texshade 1.18

git-svn-id: svn://tug.org/texlive/trunk@7474 c570f23f-e606-0410-a88d-b1316a301751

4 files changed, 60 insertions, 4 deletions

diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc
new file mode 100644
index 00000000000..aed297dac4a
--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc
@@ -0,0 +1,56 @@
+
+T-COFFEE, Version_5.31(Fri Oct 26 17:01:36 2007)
+Cedric Notredame
+CPU TIME:1 sec.
+SCORE=54
+*
+ BAD AVG GOOD
+*
+AQP1.PRO   :  55
+AQP2.PRO   :  58
+AQP3.PRO   :  46
+AQP4.PRO   :  55
+AQP5.PRO   :  58
+cons       :  54
+
+AQP1.PRO       1 65------------------------3777666677777766666666556666666554   36
+AQP2.PRO       1 -2------------------------2776667777777777777667666666666654   35
+AQP3.PRO       1 5---------9644-----33322111------457777665555556555657555544   40
+AQP4.PRO       1 63DGAAARRW9644PPCSR33322113667667677777666666666666767666665   60
+AQP5.PRO       1 65------------------------4877667667777777776666666667666665   36
+cons           1 54--------9644-----33322113777667667777766666666666666666554   60
+
+AQP1.PRO      37 111221111223454555555555444444444554455555555544544445555444   96
+AQP2.PRO      36 ---33----323444444444444444454444455556666555555555455565555   88
+AQP3.PRO      41 111211----11444444444433333232333344455565555544444445555444   96
+AQP4.PRO      61 ---331111223554555555544444454455555666666666555555455555555  117
+AQP5.PRO      37 ---43----323555555555554444454455555555666555555555555565555   89
+cons          61 111331111323454545444444444444444455555665555555555455555555  120
+
+AQP1.PRO      97 5555555556555655555----------4444445555555555555555-----5555  141
+AQP2.PRO      89 6556666666666665555----------5555555566666666666666-----5556  133
+AQP3.PRO      97 4445555555555554443YYDAIWAFAG2322222333333344443454LDMVN4445  156
+AQP4.PRO     118 5556666666666665544----------4445545555555555665666-----6666  162
+AQP5.PRO      90 5555555556666665554----------4455555666666666666677-----6676  134
+cons         121 5555556666666655554----------4444444555555555555566-----5566  180
+
+AQP1.PRO     142 6677777777777766666666-5666656666666555666556677777778777766  200
+AQP2.PRO     134 5566777777777766666555-5565556666666555556556788888888888777  192
+AQP3.PRO     157 7666777777777777765444V3454455554444322222224577777777777665  216
+AQP4.PRO     163 7777777777777777776666-5555555555666555555555677777777777766  221
+AQP5.PRO     135 7777888788887777776666-5666666666666555555556677777777777776  193
+cons         181 7677777777777777666555-5565555565556544555555677777777777766  240
+
+AQP1.PRO     201 7766--666---------66666666665555666666555566544455555220111-  248
+AQP2.PRO     193 7766--666---------6666666665555555555555556664456666633-222-  239
+AQP3.PRO     217 5544LA2220EVFTTGQN223333434333334433332322------------------  258
+AQP4.PRO     222 6555--555---------55655666656666655555555454-33345544100111-  268
+AQP5.PRO     194 6666--5440--------5555556655555555555544445664444555533-222T  242
+cons         241 6665--5550--------55555555555555555555444455544455555220221-  300
+
+AQP1.PRO     249 22222--2111111111----11000----------------------------3  269
+AQP2.PRO     240 33333--42222222223--3333333233322-------------------223  271
+AQP3.PRO     259 --------------------2111222122211122-111112221-------12  285
+AQP4.PRO     269 11111KG22111111123VE3222333233322122D111112221SSGEVL224  323
+AQP5.PRO     243 23333--33222223334--3333333----------------------------  265
+cons         301 23322--32222222223--3222223233322122-111112221------223  355
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF
index aef0f2b0e06..e8a39be7f01 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF
@@ -16,7 +16,7 @@ AQP5.PRO  MK........................KEVCSLAFFKAVFAEFLATLIFVFFGLGSALKWP
           61                                                      120
 AQP1.PRO  YPLERNQTLVQDNVKVSLAFGLSIATLAQSVGHISGAHSNPAVTLGLLLSCQISILRAVM
 AQP2.PRO  ...SS....PPSVLQIAVAFGLGIGILVQALGHVSGAHINPAVTVACLVGCHVSFLRAAF
-AQP3.PRO  LSRGTHGGF....LTINLAFGFAVTLAILVAGQVSGAHLNPAVTFAMCFLAREPWIKLPI
+AQP3.PRO  LSRGTH....GGFLTINLAFGFAVTLAILVAGQVSGAHLNPAVTFAMCFLAREPWIKLPI
 AQP4.PRO  ...GSENPLPVDMVLISLCFGLSIATMVQCFGHISGGHINPAVTVAMVCTRKISIAKSVF
 AQP5.PRO  ...SA....LPTILQISIAFGLAIGTLAQALGPVSGGHINPAITLALLIGNQISLLRAVF
 
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README
index 7f5f24c0a1c..bb80eed3bd1 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README
@@ -1,4 +1,4 @@
-    TeXshade v1.17
+    TeXshade v1.18
     >>
     >> A LaTeX package for setting nucleotide and peptide alignments.
     >>
@@ -26,7 +26,7 @@
     >> ding modes.  TeXshade  combines  highest  flexibility  and the
     >> habitual TeX output quality--with reasonable time expenditure.
     >>
-    Copyright (C)  1999 - 2007  Eric Beitz
+    Copyright (C)  1999 - 2008  Eric Beitz
 
 
 
@@ -125,7 +125,7 @@
 3 - CONTACT
 
     E-Mail:  ebeitz@pharmazie.uni-kiel.de
-    WWW:     http://www.pharmazie.uni-kiel.de/chem/
+    WWW:     http://www.pharmazie.uni-kiel.de/chem/Prof_Beitz/biotex.html
              (On-line documentation and updates)
     Address: Eric Beitz, University of Kiel, Pharmaceutical Chemistry,
              Gutenbergstrasse 76, D-24118 Kiel (Germany)
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf
index 377a84ff478..1b47c480cdc 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf