à la fois :
+\begingroup
+\catcode`\#12
+\exemple{Réglage fin du retrait des liaisons}/\setbondoffset{4pt}
+\chemfig{A-B-C}\par
+\chemfig{A-#(,0pt)B-C}\par
+\chemfig{A-B-#(0pt)C}\par
+\chemfig{A-#(,0pt)B-#(0pt)C}/
+\endgroup
Par défaut, tous les atomes se trouvant dans les groupes d'atomes sont composés en mode mathématique (les espaces sont ignorés). Ils peuvent donc contenir des caractères propres à ce mode comme la mise en indice ou en exposant\footnote{Il existe un problème de placement des groupes d'atomes contenant des exposants ou des indices. Voir page~\pageref{alignement.vertical}.}:
\exemple{Mode mathématique}|\chemfig{A_1B^2-C _ 3 ^ 4}|
@@ -494,18 +585,18 @@ Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera
Voici une molécule où les angles des liaisons augmentent de 20\degres{} à chacune après la première dont l'angle est absolu de $-5\degres$ :
\exemple{Suite d'angles relatifs}|\chemfig{A-[:-5]-[::+20]-[::20]B-[::+20]-[::20]C-[::20]}|
-On peut "casser" un enchaînement d'angles relatifs en mettant un angle absolu ou prédéfini lorsqu'on le souhaite. Ici, c'est à l'atome "B" dont la liaison suivante un angle absolu de 315\degres.
-\exemple{Suite d'angles realtif puis angle absolu}|\chemfig{A-[:-5]-[::20]-[::20]B-[7]-[::20]C-[::20]}|
+On peut ``casser'' un enchaînement d'angles relatifs en mettant un angle absolu ou prédéfini lorsqu'on le souhaite. Ici, c'est à l'atome ``B'' dont la liaison suivante un angle absolu de 315\degres.
+\exemple{Suite d'angles relatif puis angle absolu}|\chemfig{A-[:-5]-[::20]-[::20]B-[7]-[::20]C-[::20]}|
\section{Longueur d'une liaison}
-En fait, il faudrait plutôt parler d'espace interatome que de longueur d'une liaison. En effet, seul l'espace interatome est réglable avec \verb-\setatomsep- comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Une fois ce paramètre fixé, la longueur d'une liaison dépend du contenu des atomes et, dans une moindre mesure, de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Il est bien évident que deux atomes peu "encombrants" auront leurs bords plus lointains que s'il avaient été encombrants. On s'en rend très bien compte sur cet exemple où les atomes "I" sont plus étroits que les atomes "M" ce qui entraîne que la liaison entre les "I" est plus longue que celle entre les "M" :
+En fait, il faudrait plutôt parler d'espace interatome que de longueur d'une liaison. En effet, seul l'espace interatome est réglable avec \verb-\setatomsep- comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Une fois ce paramètre fixé, la longueur d'une liaison dépend du contenu des atomes et, dans une moindre mesure, de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Il est bien évident que deux atomes peu ``encombrants'' auront leurs bords plus lointains que s'il avaient été encombrants. On s'en rend très bien compte sur cet exemple où les atomes ``I'' sont plus étroits que les atomes ``M'' ce qui entraîne que la liaison entre les ``I'' est plus longue que celle entre les ``M'' :
\exemple{Influence de la largeur de l'atome}|\chemfig{I-I}\par
\chemfig{M-M}|
Cet aspect de l'encombrement des atomes se fait particulièrement sentir lorsqu'ils comportent les exposants ou des indices. Dans cet exemple, la liaison est bien plus courte, au point de se confondre avec un signe mathématique $-$ :
\exemple{Liaison trop courte}|\chemfig{A^{++}_{2}-B^{-}_3}|
-Il est important de remarquer que l'exposant \verb+-+ est \emph{mis entre accolades}. En effet si ce n'était pas le cas, \CF stopperait l'atome sur ce caractère qui est un caractère de liaison. L'atome serait donc "\verb-B^-", ce qui conduirait à des résultats inattendus.
+Il est important de remarquer que l'exposant \verb+-+ est \emph{mis entre accolades}. En effet si ce n'était pas le cas, \CF stopperait l'atome sur ce caractère qui est un caractère de liaison. L'atome serait donc ``\verb-B^-'', ce qui conduirait à des résultats inattendus.
On voit sur l'exemple ci-dessus qu'il est donc nécessaire de pouvoir augmenter (ou parfois réduire) la distance interatome par l'intermédiaire de leur liaison. Pour cela, l'argument optionnel des liaisons est en réalité constitué de plusieurs champs séparés par des virgules. Comme on l'a vu, le premier champ spécifie l'angle.
Le deuxième champ, s'il est non vide, est un coefficient qui multipliera la distance interatome $\Delta$ par défaut. Ainsi, écrire \verb+-[,2]+ demandera à ce que cette liaison ait l'angle par défaut (1\ier{} champ vide) et que les atomes qu'elle relie soit espacés d'une distance double de celle par défaut.
@@ -514,7 +605,7 @@ Le deuxième champ, s'il est non vide, est un coefficient qui multipliera la dis
\chemfig{-=[,1.5]-[,0.75]=[:-20,2]}/
\section{Atome de départ et d'arrivée}
-Un groupe d'atomes peut contenir plusieurs atomes. Mettons que l'on veuille relier le groupe "ABCD" au groupe "EFG" avec une liaison. \CF calcule quel atome du premier groupe et quel atome de second groupe il faut relier en fonction de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Si l'angle est compris entre $-90\degres$ et 90\degres{} (modulo 360\degres) ces valeurs étant \emph{non comprises}, alors, la liaison se fait entre le dernier atome du premier groupe et de premier atome du second groupe. Dans tous les autres cas, la liaison se fait par défaut entre le premier atome du premier groupe et le dernier atome du second groupe.
+Un groupe d'atomes peut contenir plusieurs atomes. Mettons que l'on veuille relier le groupe ``ABCD'' au groupe ``EFG'' avec une liaison. \CF calcule quel atome du premier groupe et quel atome de second groupe il faut relier en fonction de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Si l'angle est compris entre $-90\degres$ et 90\degres{} (modulo 360\degres) ces valeurs étant \emph{non comprises}, alors, la liaison se fait entre le dernier atome du premier groupe et de premier atome du second groupe. Dans tous les autres cas, la liaison se fait par défaut entre le premier atome du premier groupe et le dernier atome du second groupe.
Voici des exemples où les angles sont dans l'intervalle $]-90\;;90[$, et où la liaison se fait donc entre D et E :
\exemple{Atomes liés par défaut}|\chemfig{ABCD-[:75]EFG}\quad
@@ -540,13 +631,13 @@ Il existe un 5\ieme{} et dernier argument optionnel pour les liaisons qui se tro
\centerverb/[,,,,<code tikz>]/
\smallskip
-Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme "\verb-red-", de pointillés comme "\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-", d'épaisseur comme "\verb-line width=2pt-" ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant "\verb-draw=none-". Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule :
+Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme ``\verb-red-'', de pointillés comme ``\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-'', d'épaisseur comme ``\verb-line width=2pt-'' ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant ``\verb-draw=none-''. Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule :
\exemple{Passage de code tikz}|\chemfig{A-[,,,,red]B}\par
\chemfig{A-[,,,,dash pattern=on 2pt off 2pt]B}\par
\chemfig{A-[,,,,line width=2pt]B}\par
\chemfig{A-[,,,,red,line width=2pt]B}|
-On peut ainsi avoir accès aux nombreuses librairies de décoration de \TIKZ. On peut par exemple utiliser la librairie "\verb-pathmorphing-" en écrivant \verb-\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}- dans le préambule pour tracer des liaisons ondulées :
+On peut ainsi avoir accès aux nombreuses librairies de décoration de \TIKZ. On peut par exemple utiliser la librairie ``\verb-pathmorphing-'' en écrivant \verb-\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}- dans le préambule pour tracer des liaisons ondulées :
\exemple{Liaison ondulée}|\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration=snake]B}|
Les liaisons de Cram sont insensibles aux attributs d'épaisseur et de pointillés.
@@ -564,8 +655,8 @@ On peut changer ces valeurs par défaut pour toute la molécule en débutant le
\centerverb/[<angle>,<coeff>,<n1>,<n2>,<code tikz>]/
\smallskip
-Ainsi, si le code de la molécule commence par \verb-[:20,1.5]-, alors toutes les liaisons auront un angle de 20\degres{} par défaut et les distances interatomes une longueur qui vaut 1,5 fois la distance interatomes par défaut. On peut à tout moment ignorer ces valeurs par défaut en spécifiant un argument optionnel, comme pour la liaison qui suit l'atome "C" de cet exemple :
-\exemple{Ecrasement des valeurs par défaut}|\chemfig{[:20,1.5]A-B-C-[:-80,0.7]D-E-F}|
+Ainsi, si le code de la molécule commence par \verb-[:20,1.5]-, alors toutes les liaisons auront un angle de 20\degres{} par défaut et les distances interatomes une longueur qui vaut 1,5 fois la distance interatomes par défaut. On peut à tout moment ignorer ces valeurs par défaut en spécifiant un argument optionnel, comme pour la liaison qui suit l'atome ``C'' de cet exemple :
+\exemple{Écrasement des valeurs par défaut}|\chemfig{[:20,1.5]A-B-C-[:-80,0.7]D-E-F}|
Si on écrit un improbable \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]-, sauf indication contraire, toutes les liaisons auront un angle de 45\degres{} avec l'horizontale, les distances interatomes vaudront 1,5 fois la distance par défaut, les liaisons partiront et arriveront sur le deuxième atome de chaque groupe et seront rouges et épaisses :
\exemple{Valeurs par défaut}|\chemfig{[1,1.5,2,2,red,thick]ABC-DEF=GHI}|
@@ -574,19 +665,19 @@ Si on écrit un improbable \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]-, sauf indication contrai
\subsection{Principe}
Jusqu'à présent, toutes les molécules étaient linéaires, ce qui est rare. On peut attacher une sous molécule à un atome faisant suivre cet atome d'un \verb-<code>- entre parenthèses. Ce \verb-<code>- est le code d'une sous molécule qui viendra d'attacher sur l'atome.
-Dans cet exemple, la sous molécule "\verb/-[1]W-X/" vient s'attacher sur l'atome "B" :
+Dans cet exemple, la sous molécule ``\verb/-[1]W-X/'' vient s'attacher sur l'atome ``B'' :
\exemple{Ramification}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)-C}|
On peut avoir plusieurs sous molécules qui viennent s'attacher sur un même atome. Il suffit de le faire suivre de plusieurs parenthèses contenant le code de chaque sous molécule :
\exemple{Ramifications multiples}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[6]Y-[7]Z)-C}|
-Le code de chaque sous molécule peut définir ses propres valeurs par défaut qui seront valables dans toute l'étendue de la sous molécule. Ici, on attache sur "B" une sous molécule "\verb/[:60]-D-E/" dont l'angle par défaut vaut 60\degres{} absolus. On attache également sur "B" une sous molécule "\verb/[::-30,1.5]-X-Y/" dont l'angle par défaut vaut 30\degres{} de moins que celui de la liaison précédente (qui était celle qui allait de "A" à "B") et dont la distance interatome est 1,5 fois celle par défaut :
+Le code de chaque sous molécule peut définir ses propres valeurs par défaut qui seront valables dans toute l'étendue de la sous molécule. Ici, on attache sur ``B'' une sous molécule ``\verb/[:60]-D-E/'' dont l'angle par défaut vaut 60\degres{} absolus. On attache également sur ``B'' une sous molécule ``\verb/[::-30,1.5]-X-Y/'' dont l'angle par défaut vaut 30\degres{} de moins que celui de la liaison précédente (qui était celle qui allait de ``A'' à ``B'') et dont la distance interatome est 1,5 fois celle par défaut :
\exemple{Valeur par défaut dans les ramifications}|\chemfig{A-B([:60]-D-E)([::-30,1.5]-X-Y)-C}|
-Maintenant, que se passe t-il si au début de la molécule principale, on écrit "\verb/[:-45]/" :
+Maintenant, que se passe t-il si au début de la molécule principale, on écrit ``\verb/[:-45]/'' :
\exemple{Influence de l'angle par défaut}|\chemfig{[:-45]A-B([:60]-D-E)([::-30,1.5]-X-Y)-C}|
-On constate que l'angle entre la liaison \verb/B-C/ et la liaison \verb/B-X/ reste de 30\degres{} puisqu'il s'agissait d'un angle relatif pour la sous molécule "\verb/-X-Y/". Par contre, la branche "\verb/-D-E/" reste inclinée à 60\degres{} avec l'horizontale et n'a pas suivi le mouvement de rotation imprimé par l'angle de $-45\degres$ du début, ce qui est normal puisque "\verb/-D-E/" a un angle absolu. Pour faire pivoter la totalité d'une molécule il est donc important que tous les angles soient relatifs.
+On constate que l'angle entre la liaison \verb/B-C/ et la liaison \verb/B-X/ reste de 30\degres{} puisqu'il s'agissait d'un angle relatif pour la sous molécule ``\verb/-X-Y/''. Par contre, la branche ``\verb/-D-E/'' reste inclinée à 60\degres{} avec l'horizontale et n'a pas suivi le mouvement de rotation imprimé par l'angle de $-45\degres$ du début, ce qui est normal puisque ``\verb/-D-E/'' a un angle absolu. Pour faire pivoter la totalité d'une molécule il est donc important que tous les angles soient relatifs.
\subsection{Imbrication}
Les sous molécules peuvent être imbriquées, et les règles vues au paragraphe précédent restent valables :
@@ -599,19 +690,19 @@ Mettons maintenant que nous voulions dessiner la molécule d'anhydride d'acide :
La meilleure méthode pour y arriver est de choisir le plus long chemin. Ici nous pouvons par exemple dessiner le chemin \verb/R-C-O-C-R/ en tenant compte des angles et en n'utilisant que les angles relatifs :
\exemple{Structure de l'anhydride d'acide}|\chemfig{R-C-[::-60]O-[::-60]C-[::-60]R}|
-Partant de cette structure, il suffit de rajouter deux sous molécules "\verb/=O/" sur les atomes de carbone :
+Partant de cette structure, il suffit de rajouter deux sous molécules ``\verb/=O/'' sur les atomes de carbone :
\exemple{Anhydride d'acide}|\chemfig{R-C(=[::+60]O)-[::-60]O-[::-60]C(=[::+60]O)-[::-60]R}|
N'ayant utilisé que des angles relatifs, on peut faire pivoter cette molécule, en spécifiant un angle par défaut de 75\degres{} par exemple :
\exemple[70]{Rotation de la molécule}|\chemfig{[:75]R-C(=[::+60]O)-[::-60]O-[::-60]C(=[::+60]O)-[::-60]R}|
\section{Lier des atomes éloignés}
-Nous avons vu comment relier des atomes \emph{qui se suivent dans le code}. Il est parfois indispensable de relier entre-eux des atomes ne se suivant pas dans le code. Appelons "liaisons distantes" ces liaisons particulières.
+Nous avons vu comment relier des atomes \emph{qui se suivent dans le code}. Il est parfois indispensable de relier entre-eux des atomes ne se suivant pas dans le code. Appelons ``liaisons distantes'' ces liaisons particulières.
Prenons cette molécule :
\exemple{Structure ramifiée}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[7]Y-Z)-C}|
-Et mettons que l'on veuille relier les atomes \verb/X/ et \verb/C/. Dans ce cas, \CF permet de poser un "crochet" \emph{immédiatement} après l'atome qui nous intéresse. Le caractère utilisé pour poser ce crochet est "\verb-?-", pour sa ressemblance avec un crochet. Ainsi, si l'on écrit \verb/X?/, alors, l'atome \verb/X/ portera ce crochet. Par la suite dans le code, tous les atomes suivis d'un \verb-?- seront reliés à \verb/X/ :
+Et mettons que l'on veuille relier les atomes \verb/X/ et \verb/C/. Dans ce cas, \CF permet de poser un ``crochet'' \emph{immédiatement} après l'atome qui nous intéresse. Le caractère utilisé pour poser ce crochet est ``\verb-?-'', pour sa ressemblance avec un crochet. Ainsi, si l'on écrit \verb/X?/, alors, l'atome \verb/X/ portera ce crochet. Par la suite dans le code, tous les atomes suivis d'un \verb-?- seront reliés à \verb/X/ :
\exemple{Liaison éloignée}|\chemfig{A-B(-[1]W-X?)(-[7]Y-Z)-C?}|
On aurait pu relier d'autres atomes à X en les faisant suivre de \verb-?-. Ici, ce sont les atomes \verb-C- et \verb-Z- :
@@ -623,7 +714,7 @@ Maintenant, imaginons que nous devions laisser ces liaisons distantes \verb/X-C/
où chaque champ prend sa valeur par défaut s'il est vide :
\begin{itemize}
- \item le \verb-<nom>- est le nom du crochet : tous les caractères alphanumériques (a..z, A..Z, 0..9) sont admis\footnote{Ce n'est pas totalement exact. En réalité, tous les caractères pouvant être mis entre \texttt{\string\csname...\string\endcsname} sont autorisés.}. Ce nom vaut "\verb-a-" par défaut. Seul ce champ est pris en compte lors de la première occurrence de ce crochet portant ce nom.
+ \item le \verb-<nom>- est le nom du crochet : tous les caractères alphanumériques (a..z, A..Z, 0..9) sont admis\footnote{Ce n'est pas totalement exact. En réalité, tous les caractères pouvant être mis entre \texttt{\string\csname...\string\endcsname} sont autorisés.}. Ce nom vaut ``\verb-a-'' par défaut. Seul ce champ est pris en compte lors de la première occurrence de ce crochet portant ce nom.
\item \verb-<liaison>- spécifie avec quelle liaison l'atome portant cette occurrence du crochet doit être reliée a l'atome portant la première occurrence. Deux cas de figure sont possibles; soit ce champ est un entier représentant le type de liaison voulu : 1=liaison simple, 2=liaison double, etc. Voir le tableau page~\pageref{types.liaisons} pour les codes des liaisons.
Soit la \verb-<liaison>- est constituée des caractères codant la liaison, à condition que ces caractères soient \emph{entre accolades};
@@ -651,7 +742,7 @@ L'exemple précédent montre comment tracer un polygone régulier, mais la méth
\verb/<n>/ est le nombre de côtés du polygone et le \verb/<code>/ représente les liaisons et les groupes d'atomes qui constituent ses sommets et arêtes. Ce code \emph{doit} commencer par une liaison puisque l'atome se trouve à l'extérieur du cycle.
