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diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README index 03bea23c3e9..affbe56f2d9 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README +++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README @@ -2,9 +2,9 @@ ___________________________________ The Chemfig package - v1.41 + v1.5 - 2019/05/21 + 2020/03/05 ___________________________________ Maintainer: Christian Tellechea diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.pdf b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.pdf Binary files differindex be0feb42f66..745d8bf7bec 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.pdf +++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.pdf diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.tex b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.tex index 5b247b3c09a..8d29f8403ac 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.tex +++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-en.tex @@ -126,7 +126,7 @@ \if\string b\detokenize\expandafter{\f@series}% \lower0.01em\hbox{\itshape f}\kern-0.06em \else - \lower0.045em\hbox{\kern-0.05em \itshape f}\kern0.026em + \lower0.048em\hbox{\kern-0.04em \itshape f}\kern0.03em \fi ig% }% \xspace @@ -144,6 +144,7 @@ \newcommand*\CFval[1]{{\color{teal}\textlangle\textit{#1}\textrangle}} \newcommand*\CFkv[2]{\CFkey{#1}{\color{teal}${}={}$}\CFval{#2}} \newcommand*\CFparam[1]{\CFkey{#1}&\ifcat\relax\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[chemfig]{#1}}\relax \textlangle\textit{empty}\textrangle\else\texttt{\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[chemfig]{#1}}}\fi\\} +\newcommand*\Chargeparam[1]{\CFkey{#1}&\ifcat\relax\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[charge]{#1}}\relax \textlangle\textit{vide}\textrangle\else\texttt{\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[charge]{#1}}}\fi} \newcommand*\CFdelimparam[1]{\CFkey{#1}&\ifcat\relax\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[CFdelimiters]{#1}}\relax \textlangle\textit{vide}\textrangle\else\texttt{\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[CFdelimiters]{#1}}}\fi} \usepackage[plainpages=false,pdfpagelabels,bookmarks=true,bookmarksopen=true,colorlinks=true,hyperfootnotes=false,filecolor=black,linkcolor=blue,urlcolor=magenta,pdfauthor={Christian TELLECHEA},pdftitle={ChemFig},pdfsubject={Draw 2D molecule with LaTeX},pdfkeywords={ChemFig},pdfcreator={LaTeX}]{hyperref} @@ -194,8 +195,8 @@ \chemleft[{\subscheme[90]{% \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R} \arrow{<->}[,0.75] - \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}}\chemright] - \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]}[,1.1] + \chemfig{R'-\charge{90=\:}{N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}}\chemright] + \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\charge{0=\:,90=\:}{O}}]}[,1.1] \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);} \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)} @@ -215,54 +216,42 @@ \setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt} \part{Introduction} -\section{New in v1.4} -\subsection{Primitive \texttt{\textbackslash expanded}} -\fbox{\vbox{\hsize\dimexpr\linewidth-2\fboxsep-2\fboxrule\relax\textbf{Important}: As of version 1.41, \CF requires a \TeX{} engine that provides the \texttt{\string\expanded} primitive. If this is not available, an error message will be issued and version 1.4 will be loaded (last version working without the primitive \texttt{\string\expanded}); it is strongly recommended that you update your \LaTeX{} distribution in order to take advantage of the newer \TeX{} engines that provide for the use of this new primitive.}}\medbreak - -\subsection{Position and rotation of delimiters} -The new key \CFkey{h align} for delimiters allows, when set to \CFval{false}, to no longer automatically align delimiters horizontally. When the delimiters are no longer on the same horizontal, they can be rotated automatically by setting the key \CFkey{auto rotate} to \CFval{true}. You can override this automatic setting and choose the rotation angle with the key \CFkey{rotate}. See page~\pageref{polymerdelim}. - -\subsection{Private char} -In the code of \CF, the character used in the name of private macros is "\verb|_|" (underscore) and no longer "\verb|@|" (arobe): the prefix of private macros of \CF is "\verb|\CF_|". The majority of \CF users should not be affected by this change, but the development or maintenance of specific codes such as those presented in the "Arrow customization" section on page~\pageref{definearrow} which uses private macros should take this catcode change into account; this will require an \emph{update of macros names} for those who have used private macros from \CF. To allow "\verb|_|" in macro names, we must execute the order "\verb|\catcode`\_=11|" and then, to return to a normal state run "\verb|\catcode`\_=8|". - -\subsection{Char \#} -All those who program in \TeX{} know the extreme precautions that must be taken before using the "\verb|#|" character. This character is allowed in the code representing the molecule, but for internal operating reasons at \TeX, it will be doubled if the command \verb|\chemfig| is in the argument of a macro (like \verb|\fbox| in the example below). To avoid this doubling, we can write \verb|\#| or use the macro \verb|\CFhash|: - -\exemple{Char \#}/\setchemfig{atom sep=5em}\fboxsep=1pt -1) \chemfig{A#-B_#-C^#}\par -2) \fbox{\chemfig{A#-B_#-C^#}}\par -3) \fbox{\chemfig{A\#-B_\#-C^\#}}\par -4) \fbox{\chemfig{A\CFhash-B_\CFhash-C^\CFhash}}/ - -For the macro \verb|\definesubmol|, the character \verb|#| is also allowed, but its use is more complex because it covers several cases that are examined on page~\pageref{definesubmol}. - -\subsection{Old macros and new syntax} -Macros previously used to set the parameters of \CF are abandoned, are no longer defined and therefore, \emph{will result in a compilation error} if they are executed: -\begin{center} - \begin{tabular}{*3l} - \verb-\setcrambond-&\verb-\setatomsep-&\verb-\enablefixedbondlength-\\ - \verb-\disablefixedbondlength-&\verb-\setbondoffset-&\verb-\setdoublesep-\\ - \verb-\setangleincrement-&\verb-\setnodestyle-&\verb-\setbondstyle-\\ - \verb-\setlewis-&\verb-\setlewisdist-&\verb-\setstacksep-\\ - \verb-\setcompoundstyle-&\verb-\setarrowdefault-&\verb-\setandsign-\\ - \verb-\setarrowoffset-&\verb-\setcompoundsep-&\verb-\setarrowlabelsep-\\ - \verb-\enablebondjoin-&\verb-\disablebondjoin-&\verb-\schemedebug- - \end{tabular} - \end{center} -Now, to set the parameters of \CF we have the choice: +\section{New in v1.5} +\subsection{The macro \texttt{\protect\textbackslash charge}} +Version 1.5 implements the macros \verb|\charge| and \verb|\Charge| (see page~\pageref{charge}) whose purpose is to place arbitrary elements around an atom that can be placed with great precision. These macros will replace the \verb|\lewis| and \verb|\Lewis| macros because they are much more powerful and configurable, even if more verbose. It is therefore important to note that the macros \verb|\lewis| and \verb|\Lewis| \textcolor{red}{\bfseries are no longer documented and will be removed from the \CF package}. + +\exemple{La macro \string\charge}/Simple charges around A : +\Charge{0=\:, + 0:3pt[anchor=180]=$\color{red}\scriptstyle\delta^+$, + 120={\"["width=2pt,"style={draw=green,fill=gray}]}, + 210=\| + }{A} +\par +Complex charges aroud "B" : +\Charge{% + 30:10pt={\chemfig[atom sep=6pt,double bond sep=1.5pt]{[:20]*6(=-=-=-)}}, + 120:5pt[scale=0.4,rotate=30,anchor=center]=\chemfig{CH_2=CH_2}, + -45[anchor=west,rotate=\chargeangle]={% + \begin{tikzpicture} + \node[anchor=mid west](a){$\oplus$};\draw[-stealth](a)--(-.5,0); + \end{tikzpicture}}% + }{B}/ + +\subsection{Consecutive bonds} +As of version 1.5, two bonds are joined if the atom between them has all its dimensions equal to zero (i.e. width, height and depth in the sense of \TeX). Previously, two bonds were joined if the atom was \emph{empty}, which was more restrictive. + +Together with the use of the macro \verb|\charge|, this new feature makes it possible to place charges in a chain without using invisible bonds. +\exemple{Consecutive bonds}/\chemfig{[:30]-\charge{90=\:}{} +-[:-30]\charge{-90=\"}{}-\charge{90:2pt=$\delta^+$}{}-[:-30]}/ + +\subsection{Manual Update} +More detailed explanations are given on: \begin{itemize} - \item the macro \Verb|\setchemfig{<keys>=<values>}| sets the parameters according to the key/value method for the rest of the document; - \item the macro \Verb|\chemfig[<keys>=<values>]| receives in its optional argument the parameters valid only for this molecule; - \item the macro \verb|\resetchemfig| restores the parameters to their default values. + \item the role played by the first atom encountered in the placement of the whole molecule (page~\pageref{premieratome1} and \pageref{premieratome}); + \item how \CF places the atoms in a group of atoms (page~\pageref{placementatomes}); + \item how a bond joins two atoms (page~\pageref{liaisonatomes}). \end{itemize} -The complete list of parameters and their default values is shown page~\pageref{listeparametres}. - -Starred syntax \verb|\chemfig*| is no longer allowed. To specify a constant length of bonds, use the key \CFkey{fixed length} and set it to \CFval{true}, see page~\pageref{longueur.liaison}. - -\subsection{Macros \texttt{\textbackslash lewis} and \texttt{\textbackslash Lewis}} -These two macros also have a slight syntax change. Their optional argument between brackets is no longer intended to receive the diagonal spacing coefficient, but \Verb|<<key>=values>| so that the parameters can be set for each macro call. See page~\pageref{lewis}. - \section{Presenting \protect\CF} To use this package, start by adding the following code to the preamble: \begin{itemize} @@ -327,7 +316,7 @@ Here is the complete list of parameters as well as their default values\label{li \end{minipage}\hfill \begin{minipage}[t]{.45\linewidth} \begin{longtable}{rl}\hline - \chevrons{clés} & \chevrons{valeurs} par défaut\\\hline\endhead + \chevrons{keys} & default \chevrons{values}\\\hline\endhead \CFparam{lewis radius} \CFparam{lewis diag coeff} \CFparam{cycle radius coeff} @@ -359,8 +348,6 @@ The \Verb|<molecule code>| contains instructions for drawing the molecule accord \item macros. \end{itemize} -In any case, \CF will place \emph{on the current baseline the first atom encountered}, whether it is empty or not. In the examples in this document, the baseline is drawn in light grey. - \section{Groups of atoms} Drawing a molecule consists inherently of connecting groups of atoms with lines. Thus, in the molecule \chemfig{O=O}, there are two groups of atoms, each consisting of a single atom ``O''. @@ -375,6 +362,13 @@ Therefore the first group of atoms ``$\mathrm{H_3C}$'' is split into two atoms: A space is ignored when at the beginning of a group of atoms. +\section{First atom's role}\label{premieratome1} +It is important to understand that the placement of the entire molecule depends on the first atom placed, i.e. the first atom of the first group of atoms. For this first atom, its \TIKZ anchor "\verb|base east|" is placed on the baseline of the current line (drawn in gray in the examples of this manual). + +\exemple{Influence of the first atom}/\chemfig{A-B}\qquad +\chemfig{-B}\qquad +\chemfig{A^1-B}/ + \section{Different types of bonds} For \CF, bonds between two atoms are one of nine types, represented by the characters \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} and \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons} \begin{center} @@ -821,10 +815,10 @@ The optional argument \Verb-<opt>- of the \verb-\chemmove- command will be added \subsection{Mesomeric effects} To make these concepts concrete, let's take the example of a mesomeric effect involving a double bond and non-bonding lone pair conjugate. Let's begin with the possible delocalization of electrons from the double bond. We will place a node named ``db'' (double bond) in the middle of the double bond and a node named ``a1'' on the end of the double bond. -Les macros \verb|\schemestart|, \verb|\schemestop|, \verb|\arrow| et \verb|\+| sont exposées +The macros \verb|\schemestart|, \verb|\schemestop|, \verb|\arrow| and \verb|\+| are explained in the chapter \ref{schemas}, starting on page \pageref{schemas}. \exemple{Mesomeric effect 1}/\schemestart - \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\lewis{2,X}} + \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\charge{90=\|}{X}} \arrow{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}} @@ -840,7 +834,7 @@ To link the nodes ``db'' and ``a1'' we have used the following syntax: For arrows in \verb|\chemmove|, the default tip is ``CF''.In this example we ask for an arrow (\verb/[->]/) and we use two \falseverb{control points}\footnote{To find all the ways of connecting two nodes with \TIKZ, read the documentation for that package.