summaryrefslogtreecommitdiff
path: root/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples
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context:
space:
mode:
Diffstat (limited to 'Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples')
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-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-style.tex233
12 files changed, 1591 insertions, 0 deletions
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-conference-talk/beamerexample-conference-talk.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-conference-talk/beamerexample-conference-talk.tex
new file mode 100644
index 00000000000..f5faef720e9
--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-conference-talk/beamerexample-conference-talk.tex
@@ -0,0 +1,744 @@
+% Copyright 2007 by Till Tantau
+%
+% This file may be distributed and/or modified
+%
+% 1. under the LaTeX Project Public License and/or
+% 2. under the GNU Public License.
+%
+% See the file doc/licenses/LICENSE for more details.
+
+
+
+\documentclass{beamer}
+
+%
+% DO NOT USE THIS FILE AS A TEMPLATE FOR YOUR OWN TALKS¡!!
+%
+% Use a file in the directory solutions instead.
+% They are much better suited.
+%
+
+
+% Setup appearance:
+
+\usetheme{Darmstadt}
+\usefonttheme[onlylarge]{structurebold}
+\setbeamerfont*{frametitle}{size=\normalsize,series=\bfseries}
+\setbeamertemplate{navigation symbols}{}
+
+
+% Standard packages
+
+\usepackage[english]{babel}
+\usepackage[latin1]{inputenc}
+\usepackage{times}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+
+
+% Setup TikZ
+
+\usepackage{tikz}
+\usetikzlibrary{arrows}
+\tikzstyle{block}=[draw opacity=0.7,line width=1.4cm]
+
+
+% Author, Title, etc.
+
+\title[Block Partitioning and Perfect Phylogenies]
+{%
+ On the Complexity of SNP Block Partitioning Under the Perfect
+ Phylogeny Model%
+}
+
+\author[Gramm, Hartman, Nierhoff, Sharan, Tantau]
+{
+ Jens~Gramm\inst{1} \and
+ Tzvika~Hartman\inst{2} \and
+ Till~Nierhoff\inst{3} \and
+ Roded~Sharan\inst{4} \and
+ \textcolor{green!50!black}{Till~Tantau}\inst{5}
+}
+
+\institute[Tübingen and others]
+{
+ \inst{1}%
+ Universität Tübingen, Germany
+ \and
+ \vskip-2mm
+ \inst{2}%
+ Bar-Ilan University, Ramat-Gan, Israel
+ \and
+ \vskip-2mm
+ \inst{3}%
+ International Computer Science Institute, Berkeley, USA
+ \and
+ \vskip-2mm
+ \inst{4}%
+ Tel-Aviv University, Israel
+ \and
+ \vskip-2mm
+ \inst{5}%
+ Universität zu Lübeck, Germany
+}
+
+\date[WABI 2006]
+{Workshop on Algorithms in Bioinformatics, 2006}
+
+
+
+% The main document
+
+\begin{document}
+
+\begin{frame}
+ \titlepage
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Outline}
+ \tableofcontents
+\end{frame}
+
+
+\section{Introduction}
+
+\subsection{The Model and the Problem}
+
+\begin{frame}{What is haplotyping and why is it important?}
+ You hopefully know this after the previous three talks\dots
+\end{frame}
+
+\begin{frame}[t]{General formalization of haplotyping.}
+ \begin{block}{Inputs}
+ \begin{itemize}
+ \item A \alert{genotype matrix} $G$.
+ \item The \alert{rows} of the matrix are \alert{taxa / individuals}.
+ \item The \alert{columns} of the matrix are \alert{SNP sites /
+ characters}.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+ \begin{block}{Outputs}
+ \begin{itemize}
+ \item A \alert{haplotype matrix} $H$.
+ \item Pairs of rows in $H$ \alert{explain} the rows of $G$.
+ \item The haplotypes in $H$ are \alert{biologically plausible}.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}[t]{Our formalization of haplotyping.}
+ \begin{block}{Inputs}
+ \begin{itemize}
+ \item A genotype matrix $G$.
+ \item The rows of the matrix are individuals / taxa.
+ \item The columns of the matrix are SNP sites / characters.
+ \item<alert@1->
+ The problem is directed: one haplotype is known.
+ \item<alert@1->
+ The input is biallelic: there are only two homozygous
+ states (0 and 1) and one heterozygous state (2).
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+ \begin{block}{Outputs}
+ \begin{itemize}
+ \item A haplotype matrix $H$.
+ \item Pairs of rows in $H$ explain the rows of $G$.
+ \item<alert@1> The haplotypes in $H$ form a perfect phylogeny.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{We can do perfect phylogeny haplotyping efficiently, but
+ \dots}
+ \begin{enumerate}
+ \item \alert{Data may be missing.}
+ \begin{itemize}
+ \item This makes the problem NP-complete \dots
+ \item \dots even for very restricted cases.
+ \end{itemize}
+ \textcolor{green!50!black}{Solutions:}
+ \begin{itemize}
+ \item Additional assumption like the rich data hypothesis.
+ \end{itemize}
+ \item \alert{No perfect phylogeny is possible.}
+ \begin{itemize}
+ \item This can be caused by chromosomal crossing-over effects.
+ \item This can be caused by incorrect data.
+ \item This can be caused by multiple mutations at the same sites.
+ \end{itemize}
+ \textcolor{green!50!black}{Solutions:}
+ \begin{itemize}
+ \item Look for phylogenetic networks.
+ \item Correct data.
+ \item<alert@1->
+ Find blocks where a perfect phylogeny is possible.
+ \end{itemize}
+ \end{enumerate}
+\end{frame}
+
+
+\subsection{The Integrated Approach}
+
+\begin{frame}{How blocks help in perfect phylogeny haplotyping.}
+ \begin{enumerate}
+ \item Partition the site set into overlapping contiguous blocks.
+ \item Compute a perfect phylogeny for each block and combine them.
+ \item Use dynamic programming for finding the partition.