-Voici un 5-cycle, attaché a l'atome "\verb/A/" :
+Voici un 5-cycle, attaché a l'atome ``\verb/A/'' :
\exemple{5-cycle}|\chemfig{A*5(-B=C-D-E=)}|
On peut également dessiner un cycle avec un, plusieurs, ou tous les groupes d'atomes vides, comme c'est le cas pour les dessins hors des cycles :
@@ -678,7 +769,7 @@ où chaque champ de l'argument optionnel prend sa valeur par défaut s'il est vi
\subsection{Position angulaire}
\subsubsection{Au départ}
-Comme on le voit dans les exemples ci-dessous, la règle est que l'atome d'attache "\verb/A/" se trouve toujours au sud ouest du cycle. de plus, le cycle est toujours construit dans le sens trigonométrique et la dernière liaison tombe verticalement sur l'atome de rattachement :
+Comme on le voit dans les exemples ci-dessous, la règle est que l'atome d'attache ``\verb/A/'' se trouve toujours au sud ouest du cycle. De plus, le cycle est toujours construit dans le sens trigonométrique et la dernière liaison tombe verticalement sur l'atome de rattachement :
\exemple{Position angulaire des cycles}|\chemfig{A*4(-B-C-D-)}\qquad\chemfig{A*6(------)}|
Si cette position angulaire ne convient pas, il est possible de spécifier via l'argument optionnel du début de la molécule un autre angle par défaut. Voici un 6-cycle qui a été pivoté de $+30\degres$, de $-30\degres$ puis de $+60\degres$ :
@@ -718,18 +809,18 @@ On peut désormais lier des cycles entre eux par des liaisons :
\exemple{Cycles liés}|\chemfig{*6(--(-*5(----(-*4(----))-))----)}|
\subsection{Cycles emboîtés}
-Pour "coller" 2 cycles entre eux, la syntaxe est légèrement différente : on identifie le sommet d'où va commencer l'autre cycle. Il suffit de faire suivre ce sommet par la syntaxe habituelle d'un cycle. Voici par exemple un 5-cycle qui part du deuxième sommet d'un 6-cycle :
+Pour ``coller'' 2 cycles entre eux, la syntaxe est légèrement différente : on identifie le sommet d'où va commencer l'autre cycle. Il suffit de faire suivre ce sommet par la syntaxe habituelle d'un cycle. Voici par exemple un 5-cycle qui part du deuxième sommet d'un 6-cycle :
\exemple{Cycles imbriqués}|\chemfig{A*6(-B*5(----)=-=-=)}|
-On remarque que le cycle qui vient se greffer sur le cycle principal a une position angulaire telle que deux de leurs côté coïncident. De plus, le 5-cycle n'a que 4 liaisons "\verb/----/". En effet, la 5\ieme{} serait inutile puisqu'il s'agit du deuxième côté du 6-cycle qui est déjà tracé.
+On remarque que le cycle qui vient se greffer sur le cycle principal a une position angulaire telle que deux de leurs côté coïncident. De plus, le 5-cycle n'a que 4 liaisons ``\verb/----/''. En effet, la 5\ieme{} serait inutile puisqu'il s'agit du deuxième côté du 6-cycle qui est déjà tracé.
Il est bien entendu possible de coller plusieurs cycles entre eux :
\exemple{Plusieurs cycles imbriqués}|\chemfig{*5(--*6(-*4(-*5(----)--)----)---)}|
-Il y a un cas où on doit employer une ruse. On voit sur cet exemple que le quatrième côté du deuxième 5-cycle vient boucler sur le centre de l'atome "\verb-E-".
+Il y a un cas où on doit employer une ruse. On voit sur cet exemple que le quatrième côté du deuxième 5-cycle vient boucler sur le centre de l'atome ``\verb-E-''.
\exemple{Dessin non parfait}|\chemfig{A-B*5(-C-D*5(-X-Y-Z-)-E-F-)}|
-Ceci est normal puisque le deuxième 5-cycle (qui part de l'atome "\verb-D-") est dessiné \emph{avant} que \CF n'ait pris connaissance de l'atome "\verb-E-". Dans ce cas, il faut se servir de deux crochets pour tracer la liaison \verb/Z-E/ :
+Ceci est normal puisque le deuxième 5-cycle (qui part de l'atome ``\verb-D-'') est dessiné \emph{avant} que \CF n'ait pris connaissance de l'atome ``\verb-E-''. Dans ce cas, il faut se servir de deux crochets pour tracer la liaison \verb/Z-E/ :
\exemple{Liaison distante et cycle}|\chemfig{A-B*5(-C-D*5(-X-Y-Z?)-E?-F-)}|
On aurait aussi pu utiliser un \verb-\phantom{E}- au dernier sommet du 5-cycle :
@@ -741,13 +832,195 @@ Il faut prendre des précautions avec les cycles lorsque un ou plusieurs sommets
Pour que le cycle ait une forme régulière, il faut passer outre le mécanisme de \CF qui calcule automatiquement les atomes de départ et d'arrivée des liaisons. Ici, il faut relier \verb/C-F/ et \verb/F-G/ en le spécifiant avec l'argument optionnel de ces liaisons :
\exemple{Atomes de départ et d'arrivée imposés}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|
+
+\section{Représentation des déplacements d'électrons}\label{mecanismes-reactionnels}
+\nouveau Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe ``\verb-@{<argument>}-''. Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option ``\texttt{remember picture}'' qui est passée à tous les environnements ``tikzpicture''. Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le ``picture remembering'' et que la compilation soit lancée deux fois.
+
+Deux cas de figure peuvent se présenter, on peut poser :
+\begin{itemize}
+ \item un nœud de dimension nulle sur une liaison en utilisant la syntaxe ``\verb-@{<nom>,<coeff>}-'' placée immédiatement au début de l'argument optionnel de la liaison concernée sans être suivi d'une virgule s'il y a un premier argument optionnel. Dans ce cas, le nœud portera le nom ``\verb-<nom>-'' et le \verb-<coeff>-, compris entre 0 et 1, déterminera où le nœud se situera sur la liaison. Si on utilise ``\verb-@{<nom>}-'', le \verb-<coeff>- prend la valeur de 0.5 par défaut ce qui signifie que le nœud est posé au milieu de la liaison;
+ \item un nœud sur un atome en utilisant la syntaxe ``\verb-@{<nom>}-'' immédiatement avant l'atome concerné. Dans ce cas, le nœud a exactement le même encombrement que l'atome, il peut notamment être vide et donc avoir des dimensions nulles.
+\end{itemize}
+Une fois que la commande \verb-\chemfig- a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} met son argument dans un environnement ``tikzpicture'' avec les options ``\texttt{remember picture,overlay}''.} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom ``\verb-<nom1>-'' au nœud portant le nom ``\verb-<nom2>-'' :
+\centerverb|\chemmove[<opt>]{\draw[<opt tikz>](<nom1>)<link tikz>(<nom2>);}|
+\smallskip
+
+L'argument optionnel \verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement tikzpicture dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \verb-<opt tikz>- et \verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ.
+
+\subsection{Effets mésomères}
+Pour fixer les idées prenons l'exemple d'un effet mésomère impliquant une double liaison et un doublet non liant conjugués. Commençons par la possible délocalisation des électrons de la double liaison. On va poser un nœud nommé ``db'' (double bond) au milieu de la double liaison et un nœud nommé ``a1'' sur l'extrémité de la double liaison.
+
+\exemple{Effet mésomère 1}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\lewis{2,X}}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{\draw[->](db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm).. (a1);}/
+
+Comme on l'a dit, on remarque qu'il n'y pas de virgule derrière le nœud posé dans les arguments optionnels d'une liaison. On écrit ``\verb|=_[@{db}::30]|'' et non pas ``\verb|=_[@{db},::30]|'' comme on serait tenté de le faire.
+
+Pour relier les nœuds ``db'' et ``a1'', nous avons utilisé la syntaxe suivante :
+\centerverb|\chemmove{\draw[->](db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);}|
+\medskip
+
+Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de ``db'' pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de ``a1'' pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud ``dnl'') vers la liaison simple (nœud ``sb'').
+\exemple{Effet mésomère 2}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{
+ \draw[->](db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);
+ \draw[->](dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/
+
+Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de ``dnl'' et un angle de 45\degres{} à 4~mm de ``sb''. Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche.
+\exemple{Effet mésomère 3}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove[->]{
+ \draw(db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm).. (a1);
+ \draw[shorten <=3pt,shorten >=1pt](dnl) .. controls +(90:4mm) and +(45:4mm).. (sb);}/
+
+L'option ``\verb|shorten <=3pt|'' indique que le point de départ de la flèche doit être raccourci de 3~pt de même ``\verb|shorten >=2pt|'' indique que le point d'arrivé doit être raccourci de 2~pt.
+
+On peut utiliser toute la puissance des instructions de \TIKZ pour modifier le dessin de la flèche. Ici, nous changeons l'extrémité de la flèche partant de la double liaison, non plus écrite ``\verb|->|'' mais ``\verb|-stealth|'', nous la dessinons en pointillés d'épaisseur fine et rouge. Nous rajoutons également la lettre $\pi$ au dessus de la flèche en son milieu :
+\exemple{Effet mésomère 4}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{\draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
+ (db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..
+ node[sloped,above] {$\pi$} (a1);
+ \draw[->, shorten <=3pt, shorten >= 1pt]
+ (dnl).. controls +(90:4mm) and +(45:4mm).. (sb);}/
+
+Dans l'exemple suivant nous allons voir comment indiquer la position de l'ancre de départ ou d'arrivée. Si nous écrivons
+\exemple{Ancre de départ et d'arrivée 1}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
+\hspace{2cm}
+\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
+\chemmove{
+ \draw[->,shorten >=4pt](x1).. controls +(90:1cm) and +(90:1cm).. (x2);}/
+
+Nous constatons que l'ancre de départ de notre flèche ne pointe pas correctement sur nos électrons. La flèche part du milieu du bord supérieur du nœud. En effet, nous avons choisi un angle de départ de 90\degres{} et \TIKZ fait donc partir la flèche de l’ancre ``x1.90'' qui correspond à l’intersection de la demi droite partant du centre du nœud ``x1'' et faisant un angle avec l’horizontale de 90\degres{} avec le bord du nœud qui est un rectangle. Pour obtenir le départ de la flèche d’où nous voulons, nous devons spécifier sa position. Après quelques tâtonnements, c’est ``x1.57'' :
+\exemple{Ancres de départ et d'arrivée 2}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
+\hspace{2cm}
+\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
+\chemmove[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]{
+ \draw(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/
+
+Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de ``x1'' et 1,5~cm verticalement :
+\exemple{Un seul point de contrôle}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
+\hspace{2cm}
+\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
+\chemmove[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]{
+ \draw(x1.57).. controls +(1cm,1.5cm).. (x2);}/
+
+Dans ce cas nous plaçons un point de contrôle à 1~cm horizontalement et 2~cm verticalement de ``x1''. Tous les objets graphiques dessinées par l’intermédiaire de la commande \verb|\chemmove| sont faits en surimpression et ne seront pas comptés dans les boîtes englobantes. On peut le constater sur l’exemple précédent.
+
+\subsection{Mécanismes réactionnels}
+Grâce à l'option \verb|remenber picture| qui est passée à tous les environnements ``tikzpicture'' nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification.
+\exemple{Estérification: étape 1}/\setatomsep{7mm}
+\setchemrel{}{}{5mm}
+\chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H}
+\chemsign{+}
+\chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O}
+\chemrel[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]{<>}
+\chemmove[->,shorten <=2pt]{
+ \draw[shorten >=2pt](dnl).. controls +(90:1cm) and +(north:1cm).. (atoc);
+ \draw[shorten >=6pt](db).. controls +(north:5mm) and +(100:1cm).. (atoh);}/
+
+L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| ne change pas les dimensions de la boite englobante du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de ``atoh'' et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code.
+\exemple{Estérification: étape 2}/\setatomsep{7mm}
+\setchemrel{}{}{5mm}
+\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm}
+\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove{\draw[->,shorten <=2pt, shorten >=7pt]
+ (dnl).. controls +(south:1cm) and +(north:1.5cm).. (atoh);}/
+
+Nous laissons le soin au lecteur d'écrire la suite\ldots
+
+\section{Écrire un nom sous une molécule}\label{chemname}
+\nouveau Pour plus de commodité, \CF permet d'écrire le nom d'une molécule sous celle-ci avec la commande
+\centerverb/\chemname[<dim>]{\chemfig{<code de la molécule>}}{<nom>}/
+\smallskip
+
+La \verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la ligne de base de la molécule et le haut des lettres du \verb-<nom>-. Le \verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \verb-<nom>- est toujours nul.
+
+Voici une réaction avec les noms sous les molécules :
+\exemple*{Affichage du nom des molécules}/
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+\chemrel{->}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+/
+
+Il y a quelques contraintes avec cette commande. Pour en pendre conscience, mettons que l'on ait inversé l'acide et l'alcool dans le membre de gauche :
+\exemple*{Alignement des noms 1}/
+\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+\chemrel{->}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+/
+
+En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \verb-<nom>-, la commande \verb-\chemname- insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. La macro \verb-\chemnameinit{<argument>}- initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\verb-<argument>-. Il convient donc :
+\begin{itemize}
+ \item d'écrire \verb-\chemnameinit{<plus profonde molécule>}- avant d'impliquer cette commande dans une réaction, sauf si cette réaction commence par la plus profonde molécule;
+ \item d'écrire \verb-\chemnameinit{}- après avoir écrit tous les noms d'une réaction chimique afin d'éviter que la plus grande profondeur trouvée dans cette réaction n'interfère dans une réaction future.
+\end{itemize}
+
+Le code correct est donc d'utiliser \verb-\chemnameinit- avant et après la réaction :
+\exemple*{Alignement des noms 2}/
+\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}
+\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+\chemrel{->}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\chemnameinit{}
+/
+
+Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande \verb-\\- rencontrée dans un \verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} :
+\exemple*{Nom sur 2 lignes}/
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide\\carboxylique}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+\chemrel{->}
+\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+\chemsign{+}
+\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\chemnameinit{}
+/
\newpage
\part{Utilisation avancée}\label{utilisation.avancee}
+\section{Découpage des atomes}\label{decoupage.atomes}
+\nouveau Le mécanisme de découpage des atomes, déjà décrit auparavant, fait s'étendre chaque atome jusqu'à la prochaine lettre majuscule ou l'un des caractères {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}
+
+Dans certains cas, ce découpage automatique produit des atomes incorrects ce qui peut se traduire par un affichage imparfait. Prenons cette molécule par exemple où l'on remarquera que le caractère ``\texttt('' est mis entre accolade de façon à éviter que \CF ne comprenne à tort qu'une ramification est créée :
+
+\exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}/
+
+On constate que la liaison qui arrive sur l'atome de carbone en haut à droite est trop courte. Cela se produit car, si l'on applique les règles de découpage de \CF dans le groupe d'atomes en haut à droite, les atomes sont découpés de cette façon : ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. On comprend alors qu'en mode math, le premier atome qui contient une parenthèse ait une profondeur trop importante comme on le voit en rendant visibles les boites contenant les atomes :
+\begin{center}
+\fboxsep=0pt
+\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}%
+\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}%
+\end{center}
+Le caractère ``|'' provoque la coupure de l'atome en cours à l'endroit où il est rencontré. Ainsi, on peut écrire \texttt{C\textcolor{red}{|}\detokenize{{(CH_3)_3}}} pour faire en sorte que \CF ne découpe que 2 atomes ici : ``\texttt{\detokenize{C}}'' et ``\texttt{\detokenize{{(CH_3)_3}}}. Le problème de la liaison trop courte est ainsi résolu :
+
+\exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C|{(CH_3)_3}}/
+
\section{Affichage des atomes}\label{perso.affichage}
Une fois le découpage en atomes effectué, la macro \verb-\printatom- est appelée de façon interne par \CF pour afficher chaque atome. Son unique argument est le code produisant l'affichage de l'atome (par exemple ``\verb-H_3-''). Par défaut, cette macro se place en mode mathématique et affiche son argument avec la police mathématique ``rm''. Elle est définie par le code suivant :
-
-\hfill\verb-\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}-\hfill\null
+\centerverb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}|
+\medskip
On peut modifier le code de cette macro pour personnaliser l'affichage de atomes. Dans l'exemple ci-dessous, on redéfinit \verb-\printatom- de façon à ce que chaque atome soit contenu dans une boîte rectangulaire :
\exemple{Redéfinition de \string\printatom}/\fboxsep=1pt
@@ -758,27 +1031,104 @@ Voici comment la redéfinir pour utiliser de la police ``sf'' du mode math :
\exemple{Atomes affichés en police ``sf''}/\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{##1}}}
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/
+\section{Arguments optionnels}\label{arguments.optionnels}
+\nouveau La commande \verb-\chemfig- admet deux arguments optionnels et sa syntaxe complète est la suivante :
+\centerverb|\chemfig[<opt1>][<opt2>]{<code molécule>}|
+\smallskip
+
+Le premier argument optionnel \verb-<opt1>- contient des instructions \TIKZ qui seront passées à l'environnement tikzpicture dans lequel est dessinée la molécule. Le deuxième argument optionnel \verb-<opt2>- contient des instructions \TIKZ qui seront exécutées lors du dessin de chaque nœud\footnote{Ces instructions sont ajoutées à la fin de l'argument de \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. Cet argument contient par défaut les instructions suivantes : ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.}.
+
+Par l'intermédiaire du premier argument optionnel, on peut choisir par exemple la couleur générale ou l'épaisseur des lignes :
+\exemple{Choix du style}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[line width=1.5pt]{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[red]{A-B-[2]C}/
+
+Avec le second argument optionnel, on peut choisir la couleur des nœud dessinés par \TIKZ, et même modifier l'inclinaison du dessin :
+\exemple{Choix des styles}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[][red]{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[dash pattern=on 1pt off 2pt][red]{A-B-[2]C}\par\medskip
+\chemfig[][rotate=20]{A-B-[2]C}/
+
+\section{Alignement vertical}\label{alignement.vertical}
+Dans certains cas de molécules semi développées dont les liaisons sont horizontales, le placement des groupes d'atomes est incorrect.
+
+Un examen attentif de l'exemple suivant révèle que les groupes d'atomes ne sont pas correctement alignés sur la ligne de base :
+\exemple*{Placement horizontal}/\Huge\setatomsep{2em}
+\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
+\chemfig{E_1-F-G-H}/
+
+Il est étonnant que le deuxième atome soit correctement aligné alors que les deux derniers subissent un décalage vertical qui semblent être la conséquence de la hauteur différente de la boîte englobant le premier atome ``\verb-A^1-'' et ``\verb-E_1-''.
+
+Pour comprendre ce phénomène, il faut examiner comment \CF place les groupes d'atomes les uns par rapport aux autres. Pour cela, limitons nous aux liaisons horizontales ce qui permet d'employer un vocabulaire particulier, mais l'algorithme est le même pour les autres inclinaisons. En fait, une liaison horizontale part du milieu du côté droit de la boîte englobant l'atome d'où part cette liaison. L'atome d'arrivée est positionné de telle sorte que le milieu du côté gauche de sa boîte englobante soit à l'extrémité de la liaison. Il en découle que le placement vertical de l'atome d'arrivée dépend de l'encombrement vertical de l'atome de départ. Pour limiter ce phénomène, \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \verb-\vphantom- de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \verb-\vphantom- n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants. Les atomes qui restent dans chaque groupe sont alignés de telle sorte que leur ligne de base coïncide avec la ligne de base de l'atome précédent.