}. These will be located using polar coordinates at 80\degres{} and 8~mm from ``db'' for the first and at 145\degres{} and 8~mm from ``a1'' for the second. Though this syntax may seem complicated at first reading, one need not be alarmed because its use will usually be a matter of copying and pasting. Only the names and coordinates of the control points need be changed, as can be verified from the example below, where an arrow has been added from the lone pair (node ``dnl'' to the single bond (node ``sb''). \exemple{Mesomeric effect 2}/\schemestart - \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} + \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\charge{90=\|}{X}} \arrow{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}} @@ -851,7 +845,7 @@ For arrows in \verb|\chemmove|, the default tip is ``CF''.In this example we ask For our new arrow we have set the \falseverb{control points} as follows: 4~mm at an angle of 90\degres{} from ``dnl'' and 4~mm at an angle of 45\degres{} from ``sb''. But we are not completely satisfied, since we would like the arrow not to touch the line segment representing the lone pair. To do this we will add some options to our arrow. \exemple{Mesomeric effect 3}/\schemestart - \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} + \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\charge{90=\|}{X}} \arrow{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}} @@ -865,7 +859,7 @@ The option ``\verb|shorten <=3pt|'' indicates that the tail of the arrow is to b We can use all the power of \TIKZ instructions to modify the style of the arrow. Here we change the head of the arrow leaving the double bound and set it to ``\verb|-stealth|'', and we draw the arrow with a fine dashed red line. We also add the letter $\pi$ above the middle of the arrow: \exemple{Mesomeric effect 4}/\schemestart - \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} + \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\charge{90=\|}{X}} \arrow{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}} @@ -878,25 +872,25 @@ We can use all the power of \TIKZ instructions to modify the style of the arrow. (dnl).. controls +(90:4mm) and +(45:4mm).. (sb);}/ In the following example, we'll see how to indicate the position of the departure or arrival anchor points of the arrow. If we write -\exemple{Departure or arrival anchor point 1}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}} +\exemple{Departure or arrival anchor point 1}/\chemfig{@{x1}\charge{45=\:}{X}} \hspace{2cm} -\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}} -\chemmove{\draw[shorten >=4pt] - (x1).. controls +(90:1cm) and +(90:1cm).. (x2);}/ +\chemfig{@{x2}\charge{90=\|}{X}} +\chemmove{ + \draw[shorten >=4pt](x1).. controls +(90:1cm) and +(90:1cm).. (x2);}/ Note that the tail of the arrow does not leave correctly from our electrons; it leaves from the middle of the upper edge of the node. Indeed, we chose a departure angle of 90~\degres{} and so \TIKZ makes the arrow leave from the anchor ``x1.90'' which corresponds to the intersection of the ray leaving from the center of node ``x1'' at a 90\degres{} angle relative to the horizontal and of the edge of the rectangular node. To get the arrow departure angle that we want, we must specify its position. After some trial and error, it is ``x1.57'': -\exemple{Departure or arrival anchor point 2}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}} +\exemple{Departure or arrival anchor point 2}/\chemfig{@{x1}\charge{45=\:}{X}} \hspace{2cm} -\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}} -\chemmove{\draw[shorten <=4pt,shorten >=4pt] - (x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/ +\chemfig{@{x2}\charge{90=\|}{X}} +\chemmove[shorten <=4pt,shorten >=4pt]{ + \draw(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2.90);}/ In some cases it will be easier to use Cartesian coordinated for the \falseverb{control points}. Here we use just one control point placed 1~cm to the right of and 1.5~cm above ``x1'': -\exemple{A single control point}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}} +\exemple{A single control point}/\chemfig{@{x1}\charge{45=\:}{X}} \hspace{2cm} -\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}} -\chemmove{\draw[shorten <=4pt,shorten >=4pt] - (x1.57).. controls +(1cm,1.5cm).. (x2);}/ +\chemfig{@{x2}\charge{90=\|}{X}} +\chemmove[shorten <=4pt,shorten >=4pt]{ + \draw(x1.57).. controls +(1cm,.8cm).. (x2.90);}/ All the graphics drawn by means of the command \verb|\chemmove| are superimposed and will not be included in the bounding boxes. We can see this in the preceding example. @@ -904,18 +898,18 @@ All the graphics drawn by means of the command \verb|\chemmove| are superimposed Thanks to the option \verb|remenber picture| which is passed to all the ``tikzpicture'' environments we can easily draw arrows indicating reaction mechanisms. Let's take for example the first step of the esterification reaction. \exemple{Esterification: step 1}/\setchemfig{atom sep=7mm} \schemestart - \chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H} + \chemfig{R-@{dnl}\charge{90=\|,-90=\|}{O}-H} \+ \chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O} \arrow(.mid east--){<->[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]} \schemestop \chemmove[shorten <=2pt]{ - \draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc); - \draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/ + \draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc); + \draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/ The use of the \Verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}| command does not change the dimensions of the \falseverb{bounding box} of \Verb|<code>|. For this reason we can run into some difficulty in pointing to the symbol representing the charge carried ($\oplus$ or $\ominus$). In the example above the solution is to create a control point with an angle of 110\degres{} at 1~cm from ``atoh'' and to shorten the arrow by 6pt. In the following example, the second step of the esterification reaction, we can see that the arrow can take more complicated forms without complicating the code. \exemple{Esterification: step 2}/\setchemfig{atom sep=7mm} -\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm} +\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\charge{90=\|,-90=\|}{O}H}\hspace{1cm} \chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}} \chemmove{ \draw[shorten <=2pt, shorten >=7pt] @@ -1037,64 +1031,6 @@ With \CFkey{node style}, one can choose the colour of nodes drawn by \TIKZ, chan \setchemfig{atom style={rotate=20}}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip \setchemfig{atom style={scale=0.5}}\chemfig{A-B-[2]C}/ -\section{Vertical alignment}\label{alignement.vertical} -In some cases with condensed structural diagram of molecules having horizontal bonds, the placement of groups of atoms is incorrect. - -Careful study of the following example shows that the groups of atoms are not correctly aligned on the \falseverb{baseline}: -\exemple*{Vertical placement}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} -\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad -\chemfig{E_1-F-G-H}/ - -Surprisingly, the second atom is correctly aligned while the last two undergo a vertical shift which seems to be the results of the different height of the bounding box of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1''-. - -In order to understand this phenomenon, we need to consider how \CF places groups of atoms relative to each other. Let us limit ourselves to the case of horizontal bonds in order to simplify terminology, although the algorithm is the same for other bonds. A horizontal bond leaves from the middle of the right side of the bounding box of the departure atom of this bond. The arrival atom is positioned in such a way that the middle of the left side of its bounding box is at the end of the bond. It follows that the vertical placement of the arrival atom depends on the height of the departure atom. To limit this phenomenon, \CF adds to each arrival atom the \falseverb{\vphantom} of the departure atom, but does not include it in the contents of the arrival atom; this \falseverb{\vphantom} is not intended to affect the following atoms. The atoms remaining in each group are aligned so that their baseline coincides with the baseline of the preceding atom. - -The defective alignment can thus be explained. The atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' are aligned correctly as they reflect the height of the atoms before them because of their \falseverb{\vphantom}. For the atoms ``\verb-C-'' and ``\verb-F-'', the heights of the immediately preceding atoms are taken into account, but those of the atoms ``\verb-A^1-'' and ``\verb-E_1-'' are ignored! It follows that these atoms are a little too high or too low, depending on the height of these bonds. - -We can show this by making visible the bounding boxes of the atoms; one sees clearly that the atoms ``\verb-B-'' and ``\verb-F-'' have bounding boxes that reflect the heights of the immediately preceding atoms: -\exemple*{Vertical placement and bounding boxes}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} -\fboxsep=0pt -\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm#1}}} -\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad -\chemfig{E_1-F-G-H}/ - -Since there is no satisfactory manual solution, this problem can be worked around manually by putting \emph{inside} the third atom a \falseverb{\vphantom} having the same height as the first, so that the height affects the following atoms: -\exemple*{Vertical placement workaround}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} -\chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad -\chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/ - -\label{chemskipalign}For any group of atoms it is possible to temporarily deactivate the alignment adjustment mechanism and thus neutralize the \falseverb{\vphantom}. Simply place the \falseverb{\chemskipalign} command in the group of atoms; the alignment will resume in the following group of atoms as if the group of atoms containing \falseverb{\chemskipalign} had never existed. The following example shows the effects of this instruction: the reference point of the box containing the first atom is placed at the level of the bond which arrives from the left. The bounding boxes of the atoms are drawn in the second line. - -\exemple[60]{Deactivation of the alignment mechanism}/\large -\chemfig{A-.-B}\quad -\chemfig{A-\chemskipalign.-B}\par\bigskip -\fboxsep=0pt -\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} -\chemfig{A-.-B}\quad -\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/ - -This command is to be used with caution lest the alignment of atoms in the next group be disrupted. In general, all will be well if the group of atoms featuring \falseverb{\chemskipalign} contains \emph{a single atom} whose height and depth are \emph{less} than those of the preceding and following atoms, and if the preceding and following atoms have identical heights and depths. Here is an example of the mess that results when the group of atoms contains two atoms, here ``\verb-\chemskipalign.-'' and ``\verb-B-'': -\exemple{Consequence of the \string\chemskipalign command}/\large -\fboxsep=0pt -\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} -\chemfig{A-\chemskipalign.B-C}/ - -This feature can sometimes be useful. Suppose we want to draw the following molecule -\begin{center} - \catcode`;12 - \def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}% - \def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}% - \chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}% -\end{center} -We can define commands which will draw the empty and full disks with \TIKZ. To ensure that these disks are at the right height, namely the height of the bond arriving at them, we will use the command \falseverb{\chemskipalign}. In the second line below the bonds are ``stuck'' to the disks by using the ability to change the bond shortening with the ``\verb-#-'' character, a feature seen on page~\pageref{modif.retrait}. -\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12 -\exemple{Use of \string\chemskipalign\ and #}/\def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);} -\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);} -\chemfig{A-\emptydisk-\fulldisk-B}\par -\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B} -/\endgroup - - \section{Shifted double bonds} All double bonds are made up of two line segments, and these segments are drawn on either side of the imaginary line along which a single bond would be drawn. It is possible to shift a double bond so that one of the line segments lies on the imaginary line. The other segment is then shifted above or below the bond. Actually, it is more correct to say ``left'' or ``right'' of the imaginary line, as the bond is traversed in the direction of drawing. @@ -1195,94 +1131,233 @@ It should be noted that if the \Verb|<number>| of arguments is incorrect (negati Except in cases where the character "\verb|#|" is followed by a number between 1 and \Verb|<number>| in which case it represents an argument, "\verb|#|" are allowed in the sub-molecule codes. -\exemple{Use of \#}/\definesubmol\X2{#1-#2-#2-#3-###(3pt,3pt)#4} +\exemple{Use of \#}/\definesubmol\X2{#1-#2-#3-#(3pt,3pt)#4} \chemfig{A-!\X{M}{N}-B}/ In this example, only \verb|#1| and \verb|#2| are understood as the arguments of the sub molecule \verb|\X|. The other "\verb|#|" are displayed as they are in the molecule (case of \verb|#3| and \verb|#4|) or understood as the character specifying the fine adjustment of the offset of the bonds. -\section{Decorations} -\subsection{Lewis diagrams}\label{lewis} -The macro \falseverb{\lewis} allows placement of pairs of electrons, of single electrons, or of empty slots. This syntax is used: +\section{Placement of Atoms} +\subsection{First Atom}\label{premieratome} +As explained on page~\pageref{first atom}, the first atom encountered (whether empty or not) is the one that is placed on the baseline, represented in gray on the examples of this manual. The choice of this first atom thus conditions the placement of all the others and often influences the placement of the whole molecule. + +\exemple{First atom}/\chemfig{H-[7]C(-[5]H)=C(-[1]H)-[7]H}\qquad +\chemfig{C(-[3]H)(-[5]H)=C(-[1]H)-[7]H}/ + +\subsection{Groups of atoms}\label{placementatomes} +In a group of atoms, the atoms are placed one after the other in a well-established order: +\begin{itemize} + \item the first one which is placed (which we will call "reference atom") is the one on which the bond arrives; in the case of the beginning of the molecule, the atom on the left is the reference atom; + \item the atoms to the right of the reference atom are then placed from left to right; + \item atoms to the left of the reference atom are finally placed from right to left. +\end{itemize} + +In the group of atoms thus formed, the baselines of each atom are on \emph{the same horizontal line}, in other words, the atoms are all aligned on the same horizontal line. + +In the example below whose code would be "\verb|\chemfig{A[:-60,,,3]BCDEF}|" the reference atom of the 2nd{} group of atoms is "D" because the bond is requested to arrive on the 3rd{} atom. Below each atom of this group is the sequence number in which the atom is displayed: \begin{center} - \Verb|\lewis{<n1><n2>...