ツールバーの View->Warning を選択してチェックをはずすと、以下Warningのときにメッセージ表示のためのウインドウが開くことがなくなります。
メッセージは記録されているので、Help->Information などでこのウインドウを開くと、遡ってメッセージを見ることができます。上記チェックがはずれていても、このウインドウを開いたままにしておけば、そのときのメッセージが表示されます。
このチェックのON/OFFの状態は、dvioutを終了すると、次回のdvioutには引き継がれません。