+ \end{enumerate}
+
+ \begin{tikzpicture}
+ \useasboundingbox (0,-1) rectangle (10,2);
+
+ \draw[line width=2mm,dash pattern=on 1mm off 1mm]
+ (0,1) -- (9.99,1) node[midway,above] {Genotype matrix}
+ (0,0.6666) -- (9.99,0.6666)
+ (0,0.3333) -- (9.99,0.3333)
+ (0,0) -- (9.99,0) node[midway,below] {\only<1>{no perfect phylogeny}};
+
+ \begin{scope}[xshift=-.5mm]
+ \only<2->
+ {
+ \draw[red,block] (0,.5) -- (3,.5)
+ node[midway,below] {perfect phylogeny};
+ }
+
+ \only<3->
+ {
+ \draw[green!50!black,block] (2.5,.5) -- (7,.5)
+ node[pos=0.6,below] {perfect phylogeny};
+ }
+
+ \only<4->
+ {
+ \draw[blue,block] (6.5,.5) -- (10,.5)
+ node[pos=0.6,below] {perfect phylogeny};
+ }
+ \end{scope}
+ \end{tikzpicture}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Objective of the integrated approach.}
+ \begin{enumerate}
+ \item Partition the site set into \alert{noncontiguous} blocks.
+ \item Compute a perfect phylogeny for each block and combine them.
+ \item<alert@1-> Compute partition while computing perfect
+ phylogenies.
+ \end{enumerate}
+
+ \begin{tikzpicture}
+ \useasboundingbox (0,-1) rectangle (10,2);
+
+ \draw[line width=2mm,dash pattern=on 1mm off 1mm]
+ (0,1) -- (9.99,1) node[midway,above] {Genotype matrix}
+ (0,0.6666) -- (9.99,0.6666)
+ (0,0.3333) -- (9.99,0.3333)
+ (0,0) -- (9.99,0) node[midway,below] {\only<1>{no perfect phylogeny}};
+
+ \only<2->
+ {
+ \begin{scope}[xshift=-0.5mm]
+ \draw[red,block] (0,.5) -- (3,.5)
+ node[midway,below] {perfect phylogeny}
+ (8,.5) -- (9,.5);
+
+ \draw[green!50!black,block]
+ (3,.5) -- (6,.5)
+ node[pos=0.6,below] {perfect phylogeny}
+ (6.4,.5) -- (8,.5)
+ (9,.5) -- (10,.5);
+
+ \draw[blue,block] (6,.5) -- (6.4,.5)
+ node[midway,below=5mm] {perfect phylogeny};
+ \end{scope}
+ }
+ \end{tikzpicture}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{The formal computational problem.}
+ We are interested in the computational complexity of \\
+ \alert{the function \alert{$\chi_{\operatorname{PP}}$}}:
+ \begin{itemize}
+ \item It gets genotype matrices as input.
+ \item It maps them to a number $k$.
+ \item This number is minimal such that the sites can be
+ covered by $k$ sets, each admitting a perfect phylogeny.
+ \\
+ (We call this a \alert{pp-partition}.)
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+\section{Bad News: Hardness Results}
+
+\subsection{Hardness of PP-Partitioning of Haplotype Matrices}
+
+\begin{frame}{Finding pp-partitions of haplotype matrices.}
+ We start with a special case:
+ \begin{itemize}
+ \item The inputs $M$ are \alert{already haplotype matrices}.
+ \item The inputs $M$ \alert{do not allow a perfect phylogeny}.
+ \item What is $\chi_{\operatorname{PP}}(M)$?
+ \end{itemize}
+ \begin{example}
+ \begin{columns}
+ \column{.3\textwidth}
+ $M\colon$
+ \footnotesize
+ \begin{tabular}{cccc}
+ 0 & 0 & 0 & 1 \\
+ 0 & 1 & 0 & 0 \\
+ 1 & 0 & 0 & 0 \\
+ 0 & 1 & 0 & 0 \\
+ 1 & 0 & 0 & 0 \\
+ 0 & 1 & 0 & 1 \\
+ 1 & 1 & 0 & 0 \\
+ 0 & 0 & 1 & 0 \\
+ 1 & 0 & 1 & 0
+ \end{tabular}%
+ \only<2>
+ {%
+ \begin{tikzpicture}
+ \useasboundingbox (2.9,0);
+
+ \draw [red, opacity=0.7,line width=1cm] (1.7 ,1.9) -- (1.7 ,-1.7);
+ \draw [blue,opacity=0.7,line width=5mm] (0.85,1.9) -- (0.85,-1.7)
+ (2.55,1.9) -- (2.55,-1.7);
+ \end{tikzpicture}
+ }
+ \column{.6\textwidth}
+ \begin{overprint}
+ \onslide<1>
+ No perfect phylogeny is possible.
+
+ \onslide<2>
+ \textcolor{blue!70!bg}{Perfect phylogeny}
+
+ \textcolor{red!70!bg}{Perfect phylogeny}
+
+ $\chi_{\operatorname{PP}}(M) = 2$.
+
+ \end{overprint}
+ \end{columns}
+ \end{example}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Bad news about pp-partitions of haplotype matrices.}
+ \begin{theorem}
+ Finding \alert{optimal pp-partition of haplotype matrices}\\
+ is equivalent to finding \alert{optimal graph colorings}.
+ \end{theorem}
+
+ \begin{proof}[Proof sketch for first direction]
+ \begin{enumerate}
+ \item Let $G$ be a graph.
+ \item Build a matrix with a column for each vertex of $G$.
+ \item For each edge of $G$ add four rows inducing\\the
+ submatrix $\left(
+ \begin{smallmatrix}
+ 0 & 0 \\
+ 0 & 1 \\
+ 1 & 0 \\
+ 1 & 1
+ \end{smallmatrix}\right)$.
+ \item The submatrix enforces that the columns lie in different
+ perfect phylogenies. \qedhere
+ \end{enumerate}
+ \end{proof}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Implications for pp-partitions of haplotype matrices.}
+ \begin{corollary}
+ If $\chi_{\operatorname{PP}}(M) = 2$ for a haplotype matrix $M$,
+ we can find an optimal pp-partition in polynomial time.
+ \end{corollary}
+
+ \begin{corollary}
+ Computing $\chi_{\operatorname{PP}}$ for haplotype matrices is
+ \begin{itemize}
+ \item $\operatorname{NP}$-hard,
+ \item not fixed-parameter tractable, unless
+ $\operatorname{P}=\operatorname{NP}$,
+ \item very hard to approximate.
+ \end{itemize}
+ \end{corollary}
+\end{frame}
+
+
+\subsection{Hardness of PP-Partitioning of Genotype Matrices}
+
+
+\begin{frame}{Finding pp-partitions of genotype matrices.}
+ Now comes the general case:
+ \begin{itemize}
+ \item The inputs $M$ are \alert{genotype matrices}.
+ \item The inputs $M$ \alert{do not allow a perfect phylogeny}.
+ \item What is $\chi_{\operatorname{PP}}(M)$?