<ni>,<atom>}| + \def\0#1#2{% + \vtop{% + \def\tempprintatom##1{\ensuremath{\mathrm{##1}}}% + \setbox0\hbox{\tempprintatom{#1}}% + \def\tempvrule{\vrule height.33ex width.4pt}% + \offinterlineskip\copy0 \kern2pt + \hbox to\wd0{\kern.5pt \tempvrule\hrulefill\tempvrule\kern.5pt}\kern2pt + \hbox to\wd0{\hss$\scriptstyle#2$\hss}}} + \chemfig{A-[:-60,,,3]\0{B}{5}|\0{C}{4}|\0{D}{1}|\0{E}{2}|\0{F}{3}} \end{center} -where the \Verb-<n1>-\dots\Verb-<ni>- represent the desired positions (in multiples of 45\degres) around the \Verb-<atom>-. These whole numbers must be between 0 and 7. -This command can also be used inside the argument of \verb-\chemfig-: -\exemple{The \string\lewis\ macro}|\lewis{0246,A}\par\medskip -\lewis{1357,B}\par\medskip -\chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O}) - (=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}| +\subsection{Bonds between atoms}\label{liaisonentreatomes} +A bond starting from an atom would, if extended, pass through the centre of its bounding box. The atom placed at the end of the bond has its center of its bounding box is in the extension of the bond. Therefore, a bond between two atoms extends through the centers of their bounding boxes, as shown in this example: +\begin{center} +\fboxsep=.25pt +\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} +\setchemfig{chemfig style={line width=1pt}} +\Large +\chemfig{A@ABC-[:65,,2,3]DE@BFG} +\chemmove{% + \draw[red,fill=red] (A.center)circle(.2ex); + \draw[blue,fill=blue](B.center)circle(.2ex); + \draw[gray,-,dashed,shorten <=-1.5em, shorten >=-1.5em](A.center)--(B.center); +} +\end{center} +This mechanism can create misalignments between groups of atoms that are particularly visible when the bonds are horizontal. Everything works well when the atoms have the same vertical dimensions; however, if a departure atom is high (with exponent) or deep (with subscript) and the arrival atom has a different vertical dimension, the alignment is broken. +\exemple*{Horizontal alignment}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} +\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad +\chemfig{E_1-F-G-H}/ -If one wishes to draw two electrons instead of a line, follow the integer with a ``\verb-:-''. If one wishes to draw a single electron, follow it with a ``\verb-.-''. To draw a lacuna, follow it with a ``\verb-|-'': -\exemple{Lewis diagrams}*\lewis{0:2:4:6:,C}\qquad\lewis{1:3:5:7:,C}\par\bigskip -\lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip -\lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip -Hydronium ion: \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}* +It is surprising that the second atom is correctly aligned when the last two are vertically shifted. This is because \CF adds in front of each arrival atom the \falseverb{\vphantom} of the departure atom, but without including it in the content of this arrival atom: this \falseverb{\vphantom} is thus not intended to be reflected on the following atoms. This phenomenon can be shown by making visible the bounding boxes of the atoms where it appears that the atoms "\verb-B-" and "\verb-F-" have bounding boxes whose height takes into account the heights of the preceding atom: +\exemple*{Horizontal placement and bounbding boxes}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} +\fboxsep=0pt +\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm#1}}} +\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad +\chemfig{E_1-F-G-H}/ -All the decorations drawn by \falseverb{\lewis} are not included in the \falseverb{bounding box} of the atom; they are drawn afterwards. A consequence of this is seen in the two examples above, where the frame does not appear to be properly fitted to the drawing of the molecule, which extends downward slightly. This will be seen more often in this the ``Decorations'' chapter, which presents commands which do not change the bounding box. +Since no automatic solution is satisfactory, we can manually get around this problem by creating an departure atom being a "strut" equal to \verb|\vphantom{X}|: thus, the starting atom has a "normal" height and no shift will be reflected on the next group of atoms. A sub-molecule is used here for brevity. +\exemple*{Bypassing vertical placement}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} +\definesubmol\I{\vphantom{X}} +\chemfig{A^1|!\I-B-C-D}\qquad +\chemfig{E_1|!\I-F-G-H}/ +The disadvantage is that the first bond is too long because the departure atom now has a zero horizontal dimension. + +If we are \emph{really sure} to understand the consequences that this will have on the molecule and especially if it lends itself to it, we can redefine \verb|\printatom| so that it forces the atom's bounding box to have fixed vertical dimensions; for example that of "$\mathrm{X^1_1}$". +\exemple*{Redefinition of \string\printatom}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} +\let\oldprintatom\printatom +\renewcommand\printatom[1]{% + \begingroup + \setbox0\hbox{\oldprintatom{X^1_1}}% + \edef\tmp{\ht0=\the\ht0\relax\dp0=\the\dp0\box0 }% + \setbox0\hbox{\oldprintatom{#1}}% + \ifnum1\ifdim\ht0=0pt0\fi\ifdim\dp0=0pt0\fi\ifdim\wd0=0pt0\fi<1000 + \tmp + \fi + \endgroup +} +\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad +\chemfig{E_1-F-G-H}/ -\label{Lewis}The \falseverb{\Lewis} macro works the same way as \verb-\lewis- but decorations are taken into account in the bounding box. +\subsection{La macro \texttt{\char`\\chemskipalign}}\label{chemskipalign} +For any group of atoms it is possible to temporarily deactivate the alignment adjustment mechanism and thus neutralize the \falseverb{\vphantom}. Simply place the \falseverb{\chemskipalign} command in the group of atoms; the alignment will resume in the following group of atoms as if the group of atoms containing \falseverb{\chemskipalign} had never existed. The following example shows the effects of this instruction: the reference point of the box containing the first atom is placed at the level of the bond which arrives from the left. The bounding boxes of the atoms are drawn in the second line. -This can be seen more clearly by drawing an \verb-\fbox- around decorated atoms: -\exemple{Bounding box and the \string\lewis\ macro}*\fboxsep0pt -\fbox{\lewis{0.2.4.6.,A}}\quad\fbox{\Lewis{0.2.4.6.,A}}\par\medskip -\fbox{\lewis{13,B}}\quad\fbox{\Lewis{13,B}}* +\exemple[60]{Deactivation of the alignment mechanism}/\large +\chemfig{A-.-B}\quad +\chemfig{A-\chemskipalign.-B}\par\bigskip +\fboxsep=0pt +\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} +\chemfig{A-.-B}\quad +\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/ -\label{setlewis}Several parameters can be set with the help of these \chevrons{keys} -\begin{itemize} - \item \CFkv{lewis | width}{dim}is the width of the rectangle which represents the empty slot obtained whith the character ``|''; - \item \CFkv{lewis sep}{dim} is the distance between the bounding box and the decoration. It is 0.2ex by default; - \item \CFkv{lewis length}{dim} is the length of the line segment representing a pair of electrons. It is 1.5ex by default; - \item \CFkv{lewis style}{code tikz} is code which is passed directly to \TIKZ. This code is empty by default. - \item \CFkv{lewis dist}{dim}: is the distance between 2 discs drawn with "\string:. This distance is set to \CFval{0.3em} by default; - \item \CFkv{lewis radius}{dim}: is the radius of the disc drawn with "." or "\string:". Its default value is \CFval{0.15ex}; - \item \CFkv{lewis diag coeff}{decimal}: is the diagonal spacing factor and its default value is \CFval{1}. -\end{itemize} +This command is to be used with caution lest the alignment of atoms in the next group be disrupted. In general, all will be well if the group of atoms featuring \falseverb{\chemskipalign} contains \emph{a single atom} whose height and depth are \emph{less} than those of the preceding and following atoms, and if the preceding and following atoms have identical heights and depths. Here is an example of the mess that results when the group of atoms contains two atoms, here ``\verb-\chemskipalign.-'' and ``\verb-B-'': +\exemple{Consequence of the \string\chemskipalign command}/\large +\fboxsep=0pt +\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} +\chemfig{A-\chemskipalign.B-C}/ -It should be noted that the parameters specific to Lewis decorations can be passed by +This feature can sometimes be useful. Suppose we want to draw the following molecule +\begin{center} + \catcode`;12 + \def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}% + \def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}% + \chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}% +\end{center} +We can define commands which will draw the empty and full disks with \TIKZ. To ensure that these disks are at the right height, namely the height of the bond arriving at them, we will use the command \falseverb{\chemskipalign}. In the second line below the bonds are ``stuck'' to the disks by using the ability to change the bond shortening with the ``\verb-#-'' character, a feature seen on page~\pageref{modif.retrait}. +\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12 +\exemple{Use of \string\chemskipalign\ and #}/\def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);} +\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);} +\chemfig{A-\emptydisk-\fulldisk-B}\par +\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B} +/\endgroup + +\section{The macro \texttt{\char`\\charge}}\label{charge} +\subsection{Overview} +The macro \verb| load|, which requires two mandatory arguments, allows to arrange elements (called \chevrons{charges}) around an \chevrons{atome}; its syntax is +\begin{center} + \Verb|\charge{[<general parameters>]<position>[<tikz code>]=<charge>}{<atom>}| +\end{center} +where: \begin{itemize} - \item \Verb|\setchemfig{<keys>=<values>}| so that they last for the rest of the document; - \item \Verb|\chemfig[<keys>=<values>]| and in this case, the settings are effective in the current molecule; - \item \Verb|\lewis[<keys>=<values>]| so that the parameters are specific to this execution of the macro \verb|\lewis|. + \item the \chevrons{atom} is usually one or two letters, but it can also be empty; + \item the \chevrons{charge} is an arbitrary content that will be placed around the atom. Few constraints exist on this content: it can be text (in math mode if needed), or even \TIKZ code or a molecule drawn with \verb|chemfig|; + \item the \chevrons{general parameters} (optional) are a list of key/values specifying the options that this execution of the macro must satisfy. These keys/values are described below; + \item the \chevrons{position} is "\chevrons{angle}\verb-:-\chevrons{shift}", but it is possible to specify only the \chevrons{angle}, in which case, the \chevrons{shift} will be equal to \verb|0pt|; + \item the optionnal \chevrons{tikz code} sets the options given to the \TIKZ macro \verb|\node|, which places the \chevrons{charge}. \end{itemize} -The last way, of course, allows individual settings, but must be used with caution when the macro \verb|\lewis| is in the argument of \verb|\chemfig|. Indeed, the signs \verb-=- of the \Verb|<key>=<values>| should not be interpreted as a double bond and to do so, the macro \verb|\lewis|, its optional and mandatory argument \emph{must} be inside braces: +\subsection{Parameters} +The \chevrons{keys}${}={}$\chevrons{values} available in the \chevrons{general parameters} are: + +\begin{longtable}{rlp{8.5cm}}\hline + \chevrons{keys} & default \chevrons{values} & Description\\\hline\endhead + \Chargeparam{debug} & boolean which, when \CFval{true}, draws the outlines of the nodes receiving the \chevrons{atoms} (in green), the \chevrons{loads} (in blue) and the \chevrons{charge} (in red).\\ + \Chargeparam{macro atom}¯o receiving the \chevrons{atom} as argument.\\ + \Chargeparam{circle} & boolean which, when \CFval{true}, puts the \chevrons{atom} in a circular node; otherwise, the node is rectangular.\\ + \Chargeparam{macro charge}¯o (e.g., \verb|\printatom| or \verb|\ensuremath|) receiving each charge as an argument.\\ + \Chargeparam{extra sep} & node size increment of the \chevrons{atom} to put the \chevrons{charges}: it is the value passed to the \CFkey{inner sep} of \TIKZ.\\ + \Chargeparam{overlay} & boolean which, when \CFval{true}, draws the \chevrons{charges} "overlay", i.e. outside the final bounding box.\\ + \Chargeparam{shortcuts}&boolean which, when \CFval{true}, activates the shortcuts"\verb-\.-," "\verb-\:-," "\verb-\|- and "\verb-\"-" to draw Lewis formuas.\\ + \Chargeparam{lewisautorot}&booleann which, when \CFval{true}, automatically rotates "\verb-\:-," "\verb-\|- and "\verb-\"-".\\ + \Chargeparam{.radius}&radius of the point used to plot "\verb|\.|" and "\verb|\:|".\\ + \Chargeparam{:sep} & separation between the two dots of "\verb|\:|".\\ + \Chargeparam{.style}&\TIKZ style used to draw the "\verb|\.|" and "\verb|\:|" dots.\\ + \Chargeparam{"length}&length of the rectangle "\verb-\- "and the line "\verb-\|-".\\ + \Chargeparam{"width}&width of the rectangle \verb-\"-.\\ + \Chargeparam{"style}&\TIKZ style used to draw the rectangle \verb-\"-.\\ + \Chargeparam{|style}&TIKZ style used to draw the line \verb-\|-.\\\hline +\end{longtable} + +It is possible to set some (or all) of these parameters by running the macro +\begin{center} + \Verb|\setcharge{<keys>=<values>}| +\end{center} +and reset all parameters to their default values with +\begin{center} + \verb|\resetcharge| +\end{center} +The \verb|\charge| macro places the \chevrons{charges} out of the bounding box (unless otherwise specified in the \chevrons{parameters}) while \verb|\Charge| places them into the bounding box. +\medbreak -\exemple{Optional argument of \string\lewis}/\chemfig{{\lewis[lewis style=red]{1:3:5:7:,X}}-{\lewis[lewis style=blue]{0:2:4:6:,Y}}}/ +The \chevrons{angle} is the location on the boundary of the node where the \chevrons{charge} is placed. This \chevrons{angle} can be expressed in degrees or it can be a boundary anchor in the sense of \TIKZ, like "south east." The \chevrons{shift} is a \TeX-dimension and represents an additional length between the boundary of the node containing the \chevrons{atom} and the place where the \chevrons{charge} is placed. Unless otherwise specified in the \chevrons{tikz code}, the \emph{center} anchor of \chevrons{charges}. +\medbreak -Here are some examples of customization: +In the two following examples, \CFkey{debug} will be set to \CFval{true} in order to better perceive the changes induced by the modification of the parameters. In addition, the macro \verb|\Charge| will be used so that the bounding boxes take into account the charges. Here we see the influence of the node shape on the placement of the charges: +\exemple{Generic example}|\setcharge{debug} +Default then circle: +\Charge{30=\:,120=$\ominus$,210=$\delta^+$}{Fe}\qquad +\Charge{[circle]30=\:,120=$\ominus$,210=$\delta^+$}{Fe}| -\exemple{Parameters for the \string\lewis\ macro}*\setchemfig{lewis sep=4pt,lewis length=1.5em,lewis style=red} -\chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\bigbreak +To place the loads $\ominus$ and $\delta^+$ further away, we can play on the \chevrons{shift} or better, on the anchor: the \chevrons{angle} where the load is placed is stored in the macro \verb|\chargeangle|, so it is wise to choose the anchor \verb|180+\chargeangle|. It is also possible to specify a circular node to place the charge. -\chemfig[lewis style={line width=0.4pt}]{A-\lewis{2|,B}-C}\bigbreak +\exemple{Fine positioning}|\setcharge{debug} +\Charge{30=\:,120:3pt=$\ominus$,210:5pt=$\delta^+$}{Fe}\qquad +\Charge{[circle]30=\:, + 120[circle,anchor=180+\chargeangle]=$\ominus$, + 210[anchor=180+\chargeangle]=$\delta^+$}{Fe}| -\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigbreak +It is important to note that circular nodes have dimensions \emph{sometimes very different} from the "classic" rectangular nodes, especially in terms of horizontal and vertical extent. It is therefore advisable to set \CFval{true} the boolean key \CFkey{circle} knowingly. -\Lewis[lewis dist=0.2em]{1:3:5:7:,X}\qquad -\Lewis[lewis dist=0.2em]{0:2:4:6:,X}\bigbreak +\exemple{Circular nodes}/\chemfig{\charge{90=\.