+
+On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes ``\verb-B-'' et ``\verb-F-'' sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \verb-\vphantom-. Pour les atomes ``\verb-C-'' et ``\verb-F-'', la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes ``\verb-A^1-'' et ``\verb-E_1-'' est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas.
+
+On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englobantes des atomes où l'on voit clairement que les atomes ``\verb-B-'' et ``\verb-F-'' ont des boîtes englobantes dont la hauteur qui tient compte des hauteurs des atomes précédents :
+\exemple*{Placement horizontal et boîtes englobantes}/\Huge\setatomsep{2em}
+\fboxsep=0pt
+\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm##1}}}
+\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
+\chemfig{E_1-F-G-H}/
+
+Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellement ce problème en plaçant \emph{à l'intérieur} du troisième atome un \verb-\vphantom- ayant la même hauteur que le premier pour que cette hauteur se répercute sur les suivants :
+\exemple*{Contournement du placement vertical}/\Huge\setatomsep{2em}
+\chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad
+\chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/
+
+\nouveau \label{chemskipalign}Il est possible pour n'importe quel groupe d'atomes de désactiver momentanément le mécanisme d'ajustement d'alignement et neutraliser le \verb-\vphantom-. Il suffit pour cela de placer dans le groupe d'atomes la commande \verb-\chemskipalign- : l'alignement reprendra au groupe d'atomes suivant comme si le groupe d'atome contenant \verb-\chemskipalign- n'avait pas existé. On peut se rendre compte sur l'exemple suivant de l'effet de cette instruction qui a pour effet de placer le point de référence de la boîte contenant le premier atome au niveau de la liaison qui arrive de gauche. Les boîtes englobant les atomes ont été dessinées à la seconde ligne :
+
+\exemple[60]{Désactivation du mécanisme d'alignement}/\large
+\chemfig{A-.-B}\quad
+\chemfig{A-\chemskipalign.-B}\par\bigskip
+\fboxsep=0pt
+\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{##1}}}}
+\chemfig{A-.-B}\quad
+\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/
+
+Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \verb-\chemskipalign- contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici ``\verb-\chemskipalign.-'' et ``\verb-B-'' :
+\exemple{Conséquence de la commande \string\chemskipalign}/\large
+\fboxsep=0pt
+\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{##1}}}}
+\chemfig{A-\chemskipalign.B-C}/
+
+Cette fonctionnalité peut parfois s'avérer utile. Mettons que l'on veuille dessiner la molécule
+\begin{center}
+ \catcode`;12
+ \def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}%
+ \def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}%
+ \chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}%
+\end{center}
+On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à-dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \verb-\chemskipalign-. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons ``collent'' aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère ``\verb-#-'', fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option ``frenchb'', il est nécessaire de désactiver le caractère actif ``\verb-;-'' qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}- :
+\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12
+\exemple{Utilisation de \string\chemskipalign\ et #}/\begingroup
+\shorthandoff{;}
+\def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}
+\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}
+\chemfig{A-\emptydisk-\fulldisk-B}\par
+\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}
+\endgroup/\endgroup
+
\section{Liaisons doubles déportées}
-Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit dans le prolongement de cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire "à gauche" ou "à droite" de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé.
+Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit dans le prolongement de cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire ``à gauche'' ou ``à droite'' de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé.
-Pour déporter la liaison vers la gauche, il suffit d'écrire "\verb-=^-" et pour la déporter vers la droite "\verb-=_-" :
+Pour déporter la liaison vers la gauche, il suffit d'écrire ``\verb-=^-'' et pour la déporter vers la droite ``\verb-=_-'' :
\exemple{Liaisons doubles déportées}/\chemfig{A-=-B}\par
\chemfig{A-=^-B}\par
\chemfig{A-=_-B}/
-Dans les cycles, les liaisons doubles sont automatiquement déportées vers la gauche. On peut cependant les déporter vers la droite en le spécifiant avec "\verb-=_-" :
+Dans les cycles, les liaisons doubles sont automatiquement déportées vers la gauche. On peut cependant les déporter vers la droite en le spécifiant avec ``\verb-=_-'' :
\exemple{Liaisons doubles déportées et cycles}/\chemfig{*6(-=-=-=)}\qquad
\chemfig{*6(-=_-=_-=_)}/
-Les liaisons déportées sont particulièrement utiles dans le tracé de formules topologiques de molécules comprenant chaines carbonées avec des liaisons doubles. Elles permettent d'avoir une ligne brisée continue, alors que cette ligne brisée serait discontinue avec les liaisons doubles normales :
+Les liaisons déportées sont particulièrement utiles dans le tracé de formules topologiques de molécules comprenant chaînes carbonées avec des liaisons doubles. Elles permettent d'avoir une ligne brisée continue, alors que cette ligne brisée serait discontinue avec les liaisons doubles normales :
\exemple{Liaisons déportées et formules topologiques}/\chemfig{-[:30]=[:-30]-[:30]=[:-30]-[:30]}\par
\chemfig{-[:30]=^[:-30]-[:30]=^[:-30]-[:30]}\par
\chemfig{-[:30]=_[:-30]-[:30]=_[:-30]-[:30]}/
\section{Liaisons doubles délocalisées}
-Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé\footnote{Merci à Andreas \textsc{Bröermann} qui m'a suggéré cette fonctionnalité et m'a donné la solution à ce problème.}. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, sa librairie ''decorations`` et ses styles programmables ont tout ce qu'il faut pour le rendre possible.
+Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé\footnote{Merci à Andreas \textsc{Bröermann} qui m'a suggéré cette fonctionnalité et m'a donné la solution à ce problème.}. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, sa librairie ``decorations'' et ses styles programmables ont tout ce qu'il faut pour le rendre possible.
-Tout d'abord, après avoir chargé la librairie ''decorations`` en mettant \verb-\usetikzlibrary{decorations}- dans le préambule, il faut définir (lignes 1 à 14) une décoration baptisée ``ddbond`` pour \og Dashed Double Bond\fg puis définir (lignes 15 et 16) deux styles de \TIKZ que l'on appelle ''lddbond`` et ''rddbond``. Pour le premier, le trait pointillé se fera à gauche du trait médian et pour le second à droite. Ces styles peuvent désormais être appelés avec le 5\ieme{} argument optionnel des liaisons :
+Tout d'abord, après avoir chargé la librairie ``decorations'' en mettant \verb-\usetikzlibrary{decorations}- dans le préambule, il faut définir (lignes 1 à 14) une décoration baptisée ``ddbond'' pour \og Dashed Double Bond\fg puis définir (lignes 15 et 16) deux styles de \TIKZ que l'on appelle ``lddbond'' et ``rddbond''. Pour le premier, le trait pointillé se fera à gauche du trait médian et pour le second à droite. Ces styles peuvent désormais être appelés avec le 5\ieme{} argument optionnel des liaisons :
\exemple*{Décorations personnalisées}|\pgfdeclaredecoration{ddbond}{initial}
{
\state{initial}[width=4pt]
@@ -805,21 +1155,35 @@ Pour cela, on dispose de la commande
\centerverb|\definesubmol{<nom>}{<code>}|
\smallskip
-qui sauvegarde le \verb/<code>/ de façon à l'appeler dans le code de la molécule par le raccourci "\verb/!{<nom>}/" : tous les caractères alphanumériques\footnote{En fait, tous les caractères pouvant se trouver entre \texttt{\string\csname} et \texttt{\string\endcsname} sont permis.} sont acceptés pour le \verb/<nom>/. Le \verb/<code>/ peut lui même contenir d'autres alias.
+qui sauvegarde le \verb/<code>/ de façon à l'appeler dans le code de la molécule par le raccourci ``\verb/!{<nom>}/''. Ce \verb-<nom>- peut être :
+\begin{itemize}
+ \item une suite de caractères : tous les caractères alphanumériques pouvant se trouver entre \texttt{\string\csname} et \texttt{\string\endcsname} sont acceptés;
+ \item \nouveau[30pt] une séquence de contrôle.
+\end{itemize}
-On peut également écraser une définition faite au préalable par\label{redefinesubmol}
+Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \verb-\definesubmol-, d'ailleurs, un ``warning'' sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol}
\centerverb|\redefinesubmol{<nom>}{<code>}|
\smallskip
-Voici un code qui dessine la molécule de pentane. On a pris soin auparavant de définir un alias "\verb/xy/" pour le code \verb/CH_2/ :
+Voici un code qui dessine la molécule de pentane. On a pris soin auparavant de définir un alias ``\verb/xy/'' pour le code \verb/CH_2/ :
\exemple{Pentane}|\definesubmol{xy}{CH_2}
\chemfig{H_3C-!{xy}-!{xy}-!{xy}-CH_3}|
-Ici, la manœuvre n'est pas très intéressante puisque "\verb/!{xy}/" est aussi long à taper que le code qu'il remplace.
+Ici, la manœuvre n'est pas très intéressante puisque ``\verb/!{xy}/'' est aussi long à taper que le code qu'il remplace.
+
+Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans le code de la molécule et en améliore la lisibilité. Dans l'exemple suivant, on dessine la molécule développée de butane. Pour cela, on va définir un alias avec la séquence de contrôle ``\verb/\xx/'' pour la sous molécule $\mathrm{CH_2}$. Comme on n'emploie que des angles relatifs, il est possible de faire pivoter la molécule entière de l'angle que l'on veut via l'angle du paramètre optionnel global qui spécifie l'angle par défaut des liaisons de la molécule principale. On met ici 15\degres :
+\exemple{Butane}|\definesubmol\xx{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)}
+\chemfig{[:15]H-!\xx-!\xx-!\xx-!\xx-H}|
-Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans le code de la molécule et en améliore la lisibilité. Dans l'exemple suivant, on dessine la molécule développée de butane. Pour cela, on va définir un alias "\verb/CH2/" pour la sous molécule $\mathrm{CH_2}$. Comme on n'emploie que des angles relatifs, il est possible de faire pivoter la molécule entière de l'angle que l'on veut via l'angle du paramètre optionnel global qui spécifie l'angle par défaut des liaisons de la molécule principale. On met ici 15\degres :
-\exemple{Butane}|\definesubmol{CH2}{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)}
- \chemfig{[:15]H-!{CH2}-!{CH2}-!{CH2}-!{CH2}-H}|
+\nouveau La commande \verb-\definesubmol- admet un argument optionnel et sa syntaxe complète est la suivante :
+\centerverb/\definesubmol{<nom>}[<code1>]{<code2>}/
+\medskip
+
+Dans la cas où l'argument optionnel est présent, l'alias ``\verb-!<nom>-'' sera remplacé par \verb'<code1>' si la liaison qui arrive sur l'alias vient de droite, c'est à dire si l'angle que fait la liaison entrante est compris entre $-90$\degres{} et 90\degres{}, ces valeurs étant non comprises. Pour tous les autres cas où la liaison arrive de gauche ou verticalement, l'alias sera remplacé par \verb-<code2>-.
+
+On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour ``méthyl'' de telle sorte que l'alias ``\verb-!\Me-'' soit remplacé par ``\verb-H_3C-'' lorsque la liaison arrive de droite et par ``\verb-CH_3-'' lorsqu'elle arrive de gauche. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules plus complexes on ne connait même pas) :
+\exemple{Alias dual}/\definesubmol\Me[H_3C]{CH_3}
+\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/
\section{Décorations}
\subsection{Formule de Lewis}\label{lewis}
@@ -835,13 +1199,13 @@ Cette commande peut également être utilisée en dehors de l'argument de \verb-
\chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O})
(=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}|
-Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par "\verb-:-". Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un "\verb-.-". Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un "\verb-|-" :
+Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par ``\verb-:-''. Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un ``\verb-.-''. Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un ``\verb-|-'' :
\exemple{Décorations de Lewis}*\lewis{0:2:4:6:,C}\qquad\lewis{1:3:5:7:,C}\par\bigskip
\lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip
\lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip
Ion oxonuim : \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}*
-Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \verb-\lewis- ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre "Décorations" où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante.
+Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \verb-\lewis- ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre ``Décorations'' où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante.
On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autour des atomes décorés :
\exemple{Boîte englobante et macro \string\lewis}*\fboxsep0pt
@@ -854,7 +1218,7 @@ On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autou
Si un argument est vide, il prend sa valeur par défaut.
\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- est la distance entre la boîte englobant l'atome et la décoration. Elle vaut 1.5pt par défaut;
+ \item \verb-<dim1>- est la distance entre la boîte englobant l'atome et la décoration. Elle vaut 0.4ex par défaut;
\item \verb-<dim2>- est la longueur du trait représentant la paire d'électrons. Elle vaut 1.5ex par défaut;
\item \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Ce code est vide par défaut.
\end{itemize}
@@ -873,7 +1237,7 @@ et
placent le \verb-<matériel>- respectivement au dessus et au dessous du \verb-<code>- à une distance verticale \verb-<dim>-, et cela sans changer la boîte englobante du \verb-<code>-. La dimension \verb-<dim>- vaut 1.5pt par défaut.
-Ces commandes sont indépendantes de lamacro \verb-\chemfig- et peuvent aussi bien être appelées à l'intérieur ou à l'extérieur de son argument.
+Ces commandes sont indépendantes de la macro \verb-\chemfig- et peuvent aussi bien être appelées à l'intérieur ou à l'extérieur de son argument.
On peut les utiliser notamment dans les cycles en prenant soin de mettre des accolades autour des lettres A, B, C et D pour éviter que \CF ne stoppe la lecture de l'atome sur ces lettres :
\exemple{Superposition dans les cycles}|\chemfig{*5(-\chembelow{A}{B}--\chemabove{C}{D}--)}|
@@ -886,7 +1250,7 @@ Pour écrire des réactions chimiques, \CF fournit une commande pour les signes
\label{chemsign}La commande \verb-\chemsign[<dim>]<signe>- écrit le \verb-<signe>-, celui-ci étant entouré de part et d'autre d'un espacement horizontal insécable \verb-<dim>- qui vaut 0.5em par défaut.
-\label{chemrel}La commande \verb-\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<code flèche>}- trace une flèche où les argument optionnels \verb-<arg1>- et \verb-<arg2>- seront placés respectivement au dessus et au dessous de la flèche, sans que sa boîte englobante soit modifiée. Le \verb-<code flèche>- est directement passé à \TIKZ sauf dans le cas où il comporte "\verb/<>/" qui permet de tracer deux flèches l'une au dessus de l'autre.
+\label{chemrel}La commande \verb-\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<code flèche>}- trace une flèche où les argument optionnels \verb-<arg1>- et \verb-<arg2>- seront placés respectivement au dessus et au dessous de la flèche, sans que sa boîte englobante soit modifiée. Le \verb-<code flèche>- est directement passé à \TIKZ sauf dans le cas où il comporte ``\verb/<>/'' qui permet de tracer deux flèches l'une au dessus de l'autre.
\exemple{Types de flèches}*A\chemrel{->}B\par
A\chemrel{<-}B\par
A\chemrel{<->}B\par
@@ -897,7 +1261,7 @@ A\chemrel{->,red,thick}B*
\begin{itemize}
\item \verb-<dim1>- est l'espacement vertical entre la flèche et les textes optionnels écrits au dessus et/ou au dessous. Si cet argument est vide, il prend la valeur 2pt par défaut;
\item \verb-<dim2>- est l'espacement horizontal insécable inséré avant et après la flèche. Si cet argument est vide, il prend sa valeur par défaut de 0,7em;
- \item \verb-<dim3>- ets la longueur de la flèche. Si l'argument est vide, il prend sa valeur par défaut de 4em.
+ \item \verb-<dim3>- est la longueur de la flèche. Si l'argument est vide, il prend sa valeur par défaut de 4em.
\end{itemize}
\exemple{Textes au dessus des flèches}*\setchemrel{1pt}{}{6em}
@@ -924,36 +1288,6 @@ Il est possible d'appeler la commande \verb-\chemfig- à l'intérieur d'un envir
\node[draw,red,anchor=base] at(3,2){\chemfig{X>[2,,,,blue]Y}};
\end{tikzpicture}|
-\section{Alignement vertical}\label{alignement.vertical}
-Dans certains cas de molécules semi développées dont les liaisons sont horizontales, le placement des groupes d'atomes est incorrect.
-
-Un examen attentif de l'exemple suivant révèle que les groupes d'atomes ne sont pas correctement alignés sur la ligne de base :
-\exemple*{Placement horizontal}/\Huge\setatomsep{2em}
-\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
-\chemfig{E_1-F-G-H}/
-
-Il est étonnant que le deuxième atome soit correctement aligné alors que les deux derniers subissent un décalage vertical qui semblent être la conséquence de la hauteur différente de la boîte englobant le premier atome "\verb-A^1-" et "\verb-E_1-".
-
-Pour comprendre ce phénomène, il faut examiner comment \CF place les groupes d'atomes les uns par rapport aux autres. Pour cela, limitons nous aux liaisons horizontales ce qui permet d'employer un vocabulaire particulier, mais l'algorithme est le même pour les autres inclinaisons. En fait, une liaison horizontale part du milieu du côté droit de la boîte englobant l'atome d'où part cette liaison. L'atome d'arrivée est positionné de telle sorte que le milieu du côté gauche de sa boîte englobante soit à l'extrémité de la liaison. Il en découle que le placement vertical de l'atome d'arrivée dépend de l'encombrement vertical de l'atome de départ. Pour limiter ce phénomène, \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \verb-\vphantom- de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \verb-\vphantom- n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants.
-
-On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes "\verb-B-" et "\verb-F-" sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \verb-\vphantom-. Pour les atomes "\verb-C-" et "\verb-F-", la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes "\verb-A^1-" et "\verb-E_1-" est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas.
-
-On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englobantes des atomes où l'on voit clairement que les atomes "\verb-B-" et "\verb-F-" ont des boîtes englobantes dont la hauteur qui tient compte des hauteurs des atomes précédents :
-\bgroup
-\makeatletter
-\def\CF@display@chem#1{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
-\makeatother
-\exemple*{Placement horizontal et boîtes englobantes}/\Huge\setatomsep{2em}
-\fboxsep=0pt
-\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
-\chemfig{E_1-F-G-H}/
-\egroup
-
-Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellement ce problème en plaçant \emph{à l'intérieur} du troisième atome un \verb-\vphantom- ayant la même hauteur que le premier pour que cette hauteur se répercute sur les suivants :
-\exemple*{Coutournement du placement vertical}/\Huge\setatomsep{2em}
-\chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad
-\chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/
-
\section{Au delà de la chimie}\label{style.noeuds}
Intrinsèquement, \CF est un outil pour tracer des graphes, et cet outil a été programmé pour qu'il soit adapté à la chimie. Dans une certaine mesure, il est possible de détourner \CF de son usage premier pour tracer des organigrammes ou autres schémas se ramenant à des graphes.