+ \end{itemize}
+ \begin{example}
+ \begin{columns}
+ \column{.3\textwidth}
+ $M\colon$
+ \footnotesize
+ \begin{tabular}{cccc}
+ 2 & 2 & 2 & 2 \\
+ 1 & 0 & 0 & 0 \\
+ 0 & 0 & 0 & 1 \\
+ 0 & 0 & 1 & 0 \\
+ 0 & 2 & 2 & 0 \\
+ 1 & 1 & 0 & 0
+ \end{tabular}%
+ \only<2>
+ {%
+ \begin{tikzpicture}
+ \useasboundingbox (2.9,0);
+
+ \draw [red, opacity=0.7,line width=1cm] (1.7 ,1.3) -- (1.7 ,-1.1);
+ \draw [blue,opacity=0.7,line width=5mm] (0.85,1.3) -- (0.85,-1.1)
+ (2.55,1.3) -- (2.55,-1.1);
+ \end{tikzpicture}
+ }
+ \column{.6\textwidth}
+ \begin{overprint}
+ \onslide<1>
+ No perfect phylogeny is possible.
+
+ \onslide<2>
+ \textcolor{blue!70!bg}{Perfect phylogeny}
+
+ \textcolor{red!70!bg}{Perfect phylogeny}
+
+ $\chi_{\operatorname{PP}}(M) = 2$.
+
+ \end{overprint}
+ \end{columns}
+ \end{example}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{Bad news about pp-partitions of haplotype matrices.}
+ \begin{theorem}
+ Finding \alert{optimal pp-partition of genotype matrices}
+ is at least as hard as finding \alert{optimal colorings of
+ 3-uniform hypergraphs}.
+ \end{theorem}
+
+ \begin{proof}[Proof sketch]
+ \begin{enumerate}
+ \item Let $G$ be a 3-uniform hypergraph.
+ \item Build a matrix with a column for each vertex of $G$.
+ \item For each hyperedge of $G$ add four rows inducing\\ the submatrix
+ $\left(
+ \begin{smallmatrix}
+ 2 & 2 & 2 \\
+ 1 & 0 & 0 \\
+ 0 & 1 & 0 \\
+ 0 & 0 & 1
+ \end{smallmatrix}\right)
+ $.
+ \item The submatrix enforces that the three columns do not all lie
+ in the same perfect phylogeny. \qedhere
+ \end{enumerate}
+ \end{proof}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Implications for pp-partitions of genotype matrices.}
+ \begin{corollary}
+ Even if we know $\chi_{\operatorname{PP}}(M) = 2$ for a genotype matrix $M$,\\
+ finding a pp-partition of any fixed size is still
+ \begin{itemize}
+ \item $\operatorname{NP}$-hard,
+ \item not fixed-parameter tractable, unless
+ $\operatorname{P}=\operatorname{NP}$,
+ \item very hard to approximate.
+ \end{itemize}
+ \end{corollary}
+\end{frame}
+
+
+\section{Good News: Tractability Results}
+
+\subsection{Perfect Path Phylogenies}
+
+\begin{frame}{Automatic optimal pp-partitioning is hopeless, but\dots}
+ \begin{itemize}
+ \item The hardness results are \alert{worst-case} results for\\
+ \alert{highly artificial inputs}.
+ \item \alert{Real biological data} might have special properties
+ that make the problem \alert{tractable}.
+ \item One such property is that perfect phylogenies are often
+ perfect \alert{path} phylogenies:
+
+ In HapMap data, in 70\% of the blocks where a perfect phylogeny
+ is possible a perfect path phylogeny is also possible.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{Example of a perfect path phylogeny.}
+ \begin{columns}[t]
+ \column{.3\textwidth}
+ \begin{exampleblock}{Genotype matrix}
+ $G\colon$
+ \begin{tabular}{ccc}
+ A & B & C \\\hline
+ 2 & 2 & 2 \\
+ 0 & 2 & 0 \\
+ 2 & 0 & 0 \\
+ 0 & 2 & 2
+ \end{tabular}
+ \end{exampleblock}
+
+ \column{.3\textwidth}
+ \begin{exampleblock}{Haplotype matrix}
+ $H\colon$
+ \begin{tabular}{ccc}
+ A & B & C \\\hline
+ 1 & 0 & 0 \\
+ 0 & 1 & 1 \\
+ 0 & 0 & 0 \\
+ 0 & 1 & 0 \\
+ 0 & 0 & 0 \\
+ 1 & 0 & 0 \\
+ 0 & 0 & 0 \\
+ 0 & 1 & 1
+ \end{tabular}
+ \end{exampleblock}
+
+ \column{.4\textwidth}
+ \begin{exampleblock}{Perfect path phylogeny}
+ \begin{center}
+ \begin{tikzpicture}[auto,thick]
+ \tikzstyle{node}=%
+ [%
+ minimum size=10pt,%
+ inner sep=0pt,%
+ outer sep=0pt,%
+ ball color=example text.fg,%
+ circle%
+ ]
+
+ \node [node] {} [->]
+ child {node [node] {} edge from parent node[swap]{A}}
+ child {node [node] {}
+ child {node [node] {} edge from parent node{C}}
+ edge from parent node{B}
+ };
+ \end{tikzpicture}
+ \end{center}
+ \end{exampleblock}
+ \end{columns}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{The modified formal computational problem.}
+ We are interested in the computational complexity of \\
+ the function $\chi_{\alert{\operatorname{PPP}}}$:
+ \begin{itemize}
+ \item It gets genotype matrices as input.
+ \item It maps them to a number $k$.
+ \item This number is minimal such that the sites can be
+ covered by $k$ sets, each admitting a perfect \alert{path} phylogeny.
+ \\
+ (We call this a ppp-partition.)
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+
+\subsection{Tractability of PPP-Partitioning of Genotype Matrices}
+
+\begin{frame}{Good news about ppp-partitions of genotype matrices.}
+ \begin{theorem}
+ \alert{Optimal ppp-partitions of genotype matrices} can be
+ computed in \alert{polynomial time}.
+ \end{theorem}
+ \begin{block}{Algorithm}
+ \begin{enumerate}
+ \item Build the following partial order:
+ \begin{itemize}
+ \item Can one column be above the other in a phylogeny?
+ \item Can the columns be the two children of the root of a
+ perfect path phylogeny?
+ \end{itemize}
+ \item Cover the partial order with as few compatible chain pairs
+ as possible.
+
+ For this, a maximal matching in a special graph needs to be
+ computed.
