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La majorité des utilisateurs de \CF ne doit pas devrait pas être concernée par ce changement, mais l'élaboration ou la maintenance de codes spécifiques tel que ceux présentés à la section «Créer ses propres flèches» à la page~\pageref{definearrow} qui font appel à des macros privées doit conduire à tenir compte de ce changement de catcode; cela va donc nécessiter une \emph{mise à jour du nom des macros} pour ceux qui ont eu recours aux macros privées de \CF. Pour rendre possible l'utilisation de «\verb|_|» dans les noms des macros, on doit exécuter l'ordre «\verb|\catcode`\_=11|» et pour revenir à un l'état normal «\verb|\catcode`\_=8|». -\paragraph{Délimiteur de polymère} -La macro \verb|\polymerdelim| permet de tracer des délimiteurs sur des molécules tracées par \CF, voir page~\pageref{polymerdelim}. +\subsection{Caractère \#} +Tous ceux qui programment en \TeX{} connaissent les extrêmes précautions qui doivent être prises avant d'utiliser le caractère «\verb|#|». Ce caractère est autorisé dans le code représentant la molécule, mais pour des raisons de fonctionnement interne à \TeX, il sera doublé si la commande \verb|\chemfig| se trouve dans l'argument d'une macro (comme \verb|\fbox| dans l'exemple ci-dessous). Pour éviter ce doublement, on peut écrire \verb|\#| ou avoir recours à la macro \verb|\CFhash| : -\subsection{Nouveau dans la v1.3} -\paragraph{Système de clés et valeur}Compte tenu du grand nombre de paramètres et du nombre de macros qui servent à les spécifier, une uniformisation est devenue nécessaire, autant pour simplifier l'utilisation de \CF que pour faciliter la création de nouveaux paramètres. +\exemple{Caractère \#}/\setchemfig{atom sep=5em}\fboxsep=1pt +1) \chemfig{A#-B_#-C^#}\par +2) \fbox{\chemfig{A#-B_#-C^#}}\par +3) \fbox{\chemfig{A\#-B_\#-C^\#}}\par +4) \fbox{\chemfig{A\CFhash-B_\CFhash-C^\CFhash}}/ -La plupart des \chevrons{paramètres} sont désormais spécifiés \emph{via} la macro \verb|\setchemfig| dont l'argument est une liste de \chevrons{clé}$=$\chevrons{valeur} séparées par des virgules. Bien qu'étant pour l'instant encore utilisables, toutes les macros qui spécifiaient un ou plusieurs paramètres sont désormais obsolètes. -\begin{center} - \color{red} - \textbf{Attention} : toutes les macros obsolètes qui suivent seront supprimées dans une future version. -\end{center} -\begingroup -\spaceskip=0.75em plus7pt minus 7pt -\verb-\setcrambond-, \verb-\setatomsep-, \verb-\enablefixedbondlength-, \verb-\disablefixedbondlength-, \verb-\setbondoffset-, \verb-\setdoublesep-, \verb-\setangleincrement-, \verb-\setnodestyle-, \verb-\setbondstyle-, \verb-\setlewis-, \verb-\setlewisdist-, \verb-\setstacksep-, \verb-\setcompoundstyle-, \verb-\setarrowdefault-, \verb-\setandsign-, \verb-\setarrowoffset-, \verb-\setcompoundsep-, \verb-\setarrowlabelsep-, \verb-\enablebondjoin-, \verb-\disablebondjoin-, \verb-\schemedebug-.% -\endgroup - -Les exécuter envoie un message d'avertissement sur leur obsolescence dans le fichier log. +Pour la macro \verb|\definesubmol|, le caractère \verb|#| est également autorisé, mais son emploi est plus complexe car il recouvre plusieurs cas qui sont examinés à la page~\pageref{definesubmol}. -\paragraph{La syntaxe de la macro \texttt{\textbackslash chemfig}} +\subsection{Anciennes macros, nouvelle syntaxe} +Les macros auparavant utilisées pour régler les paramètres de \CF sont abandonnées, ne sont plus définies et donc, \emph{produiront à une erreur de compilation} si elles sont exécutées: \begin{center} - \color{red} - La version étoilée de la macro \verb-\chemfig- est désormais obsolète et ne sera plus supportée dans une future version. -\end{center} -Pour spécifier une longueur constante de liaisons, il faut utiliser la clé \CFkey{fixed length} et la positionner à \CFval{true}, voir page~\pageref{longueur.liaison}. - -Par ailleurs, les deux arguments optionnels que la macro \verb-\chemfig- acceptait, afin de spécifier des paramètres pour tikz sont également obsolètes. Désormais, les deux \chevrons{clés} \CFkey{chemfig style} et \CFkey{atom style} doivent être préférées, voir page~\pageref{arguments.optionnels}. - -Le but est qu'à terme, la macro \verb-\chemfig- n'accepte qu'\emph{un seul} argument optionnel contenant une liste de paramètres spécifiés via \chevrons{clé}$=$\chevrons{valeur}. -\begin{center} - \color{red} - Les deux arguments optionnels que prend la macro \verb-\chemfig- seront supprimés dans une prochaine version + \begin{tabular}{*3l} + \verb-\setcrambond-&\verb-\setatomsep-&\verb-\enablefixedbondlength-\\ + \verb-\disablefixedbondlength-&\verb-\setbondoffset-&\verb-\setdoublesep-\\ + \verb-\setangleincrement-&\verb-\setnodestyle-&\verb-\setbondstyle-\\ + \verb-\setlewis-&\verb-\setlewisdist-&\verb-\setstacksep-\\ + \verb-\setcompoundstyle-&\verb-\setarrowdefault-&\verb-\setandsign-\\ + \verb-\setarrowoffset-&\verb-\setcompoundsep-&\verb-\setarrowlabelsep-\\ + \verb-\enablebondjoin-&\verb-\disablebondjoin-&\verb-\schemedebug- + \end{tabular} \end{center} +Désormais, pour régler les paramètres de \CF on a le choix entre : +\begin{itemize} + \item la macro \Verb|\setchemfig{<clés>=<valeurs>}| règle les paramètres selon la méthode de clés/valeurs pour le reste du document; + \item la macro \Verb|\chemfig[<clés>=<valeurs>]| reçoit dans son argument optionnel les paramètres valables uniquement pour cette molécule; + \item la macro \verb|\resetchemfig| restaure les paramètres à leurs valeurs par défaut. +\end{itemize} -\paragraph{Les clés et leur valeur par défaut} -Les paramètres de chemfig, identifiés par leur \chevrons{clé} et leur \chevrons{valeur} par défaut sont : -\begin{center} -\begin{longtable}{rl}\hline - \chevrons{clés} & \chevrons{valeurs} par défaut\\\hline\endhead - \CFparam{chemfig style} - \CFparam{atom style} - \CFparam{bond join} - \CFparam{fixed length} - \CFparam{cram rectangle} - \CFparam{cram width} - \CFparam{cram dash width} - \CFparam{cram dash sep} - \CFparam{atom sep} - \CFparam{bond offset} - \CFparam{double bond sep} - \CFparam{angle increment} - \CFparam{node style} - \CFparam{bond style} - \CFparam{lewis | width} - \CFparam{lewis sep} - \CFparam{lewis length} - \CFparam{lewis style} - \CFparam{lewis dist} - \CFparam{lewis radius} - \CFparam{cycle radius coeff} - \CFparam{stack sep} - \CFparam{scheme debug} - \CFparam{compound style} - \CFparam{compound sep} - \CFparam{arrow offset} - \CFparam{arrow angle} - \CFparam{arrow coeff} - \CFparam{arrow style} - \CFparam{arrow double sep} - \CFparam{arrow double coeff} - \CFparam{arrow double harpoon} - \CFparam{arrow label sep} - \CFparam{arrow head} - \CFparam{+ sep left} - \CFparam{+ sep right} - \CFparam{+ vshift}\hline -\end{longtable} -\end{center} +La liste des paramètres et leurs valeurs par défaut est présentée à la page~\pageref{listeparametres}. -On peut à tout moment exécuter la macro \verb|\resetchemfig| pour remettre tous les paramètres à leur valeur par défaut. +La syntaxe étoilée \verb|\chemfig*| n'est plus autorisée. Pour spécifier une longueur constante de liaisons, il faut utiliser la clé \CFkey{fixed length} et la positionner à \CFval{true}, voir page~\pageref{longueur.liaison}. -Les \chevrons{paramètres} suivants sont nouveaux et ne sont donc accessibles que \emph{via} la macro \verb|setchemfig|: -\begin{enumerate} - \item \CFkey{lewis radius} : est le rayon du disque d'une décoration de Lewis; - \item \CFkey{arrow double sep} : est l'espacement vertical entre les doubles flèches dans les schémas réactionnels; - \item \CFkey{arrow double coeff} : est le coefficient de rétrécissement de la petite flèche par rapport à la grande pour les flèches de type \verb|<->>| et \verb|<<->|; - \item \CFkey{arrow double harpoon} : booléen qui spécifie si les doubles flèches doivent être « harpon » ou pas; - \item \CFkey{cycle radius coeff} : représente le coefficient de rétrécissement du cercle ou de l'arc de cercle se trouvant dans les cycles; - \item \CFkey{arrow head} : est le style de bout de flèche par défaut. -\end{enumerate} +\subsection{Les macros \texttt{\textbackslash lewis} et \texttt{\textbackslash Lewis}} +Ces deux macros subissent également un léger changement de syntaxe. Leur argument optionnel entre crochets n'est plus destiné à recevoir le coefficient d'espacement diagonal, mais des \Verb|<clés>=<valeurs>| afin que les paramètres puissent être spécifiés individuellement pour chaque appel de la macro \verb|\lewix| ou \verb|\Lewis|. Voir page~\pageref{lewis}. \section{Présentation} Pour charger \CF, il faut écrire : @@ -318,14 +267,14 @@ Pour charger \CF, il faut écrire : Dans tous les cas, le package \TIKZ, s'il n'a pas été chargé auparavant, est chargé par \CF. -La commande principale permettant de dessiner les molécules est \verb|\chemfig{<code>}|. L'argument \verb|<code>| est la suite de caractères décrivant le dessin de la molécule selon les règles qui seront exposées dans ce manuel. +La commande principale permettant de dessiner les molécules est \Verb|\chemfig{<code>}|. L'argument \Verb|<code>| est la suite de caractères décrivant le dessin de la molécule selon les règles qui seront exposées dans ce manuel. -Tout a été fait pour qu'il soit possible de dessiner le plus grand nombre de configurations de molécules chimiques, tout en privilégiant une syntaxe simple, souple et intuitive. Malgré tout, le \verb-<code>- qui décrit le dessin en 2D de la molécule voit sa complexité augmenter proportionnellement à celle de la molécule à dessiner. +Tout a été fait pour qu'il soit possible de dessiner le plus grand nombre de configurations de molécules chimiques, tout en privilégiant une syntaxe simple, souple et intuitive. Malgré tout, le \Verb-<code>- qui décrit le dessin en 2D de la molécule voit sa complexité augmenter proportionnellement à celle de la molécule à dessiner. La commande \verb|\chemfig| dessine une molécule en se servant de commandes de l'extension \TIKZ, placées à l'intérieur de l'environnement \verb|tikzpicture|. Le choix de \TIKZ implique que: \begin{itemize} \item l'utilisateur a le choix pour le moteur de compilation : pdf\LaTeX{} peut indifféremment être utilisé en mode dvi (tex $\longrightarrow$ dvi $\longrightarrow$ ps $\longrightarrow$ pdf) ou en mode pdf (tex $\longrightarrow$ pdf). En effet, \TIKZ, via la sous-couche \falseverb{pgf}, donne des résultats graphiques identiques dans les deux modes; -\item la boîte englobante est automatiquement calculée par \TIKZ et l'utilisateur n'a pas à se préoccuper d'éventuels chevauchements avec le texte. En revanche il faut faire attention à la régularité des interlignes lorsque la molécule est dessinée dans un paragraphe. À titre d'exemple, on a tracé la boîte englobante pour cette molécule : {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \CF placera toujours le premier atome de la molécule sur la \falseverb{ligne de base} du code qui précède. +\item la boîte englobante est automatiquement calculée par \TIKZ et l'utilisateur n'a pas à se préoccuper d'éventuels chevauchements avec le texte. En revanche il faut faire attention à la régularité des interlignes lorsque la molécule est dessinée dans un paragraphe. À titre d'exemple, on a tracé la boîte englobante pour cette molécule : {\fboxsep0pt \fbox{\chemfig{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}}. \end{itemize} \section{Remerciements} @@ -337,6 +286,75 @@ Enfin, je tiens à chaleureusement remercier Theo \textsc{Hopman} qui m'a sponta \part{Fonctionnement de \protect\CF} Cette partie est consacrée à la description des fonctionnalités les plus courantes de \CF. L'utilisateur trouvera ici les explications suffisantes pour dessiner la plupart des molécules. La présentation des fonctionnalités est faite sous un angle théorique, et le but de cette partie n'est pas de dessiner de vraies molécules chimiques mais de donner à l'utilisateur une description formelle des fonctionnalités de \CF. La partie «Utilisation avancée», page~\pageref{utilisation.avancee}, sera plus pratique et dévoilera des fonctionnalités plus avancées pour les utilisations les plus pointues. On y mettra aussi en avant des méthodes pour construire de vraies molécules chimiques, page \pageref{exemples.commentes}. Enfin, la dernière partie présentera des molécules chimiques et le code utilisé pour les dessiner. +\section{La macro \texttt{\textbackslash chemfig}} +La macro \verb|\chemfig| a la syntaxe suivante +\begin{center} + \Verb|\chemfig[liste de <clés>=<valeurs>]{<code molécule>}| +\end{center} +L'argument optionnel entre crochets spécifie les réglages des paramètres qui seront utilisés pour le tracé de la molécule. Il est à noter que les paramètres ainsi modifiés ne le sont \emph{que pour la molécule en cours} et seront restaurés à leurs valeurs précédentes une fois la macro terminée. Pour modifier de façon durable des paramètres, il faut passer par la macro \Verb|\setchemfig{<clés>=<valeurs>}|. + +Voici la liste exhaustive des paramètres ainsi que leurs valeurs par défaut\label{listeparametres}. Il faut noter que les \chevrons{clés} depuis \CFkey{scheme debug} inclus jusqu'à la fin de la liste concernent les schémas réactionnels et n'ont pas de sens dans l'argument optionnel de la macro \verb|\chemfig| où elles sont simplement ignorées :\par +\leavevmode\hfill +\begin{minipage}[t]{.45\linewidth} + \begin{longtable}{rl}\hline + \chevrons{clés} & \chevrons{valeurs} par défaut\\\hline\endhead + \CFparam{chemfig style} + \CFparam{atom style} + \CFparam{bond join} + \CFparam{fixed length} + \CFparam{cram rectangle} + \CFparam{cram width} + \CFparam{cram dash width} + \CFparam{cram dash sep} + \CFparam{atom sep} + \CFparam{bond offset} + \CFparam{double bond sep} + \CFparam{angle increment} + \CFparam{node style} + \CFparam{bond style} + \CFparam{lewis | width} + \CFparam{lewis sep} + \CFparam{lewis length} + \CFparam{lewis style} + \CFparam{lewis dist}\hline + \end{longtable} +\end{minipage}\hfill +\begin{minipage}[t]{.45\linewidth} + \begin{longtable}{rl}\hline + \chevrons{clés} & \chevrons{valeurs} par défaut\\\hline\endhead + \CFparam{lewis radius} + \CFparam{lewis diag coeff} + \CFparam{cycle radius coeff} + \CFparam{stack sep} + \CFparam{scheme debug} + \CFparam{compound style} + \CFparam{compound sep} + \CFparam{arrow offset} + \CFparam{arrow angle} + \CFparam{arrow coeff} + \CFparam{arrow style} + \CFparam{arrow double sep} + \CFparam{arrow double coeff} + \CFparam{arrow double harpoon} + \CFparam{arrow label sep} + \CFparam{arrow head} + \CFparam{+ sep left} + \CFparam{+ sep right} + \CFparam{+ vshift}\hline + \end{longtable} +\end{minipage}\hfill\null\bigbreak + +Le \Verb|<code molécule>| contient les instructions pour tracer la molécule selon une syntaxe qui sera expliquée dans ce document. Il n'y a pas de restriction a priori sur les caractères acceptés dans ce code : +\begin{itemize} + \item tous les caractères de catcode 11 ou 12, c'est-à -dire les lettres majuscules ou minuscules, les chiffres, les opérateurs mathématiques (\texttt+ \texttt- \texttt* \texttt/ \texttt=), les signes de ponctuation qu'ils soient actifs ou non (\verb|.