@@ -983,10 +1317,10 @@ De plus, on mettra en évidence que plusieurs possibilités s'offrent à l'utili
\subsection{L'éthanal}
On va ici dessiner la molécule d'éthanal : \chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}
-La meilleure méthode pour les molécules non cycliques est de choisir la plus longue chaîne. Ici on peut prendre "\verb|H-C-C=O|" par exemple. Il faut incliner la liaison \verb|C=O| de 45\degres{} en utilisant l'angle prédéfini "\verb-[1]-". On obtient la "structure" de la molécule sur laquelle il suffira de rajouter les ramifications :
+La meilleure méthode pour les molécules non cycliques est de choisir la plus longue chaîne. Ici on peut prendre ``\verb|H-C-C=O|'' par exemple. Il faut incliner la liaison \verb|C=O| de 45\degres{} en utilisant l'angle prédéfini ``\verb-[1]-''. On obtient la ``structure'' de la molécule sur laquelle il suffira de rajouter les ramifications :
\exemple{Structure de l'éthanal}|\chemfig{H-C-C=[1]O}|
-Il reste à placer 3 atomes d'hydrogène avec les bonnes inclinaisons à l'aide des angles prédéfinis. Le premier à 90\degres{} avec la ramification "\verb/(-[1]H)/", le second à 270\degres{} avec "\verb/(-[6]H)/" et celui de droite à 315\degres{} avec "\verb/(-[7]H)/" :
+Il reste à placer 3 atomes d'hydrogène avec les bonnes inclinaisons à l'aide des angles prédéfinis. Le premier à 90\degres{} avec la ramification ``\verb/(-[1]H)/'', le second à 270\degres{} avec ``\verb/(-[6]H)/'' et celui de droite à 315\degres{} avec ``\verb/(-[7]H)/'' :
\exemple{Ethanal}|\chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}|
\subsection{L'acide 2-amino-4-oxohexanoïque}
@@ -995,10 +1329,10 @@ Voici la molécule à dessiner : \chemfig{-[::+30]-[::-60](=[:-90]O)-[::+60]-[::
Il existe ---~comme c'est le souvent cas pour la plupart des molécules~--- plusieurs méthodes, et pour chacune, plusieurs façons différentes d'arriver au résultat. Ici, nous allons examiner 4 méthodes différentes.
\subsubsection{Angles absolus}
-On va tout d'abord tracer la chaîne médiane avec des angles absolus. On règle l'angle par défaut à $+30\degres$ avec l'argument optionnel, ainsi seules les liaisons "descendantes" auront besoin que l'on spécifie leur angle absolu de $-30\degres$ :
+On va tout d'abord tracer la chaîne médiane avec des angles absolus. On règle l'angle par défaut à $+30\degres$ avec l'argument optionnel, ainsi seules les liaisons ``descendantes'' auront besoin que l'on spécifie leur angle absolu de $-30\degres$ :
\exemple{Structure (angles absolus)}|\chemfig{[:30]--[:-30]--[:-30]--[:-30]OH}|
-Il reste à ajouter les ramifications "\verb/(=[6]O)/", "\verb/(-[6]NH_2)/" et "\verb/(=[2]O)/" sur les bons sommets :
+Il reste à ajouter les ramifications ``\verb/(=[6]O)/'', ``\verb/(-[6]NH_2)/'' et ``\verb/(=[2]O)/'' sur les bons sommets :
\exemple{Molécule (angles absolus)}|\chemfig{[:30]--[:-30](=[6]O)--[:-30](-[6]NH_2)-(=[2]O)-[:-30]OH}|
\subsubsection{Angles relatifs}
@@ -1044,10 +1378,10 @@ Le but est d'obtenir la molécule ci dessous :
\definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)}
\chemfig{[2]OH-[3]-!x-!x-!y-!x-=[1]O}
\end{center}
-L'idée est de commencer à dessiner la plus longue chaîne verticale en indiquant un angle "\verb-[2]-" par défaut. Voici la structure où l'on met volontairement des lettres minuscules au bout de chaque liaison verticale :
+L'idée est de commencer à dessiner la plus longue chaîne verticale en indiquant un angle ``\verb-[2]-'' par défaut. Voici la structure où l'on met volontairement des lettres minuscules au bout de chaque liaison verticale :
\exemple{Structure}|\chemfig{[2]OH-[3]-a-b-c-d-=[1]O}|
-Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui les termineront. Prenons "\verb-x-" que nous mettrons à la place des minuscules a, c et d et "\verb-y-" qui prendra la place de la lettre c. Comme les alias ne comportent qu'un seul caractère, on peut se passer d'accolade et écrire "\verb-!x-" au lieu de "\verb-!{x}-" :
+Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui les termineront. Prenons ``\verb-x-'' que nous mettrons à la place des minuscules a, c et d et ``\verb-y-'' qui prendra la place de la lettre c. Comme les alias ne comportent qu'un seul caractère, on peut se passer d'accolade et écrire ``\verb-!x-'' au lieu de ``\verb-!{x}-'' :
\exemple{Glucose (projection de Fisher)}|\definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)}
\definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)}
\chemfig{[2]OH-[3]-!x-!x-!y-!x-=[1]O}|
@@ -1056,7 +1390,7 @@ Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui
On va représenter cette molécule d'$\alpha$-D-glucose :
\chemfig{?(-[:190]OH)-[:-50](-[:170]OH)-[:10](-[:-55,0.7]OH)-[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)}
-Pour cela, on va tout d'abord tracer 5 côtés de la chaise et relier le premier sommet au dernier avec un crochet "\verb-?-". On adopte les angles absolus suivants, donnés dans l'ordre de parcourt trigonométrique : $-50\degres$, $10\degres$, $-10\degres$, $130\degres$, $190\degres$.
+Pour cela, on va tout d'abord tracer 5 côtés de la chaise et relier le premier sommet au dernier avec un crochet ``\verb-?-''. On adopte les angles absolus suivants, donnés dans l'ordre de parcourt trigonométrique : $-50\degres$, $10\degres$, $-10\degres$, $130\degres$, $190\degres$.
\exemple{Structure}|
\chemfig{?-[:-50]-[:10]-[:-10]-[:130]O-[:190]?}|
@@ -1069,9 +1403,9 @@ Le but est de représenter cette molécule de D-glucopyranose :
{\setcrambond{2pt}{}{}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}}
-Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe "HO" de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe "HO", il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel sera donc "\verb/[2,0.5,2]/".
+Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe ``HO'' de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe ``HO'', il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel sera donc ``\verb/[2,0.5,2]/''.
-Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc "\verb/[0,,,,line width=2pt]/". Voici la structure de la molécule :
+Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc ``\verb/[0,,,,line width=2pt]/''. Voici la structure de la molécule :
\exemple{Structure}|\setcrambond{2pt}{}{}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7]-[,,,,
line width=2pt]>[1,0.7]-[3,0.7]O-[4]?}|
@@ -1096,7 +1430,7 @@ Il faut maintenant compléter la ramification de droite en utilisant, par exempl
\exemple[60]{Adrénaline, étape 2}|\chemfig{*6((-HO)-=-(--[::-60]-[::-60]
HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}|
-Puis, il faut rajouter la liaison de Cram vers \verb-OH- et spécifier que la liaison qui arrive sur "\verb-NH-" le fait sur le second atome "N". Nous utilisons le 4\ieme{} argument optionnel de la liaison :
+Puis, il faut rajouter la liaison de Cram vers \verb-OH- et spécifier que la liaison qui arrive sur ``\verb-NH-'' le fait sur le second atome ``N''. Nous utilisons le 4\ieme{} argument optionnel de la liaison :
\exemple[60]{Adrénaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-(<[::60]OH)-[::-60]-[::-60,,,2]
HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}|
@@ -1106,7 +1440,7 @@ Cette méthode est moins naturelle, mais le but est ici d'expliquer comment rend
On pourrait améliorer ce code en considérant que le dessin de la molécule d'adrénaline est constitué de deux 6-cycles accolés l'un à l'autre :
\exemple[60]{Adrénaline, structure 2 cycles}|\chemfig{*6((-HO)-=*6(--HN---)-=-(-HO)=)}|
-Il faut donc rendre invisible les deux premières liaisons du cycle de droite. Pour cela, on se sert de l'argument qui est passé à \TIKZ en spécifiant "\verb-draw=none-". Ces liaisons ont donc ce code : "\verb/-[,,,,,draw=none]/". Pour que le code reste lisible, on définit un alias nommé "\verb-&-" pour ces liaisons :
+Il faut donc rendre invisible les deux premières liaisons du cycle de droite. Pour cela, on se sert de l'argument qui est passé à \TIKZ en spécifiant ``\verb-draw=none-''. Ces liaisons ont donc ce code : ``\verb/-[,,,,,draw=none]/''. Pour que le code reste lisible, on définit un alias nommé ``\verb-&-'' pour ces liaisons :
\exemple[60]{Adrénaline, étape 2}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN---)-=-(-HO)=)}|
@@ -1114,7 +1448,7 @@ Le reste devient facile, il suffit d'ajouter les ramification aux bons sommets :
\exemple[60]{Adrénaline, étape 3}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN(-CH_3)--(<OH)-)-=-(-HO)=)}|
-Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de "\verb-HN-" doivent le faire sur deuxième atome. On définit donc un autre alias pour la liaison invisible qui arrive sur "\verb-HN-" :
+Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de ``\verb-HN-'' doivent le faire sur deuxième atome. On définit donc un autre alias pour la liaison invisible qui arrive sur ``\verb-HN-'' :
\exemple[60]{Adrénaline}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\definesubmol{&&}{-[,,,2,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!{&&}HN(-CH_3)-[,,2]-(<OH)-)-=-(-HO)=)}|
@@ -1126,13 +1460,13 @@ Nous allons dessiner la molécule de guanine :
Tout d'abord, commençons par dessiner les cycles imbriqués en mettant seulement les atomes d'azote aux sommets :
\exemple{Guanine, structure}|\chemfig{*6(=N-*6(-N-=N)=--N-)}|
-Puis nous allons tracer la liaison horizontale dans le cycle de droite avec un crochet. Nous allons aussi positionner un atome d'hydrogène sous l'atome d'azote du 5-cycle avec la commande \verb-\chembelow{N}{H}-. Il faut aussi écrire "\verb-HN-" au lieu de "\verb-N-" au sommet en haut à gauche de la molécule :
+Puis nous allons tracer la liaison horizontale dans le cycle de droite avec un crochet. Nous allons aussi positionner un atome d'hydrogène sous l'atome d'azote du 5-cycle avec la commande \verb-\chembelow{N}{H}-. Il faut aussi écrire ``\verb-HN-'' au lieu de ``\verb-N-'' au sommet en haut à gauche de la molécule :
\exemple{Guanine, étape 2}|\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?--HN-)}|
-On constate qu'une liaison part du mauvais atome\footnote{Ceci semble illogique puisque l'angle de la liaison du groupe \texttt{HN} vers le premier sommet du 6-cycle est comprise entre $-90\degres$ et $90\degres$; \CF devrait donc partir du 2\ieme{} atome. Pour expliquer cette contradiction, il faut savoir que dans les cycles, la dernière liaison relie toujours le dernier sommet au premier sommet en ignorant l'angle \emph{calculé théorique} de cette liaison (qui est ici de $-90\degres{}$). \CF utilise cet angle théorique pour déterminer les atomes de départ et d'arrivée, mais ne s'en sert pas pour tracer la liaison puisque les deux extrémités sont déjà définies. L'atome de départ de la dernière liaison est donc le \no1.} ! Il faut corriger le mécanisme de calcul automatique pour que la liaison parte du 2\ieme{} atome "\verb-N-" au lieu du premier. Pour cela, on spécifie un argument optionnel pour la dernière liaison du premier 6-cycle "\verb-[,,2]-" :
+On constate qu'une liaison part du mauvais atome\footnote{Ceci semble illogique puisque l'angle de la liaison du groupe \texttt{HN} vers le premier sommet du 6-cycle est comprise entre $-90\degres$ et $90\degres$; \CF devrait donc partir du 2\ieme{} atome. Pour expliquer cette contradiction, il faut savoir que dans les cycles, la dernière liaison relie toujours le dernier sommet au premier sommet en ignorant l'angle \emph{calculé théorique} de cette liaison (qui est ici de $-90\degres{}$). \CF utilise cet angle théorique pour déterminer les atomes de départ et d'arrivée, mais ne s'en sert pas pour tracer la liaison puisque les deux extrémités sont déjà définies. L'atome de départ de la dernière liaison est donc le \no1.} ! Il faut corriger le mécanisme de calcul automatique pour que la liaison parte du 2\ieme{} atome ``\verb-N-'' au lieu du premier. Pour cela, on spécifie un argument optionnel pour la dernière liaison du premier 6-cycle ``\verb-[,,2]-'' :
\exemple{Guanine, étape 3}|\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?--HN-[,,2])}|
-Il suffit de rajouter les ramifications aux bons sommets. On peut notamment remarquer la ramification qui part du premier sommet du premier 6-cycle "\verb/(-H_2N)/" :
+Il suffit de rajouter les ramifications aux bons sommets. On peut notamment remarquer la ramification qui part du premier sommet du premier 6-cycle ``\verb/(-H_2N)/'' :
\exemple{Guanine}|\chemfig{*6((-H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=O)-HN-[,,2])}|
On aurait aussi pu dessiner cette même molécule avec un 5-cycle \emph{régulier}, comme cela se fait parfois :
@@ -1146,10 +1480,11 @@ Les commandes créées par \CF sont :
\verb-\chemfig<code>-&dessine la molécule dont le dessin est décrit par le \verb-<code>-\\
\verb-\printatom- & cette macro affiche les atomes dans les molécules. Elle peut être redéfinie pour personnaliser l'affichage, voir~\pageref{perso.affichage}\\
\verb-\setnodestyle{<style tikz>}-& à l'aide de la syntaxe de \TIKZ, cette macro définit le style de nœuds contenant les atomes, voir~\pageref{style.noeuds}\\
-\verb-\definesubmol{<nom>}{<code>}- & créé un alias \verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \verb-<code>-. Voir page~\pageref{definesubmol}\\
+\verb-\definesubmol{<nom>}[code1]{<code2>}- & créé un alias \verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \verb-<code1>- ou le \verb-<code2>- selon l'inclinaison de la dernière liaison. Voir page~\pageref{definesubmol}\\
+\verb-\chemskipalign- & Ignore le groupe d'atomes en cours pour le mécanisme d'alignement vertical. Voir page~\pageref{chemskipalign}.\\
\verb-\redefinesubmol{<nom>}{<code>}- & remplace l'alias déjà existant \verb-!<nom>- par le nouveau \verb-<code>-. Voir page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline
&\\
-\verb-\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & règle les dimensions des triangles représentrant les liaisons de Cram : \verb-<dim1>- est la largeur de la base, \verb-<dim2>- est l'espacement entre les pointillés et \verb-<dim3>- est la largeur des pointillés. Voir page~\pageref{setcrambond}\\
+\verb-\setcrambond{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & règle les dimensions des triangles représentant les liaisons de Cram : \verb-<dim1>- est la largeur de la base, \verb-<dim2>- est l'espacement entre les pointillés et \verb-<dim3>- est la largeur des pointillés. Voir page~\pageref{setcrambond}\\
\verb-\setatomsep{<dim>}>- & règle la distance interatome. Voir page~\pageref{setatomsep}\\
\verb-\setbondoffset{<dim>}- & règle l'espacement entre les atomes liés et la liaison. Voir page~\pageref{setbondoffset}\\
\verb-\setdoublesep{<dim>}- & règle l'espacement entre les deux traits d'une double liaison. Voir page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline
@@ -1157,12 +1492,15 @@ Les commandes créées par \CF sont :
\verb-\lewis{<codes>,<atome>}- & affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Les décorations dessinées ne modifient pas la boîte englobante de l'\verb-<atome>-. Voir page~\pageref{lewis}\\
\verb-\setlewis{<dim1>}{<dim2>}{<code tikz>}- & règle les décoration de Lewis; \verb-<dim1>- est la distance entre l'atome et la décoration, \verb-<dim2>- est la longueur du trait représentant la paire d'électrons et \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Voir page~\pageref{setlewis}\\[2ex]\hline
&\\
+\verb-\chemmove[<options tikz>]<code tikz>- & Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère ``\verb-@-''. Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\
\verb-\chemsign[<dim>]<signe>- & affiche le \verb-<signe>- en plaçant avant et après un espace insécable de longueur \verb-<dim>-. Voir page~\pageref{chemsign}\\
\verb-\chemrel[<txt1>][<txt2>]{<code fleche>}- & affiche une flèche décrite par son \verb-<code fleche>- en positionnant les textes optionnels \verb-<txt1>- et \verb-<txt2>- respectivement au dessus et au dessous de la flèche. Voir page~\pageref{chemrel}\\
\verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & règle les dimensions des flèches dessinées avec la commande \verb-\chemrel- : \verb-<dim1>- est l'espacement vertical entre la flèche et les textes optionnels, \verb-<dim2>- est l'espacement horizontal insécable inséré avant et après la flèche et \verb-<dim3>- est la longueur de la flèche. Voir page~\pageref{setchemrel}\\[2ex]\hline
&\\
\verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\
-\verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\\hline
+\verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\
+\verb-\chemname[<dim>]{<molécule>}{<nom>}- & Affiche le \verb-<nom>- sous la \verb-<molécule>-\\
+\verb-\chemnameinit- & Initialise la plus grande profondeur des molécules rencontrées pour avoir un alignement correct de leurs noms\\\hline
\end{tabular}
\end{center}
\newpage
@@ -1170,20 +1508,13 @@ Les commandes créées par \CF sont :
\part{Galerie}
Ce manuel s'achève avec des dessins de molécules plus ou moins complexes.
-L'utilisateur curieux pourra s'intéresser au \verb-<code>- de chaque molécule, bien que celui-ci devienne parfois rebutant lorsqu'elles deviennent complexes. En effet, au delà d'un certain niveau de complexité, bien qu'il soit est assez facile d'écrire un \verb-<code>- pour dessiner une molécule, il est assez ardu de relire ce \verb-<code>- pour l'analyser à postériori. On atteint rapidement les limites de la lisibilité immédiate du code d'un dessin complexe.
+L'utilisateur curieux pourra s'intéresser au \verb-<code>- de chaque molécule, bien que celui-ci devienne parfois rebutant lorsqu'elles deviennent complexes. En effet, au delà d'un certain niveau de complexité, bien qu'il soit est assez facile d'écrire un \verb-<code>- pour dessiner une molécule, il est assez ardu de relire ce \verb-<code>- pour l'analyser a posteriori. On atteint rapidement les limites de la lisibilité immédiate du code d'un dessin complexe.
