summaryrefslogtreecommitdiff
path: root/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade
diff options
context:
space:
mode:
authorKarl Berry <karl@freefriends.org>2008-04-17 15:21:19 +0000
committerKarl Berry <karl@freefriends.org>2008-04-17 15:21:19 +0000
commit679b379df816aa8af46fd18bd199c5ade5cb9662 (patch)
tree894b060f76780a0b99c8dd4c044efed3913e7ea5 /Master/texmf-dist/doc/latex/texshade
parent8a1fed7bea2318d80390919b2c106509e4efceef (diff)
texshade 1.18
git-svn-id: svn://tug.org/texlive/trunk@7474 c570f23f-e606-0410-a88d-b1316a301751
Diffstat (limited to 'Master/texmf-dist/doc/latex/texshade')
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc56
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF2
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README6
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdfbin628139 -> 640261 bytes
4 files changed, 60 insertions, 4 deletions
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc
new file mode 100644
index 00000000000..aed297dac4a
--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc
@@ -0,0 +1,56 @@
+
+T-COFFEE, Version_5.31(Fri Oct 26 17:01:36 2007)
+Cedric Notredame
+CPU TIME:1 sec.
+SCORE=54
+*
+ BAD AVG GOOD
+*
+AQP1.PRO : 55
+AQP2.PRO : 58
+AQP3.PRO : 46
+AQP4.PRO : 55
+AQP5.PRO : 58
+cons : 54
+
+AQP1.PRO 1 65------------------------3777666677777766666666556666666554 36
+AQP2.PRO 1 -2------------------------2776667777777777777667666666666654 35
+AQP3.PRO 1 5---------9644-----33322111------457777665555556555657555544 40
+AQP4.PRO 1 63DGAAARRW9644PPCSR33322113667667677777666666666666767666665 60
+AQP5.PRO 1 65------------------------4877667667777777776666666667666665 36
+cons 1 54--------9644-----33322113777667667777766666666666666666554 60
+
+AQP1.PRO 37 111221111223454555555555444444444554455555555544544445555444 96
+AQP2.PRO 36 ---33----323444444444444444454444455556666555555555455565555 88
+AQP3.PRO 41 111211----11444444444433333232333344455565555544444445555444 96
+AQP4.PRO 61 ---331111223554555555544444454455555666666666555555455555555 117
+AQP5.PRO 37 ---43----323555555555554444454455555555666555555555555565555 89
+cons 61 111331111323454545444444444444444455555665555555555455555555 120
+
+AQP1.PRO 97 5555555556555655555----------4444445555555555555555-----5555 141
+AQP2.PRO 89 6556666666666665555----------5555555566666666666666-----5556 133
+AQP3.PRO 97 4445555555555554443YYDAIWAFAG2322222333333344443454LDMVN4445 156
+AQP4.PRO 118 5556666666666665544----------4445545555555555665666-----6666 162
+AQP5.PRO 90 5555555556666665554----------4455555666666666666677-----6676 134
+cons 121 5555556666666655554----------4444444555555555555566-----5566 180
+
+AQP1.PRO 142 6677777777777766666666-5666656666666555666556677777778777766 200
+AQP2.PRO 134 5566777777777766666555-5565556666666555556556788888888888777 192
+AQP3.PRO 157 7666777777777777765444V3454455554444322222224577777777777665 216
+AQP4.PRO 163 7777777777777777776666-5555555555666555555555677777777777766 221
+AQP5.PRO 135 7777888788887777776666-5666666666666555555556677777777777776 193
+cons 181 7677777777777777666555-5565555565556544555555677777777777766 240
+
+AQP1.PRO 201 7766--666---------66666666665555666666555566544455555220111- 248
+AQP2.PRO 193 7766--666---------6666666665555555555555556664456666633-222- 239
+AQP3.PRO 217 5544LA2220EVFTTGQN223333434333334433332322------------------ 258
+AQP4.PRO 222 6555--555---------55655666656666655555555454-33345544100111- 268
+AQP5.PRO 194 6666--5440--------5555556655555555555544445664444555533-222T 242
+cons 241 6665--5550--------55555555555555555555444455544455555220221- 300
+
+AQP1.PRO 249 22222--2111111111----11000----------------------------3 269
+AQP2.PRO 240 33333--42222222223--3333333233322-------------------223 271
+AQP3.PRO 259 --------------------2111222122211122-111112221-------12 285
+AQP4.PRO 269 11111KG22111111123VE3222333233322122D111112221SSGEVL224 323
+AQP5.PRO 243 23333--33222223334--3333333---------------------------- 265
+cons 301 23322--32222222223--3222223233322122-111112221------223 355
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF
index aef0f2b0e06..e8a39be7f01 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF
@@ -16,7 +16,7 @@ AQP5.PRO MK........................KEVCSLAFFKAVFAEFLATLIFVFFGLGSALKWP
61 120
AQP1.PRO YPLERNQTLVQDNVKVSLAFGLSIATLAQSVGHISGAHSNPAVTLGLLLSCQISILRAVM
AQP2.PRO ...SS....PPSVLQIAVAFGLGIGILVQALGHVSGAHINPAVTVACLVGCHVSFLRAAF
-AQP3.PRO LSRGTHGGF....LTINLAFGFAVTLAILVAGQVSGAHLNPAVTFAMCFLAREPWIKLPI
+AQP3.PRO LSRGTH....GGFLTINLAFGFAVTLAILVAGQVSGAHLNPAVTFAMCFLAREPWIKLPI
AQP4.PRO ...GSENPLPVDMVLISLCFGLSIATMVQCFGHISGGHINPAVTVAMVCTRKISIAKSVF
AQP5.PRO ...SA....LPTILQISIAFGLAIGTLAQALGPVSGGHINPAITLALLIGNQISLLRAVF
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README
index 7f5f24c0a1c..bb80eed3bd1 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README
@@ -1,4 +1,4 @@
- TeXshade v1.17
+ TeXshade v1.18
>>
>> A LaTeX package for setting nucleotide and peptide alignments.
>>
@@ -26,7 +26,7 @@
>> ding modes. TeXshade combines highest flexibility and the
>> habitual TeX output quality--with reasonable time expenditure.
>>
- Copyright (C) 1999 - 2007 Eric Beitz
+ Copyright (C) 1999 - 2008 Eric Beitz
@@ -125,7 +125,7 @@
3 - CONTACT
E-Mail: ebeitz@pharmazie.uni-kiel.de
- WWW: http://www.pharmazie.uni-kiel.de/chem/
+ WWW: http://www.pharmazie.uni-kiel.de/chem/Prof_Beitz/biotex.html
(On-line documentation and updates)
Address: Eric Beitz, University of Kiel, Pharmaceutical Chemistry,
Gutenbergstrasse 76, D-24118 Kiel (Germany)
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf
index 377a84ff478..1b47c480cdc 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf
Binary files differ