+ \end{enumerate}
+ \end{block}
+ \hyperlink{algorithm<1>}{\beamergotobutton{The algorithm in action}}
+ \hypertarget{return}{}
+\end{frame}
+
+\section*{Summary}
+
+\begin{frame}
+ \frametitle<presentation>{Summary}
+
+ \begin{itemize}
+ \item
+ Finding optimal pp-partitions is \alert{intractable}.
+ \item
+ It is even intractable to find a pp-partition when \alert{just two
+ noncontiguous blocks are known to suffice}.
+ \item
+ For perfect \alert{path} phylogenies, optimal partitions can be
+ computed \alert{in polynomial time}.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+\appendix
+
+\section*{Appendix}
+
+\begin{frame}[label=algorithm]{The algorithm in action.}{Computation of
+ the partial order.}
+ \begin{columns}[t]
+ \column{.4\textwidth}
+ \begin{exampleblock}{Genotype matrix}
+ $G\colon$
+ \begin{tabular}{ccccc}
+ A & B & C & D & E \\\hline
+ 2 & 2 & 2 & 2 & 2 \\
+ 0 & 1 & 2 & 1 & 0 \\
+ 1 & 0 & 0 & 1 & 2 \\
+ 0 & 2 & 2 & 0 & 0
+ \end{tabular}
+ \end{exampleblock}
+ \column{.6\textwidth}
+ \begin{exampleblock}{Partial order}
+ \begin{tikzpicture}[node distance=15mm]
+ \tikzstyle{every node}=
+ [%
+ fill=green!50!black!20,%
+ draw=green!50!black,%
+ minimum size=7mm,%
+ circle,%
+ thick%
+ ]
+
+ \node (A) {A};
+ \node (B) [right of=A] {B};
+ \node (C) [below of=B] {C};
+ \node (D) [above of=A] {D};
+ \node (E) [below of=A] {E};
+
+ \path [thick,shorten >=1pt,-stealth'] (A) edge (E)
+ (B) edge (C)
+ (D) edge (A)
+ edge[bend right] (E);
+
+ \uncover<2>{
+ \path [-,blue,thick](A) edge (B)
+ edge (C)
+ (B) edge (E)
+ (C) edge (E);}
+ \end{tikzpicture}
+
+ Partial order: \tikz[baseline] \draw[thick,-stealth'] (0pt,.5ex)
+ -- (5mm,.5ex);
+
+ \uncover<2>{\textcolor{blue}{Compatible as children of root:
+ \tikz[baseline] \draw[thick] (0pt,.5ex) -- (5mm,.5ex);}}
+ \end{exampleblock}
+ \end{columns}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{The algorithm in action.}{The matching in the special graph.}
+ \begin{columns}[t]
+ \column{.3\textwidth}
+ \begin{exampleblock}{Partial order}
+ \begin{tikzpicture}[node distance=15mm]
+ \tikzstyle{every node}=%
+ [%
+ fill=green!50!black!20,%
+ draw=green!50!black,%
+ minimum size=8mm,%
+ circle,%
+ thick%
+ ]
+
+ \node (A) {$A$};
+ \node (B) [right of=A] {$B$};
+ \node (C) [below of=B] {$C$};
+ \node (D) [above of=A] {$D$};
+ \node (E) [below of=A] {$E$};
+
+ \path [thick,shorten >=1pt,-stealth'] (A) edge (E)
+ (B) edge (C)
+ (D) edge (A)
+ edge[bend right] (E);
+
+ \path [-,blue,thick](A) edge (B)
+ edge (C)
+ (B) edge (E)
+ (C) edge (E);
+
+ \only<3->
+ {
+ \path[very thick,shorten >=1pt,-stealth',red] (D) edge (A) (B) edge (C);
+ \path [-,red,very thick](E) edge (B);
+ }
+ \end{tikzpicture}
+ \end{exampleblock}
+ \column{.7\textwidth}
+ \begin{exampleblock}{Matching graph}
+ \begin{tikzpicture}[node distance=15mm]
+ \tikzstyle{every node}=%
+ [%
+ fill=green!50!black!20,%
+ draw=green!50!black,%
+ minimum size=8mm,%
+ circle,%
+ thick,%
+ inner sep=0pt%
+ ]
+
+ \node (A) {$A$};
+ \node (B) [right of=A] {$B$};
+ \node (C) [below of=B] {$C$};
+ \node (D) [above of=A] {$D$};
+ \node (E) [below of=A] {$E$};
+
+ \begin{scope}[xshift=4.75cm]
+ \node (A') {$A'$};
+ \node (B') [right of=A'] {$B'$};
+ \node (C') [below of=B'] {$C'$};
+ \node (D') [above of=A'] {$D'$};
+ \node (E') [below of=A'] {$E'$};
+ \end{scope}
+
+ \path [thick] (A) edge (E')
+ (B) edge (C')
+ (D) edge (A')
+ edge (E');
+
+ \path [blue,thick](A') edge (B')
+ edge (C')
+ (B') edge (E')
+ (C') edge (E');
+
+ \only<2->
+ {
+ \path[very thick,red] (D) edge (A')
+ (B) edge (C')
+ (B') edge (E');
+ }
+ \end{tikzpicture}
+ \end{exampleblock}
+ \end{columns}
+
+ \medskip
+ \uncover<2->{A \alert{maximal matching} in the matching graph
+ \uncover<3>{induces\\ \alert{perfect path phylogenies}.}}
+
+ \hfill\hyperlink{return}{\beamerreturnbutton{Return}}
+\end{frame}
+
+\end{document}
+
+
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-beamer-version.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-beamer-version.tex
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--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-beamer-version.tex
@@ -0,0 +1,13 @@
+% Copyright 2007 by Till Tantau
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+% This file may be distributed and/or modified
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+% 1. under the LaTeX Project Public License and/or
+% 2. under the GNU Public License.
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+% See the file doc/licenses/LICENSE for more details.
+
+\documentclass[german,10pt]{beamer}
+
+\input{beamerexample-lecture-style.tex}
+\input{beamerexample-lecture-body.tex}
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-body.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-body.tex
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--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-body.tex
@@ -0,0 +1,587 @@
+% Copyright 2007 by Till Tantau
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+
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+%
+
+
+\lecture[1]{Syntax versus Semantik}{lecture-text}
+
+\subtitle{Text und seine Bedeutung}
+
+\date{27. Oktober 2006}
+
+
+\begin{document}
+
+\begin{frame}
+ \maketitle
+\end{frame}
+
+
+\section*{Ziele und Inhalt}
+
+\begin{frame}{Die Lernziele der heutigen Vorlesung und der Übungen.}
+ \begin{enumerate}
+ \item Die Begriffe Syntax und Semantik erklären können
+ \item Syntaktische und semantische Elemente natürlicher Sprachen und
+ von Programmiersprachen benennen können
+ \item Die Begriffe Alphabet und Wort kennen
+ \item Objekte als Worte kodieren können
+ \end{enumerate}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}\frametitle<presentation>{Gliederung}
+ \tableofcontents
+\end{frame}
+
+
+\section{Was ist Syntax?}
+
+\begin{frame}{Die zwei Hauptbegriffe der heutigen Vorlesung.}
+ \begin{block}{Grobe Definition (Syntax)}
+ Unter einer \alert{Syntax} verstehen wir \alert{Regeln}, nach denen
+ Texte \alert{strukturiert} werden dürfen.