-Quoi qu'il en soit, j'espère que cette extension aidera tous les utilisateurs de \LaTeX{} qui souhaitent dessiner des molécules chimiques. Compte tenu de la jeunesse de cette extension, j'espère que vous serez indulgent quant aux bugs rencontrés et m'enverrez un \href{mailto:unbonpetit@gmail.com}{\texttt{\textbf{email}}} pour me signaler tout dysfonctionnement ou toute proposition d'amélioration.\nobreak
+Quoi qu'il en soit, j'espère que cette extension aidera tous les utilisateurs de \LaTeX{} qui souhaitent dessiner des molécules chimiques. Compte tenu de la jeunesse de cette extension, j'espère que vous serez indulgent quant aux bugs rencontrés. Un \href{mailto:unbonpetit@gmail.com}{\texttt{\textbf{email}}} pour me signaler tout dysfonctionnement ou toute proposition d'amélioration sera bienvenu.\nobreak
\hfill Christian \textsc{Tellechea}
\bigskip
-TODO list :
-\begin{itemize}
- \item permettre à l'utilisteur de spécifier, s'il le veut pour une liaison, la distance $\delta$ (voir page~\pageref{longueur.liaison}) entre les extrémités de cette liaison et les boîtes englobantes des atomes qu'elle relie. Une idée de syntaxe serait d'utiliser le caractère "\verb-#-" :\par\smallskip
- \hfill\verb-<atome><caractères liaison>-{\color{red}\verb-#(dim1,dim2)-}\verb-[<argument optionnel>]<atome>-\hfill\null\par\smallskip
- où la \verb-<dim1>- et la \verb-<dim2>- seraient les dimensions $\delta$ du début et de la fin de la liaison;
- \item ajouter la représentation de Newman aux fonctionnalités de \CF.
-\end{itemize}
\begin{center}
\parskip0pt
$\star$\par
@@ -1204,7 +1535,6 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{2-méthylpropanoate de méthyl}/\chemfig{H_3C-CH_2(-[2]CH_3)-C(=[1]O)-[7]O-CH_3}/
-
\exemple*{La vanilline}/\chemfig{HC*6(-C(-OH)=C(-O-[::-60]CH_3)-CH=C(-[,,,2]HC=[::-60]O)-HC=[,,2])} \quad ou \quad
\chemfig{*6(-(-OH)=(-OCH_3)-=(-=[::-60]O)-=)}/
@@ -1233,7 +1563,7 @@ $\star\quad\star$
\chemfig{O(!{c1}(!{csub}O(!{c1}(!{csub}OH)!{c2}))!{c2})-[:-30](-[:-90]CN)-[:30]*6(=-=-=-)}/
\exemple*{Adénosine triphosphate}/\setcrambond{3pt}{}{}
-\definesubmol{a}{-P(=[::-90]O)(-[::90]HO)-}
+\definesubmol{a}{-P(=[::-90,0.75]O)(-[::90,0.75]HO)-}
\chemfig{[:-54]*5((--[::60]O([::-60]!aO([::-60]!aO([::60]!aHO))))<(-OH)
-[,,,,line width=2pt](-OH)>(-N*5(-=N-*6(-(-NH_2)=N-=N-)=_-))-O-)}/
@@ -1270,9 +1600,177 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Synthèse de Fischer de l'indole}/\chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)}
\chemsign+
\chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1}
-\chemrel[$\mathrm{H^+}$]{->}
+\chemrel[$\mathrm{H^+}$]{-stealth}
\chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}/
+\exemple*{Mécanisme réactionnel : groupement carbonyle}/
+\chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}}
+\chemrel{<>}
+\chemfig{\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}([3]-)([5]-)-\chemabove
+ {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}}
+\chemmove{\draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/
+
+\exemple*{Mécanismes réactionnels : dérivés nitrés}/
+\chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2}
+ \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})}
+\chemrel{<->}
+\chemfig{R-\chemabove{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]-\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})([7]=O)}
+\chemmove{
+ \draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:5mm)..(atoo1);
+ \draw[->,shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb);
+}/
+
+\exemple*{Addition nucléophile. Amines primaires}/\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2}
+\chemsign{+}
+\chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O}
+\hspace{1cm}
+\chemfig{@{atoo2}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
+\chemmove[-stealth,shorten <=3pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten >=2pt](aton) ..controls +(up:10mm) and +(left:5mm)..(atoc);
+ \draw[shorten >=8pt](atoo1) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoo2);}
+\chemrel[\tiny addition]{<>}
+\chemfig{R-@{aton}\chembelow{N}{\scriptstyle\oplus}H([2]-[@{sb}]H)-C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-OH}
+\par
+\chemmove{
+ \draw[-stealth,dash pattern= on 1pt off 1pt,shorten <=3pt, shorten >=2pt]
+ (sb)..controls +(left:5mm) and +(135:2mm)..(aton);}
+\chemrel{<>}
+\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo}
+\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[1]H)(-[7]H)}
+\chemmove[-stealth,shorten <=3pt,shorten >=2pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw(aton) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(sb);
+ \draw(sbh) ..controls +(left:5mm) and +(south west:5mm)..(aton);
+ \draw(sbo) ..controls +(up:5mm) and +(north west:5mm)..(atoo);}
+\chemrel[\tiny élimination]{<>}
+\chemfig{R-N=C(-[1]CH_3)(-[7]CH_3)}
+\chemsign{+}
+\chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}/
+
+\exemple*{Mécanismes réactionnels de la chloration}/\scriptsize
+\setbondoffset{1pt}\setatomsep{2em}
+\chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}
+\chemsign{+}
+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)}
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{*6((-O-[:150](=[2]O)-[:-150](=[6]O)-[:150]Cl)=-=-=-)}
+\chemsign{+}
+\chemfig{HCl}
+\par
+\chemfig{*6(-=*6(-O-*6(-@{o2}(=[@{o3}]@{o4}O)-Cl)=)-=-=)}
+\chemsign{+}
+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh2}OH)-=)}
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\lewis{6.,O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)}
+\kern-3em \chemrel{-stealth}
+\chemfig{[:30]*6(=-(-O-[:-60](=O)-[:-120](=[4]O)-[:-60]O-*6(=-=-=-))=-=-)}
+\kern-3em \chemsign{+}
+\chemfig{HCl}
+\chemmove[line width=0.2pt,-stealth,dash pattern = on 2pt off 1pt]{
+ \draw[shorten <=2pt](a1)..controls+(200:5mm)and+(200:5mm)..(a2);
+ \draw[shorten >=2pt](oh1.west)..controls+(180:15mm)and+(60:5mm)..(a0);
+ \draw[shorten <=6pt,shorten >=2pt](o1)..controls+(270:5mm)and+(270:5mm)..(o0);
+ \draw[shorten <=2pt](cl0)..controls+(150:5mm)and+(150:5mm)..(cl1.150);
+ \draw[shorten <=2pt](o3)..controls +(30:3mm) and +(30:5mm)..(o4.east);
+ \draw[shorten >=2pt](oh2.135).. controls +(150:10mm) and +(90:10mm).. (o2);
+ \draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5);
+ \draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/
+
+\exemple*{Cannizzaro}/\chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)}
+\chemrel[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]{-stealth}
+\chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten <=8pt](atoo2) ..controls +(up:10mm) and +(up:10mm)..(atoc);
+ \draw[shorten <=2pt](db) ..controls +(left:5mm) and +(west:5mm)..(atoo1);}
+\chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([6]-[@{sb1}]@{atoo1}\chembelow{O}{\scriptstyle\ominus})([2]-OH)-[@{sb2}]H)-=-)}
+\hspace{1cm}
+\chemfig{[:-30]*6((-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo2}O)-[2]H)-=-=-=)}
+\chemmove[-stealth,shorten <=2pt,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw([yshift=-4pt]atoo1.270) ..controls +(0:5mm) and +(right:10mm)..(sb1);
+ \draw(sb2) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoc);
+ \draw(db) ..controls +(right:5mm) and +(east:5mm)..(atoo2);}
+\vspace{1cm}
+\par
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([1]-@{atoo2}O-[@{sb}0]@{atoh}H)([6]=O))-=-)} \hspace{1cm}
+\chemfig{[:-30]*6((-C(-[5]H)(-[7]H)-[2]@{atoo1}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})-=-=-=)}
+\chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten <=7pt](atoo1.90) ..controls +(+90:8mm) and +(up:10mm)..(atoh);
+ \draw[shorten <=2pt](sb) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo2);}/
+
+\begingroup
+\catcode`;=12
+\exemple*{Réarrangement de Beckmann}/
+\setbondoffset{1pt}
+\setatomsep{2.5em}
+\chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
+\kern-1em
+\chemrel[\chemfig{\chemabove{H}{\kern10pt\scriptstyle\oplus}}]{<>}
+\kern-0.5em
+\chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}H_2}
+\chemmove[red,-stealth,red,shorten <=2pt]{
+ \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1);
+ \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180);
+}
+\kern-1.5em
+\chemrel[\chemfig{{-}H_2O}]{<>}
+$\left[\begin{tabular}{c}
+ \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}\\
+ \tikz\draw[stealth-stealth](0,3mm)--(0,-3mm);\\
+ \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R}
+\end{tabular}\right]$
+\chemrel[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]{<>}\par
+\chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{
+ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);
+}
+\chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)}
+\chemrel[\chemfig{{-}\chemabove{H}{\kern10pt\scriptstyle\oplus}}]{<>}
+\chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}
+\chemrel{-stealth}
+\chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}
+/
+\endgroup
+
+\exemple*{Sulfonation de la naphtalène}/\newcommand\putchemnode[1]{\begin{tikzpicture}[remember picture]\node(##1){};\end{tikzpicture}}
+\definesubmol\cycleoplus{-[,0.25,,,draw=none]\oplus}
+\definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH}
+\footnotesize
+\setatomsep{2.5em}
+\begin{tabular}{ll}
+&\putchemnode{l1}\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(!\cycleoplus)-(-SO_3H)-)=-=-)}}{Ion 1-arenium}
+\chemrel{-stealth}
+\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=(-!{so2oh})-)=-=-)}}{Acide 1-naphthalenesulfonique}\\
+\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}
+\chemsign{+}
+\chemfig{H_2SO_4}\putchemnode{a}\kern1cm&\\[-5ex]
+&\putchemnode{l2}\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-SO_3H)-(!\cycleoplus)-)=-=-)}}{Ion 2-arenium}\kern-3em
+\chemrel{-stealth}
+\chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-!{so2oh})=-)=-=-)}}{Acide 2-naphthalenesulfonique}
+\end{tabular}
+\chemmove[-stealth,yshift=1cm]{
+ \draw(a)--node[sloped,above]{80\degre C}(l1);\draw(a)--node[sloped,above]{160\degre C}(l2);}/
+
+\begingroup\catcode`;12
+\exemple*{Schéma explicatif}/\parbox{0.8\linewidth}{
+\hspace{10em}
+\tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attaques\\nucléophiles}};\par
+\vspace{2ex}\hspace{15em}
+\chemfig{R^2-(-[:-60]@{m3}H)-[:60]@{m0}(-[:120]R^1)(-[1,0.25,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta+)
+ =[@{m1}]@{m2}\lewis{1:7:,O}-[1,0.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta{-}}
+\hspace{5em}
+\chemname[-15ex]{}{\tikz[remember picture]\node(n1){};Réactions d'addition}\kern1em
+\chemname{}{\tikz[remember picture]\node(n2){};Propriétés basiques}\par
+\vspace{6ex}\hspace{8em}
+\chemname{}{Propriétés acides des atomes\tikz[remember picture]\node(n3){};
+ \\d'hydrogène en position $\alpha$}
+\chemmove[-stealth,line width=0.8pt,green!60!black!70]{
+ \draw[shorten >=2pt](n0)..controls+(270:4em)and+(180:2em)..(m0);
+ \draw[shorten >=8pt](n1)..controls+(180:2em)and+(60:2em)..(m1);
+ \draw[shorten >=5pt](n2)..controls+(180:2em)and+(270:2em)..([xshift=3pt]m2.315);
+ \draw[shorten >=2pt](n3)..controls+(0:2em)and+(270:2em)..(m3);
+}}/
+\endgroup
+
\exemple*{Cristallographie}/\newcommand\disk{\tikz\draw[fill=black,overlay](0,0)circle(2pt);}
\setatomsep{20pt}
\renewcommand\printatom[1]{##1}
diff --git a/Master/texmf-dist/tex/latex/chemfig/chemfig.sty b/Master/texmf-dist/tex/latex/chemfig/chemfig.sty
index 4931fe7f2cc..97aedb5067a 100644
--- a/Master/texmf-dist/tex/latex/chemfig/chemfig.sty
+++ b/Master/texmf-dist/tex/latex/chemfig/chemfig.sty
@@ -1,9 +1,9 @@
% __________________________________________________________________
% | |
% | |
-% | chemfig v0.2 |
+% | chemfig v0.3 |
% | |
-% | August 31, 2010 |
+% | November 21, 2010 |
% | |
% |__________________________________________________________________|
%
@@ -28,7 +28,7 @@
% of this license or (at your option) any later version.
% The latest version of this license is in
%
-% http://www.latex-project.org/lppl.txt
+% % http://www.latex-project.org/lppl.txt
%
% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX
% version 2005/12/01 or later.
@@ -37,10 +37,10 @@
%
% The Current Maintainer of this work is Christian Tellechea
% --------------------------------------------------------------------
-\newcommand*\CF@ver {0.2}
-\newcommand*\CF@date {2010/08/31}
-\newcommand*\CF@fr@date {31 ao\^ut 2010}
-\newcommand*\CF@en@date {August 31, 2010}
+\newcommand*\CF@ver {0.3}
+\newcommand*\CF@date {2010/11/21}
+\newcommand*\CF@fr@date {21 novembre 2010}
+\newcommand*\CF@en@date {November 21, 2010}
\newcommand*\CF@package@name{chemfig}
\ProvidesPackage\CF@package@name[\CF@date\space v\CF@ver\space Draw molecule with an easy syntax]
@@ -54,6 +54,7 @@
\newif\ifCF@incycle
\newif\ifCF@cyclearc
+\newif\if@CF@definesubmol
\newdimen\CF@dimax
\newdimen\CF@dimbx
@@ -63,12 +64,20 @@
\newbox\CF@lewis@box
\newbox\CF@box@boxa
\newbox\CF@box@boxb
+\newbox\CF@stuff@box
\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}
-\def\CF@empty@node{{}}
+\newcommand\CF@node@content{\expandafter\printatom\expandafter{\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\CF@node@strut}}
-\newcommand*\CF@global@let{\global\let}
+\newcommand\chemskipalign{%
+ \ifx\CF@bond@outcontentsaved\@empty% sauf si un \chemskipalign a été fait à l'atome précédent
+ \global\let\CF@bond@outcontentsaved\CF@bond@outcontent% sauvegarder l'atome d'où vient la liaison
+ \fi
+ \let\CF@node@strut\@empty
+}
+
+\def\CF@empty@node{{}}
\expandafter\let\expandafter\CF@char@triplebond\string~
@@ -80,29 +89,65 @@
\ifx\@empty#3\@empty\def\CF@cram@dashsep{2pt}\else\def\CF@cram@dashsep{#3}\fi}
\setcrambond{}{}{}
-\newcommand*\setatomsep[1]{\def\CF@atom@sep{#1}}% espacement des atomes liés
+\newcommand*\setatomsep{\def\CF@atom@sep}% espacement des atomes liés
\setatomsep{}
-\newcommand*\setbondoffset[1]{\def\CF@bond@offset{#1}}% offset des liaisons
+\newcommand*\setbondoffset{\def\CF@bond@offset}% offset des liaisons
\setbondoffset{2pt}
-\newcommand*\setdoublesep[1]{\def\CF@double@sep{#1}}
+\newcommand*\setdoublesep{\def\CF@double@sep}
\setdoublesep{2pt}
\newcommand*\CF@read@manual{Please, read the manual.}
-\newcommand*\definesubmol[2]{% #1 est le nom, #2 est le code
- \ifcsname CF@@#1\endcsname
- \PackageWarning\CF@package@name{The submol "#1" already defined\MessageBreak I redefined it instead.}%
- \fi
- \expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname{#2}%
-}
+\newcommand*\definesubmol{\@CF@definesubmoltrue\CF@def@submol}
+\newcommand*\redefinesubmol{\@CF@definesubmolfalse\CF@def@submol}
-\newcommand*\redefinesubmol[2]{%
- \unless\ifcsname CF@@#1\endcsname
- \PackageWarning\CF@package@name{The submol "#1" cannot be redefined\MessageBreak I defined it instead.}%
+\newcommand*\CF@def@submol[1]{\@ifnextchar[{\CF@def@submol@i{#1}}{\CF@def@submol@i{#1}[]}}
+
+\def\CF@def@submol@i#1[#2]#3%
+{% #1 nom, #2 = code si liaison arrive de droite , #3 = code si liaison arrive de gauche
+ \ifcat\relax\expandafter\noexpand\@car#1\@nil% si #1 est une séquence de contrôle
+ \expandafter\ifdefined\@car#1\@nil
+ \if@CF@definesubmol\PackageWarning\CF@package@name{The macro \expandafter\string\@car#1\@nil\space is already defined, the previous definition is lost.}\fi
+ \fi
+ \ifx\@empty#2\@empty
+ \expandafter\def\@car#1\@nil{\@empty#3}%
+ \else
+ \expandafter\def\@car#1\@nil{%
+ \romannumeral
+ \ifdim\CF@current@angle pt>90pt
+ \ifdim\CF@current@angle pt<270pt
+ \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo
+ \else
+ \expandafter\expandafter\expandafter\@secondoftwo
+ \fi
+ \else
+ \expandafter\@secondoftwo
+ \fi
+ {\z@#2}{\z@#3}}%
+ \fi
+ \else
+ \ifcsname CF@@#1\endcsname
+ \if@CF@definesubmol\PackageWarning\CF@package@name{The submol "#1" is already defined, the previous definition is lost.}\fi
+ \fi
+ \ifx\@empty#2\@empty
+ \expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname{\@empty#3}%\@empty car sera 1-développé lorsque rencontrée
+ \else
+ \expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname{%
+ \romannumeral% donnera le développement souhaité en 1 coup
+ \ifdim\CF@current@angle pt>90pt
+ \ifdim\CF@current@angle pt<270pt
+ \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo
+ \else
+ \expandafter\expandafter\expandafter\@secondoftwo
+ \fi
+ \else
+ \expandafter\@secondoftwo
+ \fi
+ {\z@#2}{\z@#3}}%
+ \fi
\fi
- \expandafter\def\csname CF@@#1\endcsname{#2}%
}
\newcommand*\CF@if@integer[1]{%
@@ -120,6 +165,20 @@
\def\CF@gobble@tonil#1\@nil{}
+\newcommand*\CF@expafterarg@ntimes[3][1]{%
+ \CF@expafterarg@ntimes@i{#1}{#3}%
+ \expandafter\CF@swap@arg\expandafter{\CF@tmp@str}{#2}%
+}
+
+\newcommand*\CF@expafterarg@ntimes@i[2]{%
+ \ifnum#1=\z@
+ \def\CF@tmp@str{#2}%
+ \else
+ \CF@swap@fi
+ \expandafter\CF@expafterarg@ntimes@i\expandafter{\number\numexpr#1-1\expandafter}\expandafter{#2}%
+ \fi
+}
+
\newcommand*\CF@swap@arg[2]{#2{#1}}
\newcommand*\CF@expand@second[2]{\expandafter\CF@swap@arg\expandafter{#2}{#1}}
@@ -129,7 +188,7 @@
\newcommand*\CF@expand@afterfirst[2]{\expandafter\CF@swap@two\expandafter{#2}{#1}}
\newcommand*\CF@edef@second[2]{%
- \begingroup\edef\CF@tmp@str{#2}\expandafter\endgroup
+ \edef\CF@tmp@str{#2}%
\expandafter\CF@swap@two\expandafter{\CF@tmp@str}{#1}%
}
@@ -138,14 +197,14 @@
\newcommand*\CF@expadd@tocs[2]{\expandafter\CF@add@tocs\expandafter#1\expandafter{#2}}
\newcommand*\CF@edefadd@tocs[2]{%
- \begingroup\edef\CF@tmp@str{#2}\expandafter\endgroup
+ \edef\CF@tmp@str{#2}%
\expandafter\CF@add@tocs\expandafter#1\expandafter{\CF@tmp@str}%
}
\newcommand*\CF@if@firsttokmatch[2]{% est ce que #1 et #2 commencent par les mêmes tokens ?
\futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil
\futurelet\CF@toks@b\CF@gobble@tonil#2\relax\@nil
- \csname @\ifx\CF@toks@a\CF@toks@b first\else second\fi oftwo\endcsname
+ \ifx\CF@toks@a\CF@toks@b\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
}
\newcommand*\CF@if@firsttokin[1]{% teste si le token qui commence #1 appartient aux tokens mis dans #2
@@ -174,16 +233,11 @@
\def\CF@after@space#1 #2\@nil{#2}
-\newcommand\CF@if@spacefirst[1]{%
- \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil
- \csname @\ifx\CF@toks@a\@sptoken first\else second\fi oftwo\endcsname
-}
-
\newcommand*\CF@seek@node[3]{% cherche un noeud au début de #1 l'assigne dans la sc #2 et met le reste dans #3
\let#2\@empty
\def#3{#1}%
\futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil
- \csname @\ifx\CF@toks@a\@sptoken first\else second\fi oftwo\endcsname
+ \ifx\CF@toks@a\@sptoken\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
{\expandafter\CF@seek@node@i\expandafter{\CF@after@space#1\@nil}#2#3}% ignore l'espace qui commence un groupe d'atome
{\CF@seek@node@i{#1}#2#3}%
}
@@ -193,18 +247,18 @@
\let#3\@empty
\else
\futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\relax\@nil
- \csname @\ifx\CF@toks@a\@sptoken first\else second\fi oftwo\endcsname
+ \ifx\CF@toks@a\@sptoken\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
{\CF@add@tocs#2{ }%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@seek@node@i{\CF@after@space#1\@nil}#2#3%
+ \CF@swap@fi\expandafter\CF@seek@node@i\expandafter{\CF@after@space#1\@nil}#2#3%
}%
- {\csname @\ifx\CF@toks@a\bgroup first\else second\fi oftwo\endcsname
+ {\ifx\CF@toks@a\bgroup\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
{\CF@expadd@tocs#2{\expandafter{\@car#1\@nil}}%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@seek@node@i{\@gobble#1}#2#3%
+ \CF@swap@fi\expandafter\CF@seek@node@i\expandafter{\@gobble#1}#2#3%
}%
{\CF@if@firsttokin@i{-=(*<>!\CF@char@triplebond}%
{\def#3{#1}}%
{\CF@expadd@tocs#2{\@car#1\@nil}%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@seek@node@i{\@gobble#1}#2#3%
+ \CF@swap@fi\expandafter\CF@seek@node@i\expandafter{\@gobble#1}#2#3%
}%
}%
}%
@@ -234,15 +288,29 @@
\ifnum#2>\thr@@% si c'est une liaison de Cram
\expandafter\futurelet\expandafter\CF@toks@a\expandafter\CF@gobble@tonil\@gobble#1\@nil% chope le caractère suivant
\ifx:\CF@toks@a
- \edef#2{\number\numexpr#2+2}% si c 'est un :, signe du pointillé, ajoute 2
+ \edef#2{\number\numexpr#2+2}% si c 'est un ":", signe du pointillé, ajoute 2
\else
\ifx|\CF@toks@a
- \edef#2{\number\numexpr#2+4}% si c 'est un "|", signe du triangle évide, ajouter 4
+ \edef#2{\number\numexpr#2+4}% si c 'est un "|", signe du triangle évidé, ajouter 4
\fi
\fi
\fi
}
+\def\CF@analyse@bondoffset#1,#2\@nil{%
+ \def\CF@start@offset{#1}\def\CF@end@offset{#2}%
+}
+
+\expandafter\def\expandafter\CF@grab@bondoffset\string#(#1)#2\@nil{%
+ \ifx\@empty#1\@empty
+ \else
+ \CF@if@instr{#1},%
+ {\CF@analyse@bondoffset#1\@nil}%
+ {\def\CF@start@offset{#1}}%
+ \fi
+ \def\CF@remain@afterbond{#2}%
+}
+
\newcommand*\CF@analyse@bond[2]{%
\CF@bond@findnum{#1}#2%
\expandafter\def\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter{\@gobble#1}%mange le premier signe de la liaison
@@ -263,16 +331,28 @@
\expandafter\def\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter{\@gobbletwo#1}% mange un caractère de plus
\fi
\fi
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter}\string##%
+ {\expandafter\CF@grab@bondoffset\CF@remain@afterbond\@nil}%
+ \relax
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\CF@remain@afterbond\expandafter}\string @%
+ {\expandafter\CF@grab@movearg\CF@remain@afterbond\@nil}%
+ \relax
\expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter{\CF@remain@afterbond}[%
- {\expandafter\CF@seekbond@optarg\CF@remain@afterbond\@nil\CF@remain@afterbond}%
- {\expandafter\CF@seekbond@optarg\expandafter[\expandafter]\CF@remain@afterbond\@nil\CF@remain@afterbond}%
+ {\expandafter\CF@analyse@optarg\CF@remain@afterbond\@nil\CF@remain@afterbond}%
+ {\let\CF@current@stringangle\CF@default@stringangle
+ \let\CF@current@length\CF@default@length
+ \let\CF@current@fromatom\CF@default@fromatom
+ \let\CF@current@toatom\CF@default@toatom
+ \let\CF@current@tikz\CF@default@tikz
+ \let\CF@movebond@name\@empty
+ }%
\ifCF@incycle
\pgfmathparse{360/\CF@cycle@num+\CF@initcycle@angle}%
\edef\CF@current@stringangle{::+\pgfmathresult}%
\def\CF@initcycle@angle{0}%
\let\CF@current@length\CF@default@length% et on ignore la longueur de liaison spécifiée
\fi
- \CF@expand@second\CF@set@bondangle{\CF@current@stringangle}\CF@current@angle
+ \expandafter\CF@set@bondangle\expandafter{\CF@current@stringangle}\CF@current@angle
}
\newcommand*\CF@set@bondangle[2]{% le code de la direction est contenu dans #1, en sortie, #2 contient l'angle
@@ -284,51 +364,80 @@
\pgfmathparse{\CF@previous@angle+\expandafter\@gobble\@gobble#1}%
\let#2\pgfmathresult
\else
- \CF@expand@second{\def#2}{\@gobble#1}
+ \expandafter\def\expandafter#2\expandafter{\@gobble#1}
\fi% puis normalise l'angle entre 0 et 360
- \pgfmathparse{#2-360*floor(#2/360)}%
- \ifdim\pgfmathresult pt<\z@\pgfmathparse{\pgfmathresult+360}\fi
- \let#2\pgfmathresult
+ \ifdim\ifdim#2pt<\z@-\fi#2pt>360pt % si |#2|>360
+ \pgfmathparse{#2-360*floor(#2/360)}%
+ \ifdim\pgfmathresult pt<\z@\pgfmathparse{\pgfmathresult+360}\fi
+ \let#2\pgfmathresult
+ \else
+ \ifdim\pgfmathresult pt<\z@
+ \pgfmathparse{#2+360}%
+ \let#2\pgfmathresult
+ \fi
+ \fi
\else
- \pgfmathparse{#1-floor(#1/8)*8}%
- \ifdim\pgfmathresult pt<\z@\pgfmathparse{\pgfmathresult+8}\fi
- \edef#2{\ifcase\expandafter\CF@int@part\pgfmathresult\@nil0\or45\or90\or135\or180\or225\or270\or315\else-1\fi}% angle =-1 --> erreur
+ \ifnum#1>7
+ \pgfmathparse{#1-floor(#1/8)*8}%
+ \ifdim\pgfmathresult pt<\z@\pgfmathparse{\pgfmathresult+8}\fi
+ \edef#2{\ifcase\expandafter\CF@int@part\pgfmathresult\@nil0\or45\or90\or135\or180\or225\or270\or315\else-1\fi}% angle =-1 --> erreur
+ \else
+ \edef#2{\ifcase#1 0\or45\or90\or135\or180\or225\or270\or315\else-1\fi}%
+ \fi
\fi
\fi
}
\def\CF@int@part#1.#2\@nil{#1 }
-\newcommand*\CF@test@assign[3]{\ifx\@empty#2\@empty\let#1#3\else\def#1{#2}\fi}
-
-% #1 est une liste de 4 éléments a,b,c,d chacun assignés aux sc #2,#3,#4,#5
-\newcommand*\CF@parse@list[6]{%
- \def\CF@parse@list@i##1,##2,##3,##4,##5\@nil{%
- \CF@test@assign#2{##1}\CF@default@stringangle
- \CF@test@assign#3{##2}\CF@default@length
- \CF@test@assign#4{##3}\CF@default@fromatom
- \CF@test@assign#5{##4}\CF@default@toatom
- \CF@test@assign#6{##5}\CF@default@tikz}%
- \CF@parse@list@i#1,,,,\@nil
+\def\CF@analyse@movearg#1,#2\@nil#3{%
+ \def#3{#1}\def\CF@movebond@coeff{#2}%
}
-\def\CF@seekbond@optarg[#1]{%
- \CF@parse@list{#1}\CF@current@stringangle\CF@current@length\CF@current@fromatom\CF@current@toatom\CF@current@tikz
- \CF@seekbond@optarg@i\relax
+% Argument limités légitimes ici car #2 (qui est ce qui suit "@{<nom>}" dans l'argument optionnel) ne DOIT
+% pas commencer par une accolade.
+\expandafter\def\expandafter\CF@grab@movearg\string @#1#2\@nil{%
+ \CF@if@instr{#1},%
+ {\CF@analyse@movearg#1\@nil\CF@movebond@name}%
+ {\def\CF@movebond@name{#1}\def\CF@movebond@coeff{0.5}}%
+ \def\CF@remain@optarg{#2}%
}
-\def\CF@seekbond@optarg@i#1\@nil#2{%
- \CF@expand@second{\def#2}{\@gobble#1}% le \@gobble bouffe le \relax et laisse intact le reste
+\newcommand*\CF@testempty@andassign[3]{\ifx\@empty#2\@empty\let#1#3\else\def#1{#2}\fi}
+
+\def\CF@sanitize@lastitem#1,\@empty#2\@nil{#1}
+
+\def\CF@parse@optlist#1,#2,#3,#4,#5\@nil{%
+ \CF@testempty@andassign\CF@current@stringangle{#1}\CF@default@stringangle
+ \CF@testempty@andassign\CF@current@length{#2}\CF@default@length
+ \CF@testempty@andassign\CF@current@fromatom{#3}\CF@default@fromatom
+ \CF@testempty@andassign\CF@current@toatom{#4}\CF@default@toatom
+ \expandafter\CF@testempty@andassign\expandafter\CF@current@tikz\expandafter{\CF@sanitize@lastitem#5,\@empty\@nil}\CF@default@tikz
+}%
+
+\def\CF@analyse@optarg[#1]#2\@nil#3{%
+ \ifx\@empty#1\@empty
+ \else
+ \CF@expand@afterfirst{\CF@if@firsttokmatch{#1}}{\string @}%
+ {\CF@grab@movearg#1\@nil}%
+ {\let\CF@movebond@name\@empty
+ \def\CF@remain@optarg{#1}}%
+ \expandafter\CF@parse@optlist\CF@remain@optarg,\@empty,\@empty,\@empty,\@empty\@nil
+ \def#3{#2}%
+ \fi
}
\newcommand*\CF@seek@submol{%
- \CF@expand@second\CF@if@firsttokmatch\CF@remain@molecule!%
- {\expandafter\expandafter\expandafter\def
- \expandafter\expandafter\expandafter\CF@remain@molecule
- \expandafter\expandafter\expandafter
- {\csname CF@@\expandafter\expandafter\expandafter\@car\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule\@nil
- \expandafter\expandafter\expandafter\endcsname\csname @gobble\expandafter\expandafter\expandafter\endcsname
- \csname @gobble\expandafter\endcsname\CF@remain@molecule}%
+ \expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter{\CF@remain@molecule}!%
+ {\expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter
+ \CF@remain@molecule\expandafter\expandafter\expandafter{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}% enlève le ``!''
+ \ifcat\relax\expandafter\expandafter\expandafter\noexpand\expandafter\@car\CF@remain@molecule\@nil
+ \CF@expafterarg@ntimes[5]{\def\CF@insert@submol}{\expandafter\@car\CF@remain@molecule\@nil}%
+ \else
+ \CF@expafterarg@ntimes[3]{\def\CF@insert@submol}{\csname CF@@\expandafter\@car\CF@remain@molecule\@nil\endcsname}%
+ \fi
+ \expandafter\expandafter\expandafter\def\expandafter\expandafter\expandafter\CF@remain@molecule\expandafter\expandafter\expandafter
+ {\csname CF@insert@submol\expandafter\expandafter\expandafter\endcsname\csname @gobble\expandafter\endcsname\CF@remain@molecule}%
\CF@seek@submol
}%
\relax
@@ -343,28 +452,34 @@
\else
\expandafter\@makeother\@car#1\@nil
\CF@swap@fi
- \CF@expand@second\CF@make@other{\@gobble#1}%
+ \expandafter\CF@make@other\expandafter{\@gobble#1}%
\fi
}
-\newcommand*\chemfig{%
- \begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]
+\newcommand*\chemfig[1][]{\def\CF@tmp@str{#1}\chemfig@optarg}
+
+\newcommand*\chemfig@optarg[1][]{%
+ \edef\CF@tmp@str{[remember picture,every node/.style={anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt\ifx\@empty#1\@empty\else,#1\fi},baseline\unless\ifx\CF@tmp@str\@empty,\CF@tmp@str\fi]}%
+ \expandafter\tikzpicture\CF@tmp@str
\begingroup
- \CF@global@let\CF@hook@list\@empty
+ \let\CF@hook@list\@empty
\ifx\CF@atom@sep\@empty\def\CF@atom@sep{3em}\fi
\ifx\CF@cram@basewidth\@empty\def\CF@cram@basewidth{1.5ex}\fi
\CF@incyclefalse
- \global\CF@cnt@groupnumber\z@
+ \CF@cnt@groupnumber\z@
\let\CF@last@action\z@% 0=début du dessin 1=tracé d'un noeud 2=tracé d'une liaison
- \gdef\CF@cycle@anglecorrection{180/\CF@cycle@num}%
+ \let\CF@start@offset\@empty
+ \let\CF@end@offset\@empty
+ \let\CF@bond@outcontentsaved\@empty
+ \def\CF@cycle@anglecorrection{180/\CF@cycle@num}%
\everyeof{\@nil}\endlinechar\m@ne
- \CF@make@other{[]:(),-=~!?<>;*|}%
+ \CF@make@other{[]:(),-=~!?<>;*|##@}%
\CF@chemfig@i
}
\newcommand*\CF@chemfig@i[1]{%
\CF@chemfig@ii{#1}%
- \end{tikzpicture}%
+ \endtikzpicture
}
\newcommand*\CF@chemfig@ii[1]{% #1 est le code de la molécule
@@ -383,14 +498,14 @@
\else
\def\CF@default@angle{0}%
\def\CF@default@stringangle{:0}% angle pris par défaut si le champ est vide
- \fi% angle par défaut
+ \fi
\let\CF@current@angle\CF@default@angle
\ifCF@incycle\else\def\CF@default@length{1}\fi% longueur de la liaison par défaut sauf pour un cycle où on prend celle en cours
\let\CF@default@fromatom\@empty% numero de l'atome d'où partent les liaisons par défaut
\let\CF@default@toatom\@empty% numéro de l'atome où arrivent les laisons par défaut
\let\CF@default@tikz\@empty
\if[\expandafter\noexpand\@car#1\@nil
- \CF@seekbond@optarg#1\@nil\CF@remain@molecule
+ \CF@analyse@optarg#1\@nil\CF@remain@molecule
\expandafter\CF@set@bondangle\expandafter{\CF@current@stringangle}\CF@current@angle
\let\CF@default@angle\CF@current@angle
\let\CF@previous@angle\CF@current@angle
@@ -415,7 +530,7 @@
\ifnum\CF@last@action=\z@
\let\CF@previous@angle\CF@default@angle
\node(CF@node){};
- \CF@expand@second\CF@if@firsttokin{\CF@remain@molecule}{-=(*\CF@char@triplebond?<>}%
+ \expandafter\CF@if@firsttokin\expandafter{\CF@remain@molecule}{-=(*\CF@char@triplebond?<>}%
{\CF@insert@emptygroup\CF@remain@molecule}%
\relax
\fi
@@ -423,12 +538,12 @@
}
\newcommand*\CF@chemfig@iii{%
- \let\CF@next@scan\CF@chemfig@iii% à prioi, on reboucle
+ \let\CF@next@action\CF@chemfig@iii% à prioi, on reboucle
\ifx\CF@remain@molecule\@empty
- \let\CF@next@scan\endgroup
+ \let\CF@next@action\endgroup
\else
\CF@seek@submol
- \CF@expand@second\CF@seek@node{\CF@remain@molecule}\CF@current@atomgroup\CF@remain@molecule
+ \expandafter\CF@seek@node\expandafter{\CF@remain@molecule}\CF@current@atomgroup\CF@remain@molecule
\ifx\@empty\CF@current@atomgroup% pas de noeud pour commencer ?
\def\CF@bond@outnode{n\CF@last@groupnumber-%
\ifx\CF@current@fromatom\@empty
@@ -444,16 +559,19 @@
\edef\CF@bond@outnode{\CF@bond@outnode}%
\else
\ifCF@incycle\advance\CF@cnt@cycle\@ne\fi
- \CF@expand@second\CF@analyse@bond{\CF@remain@molecule}\CF@bond@type
+ \expandafter\CF@analyse@bond\expandafter{\CF@remain@molecule}\CF@bond@type
\edef\CF@bond@outnode{\CF@bond@outnode}%
\let\CF@remain@molecule\CF@remain@afterbond
- \csname @% il y a plus de liaisons que de sommet dans le cycle ?
- \ifCF@incycle
- \ifnum\CF@cnt@cycle=\CF@cycle@num first\else second\fi
- \else second\fi
- oftwo%
- \endcsname
- {\let\CF@next@scan\endgroup
+ \ifCF@incycle
+ \ifnum\CF@cnt@cycle=\CF@cycle@num\relax
+ \expandafter\expandafter\expandafter\@firstoftwo
+ \else
+ \expandafter\expandafter\expandafter\@secondoftwo
+ \fi
+ \else
+ \expandafter\@secondoftwo
+ \fi
+ {\let\CF@next@action\endgroup
\CF@draw@bond\CF@bond@type{\CF@bond@outnode}{\CF@hook@cycle}\CF@previous@atomgroup\CF@hook@atomgroup
}%
{\node[at=(\CF@bond@outnode),shift=(\CF@current@angle:\CF@current@length*\CF@atom@sep)](CF@node){};
@@ -466,30 +584,30 @@
\fi
}%
{\edef\CF@bond@outnode{\CF@bond@outnode}% évalue le l'atome de départ de liaison
- \csname @\ifx(\CF@toks@a first\else second\fi oftwo\endcsname% une parenthèse pour commencer ?
