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author | Karl Berry <karl@freefriends.org> | 2006-01-09 00:44:40 +0000 |
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committer | Karl Berry <karl@freefriends.org> | 2006-01-09 00:44:40 +0000 |
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doc 4
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4 files changed, 498 insertions, 0 deletions
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/README b/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/README new file mode 100644 index 00000000000..c58141f4041 --- /dev/null +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/README @@ -0,0 +1,30 @@ +Abstract + + labbook.cls - a document class that produces an index of sectioning + commands + + This class is designed to typeset laboratory journals that contain + chronologically ordered records about experiments. From the + sectioning commands, an experiment index is generated. The class + is based on the KOMA-Script class scrbook.cls. + +To produce the class and example files + + latex labbook.ins + + +To produce the documentation + + (pdf)latex labbook.dtx + + To produce an index for the documentation: + + makeindex -s gind.ist labbook + + To produce a change history for the documentation: + + makeindex -s gglo.ist -o labbook.gls labbook.glo + +Users of Emacs and AUCTeX might want to copy the file labbook.el to +a place where AUCTeX finds its style files. + diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/examplde.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/examplde.tex new file mode 100644 index 00000000000..c6c546d2973 --- /dev/null +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/examplde.tex @@ -0,0 +1,103 @@ +%% +%% This is file `examplde.tex', +%% generated with the docstrip utility. +%% +%% The original source files were: +%% +%% labbook.dtx (with options: `examplde') +%% +%% Copyright (C) 2002 Frank K^^fcster. +%% +%% All rights reserved. +\ProvidesFile{examplde.tex}% + [2003/05/20 v1.1 LaTeX2e labbook document class] +\documentclass[idxtotoc,hyperref]{labbook} + + +\usepackage[T1]{fontenc} +\usepackage[latin1]{inputenc} +\usepackage[english,german]{babel} + +\usepackage[% + backref=page,% + pdfpagelabels=true,% + plainpages=false,% + colorlinks=true,% + bookmarks=true,% + pdfview=FitB]{hyperref} + +\input{boilerplates} + + +\newexperiment{prep_S-peptide}{Pr^^e4paration von RNase-A-S-Peptid} +\newsubexperiment{subtilisin}[Subtilisin-Verdau]{Behandlung mit + Subtilisin} + +\newexperiment{prep?irge1nd&^was}{Herstellung von gereinigtem + Irgendwas} + +\newexperiment{lyoph-A}{Lyophilisieren von A} +\newexperiment{lyoph-B}{Lyophilisieren von B} + +\begin{document} + +\frontmatter +\title{Laborjournal vom 2003-04-22 bis \dots} +\author{Erika Ehrgeizig} +\maketitle + +\printindex +\tableofcontents + +\mainmatter + +\labday{Dienstag, 22. April 2003} + +\experiment{prep_S-peptide} +\subexperiment{subtilisin} + +\Xsometext\par +\Xsometext\par +\Xsometext\par +\Xsometext\par +\begin{figure}[htbp] + \centering + \sdsgel + \caption{Ein sehr interessantes SDS-Gel} + \label{fig:digest-sds} +\end{figure} + +\experiment{Expression von Hagridin in \textit{E. coli}} + +\subexperiment[Transformation mit HagIV-Plasmid]{Transformation von + hogwarts-auxotrophen \textit{E. coli} mit dem Plasmid HagIV} + +\Xothertext\Xothertext + +\labday{Mittwoch, 23. April 2003} + +\experiment{prep_S-peptide} + +\subexperiment[subtilisin]{Verdau mit der neuen Charge Subtilisin} + +\experiment{prep?irge1nd&^was} + +\experiment{Herstellung von A} + +A wurde nach der Vorschrift in M^^fcller \textit{et al.