| \verb|,| \verb|;| \verb|:| \verb|!| \verb|?| \verb|'| \verb|`| \verb|"| \verb-|-), les parenthèses et les crochets; + \item les caractères plus spéciaux tels que «\verb|~|», «\verb|#|»\footnote{Pour éviter que \texttt\# ne soit doublé lorsque la macro \texttt{\textbackslash chemfig} se trouve dans l'argument d'une macro, on peut utiliser à la place \texttt{\textbackslash\#} ou la macro \texttt{\textbackslash CFhash}.} ainsi que «\verb|^|» et «\verb|_|» qui ont leur propriétés normales du mode mathématique; + \item les espaces, mais ceux-ci sont ignorés par défaut car les atomes sont composés en mode mathématique; + \item les accolades «\verb|{|» et «\verb|}|» qui ont leur comportement normal de marqueurs de groupe ou délimiteurs d'argument de macro; + \item des macros. +\end{itemize} + +Dans tous les cas, \CF placera \emph{sur la ligne de base courante le premier atome rencontré}, qu'il soit vide ou pas. Dans les exemples figurant dans ce document, la ligne de base est tracée en gris clair. + \section{Groupes d'atomes} Intrinsèquement, le dessin d'une molécule chimique consiste à relier par des traits de différents types des groupes d'atomes. Ainsi, dans la molécule \chemfig{O=O}, il y a 2 groupes d'atomes, chacun constitué d'un seul atome «O». @@ -375,20 +393,20 @@ Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractà \begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline] \node[draw] at(0,0)(aa){\huge A}; \node[draw]at(4,0)(bb){\huge B}; - \path[shorten <=5pt,shorten >=5pt,draw](aa)--(bb)coordinate[pos=0](al) coordinate[pos=1](bl); + \path[shorten <=10pt,shorten >=10pt,draw](aa)--(bb)coordinate[pos=0](al) coordinate[pos=1](bl); \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at(al){}; - \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=5pt]al){}; + \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=10pt]al){}; \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at(bl){}; - \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=-5pt]bl){}; + \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=-10pt]bl){}; \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt](bl)--([yshift=0.7cm]bl); - \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=-5pt]bl)--([xshift=-5pt,yshift=0.7cm]bl); - \draw[<->]([yshift=0.6cm]bl.center)--([xshift=-5pt,yshift=0.6cm]bl.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; + \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=-10pt]bl)--([xshift=-10pt,yshift=0.7cm]bl); + \draw[stealth-stealth]([yshift=0.6cm]bl.center)--([xshift=-10pt,yshift=0.6cm]bl.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt](al)--([yshift=0.7cm]al); - \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=5pt]al)--([xshift=5pt,yshift=0.7cm]al); - \draw[<->]([yshift=0.6cm]al.center)--([xshift=5pt,yshift=0.6cm]al.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; + \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=10pt]al)--([xshift=10pt,yshift=0.7cm]al); + \draw[stealth-stealth]([yshift=0.6cm]al.center)--([xshift=10pt,yshift=0.6cm]al.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; \node[draw,circle,fill,red,minimum size=2pt,inner sep=0pt]at(aa){}; \node[draw,circle,fill,red,minimum size=2pt,inner sep=0pt]at(bb){}; - \draw[<->]([yshift=1cm]aa.center)--([yshift=1cm]bb.center) node [midway,above,draw=none] {$\Delta$} ; + \draw[stealth-stealth]([yshift=1cm]aa.center)--([yshift=1cm]bb.center) node [midway,above,draw=none] {$\Delta$} ; \draw[red,dash pattern=on 2pt off2pt](aa.center)--([yshift=1.1cm]aa.center); \draw[red,dash pattern=on 2pt off2pt](bb.center)--([yshift=1.1cm]bb.center); \end{tikzpicture} @@ -396,21 +414,20 @@ Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractà \label{atom sep}La \chevrons{clé} \CFkv{atom sep}{dim} règle cette distance interatome $\Delta$. Ce paramètre, comme tous les paramètres, agit sur toutes les molécules qui vont suivre. -\exemple{Distance interatome}|\setchemfig{atom sep=2em}\chemfig{A-B}\par -\setchemfig{atom sep=50pt}\chemfig{A-B}| +\exemple{Distance interatome}|\chemfig[atom sep=2em]{A-B}\par +\chemfig[atom sep=50pt]{A-B}| \label{bond offset}La \chevrons{clé} \CFkv{bond offset}{dim} permet de régler l'espacement $\delta$ entre le trait représentant la liaison et l'atome. Sa valeur par défaut est 2pt. -\exemple{Retrait des liaisons}|\setchemfig{bond offset=0pt}\chemfig{A-B}\par - \setchemfig{bond offset=5pt}\chemfig{A-B}| +\exemple{Retrait des liaisons}|\chemfig[bond offset=0pt]{A-B}\par +\chemfig[bond offset=5pt]{A-B}| Si deux liaisons se suivent, alors \CF insère un groupe vide \verb-{}-, et autour de ce groupe vide, l'espacement $\delta$ est nul : \exemple{Groupes vides}/\chemfig{A-B=-=C}/ \label{bond style}La \chevrons{clé} \CFkv{bond style}{code tikz} définit le style de toutes les liaisons qui seront dessinées par la suite. Le \CFval{code tikz} est vide par défaut. Pour personnaliser les liaisons une par une, voir page~\pageref{perso-liaisons}. -\exemple{Style des liaisons}/\setchemfig{bond style={line width=1pt,red}} -\chemfig{A-B=C>|D<E>:F}/ +\exemple{Style des liaisons}/\chemfig[bond style={line width=1pt,red}]{A-B=C>|D<E>:F}/ -\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme «\verb-#(<dim1>,<dim2>)-», où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur «B», puis partant de «B» et enfin pour les deux à la fois : +\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme «\Verb-#(<dim1>,<dim2>)-», où \Verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \Verb-<dim2>- celui de la fin. Si \Verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur «B», puis partant de «B» et enfin pour les deux à la fois : \begingroup \catcode`\#12 \exemple{Réglage fin du retrait des liaisons}/\setchemfig{bond offset=4pt} @@ -432,10 +449,9 @@ Il existe des réglages spécifiques aux liaisons de Cram: Voici un exemple où les 3 dimensions sont modifiées : -\exemple{Liaison de Cram modifiée}-\setchemfig{cram width=10pt, - cram dash width=0.4pt, - cram dash sep=1pt} -\chemfig{A>B>:C>|D}- +\exemple{Liaison de Cram modifiée}-\chemfig[cram width=10pt, + cram dash width=0.4pt, + cram dash sep=1pt]{A>B>:C>|D}- \section{Angle d'une liaison} Chaque liaison admet un argument optionnel qui se met entre crochet. Le contenu de cet argument optionnel permet de régler tout ce dont on a besoin pour la liaison. Cet argument optionnel est constitué de 5 champs séparés par des virgules qui sont autant d'arguments optionnels pour la liaison. Le premier de ces arguments définit l'angle optionnel de la liaison. Les angles vont croissant dans le sens trigonométrique et sont définis par rapport à l'horizontale. Si l'argument optionnel est vide, alors l'angle par défaut vaut 0\degres. Nous verrons plus loin comment modifier cet angle par défaut. @@ -453,21 +469,20 @@ Pour ceux qui trouvent cela « affreux\footnote{Voir \texttt{\detokenize{http:// \exemple{Raccord entre liaisons}/\setchemfig{bond style={line width=3pt}} \chemfig{-[1]-[7]} et -\setchemfig{bond join=true}\chemfig{-[1]-[7]}/ +\chemfig[bond join=true]{-[1]-[7]}/ \label{angle increment}La \chevrons{clé} \CFkv{angle increment}{angle} permet de choisir un autre angle que celui de 45\degres{} sélectionné par défaut : \exemple{Modification de l'angle prédéfini}/Par défaut (45) : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]} -\setchemfig{angle increment=30} -Angle de 30 : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/ +Angle de 30 : \chemfig[angle increment=30]{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/ \subsection{Angle absolu} -Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \verb-[:<angle absolu>]-. S'il le faut, l'\verb-<angle absolu>- est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$ : +Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \Verb-[:<angle absolu>]-. S'il le faut, l'\Verb-<angle absolu>- est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$ : \exemple{Angles absolus}/\chemfig{A-[:30]B=[:-75]C-[:10]D-[:90]>|[:60]-[:-20]E-[:0]~[:-75]F}/ \subsection{Angle relatif}\label{angle.relatif} -Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera relativement à la précédente. On doit alors employer cette syntaxe pour l'argument optionnel : \verb-[::<angle relatif>]-. Le signe de l'\verb-<angle relatif>- peut être omis s'il s'agit d'un \verb-+-. +Il est souvent intéressant de spécifier pour une liaison l'angle qu'elle fera relativement à la précédente. On doit alors employer cette syntaxe pour l'argument optionnel : \Verb-[::<angle relatif>]-. Le signe de l'\Verb-<angle relatif>- peut être omis s'il s'agit d'un \verb-+-. Voici une molécule où les angles des liaisons augmentent de 20\degres{} à chacune après la première dont l'angle est absolu de $-5\degres$ : \exemple{Suite d'angles relatifs}|\chemfig{A-[:-5]-[::+20]-[::20]B-[::+20]-[::20]C-[::20]}| @@ -493,20 +508,20 @@ Il est possible de changer le comportement de \CF quant à l'espace interatome. \begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline] \node[draw] at(0,0)(aa){\huge A}; \node[draw]at(4,0)(bb){\huge B}; - \path[shorten <=5pt,shorten >=5pt,draw](aa)--(bb)coordinate[pos=0](al) coordinate[pos=1](bl); + \path[shorten <=10pt,shorten >=10pt,draw](aa)--(bb)coordinate[pos=0](al) coordinate[pos=1](bl); \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at(al){}; - \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=5pt]al){}; + \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=10pt]al){}; \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at(bl){}; - \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=-5pt]bl){}; + \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=-10pt]bl){}; \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt](bl)--([yshift=0.7cm]bl); - \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=-5pt]bl)--([xshift=-5pt,yshift=0.7cm]bl); - \draw[<->]([yshift=0.6cm]bl.center)--([xshift=-5pt,yshift=0.6cm]bl.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; + \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=-10pt]bl)--([xshift=-10pt,yshift=0.7cm]bl); + \draw[stealth-stealth]([yshift=0.6cm]bl.center)--([xshift=-10pt,yshift=0.6cm]bl.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt](al)--([yshift=0.7cm]al); - \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=5pt]al)--([xshift=5pt,yshift=0.7cm]al); - \draw[<->]([yshift=0.6cm]al.center)--([xshift=5pt,yshift=0.6cm]al.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; + \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=10pt]al)--([xshift=10pt,yshift=0.7cm]al); + \draw[stealth-stealth]([yshift=0.6cm]al.center)--([xshift=10pt,yshift=0.6cm]al.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; \node[draw,circle,fill,red,minimum size=2pt,inner sep=0pt]at(aa){}; \node[draw,circle,fill,red,minimum size=2pt,inner sep=0pt]at(bb){}; - \draw[<->]([yshift=1cm]aa.center)--([yshift=1cm]bb.center) node [midway,above,draw=none] {$\Delta$} ; + \draw[stealth-stealth]([yshift=1cm]aa.center)--([yshift=1cm]bb.center) node [midway,above,draw=none] {$\Delta$} ; \draw[red,dash pattern=on 2pt off2pt](aa.center)--([yshift=1.1cm]aa.center); \draw[red,dash pattern=on 2pt off2pt](bb.center)--([yshift=1.1cm]bb.center); \end{tikzpicture} @@ -514,18 +529,18 @@ Il est possible de changer le comportement de \CF quant à l'espace interatome. \begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline] \node[draw] at(0,0)(aa){\huge A}; \node[draw]at(5,0)(bb){\huge B}; - \path[shorten <=5pt,shorten >=5pt,draw](aa)--(bb)coordinate[pos=0](al) coordinate[pos=1](bl); + \path[shorten <=10pt,shorten >=10pt,draw](aa)--(bb)coordinate[pos=0](al) coordinate[pos=1](bl); \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at(al){}; - \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=5pt]al){}; + \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=10pt]al){}; \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at(bl){}; - \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=-5pt]bl){}; + \node[draw,circle,fill,blue,minimum size=1.5pt,inner sep=0pt]at([xshift=-10pt]bl){}; \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt](bl)--([yshift=0.7cm]bl); - \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=-5pt]bl)--([xshift=-5pt,yshift=0.7cm]bl); - \draw[<->]([yshift=0.6cm]bl.center)--([xshift=-5pt,yshift=0.6cm]bl.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; + \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=-10pt]bl)--([xshift=-10pt,yshift=0.7cm]bl); + \draw[stealth-stealth]([yshift=0.6cm]bl.center)--([xshift=-10pt,yshift=0.6cm]bl.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt](al)--([yshift=0.7cm]al); - \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=5pt]al)--([xshift=5pt,yshift=0.7cm]al); - \draw[<->]([yshift=0.6cm]al.center)--([xshift=5pt,yshift=0.6cm]al.