From 679b379df816aa8af46fd18bd199c5ade5cb9662 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Karl Berry Date: Thu, 17 Apr 2008 15:21:19 +0000 Subject: texshade 1.18 git-svn-id: svn://tug.org/texlive/trunk@7474 c570f23f-e606-0410-a88d-b1316a301751 --- Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc | 56 ++++++++++++++++++++++ Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF | 2 +- Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README | 6 +-- Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf | Bin 628139 -> 640261 bytes 4 files changed, 60 insertions(+), 4 deletions(-) create mode 100644 Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc (limited to 'Master/texmf-dist/doc') diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc new file mode 100644 index 00000000000..aed297dac4a --- /dev/null +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQP_TC.asc @@ -0,0 +1,56 @@ + +T-COFFEE, Version_5.31(Fri Oct 26 17:01:36 2007) +Cedric Notredame +CPU TIME:1 sec. +SCORE=54 +* + BAD AVG GOOD +* +AQP1.PRO : 55 +AQP2.PRO : 58 +AQP3.PRO : 46 +AQP4.PRO : 55 +AQP5.PRO : 58 +cons : 54 + +AQP1.PRO 1 65------------------------3777666677777766666666556666666554 36 +AQP2.PRO 1 -2------------------------2776667777777777777667666666666654 35 +AQP3.PRO 1 5---------9644-----33322111------457777665555556555657555544 40 +AQP4.PRO 1 63DGAAARRW9644PPCSR33322113667667677777666666666666767666665 60 +AQP5.PRO 1 65------------------------4877667667777777776666666667666665 36 +cons 1 54--------9644-----33322113777667667777766666666666666666554 60 + +AQP1.PRO 37 111221111223454555555555444444444554455555555544544445555444 96 +AQP2.PRO 36 ---33----323444444444444444454444455556666555555555455565555 88 +AQP3.PRO 41 111211----11444444444433333232333344455565555544444445555444 96 +AQP4.PRO 61 ---331111223554555555544444454455555666666666555555455555555 117 +AQP5.PRO 37 ---43----323555555555554444454455555555666555555555555565555 89 +cons 61 111331111323454545444444444444444455555665555555555455555555 120 + +AQP1.PRO 97 5555555556555655555----------4444445555555555555555-----5555 141 +AQP2.PRO 89 6556666666666665555----------5555555566666666666666-----5556 133 +AQP3.PRO 97 4445555555555554443YYDAIWAFAG2322222333333344443454LDMVN4445 156 +AQP4.PRO 118 5556666666666665544----------4445545555555555665666-----6666 162 +AQP5.PRO 90 5555555556666665554----------4455555666666666666677-----6676 134 +cons 121 5555556666666655554----------4444444555555555555566-----5566 180 + +AQP1.PRO 142 6677777777777766666666-5666656666666555666556677777778777766 200 +AQP2.PRO 134 5566777777777766666555-5565556666666555556556788888888888777 192 +AQP3.PRO 157 7666777777777777765444V3454455554444322222224577777777777665 216 +AQP4.PRO 163 7777777777777777776666-5555555555666555555555677777777777766 221 +AQP5.PRO 135 7777888788887777776666-5666666666666555555556677777777777776 193 +cons 181 7677777777777777666555-5565555565556544555555677777777777766 240 + +AQP1.PRO 201 7766--666---------66666666665555666666555566544455555220111- 248 +AQP2.PRO 193 7766--666---------6666666665555555555555556664456666633-222- 239 +AQP3.PRO 217 5544LA2220EVFTTGQN223333434333334433332322------------------ 258 +AQP4.PRO 222 6555--555---------55655666656666655555555454-33345544100111- 268 +AQP5.PRO 194 6666--5440--------5555556655555555555544445664444555533-222T 242 +cons 241 6665--5550--------55555555555555555555444455544455555220221- 300 + +AQP1.PRO 249 22222--2111111111----11000----------------------------3 269 +AQP2.PRO 240 33333--42222222223--3333333233322-------------------223 271 +AQP3.PRO 259 --------------------2111222122211122-111112221-------12 285 +AQP4.PRO 269 11111KG22111111123VE3222333233322122D111112221SSGEVL224 323 +AQP5.PRO 243 23333--33222223334--3333333---------------------------- 265 +cons 301 23322--32222222223--3222223233322122-111112221------223 355 diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF index aef0f2b0e06..e8a39be7f01 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/AQPpro.MSF @@ -16,7 +16,7 @@ AQP5.PRO MK........................KEVCSLAFFKAVFAEFLATLIFVFFGLGSALKWP 61 120 AQP1.PRO YPLERNQTLVQDNVKVSLAFGLSIATLAQSVGHISGAHSNPAVTLGLLLSCQISILRAVM AQP2.PRO ...SS....PPSVLQIAVAFGLGIGILVQALGHVSGAHINPAVTVACLVGCHVSFLRAAF -AQP3.PRO LSRGTHGGF....LTINLAFGFAVTLAILVAGQVSGAHLNPAVTFAMCFLAREPWIKLPI +AQP3.PRO LSRGTH....GGFLTINLAFGFAVTLAILVAGQVSGAHLNPAVTFAMCFLAREPWIKLPI AQP4.PRO ...GSENPLPVDMVLISLCFGLSIATMVQCFGHISGGHINPAVTVAMVCTRKISIAKSVF AQP5.PRO ...SA....LPTILQISIAFGLAIGTLAQALGPVSGGHINPAITLALLIGNQISLLRAVF diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README index 7f5f24c0a1c..bb80eed3bd1 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README +++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/README @@ -1,4 +1,4 @@ - TeXshade v1.17 + TeXshade v1.18 >> >> A LaTeX package for setting nucleotide and peptide alignments. >> @@ -26,7 +26,7 @@ >> ding modes. TeXshade combines highest flexibility and the >> habitual TeX output quality--with reasonable time expenditure. >> - Copyright (C) 1999 - 2007 Eric Beitz + Copyright (C) 1999 - 2008 Eric Beitz @@ -125,7 +125,7 @@ 3 - CONTACT E-Mail: ebeitz@pharmazie.uni-kiel.de - WWW: http://www.pharmazie.uni-kiel.de/chem/ + WWW: http://www.pharmazie.uni-kiel.de/chem/Prof_Beitz/biotex.html (On-line documentation and updates) Address: Eric Beitz, University of Kiel, Pharmaceutical Chemistry, Gutenbergstrasse 76, D-24118 Kiel (Germany) diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf index 377a84ff478..1b47c480cdc 100644 Binary files a/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf and b/Master/texmf-dist/doc/latex/texshade/texshade.pdf differ -- cgit v1.2.3