}{N}H_3} : rectangle nodes\smallbreak +\chemfig{\charge{[circle]90=\.}{N}H_3} : circle node/ -\Lewis[lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt]{1:3:5:7:,X}\qquad -\Lewis[lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt]{0:2:4:6:,X}* +\subsection{Lewis formula} +When \CFkey{shortcut} is \CFval{true}, the shortcuts "\verb|\.|», "\verb|\:|», "\verb-\|- and "\verb-\"-» are actgive to draw Lewis formulas {\setcharge{extra sep=0pt}"\Charge{0=\.}{\vphantom{A}}», "\Charge{0=\:}{\vphantom{A}}», "\Charge{0=\|}{\vphantom{A}}» et "\Charge{0=\"}{\vphantom{A}}»}. You can deactivate them at any time with the \verb|\disableshortcuts| macro and reactivate them with \verb|\enableshortcuts|. + +When the boolean \CFkey{shortcut} is \CFval{false} or the shortcuts have been disabled with \verb|\disableshortcuts|, shortcuts "\verb|\:|", "\verb-\|-" and "\verb-\"-" are no longer programmed to draw Lewis formulas, so the macros \verb|\chargedot|, \verb|\chargeddot|, \verb|\chargeline| and \verb|\chargerect| must be used instead. +\medbreak -A problem sometimes occurs with the decorations of Lewis in the odd directions. In the example below with the atom ``O'', the decoration in position 1 seems farther from the atom than the decoration in position 4: -\exemple{Odd directions}/\huge -\Lewis{1|4|,O}/ -However, it is not the case as shown below by drawing the bounding box of the atom: -\exemple{Optical illusion}/\huge -\fboxsep0pt -\def\printatom#1{\fbox{$\mathrm{#1}$}} -\Lewis{1|4|,O}/ -\label{opt.lewis}The impression of greater distance is due to the shape of the letter ``O'' which is farther from the one of the bounding box in the corners, that is to say, in odd directions. +The key \CFkey{lewisautorot}, which is \CFval{true} by default, acts on {\setcharge{extra sep=0pt}"\Charge{0=\:}{\vphantom{A}}", "\Charge{0=\|}{\vphantom{A}}" and "\Charge{0=\"}{\vphantom{A}}"} and rotates them. -To move nearer (or farther) the Lewis drawings in odd directions, the \chevrons{clé} \CFkv{lewis diag coeff}{decimal} sets the factor which multiplies the gap between the bounding box and decoration Lewis. For the letter ``O'', it seems that 0.5 is the appropriated value: -\exemple*{Optional argument of \string\lewis}/\huge -\Lewis{1|4|,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=0.5]{1|4|,O} +\exemple{Autorot}/\Charge{60=\:,150=\"}{A} et +\Charge{[lewisautorot=false]60=\:,150=\"}{A}/ -\Lewis{0:5:,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=2]{0:5:,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=0.5]{0:5:,O}/ +The \verb|lewis| and \verb|Lewis| macros are still functional, but are no longer maintained or documented, and \textcolor{red}{\bfseries will be removed in a future version}, so it is advisable to prefer the \verb|\charge| and \verb|\Charge| macros, which give comparable results as shown below, while being much more powerful and configurable: -\subsection{Stacking characters} +\exemple{Comparison with \string\Lewis}/\Lewis{1:3.5|,X}\quad\Lewis{0:2.3|,X}\qquad(avec \string\Lewis)\par +\Charge{45=\:,135=\.,225=\"}{X}\quad\Charge{0=\:,90=\.,135=\"}{X}% +\qquad(avec \string\Charge)/ + +The customization of Lewis' formulas is done via the macro \verb|\setcharge| or via the optional argument of \verb|\charge| by acting on the keys \CFkey{.radius}, \CFkey{:sep}, \CFkey{.style}, \CFkey{|style}, \CFkey{"length}, \CFkey{"width} and \CFkey{"style}. It is also possible to modify these keys for each formula with their optional argument which receives a list of \CFkey{keys}${}={}$\chevrons{values}. + +\exemple{Ccustomization}/\Charge{[.radius=1.5pt,.style={draw=gray}] + 45 =\.[{.style={draw=none,fill=red}}], + 135 =\.[{.style={draw=none,fill=blue}}], + -45 =\.[{.style={draw=none,fill=green}}], + -135=\.}{A}\quad +\Charge{ + 45 =\"[{"style={draw=red,fill=gray}}], + 135=\"[{"width=3pt,"style={line width=.8pt,draw=blue,fill=cyan}}]}{A}/ + +\subsection{Integration in \CF} +A macro \verb|\charge| can take the place of an atom, just like it did with \verb|\lewis|. + +\exemple{Charge in \CF}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H} +\qquad +\chemfig{H-\charge{45:1.5pt=$\scriptstyle+$,-45=\|,-135=\"}{O}(-[2]H)-H}* + +However, \CF has been modified so that the bonds are \emph{joined} when the dimensions of an atom is zero, that is, if its width, height and depth are all \verb|0pt|. This was previously only the case if the atom was empty. This new feature makes it easy to place charges in carbon chains. + +\exemple{Charge in chain}/\chemfig{[:30]-\charge{90=\:}{} +-[:-30]\charge{-90=\"}{}-\charge{90:2pt=$\delta^+$}{}-[:-30]}/ + +\section{Stacking} The macros\label{chemabove} \begin{center} \Verb|\chemabove[<dim>]{<code>}{<stuff>}| @@ -1298,11 +1373,18 @@ These commands are independent of the macro \verb-\chemfig- and can be used eith They are especially useful in rings, if care is taken to put braces around the letters A, B, C and D in order to prevent \CF from starting a new atom on these letters: \exemple{Staking in rings}|\chemfig{*5(-\chembelow{A}{B}--\chemabove{C}{D}--)}| -They are sometimes useful for placing pseudo-exponents which do not change the bounding box of the atoms, so that the bonds do not end up being too short: -\exemple{Hydronium ion}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H}* - \label{Chemabove}The \falseverb{\Chemabove} and \falseverb{\Chembelow} commands work in the same way, except that the bounding box takes into account the \Verb-<stuff>- placed above or below. +What's the difference between \verb|\chemabove| and \verb|\charge| for placing one item above or below another? +\exemple{\string\chemabove\space or \string\charge}/\chemfig{*5(----\chemabove{A}{\oplus}-)} +\chemfig{*5(----\charge{90[anchor=-90]=$\oplus$}{A}-)}/ + +By default, the two macros give very similar results. However, there are differences in their use: +\begin{itemize} + \item \verb|\chemabove| and \verb|\chemabelow| can only be used in the argument of \verb|chemfig|, which is not the case for \verb|\charge|; + \item the \verb|\charge| macro requires \TIKZ, whereas \verb|\chemabove| and \verb|\chemabelow| use low-level \TeX{} primitives and are therefore fast and independent of any package. +\end{itemize} + \section{Using {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} in the {\protect\ttfamily tikzpicture} environment} It is possible to call the \falseverb{\chemfig} inside a {\ttfamily\falseverb{tikzpicture}} environment: \exemple{\textbackslash chemfig inside tikzpicture}|\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}] @@ -1313,23 +1395,6 @@ It is possible to call the \falseverb{\chemfig} inside a {\ttfamily\falseverb{ti \node[draw,red,anchor=base] at(3,2){\chemfig{X>[2,,,,blue]Y}}; \end{tikzpicture}| -\section{Beyond chemistry}\label{style.noeuds} -At heart \CF is a tool for drawing graphs, and this tool has been programmed to adapt it for chemistry. In some ways it is possible to return \CF to its roots to draw organization charts or other diagrams represented by graphs. - -Each atom is contained in a \TIKZ node. By default these nodes have an ``inner sep'' and an ``outer sep'' equal to 0pt. They are rectangular as seen on page~\pageref{longueur.liaison}. These defaults can be overwritten with the \chevrons{key} \CFkey{node style}, the argument of which is passed to \TIKZ and specifies the style of the nodes containing the atoms. - -In this example we specify only ``draw,inner sep=2pt'', which has the effect of drawing the outline of the nodes and separating the outline and node contents by 2pt. We also specify \CFkv{bond offset}{0pt} so that the bonds touch the edges of the nodes. The interatomic spacing is increased to 75pt. Finally, the command \falseverb{\printatom} is made as simple as possible so that math mode is no longer used and spaces are thus preserved. -\exemple*{An organization chart}/\setchemfig{node style={draw,inner sep=2pt},bond offset=0pt,atom sep=75pt} -\renewcommand\printatom[1]{#1} -\chemfig{The boss-[6]Me(-[4]Them(-[6]The others)(-[7,2]Group 1))-You(-[:-120,0.5]Him)(-[:-60,0.5]Her)}/ - -Here is another organization chart where the nodes are circular and coloured cyan: -\exemple*{Family diagram}/\setchemfig{bond offset=0pt,atom sep=80pt,node style={draw,circle,fill=cyan,minimum size=25pt}} -\renewcommand\printatom[1]{\textsf{#1}} -\chemfig{Me(-[:-50,1.2]Brother)(-[:-10]Brother(-[:15]Niece)(-[:-35]Niece)) -(-[:-155,0.8]Sister-[:-80]Nephew)(-[:95,1.25]Father(-[:-25,0.8]Uncle)(-[:-65,0.8]Aunt)) -(-[:135]Mother-[:-95,0.5]Uncle)}/ - \section{Annotated examples}\label{exemples.commentes} In this chapter, several molecules will be drawn, putting into use the methods previously described. The aim here is to show a logical order for putting together a molecule so that the user unfamiliar with \CF will learn how to construct complex molecules. The construction steps will be shown to help with this learning process. @@ -1511,15 +1576,13 @@ Adding a \falseverb{charge} to an atom with a mathematical exponent implies that \exemple{Charge and bond}/\chemfig{A^+-[2]B} \qquad \chemfig{A\rlap{${}^+$}-[2]B}/ -If you want to use the command \verb-\oplus- which displays ``$\oplus$'', some could find that the charge is too low: $\mathrm{A^\oplus}$. In that case, why not use \falseverb{\chemabove} to put as precisely as you will, both vertically and horizontally the charge: -\exemple{Charge et \string\chemabove}/\chemfig{\chemabove[0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}-[2]B} -\qquad -\chemfig{{\chemabove[-0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}}-[2]B}/ -We notice an additional level of braces for the second molecule. Indeed, as we specify ``\verb/-0.5pt/'' for the optional argument of \falseverb{\chemabove} to lower the charge, it is necessary to prevent \CF to understand the sign ``\verb/-/'' as a single bond. -To add a load near the vertex of a cycle , the best method is to attach an invisible bond to this vertex, which is done here with \falseverb{\definesubmol} with a bond with a length coefficient equal to 0.2: -\exemple{Charges and cycles}/\definesubmol\nobond{-[,0.2,,,draw=none]} -\chemfig{*5(---(!\nobond\scriptstyle\oplus)-(!\nobond\scriptstyle{-})-)}/ +The macro \verb|\charge| allows this task to be performed simply and accurately. +\exemple{Placing charges}/\chemfig{\charge{[extra sep=0pt]45[anchor=180+\chargeangle]=% +$\scriptstyle\oplus$}{A}-[2]B} +\qquad +\chemfig{*5(---\charge{90:2pt=$\scriptstyle\oplus$}{}-% +\charge{135:2pt=$\scriptstyle-$}{}-)}/ \subsection{Draw a curve bond} We have already seen that with the \TIKZ library ``\verb-decorations.pathmorphing-'', we can draw a wavy bond: @@ -1542,7 +1605,7 @@ For more flexibility, you can also define nodes using the character ``\verb-@-'' \chemmove{\draw[-](a)..controls +(60:3em) and +(30:1em).. ++(20:2em) ..controls +(210:3em) and +(-120:4em) ..(b);}/ -\subsection{Draw a ploymer element}\label{polymerdelim} +\subsection{Draw a polymer element}\label{polymerdelim} The macro \verb|\polymerdelim|, until now undocumented and in the test phase, becomes officially released in \CF with version 1.33. Its syntax is as follows: \begin{center} \Verb|\polymerdelim[<keys>=<values>]{<node1>}<node2>}| @@ -1556,7 +1619,7 @@ The effect, after possibly \emph{two} compilations, is to place vertical delimit \CFdelimparam{height} & Defines the height (above the node) of the delimiters.\\ \CFdelimparam{depth} & Defines the depth (below the node) of the delimiters. If the \chevrons{value} is empty, then the depth is equal to the height.\\ \CFdelimparam{h align}&Boolean which, when \CFval{false}, places the 2nd delimiter on the 2nd node, at the risk that the delimiters are not on the same horizontal line.\\ - \CFdelimparam{auto rotate}&Booléen which, when \CFval{true} and \CFkv{h align}{false}, automatically turns the delimiters to be perpendicular to the line that connects the two nodes.\\ + \CFdelimparam{auto rotate}&Boolean which, when \CFval{true} and \CFkv{h align}{false}, automatically turns the delimiters to be perpendicular to the line that connects the two nodes.\\ \CFdelimparam{rotate}&When \CFkv{h align}{false} and \CFkv{auto rotate}{false}, sets the rotation angle of the two delimiters.\\ \CFdelimparam{open xshift}& Defines the horizontal offset of the opening delimiter.\\ \CFdelimparam{close xshift}& Defines the horizontal offset of the closing delimiter. If the \chevrons{value} is empty, then this offset becomes opposite to the offset of the opening delimiter.\\ @@ -1583,7 +1646,7 @@ Polycaprolactame \polymerdelim[height = 5pt, indice = \!