欧文TrueType Fontを使用しましたが、(この例の場合にはcmr10 に)対応するtfmファイルが見つかりませんでした。

この時は、文字を並べるための情報を *.ttf から得ていますので、文字位置に「ずれ」が生じている可能性があります。tfmファイル *.tfm のあるディレクトリ(-TEXPK: と異なり、フォント名は含めない)を -TEXFONTS: に正しく設定してください。