+ \end{block}
+ \begin{block}{Grobe Definition (Semantik)}
+ Unter einer \alert{Semantik} verstehen wir die Zuordnung von
+ \alert{Bedeutung} zu Text.
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+
+\subsection[Syntax \protect\\ natürlicher Sprachen]{Syntax natürlicher Sprachen}
+
+\begin{frame}{Beobachtungen zu einem ägyptischen Text.}
+ \includegraphicscopyright[width=6cm]{beamerexample-lecture-pic3.jpg}
+ {Copyright by Guillaume Blanchard, GNU Free Documentation License, Low Resultion}
+
+ \begin{block}{Beobachtungen}
+ \begin{itemize}
+ \item Wir haben keine Ahnung, was der Text bedeutet.
+ \item Es gibt aber \alert{Regeln}, die offenbar eingehalten wurden,
+ wie »Hieroglyphen stehen in Zeilen«.
+ \item Solche Regeln sind \alert{syntaktische Regeln} -- man kann sie
+ überprüfen, ohne den Inhalt zu verstehen.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{Beobachtungen zu einem kyrillischen Text.}
+
+ \includegraphicscopyright[width=6.75cm]{beamerexample-lecture-pic4.jpg}
+ {Copyright by Cristian Chirita, GNU Free Documentation License, Low Resultion}
+
+ \begin{block}{Beobachtungen}
+ \begin{itemize}
+ \item Wir haben keine Ahnung, was der Text bedeutet.
+ \item Es gibt aber \alert{Regeln}, die offenbar eingehalten wurden.
+ \item Wir kennen mehr Regeln als bei den Hieroglyphen.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+
+ \begin{block}{Zur Diskussion}
+ Welche syntaktischen Regeln fallen Ihnen ein, die bei dem Text
+ eingehalten wurden?
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+
+
+\begin{frame}{Beobachtungen zu einem deutschen Text.}
+ \begin{quotation}
+ Informatiker lieben Logiker.
+ \end{quotation}
+
+ \bigskip
+ \begin{block}{Beobachtungen}
+ \begin{itemize}
+ \item Auch hier werden viele syntaktische Regeln eingehalten.
+ \item Es fällt uns aber \alert{schwerer}, diese zu erkennen.
+ \item Der Grund ist, dass wir \alert{sofort über die Bedeutung
+ nachdenken}.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Zur Syntax von natürlichen Sprachen.}
+ \begin{itemize}
+ \item
+ Die \alert{Syntax} einer natürlichen Sprache ist die Menge an
+ \alert{Regeln}, nach denen Sätze gebildet werden dürfen.
+ \item
+ Die \alert{Bedeutung} oder der \alert{Sinn} der gebildeten Sätze
+ ist dabei unerheblich.
+ \item
+ Jede Sprache hat ihre eigene Syntax; die Syntax verschiedener
+ Sprachen ähneln sich aber oft.
+ \item
+ Es ist nicht immer klar, ob eine Regel noch zur Syntax gehört
+ oder ob es schon um den Sinn geht.
+
+ \ExampleInline{Substantive werden groß geschrieben.}
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\subsection{Syntax von Programmiersprachen}
+
+\begin{frame}[fragile]{Beobachtungen zu einem Programmtext.}
+
+\begin{verbatim}
+\def\pgfpointadd#1#2{%
+ \pgf@process{#1}%
+ \pgf@xa=\pgf@x%
+ \pgf@ya=\pgf@y%
+ \pgf@process{#2}%
+ \advance\pgf@x by\pgf@xa%
+ \advance\pgf@y by\pgf@ya}
+\end{verbatim}
+ \begin{block}{Beobachtungen}
+ \begin{itemize}
+ \item Der Programmtext sieht sehr kryptisch aus.
+ \item Trotzdem gibt es offenbar wieder Regeln.
+ \item So scheint einem Doppelkreuz eine Ziffer zu folgen und
+ Zeilen muss man offenbar mit Prozentzeichen beenden.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}[fragile]{Beobachtungen zu einem weiteren Programmtext.}
+
+\begin{verbatim}
+for (int i = 0; i < 100; i++)
+ a[i] = a[i];
+\end{verbatim}
+ \begin{block}{Beobachtungen}
+ \begin{itemize}
+ \item Wieder gibt es Regeln, die eingehalten werden.
+ \item Wieder fällt es uns \alert{schwerer}, diese zu erkennen, da
+ wir \alert{sofort über den Sinn nachdenken}.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{Zur Syntax von Programmiersprachen}
+ \begin{itemize}
+ \item Die \alert{Syntax} einer Programmiersprache ist die
+ \alert{Menge von Regeln}, nach der Programmtexte gebildet werden
+ dürfen.
+ \item Die \alert{Bedeutung} oder der \alert{Sinn} der Programmtexte
+ ist dabei egal.
+ \item
+ Jede Programmiersprache hat ihre eigene Syntax; die Syntax
+ verschiedener Sprachen ähneln sich aber oft.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{5-Minuten-Aufgabe}
+ Welche der folgenden Regeln sind Syntax-Regeln?
+ \begin{enumerate}
+ \item Bezeichner dürfen nicht mit einer Ziffer anfangen.
+ \item Programme müssen in endlicher Zeit ein Ergebnis produzieren.
+ \item Öffnende und schließende geschweifte Klammern müssen
+ »balanciert« sein.
+ \item Methoden von Null-Objekten dürfen nicht aufgerufen werden.
+ \item Variablen müssen vor ihrer ersten Benutzung deklariert werden.
+ \end{enumerate}
+\end{frame}
+
+
+\subsection[Syntax\protect\\ logischer Sprachen]{Syntax logischer Sprachen}
+
+\begin{frame}{Beobachtungen zu einer logischen Formel.}
+ \begin{quotation}
+ $p \to q \land \neg q$
+ \end{quotation}
+
+ \bigskip
+ \begin{block}{Beobachtungen}
+ \begin{itemize}
+ \item Auch logische Formeln haben eine syntaktische Struktur.