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; - \draw[<->]([yshift=1cm]al)--([yshift=1cm]bl) node [midway,above,draw=none] {$\Delta$} ; + \draw[blue,dash pattern=on 1pt off 1pt]([xshift=10pt]al)--([xshift=10pt,yshift=0.7cm]al); + \draw[stealth-stealth]([yshift=0.6cm]al.center)--([xshift=10pt,yshift=0.6cm]al.center) node [midway,above,draw=none]{$\delta$}; + \draw[stealth-stealth]([yshift=1cm]al)--([yshift=1cm]bl) node [midway,above,draw=none] {$\Delta$} ; \draw[red,dash pattern=on 2pt off2pt](al)--([yshift=1.1cm]al); \draw[red,dash pattern=on 2pt off2pt](bl)--([yshift=1.1cm]bl); \end{tikzpicture} @@ -535,7 +550,7 @@ Il est possible de changer le comportement de \CF quant à l'espace interatome. Afin que les cycles soient des polygones réguliers, le comportement par défaut est rétabli pour les liaisons des cycles, même si \CFkv{fixed length}{true}. \exemple{Liaisons de longueur fixe}/\chemfig{Cl-Cl}\par -\setchemfig{fixed length=true}\chemfig{Cl-Cl}/ +\chemfig[fixed length=true]{Cl-Cl}/ Notamment lorsque le comportement par défaut est en vigueur et pour se prémunir de liaisons trop courtes, il est parfois nécessaire de pouvoir augmenter (ou parfois réduire) la distance interatome. Pour cela, l'argument optionnel des liaisons est en réalité constitué de plusieurs champs séparés par des virgules. Comme on l'a vu, le premier champ spécifie l'angle. Le deuxième champ, s'il est non vide, est un coefficient qui multipliera la distance interatome $\Delta$ par défaut. Ainsi, écrire \verb+-[,2]+ demandera à ce que cette liaison ait l'angle par défaut (1\ier{} champ vide) et que les atomes qu'elle relie soit espacés d'une distance double de celle par défaut. \exemple{Longueur de liaison modifiée}/\chemfig{A^{++}_{2}-[,2]B^{-}_3}\par @@ -565,20 +580,21 @@ Dans les exemples suivants, les angles appartiennent à $[90\;;270]$ et donc la \chemfig{ABCD-[5]EFG}| Dans certains cas, on peut désirer qu'une liaison parte d'autres atomes que ceux calculés par \CF On peut forcer un atome de départ ou un atome d'arrivée avec l'argument optionnel de la liaison. Il faut écrire : -\centerverb/[,,<entier 1>,<entier 2>]/ -\smallskip - -où \verb-<entier 1>- et \verb-<entier 2>- sont les numéros des atomes de départ et d'arrivée souhaités. Il faut que ces atomes existent, sinon, un message d'erreur sera émis. +\begin{center} + \Verb/[,,<entier 1>,<entier 2>]/ +\end{center} +où \Verb-<entier 1>- et \Verb-<entier 2>- sont les numéros des atomes de départ et d'arrivée souhaités. Il faut que ces atomes existent, sinon, un message d'erreur sera émis. \exemple{Atomes liés forcés}|\chemfig{ABCD-[:75,,2,3]EFG}\qquad \chemfig{ABCD-[:75,,,2]EFG}\qquad \chemfig{ABCD-[:75,,3,2]EFG}| \section{Personnalisation des liaisons}\label{perso-liaisons} Il existe un 5\ieme{} et dernier argument optionnel pour les liaisons qui se trouve à droite de la 4\ieme{} virgule : -\centerverb/[,,,,<code tikz>]/ -\smallskip +\begin{center} + \Verb/[,,,,<code tikz>]/ +\end{center} -Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme «\verb-red-», de pointillés comme «\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-», d'épaisseur comme «\verb-line width=2pt-» ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant «\verb-draw=none-». Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule : +Ce \Verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme «\verb-red-», de pointillés comme «\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-», d'épaisseur comme «\verb-line width=2pt-» ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant «\verb-draw=none-». Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule : \exemple{Passage de code tikz}|\chemfig{A-[,,,,red]B}\par \chemfig{A-[,,,,dash pattern=on 2pt off 2pt]B}\par \chemfig{A-[,,,,line width=2pt]B}\par @@ -594,13 +610,14 @@ Au début de chaque molécule, les valeurs par défaut des arguments optionnels \begin{itemize} \item 0\degres{} pour l'angle des liaisons; \item 1 pour le coefficient multiplication des longueurs; - \item \verb-<vide>- pour les numéros de départ et d'arrivée des atomes, ce qui laisse à \CF le soin de calculer ceux-ci en fonction de l'angle de la liaison; - \item \verb-<vide>- pour le paramètre passé à \TIKZ. + \item \Verb-<vide>- pour les numéros de départ et d'arrivée des atomes, ce qui laisse à \CF le soin de calculer ceux-ci en fonction de l'angle de la liaison; + \item \Verb-<vide>- pour le paramètre passé à \TIKZ. \end{itemize} On peut changer ces valeurs par défaut pour toute la molécule en débutant le code de la molécule par -\centerverb/[<angle>,<coeff>,<n1>,<n2>,<code tikz>]/ -\smallskip +\begin{center} + \Verb/[<angle>,<coeff>,<n1>,<n2>,<code tikz>]/ +\end{center} Ainsi, si le code de la molécule commence par \verb-[:20,1.5]-, alors toutes les liaisons auront un angle de 20\degres{} par défaut et les distances interatomes une longueur qui vaut 1,5 fois la distance interatomes par défaut. On peut à tout moment ignorer ces valeurs par défaut en spécifiant un argument optionnel, comme pour la liaison qui suit l'atome «C» de cet exemple : \exemple{Écrasement des valeurs par défaut}|\chemfig{[:20,1.5]A-B-C-[:-80,0.7]D-E-F}| @@ -610,7 +627,7 @@ Si on écrit un improbable \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]-, sauf indication contrai \section{Ramifications} \subsection{Principe} -Jusqu'à présent, toutes les molécules étaient linéaires, ce qui est rare. On peut attacher une sous molécule à un atome faisant suivre cet atome d'un \verb-<code>- entre parenthèses. Ce \verb-<code>- est le code d'une sous molécule qui viendra d'attacher sur l'atome. +Jusqu'à présent, toutes les molécules étaient linéaires, ce qui est rare. On peut attacher une sous molécule à un atome faisant suivre cet atome d'un \Verb-<code>- entre parenthèses. Ce \Verb-<code>- est le code d'une sous molécule qui viendra d'attacher sur l'atome. Dans cet exemple, la sous molécule «\verb/-[1]W-X/» vient s'attacher sur l'atome «B» : \exemple{Ramification}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)-C}| @@ -656,16 +673,16 @@ On aurait pu relier d'autres atomes à X en les faisant suivre de \verb-?-. Ici, \exemple{Plusieurs liaisons éloignées}|\chemfig{A-B(-[1]W-X?)(-[7]Y-Z?)-C?}| Maintenant, imaginons que nous devions laisser ces liaisons distantes \verb/X-C/ et \verb/X-Z/, tout en ajoutant une autre : \verb/A-W/. Il faut donc poser deux crochets \emph{différents}, l'un sur \verb/A/ et l'autre sur \verb/X/. En fait, le caractère \verb/?/ a un argument optionnel : -\centerverb/?[<nom>,<liaison>,<tikz>]/ -\smallskip - +\begin{center} + \Verb/?[<nom>,<liaison>,<tikz>]/ +\end{center} où chaque champ prend sa valeur par défaut s'il est vide : \begin{itemize} - \item le \verb-<nom>- est le nom du crochet : tous les caractères alphanumériques (a..z, A..Z, 0..9) sont admis\footnote{Ce n'est pas totalement exact. En réalité, tous les caractères pouvant être mis entre \texttt{\string\csname...\string\endcsname} sont autorisés.}. Ce nom vaut «\verb-a-» par défaut. Seul ce champ est pris en compte lors de la première occurrence de ce crochet portant ce nom. - \item \verb-<liaison>- spécifie avec quelle liaison l'atome portant cette occurrence du crochet doit être reliée a l'atome portant la première occurrence. Deux cas de figure sont possibles; soit ce champ est un entier représentant le type de liaison voulu : 1=liaison simple, 2=liaison double, etc. Voir le tableau page~\pageref{types.liaisons} pour les codes des liaisons. + \item le \Verb-<nom>- est le nom du crochet : tous les caractères alphanumériques (a..z, A..Z, 0..9) sont admis\footnote{Ce n'est pas totalement exact. En réalité, tous les caractères pouvant être mis entre \texttt{\string\csname...\string\endcsname} sont autorisés.}. Ce nom vaut «\verb-a-» par défaut. Seul ce champ est pris en compte lors de la première occurrence de ce crochet portant ce nom. + \item \Verb-<liaison>- spécifie avec quelle liaison l'atome portant cette occurrence du crochet doit être reliée a l'atome portant la première occurrence. Deux cas de figure sont possibles; soit ce champ est un entier représentant le type de liaison voulu : 1=liaison simple, 2=liaison double, etc. Voir le tableau page~\pageref{types.liaisons} pour les codes des liaisons. - Soit la \verb-<liaison>- est constituée des caractères codant la liaison, à condition que ces caractères soient \emph{entre accolades}; - \item \verb-<tikz>- sera passé directement à \TIKZ comme on l'a vu avec les liaisons classiques. + Soit la \Verb-<liaison>- est constituée des caractères codant la liaison, à condition que ces caractères soient \emph{entre accolades}; + \item \Verb-<tikz>- sera passé directement à \TIKZ comme on l'a vu avec les liaisons classiques. \end{itemize} Voici notre molécule avec les liaisons distantes requises, puis avec les liaisons \verb/A-W/ et \verb/X-C/ personnalisées : @@ -683,11 +700,11 @@ Alors, il faut procéder de cette façon : L'exemple précédent montre comment tracer un polygone régulier, mais la méthode est fastidieuse puisque les angles dépendent du nombre de côté du polygone. \subsection{Syntaxe} -\CF peut tracer des polygones réguliers facilement. L'idée est d'attacher un cycle à un \verb/<atome>/ extérieur à ce cycle avec cette syntaxe : -\centerverb/<atome>*<n>(<code>)/ -\smallskip - -\verb/<n>/ est le nombre de côtés du polygone et le \verb/<code>/ représente les liaisons et les groupes d'atomes qui constituent ses sommets et arêtes. Ce code \emph{doit} commencer par une liaison puisque l'atome se trouve à l'extérieur du cycle. +\CF peut tracer des polygones réguliers facilement. L'idée est d'attacher un cycle à un \Verb/<atome>/ extérieur à ce cycle avec cette syntaxe : +\begin{center} + \Verb/<atome>*<n>(<code>)/ +\end{center} +\Verb/<n>/ est le nombre de côtés du polygone et le \Verb/<code>/ représente les liaisons et les groupes d'atomes qui constituent ses sommets et arêtes. Ce code \emph{doit} commencer par une liaison puisque l'atome se trouve à l'extérieur du cycle. Voici un 5-cycle, attaché a l'atome «\verb/A/» : \exemple{5-cycle}|\chemfig{A*5(-B=C-D-E=)}| @@ -701,13 +718,13 @@ Si un cycle a un code qui contient trop de liaisons et de groupes d'atomes pour \exemple{5-cycle tronqué}|\chemfig{A*5(-B=C-D-E=F-G=H-I)}| Il est possible de dessiner un cercle ou un arc de cercle à l'intérieur d'un cycle. Pour cela, on utilise cette syntaxe : -\centerverb/<atome>**[<angle 1>,<angle 2>,<tikz>]<n>(<code>)/ -\smallskip - +\begin{center} + \Verb/<atome>**[<angle 1>,<angle 2>,<tikz>]<n>(<code>)/ +\end{center} où chaque champ de l'argument optionnel prend sa valeur par défaut s'il est vide : \begin{itemize} - \item \verb/<angle 1>/ et \verb/<angle 2>/ sont les angles absolus de départ et de fin de l'arc de cercle. Ceux-ci valent 0\degres{} et 360\degres{} de telle sorte qu'un cercle complet est tracé par défaut; - \item \verb/<tikz>/ est le code qui sera passé à \TIKZ pour le dessin de l'arc de cercle. + \item \Verb/<angle 1>/ et \Verb/<angle 2>/ sont les angles absolus de départ et de fin de l'arc de cercle. Ceux-ci valent 0\degres{} et 360\degres{} de telle sorte qu'un cercle complet est tracé par défaut; + \item \Verb/<tikz>/ est le code qui sera passé à \TIKZ pour le dessin de l'arc de cercle. \end{itemize} \exemple{Cycles et arcs de cercle}|\chemfig{**6(------)}\quad @@ -736,10 +753,10 @@ La règle reste valable, quelque soit l'angle de la liaison précédente : \subsection{Ramifications partant d'un cycle} Pour faire partir une ramification d'un des sommets du cycle, on emploie la syntaxe déjà vue : -\centerverb/<atome>(<code>)/ -\smallskip - -où le \verb/<code>/ est celui de la sous molécule et l'\verb-<atome>- occupe le sommet. Une chose particulière aux cycles est que l'angle par défaut de la sous molécule n'est pas 0\degres{} mais est calculé de telle sorte qu'il soit la bissectrice des côtés partant du sommet : +\begin{center} + \Verb/<atome>(<code>)/ +\end{center} +où le \Verb/<code>/ est celui de la sous molécule et l'\Verb-<atome>- occupe le sommet. Une chose particulière aux cycles est que l'angle par défaut de la sous molécule n'est pas 0\degres{} mais est calculé de telle sorte qu'il soit la bissectrice des côtés partant du sommet : \exemple{Ramification partant d'un cycle}|\chemfig{X*6(-=-(-A-B=C)=-=-)}| On peut faire partir une sous molécule du premier sommet du cycle, ainsi que de tous les autres sommets : @@ -781,18 +798,19 @@ Pour que le cycle ait une forme régulière, il faut passer outre le mécanisme \exemple{Atomes de départ et d'arrivée imposés}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}| \section{Représentation des déplacements d'électrons}\label{mecanismes-reactionnels} -Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe «\verb-@{<argument>}-». Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option «\texttt{remember picture}» qui est passée à tous les environnements «\falseverb{tikzpicture}». Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le «\falseverb{picture remembering}» et que la compilation soit lancée deux fois. +Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe «\Verb-@{<argument>}-». Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option «\texttt{remember picture}» qui est passée à tous les environnements «\falseverb{tikzpicture}». Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le «\falseverb{picture remembering}» et que la compilation soit lancée deux fois. Deux cas de figure peuvent se présenter, on peut poser : \begin{itemize} - \item un nœud de dimension nulle sur une liaison en utilisant la syntaxe «\verb-@{<nom>,<coeff>}-» placée immédiatement au début de l'argument optionnel de la liaison concernée sans être suivi d'une virgule s'il y a un premier argument optionnel. Dans ce cas, le nœud portera le nom «\verb-<nom>-» et le \verb-<coeff>-, compris entre 0 et 1, déterminera où le nœud se situera sur la liaison. Si on utilise «\verb-@{<nom>}-», le \verb-<coeff>- prend la valeur de 0.5 par défaut ce qui signifie que le nœud est posé au milieu de la liaison; - \item un nœud sur un atome en utilisant la syntaxe «\verb-@{<nom>}-» immédiatement avant l'atome concerné. Dans ce cas, le nœud a exactement le même encombrement que l'atome, il peut notamment être vide et donc avoir des dimensions nulles. + \item un nœud de dimension nulle sur une liaison en utilisant la syntaxe «\Verb-@{<nom>,<coeff>}-» placée immédiatement au début de l'argument optionnel de la liaison concernée sans être suivi d'une virgule s'il y a un premier argument optionnel. Dans ce cas, le nœud portera le nom «\Verb-<nom>-» et le \Verb-<coeff>-, compris entre 0 et 1, déterminera où le nœud se situera sur la liaison. Si on utilise «\Verb-@{<nom>}-», le \Verb-<coeff>- prend la valeur de 0.5 par défaut ce qui signifie que le nœud est posé au milieu de la liaison; + \item un nœud sur un atome en utilisant la syntaxe «\Verb-@{<nom>}-» immédiatement avant l'atome concerné. Dans ce cas, le nœud a exactement le même encombrement que l'atome, il peut notamment être vide et donc avoir des dimensions nulles. \end{itemize} -Une fois que la commande \falseverb{\chemfig} a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} place son argument dans un environnement «\falseverb{tikzpicture}» dans lequel les options sont «\texttt{remember picture,overlay}».} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom «\verb-<nom1>-» au nœud portant le nom «\verb-<nom2>-» : -\centerverb|\chemmove[<opt>]{\draw[<opt tikz>](<nom1>)<link tikz>(<nom2>);}| -\smallskip +Une fois que la commande \falseverb{\chemfig} a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} place son argument dans un environnement «\falseverb{tikzpicture}» dans lequel les options sont «\texttt{remember picture,overlay}».} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom «\Verb-<nom1>-» au nœud portant le nom «\Verb-<nom2>-» : +\begin{center} + \Verb|\chemmove[<opt>]{\draw[<opt tikz>](<nom1>)<link tikz>(<nom2>);}| +\end{center} -L'argument optionnel \verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement \falseverb{tikzpicture} dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \verb-<opt tikz>- et \verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ. +L'argument optionnel \Verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement \falseverb{tikzpicture} dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \Verb-<opt tikz>- et \Verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ. \subsection{Effets mésomères} Pour fixer les idées prenons l'exemple d'un effet mésomère impliquant une double liaison et un doublet non liant conjugués. Commençons par la possible délocalisation des électrons de la double liaison. On va poser un nœud nommé «db» (double bond) au milieu de la double liaison et un nœud nommé «a1» sur l'extrémité de la double liaison. @@ -810,8 +828,9 @@ Les macros \verb|\schemestart|, \verb|\schemestop|, \verb|\arrow| et \verb|\+| s Comme on l'a dit, on remarque qu'il n'y pas de virgule derrière le nœud posé dans les arguments optionnels d'une liaison. On écrit «\verb|=_[@{db}::30]|» et non pas «\verb|=_[@{db},::30]|» comme on serait tenté de le faire. Pour relier les nœuds «db» et «a1», nous avons utilisé la syntaxe suivante : -\centerverb|\chemmove{\draw(db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);}| -\medskip +\begin{center} + \Verb|\chemmove{\draw(db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);}| +\end{center} Le style de flèche par défaut dans \verb|\chemmove| est «CF». Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de «db» pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de «a1» pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud «dnl») vers la liaison simple (nœud «sb»). \exemple{Effet mésomère 2}/\schemestart @@ -888,7 +907,7 @@ Grâce à l'option \verb|remember picture| qui est passée à tous les environne \draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc); \draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/ -L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| ne change pas les dimensions de la boîte englobante du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de «atoh» et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code. +L'utilisation de la commande \Verb|\chemabove{<code>}{<matériel>}| ne change pas les dimensions de la boîte englobante du \Verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de «atoh» et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code. \exemple{Estérification: étape 2}/\setchemfig{atom sep=7mm} \chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm} \chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}} @@ -900,10 +919,11 @@ Nous laissons le soin au lecteur d'écrire la suite\ldots \section{Écrire un nom sous une molécule}\label{chemname} Pour plus de commodité, \CF permet d'écrire le nom d'une molécule sous celle-ci avec la commande -\centerverb/\chemname[<dim>]{\chemfig{<code de la molécule>}}{<nom>}/ -\smallskip +\begin{center} + \Verb/\chemname[<dim>]{\chemfig{<code de la molécule>}}{<nom>}/ +\end{center} -La \verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la \falseverb{ligne de base} de la molécule et le haut des lettres du \verb-<nom>-. Le \verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \verb-<nom>- est toujours nul. +La \Verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la \falseverb{ligne de base} de la molécule et le haut des lettres du \Verb-<nom>-. Le \Verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \Verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \Verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \Verb-<nom>- est toujours nul. Voici une réaction avec les noms sous les molécules : \exemple*{Affichage du nom des molécules}/\schemestart @@ -929,9 +949,9 @@ Il y a quelques contraintes avec cette commande. Pour en pendre conscience, mett \schemestop \chemnameinit{}/ -En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \verb-<nom>-, la commande \falseverb{\chemname} insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. \label{chemnameinit}La macro \verb-\chemnameinit{<argument>}- initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\verb-<argument>-. Il convient donc : +En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \Verb-<nom>-, la commande \falseverb{\chemname} insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. \label{chemnameinit}La macro \Verb-\chemnameinit{<argument>}- initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\Verb-<argument>-. Il convient donc : \begin{itemize} - \item d'écrire \verb-\chemnameinit{<plus profonde molécule>}- avant d'impliquer cette commande dans une réaction, sauf si cette réaction commence par la plus profonde molécule; + \item d'écrire \Verb-\chemnameinit{<plus profonde molécule>}- avant d'impliquer cette commande dans une réaction, sauf si cette réaction commence par la plus profonde molécule; \item d'écrire \verb-\chemnameinit{}- après avoir écrit tous les noms d'une réaction chimique afin d'éviter que la plus grande profondeur trouvée dans cette réaction n'interfère dans une réaction future. \end{itemize} @@ -948,7 +968,7 @@ Le code correct est donc d'utiliser \falseverb{\chemnameinit} avant et après la \schemestop \chemnameinit{}/ -Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande rencontrée dans un \verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} : +Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande \verb|\\| rencontrée dans un \Verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} : \exemple*{Nom sur 2 lignes}/\schemestart \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide\\carboxylique} \+ @@ -960,7 +980,7 @@ Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande rencontrée dans un \schemestop \chemnameinit{}/ -Si l'on écrit \verb|\chemname*{<nom>}|, alors la macro ne tient pas compte des noms rencontrés précédemment. +Si l'on écrit \Verb|\chemname*{<nom>}|, alors la macro ne tient pas compte des noms rencontrés précédemment. \newpage \part{Utilisation avancée}\label{utilisation.avancee} @@ -1002,8 +1022,8 @@ La \chevrons{clé} \CFkey{chemfig style} contient des instructions \TIKZ qui ser Par l'intermédiaire de \CFkey{chemfig style}, on peut choisir par exemple la couleur générale ou l'épaisseur des lignes : \exemple{Choix du style}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip -\setchemfig{chemfig style={line width=1.5pt}}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip -\setchemfig{chemfig style=red}\chemfig{A-B-[2]C}/ +\chemfig[chemfig style={line width=1.5pt}]{A-B-[2]C}\par\medskip +\chemfig[chemfig style=red]{A-B-[2]C}/ Avec \CFkey{node style}, on peut choisir la couleur des nœud dessinés par \TIKZ, modifier l'inclinaison du dessin ou changer l'échelle : \exemple{Choix des styles}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip @@ -1090,45 +1110,46 @@ Les liaisons déportées sont particulièrement utiles dans le tracé de formule \section{Liaisons doubles délocalisées} Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, avec sa librairie «decorations.markings» le rend possible. -\exemple*{Liaisons délocalisées}|\catcode`\@=11 +\exemple*{Liaisons délocalisées}|\catcode`\_=11 \tikzset{ ddbond/.style args={#1}{ draw=none, decoration={% markings, mark=at position 0 with { - \coordinate (CF@startdeloc) at (0,\dimexpr#1\CF@double@sep/2) - coordinate (CF@startaxis) at (0,\dimexpr-#1\CF@double@sep/2); + \coordinate (CF_startdeloc) at (0,\dimexpr#1\CF_doublesep/2) + coordinate (CF_startaxis) at (0,\dimexpr-#1\CF_doublesep/2); }, mark=at position 1 with { - \coordinate (CF@enddeloc) at (0,\dimexpr#1\CF@double@sep/2) - coordinate (CF@endaxis) at (0,\dimexpr-#1\CF@double@sep/2); - \draw[dash pattern=on 2pt off 1.5pt] (CF@startdeloc)--(CF@enddeloc); - \draw (CF@startaxis)--(CF@endaxis); + \coordinate (CF_enddeloc) at (0,\dimexpr#1\CF_doublesep/2) + coordinate (CF_endaxis) at (0,\dimexpr-#1\CF_doublesep/2); + \draw[dash pattern=on 2pt off 1.5pt] (CF_startdeloc)--(CF_enddeloc); + \draw (CF_startaxis)--(CF_endaxis); } }, postaction={decorate} } } -\catcode`\@=12 +\catcode`\_8 \chemfig{A-[,,,,ddbond={+}]B-[,,,,ddbond={-}]C}| \section{Sauvegarde d'une sous molécule}\label{definesubmol} -\CF est capable de sauvegarder un \verb-<code>- sous forme d'un alias pour le réutiliser sous forme compacte dans le code d'une molécule. Ceci est particulièrement utile lorsque le \verb-<code>- apparaît plusieurs fois. +\CF est capable de sauvegarder un \Verb-<code>- sous forme d'un alias pour le réutiliser sous forme compacte dans le code d'une molécule. Ceci est particulièrement utile lorsque le \Verb-<code>- apparaît plusieurs fois. Pour cela, on dispose de la commande -\centerverb|\definesubmol{<nom>}{<code>}| -\smallskip - -qui sauvegarde le \verb/<code>/ de façon à l'appeler dans le code de la molécule par le raccourci «\verb/!{<nom>}/». Ce \verb-<nom>- peut être : +\begin{center} + \Verb|\definesubmol{<nom>}{<code>}| +\end{center} +qui sauvegarde le \Verb/<code>/ de façon à l'appeler dans le code de la molécule par le raccourci «\Verb/!{<nom>}/». Ce \Verb-<nom>- peut être : \begin{itemize} \item une suite de caractères : tous les caractères alphanumériques pouvant se trouver entre \texttt{\string\csname} et \texttt{\string\endcsname} sont acceptés; \item une séquence de contrôle. \end{itemize} Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \falseverb{\definesubmol}, d'ailleurs, un «warning» sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol} -\centerverb|\redefinesubmol{<nom>}{<code>}| -\smallskip +\begin{center} + \Verb|\redefinesubmol{<nom>}{<code>}| +\end{center} Voici un code qui dessine la molécule de pentane. On a pris soin auparavant de définir un alias «\verb/xy/» pour le code \verb/CH_2/ : \exemple{Pentane}|\definesubmol{xy}{CH_2} @@ -1141,34 +1162,45 @@ Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans \chemfig{[:15]H-!\xx-!\xx-!\xx-!\xx-H}| La commande \falseverb{\definesubmol} admet un argument optionnel et sa syntaxe est la suivante : -\centerverb/\definesubmol{<nom>}[<code1>]{<code2>}/ -\medskip +\begin{center} + \Verb/\definesubmol{<nom>}[<code1>]{<code2>}/ +\end{center} -Dans la cas où l'argument optionnel est présent, l'alias «\verb-!<nom>-» sera remplacé par \verb'<code1>' si la liaison qui arrive sur l'alias vient de droite, c'est à dire si l'angle que fait la liaison entrante est compris entre $-90$\degres{} et 90\degres{}, ces valeurs étant non comprises. Pour tous les autres cas où la liaison arrive de gauche ou verticalement, l'alias sera remplacé par \verb-<code2>-. +Dans le cas où l'argument optionnel est présent, l'alias «\Verb-!<nom>-» sera remplacé par \Verb'<code1>' si la liaison qui arrive sur l'alias vient de droite, c'est à dire si l'angle que fait la liaison entrante est compris entre $-90$\degres{} et 90\degres{}, ces valeurs étant non comprises. Pour tous les autres cas où la liaison arrive de gauche ou verticalement, l'alias sera remplacé par \Verb-<code2>-. On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour «méthyl» de telle sorte que l'alias «\verb-!\Me-» soit remplacé par «\verb-H_3C-» lorsque la liaison arrive de droite et par «\verb-CH_3-» lorsqu'elle arrive de gauche. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules plus complexes on ne connaît même pas) : \exemple{Alias dual}/\definesubmol\Me[H_3C]{CH_3} \chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/ -\label{definesubmolarg}La sous-molécule sauvegardée via un \verb|<nom>| n'admet pas d'argument lorsqu'elle est appelée après «\verb|!|». Pour définir une sous-molécule admettant un ou plusieurs argument, il faut écrire ce \verb|<nombre>| d'arguments juste après le \verb|<nom>|. La syntaxe complète de \verb|\definesubmol| est donc: - -\centerverb/\definesubmol<nombre>{<nom>}[<code1>]{<code2>}/ +\label{definesubmolarg}La sous-molécule sauvegardée via un \Verb|<nom>| n'admet pas d'argument lorsqu'elle est appelée après «\verb|!