} hergestellt und +vorl^^e4ufig im Eisschrank gelagert. + +\labday{Donnerstag, 24. April 2003} + +\experiment{Herstellung von B} + +B wurde nach der Vorschrift von Meier und Schulze hergestellt. + + +\experiment[Lyophilisieren von A und B,lyoph-A, lyoph-B ]{Lyophilisieren + von A und B} + +\end{document} +\endinput +%% +%% End of file `examplde.tex'. diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/examplen.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/examplen.tex new file mode 100644 index 00000000000..e06b77b0649 --- /dev/null +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/examplen.tex @@ -0,0 +1,101 @@ +%% +%% This is file `examplen.tex', +%% generated with the docstrip utility. +%% +%% The original source files were: +%% +%% labbook.dtx (with options: `examplen') +%% +%% Copyright (C) 2002 Frank K^^fcster. +%% +%% All rights reserved. +\ProvidesFile{examplen.tex}% + [2003/05/20 v1.1 LaTeX2e labbook document class] + +\documentclass[idxtotoc,hyperref]{labbook} + + +\usepackage[% + backref=page,% + pdfpagelabels=true,% + plainpages=false,% + colorlinks=true,% + bookmarks=true,% + pdfview=FitB]{hyperref} + +\input{boilerplates} + + +\newexperiment{prep_S-peptide}{Preparation of RNase A S-peptide} +\newsubexperiment{subtilisin}[subtilisin digest]{Digestion with + Subtilisin} + +\newexperiment{prep?some1th&^ing}{Preparation of purified something} + +\newexperiment{lyoph-A}{Lyophilization of A} +\newexperiment{lyoph-B}{Lyophilization of B} + +\begin{document} + +\frontmatter +\title{Laboratory Journal from 2003-04-22 to \dots} +\author{Jane Eager} +\maketitle + +\printindex +\tableofcontents + +\mainmatter + +\labday{Tuesday, April 22, 2003} + +\experiment{prep_S-peptide} +\subexperiment{subtilisin} + +\Xsometext\par +\Xsometext\par +\Xsometext\par +\Xsometext\par +\begin{figure}[htbp] + \centering + \sdsgel + \caption{Some very interesting SDS gel} + \label{fig:digest-sds} +\end{figure} + +\experiment{Expression of Hagridin in \textit{E. coli}} + +\subexperiment[Transformation with HagIV plasmid]{Transformation of + hogwarts-auxotrophic \textit{E. coli} with the HagIV + plasmid} + +\Xothertext\Xothertext + +\labday{Wednesday, April 23, 2003} + +\experiment{prep_S-peptide} + +\subexperiment[subtilisin]{Digestion using the new batch of + Subtilisin} + +\experiment{prep?some1th&^ing} + +\experiment{Preparation of A} + +A was prepared according to the protocol in Muller \textit{et al.} and +was temporarily stored in the freezer. + +\labday{Thursday, April 24, 2003} + +\experiment{Preparation of B} + +B was prepared according to the protocol by Smith and Fox. + + +\experiment[Lyophilization of A and B,lyoph-A, lyoph-B ]{Lyophilization + of A and B} + +\end{document} +\endinput +%% +%% End of file `examplen.tex'. diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/labboode.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/labboode.tex new file mode 100644 index 00000000000..460f3e8ae1d --- /dev/null +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/labbook/labboode.tex @@ -0,0 +1,264 @@ +%% +%% This is file `labboode.tex', +%% generated with the docstrip utility. +%% +%% The original source files were: +%% +%% labbook.dtx (with options: `labboode') +%% +%% Copyright (C) 2002 Frank K^^fcster. +%% +%% All rights reserved. +\ProvidesFile{labboode.tex}% + [2003/05/20 v1.1 LaTeX2e labbook document class] +\documentclass[a4paper]{article} +\usepackage{doc} +\usepackage{ngerman} +\usepackage[T1]{fontenc} +\usepackage[latin1]{inputenc} + +\MacroIndent=2em + +\MakeShortVerb{\|} + +\begin{document} + +\title{labbook.cls, eine \LaTeX-Klasse zum F"uhren von experimentellen + Laborjournalen, Version 1.1} + +\author{Frank K"uster} +\date{2003-05-20} +\maketitle + +\begin{abstract} + Diese Klasse soll es erm"oglichen, Laborb"ucher mit chronologischen + Aufzeichnungen "uber Experimente mit \LaTeX\ zu f"uhren. Die neuen + Seiten werden einfach jeden Tag hinten angeheftet, aus den + Gliederungselementen wird ein Experiment-Index generiert, um das + Auffinden von bestimmten Experimenten zu erleichtern. Durch + unterschiedliche Seitennummerierung kann der Vorspann (Index, + Inhalt, Abk^^fcrzungsverzeichnis) unabh^^e4ngig vom Hauptteil verl"angert + werden. Die Klasse basiert auf der KOMA-Script-Klasse + |scrbook.cls|. Es k"onnen daher alle Merkmale dieser Klasse + verwendet werden -- die Lekt"ure des |scrguide|, der + KOMA-Script-Dokumentation, wird daher sehr empfohlen. +\end{abstract} + +\tableofcontents + +\section{Generelles} + +\subsection{Rechtliches} + +Die F"uhrung von Laborb"uchern ist teilweise gesetzlich geregelt, oft +stellen Institutionen zur Forschungsf"orderung weitere Anforderungen. +In der Regel ist es daher \emph{nicht} erlaubt, ein Laborjournal +lediglich in elektronischer Form zu f"uhren; teilweise sind gebundene +B"ucher vorgeschrieben. Allerdings scheint es auch dort "ublich zu +sein, die Notizen, die man w"ahrend der Experimente auf losen +Bl"attern, in Computerdateien oder einem "`Schmierbuch"' gef"uhrt hat, +mehr oder weniger regelm"a"sig ins gebundene Laborjournal zu +"ubertragen. + +Aus diesem Grund scheint es mir vertretbar, mit einer elektronischen +und einer parallelen ausgedruckten Fassung des Laborjournals zu +arbeiten. Bei Bedarf kann die ausgedruckte Fassung geheftet oder +gebunden werden, eine auf CD-ROM gebrannte Version sollte einem Buch +an Beweiskraft nicht nachstehen. Dem stehen die gro"sen Vorteile v.a. einer +PDF-Fassung gegen"uber: Volltextsuche, einfache Einbindung von +Graphen und Bildern, M"oglichkeit der Verlinkung von Datendateien etc. + +\subsection{Merkmale} +\label{sec:features} + +\begin{description} +\item[Basisklasse] |labbook.cls| basiert auf der KOMA-Script-Klasse + |scrbook.cls| und bietet daher alle M^^f6glichkeiten dieser Klasse, vom + Seitenlayout ^^fcber Kopfzeilengestaltung und Absatzauszeichnung bis + hin zu Variationen des Layouts von \textit{floats} und + Randbemerkungen. Die Lekt^^fcre des scrguide wird sehr empfohlen! +\item[Gliederung] Die Gliederung erfolgt zun"achst chronologisch, + statt |\chapter| wird |\labday| verwendet. Innerhalb eines Tages + wird nach Experimenten untergliedert -- das kann eine vollst^^e4ndige + Messung von der Planung bis zur Auswertung sein, aber auch ein + Arbeitsgang eines mehrere Tage dauernden Versuchs. |\experiment| + steht auf der Ebene von |\section|, zus^^e4tzlich steht + |\subexperiment| auf der |\subsection|-Ebene zur Verf^^fcgung. Darunter + gibt es die "ublichen Gliederungsebenen, auch wenn eine sehr tiefe + Schachtelung wenig sinnvoll erscheint -- man beachte das + |\minisec|-Kommando von KOMA-Script. +\item[Index und Inhaltsverzeichnis] Wegen der chronologischen Gliederung ist ein + traditionelles Inhaltsverzeichnis nicht ausreichend, besonders wenn + Versuche in einem zusammenh"angenden Experiment an verschiedenen + Tagen durchgef"uhrt werden. Daher wird zus^^e4tzlich ein Index + ausgegeben. Der Index wird aus den Inhaltsverzeichnis-Eintr^^e4gen der + Abschnittsbefehle erstellt. Als Argument f^^fcr |\experiment| und + |\subexperiment| kann man auch vorher definierte Abk^^fcrzungen + verwenden. Dadurch soll die konsistente Erstellung des Index + erleichtert werden. Au^^dferdem k^^f6nnen einem Experiment mehrere + Indexeintr^^e4ge zugeordnet werden. +\item[hyperref-Integration] Die Klasse arbeitet gut mit dem Paket + |hyperref.sty| zur Erstellung von pdf-Dateien mit + Navigationsfunktionen zusammen. +\end{description} + +\section{Benutzung} +\label{sec:usage} + +\subsection{Initialisierung} +\label{sec:options} + +Wenn man hyperref verwenden m^^f6chte \emph{muss} man die