+ \item So wäre es \alert{syntaktisch falsch}, statt einem Pfeil zwei
+ Pfeile zu benutzen.
+ \item Es wäre aber \alert{syntaktisch richtig}, statt einem
+ Negationszeichen zwei Negationszeichen zu verwenden.
+ \end{itemize}
+ \end{block}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Zur Syntax von logischen Sprachen}
+ \begin{itemize}
+ \item Die \alert{Syntax} einer logischen Sprache ist die
+ \alert{Menge von Regeln}, nach der Formeln gebildet werden
+ dürfen.
+ \item Die \alert{Bedeutung} oder der \alert{Sinn} der Formeln
+ ist dabei egal.
+ \item
+ Jede logische Sprache hat ihre eigene Syntax; die Syntax
+ verschiedener Sprachen ähneln sich aber oft.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+
+\section{Was ist Semantik?}
+
+\subsection[Semantik\protect\\ natürlicher Sprachen]{Semantik natürlicher Sprachen}
+
+\begin{frame}{Was bedeutet ein Satz?}
+
+ \begin{quotation}
+ Der Hörsaal ist groß.
+ \end{quotation}
+
+ \bigskip
+ \begin{itemize}
+ \item Dieser Satz hat eine \alert{Bedeutung}.
+ \item Eine \alert{Semantik} legt solche Bedeutungen fest.
+ \item Syntaktisch falschen Sätzen wird im Allgemeinen keine
+ Bedeutung zugewiesen.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Ein Satz, zwei Bedeutungen.}
+ \begin{quotation}
+ Steter Tropfen höhlt den Stein.
+ \end{quotation}
+
+ \bigskip
+ \begin{itemize}
+ \item Ein Satz kann \alert{mehrere Bedeutungen haben}, welche durch
+ \alert{unterschiedliche Semantiken} gegeben sind.
+ \item In der \alert{wortwörtlichen Semantik} sagt der Satz aus, dass
+ Steine ausgehöhlte werden, wenn man jahrelang Wasser auf
+ sie tropft.
+ \item In der \alert{übertragenen Semantik} sagt der Satz aus, dass
+ sich Beharrlichkeit auszahlt.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Die Semantik der Hieroglyphen}
+ \includegraphicscopyright[height=8cm]{beamerexample-lecture-pic5.jpg}
+ {Unknown Author, Public Domain, Low Resolution}
+\end{frame}
+
+
+\subsection{Semantik von Programmiersprachen}
+
+\begin{frame}[fragile]{Was bedeutet ein Programm?}
+\begin{verbatim}
+for (int i = 0; i < 100; i++)
+ a[i] = a[i];
+\end{verbatim}
+ \begin{itemize}
+ \item Auch dieser Programmtext »bedeutet etwas«, wir »meinen etwas«
+ mit diesem Text.
+ \item Die \alert{Semantik der Programmiersprache} legt fest,
+ was mit dem Programmtext gemeint ist.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}[fragile]{Ein Programm, zwei Bedeutungen.}
+\begin{verbatim}
+for (int i = 0; i < 100; i++)
+ a[i] = a[i];
+\end{verbatim}
+ \begin{itemize}
+ \item Ein Programmtext kann \alert{mehrere Bedeutungen haben},
+ welche durch \alert{unterschiedliche Semantiken} gegeben sind.
+ \item In der \alert{operationalen Semantik} bedeutet der
+ Programmtext, dass die ersten einhundert Elemente eines Arrays
+ \verb!a! nacheinander ihren eigenen Wert zugewiesen bekommen.
+ \item In der \alert{denotationellen Semantik} bedeutet der
+ Programmtext, dass nichts passiert.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+\subsection[Semantik\protect\\ logischer Sprachen]{Semantik logischer Sprachen}
+
+
+
+
+\section{Grundlage der Syntax: Text}
+
+\begin{frame}{Eine mathematische Sicht auf Text.}
+ \begin{itemize}
+ \item Viele (aber nicht alle!) syntaktische Systeme bauen auf
+ \alert{Text} auf.
+ \item Auch solche Systeme, die nicht auf Text aufbauen, lassen sich
+ trotzdem durch Text beschreiben.
+ \item Es ist deshalb nützlich, auf Text \text{Methoden der
+ Mathematik} anwenden zu können.
+ \item Im Folgenden wird deshalb die \alert{mathematische Sicht} auf
+ Text eingeführt, die \alert{in der gesamten Theoretischen
+ Informatik} genutzt wird.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+\subsection{Alphabete}
+
+\begin{frame}{Formale Alphabete}
+ \begin{definition}[Alphabet]
+ Ein \alert{Alphabet} ist eine nicht-leere, endliche Menge von
+ \alert{Symbolen} (auch \alert{Buchstaben} genannt).
+ \end{definition}
+
+ \begin{itemize}
+ \item Alphabete werden häufig mit griechischen Großbuchstaben
+ bezeichnet, also $\Gamma$ oder~$\Sigma$. Manchmal auch mit
+ lateinischen Großbuchstaben, also $N$ oder~$T$.
+ \item Ein Symbol oder »Buchstabe« kann auch ein komplexes oder
+ komisches »Ding« sein wie ein Pointer oder ein Leerzeichen.
+ \end{itemize}
+
+ \begin{examples}
+ \begin{itemize}
+ \item Die Groß- und Kleinbuchstaben
+ \item Die Menge $\{0,1\}$ (bei Informatikern beliebt)
+ \item Die Menge $\{A,C,G,T\}$ (bei Biologen beliebt)
+ \item Die Zeichenmenge des UNICODE.
+ \end{itemize}
+ \end{examples}
+\end{frame}
+
+
+\subsection{Worte}
+
+
+\begin{frame}{Formale Worte}
+ \begin{definition}[Wort]
+ Ein \alert{Wort} ist eine (endliche) Folge von Symbolen.
+ \end{definition}
+ \begin{itemize}
+ \item »Worte« sind im Prinzip dasselbe wie
+ Strings. Insbesondere können in Worten Leerzeichen als Symbole
+ auftauchen.
+ \item Die Menge aller Worte über einem Alphabet $\Sigma$ hat einen
+ besonderen Namen: $\Sigma^*$.
+ \item
+ Deshalb schreibt man oft: »Sei $w \in \Sigma^*$, \dots«
+ \item Es gibt auch ein \alert{leeres Wort}, abgekürzt
+ $\epsilon$ oder $\lambda$, das dem String
+ \texttt{\char`\"\char`\"} entspricht.