\!n]{left}{right} \bigskip -Polyphénylène sulfide: +Polyphenyl sulfide: \chemfig{\vphantom{S}-[@{op,.75}]S-(**6(---(-[@{cl,0.25}])---))} \polymerdelim[delimiters = (), height = 15pt, indice = {}]{op}{cl} \bigskip @@ -1647,39 +1710,6 @@ Water molecule rotated 30\textdegree: \chemfig{[:30]@1H-[::37.775,2]@2O-[::-75.5 \namebond23{\footnotesize0.9584 \angstrom} \arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104.45\textdegree}| -\subsection{Schéma de Lewis à l'angle près} -In some very special cases, it is sometimes necessary to position Lewis diagrams to the nearest degree and no longer to multiples of 45 degrees. - -For this, it is relatively easy to write a macro \verb-\mylewis-, admitting an optional argument (the length of the doublet) which is 2ex and two mandatory arguments; the first being the name of the atom and the second being the list of angles separated by commas. - -The trick is to create an invisible circular node that contains the atom and draw the dipoles at the desired angles so that they are tangent to this circle: - -\exemple*{Doublets au degrés prés}|\catcode`\_11 -\newcommand\mylewis[3][2ex]{% #1=longueur, #2=atome #3=liste des angles - \tikzpicture[baseline,anchor=base]% - \node[inner sep=0pt,outer sep=1pt,circle,overlay](atom@@)at(0,0){\phantom{#2}};% - \node[inner sep=0pt,outer sep=0pt]at(0,0){#2};% - \def\list_angle{#3,}% - \loop - \expandafter\grab_angle\list_angle\_nil - \pgfextractx\CF_dim{\pgfpointanchor{atom@@}\current_angle}\edef\CF_dimax{\the\CF_dim}% - \pgfextracty\CF_dim{\pgfpointanchor{atom@@}\current_angle}\edef\CF_dimay{\the\CF_dim}% - \pgfmathparse{#1*sin(\current_angle)/2}\let\offset_xx\pgfmathresult - \pgfmathparse{#1*cos(\current_angle)/2}\let\offset_yy\pgfmathresult - \draw[line width=.4pt,overlay] - (\CF_dimax-\offset_xx,\CF_dimay+\offset_yy)--(\CF_dimax+\offset_xx,\CF_dimay-\offset_yy);% - \unless\ifx\empty\list_angle - \repeat - \endtikzpicture -} -\def\grab_angle#1,#2\_nil{\def\current_angle{#1}\def\list_angle{#2}} -\catcode`\_8 -Essai : \mylewis{Cl}{15}\qquad \mylewis[3ex]{Cl}{-60}\qquad \mylewis[1.5ex]{Cl}{60,120,240,300} -\bigskip - -\chemfig{P(-[:72]\mylewis{Cl}{-18,72,162})(-[:-72]Cl) -(-[:144]Cl)(-[:-144]Cl)-\mylewis{Cl}{0,90,-90}}| - \subsection{Dessiner des liaisons multiples} Again, the ``decorations.markings'' library allows to draw multiple bonds: @@ -2369,28 +2399,28 @@ A common problem can be the misalignment of the ``+'' sign with the molecules be \schemestart \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} \+ - \chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}} + \chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}} \schemestop/ -Here, the ``+'' sign sits on the same baseline as the compound before it, and this baseline is that of the top carbon atom. One may shift the ``+'' sign, but this would not change the vertical position of ``\kern0.3333em\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}\kern0.3333em''. In fact, the ``+'' sign does not prevent \CF from reading a compound, as shown in the example above where everything is included in the compound `` c1''. Therefore, one must stop the compound right after the first molecule with a \verb-\arrow{0}[,0]- that will draw an invisible, zero-length arrow. In order to vertically center the whole scheme, one must also set the the anchor of the first compound as ``west'' (or ``180'', which is a synonym) with the second optional argument of the \verb-\schemestart- command: +Here, the ``+'' sign sits on the same baseline as the compound before it, and this baseline is that of the top carbon atom. One may shift the ``+'' sign, but this would not change the vertical position of ``\kern0.3333em\chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}}\kern0.3333em''. In fact, the ``+'' sign does not prevent \CF from reading a compound, as shown in the example above where everything is included in the compound `` c1''. Therefore, one must stop the compound right after the first molecule with a \verb-\arrow{0}[,0]- that will draw an invisible, zero-length arrow. In order to vertically center the whole scheme, one must also set the the anchor of the first compound as ``west'' (or ``180'', which is a synonym) with the second optional argument of the \verb-\schemestart- command: \exemple{+ sign alignment}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart[][west] \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} \arrow{0}[,0]\+ - \chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}} + \chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}} \schemestop/ Thus, the first compound `` c1'' consists of the first molecule and the second compound consists of everything else, i.e. the ``+'' sign and the second molecule. Alternatively, one can play with anchors or styles via the \verb-\arrow- command to move the second compound to another location. Here, for example, the second compound is shifted downwards by 10pt in the first case. In the second case, the ``south east'' anchor of the first compound matches the ``south west'' anchor of the second one: \exemple{+ sign alignment}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart[][west] \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} \arrow(--[yshift=-10pt]){0}[,0]\+ - \chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}} + \chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}} \schemestop \medskip \schemestart[][west] \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} \arrow(.south east--.south west){0}[,0]\+ - \chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}} + \chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}} \schemestop/ \newpage @@ -2417,12 +2447,12 @@ The commands created by \CF are: \item \CFkv{node style} {{}}: style of atoms \item \CFkv{bond style} {{}}: style of bonds \item \CFkv{lewis | width} {0.3ex}: width of the rectangle Lewis "|" - \item \CFkv{lewis sep} {0.4ex}: space between atom and Lewis decorations - \item \CFkv{lewis length} {1.5ex}: length of Lewis decorations - \item \CFkv{lewis style} {{}}: style of Lewis decorations - \item \CFkv{lewis dist} {0.3em}: space between discs of the ":" Lewis decoration - \item \CFkv{lewis radius} {0.15ex}: radius of discs for Lewis decorations - \item \CFkv{lewis diag coeff} {1}: factor that multiplies the distance to Lewis decorations in odd directions + \item \CFkv{lewis sep} {0.4ex}: space between atom and Lewis formulas + \item \CFkv{lewis length} {1.5ex}: length of Lewis formulas + \item \CFkv{lewis style} {{}}: style of Lewis formulas + \item \CFkv{lewis dist} {0.3em}: space between discs of the ":" Lewis formulas + \item \CFkv{lewis radius} {0.15ex}: radius of discs for Lewis formulas + \item \CFkv{lewis diag coeff} {1}: factor that multiplies the distance to Lewis formulas in odd directions \item \CFkv{cycle radius coeff} {0.75}: shrinkage ratio of the circle or arc inside cycles \item \CFkv{stack sep} {1.5pt}: vertical gap between arguments of \verb-\chemabove- and \verb-\chembelow- macros \item \CFkv{compound style} {{}}: style of compounds @@ -2449,8 +2479,8 @@ The commands created by \CF are: \falseverb\chemskipalign& tells the vertical alignment mechanism to ignore the current group of atoms. See page~\pageref{chemskipalign}.\\ \Verb-\redefinesubmol{<name>}<n>[<code1>]{<code2>}- & replaces a preexisting alias \Verb-!<name>- with the new \Verb-<code>-. See page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline &\\ -\Verb-\lewis[coeff]{<codes>,<atom>}-& displays the \Verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \Verb-<code>-. The dots drawn do not change the bounding box. See page~\pageref{lewis}\\ -\Verb-\Lewis[coeff]{<codes>,<atom>}-& displays the \Verb-<atom>- and places Lewis dot decorations as specified in the \Verb-<code>-. See page~\pageref{lewis}\\ +\Verb-\charge{[<parameters>]<pos>[<tikz>]}{<atom>}-& prints \Verb-<atome>- and places the charges according to their \Verb-<positions>-. The charges are places out of the bounding box of the \Verb-<atome>-. See page~\pageref{charge}\\ +\Verb-\Charge{[<parameters>]<pos>[<tikz>]}{<atom>}-& Same behaviour as \verb|\charge|, but the final bounding box takes the charges into account.\\ \Verb-\chemmove[<tikz options>]<tikz code>-& Makes a \verb-tikzpicture- environment, adding to it the \verb-<tikz options>-. Uses the \Verb-<tikz code>- to join the nodes specified in the molecules with the help pf the ``\verb-@-'' character. See page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline &\\ \Verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & writes \Verb-<txt1>- and places \Verb-<txt2>- above, leaving \Verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \Verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\ @@ -2559,11 +2589,28 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Codeine}/\chemfig{[:-30]**6(-(-OH)-?-*6(-(-[3]-[2,2]-[0,.5])*6(-(<:[:-150,1.155]O?) -(<:OH)-=-)-(<:[1]H)-(-[2]NCH_3)--)---)}/ -\exemple*{A dye (red)}/\chemfig{**6(--*6(-(-NO_2)=-(-\lewis{26,O}-[0]H)=(-\lewis{4,N}=[0]\lewis{2,N}-[0]Ar)-)----)}/ +\exemple*{A dye (red)}/\chemfig{**6(--*6(-(-NO_2)=-(-\charge{90=\|,-90=\|}{O}-[0]H)=(-\charge{180=\|}{N}=[0]\charge{90=\|}{N}-[0]Ar)-)----)}/ -\exemple*{Menthone}/\chemfig{CH_3-?(-[2]H)(-[::-30,2]-[::+60](=[1]\lewis{20,O}) +\exemple*{Menthone}/\chemfig{CH_3-?(-[2]H)(-[::-30,2]-[::+60](=[1]\charge{0=\|,90=\|}{O}) -[::-150,1.5](-[:20]CH(-[1]CH_3)(-[7]CH_3))(-[6]H)-[::-90,2]-[::+60]?)}/ +\exemple*{Fullerene}/\definesubmol\fragment1{ + (-[:#1,0.85,,,draw=none] + -[::126]-[::-54](=_#(2pt,2pt)[::180]) + -[::-70](-[::-56.2,1.07]=^#(2pt,2pt)[::180,1.07]) + -[::110,0.6](-[::-148,0.60](=^[::180,0.35])-[::-18,1.1]) + -[::50,1.1](-[::18,0.60]=_[::180,0.35]) + -[::50,0.6] + -[::110]) +} +\chemfig{ + !\fragment{18} + !\fragment{90} + !\fragment{162} + !\fragment{234} + !\fragment{306} +}/% https://tex.stackexchange.com/questions/506293/how-to-draw-a-fullerene + \exemple*{Fischer indole synthesis}/\schemestart \chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)} \+ @@ -2572,29 +2619,28 @@ $\star\quad\star$ \chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)} \schemestop/ -\exemple*{Reaction mechanisms: carbonyl group}/ -\schemestart - \chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}} +\exemple*{Reaction mechanisms: carbonyl group}/\schemestart + \chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\charge{0=\|,-90=\|}{O}} \arrow(.mid east--.mid west){<->} - \chemfig{\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}([3]-)([5]-)-\chemabove - {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}} + \chemfig{\charge{90:3pt=$\scriptstyle\oplus$}{C}([3]-)([5]-)-% + \charge{0=\|,90=\|,-90=\|,45:3pt=$\scriptstyle\ominus$}{O}} \schemestop \chemmove{\draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/ \exemple*{Reaction mechanisms: nitro group}/\schemestart - \chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2} - \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})} + \chemfig{R-\charge{225:3pt=$\scriptstyle\oplus$}{N}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2} + \charge{45=\|,-45=\|,-135=\|,45:5pt=$\scriptstyle\ominus$}{O})} \arrow(.mid east--.mid west){<->} - \chemfig{R-\chemabove{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]-\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})([7]=O)} + \chemfig{R-\charge{135:3pt=$\scriptstyle\oplus$}{N}([1]-\charge{90:3pt=$\scriptstyle\ominus$}{O})([7]=O)} \schemestop \chemmove{ - \draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:5mm)..(atoo1); + \draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:7mm)..(atoo1); \draw[shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb); }/ \exemple*{Nucleophilic addition. Primary amines}/\setchemfig{atom sep=2.5em,compound sep=5em} \schemestart - \chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2} + \chemfig{R-@{aton}\charge{90=\|}{N}H_2} \+ \chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O} \chemfig{@{atoo2}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}} @@ -2610,13 +2656,13 @@ $\star\quad\star$ \par \schemestart \arrow{<=>} - \chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo} + \chemfig{R-@{aton}\charge{90=\|}{N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo} \chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[1]H)(-[7]H)} \chemmove[-stealth,shorten <=3pt,shorten >=2pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{ \draw(aton) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(sb); \draw(sbh) ..controls +(left:5mm) and +(south west:5mm)..(aton); \draw(sbo) ..controls +(up:5mm) and +(north west:5mm)..(atoo);} - \arrow{<=>[\tiny élimination]}\chemfig{R-N=C(-[1]CH_3)(-[7]CH_3)} + \arrow{<=>[\tiny elimination]}\chemfig{R-N=C(-[1]CH_3)(-[7]CH_3)} \+ \chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}} \schemestop/ @@ -2652,9 +2698,9 @@ $\star\quad\star$ \arrow{<->} \chemfig{*6(-=-(!+)-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}}\chemright] \arrow(@c2--){<-[*0\chemfig{{-}AlBr_4|^\ominus}][*0\chemfig{Br_2/Al_2Br_3}]}[90,1.5] - \chemname{\chemfig{*6(-=-=-=-)}}{Benzène 1} + \chemname{\chemfig{*6(-=-=-=-)}}{Benzene 1} \arrow(@c4--){->[*0\chemfig{{-}H^\oplus}]}[90,1.5] - \chemname{\chemfig{*6(-=-=(-Br)-=-)}}{Bromobenzène 2} + \chemname{\chemfig{*6(-=-=(-Br)-=-)}}{Bromobenzne 2} \arrow(@c5.mid east--@c6.mid west) \schemestop \chemnameinit{}Z @@ -2662,11 +2708,11 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Reaction mechanism of chlorination}/\scriptsize\setchemfig{bond offset=1pt,atom sep=2em,compound sep=4em} \schemestart \chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}\arrow - \chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)} + \chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\charge{-90=\.}{O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)} \arrow\chemfig{*6((-O-[:150](=[2]O)-[:-150](=[6]O)-[:150]Cl)=-=-=-)}\+\chemfig{HCl} \arrow(@c1--){0}[-90,0.5] \chemfig{*6(-=*6(-O-*6(-@{o2}(=[@{o3}]@{o4}O)-Cl)=)-=-=)}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh2}OH)-=)}\arrow - \chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\lewis{6.,O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)} + \chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\charge{-90=\.