|». Pour définir une sous-molécule admettant un ou plusieurs argument, il faut écrire ce \Verb|<nombre>| d'arguments juste après le \Verb|<nom>|. La syntaxe complète de \verb|\definesubmol| est donc: +\begin{center} + \Verb/\definesubmol{<nom>}<nombre>[<code1>]{<code2>}/ +\end{center} -Dans les \verb|<codes>|, les arguments doivent figurer sous leur forme habituelle «\verb|#<n>|» où \verb|<n>| est le numéro de l'argument. +Dans les \Verb|<codes>|, les arguments doivent figurer sous leur forme habituelle «\Verb|#<n>|» où \Verb|<n>| est le numéro de l'argument. -\exemple{\texttt{\string\definesubmol} avec arguments}/\definesubmol\X1{-[,-0.3,,,draw=none]\footnotesize#1} +\exemple{\texttt{\string\definesubmol} avec arguments}/\definesubmol\X1{-[,-0.2,,,draw=none]{\scriptstyle#1}} \chemfig{*6((!\X A)-(!\X B)-(!\X C)-(!\X D)-(!\X E)-(!\X F)-)} \definesubmol{foo}3[#3|\textcolor{#1}{#2}]{\textcolor{#1}{#2}|#3} \chemfig{A(-[:135]!{foo}{red}XY)-B(-[:45]!{foo}{green}{W}{zoo})}/ +Il est à noter que si le \Verb|<nombre>| d'arguments est incorrect (négatif ou supérieur à 9), un message d'erreur sera émis et \CF considèrera que la sous molécule n'admet pas d'argument. + +En dehors des cas où le caractère «\verb|#|» est suivi d'un chiffre compris entre 1 et \Verb|<nombre>| auquel cas il représente un argument, les «\verb|#|» sont autorisés dans les codes des sous molécules. + +\exemple{Utilisation de \#}/\definesubmol\X2{#1-#2-#3-#(3pt,3pt)#4} +\chemfig{A-!\X{M}{N}-B}/ + +Dans cet exemple, seuls \verb|#1| et \verb|#2| sont compris comme les arguments de la sous molécule \verb|\X|. Les autres «\verb|#|» sont affichés tels quels dans la molécule (cas de \verb|#3| et \verb|#4|) ou compris comme le caractère spécifiant le réglage fin du retrait des liaisons. + \section{Décorations} \subsection{Formule de Lewis}\label{lewis} La macro \falseverb{\lewis} permet de placer des paires d'électrons, des électrons ou une lacune. On utilise cette syntaxe : -\centerverb|\lewis{<n1><n2>...<ni>,<atome>}| -\smallskip - -où les \verb-<n1>-\ldots\verb-<ni>- représentent les positions (en multiples de 45\degres) désirées autour de l'\verb-<atome>-. Ces entiers doivent être compris entre 0 et 7. +\begin{center} + \Verb|\lewis{<n1><n2>...<ni>,<atome>}| +\end{center} +où les \Verb-<n1>-\ldots\Verb-<ni>- représentent les positions (en multiples de 45\degres) désirées autour de l'\Verb-<atome>-. Ces entiers doivent être compris entre 0 et 7. Cette commande peut également être utilisée en dehors de l'argument de \verb-\chemfig- : \exemple{La macro \string\lewis}|\lewis{0246,A}\par\medskip @@ -1197,23 +1229,36 @@ On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autou \item \CFkv{lewis sep}{dim}: est la distance entre la boîte englobant l'atome et la décoration. Elle vaut \CFval{0.4ex} par défaut; \item \CFkv{lewis length}{dim} : est la longueur du trait représentant la paire d'électrons. Elle vaut \CFval{1.5ex} par défaut; \item \CFkv{lewis style}{code tikz} : est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Ce code est \CFval{vide} par défaut; - \item \CFkv{lewis dist}{dim} : est la distance entre les deux disques dessinés avec «\string:». Cette distance vaut \CFval{0.3em} par défaut. - \item \CFkv{lewis radius}{dim} : est le rayon du disque d'une décoration de Lewis «.» ou «\string:». Il vaut \CFval{0.15ex} par défaut. + \item \CFkv{lewis dist}{dim} : est la distance entre les deux disques dessinés avec «\string:». Cette distance vaut \CFval{0.3em} par défaut; + \item \CFkv{lewis radius}{dim} : est le rayon du disque d'une décoration de Lewis «.» ou «\string:». Il vaut \CFval{0.15ex} par défaut; + \item \CFkv{lewis diag coeff}{décimal} : est le coefficient d'espacement diagonal qui vaut \CFval{1} par défaut. +\end{itemize} + +Il faut noter que les paramètres spécifiques aux décorations de Lewis peuvent être passées par +\begin{itemize} + \item \Verb|\setchemfig{<clés>=<valeurs>}| afin qu'ils perdurent pour la suite du document; + \item \Verb|\chemfig[<clés>=<valeurs>]| et dans ce cas, les réglages sont effectifs dans la molécule en cours; + \item \Verb|\lewis[<clés>=<valeurs>]| pour que les paramètres soient spécifiques à cette exécution de la macro \verb|\lewis|. \end{itemize} +La dernière façon de faire, certes permet des réglages individuels, mais doit être utilisée avec précaution lorsque la macro \verb|\lewis| se trouve dans l'argument de \verb|\chemfig|. En effet, les signes \verb-=- des \Verb|<clés>=<valeurs>| ne doivent pas être interprétés comme double liaison et pour ce faire, la macro \verb|\lewis|, son argument optionnel et obligatoire \emph{doivent} être entre accolades: + +\exemple*{Argument optionnel de \string\lewis}/\chemfig{{\lewis[lewis style=red]{1:3:5:7:,X}}-{\lewis[lewis style=blue]{0:2:4:6:,Y}}}/ + +Voici quelques exemple de personnalisation: + \exemple{Les paramètres de la macro \string\lewis}*\setchemfig{lewis sep=4pt,lewis length=1.5em,lewis style=red} \chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\bigbreak -\setchemfig{lewis style={line width=0.4pt}} -\chemfig{A-\lewis{2|,B}-C}\bigbreak +\chemfig[lewis style={line width=0.4pt}]{A-\lewis{2|,B}-C}\bigbreak \Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigbreak -\setchemfig{lewis dist=0.2em} -\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigbreak +\Lewis[lewis dist=0.2em]{1:3:5:7:,X}\qquad +\Lewis[lewis dist=0.2em]{0:2:4:6:,X}\bigbreak -\setchemfig{lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt} -\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}* +\Lewis[lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt]{1:3:5:7:,X}\qquad +\Lewis[lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt]{0:2:4:6:,X}* Un problème concernant les décorations de Lewis dans les directions obliques peut parfois survenir. Pour l'atome «O» dans l'exemple ci-dessous, il semble que la décoration en position 1 soit plus éloignée de l'atome que celle en position 4 : \exemple{Directions obliques}/\huge @@ -1225,20 +1270,22 @@ Or, il n'en en rien comme on peut le voir en traçant la boîte englobante de l' \Lewis{1|4|,O}/ \label{opt.lewis}L'impression de plus grand éloignement est dû au fait que les contours de la lettre «O» sont plus éloignés de ceux de la boîte englobante dans les coins, c'est-à -dire dans les directions impaires. -Pour rapprocher (ou éloigner) les décorations de lewis dans les directions impaires, les commandes \verb-\lewis- et \verb-\Lewis- admettent un argument optionnel qui contient un coefficient qui vient multiplier le décalage entre la boite englobante et la décoration de Lewis réglé avec la commande \falseverb\setlewis. Pour la lettre «O», il semble que la valeur 0.5 soit satisfaisante pour ce coefficient : +Pour rapprocher (ou éloigner) les décorations de Lewis dans les directions impaires, la \chevrons{clé} \CFkv{lewis diag coeff}{decimal} spécifie le coefficient qui vient multiplier le décalage entre la boite englobante et la décoration de Lewis. Pour la lettre «O», il semble que la valeur 0.5 soit satisfaisante pour ce coefficient : \exemple*{Argument optionnel de \string\lewis}/\huge -\Lewis{1|4|,O}\quad \Lewis[0.5]{1|4|,O} +\Lewis{1|4|,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=0.5]{1|4|,O} -\Lewis{0:3:,O}\quad \Lewis[2]{0:5:,O}\quad \Lewis[0]{0:5:,O}\quad \Lewis[0.5]{0:5:,O}/ +\Lewis{0:5:,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=2]{0:5:,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=0.5]{0:5:,O}/ \subsection{Empilement de caractères} Les macros\label{chemabove} -\centerverb|\chemabove[<dim>]{<code>}{<matériel>}| +\begin{center} + \Verb|\chemabove[<dim>]{<code>}{<matériel>}| +\end{center} et\label{chembelow} -\centerverb|\chembelow[<dim>]{<code>}{<matériel>}| -\smallskip - -placent le \verb-<matériel>- respectivement au-dessus et au-dessous du \verb-<code>- à une distance verticale \verb-<dim>-, et cela sans changer la boîte englobante du \verb-<code>-. L'argument optionnel permet si on le souhaite, de spécifier cette dimension à chaque appel. Si l'argument optionnel n'est pas utilisé, une dimension par défaut sera prise : elle vaut \CFval{1.5pt} mais peut être modifiée avec \chevrons{clé} \CFkv{stack sep}{dim}. +\begin{center} + \Verb|\chembelow[<dim>]{<code>}{<matériel>}| +\end{center} +placent le \Verb-<matériel>- respectivement au-dessus et au-dessous du \Verb-<code>- à une distance verticale \Verb-<dim>-, et cela sans changer la boîte englobante du \Verb-<code>-. L'argument optionnel permet si on le souhaite, de spécifier cette dimension à chaque appel. Si l'argument optionnel n'est pas utilisé, une dimension par défaut sera prise : elle vaut \CFval{1.5pt} mais peut être modifiée avec \chevrons{clé} \CFkv{stack sep}{dim}. Ces commandes sont indépendantes de la macro \verb-\chemfig- et peuvent aussi bien être appelées à l'intérieur ou à l'extérieur de son argument. @@ -1248,7 +1295,7 @@ On peut les utiliser notamment dans les cycles en prenant soin de mettre des acc Elles sont parfois utiles pour placer des pseudo exposants tenant lieu de charge qui ne changent pas la boîte englobante de l'atome, de façon à ce que les liaisons n'en soient pas trop éloignées : \exemple{ion oxonium}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H}* -Les commandes \falseverb{\Chemabove} et \falseverb{\Chembelow} fonctionnent de la même façon sauf que la boîte englobante \emph{tient compte} du \verb-<matériel>- placé au dessus ou au dessous. +Les commandes \falseverb{\Chemabove} et \falseverb{\Chembelow} fonctionnent de la même façon sauf que la boîte englobante \emph{tient compte} du \Verb-<matériel>- placé au dessus ou au dessous. \section{Utilisation de {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} dans l'environnement \protect\ttfamily tikzpicture} Il est possible d'appeler la commande \falseverb{\chemfig} à l'intérieur d'un environnement {\ttfamily\falseverb{tikzpicture}} : @@ -1368,19 +1415,16 @@ Maintenant, il suffit de rajouter les ramifications entre parenthèses. Les angl \subsubsection{Projection de Haworth} Le but est de représenter cette molécule de D-glucopyranose : -{\setchemfig{cram width=2pt} -\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}} +\chemfig[cram width=2pt]{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)} Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe «HO» de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe «HO», il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel sera donc «\verb/[2,0.5,2]/». Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc «\verb/[0,,,,line width=2pt]/». Voici la structure de la molécule : -\exemple{Structure}|\setchemfig{cram width=2pt} -\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7]-[,,,, +\exemple{Structure}|\chemfig[cram width=2pt]{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7]-[,,,, line width=2pt]>[1,0.7]-[3,0.7]O-[4]?}| Il ne reste plus qu'à rajouter les ramifications, mises au bon endroit, en spécifiant des angles absolus correctement choisis et des longueurs parfois réduites pour mieux donner l'illusion de la perspective : -\exemple{Projection de Haworth}|\setchemfig{cram width=2pt} -\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,, +\exemple{Projection de Haworth}|\chemfig[cram width=2pt]{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,, line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7] O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}| @@ -1494,8 +1538,9 @@ Pour plus de souplesse, on peut aussi poser des nœuds avec le marqueur «\verb- \subsection{Dessiner un élément de polymère}\label{polymerdelim} La macro \verb|\polymerdelim|, jusqu'alors non documentée et en phase de test, fait avec la version 1.33 son entrée officielle dans le package \CF. Sa syntaxe est la suivante : - -\centerverb|\polymerdelim[<clés>=<valeurs>]{<nœud1>}<nœud2>}| +\begin{center} + \Verb|\polymerdelim[<clés>=<valeurs>]{<nœud1>}<nœud2>}| +\end{center} L'effet, après éventuellement \emph{deux} compilations, est de positionner des délimiteurs verticaux aux nœuds spécifiés. Les paramètres sont spécifiés via les \chevrons{clés} et les \chevrons{valeurs} dont voici la liste, les valeurs par défaut et les actions. \begin{center} @@ -1524,8 +1569,8 @@ Nylon 6: \polymerdelim[height = 30pt, depth = 5pt, indice = {}]{op}{cl} \bigskip -Polycaprolactame:\setchemfig{atom sep = 2em} -\chemfig{[:-30]-[@{left,.75}]N(-[6]H)-[:30](=[2]O)--[:30]--[:30]--[@{right,0.25}:30]} +Polycaprolactame: +\chemfig[atom sep = 2em]{[:-30]-[@{left,.75}]N(-[6]H)-[:30](=[2]O)--[:30]--[:30]--[@{right,0.25}:30]} \polymerdelim[height = 5pt, indice = \!