+ \end{itemize}
+
+ \begin{examples}
+ \begin{itemize}
+ \item \texttt{Hallo}
+ \item \texttt{TATAAAATATTA}
+ \item $\epsilon$
+ \item \texttt{Hallo Welt.}
+ \end{itemize}
+ \end{examples}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{5-Minuten-Aufgabe}
+ Die folgenden Aufgaben sind nach Schwierigkeit sortiert. Lösen Sie
+ \alert{eine} der Aufgaben.
+ \begin{enumerate}
+ \item
+ Schreiben Sie alle Worte der Länge höchstens $2$ über dem Alphabet
+ $\Sigma = \{0,1,*\}$ auf.
+ \item
+ Wie viele Worte der Länge $n$ über dem Alphabet $\Sigma =
+ \{0,1,*\}$ gibt es?
+ \item
+ Wie viele Worte der Länge höchstens $n$ über einem Alphabet mit
+ $q$ Buchstaben gibt es?
+ \end{enumerate}
+\end{frame}
+
+
+\subsection{Sprachen}
+
+\begin{frame}{Formale Sprachen}{Definition}
+ \begin{itemize}
+ \item Natürlichen Sprachen sind komplexe Dinge, bestehend aus
+ Wörtern, ihrer Ausprache, einer Grammatik, Ausnahmen, Dialekten,
+ und vielem mehr.
+ \item Bei \alert{formalen Sprachen} vereinfacht man radikal.
+ \item Formale Sprachen müssen weder sinnvoll noch interessant sein.
+ \end{itemize}
+
+ \begin{definition}[Formale Sprache]
+ Eine \alert{formale Sprache} ist eine (oft unendliche!) Menge von
+ Worten für ein festes Alphabet.
+ \end{definition}
+
+ \begin{itemize}
+ \item Statt \frqq formale Sprache\flqq\ sagt man einfach \frqq Sprache\flqq.
+ \item Als Menge von Worten ist eine Sprache eine Teilmenge von
+ $\Sigma^*$.
+ \item
+ Deshalb schreibt man oft: \frqq Sei $L \subseteq \Sigma^*$,
+ \dots\flqq
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Formale Sprachen}{Einfache Beispiele}
+ \begin{examples}
+ \begin{itemize}
+ \item Die Menge $\{AAA, AAC, AAT\}$ (endliche Sprache).
+ \item Die Menge aller Java-Programmtexte (unendliche Sprache).
+ \item Die Menge aller Basensequenzen, die \texttt{TATA} enthalten
+ (unendliche Sprache).
+ \end{itemize}
+ \end{examples}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Formale Sprachen in der Medieninformatik}
+ \begin{itemize}
+ \item Ein Renderer produziert 3D-Bilder.
+ \item Dazu erhält er eine \alert{Szenerie} als Eingabe.
+ \item Diese Szenerie ist als \alert{Text}, also als ein \alert{Wort} gegeben.
+ \item Eine \alert{Syntax} beschreibt die (formale) Sprache, die alle
+ \alert{syntaktisch korrekten Szenerien} enthält.
+ \item Eine \alert{Semantik} beschreibt, was diese Beschreibungen bedeuten.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}[fragile]{Formale Sprachen in der Medieninformatik}{Das
+ »Wort«, das eine Szenerie beschreibt\dots}
+\only<presentation>{\scriptsize}
+\begin{verbatim*}
+global_settings { assumed_gamma 1.0 }
+
+camera {
+ location <10.0, 10, -10.0>
+ direction 1.5*z
+ right x*image_width/image_height
+ look_at <0.0, 0.0, 0.0>
+}
+
+sky_sphere { pigment { color rgb <0.6,0.7,1.0> } }
+
+light_source {
+ <0, 0, 0> // light's position (translated below)
+ color rgb <1, 1, 1> // light's color
+ translate <-30, 30, -30>
+ shadowless
+}
+
+#declare i = 0;
+#declare Steps = 30;
+#declare Kugel = sphere{<0,0,0>,0.5 pigment{color rgb<1,0,0>}};
+
+#while(i<Steps)
+ object{Kugel translate<3,0,0> rotate <0,i * 360 / Steps, 0> }
+ #declare i = i + 1;
+#end
+\end{verbatim*}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{Formale Sprachen in der Medieninformatik}{\dots\ und was es bedeutet.}
+ \includegraphicscopyright[width=9.5cm]{beamerexample-lecture-pic2.jpg}
+ {Copyright Matthias Kabel, GNU Free Documentation License, Low Resolution}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Formale Sprachen in der Medieninformatik}{Komplexeres Beispielbild, das ein Renderer produziert.}
+ \includegraphicscopyright[width=9.5cm]{beamerexample-lecture-pic1.jpg}
+ {Copyright Giorgio Krenkel and Alex Sandri, GNU Free Documentation License, Low Resolution}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{Formale Sprachen in der Bioinformatik}
+ \begin{itemize}
+ \item In der Bioinformatik untersucht man unter anderem Proteine.
+ \item Dazu erhält man \alert{Molekülbeschreibungen} als Eingabe.
+ \item Eine solche ist auch ein \alert{Wort}.
+ \item Eine \alert{Syntax} beschreibt die (formale) Sprache, die alle
+ \alert{syntaktisch korrekten Molkülbeschreibungen} enthält.
+ \item Eine \alert{Semantik} beschreibt, was diese Beschreibungen bedeuten.
+ \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}[fragile]{Formale Sprachen in der Bioinformatik}
+ {Das »Wort«, das ein Protein beschreibt\dots}
+\only<presentation>{\tiny}
+\only<article>{\footnotesize}
+\begin{verbatim}
+HEADER HYDROLASE 25-JUL-03 1UJ1
+TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF SARS CORONAVIRUS MAIN PROTEINASE
+TITLE 2 (3CLPRO)
+COMPND MOL_ID: 1;
+COMPND 2 MOLECULE: 3C-LIKE PROTEINASE;
+COMPND 3 CHAIN: A, B;
+COMPND 4 SYNONYM: MAIN PROTEINASE, 3CLPRO;
+COMPND 5 EC: 3.4.24.-;
+COMPND 6 ENGINEERED: YES
+SOURCE MOL_ID: 1;
+SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: SARS CORONAVIRUS;
+SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: VIRUSES;
+SOURCE 4 STRAIN: SARS;
+...