Klassenoption +|hyperref| angeben: +\begin{verbatim} +\documentclass[hyperref]{labbook} +\end{verbatim} +Danach kann man hyperref und andere Pakete in der jeweils passenden +Reihenfolge laden. Wird hyperref geladen, ohne die Option anzugeben, +dann ^^fcberschreibt es einige ^^c4nderungen, die in dieser Klasse in +\LaTeX-Interna eingef^^fcgt werden. Umgekehrt werden diese ^^c4nderungen gar +nicht erst durchgef^^fchrt, wenn man die Option |hyperref| angibt, aber +das Laden des Paketes vergisst! Bei der Verwendung von hyperref +sollte man au^^dferdem die KOMA-Option |idxtotoc| in Erw^^e4gung ziehen: Der +Index wird n^^e4mlich nicht nur in das Inhaltsverzeichnis aufgenommen, +sondern auch in die PDF-Bookmarks. + +Ansonsten werden derzeit einfach alle Optionen an scrbook +durchgereicht. Die Verwendung von |openany| bietet sich an, damit +Labortage auf jeder Seite beginnen k^^f6nnen. + +\section{Gliederungsbefehle} +\label{sec:gliederungsbefehle} + +subsection{\textbackslash\texttt{labday}} +label{sec:labday} + +\DescribeMacro{\labday} Der Befehl |\labday| kann verwendet werden, um +eine nicht nummerierte "Uberschrift zu erzeugen. Ihr Text (bzw. der des +optionalen Arguments) wird ins Inhaltsverzeichnis aufgenommen und als +lebender Kolumnentitel gesetzt. In der Regel wird man einfach das +Datum, vielleicht mit dem Wochentag, verwenden. |\labday| k^^fcmmert +sich auch um die Indexeintr^^e4ge der untergeordneten Gliederungspunkte; +man sollte es nur innerhalb von mainmatter verwenden. Intern wird +|\addchap| aufgerufen, es gibt keine Sternform und kein optionales +Argument. + +\subsection{\textbackslash\texttt{experiment} und + \textbackslash\texttt{subexperiment}: Einfache Verwendung} +\label{sec:exper-und-subexp} + +\DescribeMacro{\experiment} Innerhalb eines Tages k"onnen nummerierte +"Uberschriften f^^fcr einzelne Experimente mit +\begin{verbatim} +\experiment[<Kurzform>]{<Langform>} +\end{verbatim} +erzeugt werden. Ihr Text (bzw. der des optionalen Arguments) wird +nicht nur ins Inhaltsverzeichnis und den Seitenkopf geschrieben, +sondern auch in den Index. Dieser erleichtert die Orientierung, +besonders wenn Experimente mehrfach oder "uber mehrere Tage hinweg +durchgef"uhrt werden. Die Indexeintr"age geben nicht nur die Seiten +des Beginns jedes Experiments an, sondern den ganzen Seitenbereich, +und fassen zusammenh^^e4ngende Bereiche des gleichen Experiments an +unterschiedlichen Tagen zusammen. + +Beachten Sie, dass man im optionalen Argument keine Kommas verwenden +darf, weil es auch eine durch Kommas abgetrennte Liste enthalten kann +(s.\,u.). Wenn Sie doch ein Komma ben^^f6tigen, schlie^^dfen Sie das +optionale Argument nochmals in geschweifte Klammern ein: +\begin{verbatim} +\experiment[{eins, zwei, drei}]{Die Eins, die zwei und die Drei} +\end{verbatim} + +\DescribeMacro{\subexperiment} Das selbe gilt f"ur die darunter +liegenden |\subexperiment|-Eintr"age. Sie sind f"ur Untergliederungen +der Art "`Planung, Durchf"uhrung, Auswertung"' oder "`Herstellung, +Reinigung, Messung"' vorgesehen. + +\subsection{Fortgeschrittene Verwendung: Abk"urzungen} +\label{sec:abkurzungen} + +\DescribeMacro{\newexperiment} Wenn man f^^fcr das gleiche Experiment an +unterschiedlichen Stellen leicht unterschiedliche Formulierungen (oder +Schreibungen) w^^e4hlt, erh^^e4lt man unterschiedliche Indexeintr^^e4ge. Um +dies zu vermeiden, kann man sich Abk"urzungen f^^fcr h^^e4ufig auftretende +Experimente definieren. Dies geschieht mit dem Makro + +|\newexperiment{<abk>}{<Langform>}{<Kurzform>}| + +Dabei bezeichnet |<abk>| die Abk"urzung, mit der man auf die +definierte |<Langform>| und |<Kurzform>| zugreifen kann (letztere f^^fcr +Index, Inhaltsverzeichnis und Kolumnentitel). Der Text der Abk"urzung +ist dabei \emph{ohne} vorangestellten Backslash einzugeben, also als +|\experiment{abk}|! Die Abk"urzungen d"urfen au^^dfer der Tilde +(\textasciitilde), dem Komma und Leerzeichen s^^e4mtliche Zeichen +enthalten. + +\DescribeMacro{\newsubexperiment} F^^fcr |\subexperiment| steht ein +analoges Makro, |\newsubexperiment|, zur Verf^^fcgung. + +Bei jeder Verwendung eines dieser Makros wird "uberpr"uft, ob die +gew"unschte Abk"urzung bereits verwendet wurde, und gegebenenfalls ein +Fehler erzeugt. Gleichlautende Abk"urzungen f"ur |\experiment| und +|\subexperiment| sind grunds"atzlich m"oglich, d"urften aber nur +Verwirrung stiften (beim Benutzer, nicht bei \TeX). Wird das dritte +Argument dieser Makros leer gelassen, so wird die Langform auch f"ur +Index und Inhaltsverzeichnis verwendet. + +|\experiment| und |\subexperiment| k"onnen wie |\section| mit oder +ohne optionales Argument verwendet werden, und zwar sowohl mit v"ollig +frei gew"ahlten "Uberschriften (Kurz- und Langform) als auch mit einer +Abk"urzung. Die Kombination einer Abk"urzung im optionalen Argument +und einer variierten, freien Langform im Hauptargument ist m"oglich, +die Verwendung eines frei formulierten optionalen Arguments mit einer +Abk"urzung im Pflichargument f"uhrt jedoch zu einem Fehler, denn die +Abk"urzung legt ja bereits einen Index- und Verzeichniseintrag fest. +Die Verwendung zweier unterschiedlicher Abk"urzungen in optionalem und +Pflichtargument ist m"oglich, wenn sie beide zum selben Indexeintrag +f"uhren. + +\subsection{Mehrfache Indexeintr^^e4ge} + +Manchmal f^^fchrt man zusammenpassende Arbeitschritte f^^fcr verschiedene +Experimente parallel aus, das verkompliziert die Indexeintr^^e4ge. +Stellen Sie sich z.\,B. vor, Sie h^^e4tten mit einer Screening-Methode +die Substanzen A152 und B96 aus einer kombinatorischen Bibliothek als +vielversprechende Medikamente identifiziert. Als n^^e4chstes m^^f6chten Sie +deren exakte Struktur, Zusammensetzung oder Sequenz verifizieren und +eine Pr^^e4parationsmethode f^^fcr etwas gr^^f6^^dfere Mengen entwickeln. +Wahrscheinlich k^^f6nnen Sie Zeit sparen, indem Sie einige dieser +Schritte f^^fcr beide Substanzen parallel ausf^^fchren, aber dann erhalten +Sie einen Index mit Eintr^^e4gen wie "`A152 und B96, Sequenzierung"' -- +und zwei Monate sp^^e4ter sollen Sie sich erinnern, ob sie B96 zusammen +mit A152 sequenziert haben oder stattdessen in der folgenden Woche mit +A43 und C12. Daher w^^e4re es praktisch, f^^fcr das Experiment +"`Sequenzierung von A152 und B96"' zwei Indexeintr^^e4ge zu erhalten, +n^^e4mlich "A152, Sequenzierung"' und "B96, Sequenzierung"'. Und genau +das k^^f6nnen Sie einfach erzeugen. + +\DescribeMacro{\subexperiment}\DescribeMacro{\experiment} +Denn die Syntax von |\experiment| und |\subexperiment| erlaubt es, +eine durch Kommata abgetrennte Liste im optionalen Argument zu +verwenden. Das erste Element wird f^^fcr das Inhaltsverzeichnis und die +Kolumnentitel verwendet, und die folgenden Elemente liefern +Indexeintr^^e4ge. Angenommen, Sie haben die Abk^^fcrzungen A152-seq und +B96-seq definiert, dann brauchen Sie nur zu schreiben: +\begin{verbatim} +\experiment[Sequenzierung A152 und B96, A152-seq, +B96-seq]{Sequenzierung der Inhibitor-Kandidaten A152 und B96} +\end{verbatim} +und Sie erhalten was Sie w^^fcnschen. Leerzeichen vor und nach den +Kommata werden ignoriert. Sie k^^f6nnen ^^fcberall Abk^^fcrzungen oder freien +Text w^^e4hlen, obwohl f^^fcr die Indexeintr^^e4ge wahrscheinlich nur +Abk^^fcrzungen wirklich sinnvoll sind. + +\section{Implementierung} + +Die Implementierung ist auf Englisch dokumentiert und kann durch +^^dcbersetzung von |labbook.dtx| mit latex erhalten werden. + +\PrintIndex + +\end{document} +\endinput +%% +%% End of file `labboode.tex'. |