\!n]{left}{right} \bigskip @@ -1597,26 +1642,26 @@ Pour cela, il est relativement facile d'écrire une macro \verb-\mylewis-, admet L'astuce consiste à créer un n\oe ud invisible circulaire qui contient l'atome et tracer les doublets aux angles désirés de façon à ce qu'ils soient tangents à ce cercle : -\exemple*{Doublets au degrés prés}|\makeatletter\catcode`\_11 +\exemple*{Doublets au degrés prés}|\catcode`\_11 \newcommand\mylewis[3][2ex]{% #1=longueur, #2=atome #3=liste des angles \tikzpicture[baseline,anchor=base]% \node[inner sep=0pt,outer sep=1pt,circle,overlay](atom@@)at(0,0){\phantom{#2}};% \node[inner sep=0pt,outer sep=0pt]at(0,0){#2};% - \def\list@angle{#3,}% + \def\list_angle{#3,}% \loop - \expandafter\grab@angle\list@angle\@nil - \pgfextractx\CF@dim{\pgfpointanchor{atom@@}\current@angle}\edef\CF@dimax{\the\CF@dim}% - \pgfextracty\CF@dim{\pgfpointanchor{atom@@}\current@angle}\edef\CF@dimay{\the\CF@dim}% - \pgfmathparse{#1*sin(\current@angle)/2}\let\offset@xx\pgfmathresult - \pgfmathparse{#1*cos(\current@angle)/2}\let\offset@yy\pgfmathresult + \expandafter\grab_angle\list_angle\_nil + \pgfextractx\CF_dim{\pgfpointanchor{atom@@}\current_angle}\edef\CF_dimax{\the\CF_dim}% + \pgfextracty\CF_dim{\pgfpointanchor{atom@@}\current_angle}\edef\CF_dimay{\the\CF_dim}% + \pgfmathparse{#1*sin(\current_angle)/2}\let\offset_xx\pgfmathresult + \pgfmathparse{#1*cos(\current_angle)/2}\let\offset_yy\pgfmathresult \draw[line width=.4pt,overlay] - (\CF@dimax-\offset@xx,\CF@dimay+\offset@yy)--(\CF@dimax+\offset@xx,\CF@dimay-\offset@yy);% - \unless\ifx\@empty\list@angle + (\CF_dimax-\offset_xx,\CF_dimay+\offset_yy)--(\CF_dimax+\offset_xx,\CF_dimay-\offset_yy);% + \unless\ifx\empty\list_angle \repeat \endtikzpicture } -\def\grab@angle#1,#2\@nil{\def\current@angle{#1}\def\list@angle{#2}} -\makeatother +\def\grab_angle#1,#2\_nil{\def\current_angle{#1}\def\list_angle{#2}} +\catcode`\_8 Essai : \mylewis{Cl}{15}\qquad \mylewis[3ex]{Cl}{-60}\qquad \mylewis[1.5ex]{Cl}{60,120,240,300} \bigskip @@ -1626,23 +1671,23 @@ Essai : \mylewis{Cl}{15}\qquad \mylewis[3ex]{Cl}{-60}\qquad \mylewis[1.5ex]{Cl}{ \subsection{Dessiner des liaisons multiples} Là encore, la librairie «decorations.markings» permet de tracer des liaisons multiples : -\exemple*{Liaisons multiples}|\catcode`\@=11 +\exemple*{Liaisons multiples}|\catcode`\_=11 \tikzset{nbond/.style args={#1}{% draw=none,% decoration={% markings,% mark=at position 0 with {\coordinate (CFstart@) at (0,0);}, mark=at position 1 with {% - \foreach\CF@i in{0,1,...,\number\numexpr#1-1}{% - \pgfmathsetmacro\CF@nbondcoeff{\CF@i-0.5*(#1-1)}% - \draw ([yshift=\CF@nbondcoeff\CF@double@sep]CFstart@)--(0,\CF@nbondcoeff\CF@double@sep); + \foreach\CF_i in{0,1,...,\number\numexpr#1-1}{% + \pgfmathsetmacro\CF_nbondcoeff{\CF_i-0.5*(#1-1)}% + \draw ([yshift=\CF_nbondcoeff\CF_doublesep]CFstart@)--(0,\CF_nbondcoeff\CF_doublesep); }% } }, postaction={decorate} } } -\catcode`\@=12 +\catcode`\_=8 \chemfig{A-[1,,,,nbond=4]B-[:-30,,,,nbond=5]C-[6,,,,nbond=6]D}| \part{Schémas réactionnels}\label{schemas} @@ -1669,12 +1714,12 @@ Un schéma réactionnel doit être contenu entre les commandes «\falseverb\sche Quelques remarques : \begin{itemize} \item les commandes \falseverb{\arrow} tracent les flèches; - \item tout ce qui se trouve entre deux commande \falseverb{\arrow} est considéré comme étant un \falseverb{composé}. Le parti a été pris que tous les réglages possibles, qu'ils concernent les flèches ou les composés, le seront grâce aux arguments de la commande \falseverb{\arrow}, dont la syntaxe en devient assez complexe; + \item tout ce qui se trouve entre deux commande \falseverb{\arrow} est considéré comme étant un composé. Le parti a été pris que tous les réglages possibles, qu'ils concernent les flèches ou les composés, le seront grâce aux arguments de la commande \falseverb{\arrow}, dont la syntaxe en devient assez complexe; \item les flèches sont tracées horizontalement, ce qui est bien évidemment modifiable; \item les flèches sont sur la ligne imaginaire reliant les centre des boîtes englobantes les composés (les points rouges et bleus sont les points d'attache des flèches). Ce comportement est également modifiable; \item Les informations de débogage, qui sont rendues visibles ou pas avec la \chevrons{clé} \CFkey{scheme debug} sont : \begin{itemize} - \item ce qui se trouve en vert au dessus des boîtes englobantes est le nom attribué par défaut par \CF aux composés et suit la progression "c1", "c2", etc. La numérotation repart à 1 pour un nouveau schéma réactionnel. + \item ce qui se trouve en vert au dessus des boîtes englobantes est le nom attribué par défaut par \CF aux composés et suit la progression "c1", "c2", etc. La numérotation recommence à 1 pour un nouveau schéma réactionnel. \item les boîtes englobantes des composés ont été tracées; \item les extrémités des flèches sont matérialisés par des points rouge et les ancres par des points bleu; \end{itemize} @@ -1698,7 +1743,7 @@ La flèche «\verb/-U>/» n'est pas dessinée de façon complète, un arc de cer Par souci de concision, par la suite, sauf exemple spécial, des lettres majuscules seront mises au lieu de formules chimiques crées via la commande \falseverb\chemfig. Il est bien évident que les schémas réactionnels fonctionnent de façon identique avec des lettres ou des dessins de molécules. On peut voir dans la galerie plusieurs exemples où les schémas réactionnels entrent en jeu. \section{Caractéristiques des flèches} -Chaque \falseverb{flèche} est caractérisée par : +Chaque flèche est caractérisée par : \begin{itemize} \item un angle exprimé en degrés; \item un coefficient qui spécifie la longueur de la flèche par multiplication de la valeur de l'espacement entre composés défini par \CFkey{compound sep}; @@ -1750,7 +1795,7 @@ Enfin, la commande \falseverb{\arrow} admet un argument optionnel entre crochets \schemestop/ \section{Nom des composés} -On peut passer outre le mécanisme automatique qui nomme les composés «c1», «c2», etc. Pour cela, la commande \falseverb{\arrow} admet un argument entre parenthèses qui doit suivre immédiatement la commande. Cet argument est de la forme : \verb/(n1--n2)/. Il nomme «\verb-n1-» le \falseverb{composé} se trouvant à l'origine de la flèche et «\verb-n2-» celui se trouvant à sa fin. N'importe quelle chaîne de caractères alphanumériques peut être utilisée. La numérotation des noms "c<n>" continue en interne ce qui signifie que si un \falseverb{composé} porte un autre nom que celui par défaut, cela ne change pas le nom par défaut des composés suivants. +On peut passer outre le mécanisme automatique qui nomme les composés «c1», «c2», etc. Pour cela, la commande \falseverb{\arrow} admet un argument entre parenthèses qui doit suivre immédiatement la commande. Cet argument est de la forme : \verb/(n1--n2)/. Il nomme «\verb-n1-» le composé se trouvant à l'origine de la flèche et «\verb-n2-» celui se trouvant à sa fin. N'importe quelle chaîne de caractères alphanumériques peut être utilisée. La numérotation des noms "c<n>" continue en interne ce qui signifie que si un composé porte un autre nom que celui par défaut, cela ne change pas le nom par défaut des composés suivants. Les noms sont facultatifs et l'argument peut aussi bien être \verb/(n1--)/ que \verb/(--n2)/. @@ -1763,12 +1808,12 @@ Les noms sont facultatifs et l'argument peut aussi bien être \verb/(n1--)/ que \schemestart A\arrow(aa--)B\arrow(bb--)C\arrow(cc--dd)D\arrow E \schemestop/ -On le voit, les deux méthodes sont équivalentes et l'on peut donc nommer un \falseverb{composé} avec la flèche qui le précède ou avec la flèche qui le suit. Par contre lorsqu'un \falseverb{composé} est entouré de deux flèches spécifiant son nom, le premier nom est ignoré et un warning est émis : +On le voit, les deux méthodes sont équivalentes et l'on peut donc nommer un composé avec la flèche qui le précède ou avec la flèche qui le suit. Par contre lorsqu'un composé est entouré de deux flèches spécifiant son nom, le premier nom est ignoré et un warning est émis : \exemple[50]{Noms surabondants}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart A\arrow(--foo)B\arrow(bar--)C \schemestop/ -Ici, le \falseverb{composé} «B» est nommé «foo» par la flèche qui lui arrive dessus et «bar» par celle qui en part. \CF émet donc le warning suivant annonçant que le nom "foo" sera ignoré : +Ici, le composé «B» est nommé «foo» par la flèche qui lui arrive dessus et «bar» par celle qui en part. \CF émet donc le warning suivant annonçant que le nom "foo" sera ignoré : \hfill\verb-Package chemfig Warning: two names for the same node, first name "foo" ignored-\hfill\null @@ -1812,14 +1857,14 @@ Pour que l'alignement soit correct, on va faire partir/arriver la flèche soit d \chemfig{A*5(---(-)--)} \schemestop/ -Un dernier ancre reste à spécifier, c'est celui du premier \falseverb{composé} par rapport à la \falseverb{ligne de base} du texte qui le précède, il s'agit du point vert de gauche sur le schéma qui suit : +Un dernier ancre reste à spécifier, c'est celui du premier composé par rapport à la \falseverb{ligne de base} du texte qui le précède, il s'agit du point vert de gauche sur le schéma qui suit : \exemple[50]{Ancre initial}/\setchemfig{scheme debug=true} Texte qui précède : \schemestart \chemfig{A*5(-----)}\arrow A \schemestop/ -L'emplacement de cet ancre sur la boîte contenant le premier \falseverb{composé} vaut par défaut «text». Il est réglable avec le second argument optionnel de la commande \falseverb{\schemestart} : +L'emplacement de cet ancre sur la boîte contenant le premier composé vaut par défaut «text». Il est réglable avec le second argument optionnel de la commande \falseverb{\schemestart} : \exemple[50]{Réglage de l'ancre initial}/\setchemfig{scheme debug=true} Texte qui précède : \schemestart[][south] @@ -1839,7 +1884,7 @@ Texte qui précède : \schemestop/ \section{Style des composés} -Toujours par l'intermédiaire de l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb{\arrow}, on peut spécifier avec des instructions de \TIKZ le style «\verb-s-» de la boîte englobante du \falseverb{composé} de départ ou de celui d'arrivée. La syntaxe complète de la commande \falseverb{\arrow} est donc la suivante, où chaque spécification est optionnelle et peut être omise : +Toujours par l'intermédiaire de l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb{\arrow}, on peut spécifier avec des instructions de \TIKZ le style «\verb-s-» de la boîte englobante du composé de départ ou de celui d'arrivée. La syntaxe complète de la commande \falseverb{\arrow} est donc la suivante, où chaque spécification est optionnelle et peut être omise : \hfill\verb/\arrow(n1.a1[s1]--n2.a2[s2]){type flèche}[angle,coeff,style flèche]/\hfill\null @@ -1871,7 +1916,7 @@ rounded corners=1mm}} \schemestop/ \section{Embranchements} -Jusqu'à présent, on n'a pu tracer que des schémas réactionnels linéaires. On peut également faire des embranchements et c'est là que le nom des composés va prendre toute son importance. Dans l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb{\arrow}, si un nom est précédé de \og\verb-@-\fg, cela signifie que ce \falseverb{composé} existe déjà . Plusieurs cas de figure peuvent se présenter : +Jusqu'à présent, on n'a pu tracer que des schémas réactionnels linéaires. On peut également faire des embranchements et c'est là que le nom des composés va prendre toute son importance. Dans l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb{\arrow}, si un nom est précédé de \og\verb-@-\fg, cela signifie que ce composé existe déjà . Plusieurs cas de figure peuvent se présenter : \begin{itemize} \item \verb/(@n1--n2)/ : la flèche sera tracée depuis le composé existant \og\verb-n1-\fg{} et le schéma continuera à la suite de cette flèche, créant donc un embranchement; \item \verb/(@n1--@n2)/ : la flèche est tracée entre deux composés existants, qu'ils soient déjà définis ou qu'ils soient définis plus tard dans le schéma réactionnel : cette syntaxe peut donc se placer \emph{n'importe où} dans le code du schéma réactionnel; @@ -1897,7 +1942,7 @@ On pourrait vouloir que «Y» et «XX» soient sur une même horizontale. Pour c \schemestop/ \section{Sous schéma}\label{subscheme} -On peut placer une partie d'un schéma réactionnel dans une boîte englobante unique, considérée par \CF comme un \falseverb{composé}. La commande \falseverb{\subscheme} dont l'argument obligatoire contient le sous schéma entre accolades permet de grouper un sous schéma comme un tout et lorsque \falseverb{\subscheme} se trouve après une flèche, la commande enveloppe ce sous schéma dans un \falseverb{composé} portant le nom «c<n+1>» : +On peut placer une partie d'un schéma réactionnel dans une boîte englobante unique, considérée par \CF comme un composé. La commande \falseverb{\subscheme} dont l'argument obligatoire contient le sous schéma entre accolades permet de grouper un sous schéma comme un tout et lorsque \falseverb{\subscheme} se trouve après une flèche, la commande enveloppe ce sous schéma dans un composé portant le nom «c<n+1>» : \exemple[50]{Sous schéma}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart A\arrow @@ -1905,7 +1950,7 @@ On peut placer une partie d'un schéma réactionnel dans une boîte englobante u \arrow D \schemestop/ -Bien que ça ne soit pas clair car les noms se superposent, la boîte contenant le sous schéma porte le nom «c2» et la numérotation se poursuit à l'intérieur du sous schéma «c3» pour B, «c4» pour C. Comme le premier \falseverb{composé} du sous schéma est «B», la ligne de base du sous schéma est celle de «B». On peut le mettre en évidence en précisant les ancres : +Bien que ça ne soit pas clair car les noms se superposent, la boîte contenant le sous schéma porte le nom «c2» et la numérotation se poursuit à l'intérieur du sous schéma «c3» pour B, «c4» pour C. Comme le premier composé du sous schéma est «B», la ligne de base du sous schéma est celle de «B». On peut le mettre en évidence en précisant les ancres : \exemple[50]{Sous schéma}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart A\arrow(--.mid west) @@ -1913,15 +1958,17 @@ Bien que ça ne soit pas clair car les noms se superposent, la boîte contenant \arrow D \schemestop/ -Il faut noter que la commande \falseverb\subscheme\verb-{<scheme>}- n'étant rien d'autre qu'un raccourci pratique pour +Il faut noter que la commande \falseverb\subscheme\Verb-{<scheme>}- n'étant rien d'autre qu'un raccourci pratique pour \begin{center} -\falseverb\schemestart\verb-<scheme>-\falseverb\schemestop +\falseverb\schemestart\Verb-<scheme>-\falseverb\schemestop \end{center} Par conséquent, \falseverb\subscheme{} admet les mêmes arguments optionnels que \falseverb\schemestart. \label{chemleft}\CF fournit la paire de commandes \falseverb{\chemleft} et \falseverb{\chemright} qui permettent de placer des délimiteurs extensibles de part et d'autre d'un matériel. Ces commandes doivent être suivies de délimiteurs, tout comme on en mettrait à la suite des primitives de \TeX{} \verb-\left- et \verb-\right- : -\centerverb/\chemleft<car1><matériel>\chemright<car2>/ -où \verb-<car1>- et \verb-<car2>- sont «(» et «)» ou «[» et «]» ou tout autre délimiteur extensible accepté par les commandes \verb-\left- et \verb-\right-. +\begin{center} + \Verb/\chemleft<car1><matériel>\chemright<car2>/ +\end{center} +où \Verb-<car1>- et \Verb-<car2>- sont «(» et «)» ou «[» et «]» ou tout autre délimiteur extensible accepté par les commandes \verb-\left- et \verb-\right-. \exemple{Les macros \string\chemleft\ et \string\chemright}/\chemleft\lfloor\chemfig{A-[1]B}\chemright) \chemleft\{\chemfig{A-[1,1.25]B-[6,1.25]C}\chemright| @@ -1935,7 +1982,9 @@ Voici le code du schéma réactionnel vu précédemment où l'on utilise \falsev D \schemestop/ \label{chemup}Dans le même ordre d'idée, les macros \falseverb{\chemup} et \falseverb{\chemdown} fonctionnent de la même façon sauf que les délimiteurs extensibles sont positionnés au dessus et au dessous du matériel : -\centerverb/\chemup<car1><matériel>\chemdown<car2>/ +\begin{center} + \Verb/\chemup<car1><matériel>\chemdown<car2>/ +\end{center} Voici un exemple : \exemple{Les macros \string\chemup\ et \string\chemdown}/\schemestart[-90] X\arrow @@ -2038,7 +2087,7 @@ Un problème survient lorsque les flèches sont verticales : \exemple[50]{Flèches verticales}/\schemestart A\arrow{->[sur][sous]}[-90]B \schemestop/ -Par souci de lisibilité, il serait souhaitable que les labels placés au dessus et au dessous soient horizontaux. On peut choisir l'angle selon lequel les labels sont affichés, la valeur par défaut étant l'angle de la flèche. Pour spécifier un autre angle, il suffit de placer au début des arguments optionnels \verb-*{<angle>}- : +Par souci de lisibilité, il serait souhaitable que les labels placés au dessus et au dessous soient horizontaux. On peut choisir l'angle selon lequel les labels sont affichés, la valeur par défaut étant l'angle de la flèche. Pour spécifier un autre angle, il suffit de placer au début des arguments optionnels \Verb-*{<angle>}- : \exemple[55]{Choix des angles}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart A\arrow{->[*{0}sur][*{0}sous]}[90]B\schemestop \qquad @@ -2052,7 +2101,7 @@ L'ancre par défaut où est attaché chaque label provoque parfois des affichage \schemestart A\arrow{->[*{0}au-dessus][*{0}au-dessous]}[45,2]B \schemestop/ -On peut spécifier également l'ancre d'attache pour écraser celui choisi par \CF par défaut. Il suffit d'utiliser la syntaxe suivante : \verb-*{<angle>.