+REVDAT 1 18-NOV-03 1UJ1 0
+JRNL AUTH H.YANG,M.YANG,Y.DING,Y.LIU,Z.LOU,Z.ZHOU,L.SUN,L.MO,
+JRNL AUTH 2 S.YE,H.PANG,G.F.GAO,K.ANAND,M.BARTLAM,R.HILGENFELD,
+JRNL AUTH 3 Z.RAO
+JRNL TITL THE CRYSTAL STRUCTURES OF SEVERE ACUTE RESPIRATORY
+JRNL TITL 2 SYNDROME VIRUS MAIN PROTEASE AND ITS COMPLEX WITH
+JRNL TITL 3 AN INHIBITOR
+JRNL REF PROC.NAT.ACAD.SCI.USA V. 100 13190 2003
+JRNL REFN ASTM PNASA6 US ISSN 0027-8424
+....
+ATOM 1 N PHE A 3 63.478 -27.806 23.971 1.00 44.82 N
+ATOM 2 CA PHE A 3 64.607 -26.997 24.516 1.00 42.13 C
+ATOM 3 C PHE A 3 64.674 -25.701 23.723 1.00 41.61 C
+ATOM 4 O PHE A 3 65.331 -25.633 22.673 1.00 40.73 O
+ATOM 5 CB PHE A 3 65.912 -27.763 24.358 1.00 44.33 C
+ATOM 6 CG PHE A 3 67.065 -27.162 25.108 1.00 44.20 C
+ATOM 7 CD1 PHE A 3 67.083 -27.172 26.496 1.00 43.35 C
+ATOM 8 CD2 PHE A 3 68.135 -26.595 24.422 1.00 43.49 C
+ATOM 9 CE1 PHE A 3 68.140 -26.631 27.187 1.00 43.21 C
+ATOM 10 CE2 PHE A 3 69.210 -26.046 25.108 1.00 42.91 C
+ATOM 11 CZ PHE A 3 69.216 -26.062 26.493 1.00 43.22 C
+ATOM 12 N ARG A 4 64.007 -24.666 24.228 1.00 34.90 N
+ATOM 13 CA ARG A 4 63.951 -23.376 23.543 1.00 37.71 C
+...
+\end{verbatim}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}[fragile]{Formale Sprachen in der Bioinformatik}
+ {\dots\ und das Protein, das beschrieben wird.}
+
+ \includegraphicscopyright[width=9.5cm]{beamerexample-lecture-pic6.jpg}
+ {Copyright Till Tantau, Low Resultion}
+\end{frame}
+
+
+\section<article>{Zusammenfassung}
+\section<presentation>*{Zusammenfassung}
+
+\begin{frame}{Zusammenfassung}
+ \begin{enumerate}
+ \item Ein \alert{Wort} ist eine Folge von Symbolen aus einem
+ \alert{Alphabet}.
+ \item Eine \alert{Syntax} besteht aus Regeln, nach denen
+ Worte (Texte) gebaut werden dürfen.
+ \item Eine \alert{Semantik} legt fest, was Worte \alert{bedeuten}.
+ \item Eine \alert{formale Sprache} ist eine Menge von Worten
+ über einem Alphabet.
+ \end{enumerate}
+\end{frame}
+
+\end{document}
+
+
+
+
+
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+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic3.jpg
Binary files differ
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic4.jpg b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic4.jpg
new file mode 100644
index 00000000000..fd6c9c1b22e
--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic4.jpg
Binary files differ
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic5.jpg b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic5.jpg
new file mode 100644
index 00000000000..0a18dc5a735
--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic5.jpg
Binary files differ
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic6.jpg b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic6.jpg
new file mode 100644
index 00000000000..fb451d9195b
--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-pic6.jpg
Binary files differ
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-print-version.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-print-version.tex
new file mode 100644
index 00000000000..ee5a65c8d28
--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-print-version.tex
@@ -0,0 +1,14 @@
+% Copyright 2007 by Till Tantau
+%
+% This file may be distributed and/or modified
+%
+% 1. under the LaTeX Project Public License and/or
+% 2. under the GNU Public License.
+%
+% See the file doc/licenses/LICENSE for more details.
+
+\documentclass[german,a4paper,9pt]{extarticle}
+\usepackage{beamerarticle}
+\input{beamerexample-lecture-style.tex}
+\input{beamerexample-lecture-body.tex}
+
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-style.tex b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-style.tex
new file mode 100644
index 00000000000..e24a409cfb8
--- /dev/null
+++ b/Master/texmf-dist/doc/latex/beamer/examples/a-lecture/beamerexample-lecture-style.tex
@@ -0,0 +1,233 @@
+% Copyright 2007 by Till Tantau
+%
+% This file may be distributed and/or modified
+%
+% 1. under the LaTeX Project Public License and/or
+% 2. under the GNU Public License.
+%
+% See the file doc/licenses/LICENSE for more details.
+
+
+% Common packages
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+\usepackage[latin1]{inputenc}
+\usepackage{times}
+\mode<article>
+{
+ \usepackage{times}
+ \usepackage{mathptmx}
+ \usepackage[left=1.5cm,right=6cm,top=1.5cm,bottom=3cm]{geometry}
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+
+\usepackage{hyperref}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage{tikz}
+\usepackage{colortbl}
+\usepackage{yfonts}
+\usepackage{colortbl}
+\usepackage{translator} % comment this, if not available
+
+
+% Common settings for all lectures in this course
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+ Institut für Theoretische Informatik\\
+ Universität zu Lübeck
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+
+
+
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+
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+
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+% Article version layout settings
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+\makeatletter
+\def\@listI{\leftmargin\leftmargini
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+ \itemsep0pt}
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+ \ \small\insertframesubtitle}\ \par
+}
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+ \hfill\strut\insertshortlecture.\insertframenumber}\hrule height .2pt}}
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+
+\def\makechapter{
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+ \raggedright
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+
+ \normalsize\selectfont Druckfassung der
+ Vorlesung \emph{\lecturename} vom \@date\par\vskip1.5em
+ \hfill Till Tantau, Institut für Theoretische Informatik, Universität zu Lübeck
+ }
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+ \vskip 1.5em%
+}
+
+\let\origstartsection=\@startsection
+\def\@startsection#1#2#3#4#5#6{%
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+\makeatother
+
+\mode
+<all>
+
+
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+% Typesetting Listings
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+\lstset{language=Java}
+
+\alt<presentation>
+{\lstset{%
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+% Common theorem-like environments
+
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+\newdimen\mytempdimen
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+\newcommand\includegraphicscopyright[3][]{%
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