}{O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)} \kern-3em \arrow\chemfig{[:30]*6(=-(-O-[:-60](=O)-[:-120](=[4]O)-[:-60]O-*6(=-=-=-))=-=-)} \kern-3em \+\chemfig{HCl} \schemestop @@ -2718,8 +2764,8 @@ $\star\quad\star$ \chemleft[\subscheme[90]{% \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R} \arrow{<->}[,0.75] - \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}\chemright] - \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]}[,1.1] + \chemfig{R'-\charge{90=\:}{N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}\chemright] + \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\charge{0=\:,90=\:}{O}}]}[,1.1] \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);} \arrow(@c1--){0}[-90,0.333] @@ -2770,21 +2816,21 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Electrophilic addition of halogen to olefin}/\schemestart \subscheme{% \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} - \arrow{0}[,0]\+\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}} + \arrow{0}[,0]\+\chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{90=\|,0=\|,270=\|}{Br}}} \arrow(@c1--olefin){<=>[*{0}rapide]}[-90] \chemfig{>[:-20]C(<[:40])=[@{db}6]C(<[:-130])<[:-20]} \arrow(--bromonium){0}[-90] - \chemname{\chemfig{C*3((<)(<:[:-155])-\raise1.5pt\llap{$\scriptstyle\oplus$}\lewis{17,Br}-C(<:)(<[:155])-)}} + \chemname{\chemfig{C*3((<)(<:[:-155])-\charge{45=\|,-45=\|,180:3pt=$\scriptstyle\oplus$}{Br}-C(<:)(<[:155])-)}} {bromonium ion} \arrow(--carbeniumA){<<->}[,1.5] \chemname{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<:[:-150])(<[:-100])-[:-30] - \lewis{157,Br}}}{Xarbenium ion} + \charge{45=\|,-45=\|,225=\|}{Br}}}{Xarbenium ion} \arrow(@bromonium--carbeniumB){<<->}[180,1.5] \chemname{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<[:-150]) - (<:[:-100])-[:-30]\lewis{137,Br}}}{carbenium ion} + (<:[:-100])-[:-30]\charge{45=\|,-45=\|,135=\|}{Br}}}{carbenium ion} \arrow(@olefin--){0}[,.25] - \chemfig{@{Br1}\chemabove[3pt]{\lewis{246,Br}}{\scriptstyle\delta\oplus}-[@{b2}]@{Br2} - \chemabove[3pt]{\lewis{026,Br}}{\scriptstyle\delta\ominus}} + \chemfig{@{Br1}\charge{90=\|,180=\|,270=\|,90:5pt=$\scriptstyle\delta\oplus$}{Br}-[@{b2}]@{Br2} + \charge{90=\|,0=\|,270=\|,90:5pt=$\scriptstyle\delta\ominus$}{Br}} \arrow(@olefin--[left]){0}[180,0] $\pi$ complexe \arrow(@carbeniumA--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]} @@ -2799,7 +2845,7 @@ $\star\quad\star$ \definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH} \setchemfig{atom sep=2.5em} \schemestart[,1.5] - \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}\+\chemfig{H_2SO_4} + \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalene}\+\chemfig{H_2SO_4} \arrow(nph.mid east--.south west){->[80\degres C]}[45] \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(!\cycleoplus)-(-SO_3H)-)=-=-)}}{Ion 1-arenium} \arrow(.mid east--.mid west) @@ -2816,8 +2862,8 @@ $\star\quad\star$ \hspace{10em} \tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attacks\\nucleophiles}};\par \vspace{2ex}\hspace{15em} - \chemfig{R^2-(-[:-60]@{a0}H)-[:60]@{a1}(-[:120]R^1)(-[1,0.25,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta+) - =[@{a2}]@{a3}\lewis{1:7:,O}-[1,0.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta{-}} + \chemfig{R^2-(-[:-60]@{m3}H)-[:60]@{m0}\charge{45:5pt=$\scriptstyle\color{red}\delta+$}{}(-[:120]R^1) + =[@{m1}]@{m2}\charge {45=\:,-45=\:,45:7pt=$\scriptstyle\color{red}\delta-$}{O}} \hspace{5em} \chemname[-15ex]{}{\tikz[remember picture]\node(n1){};Addition reactions}\kern1em \chemname{}{\tikz[remember picture]\node(n2){};Basic properties}\par diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.pdf b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.pdf Binary files differindex 1528fd19aca..f288d655feb 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.pdf +++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.pdf diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.tex b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.tex index c0b65b52d17..392f6dd8f85 100644 --- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.tex +++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig-fr.tex @@ -126,7 +126,7 @@ \if\string b\detokenize\expandafter{\f@series}% \lower0.01em\hbox{\itshape f}\kern-0.06em \else - \lower0.045em\hbox{\kern-0.05em \itshape f}\kern0.026em + \lower0.048em\hbox{\kern-0.04em \itshape f}\kern0.03em \fi ig% }% \xspace @@ -144,6 +144,7 @@ \newcommand*\CFval[1]{{\color{teal}\textlangle\textit{#1}\textrangle}} \newcommand*\CFkv[2]{\CFkey{#1}{\color{teal}${}={}$}\CFval{#2}} \newcommand*\CFparam[1]{\CFkey{#1}&\ifcat\relax\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[chemfig]{#1}}\relax \textlangle\textit{vide}\textrangle\else\texttt{\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[chemfig]{#1}}}\fi\\} +\newcommand*\Chargeparam[1]{\CFkey{#1}&\ifcat\relax\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[charge]{#1}}\relax \textlangle\textit{vide}\textrangle\else\texttt{\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[charge]{#1}}}\fi} \newcommand*\CFdelimparam[1]{\CFkey{#1}&\ifcat\relax\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[CFdelimiters]{#1}}\relax \textlangle\textit{vide}\textrangle\else\texttt{\detokenize\expandafter\expandafter\expandafter{\useKV[CFdelimiters]{#1}}}\fi} \usepackage[plainpages=false,pdfpagelabels,bookmarks=true,bookmarksopen=true,colorlinks=true,hyperfootnotes=false,filecolor=black,linkcolor=blue,urlcolor=magenta,pdfauthor={Christian TELLECHEA},pdftitle={ChemFig},pdfsubject={Dessiner des molécules 2D avec LaTeX},pdfkeywords={ChemFig},pdfcreator={LaTeX}]{hyperref} @@ -194,8 +195,8 @@ \chemleft[{\subscheme[90]{% \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R} \arrow{<->}[,0.75] - \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}}\chemright] - \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]}[,1.1] + \chemfig{R'-\charge{90=\:}{N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}}\chemright] + \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\charge{0=\:,90=\:}{O}}]}[,1.1] \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);} \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)} @@ -215,54 +216,42 @@ \setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt,label=--} \part{Introduction} -\section{Nouveau dans la v1.4} -\subsection{Primitive \texttt{\textbackslash expanded}} -\fbox{\vbox{\hsize\dimexpr\linewidth-2\fboxsep-2\fboxrule\relax\textbf{Important} : à partir de la version 1.41, \CF nécessite un moteur \TeX{} fournissant la primitive \texttt{\string\expanded}. Si ce n'est pas le cas, un message d'erreur sera émis et la version 1.4 sera chargée (dernière version fonctionnant sans la primitive \texttt{\string\expanded}) : il est vivement conseillé de mettre à jour sa distribution \LaTeX{} afin de profiter d'un moteur \TeX{} récent permettant l'utilisation de cette nouvelle primitive.}}\medbreak - -\subsection{Position et rotation des délimiteurs} -La nouvelle clé \CFkey{h align} pour les délimiteurs permet, lorsqu'elle est mise à \CFval{false} de ne plus aligner automatiquement les délimiteurs horizontalement. Lorsque les délimiteurs ne sont plus sur une même horizontale, on peut les faire pivoter automatiquement en rendant la clé \CFkey{auto rotate} égale à \CFval{true}. On peut passer outre ce réglage automatique et choisir l'angle de rotation avec la clé \CFkey{rotate}. Voir page~\pageref{polymerdelim}. - -\subsection{Caractère privé} -Dans le code de \CF, le caractère utilisé dans le nom des macros privées est «\verb|_|» (underscore) et non plus «\verb|@|» (arobe) : le préfixe des macros privées de \CF est «\verb|\CF_|». La majorité des utilisateurs de \CF ne doit pas devrait pas être concernée par ce changement, mais l'élaboration ou la maintenance de codes spécifiques tel que ceux présentés à la section «Créer ses propres flèches» à la page~\pageref{definearrow} qui font appel à des macros privées doit conduire à tenir compte de ce changement de catcode; cela va donc nécessiter une \emph{mise à jour du nom des macros} pour ceux qui ont eu recours aux macros privées de \CF. Pour rendre possible l'utilisation de «\verb|_|» dans les noms des macros, on doit exécuter l'ordre «\verb|\catcode`\_=11|» et pour revenir à un l'état normal «\verb|\catcode`\_=8|». - -\subsection{Caractère \#} -Tous ceux qui programment en \TeX{} connaissent les extrêmes précautions qui doivent être prises avant d'utiliser le caractère «\verb|#|». Ce caractère est autorisé dans le code représentant la molécule, mais pour des raisons de fonctionnement interne à \TeX, il sera doublé si la commande \verb|\chemfig| se trouve dans l'argument d'une macro (comme \verb|\fbox| dans l'exemple ci-dessous). Pour éviter ce doublement, on peut écrire \verb|\#| ou avoir recours à la macro \verb|\CFhash| : - -\exemple{Caractère \#}/\setchemfig{atom sep=5em}\fboxsep=1pt -1) \chemfig{A#-B_#-C^#}\par -2) \fbox{\chemfig{A#-B_#-C^#}}\par -3) \fbox{\chemfig{A\#-B_\#-C^\#}}\par -4) \fbox{\chemfig{A\CFhash-B_\CFhash-C^\CFhash}}/ - -Pour la macro \verb|\definesubmol|, le caractère \verb|#| est également autorisé, mais son emploi est plus complexe car il recouvre plusieurs cas qui sont examinés à la page~\pageref{definesubmol}. - -\subsection{Anciennes macros, nouvelle syntaxe} -Les macros auparavant utilisées pour régler les paramètres de \CF sont abandonnées, ne sont plus définies et donc, \emph{produiront à une erreur de compilation} si elles sont exécutées: -\begin{center} - \begin{tabular}{*3l} - \verb-\setcrambond-&\verb-\setatomsep-&\verb-\enablefixedbondlength-\\ - \verb-\disablefixedbondlength-&\verb-\setbondoffset-&\verb-\setdoublesep-\\ - \verb-\setangleincrement-&\verb-\setnodestyle-&\verb-\setbondstyle-\\ - \verb-\setlewis-&\verb-\setlewisdist-&\verb-\setstacksep-\\ - \verb-\setcompoundstyle-&\verb-\setarrowdefault-&\verb-\setandsign-\\ - \verb-\setarrowoffset-&\verb-\setcompoundsep-&\verb-\setarrowlabelsep-\\ - \verb-\enablebondjoin-&\verb-\disablebondjoin-&\verb-\schemedebug- - \end{tabular} -\end{center} -Désormais, pour régler les paramètres de \CF on a le choix entre : +\section{Nouveau dans la v1.5} +\subsection{La macro \texttt{\protect\textbackslash charge}} +La version 1.5 met en place les macros \verb|\charge| et \verb|\Charge| (voir page~\pageref{charge}) dont le but est de placer atour d'un atome des éléments arbitraires avec une grande précision. Ces macros remplaceront, à terme, les macros \verb|\lewis| et \verb|\Lewis| car elles sont bien plus puissantes et configurables, même si plus verbeuses quant à leur emploi. Il est donc important de noter que les macros \verb|\lewis| et \verb|\Lewis| \textcolor{red}{\bfseries ne sont plus documentées et seront supprimées de l'extension \CF}. + +\exemple{La macro \string\charge}/Charges simples autour de A : +\Charge{0=\:, + 0:3pt[anchor=180]=$\color{red}\scriptstyle\delta^+$, + 120={\"["width=2pt,"style={draw=green,fill=gray}]}, + 210=\| + }{A} +\par +Charges complexes autour de "B" : +\Charge{% + 30:10pt={\chemfig[atom sep=6pt,double bond sep=1.5pt]{[:20]*6(=-=-=-)}}, + 120:5pt[scale=0.4,rotate=30,anchor=center]=\chemfig{CH_2=CH_2}, + -45[anchor=west,rotate=\chargeangle]={% + \begin{tikzpicture} + \node[anchor=mid west](a){$\oplus$};\draw[-stealth](a)--(-.5,0); + \end{tikzpicture}}% + }{B}/ + +\subsection{Liaisons jointives} +À partir de la version 1.5, deux liaisons sont jointives si l'atome qui se trouve entre-elles a toutes ses dimensions nulles (c'est-à -dire sa largeur, sa hauteur et sa profondeur au sens de \TeX). Auparavant, deux liaisons étaient jointives si l'atome était \emph{vide}, ce qui était plus restrictif. + +Conjointement à l'utilisation de la macro \verb|\charge|, cette nouvelle fonctionnalité rend possible de placer des charges dans une chaine sans avoir recours à des liaisons invisibles. +\exemple{Liaisons jointives}/\chemfig{[:30]-\charge{90=\:}{} +-[:-30]\charge{-90=\"}{}-\charge{90:2pt=$\delta^+$}{}-[:-30]}/ + +\subsection{Mise à jour du manuel} +Des explications plus détaillées sont données sur: \begin{itemize} - \item la macro \Verb|\setchemfig{<clés>=<valeurs>}| règle les paramètres selon la méthode de clés/valeurs pour le reste du document; - \item la macro \Verb|\chemfig[<clés>=<valeurs>]| reçoit dans son argument optionnel les paramètres valables uniquement pour cette molécule; - \item la macro \verb|\resetchemfig| restaure les paramètres à leurs valeurs par défaut. + \item le rôle que joue le premier atome rencontré dans le placement de la molécule dans son ensemble (page~\pageref{premieratome1} et \pageref{premieratome}); + \item la façon dont \CF place les atomes dans un groupe d'atome (page~\pageref{placementatomes}); + \item comment une liaison joint deux atomes (page~\pageref{liaisonentreatomes}). \end{itemize} -La liste des paramètres et leurs valeurs par défaut est présentée à la page~\pageref{listeparametres}. - -La syntaxe étoilée \verb|\chemfig*| n'est plus autorisée. Pour spécifier une longueur constante de liaisons, il faut utiliser la clé \CFkey{fixed length} et la positionner à \CFval{true}, voir page~\pageref{longueur.liaison}. - -\subsection{Les macros \texttt{\textbackslash lewis} et \texttt{\textbackslash Lewis}} -Ces deux macros subissent également un léger changement de syntaxe. Leur argument optionnel entre crochets n'est plus destiné à recevoir le coefficient d'espacement diagonal, mais des \Verb|<clés>=<valeurs>| afin que les paramètres puissent être spécifiés individuellement pour chaque appel de la macro \verb|\lewix| ou \verb|\Lewis|. Voir page~\pageref{lewis}. - \section{Présentation} Pour charger \CF, il faut écrire : \begin{itemize} @@ -359,8 +348,6 @@ Le \Verb|<code molécule>| contient les instructions pour tracer la molécule se \item des macros. \end{itemize} -Dans tous les cas, \CF placera \emph{sur la ligne de base courante le premier atome rencontré}, qu'il soit vide ou pas. Dans les exemples figurant dans ce document, la ligne de base est tracée en gris clair. - \section{Groupes d'atomes} Intrinsèquement, le dessin d'une molécule chimique consiste à relier par des traits de différents types des groupes d'atomes. Ainsi, dans la molécule \chemfig{O=O}, il y a 2 groupes d'atomes, chacun constitué d'un seul atome «O». @@ -375,6 +362,13 @@ Par conséquent, le premier groupe d'atomes «$\mathrm{H_3C}$» est découpé en Un espace est ignoré s'il est au début d'un groupe d'atomes. +\section{Rôle du premier atome}\label{premieratome1} +Il est important de comprendre que le placement de la molécule entière dépend du premier atome placé, c'est-à -dire le premier atome du premier groupement d'atomes. Pour ce premier atome, l'ancre d'attache de \TIKZ «\verb|base east|» est placé sur la ligne de base de la ligne en cours (représentée en gris dans les exemples de ce manuel). + +\exemple{Influence du premier atome}/\chemfig{A-B}\qquad +\chemfig{-B}\qquad +\chemfig{A^1-B}/ + \section{Différents types de liaisons} Pour \CF, les liaisons entre 2 atomes sont de 9 types, correspondant aux caractères \boxedfalseverb-, \boxedfalseverb=, \boxedfalseverb~, \boxedfalseverb>, \boxedfalseverb<, \boxedfalseverb{>:}, \boxedfalseverb{<:}, \boxedfalseverb{>|} et \boxedfalseverb{<|} :\label{types.liaisons} \begin{center} @@ -824,7 +818,7 @@ Pour fixer les idées prenons l'exemple d'un effet mésomère impliquant une dou Les macros \verb|\schemestart|, \verb|\schemestop|, \verb|\arrow| et \verb|\+| sont exposées au chapitre \ref{schemas}, à partir de la page \pageref{schemas}. \exemple{Effet mésomère 1}/\schemestart - \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\lewis{2,X}} + \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\charge{90=\|}{X}} \arrow{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}} @@ -840,7 +834,7 @@ Pour relier les nÅ“uds «db» et «a1», nous avons utilisé la syntaxe suivante Le style de flèche par défaut dans \verb|\chemmove| est «CF». Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nÅ“uds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de «db» pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de «a1» pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nÅ“uds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nÅ“ud «dnl») vers la liaison simple (nÅ“ud «sb»). \exemple{Effet mésomère 2}/\schemestart - \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} + \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\charge{90=\|}{X}} \arrow{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}} @@ -851,7 +845,7 @@ Le style de flèche par défaut dans \verb|\chemmove| est «CF». Dans cet exemp Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de «dnl» et un angle de 45\degres{} à 4~mm de «sb». Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche. \exemple{Effet mésomère 3}/\schemestart - \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} + \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\charge{90=\|}{X}} \arrow{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}} @@ -865,7 +859,7 @@ L'option «\verb|shorten <=3pt|» indique que le point de départ de la flèche On peut utiliser toute la puissance des instructions de \TIKZ pour modifier le dessin de la flèche. Ici, nous changeons l'extrémité de la flèche partant de la double liaison en «\verb|-stealth|», nous la dessinons en pointillés d'épaisseur fine et rouge. Nous rajoutons également la lettre $\pi$ au dessus de la flèche en son milieu : \exemple{Effet mésomère 4}/\schemestart - \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}} + \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\charge{90=\|}{X}} \arrow{<->} \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60] \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}} @@ -878,25 +872,25 @@ On peut utiliser toute la puissance des instructions de \TIKZ pour modifier le d (dnl).. controls +(90:4mm) and +(45:4mm).. (sb);}/ Dans l'exemple suivant nous allons voir comment indiquer la position de l'ancre de départ ou d'arrivée. Si nous écrivons -\exemple{Ancre de départ et d'arrivée 1}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}} +\exemple{Ancre de départ et d'arrivée 1}/\chemfig{@{x1}\charge{45=\:}{X}} \hspace{2cm} -\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}} +\chemfig{@{x2}\charge{90=\|}{X}} \chemmove{ \draw[shorten >=4pt](x1).. controls +(90:1cm) and +(90:1cm).. (x2);}/ Nous constatons que l'ancre de départ de notre flèche ne pointe pas correctement sur nos électrons. La flèche part du milieu du bord supérieur du nÅ“ud. En effet, nous avons choisi un angle de départ de 90\degres{} et \TIKZ fait donc partir la flèche de l’ancre «x1.90» qui correspond à l’intersection de la demi droite partant du centre du nÅ“ud «x1» et faisant un angle avec l’horizontale de 90\degres{} avec le bord du nÅ“ud qui est un rectangle. Pour obtenir le départ de la flèche d’où nous voulons, nous devons spécifier sa position. Après quelques tâtonnements, c’est «x1.57» : -\exemple{Ancres de départ et d'arrivée 2}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}} +\exemple{Ancres de départ et d'arrivée 2}/\chemfig{@{x1}\charge{45=\:}{X}} \hspace{2cm} -\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}} +\chemfig{@{x2}\charge{90=\|}{X}} \chemmove[shorten <=4pt,shorten >=4pt]{ - \draw(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/ + \draw(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2.90);}/ Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de «x1» et 1,5~cm verticalement : -\exemple{Un seul point de contrôle}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}} +\exemple{Un seul point de contrôle}/\chemfig{@{x1}\charge{45=\:}{X}} \hspace{2cm} -\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}} +\chemfig{@{x2}\charge{90=\|}{X}} \chemmove[shorten <=4pt,shorten >=4pt]{ - \draw(x1.57).. controls +(1cm,1.5cm).. (x2);}/ + \draw(x1.57).. controls +(1cm,.8cm).. (x2.90);}/ Dans ce cas nous plaçons un point de contrôle à 1~cm horizontalement et 2~cm verticalement de «x1». Tous les objets graphiques dessinées par l’intermédiaire de la commande \verb|\chemmove| sont faits en surimpression et ne seront pas comptés dans les boîtes englobantes. On peut le constater sur l’exemple précédent. @@ -904,18 +898,18 @@ Dans ce cas nous plaçons un point de contrôle à 1~cm horizontalement et 2~cm Grâce à l'option \verb|remember picture| qui est passée à tous les environnements «tikzpicture» nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification. \exemple*{Estérification: étape 1}/\setchemfig{atom sep=7mm} \schemestart - \chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H} + \chemfig{R-@{dnl}\charge{90=\|,-90=\|}{O}-H} \+ \chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O} \arrow(.mid east--){<->[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]} \schemestop \chemmove[shorten <=2pt]{ - \draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc); - \draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/ + \draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc); + \draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/ L'utilisation de la commande \Verb|\chemabove{<code>}{<matériel>}| ne change pas les dimensions de la boîte englobante du \Verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de «atoh» et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code. \exemple{Estérification: étape 2}/\setchemfig{atom sep=7mm} -\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm} +\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\charge{90=\|,-90=\|}{O}H}\hspace{1cm} \chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}} \chemmove{ \draw[shorten <=2pt, shorten >=7pt] @@ -1037,65 +1031,7 @@ Avec \CFkey{node style}, on peut choisir la couleur des nÅ“ud dessinés par \TIK \setchemfig{atom style={rotate=20}}\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip \setchemfig{atom style={scale=0.5}}\chemfig{A-B-[2]C}/ -\section{Alignement vertical}\label{alignement.vertical} -Dans certains cas de molécules semi développées dont les liaisons sont horizontales, le placement des groupes d'atomes est incorrect. - -Un examen attentif de l'exemple suivant révèle que les groupes d'atomes ne sont pas correctement alignés sur la \falseverb{ligne de base} : -\exemple*{Placement horizontal}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} -\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad -\chemfig{E_1-F-G-H}/ - -Il est étonnant que le deuxième atome soit correctement aligné alors que les deux derniers subissent un décalage vertical qui semblent être la conséquence de la hauteur différente de la boîte englobant le premier atome «\verb-A^1-» et «\verb-E_1-». - -Pour comprendre ce phénomène, il faut examiner comment \CF place les groupes d'atomes les uns par rapport aux autres. Pour cela, limitons nous aux liaisons horizontales ce qui permet d'employer un vocabulaire particulier, mais l'algorithme est le même pour les autres inclinaisons. En fait, une liaison horizontale part du milieu du côté droit de la boîte englobant l'atome d'où part cette liaison. L'atome d'arrivée est positionné de telle sorte que le milieu du côté gauche de sa boîte englobante soit à l'extrémité de la liaison. Il en découle que le placement vertical de l'atome d'arrivée dépend de l'encombrement vertical de l'atome de départ. Pour limiter ce phénomène, \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \falseverb{\vphantom} de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \falseverb{\vphantom} n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants. Les atomes qui restent dans chaque groupe sont alignés de telle sorte que leur ligne de base coïncide avec la ligne de base de l'atome précédent. - -On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes «\verb-B-» et «\verb-F-» sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \falseverb\vphantom. Pour les atomes «\verb-C-» et «\verb-F-», la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes «\verb-A^1-» et «\verb-E_1-» est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas. - -On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englobantes des atomes où l'on voit clairement que les atomes «\verb-B-» et «\verb-F-» ont des boîtes englobantes dont la hauteur qui tient compte des hauteurs des atomes précédents : -\exemple*{Placement horizontal et boîtes englobantes}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} -\fboxsep=0pt -\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm#1}}} -\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad -\chemfig{E_1-F-G-H}/ - -Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellement ce problème en plaçant \emph{à l'intérieur} du troisième atome un \falseverb{\vphantom} ayant la même hauteur que le premier pour que cette hauteur se répercute sur les suivants : -\exemple*{Contournement du placement vertical}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} -\chemfig{A^1-B-{\vphantom{A^1}C}-D}\qquad -\chemfig{E_1-F-{\vphantom{E_1}G}-H}/ - -\label{chemskipalign}Il est possible pour n'importe quel groupe d'atomes de désactiver momentanément le mécanisme d'ajustement d'alignement et neutraliser le \falseverb\vphantom. Il suffit pour cela de placer dans le groupe d'atomes la commande \falseverb{\chemskipalign} : l'alignement reprendra au groupe d'atomes suivant comme si le groupe d'atome contenant \falseverb{\chemskipalign} n'avait pas existé. On peut se rendre compte sur l'exemple suivant de l'effet de cette instruction qui a pour effet de placer le point de référence de la boîte contenant le premier atome au niveau de la liaison qui arrive de gauche. Les boîtes englobant les atomes ont été dessinées à la seconde ligne : - -\exemple[60]{Désactivation du mécanisme d'alignement}/\large -\chemfig{A-.-B}\quad -\chemfig{A-\chemskipalign.-B}\par\bigskip -\fboxsep=0pt -\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} -\chemfig{A-.-B}\quad -\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/ - -Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \falseverb{\chemskipalign} contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici «\verb-\chemskipalign.-» et «\verb-B-» : -\exemple{Conséquence de la commande \string\chemskipalign}/\large -\fboxsep=0pt -\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} -\chemfig{A-\chemskipalign.B-C}/ - -Cette fonctionnalité peut parfois s'avérer utile. Mettons que l'on veuille dessiner la molécule -\begin{center} - \catcode`;12 - \def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}% - \def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}% - \chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}% -\end{center} -On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à -dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \falseverb{\chemskipalign}. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons «collent» aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère «\verb-#-»\, fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option «frenchb», il est nécessaire de désactiver le caractère actif «\verb-;-» qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}- : -\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12 -\exemple{Utilisation de \string\chemskipalign\ et #}/\begingroup -\shorthandoff{;} -\def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);} -\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);} -\chemfig{A-\emptydisk-\fulldisk-B}\par -\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B} -\endgroup/\endgroup - +definesubmol \section{Liaisons doubles déportées} Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit sur cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire «à gauche» ou «à droite» de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé. @@ -1200,89 +1136,228 @@ En dehors des cas où le caractère «\verb|#|» est suivi d'un chiffre compris Dans cet exemple, seuls \verb|#1| et \verb|#2| sont compris comme les arguments de la sous molécule \verb|\X|. Les autres «\verb|#|» sont affichés tels quels dans la molécule (cas de \verb|#3| et \verb|#4|) ou compris comme le caractère spécifiant le réglage fin du retrait des liaisons. -\section{Décorations} -\subsection{Formule de Lewis}\label{lewis} -La macro \falseverb{\lewis} permet de placer des paires d'électrons, des électrons ou une lacune. On utilise cette syntaxe : +\section{Placement des atomes} +\subsection{Premier atome}\label{premieratome} +Comme expliqué à la page~\pageref{premieratome1}, le premier atome rencontré (qu'il soit vide ou pas) est celui qui est placé sur la ligne de base, représentée en gris sur les exemples de ce manuel. Le choix de ce premier atome conditionne donc le placement de tous les autres relativement à lui et influe souvent sur le placement de la molécule toute entière. + +\exemple{Premier atome}/\chemfig{H-[7]C(-[5]H)=C(-[1]H)-[7]H}\qquad +\chemfig{C(-[3]H)(-[5]H)=C(-[1]H)-[7]H}/ + +\subsection{Groupe d'atomes}\label{placementatomes} +Dans un groupe d'atomes, les atomes sont placés les uns après les autres, dans un ordre bien établi: +\begin{itemize} + \item le premier qui est placé (que l'on va appeler «atome référence») est celui sur lequel arrive la liaison; dans le cas du début de la molécule, c'est l'atome de gauche est l'atome référence; + \item les atomes se trouvant à droite de l'atome référence sont ensuite placés de gauche à droite; + \item les atomes se trouvant à gauche de l'atome de référence sont finalement placés de droite à gauche. +\end{itemize} + +Dans le groupe d'atomes ainsi formé, les lignes de base de chaque atome sont sur \emph{une même horizontale}, autrement dit, les atomes sont tous alignés sur une même ligne horizontale. + +Dans l'exemple ci-dessous dont le code serait «\verb|\chemfig{A[:-60,,,3]BCDEF}|» l'atome de référence du 2\ieme{} groupe d'atomes est «D» car on demande que la liaison arrive sur le 3\ieme{} atome. Sous chaque atome de ce groupe figure le numéro d'ordre dans lequel l'atome est affiché: \begin{center} - \Verb|\lewis{<n1><n2>...