+ \ifx(\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi% une parenthèse pour commencer ?
{\ifnum\CF@last@action=\tw@% il y avait une liaison juste avant ?
\CF@insert@emptygroup\CF@remain@molecule
\else
- \CF@expand@second\CF@grab@submol\CF@remain@molecule
+ \expandafter\CF@grab@submol\expandafter{\CF@remain@molecule}%
\begingroup
\ifCF@incycle\let\CF@last@action\thr@@\fi% on était dans un cycle
\CF@incyclefalse
\aftergroup\CF@chemfig@iii
- \def\CF@next@scan{\CF@expand@second\CF@chemfig@ii\CF@sub@mol}%
+ \def\CF@next@action{\expandafter\CF@chemfig@ii\expandafter{\CF@sub@mol}}%
\fi
}%
{\ifx\CF@remain@molecule\@empty
- \let\CF@next@scan\endgroup
+ \let\CF@next@action\endgroup
\else% ce qui reste après le noeud courant n'est pas vide, ne commence pas par "-=~", ni par une parenthèse
- \csname @\ifx*\CF@toks@a first\else second\fi oftwo\endcsname% un cycle ?
+ \ifx*\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi% un cycle ?
{\ifnum\CF@last@action=\tw@
\CF@insert@emptygroup\CF@remain@molecule% insère un groupe vide
\else
\ifCF@incycle\let\CF@last@action\thr@@\fi% on était dans un cycle
\ifnum\CF@last@action=\thr@@\let\CF@lastcycle@num\CF@cycle@num\fi
- \CF@expand@second{\CF@expand@second\CF@if@firsttokmatch}{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}*% un 2è "*" ?
- {\CF@expand@second{\CF@expand@second{\def\CF@remain@molecule}}{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}% enlève la 1er étoile
- \CF@expand@second{\CF@expand@second\CF@if@firsttokmatch}{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}[% un crochet ensuite ?
+ \CF@expafterarg@ntimes[2]\CF@if@firsttokmatch{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}*% un 2è "*" ?
+ {\CF@expafterarg@ntimes[2]{\def\CF@remain@molecule}{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}% enlève la 1er étoile
+ \CF@expafterarg@ntimes[2]\CF@if@firsttokmatch{\expandafter\@gobble\CF@remain@molecule}[% un crochet ensuite ?
{\expandafter\CF@cycle@parsepreamblewithoptarg\CF@remain@molecule\@nil% \begingroup inclus
}%
{\def\CF@cyclearc@startangle{0}\def\CF@cyclearc@endangle{360}%
@@ -522,7 +640,7 @@
\expandafter\draw\expandafter[\CF@cyclearc@directtikz](initarc) arc (\CF@cyclearc@startangle:\CF@cyclearc@endangle:\CF@cyclearc@radius pt);
\fi
\aftergroup\CF@chemfig@iii
- \def\CF@next@scan{\CF@expand@second\CF@chemfig@ii\CF@sub@mol}%
+ \def\CF@next@action{\expandafter\CF@chemfig@ii\expandafter{\CF@sub@mol}}%
\fi
}%
{\PackageError\CF@package@name{Something went wrong at this point: \detokenize\expandafter{\CF@remain@molecule}}{If you think it's a bug, please, send a Minimal Example to the author.}}%
@@ -532,7 +650,7 @@
\CF@expand@second{\CF@expand@second{\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup\CF@current@angle}\CF@current@toatom}\CF@current@atomgroup
\fi
\fi
- \CF@next@scan
+ \CF@next@action
}
\def\CF@cycle@parsepreamble*#1#2\@nil{%
@@ -540,20 +658,20 @@
\PackageError\CF@package@name{A cycle must be at least a triangle.}{}
\fi
\def\CF@remain@molecule{#2}%
- \CF@expand@second\CF@grab@submol\CF@remain@molecule
+ \expandafter\CF@grab@submol\expandafter{\CF@remain@molecule}%
\begingroup
\def\CF@cycle@num{#1}%
}
\def\CF@cycle@parsepreamblewithoptarg*[#1]#2#3\@nil{%
- \CF@cycle@parseoptarg#1,,,\@nil
+ \CF@cycle@parseoptarg#1,\@empty,\@empty,\@empty\@nil
\CF@cycle@parsepreamble*#2#3\@nil
}
-\def\CF@cycle@parseoptarg#1,#2,#3,#4\@nil{%
+\def\CF@cycle@parseoptarg#1,#2,#3\@nil{%
\ifx\@empty#1\@empty\def\CF@cyclearc@startangle{0}\else\def\CF@cyclearc@startangle{#1}\fi
\ifx\@empty#2\@empty\def\CF@cyclearc@endangle{360}\else\def\CF@cyclearc@endangle{#2}\fi
- \def\CF@cyclearc@directtikz{#3}%
+ \expandafter\def\expandafter\CF@cyclearc@directtikz\expandafter{\CF@sanitize@lastitem#3,\@empty\@nil}%
}
\newcommand*\CF@grab@submol[1]{%
@@ -572,12 +690,20 @@
\def\assign@tonil#1#2\@nil{\def#1{#2}}
\newcommand*\CF@ifcar@isupperletter[1]{%
- \csname @%
- \ifcat\relax\noexpand#1second% faux si c'est une sc
+ \ifcat\relax\noexpand#1%
+ \let\CF@next\@secondoftwo% faux si c'est une sc
+ \else
+ \ifnum`#1<`A
+ \let\CF@next\@secondoftwo
\else
- \ifnum`#1<`Asecond\else\ifnum`#1>`Zsecond\else first\fi\fi
+ \ifnum`#1>`Z
+ \let\CF@next\@secondoftwo
+ \else
+ \let\CF@next\@firstoftwo
+ \fi
\fi
- oftwo\endcsname
+ \fi
+ \CF@next
}
% Créé 4 noeuds au dessus et au dessous des noeuds #1 et #2
@@ -604,13 +730,29 @@
}
\newcommand*\CF@draw@bond[5]{% #1=type de liaison #2 et #3:nom de noeuds de début et fin #4 et #5: contenu des atomes de début et fin
- \edef\CF@start@offset{\ifx#4\CF@empty@node0pt\else\ifx#4\@empty0pt\else\CF@bond@offset\fi\fi}%
- \edef\CF@end@offset{\ifx#5\CF@empty@node0pt\else\ifx#5\@empty0pt\else\CF@bond@offset\fi\fi}%
+ \edef\CF@start@offset{%
+ \ifx\CF@start@offset\@empty
+ \ifx#4\CF@empty@node0pt\else\ifx#4\@empty0pt\else\CF@bond@offset\fi\fi
+ \else
+ \CF@start@offset
+ \fi
+ }%
+ \edef\CF@end@offset{%
+ \ifx\CF@end@offset\@empty
+ \ifx#5\CF@empty@node0pt\else\ifx#5\@empty0pt\else\CF@bond@offset\fi\fi
+ \else
+ \CF@end@offset
+ \fi
+ }%
\path(#2)--(#3)coordinate[pos=0](#2@)coordinate[pos=1](#3@);%
\CF@compute@nodevect{#2@}{#3@}%
\pgfmathparse{\CF@start@offset/\CF@len@vector}\let\CF@start@coeff\pgfmathresult
\pgfmathparse{1-\CF@end@offset/\CF@len@vector}\let\CF@end@coeff\pgfmathresult
\path(#2@)--(#3@)coordinate[pos=\CF@start@coeff](#2@@)coordinate[pos=\CF@end@coeff](#3@@);%
+ \unless\ifx\CF@movebond@name\@empty% on doit poser un nœud sur la liaison
+ \path(#2@@)--(#3@@)coordinate[overlay,pos=\CF@movebond@coeff](\CF@movebond@name);
+ \let\CF@movebond@name\@empty
+ \fi
\ifcase#1\relax
\PackageError\CF@package@name{Unknown bond type, this error should not occur}{If you think it's a bug, send a Minimal Example to the author.}%
\or% 1 = liaison simple
@@ -668,17 +810,17 @@
\CF@create@normnodes{#3@@}{#2@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}%
\expandafter\filldraw\expandafter[\CF@current@tikz,line join=bevel](#3@@1)--(#3@@2)--(#2@@)--(#3@@1);
\or% 6 = liaison Cram pointillée de #2 vers #3
- \begin{scope}
+ \scope
\CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}%
\clip(#2@@1)--(#2@@2)--(#3@@)--(#2@@1);
\expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz,dash pattern=on \CF@cram@dashlength off \CF@cram@dashsep,line width=\CF@cram@basewidth](#2@@)--(#3@@);
- \end{scope}
+ \endscope
\or% 7 = liaison Cram pointillée de #3 vers #2
- \begin{scope}
+ \scope
\CF@create@normnodes{#3@@}{#2@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}%
\clip(#3@@1)--(#3@@2)--(#2@@)--(#3@@1);
\expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz,dash pattern=on \CF@cram@dashlength off \CF@cram@dashsep,line width=\CF@cram@basewidth](#3@@)--(#2@@);
- \end{scope}
+ \endscope
\or% 8 = liaison Cram triangle évidé de #2 vers #3
\CF@create@normnodes{#2@@}{#3@@}{\CF@cram@basewidth/2}{}%
\expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz,line join=bevel](#2@@1)--(#2@@2)--(#3@@)--(#2@@1);
@@ -688,13 +830,14 @@
\else
\PackageError\CF@package@name{Unknown bond type, this error should not occur}{If you think it's a bug, send a Minimal Example to the author.}%
\fi
+ \let\CF@start@offset\@empty
+ \let\CF@end@offset\@empty
}
\newcommand*\CF@draw@bond@i{\expandafter\draw\expandafter[\CF@current@tikz]}
\newcommand*\CF@hook@drawall{% dessine tous les crochets contenus dansla sc \CF@hook@draw
- \ifx\CF@hook@drawlist\@empty
- \else
+ \unless\ifx\CF@hook@drawlist\@empty
\expandafter\CF@hook@drawfirst\CF@hook@drawlist\@nil% trace un lien de crochet à crochet
\expandafter\CF@hook@drawall
\fi
@@ -716,18 +859,34 @@
\def\CF@extract@atom#1-#2\@nil{#2}% transforme le bound@outnode en n° de l'atome
-\newcommand\setnodestyle{\def\CF@node@style}
+\newcommand*\setnodestyle{\def\CF@node@style}
\setnodestyle{}
+\expandafter\def\expandafter\CF@gobble@movearg\string @#1#2\@nil#3%
+{%
+ \expandafter\def\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname{#2}%
+ \CF@if@instr{#1},%
+ {\CF@analyse@movearg#1\@nil#3\let\CF@movebond@coeff\@empty}%
+ {\def#3{#1}}%
+ \ifx\@empty#2\@empty\let\CF@node@strut\@empty\fi
+}%
+
\newcommand*\CF@draw@atomgroup[3]{% #1=angle d'arrivée de la liaison #2=numero atome sur lequel arrive la liaison #3=groupe d'atomes
\expandafter\let\expandafter\CF@bond@outcontent% assigne le contenu de l'atome d'où part la liaison
- \csname\ifdefined\CF@bond@outnode atom@\expandafter\CF@extract@atom\CF@bond@outnode\@nil\else @empty\fi\endcsname
+ \csname
+ \ifdefined\CF@bond@outnode
+ atom@\expandafter\CF@extract@atom\CF@bond@outnode\@nil
+ \else
+ @empty%
+ \fi
+ \endcsname
\global\advance\CF@cnt@groupnumber\@ne
\let\CF@current@atom\@empty
- \CF@global@let\CF@hook@drawlist\@empty
+ \global\let\CF@hook@drawlist\@empty
\CF@cnt@atomingroup\z@
\CF@if@firsttokmatch{#3}?{\CF@draw@atomgroup@i{{}#3}}{\CF@draw@atomgroup@i{#3}}%
\def\CF@current@atomgroup{#3}%
+ \CF@remove@movearg\CF@current@atomgroup% enlève les "@{<nom>}"
\CF@if@instr{#3}?%
{\CF@remove@hook\CF@current@atomgroup
\ifx\@empty\CF@current@atomgroup\let\CF@current@atomgroup\CF@empty@node\fi}%
@@ -743,7 +902,7 @@
\fi
\fi
\edef\CF@hook@atomnumber{%
- \ifx\@empty#2\@empty%
+ \ifx\@empty#2\@empty%\relax
\ifdim#1pt>90pt
\ifdim#1pt<270pt \number\CF@cnt@atomingroup\else1\fi
\else1%
@@ -754,12 +913,22 @@
\ifx\CF@current@atomgroup\CF@empty@node
\let\CF@node@strut\@empty
\else
- \def\CF@node@strut{\vphantom\CF@bond@outcontent}%
+ \ifx\@empty\CF@bond@outcontentsaved
+ \def\CF@node@strut{\vphantom\CF@bond@outcontent}%
+ \else
+ \def\CF@node@strut{\vphantom\CF@bond@outcontentsaved}%
+ \fi
\fi
- \def\CF@node@content{\expandafter\printatom\expandafter{\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\CF@node@strut}}%
\edef\CF@opt@string{anchor=\ifnum\CF@last@action=\z@ base\else center\fi,at=(CF@node),\CF@node@style}% premier atome de la molécule affiché
\loop
\unless\ifnum\CF@cnt@atomnumber>\CF@cnt@atomingroup
+ \expandafter\expandafter\expandafter\futurelet\expandafter\expandafter\expandafter\CF@toks@a\expandafter\expandafter\expandafter
+ \CF@gobble@tonil\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\@nil
+ \expandafter\ifx\string @\CF@toks@a% l'atome courant commence par un "@"
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF@gobble@movearg\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\@nil\CF@moveatom@name
+ \expandafter\node\expandafter[\CF@opt@string,overlay](\CF@moveatom@name){\phantom{\CF@node@content}};%
+ \let\CF@moveatom@name\@empty
+ \fi
\expandafter\node\expandafter[\CF@opt@string](n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomnumber){\CF@node@content};%
\let\CF@node@strut\@empty
\advance\CF@cnt@atomnumber\@ne
@@ -775,6 +944,13 @@
\ifnum\CF@cnt@atomnumber>\@ne
\advance\CF@cnt@atomnumber\m@ne
\edef\CF@opt@string{anchor=base east,at=(n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\numexpr\CF@cnt@atomnumber+1.base west),\CF@node@style}%
+ \expandafter\expandafter\expandafter\futurelet\expandafter\expandafter\expandafter\CF@toks@a\expandafter\expandafter\expandafter
+ \CF@gobble@tonil\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\@nil
+ \expandafter\ifx\string @\CF@toks@a% l'atome courant commence par un "@"
+ \expandafter\expandafter\expandafter\CF@gobble@movearg\csname atom@\number\CF@cnt@atomnumber\endcsname\@nil\CF@moveatom@name
+ \expandafter\node\expandafter[\CF@opt@string,overlay](\CF@moveatom@name){\phantom{\CF@node@content}};%
+ \let\CF@moveatom@name\@empty
+ \fi
\expandafter\node\expandafter[\CF@opt@string](n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomnumber){\CF@node@content};%
\repeat
\CF@hook@drawall
@@ -782,63 +958,117 @@
\let\CF@previous@atomgroup\CF@current@atomgroup
}
+\expandafter\def\expandafter\CF@keep@movearg\string @#1#2\@nil{\expandafter\def\expandafter\CF@current@atom\expandafter{\string @{#1}}}
+
\newcommand*\CF@draw@atomgroup@i[1]{% transforme #1 en un groupe d'atomes
- \ifx\@empty#1\@empty%
+ \ifx\@empty#1\@empty
+ \expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom
\else
\advance\CF@cnt@atomingroup\@ne
- \CF@if@firsttokmatch{#1}\egroup
- {\CF@expand@second{\def\CF@current@atom}{\expandafter{\@car#1\@nil}}%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup@ii{\@gobble#1}%
+ \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\@nil
+ \expandafter\ifx\string @\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\CF@keep@movearg#1\@nil
+ \CF@swap@fi
+ \CF@remove@movearg@i#1\@nil\CF@after@movearg
+ \expandafter\CF@draw@atomgroup@ii\expandafter{\CF@after@movearg}%
}%
- {\CF@if@spacefirst{#1}%
- {\def\CF@current@atom{ }%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup@ii{\CF@after@space#1\@nil}%
- }%
- {\CF@expand@second{\def\CF@current@atom}{\@car#1\@nil}%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup@ii{\@gobble#1}%
- }%
+ {\CF@swap@fi
+ \let\CF@current@atom\@empty
+ \CF@draw@atomgroup@ii{#1}%
}%
\fi
}
-\newcommand*\CF@draw@atomgroup@ii[1]{% transforme #1 en un groupe d'atomes
+\newcommand*\CF@draw@atomgroup@ii[1]{%
+ \ifx\@empty#1\@empty
+ \expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom
+ \else
+ \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\@nil
+ \ifx\bgroup\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\expandafter{\@car#1\@nil}}%
+ \expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\@gobble#1}%
+ }%
+ {\ifx\@sptoken\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\CF@add@tocs\CF@current@atom{ }%
+ \expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\CF@after@space#1\@nil}%
+ }%
+ {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\@car#1\@nil}%
+ \expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\@gobble#1}%
+ }%
+ }%
+ \fi
+}
+
+% enlève tous les "@{nom}" de la sc #1
+\def\CF@remove@movearg#1%
+{%
+ \CF@expand@afterfirst{\expandafter\CF@if@instr\expandafter{#1}}{\string @}%
+ {\expandafter\CF@remove@movearg@i#1\@nil#1%
+ \CF@remove@movearg#1}%
+ \relax
+}
+
+% enlève le premier "@{<nom>}" de l'argument et l'assigne à #2
+\def\CF@remove@movearg@i#1\@nil#2%
+{%
+ \expandafter\def\expandafter\CF@remove@movearg@ii\expandafter##\expandafter1\string @{%
+ \expandafter\def\expandafter#2\expandafter{\@gobble##1}% mange le \relax
+ \CF@remove@movearg@iii\relax
+ }%
+ \def\CF@remove@movearg@iii##1\@nil{\CF@expadd@tocs#2{\@gobbletwo##1}}% mange le \relax et le <nom>
+ \CF@remove@movearg@ii\relax#1\@nil
+}
+
+\newcommand*\CF@draw@atomgroup@iii[1]{% transforme #1 en un groupe d'atomes
\ifx\@empty#1\@empty%
\expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom
\let\CF@current@atom\@empty
\else
- \CF@if@spacefirst{#1}%
- {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{ }%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup@ii{\CF@after@space#1\@nil}%
- }
- {\CF@if@firsttokmatch{#1}\bgroup
- {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\expandafter{\@car#1\@nil}}%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup@ii{\@gobble#1}%
- }%
- {\CF@expand@second\CF@ifcar@isupperletter{\@car#1\@nil}%
- {\expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom
- \let\CF@current@atom\@empty
- \CF@swap@fi\CF@draw@atomgroup@i{#1}
- }%
- {\CF@if@firsttokmatch{#1}?%
- {\expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter{\@gobble#1}[% un crochet après le "?"