<ancre>}-. +On peut spécifier également l'ancre d'attache pour écraser celui choisi par \CF par défaut. Il suffit d'utiliser la syntaxe suivante : \Verb-*{<angle>.<ancre>}-. \exemple[50]{Ancres}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart A\arrow{->[*{0.0}au-dessus][*{0.180}au-dessous]}[45,2]B @@ -2094,17 +2143,17 @@ Cette section, assez technique et demandant des connaissances sur \TIKZ, n'inté La commande \falseverb{\definearrow} permet de construire des flèches personnalisées. La syntaxe de cette commande est la suivante : -\hfill\verb-\definearrow{<nombre>}{<nom flèche>}{<code>}-\hfill\null +\hfill\Verb-\definearrow{<nombre>}{<nom flèche>}{<code>}-\hfill\null -où \verb-<nombre>- est le nombre d'arguments optionnels auxquels on fera référence dans le \verb-<code>- avec la syntaxe habituelle \verb-#1-, \verb-#2-, etc. On ne peut pas définir de valeur par défaut pour ces arguments optionnels, et s'ils sont absents lorsque l'utilisateur utilise la macro \verb-\arrow-, ils seront vides. +où \Verb-<nombre>- est le nombre d'arguments optionnels auxquels on fera référence dans le \Verb-<code>- avec la syntaxe habituelle \verb-#1-, \verb-#2-, etc. On ne peut pas définir de valeur par défaut pour ces arguments optionnels, et s'ils sont absents lorsque l'utilisateur utilise la macro \verb-\arrow-, ils seront vides. -Avant d'aller plus loin, examinons les macros disponibles en interne lors du tracé des flèches. Comme ces macros ont le caractère \verb-@- dans leur nom, on ne peut y accéder qu'entre les commandes \falseverb{\makeatletter} et \falseverb{\makeatother}. +Avant d'aller plus loin, examinons les macros disponibles en interne lors du tracé des flèches. Comme ces macros ont le caractère «\verb-_-» dans leur nom, on ne peut y accéder qu'entre les commandes \verb|\catcode`\_=11| et \verb|\catcode`\_=8|. \begin{itemize} - \item \falseverb{\CF@arrow@start@name} et \falseverb{\CF@arrow@end@name} contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche; - \item \falseverb{\CF@arrow@start@node} et \falseverb{\CF@arrow@end@node} contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches. À la suite de ces noms viennent s'ajouter, s'ils ne sont pas vides, les ancres spécifiés par l'utilisateur dans l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb\arrow; - \item \falseverb{\CF@arrow@current@style} et \falseverb{\CF@arrow@current@angle} contiennent le style et l'angle de la flèche devant être tracée; - \item \falseverb{\CF@arrow@shift@nodes}\verb-{<dim>}- décale les nœuds «\falseverb{\CF@arrow@start@node}» et «\falseverb{\CF@arrow@end@node}» de la dimension contenue dans son argument et ce, dans la direction perpendiculaire à la flèche; - \item \falseverb{\CF@arrow@display@label}\verb/{#1}{#2}{#3}{#4}{#5}{#6}{#7}{#8}/ est la plus complexe et se charge de placer les labels avec les arguments suivants : + \item \falseverb{\CF_arrowstartname} et \falseverb{\CF_arrowendname} contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche; + \item \falseverb{\CF_arrowstartnode} et \falseverb{\CF_arrowendnode} contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches. À la suite de ces noms viennent s'ajouter, s'ils ne sont pas vides, les ancres spécifiés par l'utilisateur dans l'argument entre parenthèses de la commande \falseverb\arrow; + \item \falseverb{\CF_arrowcurrentstyle} et \falseverb{\CF_arrowcurrentangle} contiennent le style et l'angle de la flèche devant être tracée; + \item \falseverb{\CF_arrowshiftnodes}\Verb-{<dim>}- décale les nœuds «\falseverb{\CF_arrowstartnode}» et «\falseverb{\CF_arrowendnode}» de la dimension contenue dans son argument et ce, dans la direction perpendiculaire à la flèche; + \item \falseverb{\CF_arrowdisplaylabel}\verb/{#1}{#2}{#3}{#4}{#5}{#6}{#7}{#8}/ est la plus complexe et se charge de placer les labels avec les arguments suivants : \begin{itemize} \item \verb-#1- et \verb-#5- sont les labels a écrire; \item \verb-#2- et \verb-#6- sont des réels compris entre 0 et 1 spécifiant à quel endroit de la flèche ces labels doivent être écrits, 0 étant le début et 1 étant la fin,, le tout étant supposé que la flèche est \emph{rectiligne}; @@ -2117,28 +2166,28 @@ Avant d'aller plus loin, examinons les macros disponibles en interne lors du tra \subsection{Une première flèche} Pour créer un exemple, mettons que l'on veuille construire une flèche avec un disque en son milieu que l'on va appeler «\verb/-.>/». Décidons qu'elle admettra 4 arguments optionnels. Comme pour les flèches déjà définies, le premier et le second seront les labels à mettre au dessus et au dessous et le troisième sera le décalage de la flèche dans le sens perpendiculaire à sa direction. Enfin, le 4\ieme{} argument sera la taille du point que l'on prendra égale à 2pt si le 4\ieme{} argument est absent. -Nous allons d'abord écrire \verb/\definearrow{4}{-.>}/ pour déclarer que la flèche aura 4 arguments optionnels et s'appellera \verb/-.>/. Tout d'abord, il faut modifier les positions des nœuds entre lesquels doit être tracée la flèche pour tenir compte du décalage contenu dans le 3\ieme{} argument. Ceci est réalisé par la macro \falseverb{\CF@arrow@shift@nodes}, et il suffit donc de commencer le code de la flèche par : \falseverb{\CF@arrow@shift@nodes}\verb-{#3}%-. Ensuite, il faut tracer la flèche elle même et en profiter pour poser un nœud au milieu du segment que nous appelons "\verb-mid@point-", puis tracer un cercle dont le centre est ce dernier nœud. Tout ceci est fait par le code \TIKZ suivant : +Nous allons d'abord écrire \verb/\definearrow{4}{-.>}/ pour déclarer que la flèche aura 4 arguments optionnels et s'appellera \verb/-.>/. Tout d'abord, il faut modifier les positions des nœuds entre lesquels doit être tracée la flèche pour tenir compte du décalage contenu dans le 3\ieme{} argument. Ceci est réalisé par la macro \falseverb{\CF_arrowshiftnodes}, et il suffit donc de commencer le code de la flèche par : \falseverb{\CF_arrowshiftnodes}\verb-{#3}%-. Ensuite, il faut tracer la flèche elle même et en profiter pour poser un nœud au milieu du segment que nous appelons "\verb-mid@point-", puis tracer un cercle dont le centre est ce dernier nœud. Tout ceci est fait par le code \TIKZ suivant : -{\hskip2em\verb-\edef\pt@radius{\ifx\@empty#4\@empty 2pt\else #4\fi}% rayon du point-\par\parskip0pt -\hskip2em\verb/\expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF]/\par -\hskip4em\verb/(\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node)coordinate[midway](mid@point);/\par -\hskip2em\verb-\filldraw(mid@point)circle(\pt@radius);%-} +{\hskip2em\verb-\edef\pt_radius{\ifx\empty#4\empty 2pt\else #4\fi}% rayon du point-\par\parskip0pt +\hskip2em\verb/\expandafter\draw\expandafter[\CF_arrowcurrentstyle,-CF]/\par +\hskip4em\verb/(\CF_arrowstartnode)--(\CF_arrowendnode)coordinate[midway](mid@point);/\par +\hskip2em\verb-\filldraw(mid@point)circle(\pt_radius);%-} Il ne nous reste plus qu'à placer les labels s'ils existent avec la ligne suivante : -\hskip2em\verb/\CF@arrow@display@label{#1}{0.5}{+}{\CF@arrow@start@node}{#2}{0.5}{-}{\CF@arrow@end@node}/ +\hskip2em\verb/\CF_arrowdisplaylabel{#1}{0.5}{+}{\CF_arrowstartnode}{#2}{0.5}{-}{\CF_arrowendnode}/ Voici notre flèche achevée : -\exemple*{Flèche «-.>»}/\makeatletter +\exemple*{Flèche «-.>»}/\catcode`\_11 \definearrow4{-.>}{% - \edef\pt@radius{\ifx\@empty#4\@empty 2pt\else #4\fi}% rayon du point - \CF@arrow@shift@nodes{#3}% - \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node) + \edef\pt_radius{\ifx\empty#4\empty 2pt\else #4\fi}% rayon du point + \CF_arrowshiftnodes{#3}% + \expandafter\draw\expandafter[\CF_arrowcurrentstyle,-CF](\CF_arrowstartnode)--(\CF_arrowendnode) coordinate[midway](mid@point); - \filldraw(mid@point)circle(\pt@radius);% - \CF@arrow@display@label{#1}{0.5}{+}{\CF@arrow@start@node}{#2}{0.5}{-}{\CF@arrow@end@node} + \filldraw(mid@point)circle(\pt_radius);% + \CF_arrowdisplaylabel{#1}{0.5}{+}{\CF_arrowstartnode}{#2}{0.5}{-}{\CF_arrowendnode} } -\makeatother +\catcode`\_8 \schemestart A \arrow{-.>} B \arrow{-.>[sur][sous][][1pt]} C \arrow{-.>[][sous]}[30] D \arrow{-.>[sur][][5pt][1.5pt]} E \schemestop/ @@ -2146,27 +2195,29 @@ A \arrow{-.>} B \arrow{-.>[sur][sous][][1pt]} C \arrow{-.>[][sous]}[30] D \arrow \subsection{Une flèche courbe} Pourquoi ne pas maintenant créer une flèche courbe ? Pour rendre les choses simples, mettons qu'elle n'aura qu'un seul argument optionnel contenant le code \TIKZ qui définira le (ou les) point de contrôle, et si cet argument est vide, une flèche du type «\verb/-CF/» sera tracée. -Si l'argument \verb-#1- n'est pas vide, ce qui nous intéresse ne sont pas \falseverb{\CF@arrow@start@node} et \falseverb{\CF@arrow@end@node} qui contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches parce que l'emplacement des ces nœuds est déjà déterminés par les ancres qui sont calculés pour des flèches \emph{rectilignes} ! Nous allons plutôt prendre \falseverb{\CF@arrow@start@name} et \falseverb{\CF@arrow@end@name} qui contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche. Voici le code \TIKZ qui va tracer la ligne courbe entre ces deux composés : +Si l'argument \verb-#1- n'est pas vide, ce qui nous intéresse ne sont pas \falseverb{\CF_arrowstartnode} et \falseverb{\CF_arrowendnode} qui contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches parce que l'emplacement des ces nœuds est déjà déterminés par les ancres qui sont calculés pour des flèches \emph{rectilignes} ! Nous allons plutôt prendre \falseverb{\CF_arrowstartname} et \falseverb{\CF_arrowendname} qui contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche. Voici le code \TIKZ qui va tracer la ligne courbe entre ces deux composés : -{\verb/\draw[shorten <=\CF@arrow@offset,shorten >=\CF@arrow@offset,\CF@arrow@current@style,-CF,/\par\parskip0pt -\verb/(\CF@arrow@start@name).. controls #1 ..(\CF@arrow@end@name);%/} +{\verb/\draw[shorten <=\CF_arrowoffset,shorten >=\CF_arrowoffset,\CF_arrowcurrentstyle,-CF,/\par\parskip0pt +\verb/(\CF_arrowstartname).. controls #1 ..(\CF_arrowendname);%/} -On doit rajouter le code \TIKZ qui permet de raccourcir la flèche tracée de la valeur \falseverb{\CF@arrow@offset} définie par \falseverb{\setarrowoffset} puisqu'on ne part pas des nœuds correspondant aux flèches rectilignes \falseverb{\CF@arrow@start@node} et \falseverb{\CF@arrow@end@node}. Il faudra donc rajouter au début de \falseverb{\CF@arrow@current@style} le code suivant : -\centerverb/shorten <=\CF@arrow@offset, shorten >=\CF@arrow@offset/ +On doit rajouter le code \TIKZ qui permet de raccourcir la flèche tracée de la valeur \falseverb{\CF_arrowoffset} définie par \falseverb{\setarrowoffset} puisqu'on ne part pas des nœuds correspondant aux flèches rectilignes \falseverb{\CF_arrowstartnode} et \falseverb{\CF_arrowendnode}. Il faudra donc rajouter au début de \falseverb{\CF_arrowcurrentstyle} le code suivant : +\begin{center} + \verb/shorten <=\CF_arrowoffset, shorten >=\CF_arrowoffset/ +\end{center} c'est ce que font les deux lignes qui suivent le \verb-\else-. Voici donc notre flèche : -\exemple*{Flèche courbe}/\makeatletter +\exemple*{Flèche courbe}/\catcode`\_11 \definearrow1{s>}{% -\ifx\@empty#1\@empty - \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node);% +\ifx\empty#1\empty + \expandafter\draw\expandafter[\CF_arrowcurrentstyle,-CF](\CF_arrowstartnode)--(\CF_arrowendnode);% \else - \def\curvedarrow@style{shorten <=\CF@arrow@offset,shorten >=\CF@arrow@offset,}% - \CF@expadd@tocs\curvedarrow@style\CF@arrow@current@style - \expandafter\draw\expandafter[\curvedarrow@style,-CF](\CF@arrow@start@name)..controls#1..(\CF@arrow@end@name); + \def\curvedarrow_style{shorten <=\CF_arrowoffset,shorten >=\CF_arrowoffset,}% + \CF_eaddtomacro\curvedarrow_style\CF_arrowcurrentstyle + \expandafter\draw\expandafter[\curvedarrow_style,-CF](\CF_arrowstartname)..controls#1..