- {\expandafter\CF@grab@optarg\@gobble#1\@nil\CF@after@hook}%
- {\expandafter\CF@grab@optarg\expandafter[\expandafter]\@gobble#1\@nil\CF@after@hook}%
- \CF@expand@second{\CF@expand@second\CF@if@instr\CF@hook@list}{\expandafter(\CF@hook@currentname)}% crochet déjà défini ?
- {\expandafter\CF@hook@parselist\expandafter{\CF@hook@currentname}% va chercher les caractéristiques du crochet sauvegardé
- \CF@edefadd@tocs\CF@hook@drawlist{%
- [\CF@hook@currentname,\CF@hook@currentlink,\CF@hook@currenttikz]{\CF@hook@savedcoord}{n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomingroup}}%
- \CF@expadd@tocs\CF@hook@drawlist{\expandafter{\CF@hook@savedcontent}}%
- \CF@expadd@tocs\CF@hook@drawlist{\expandafter{\CF@current@atom}}% ajoute les 4 arguments à la liste des crochets à tracer
- \CF@global@let\CF@hook@drawlist\CF@hook@drawlist
+ \futurelet\CF@toks@a\CF@gobble@tonil#1\@nil
+ \expandafter\ifx\string @\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom
+ \let\CF@current@atom\@empty
+ \CF@swap@fi\CF@draw@atomgroup@i{#1}%
+ }%
+ {\ifx|\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom
+ \let\CF@current@atom\@empty
+ \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@i\expandafter{\@gobble#1}}%
+ {\ifx\@sptoken\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\CF@add@tocs\CF@current@atom{ }%
+ \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\CF@after@space#1\@nil}%
+ }%
+ {\ifx\bgroup\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\expandafter{\@car#1\@nil}}%
+ \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\@gobble#1}%
+ }%
+ {\expandafter\CF@ifcar@isupperletter\expandafter{\@car#1\@nil}%
+ {\expandafter\let\csname atom@\number\CF@cnt@atomingroup\endcsname\CF@current@atom
+ \let\CF@current@atom\@empty
+ \CF@swap@fi\CF@draw@atomgroup@i{#1}%
}%
- {\CF@edefadd@tocs\CF@hook@list{(\CF@hook@currentname)|n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomingroup|}%
- \CF@expadd@tocs\CF@hook@list{\CF@current@atom|}%
- \CF@global@let\CF@hook@list\CF@hook@list
+ {\ifx?\CF@toks@a\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\expandafter\CF@if@firsttokmatch\expandafter{\@gobble#1}[% un crochet après le "?"
+ {\expandafter\CF@grab@optarg\@gobble#1\@nil\CF@after@hook}%
+ {\expandafter\CF@grab@optarg\expandafter[\expandafter]\@gobble#1\@nil\CF@after@hook}%
+ \CF@expand@second{\CF@expand@second\CF@if@instr\CF@hook@list}{\expandafter(\CF@hook@currentname)}% crochet déjà défini ?
+ {\expandafter\CF@hook@parselist\expandafter{\CF@hook@currentname}% va chercher les caractéristiques du crochet sauvegardé
+ \CF@edefadd@tocs\CF@hook@drawlist{%
+ [\CF@hook@currentname,\CF@hook@currentlink,\CF@hook@currenttikz]{\CF@hook@savedcoord}{n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomingroup}}%
+ \CF@expadd@tocs\CF@hook@drawlist{\expandafter{\CF@hook@savedcontent}}%
+ \CF@expadd@tocs\CF@hook@drawlist{\expandafter{\CF@current@atom}}% ajoute les 4 arguments à la liste des crochets à tracer
+ \global\let\CF@hook@drawlist\CF@hook@drawlist
+ }%
+ {\CF@edefadd@tocs\CF@hook@list{(\CF@hook@currentname)|n\number\CF@cnt@groupnumber-\number\CF@cnt@atomingroup|}%
+ \CF@expadd@tocs\CF@hook@list{\CF@current@atom|}%
+ \global\let\CF@hook@list\CF@hook@list
+ }%
+ \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\CF@after@hook}%
+ }%
+ {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\@car#1\@nil}%
+ \CF@swap@fi\expandafter\CF@draw@atomgroup@iii\expandafter{\@gobble#1}%
+ }%
}%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup@ii\CF@after@hook
- }%
- {\CF@expadd@tocs\CF@current@atom{\@car#1\@nil}%
- \CF@swap@fi\CF@expand@second\CF@draw@atomgroup@ii{\@gobble#1}%
}%
}%
}%
@@ -851,9 +1081,9 @@
\def\CF@hook@defaulttikz{}
\def\CF@hook@parseoptarg#1,#2,#3\@nil{%
- \CF@test@assign\CF@hook@currentname{#1}\CF@kook@defaultname
- \CF@test@assign\CF@hook@currentlink{#2}\CF@hook@defaultlink
- \CF@test@assign\CF@hook@currenttikz{#3}\CF@hook@defaulttikz
+ \CF@testempty@andassign\CF@hook@currentname{#1}\CF@kook@defaultname
+ \CF@testempty@andassign\CF@hook@currentlink{#2}\CF@hook@defaultlink
+ \CF@testempty@andassign\CF@hook@currenttikz{#3}\CF@hook@defaulttikz
}
\def\CF@grab@optarg[#1]#2\@nil#3{%
@@ -890,17 +1120,20 @@
\def\CF@remove@singlehook#1?#2\@nil{#1#2}
-\newcommand*\setlewis[3]{%
- \ifx\@empty#1\@empty\def\CF@lewis@offset{1.5pt}\else\def\CF@lewis@offset{#1}\fi
- \ifx\@empty#2\@empty\def\CF@lewis@length{1.5ex}\else\def\CF@lewis@length{#2}\fi
- \ifx\@empty#3\@empty\def\CF@lewis@style{}\else\def\CF@lewis@style{#3}\fi
+\newcommand*\setlewis[4][0.3ex]{%
+ \def\CF@lewis@widthdouble{#1}% TODO à renseigner dans la doc (oublié dans la version 0.3)
+ \ifx\@empty#2\@empty\def\CF@lewis@offset{0.4ex}\else\def\CF@lewis@offset{#2}\fi
+ \ifx\@empty#3\@empty\def\CF@lewis@length{1.5ex}\else\def\CF@lewis@length{#3}\fi
+ \ifx\@empty#4\@empty\def\CF@lewis@style{}\else\def\CF@lewis@style{#4}\fi
}
\setlewis{}{}{}
-\newcommand*\lewis[1]{\begingroup\@makeother;\CF@lewis@i#1\@nil}
+\newcommand*\lewis{\begingroup\@makeother;\@makeother:\CF@lewis@i}
-\def\CF@lewis@i#1,#2\@nil%
+\newcommand\CF@lewis@i[1]{\CF@lewis@ii#1\@nil}
+
+\def\CF@lewis@ii#1,#2\@nil%
{%
\setbox\CF@lewis@box\hbox{\printatom{#2}}%
\def\CF@lewis@remainpos{#1}%
@@ -913,25 +1146,31 @@
\let\CF@lewis@x\pgfmathresult
\pgfmathparse{\ht\CF@lewis@box/2+\ifcase\CF@lewis@currentpos\space0\or1\or1\or1\or0\or-1\or-1\or-1\fi*(\ht\CF@lewis@box/2\ifnum\CF@lewis@currentpos>4 +\dp\CF@lewis@box\fi+\CF@lewis@offset)}%
\let\CF@lewis@y\pgfmathresult
- \edef\CF@lewis@xoffset{\ifcase\CF@lewis@currentpos\space0\or0.7071\or1\or0.7071\or0\or-0.7071\or-1\or-0.7071\fi}%
- \edef\CF@lewis@yoffset{\ifcase\CF@lewis@currentpos\space-1\or-0.7071\or0\or0.7071\or1\or0.7071\or0\or-0.7071\fi}%
+ \edef\CF@lewis@xoffset{\ifcase\CF@lewis@currentpos\space
+ 0\or0.70711\or1\or0.70711\or0\or-0.70711\or-1\or-0.70711\fi}%
+ \edef\CF@lewis@yoffset{\ifcase\CF@lewis@currentpos\space
+ -1\or-0.70711\or0\or0.70711\or1\or0.70711\or0\or-0.70711\fi}%
+ \pgfmathparse{veclen(\CF@lewis@xoffset,\CF@lewis@yoffset)}\let\CF@len@normvec\pgfmathresult
+ \edef\CF@lewis@diagmul{\ifcase\CF@lewis@currentpos\space1\or0\or1\or0\or1\or0\or1\or0\fi}% annule l'offset pour les diagonales
\if.\expandafter\@car\CF@lewis@remainpos\relax\@nil
\edef\CF@lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF@lewis@remainpos}%
- \tikz \draw[overlay,fill,black] ([xshift=-\CF@lewis@yoffset*0.8,yshift=\CF@lewis@xoffset*0.8]\CF@lewis@x pt,\CF@lewis@y pt)circle(0.8pt);%
+ \tikz \draw[overlay,fill,black]
+ (\CF@lewis@x pt-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@diagmul*0.1ex,
+ \CF@lewis@y pt+\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@diagmul*0.1ex)circle(0.15ex);%
\else
\if|\expandafter\@car\CF@lewis@remainpos\relax\@nil
\edef\CF@lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF@lewis@remainpos}%
\expandafter\tikz\expandafter\draw\expandafter[\CF@lewis@style,overlay]%
(\CF@lewis@x-\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y-\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)--
- ([xshift=-\CF@lewis@yoffset*2,yshift=\CF@lewis@xoffset*2]\CF@lewis@x-\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@length/2 pt,\CF@lewis@y-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@length/2 pt)--
- ([xshift=-\CF@lewis@yoffset*2,yshift=\CF@lewis@xoffset*2]\CF@lewis@x+\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y+\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)--
+ ([xshift=-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@widthdouble,yshift=\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@widthdouble]\CF@lewis@x-\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@length/2 pt,\CF@lewis@y-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@length/2 pt)--
+ ([xshift=-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@widthdouble,yshift=\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@widthdouble]\CF@lewis@x+\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y+\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)--
(\CF@lewis@x+\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y+\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)--cycle;%
\else
\if:\expandafter\@car\CF@lewis@remainpos\relax\@nil
\edef\CF@lewis@remainpos{\expandafter\@gobble\CF@lewis@remainpos}%
\tikz \draw[overlay,fill,black]
- ([xshift=-2*\CF@lewis@xoffset,yshift=-2*\CF@lewis@yoffset]\CF@lewis@x pt,\CF@lewis@y pt)circle(0.8pt)%
- ([xshift=2*\CF@lewis@xoffset,yshift=2*\CF@lewis@yoffset]\CF@lewis@x pt,\CF@lewis@y pt)circle(0.8pt);%
+ (\CF@lewis@x pt-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@diagmul*0.2ex-.2em*\CF@lewis@xoffset/\CF@len@normvec,\CF@lewis@y pt+\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@diagmul*0.2ex-.2em*\CF@lewis@yoffset/\CF@len@normvec)circle(0.15ex)%
+ (\CF@lewis@x pt-\CF@lewis@yoffset*\CF@lewis@diagmul*0.2ex+.2em*\CF@lewis@xoffset/\CF@len@normvec,\CF@lewis@y pt+\CF@lewis@xoffset*\CF@lewis@diagmul*0.2ex+.2em*\CF@lewis@yoffset/\CF@len@normvec)circle(0.15ex);%
\else
\expandafter\tikz\expandafter\draw\expandafter[\CF@lewis@style,overlay]%
(\CF@lewis@x-\CF@lewis@length*\CF@lewis@xoffset/2 pt,\CF@lewis@y-\CF@lewis@length*\CF@lewis@yoffset/2 pt)--%
@@ -950,9 +1189,9 @@
\hbox{\printatom{#2}}%
\hrule width0pt depth0pt height#1\relax
\hbox{%
- \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/2\relax
+ \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/\tw@
\printatom{#3}%
- \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/2\relax
+ \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/\tw@
}%
\vskip-\dimexpr\ht\CF@box@boxb+\dp\CF@box@boxb+#1\relax
}%
@@ -964,9 +1203,9 @@
\hbox{\printatom{#2}}%
\hrule width0pt depth0pt height-\dimexpr#1+\ht\CF@box@boxa+\ht\CF@box@boxb+\dp\CF@box@boxb\relax
\hbox{%
- \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/2\relax
+ \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/\tw@
\printatom{#3}%
- \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/2\relax
+ \hskip\dimexpr(\wd\CF@box@boxa-\wd\CF@box@boxb)/\tw@
}%
}%
}
@@ -988,17 +1227,17 @@
\def\CF@equi@chars{<>}\def\CF@chemrel@chars{#3}%
\def\CF@chemrel@stuff
{\leavevmode\kern\CF@chemrel@hsep
- \begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]%
+ \tikzpicture[every node/.style={anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]%
\CF@if@instr{#3}{<>}%
- {\node[yshift=-2pt] at(0,0)(chemrel@start){\vphantom I};\node[yshift=-2pt] at(\CF@chemrel@length,0)(chemrel@end){\vphantom I};%
- \expandafter\draw\expandafter[\CF@remove@equichars#3,\@nil->](chemrel@start)--(chemrel@end);%
- \node[yshift=2pt] at(0,0)(chemrel@start){\vphantom I};\node[yshift=2pt] at(\CF@chemrel@length,0)(chemrel@end){\vphantom I};%
- \expandafter\draw\expandafter[\CF@remove@equichars#3,\@nil<-](chemrel@start)--(chemrel@end);
+ {\node[yshift=-1pt] at(0,0)(chemrel@start){\vphantom I};\node[yshift=-1pt] at(\CF@chemrel@length,0)(chemrel@end){\vphantom I};%
+ \expandafter\draw\expandafter[\CF@remove@equichars#3,\@nil-](chemrel@end)--(chemrel@start);\fill (chemrel@start)--++(4pt,-1.75pt)--+(-1.5pt,1.75pt)--cycle;%
+ \node[yshift=1pt] at(0,0)(chemrel@start){\vphantom I};\node[yshift=1pt] at(\CF@chemrel@length,0)(chemrel@end){\vphantom I};%
+ \expandafter\draw\expandafter[\CF@remove@equichars#3,\@nil-](chemrel@start)--(chemrel@end);\fill(chemrel@end)--++(-4pt,1.75pt)--+(1.5pt,-1.75pt)--cycle;
}%
{\node at(0,0)(chemrel@start){\vphantom I};\node at(\CF@chemrel@length,0)(chemrel@end){\vphantom I};%
\draw[#3](chemrel@start)--(chemrel@end);%
}%
- \end{tikzpicture}%
+ \endtikzpicture
\kern\CF@chemrel@hsep
}%
\ifx#1\@empty
@@ -1013,6 +1252,47 @@
}
\def\CF@remove@equichars#1<>#2\@nil{#1#2}
+
+\newcommand\chemmove[2][]{%
+ \ifx\@empty#2\@empty
+ \expandafter\@gobble
+ \else
+ \expandafter\@firstofone
+ \fi
+ {\expandafter\tikzpicture\romannumeral\ifx\@empty#1\@empty\expandafter\@firstoftwo\else\expandafter\@secondoftwo\fi
+ {\z@[remember picture,overlay]}{\z@[remember picture,overlay,#1]}#2
+ \endtikzpicture
+ }%
+}
+
+\newcommand*\chemnameinit[1]{%
+ \setbox\CF@stuff@box\hbox{#1}%
+ \edef\CF@dp@max{\the\dp\CF@stuff@box}%
+}
+\chemnameinit{}
+
+\def\CF@parse@molname#1\\#2\@nil{%
+ \hbox to\CF@wd@stuffbox{\hss#1\hss}%
+ \ifx\@empty#2\@empty
+ \else
+ \CF@swap@fi
+ \CF@parse@molname#2\@nil
+ \fi
+}
+
+\newcommand*\chemname[3][1.5ex]{%
+ \setbox\CF@stuff@box\hbox{#2}%
+ \edef\CF@wd@stuffbox{\the\wd\CF@stuff@box}\edef\CF@dp@stuffbox{\the\dp\CF@stuff@box}%
+ \leavevmode
+ \ifdim\CF@dp@max<\CF@dp@stuffbox\let\CF@dp@max\CF@dp@stuffbox\fi
+ \vtop{%
+ \box\CF@stuff@box
+ \nointerlineskip
+ \kern\dimexpr#1+\CF@dp@max-\CF@dp@stuffbox\relax
+ \CF@parse@molname#3\\\@nil
+ }%
+}
+
\endinput
######################################################################
@@ -1035,4 +1315,35 @@ v0.2 2010/08/31
l'on écrit \chemfig{*5(=====)}, on obtient deux polygones
réguliers concentriques.
- La séquence de contrôle \setnodestyle permet de spécifier le
- style des nœuds dessinés par tikz. \ No newline at end of file
+ style des nœuds dessinés par tikz.
+----------------------------------------------------------------------
+v0.3 2010/11/21
+ - Amélioration de \definesubmol qui accepte les séquences de
+ contrôle. On peut aussi choisir un alias dont la substitution
+ est différente selon l'orientation de la liaison qui lui arrive
+ dessus.
+ - Le caractère "|" force la fin d'un atome. Si on écrit "D|ef"
+ alors, chemfig verra deux atomes "D" et "ef".
+ - Le caractère "#" est reconnu lorsqu'il suit un caractère de
+ liaison. Il doit être suivi d'un argument entre parenthèses qui
+ contient l'offset de début et de fin qui s'appliqueront à cette
+ liaison.
+ - La macro \chemfig admet un argument optionnel qui sera passé à
+ l'environnement tikzpicture dans lequel elle est dessinée.
+ - Mise en place de la représentation des mécanismes réactionnels
+ avec la synatxe "@{<nom>}" devant un atome ou
+ "@{<nom>,<coeff>}" au tout début de l'argument d'une liaison.
+ Cette syntaxe permet de placer un nœud (au sens de tikz) qui
+ deviendra l'extrémité des flèches des mécanismes.
+ Le tracé des flèches est faite par la macro \chemmove dont
+ l'argument optionnel devient celui de l'environnement
+ tikspicture dans lequel sont faites les flèches.
+ - Pour le mécanisme d'alignement vertical via le \vphantom, la
+ commande \chemskipalign permet d'ignorer le groupe d'atomes
+ dans lequel elle est écrite.
+ - La commande \chemname permet d'afficher un nom sous une
+ molécule. la commande \chemnameinit initialise la plus grande
+ profondeur rencontrée.
+ - La commande \lewis a été modifiée de telle sorte que les
+ dessins des décorations soient proportionnels à la taille de la
+ police. \ No newline at end of file