(\CF_arrowendname); \fi } -\makeatother +\catcode`\_8 \schemestart A\arrow{s>} B\arrow{s>[+(0.5cm,0.5cm)]} @@ -2268,10 +2319,10 @@ ABC\arrow{<=>}DEF\merge v[*{0}sur][*{0}sous](c1)(c2)--()[0.25,1,0.75]GHIJ \schemestop/ \section{Le signe +}\label{signe+} -Entre les commandes \falseverb{\schemestart} et \falseverb{\schemestop}, on dispose de la macro «\falseverb\+» qui affiche un signe ${}+{}$. Elle admet un argument optionnel \emph{entre accolades} contenant 3 dimensions sous cette forme \verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}- où : +Entre les commandes \falseverb{\schemestart} et \falseverb{\schemestop}, on dispose de la macro «\falseverb\+» qui affiche un signe ${}+{}$. Elle admet un argument optionnel \emph{entre accolades} contenant 3 dimensions sous cette forme \Verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}- où : \begin{itemize} - \item \verb-<dim1>- et \verb-<dim2>- sont les dimensions qui vont être insérées avant et après le signe ${}+{}$; - \item \verb-<dim3>- est le décalage vertical que l'on veut faire subir au signe.' + \item \Verb-<dim1>- et \Verb-<dim2>- sont les dimensions qui vont être insérées avant et après le signe ${}+{}$; + \item \Verb-<dim3>- est le décalage vertical que l'on veut faire subir au signe.' \end{itemize} On peut également spécifier ces dimensions pour tous les signes ${}+{}$ à l'aide des \chevrons{clés} \CFkv{+ sep left}{dim}, \CFkv{+ sep right}{dim} et \CFkv{+ vshift}{dim}. Ces dimensions ont pour valeur par défaut 0.5em pour les deux premières et 0pt pour la troisième. @@ -2336,9 +2387,8 @@ Les commandes créées par \CF sont : \begin{center} \begin{longtable}{>\footnotesize l>\footnotesize p{9cm}}\\\hline \hfill\normalsize Commandes\hfill\null &\hfill\normalsize Description\hfill\null\\\hline -\falseverb\chemfig\verb-<code>-&dessine la molécule dont le dessin est décrit par le \verb-<code>-\\ -\falseverb\chemfig\verb-*<code>-&comme ci-dessus, mais les liaisons ont des longueurs fixes\\ -\verb|\setchemfig|&règle les paramètres selon la syntaxe \chevrons{clé}$=$\chevrons{valeur}. En voici la liste avec les valeurs par défaut: +\Verb-\chemfig[<paramètres>]{<code>}-&dessine la molécule dont le dessin est décrit par le \Verb-<code>-\\ +\Verb|\setchemfig{<paramètres>}|&règle les paramètres selon la syntaxe \chevrons{clé}$=$\chevrons{valeur}. En voici la liste avec les valeurs par défaut: \begin{itemize} \item \CFkv{chemfig style} {{}}: style passé à \TIKZ \item \CFkv{atom style} {{}}: style des nœuds (atomes) @@ -2348,7 +2398,7 @@ Les commandes créées par \CF sont : \item \CFkv{cram width} {1.5ex}: dimension de la base des triangles des liaisons de Cram \item \CFkv{cram dash width} {1pt}: largeur des pointillés des liaisons de Cram \item \CFkv{cram dash sep} {2pt}: espacement des pointillés des liaisons de Cram - \item \CFkv{atom sep} {3em}: espcement entre atomes + \item \CFkv{atom sep} {3em}: espacement entre atomes \item \CFkv{bond offset} {2pt}: espacement entre l'atome et la liaison \item \CFkv{double bond sep} {2pt}: espacement entre les traits des liaisons multiples \item \CFkv{angle increment} {45}: incrément de l'angle des liaisons @@ -2358,8 +2408,9 @@ Les commandes créées par \CF sont : \item \CFkv{lewis sep} {0.4ex}: espacement entre l'atome et les décorations de Lewis \item \CFkv{lewis length} {1.5ex}: longueur des décorations de Lewis \item \CFkv{lewis style} {{}}: style des décorations de Lewis - \item \CFkv{lewis dist} {0.3em}: espacement entre les disques pour la décoratikon «\string:» + \item \CFkv{lewis dist} {0.3em}: espacement entre les disques pour la décoration «\string:» \item \CFkv{lewis radius} {0.15ex}: rayon des disques des décorations de Lewis + \item \CFkv{lewis diag coeff} {1}: coefficient multiplicatif de la distance dans les directions impaires \item \CFkv{cycle radius coeff} {0.75}: coefficient du cercle ou de l'arc de cercle tracé dans les cycles \item \CFkv{stack sep} {1.5pt}: espacement vertical pour les arguments des macros \verb-\chemabove- et \verb-\chembelow- \item \CFkv{compound style} {{}}: style des composés @@ -2373,36 +2424,38 @@ Les commandes créées par \CF sont : \item \CFkv{arrow double harpoon}{true}: booléen pour le tracé des doubles flèches sous forme de «harpon» \item \CFkv{arrow label sep} {3pt}: espacement entre la flèche et son texte \item \CFkv{arrow head} {-CF}: style des pointes de flèches - \item \CFkv{+ sep left} {0.5em}: espcement avant le signe $+$ + \item \CFkv{+ sep left} {0.5em}: espacement avant le signe $+$ \item \CFkv{+ sep right} {0.5em}: espacement après le signe $+$ \item \CFkv{+ vshift} {0pt}: décalage vertical du signe $+$ \end{itemize} \\ +\verb|\resetchemfig|&Restaure les paramètres à leurs valeurs par défaut\\ \falseverb\printatom & cette macro affiche les atomes dans les molécules. Elle peut être redéfinie pour personnaliser l'affichage, voir page~\pageref{perso.affichage}\\ \falseverb\hflipnext&la prochaine molécule sera inversée horizontalement\\ \falseverb\vflipnext&la prochaine molécule sera inversée verticalement\\ -\falseverb\definesubmol\verb-{<nom>}[code1]{<code2>}- & créé un alias \verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \verb-<code1>- ou le \verb-<code2>- selon l'inclinaison de la dernière liaison. Voir page~\pageref{definesubmol}\\ +\Verb-\definesubmol{<nom>}<n>[<code1>]{<code2>}- & créé un alias \Verb-!<nom>- que l'on peut placer dans le code des molécules à dessiner qui remplace le \Verb-<code1>- ou le \Verb-<code2>- selon l'inclinaison de la dernière liaison. Voir page~\pageref{definesubmol}\\ \falseverb\chemskipalign & Ignore le groupe d'atomes en cours pour le mécanisme d'alignement vertical. Voir page~\pageref{chemskipalign}.\\ -\falseverb\redefinesubmol\verb-{<nom>}{<code>}-& remplace l'alias déjà existant \verb-!<nom>- par le nouveau \verb-<code>-. Voir page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline +\Verb-\redefinesubmol{<nom>}<n>[<code1>]{<code2>}-& remplace l'alias déjà existant \Verb-!<nom>- par le nouveau \Verb-<code>-. Voir page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline &\\ -\falseverb\lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Les décorations dessinées ne modifient pas la boîte englobante de l'\verb-<atome>-. Voir page~\pageref{lewis}\\ -\falseverb\Lewis\verb-[coeff]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \verb-<code>-. Voir page~\pageref{Lewis}\\ -\falseverb\chemmove\verb-[<options tikz>]<code tikz>-& Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère «\verb-@-». Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline +\Verb-\lewis[<paramètres>]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\Verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \Verb-<code>-. Les décorations dessinées ne modifient pas la boîte englobante de l'\Verb-<atome>-. Voir page~\pageref{lewis}\\ +\Verb-\Lewis[<paramètres>]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\Verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \Verb-<code>-. Voir page~\pageref{Lewis}\\ +\Verb-\chemmove[<options tikz>]<code tikz>-& Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \Verb-<options tikz>-, et relie avec le \Verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère «\verb-@-». Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline &\\ -\falseverb\chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ -\falseverb\chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ -\falseverb\Chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Voir page~\pageref{chemabove}\\ -\falseverb\Chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Voir page~\pageref{chembelow}\\ -\falseverb\chemname\verb-[<dim>]{<molécule>}{<nom>}- & Affiche le \verb-<nom>- sous la \verb-<molécule>-. Voir page~\pageref{chemname}\\ +\Verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \Verb-<txt1>- et positionne le \Verb-<txt2>- au dessus en laissant \Verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \Verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ +\Verb-\chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \Verb-{txt1}- et positionne le \Verb-<txt2>- au dessous en laissant \Verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \Verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ +\Verb-\Chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \Verb-<txt1>- et positionne le \Verb-<txt2>- au dessus en laissant \Verb-<dim>- d'espacement vertical. Voir page~\pageref{chemabove}\\ +\Verb-\Chembelow[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \Verb-{txt1}- et positionne le \Verb-<txt2>- au dessous en laissant \Verb-<dim>- d'espacement vertical. Voir page~\pageref{chembelow}\\ +\Verb-\chemname[<dim>]{<molécule>}{<nom>}- & Affiche le \Verb-<nom>- sous la \Verb-<molécule>-. Voir page~\pageref{chemname}\\ \falseverb\chemnameinit & initialise la plus grande profondeur des molécules rencontrées pour avoir un alignement correct de leurs noms. Voir page~\pageref{chemnameinit}\\[2ex]\hline &\\ \falseverb\schemestart\dots\falseverb\schemestop& balises entre lesquelles un schéma réactionnel est tracé. Voir page~\pageref{schemestart}.\\ \falseverb\arrow& trace une flèche dans un schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{arrow} et suivantes.\\ \falseverb\+ & affiche un signe $+$ dans un schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{signe+}.\\ -\falseverb\subscheme\verb-{<code>}- & trace un sous schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{subscheme}.\\ +\Verb-\subscheme{<code>}- & trace un sous schéma réactionnel (la commande n'est définie que dans un schéma réactionnel). Voir page~\pageref{subscheme}.\\ \falseverb\definearrow & définit une flèche. Voir page~\pageref{definearrow}.\\ -\falseverb\chemleft\verb-<car1><matériel>-\falseverb\chemright\verb-<car1>-& trace des delimiteurs extensibles définis par \verb-<car1>- et \verb-<car2>- à gauche et à droite du \verb-<matériel>-, voir page~\pageref{chemleft}.\\ -\falseverb\chemup\verb-<car1><matériel>-\falseverb\chemdown\verb-<car1>-& trace des delimiteurs extensibles définis par \verb-<car1>- et \verb-<car2>- au dessus et au dessous du \verb-<matériel>-, voir page~\pageref{chemup}.\\\hline +\Verb-\chemleft<car1><matériel>-\falseverb\chemright\Verb-<car1>-& trace des délimiteurs extensibles définis par \Verb-<car1>- et \Verb-<car2>- à gauche et à droite du \Verb-<matériel>-, voir page~\pageref{chemleft}.\\ +\Verb-\chemup<car1><matériel>-\falseverb\chemdown\Verb-<car1>-& trace des délimiteurs extensibles définis par \Verb-<car1>- et \Verb-<car2>- au dessus et au dessous du \Verb-<matériel>-, voir page~\pageref{chemup}.\\ +\Verb|\polymerdelim[<paramètres]{<nœud1>}{nœud2>}|& trace des délimiteurs aux nœuds spécifiés, voir page~\pageref{polymerdelim}\\\hline \end{longtable} \end{center} \newpage @@ -2410,7 +2463,7 @@ Les commandes créées par \CF sont : \part{Galerie} Ce manuel s'achève avec des dessins de molécules plus ou moins complexes. -L'utilisateur curieux pourra s'intéresser au \verb-<code>- de chaque molécule, bien que celui-ci devienne parfois rebutant lorsqu'elles deviennent complexes. En effet, au delà d'un certain niveau de complexité, bien qu'il soit est assez facile d'écrire un \verb-<code>- pour dessiner une molécule, il est assez ardu de relire ce \verb-<code>- pour l'analyser a posteriori. On atteint rapidement les limites de la lisibilité immédiate du code d'un dessin complexe. +L'utilisateur curieux pourra s'intéresser au \Verb-<code>- de chaque molécule, bien que celui-ci devienne parfois rebutant lorsqu'elles deviennent complexes. En effet, au delà d'un certain niveau de complexité, bien qu'il soit est assez facile d'écrire un \Verb-<code>- pour dessiner une molécule, il est assez ardu de relire ce \Verb-<code>- pour l'analyser a posteriori. On atteint rapidement les limites de la lisibilité immédiate du code d'un dessin complexe. Quoi qu'il en soit, j'espère que cette extension aidera tous les utilisateurs de \LaTeX{} qui souhaitent dessiner des molécules chimiques. Bien que \CF ait été testé de façon approfondie et que le numéro de version soit supérieur à 1.0, j'espère que vous serez indulgent quant aux bugs rencontrés. Un \href{mailto:unbonpetit@netc.fr}{\texttt{\textbf{email}}} pour me signaler tout dysfonctionnement ou toute proposition d'amélioration sera bienvenu.\nobreak @@ -2769,27 +2822,6 @@ $\star\quad\star$ \chemnameinit{}/ \endgroup -\exemple*{Cristallographie}/\newcommand\disk{\tikz\draw[fill=black,overlay](0,0)circle(2pt);} -\setchemfig{atom sep=20pt,bond offset=2pt} -\renewcommand\printatom[1]{#1} -\definesubmol{hat}{-[:40,1.5]\disk-[::-30,2]\disk-[::-30,2]\disk-[::-120,2]\disk-[::-30,2]\disk} -\definesubmol{motif}{-[:40,1.5]\disk(-[2,3])-[::-30,2]\disk -(-[2,3])-[::-30,2]\disk(-[2,3])-[::-120,2]\disk(-[2,3])-[::-30,2]\disk} -\chemfig{\disk?[a](-[2,3]\disk?[b](-[2,3]\disk?[c]!{hat}?[c])!{motif}?[b](-[2,3]))!{motif}?[a](-[2,3])} -\qquad -\redefinesubmol{motif}{\disk(-[2,3])(-[:42,3.6,,,draw=none]\disk)-[:30,2.6]\disk -(-[2,3])-[0,3]\disk(-[2,3])-[:-150,2.6]\disk(-[4,3])-[2,3]-[4,3]} -\redefinesubmol{hat}{\disk-[:30,2.6]\disk-[0,3]\disk-[:-150,2.6]\disk-[4,3]} -\chemfig{!{motif}!{motif}!{hat}} -\qquad -\redefinesubmol{motif}{(-[2,3])(-[:25,2.75,,,white]-[2,1.5,,,white]\disk)-[:50,3]\disk -(-[2,3])-[::-50,3]\disk(-[2,3])-[::-130,3]\disk-[2,3]-[4,3]\disk} -\redefinesubmol{hat}{-[:50,3]\disk-[::-50,3]\disk-[::-130,3]\disk} -\chemfig{-[4,3]\disk!{motif}(-[:25,2.75,,,draw=none]\disk?[uat]?[dat](-[::0,2.75]?[uat1]?[dat1] --[::-90,1.3]\disk?[uat2]?[dat2])-[::-90,1.3]-[:25,2.75])!{hat}?[uat3]?[dat3]-[:50,1.5] -(-[6,1.5,,,draw=none]\disk?[dat,,,blue]?[dat1,,,blue]?[dat2,,,blue]?[dat3,,,blue]) --[2,1.5,,,draw=none]\disk?[uat,,,red]?[uat1,,,red]?[uat2,,,red]?[uat3,,,red]}/ - \exemple*{Taxotère}/\chemfig{-[::-30](-[5])(-[7])-[::+60]-[::-60]O-[::+60](=[::-45]O)-[::+90]HN>:[::-60](-[::+60]**6(------)) -[::-30](<:[2]OH)-[::-60](=[6]O)-[::+60]O>:[::-60]*7(---?(<[::-120]OH)-(<|[1]CH_3)(<:[::-90]CH_3) -(-[1](<[::+80]HO)-[0](=[::+60]O)-[7](<|[::+130]CH_3)(-[::+75](<|[2]OH)-[::-60]-[::-60](<[::+30]O-[::-90]) |