<ni>,<atome>}| + \def\0#1#2{% + \vtop{% + \def\tempprintatom##1{\ensuremath{\mathrm{##1}}}% + \setbox0\hbox{\tempprintatom{#1}}% + \def\tempvrule{\vrule height.33ex width.4pt}% + \offinterlineskip\copy0 \kern2pt + \hbox to\wd0{\kern.5pt \tempvrule\hrulefill\tempvrule\kern.5pt}\kern2pt + \hbox to\wd0{\hss$\scriptstyle#2$\hss}}} + \chemfig{A-[:-60,,,3]\0{B}{5}|\0{C}{4}|\0{D}{1}|\0{E}{2}|\0{F}{3}} \end{center} -où les \Verb-<n1>-\ldots\Verb-<ni>- représentent les positions (en multiples de 45\degres) désirées autour de l'\Verb-<atome>-. Ces entiers doivent être compris entre 0 et 7. -Cette commande peut également être utilisée en dehors de l'argument de \verb-\chemfig- : -\exemple{La macro \string\lewis}|\lewis{0246,A}\par\medskip -\lewis{1357,B}\par\medskip -\chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O}) -(=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}| +\subsection{Liaisons entre atomes}\label{liaisonentreatomes} +Une liaison partant d'un atome passerait, si on la prolongeait, par le centre de sa boite englobante. L'atome d'arrivée est placé au bout de la liaison de telle sorte que le centre de sa boite englobante soit dans le prolongement de la liaison. Par conséquent, une liaison entre deux atomes passe, par prolongement, par les centres de leurs boites englobantes, comme l'illustre cet exemple: +\begin{center} +\fboxsep=.25pt +\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} +\setchemfig{chemfig style={line width=1pt}} +\Large +\chemfig{A@ABC-[:65,,2,3]DE@BFG} +\chemmove{% + \draw[red,fill=red] (A.center)circle(.2ex); + \draw[blue,fill=blue](B.center)circle(.2ex); + \draw[gray,-,dashed,shorten <=-1.5em, shorten >=-1.5em](A.center)--(B.center); +} +\end{center} +Ce mécanisme peut créer des défauts d'alignements entre groupes d'atomes, particulièrement visibles lorsque les liaisons sont horizontales. Tout se passe bien lorsque les atomes ont les mêmes dimensions verticales; en revanche, il suffit qu'un atome de départ soit haut (avec exposant) ou profond (avec indice) et que l'atome d'arrivée ait une dimension verticale différente pour que l'alignement soit cassé. +\exemple*{Placement horizontal}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} +\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad +\chemfig{E_1-F-G-H}/ + +Il est étonnant que le deuxième atome soit correctement aligné alors que les deux derniers subissent un décalage vertical. L'explication tient au fait que \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \falseverb{\vphantom} de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \falseverb{\vphantom} n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants. On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englobantes des atomes où l'on voit clairement que les atomes «\verb-B-» et «\verb-F-» ont des boîtes englobantes dont la hauteur qui tient compte des hauteurs des atomes précédents : +\exemple*{Placement horizontal et boîtes englobantes}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} +\fboxsep=0pt +\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm#1}}} +\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad +\chemfig{E_1-F-G-H}/ -Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par «\verb-:-». Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un «\verb-.-». Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un «\verb-|-» : -\exemple{Décorations de Lewis}*\lewis{0:2:4:6:,C}\qquad\lewis{1:3:5:7:,C}\par\bigskip -\lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip -\lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip -Ion oxonuim : \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}* +Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellement ce problème en créant un atome de fin étant un «strut» égal à \verb|\vphantom{X}|: ainsi, l'atome de départ a une hauteur «normale» et aucun décalage ne se répercutera sur le groupe d'atomes suivant. On utilise ici une sous-molécule pour plus de concision. +\exemple*{Contournement du placement vertical}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} +\definesubmol\I{\vphantom{X}} +\chemfig{A^1|!\I-B-C-D}\qquad +\chemfig{E_1|!\I-F-G-H}/ +L'inconvénient est que la première liaison est trop longue car l'atome de départ a désormais une dimension horizontale nulle. + +Si l'on est \emph{vraiment certain} de mesurer les conséquences que cela aura sur la molécule et surtout si elle s'y prête, on peut redéfinir \verb|\printatom| pour qu'il force la boite englobante de l'atome a avoir des dimensions verticales fixées; par exemple celle de «$\mathrm{X^1_1}$». +\exemple*{Redéfinition de \string\printatom}/\Huge\setchemfig{atom sep=2em} +\let\oldprintatom\printatom +\renewcommand\printatom[1]{% + \begingroup + \setbox0\hbox{\oldprintatom{X^1_1}}% + \edef\tmp{\ht0=\the\ht0\relax\dp0=\the\dp0\box0 }% + \setbox0\hbox{\oldprintatom{#1}}% + \ifnum1\ifdim\ht0=0pt0\fi\ifdim\dp0=0pt0\fi\ifdim\wd0=0pt0\fi<1000 + \tmp + \fi + \endgroup +} +\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad +\chemfig{E_1-F-G-H}/ -Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \falseverb{\lewis} ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre «Décorations» où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante. +\subsection{La macro \texttt{\char`\\chemskipalign}}\label{chemskipalign} +Il est possible pour n'importe quel groupe d'atomes de désactiver momentanément le mécanisme d'ajustement d'alignement et neutraliser le \falseverb\vphantom. Il suffit pour cela de placer dans le groupe d'atomes la commande \falseverb{\chemskipalign} : l'alignement reprendra au groupe d'atomes suivant comme si le groupe d'atome contenant \falseverb{\chemskipalign} n'avait pas existé. On peut se rendre compte sur l'exemple suivant de l'effet de cette instruction qui a pour effet de placer le point de référence de la boîte contenant le premier atome au niveau de la liaison qui arrive de gauche. Les boîtes englobant les atomes ont été dessinées à la seconde ligne : -\label{Lewis}Il faut noter que la macro \falseverb{\Lewis} fonctionne de la même façon que la macro \verb-\lewis- mais les décorations seront \emph{prises en compte} dans la boîte englobante. +\exemple[60]{Désactivation du mécanisme d'alignement}/\large +\chemfig{A-.-B}\quad +\chemfig{A-\chemskipalign.-B}\par\bigskip +\fboxsep=0pt +\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} +\chemfig{A-.-B}\quad +\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/ -On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autour des atomes décorés : -\exemple{Boîte englobante et macro \string\lewis}*\fboxsep0pt -\fbox{\lewis{0.2.4.6.,A}}\quad\fbox{\Lewis{0.2.4.6.,A}}\par\medskip -\fbox{\lewis{13,B}}\quad\fbox{\Lewis{13,B}}* +Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \falseverb{\chemskipalign} contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici «\verb-\chemskipalign.-» et «\verb-B-» : +\exemple{Conséquence de la commande \string\chemskipalign}/\large +\fboxsep=0pt +\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}} +\chemfig{A-\chemskipalign.B-C}/ -\label{setlewis}On peut régler plusieurs paramètres à l'aide des \chevrons{clés} suivantes : -\begin{itemize} - \item \CFkv{lewis | width}{dim} : est la largeur du rectangle représentant une lacune obtenue avec «|». Elle vaut \CFval{0.3ex} par défaut; - \item \CFkv{lewis sep}{dim}: est la distance entre la boîte englobant l'atome et la décoration. Elle vaut \CFval{0.4ex} par défaut; - \item \CFkv{lewis length}{dim} : est la longueur du trait représentant la paire d'électrons. Elle vaut \CFval{1.5ex} par défaut; - \item \CFkv{lewis style}{code tikz} : est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Ce code est \CFval{vide} par défaut; - \item \CFkv{lewis dist}{dim} : est la distance entre les deux disques dessinés avec «\string:». Cette distance vaut \CFval{0.3em} par défaut; - \item \CFkv{lewis radius}{dim} : est le rayon du disque d'une décoration de Lewis «.» ou «\string:». Il vaut \CFval{0.15ex} par défaut; - \item \CFkv{lewis diag coeff}{décimal} : est le coefficient d'espacement diagonal qui vaut \CFval{1} par défaut. -\end{itemize} +Cette fonctionnalité peut parfois s'avérer utile. Supposons que l'on veuille dessiner la molécule +\begin{center} + \catcode`;12 + \def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);}% + \def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}% + \chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}% +\end{center} +On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à -dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \falseverb{\chemskipalign}. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons «collent» aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère «\verb-#-»\, fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. +\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12 +\exemple{Use of \string\chemskipalign\ and #}/\def\emptydisk{\chemskipalign\tikz\draw(0,0)circle(2pt);} +\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);} +\chemfig{A-\emptydisk-\fulldisk-B}\par +\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B} +/\endgroup -Il faut noter que les paramètres spécifiques aux décorations de Lewis peuvent être passées par +\section{La macro \texttt{\char`\\charge}}\label{charge} +\subsection{Présentation} +La macro \verb|\charge|, qui requiert deux argument obligatoires, permet de disposer des éléments ---~que l'on appellera \chevrons{charges}~--- autour d'un \chevrons{atome}; sa syntaxe est la suivante +\begin{center} + \Verb|\charge{[<paramètres généraux>]<position>[<code tikz>]=<charge>}{<atome>}| +\end{center} +où: \begin{itemize} - \item \Verb|\setchemfig{<clés>=<valeurs>}| afin qu'ils perdurent pour la suite du document; - \item \Verb|\chemfig[<clés>=<valeurs>]| et dans ce cas, les réglages sont effectifs dans la molécule en cours; - \item \Verb|\lewis[<clés>=<valeurs>]| pour que les paramètres soient spécifiques à cette exécution de la macro \verb|\lewis|. + \item l'\chevrons{atome} est à priori constitué d'une ou deux lettres, mais peut également être vide; + \item la \chevrons{charge} est un contenu \emph{arbitraire} qui sera placé autour de l'\chevrons{atome}. Peu de contraintes existent sur cette \chevrons{charge}, il peut donc être du texte (en mode math si besoin), voire même du code \TIKZ ou une molécule dessinée avec \verb|\chemfig|; + \item les \chevrons{paramètres généraux>} (optionnels) sont une liste de \chevrons{clés}${}={}$\chevrons{valeurs} spécifiant les options que doit satisfaire cette exécution de la macro \verb|\charge|. Ces \chevrons{clés} et \chevrons{valeurs} sont décrites plus bas; + \item la \chevrons{position} est de la forme \chevrons{angle}\verb-:-\chevrons{décalage}, mais il est possible de ne spécifier que l'\chevrons{angle}, auquel cas, le \chevrons{décalage} sera pris égal à \verb|0pt|; + \item le \chevrons{code tikz}, optionnel, contient les options passées à la macro \verb|\node| de \TIKZ, chargée de placer la \chevrons{charge}. \end{itemize} -La dernière façon de faire, certes permet des réglages individuels, mais doit être utilisée avec précaution lorsque la macro \verb|\lewis| se trouve dans l'argument de \verb|\chemfig|. En effet, les signes \verb-=- des \Verb|<clés>=<valeurs>| ne doivent pas être interprétés comme double liaison et pour ce faire, la macro \verb|\lewis|, son argument optionnel et obligatoire \emph{doivent} être entre accolades: +\subsection{Paramètres} +Les \chevrons{clés}${}={}$\chevrons{valeurs} disponibles dans les \chevrons{paramètres généraux} sont: + +\begin{longtable}{rlp{8.5cm}}\hline + \chevrons{clés} & \chevrons{valeurs} par défaut & Description\\\hline\endhead + \Chargeparam{debug}& Booléen qui lorsque \CFval{true}, dessine les contours du nÅ“ud recevant l'\chevrons{atome} (en vert), de celui où sont placées les \chevrons{charges} (en bleu) et ceux recevant les \chevrons{charges} (en rouge).\\ + \Chargeparam{macro atom}&Macro qui prend comme argument l'\chevrons{atome}.\\ + \Chargeparam{circle}&Booléen qui lorsque \CFval{true}, met l'\chevrons{atome} dans un nÅ“ud circulaire; dans le cas contraire, le nÅ“ud est rectangulaire.\\ + \Chargeparam{macro charge}&Macro (\verb|\printatom| ou \verb|\ensuremath|, par exemple) qui prend comme argument chaque charge.\\ + \Chargeparam{extra sep}&Augmentation de la taille du nÅ“ud (cercle ou rectangle) pour la position des charges: c'est la valeur passée à la clé \CFkey{inner sep} de \TIKZ.\\ + \Chargeparam{overlay}&Booléen qui lorsque \CFval{true}, dessine les charges en «surimpression», c'est-à -dire hors de la boite englobante finale.\\ + \Chargeparam{shortcuts}&Booléen qui lorsque \CFval{true}, active les raccourcis «\verb|\.|», «\verb|\:|», «\verb-\|- et «\verb-\"-» pour tracer des formules de Lewis.\\ + \Chargeparam{lewisautorot}&Booléen qui lorsque \CFval{true}, effectue une rotation automatique de «\verb|\:|» et «\verb-\"-».\\ + \Chargeparam{.radius}&Rayon du point utilisé pour tracer «\verb|\.|» et «\verb|\:|»\\ + \Chargeparam{:sep}&Séparation entre les deux points de «\verb|\:|».\\ + \Chargeparam{.style}&Style \TIKZ utilisé pour tracer les points «\verb|\.|» et «\verb|\:|».\\ + \Chargeparam{"length}&Longueur du rectangle \verb-\"-. et de la ligne \verb-\|-\\ + \Chargeparam{"width}&Largeur du rectangle \verb-\"-.\\ + \Chargeparam{"style}&Style \TIKZ utilisé pour tracer le rectangle \verb-\"-.\\ + \Chargeparam{|style}&Style \TIKZ utilisé pour tracer la ligne \verb-\|-.\\\hline +\end{longtable} + +Il est possible de modifier certains de ces paramètres (ou tous) par l'exécution de la macro +\begin{center} + \Verb|\setcharge{<clés>=<valeurs>}| +\end{center} +et réinitialiser tous les paramètres à leurs valeurs par défaut avec +\begin{center} + \verb|\resetcharge| +\end{center} +La macro \verb|\charge| place les \chevrons{charges} hors de la boite englobante (sauf spécification contraire dans les \chevrons{paramètres}) alors que \verb|\Charge| les place \emph{dans} la boite englobante. +\medbreak + +L'\chevrons{angle} est l'endroit sur la frontière du nÅ“ud où sera placée la \chevrons{charge}. Cet \chevrons{angle} peut-être exprimé en degrés ou bien être un ancre de frontière au sens de \TIKZ, comme «\verb|south east|». Le \chevrons{décalage} est une dimension au sens de \TeX{} et représente une longueur additionnelle entre la frontière du nÅ“ud contenant l'\chevrons{atome} et l'endroit où est placé la \chevrons{charge}. Sauf indication contraire dans le \chevrons{code tikz}, le placement concerne le \emph{centre} du nÅ“ud contenant la charge. +\medbreak + +Dans les deux exemples qui suivent, \CFkey{debug} sera mise à \CFval{true} afin de mieux percevoir les changements induits par la modification des paramètres. De plus, la macro \verb|\Charge| sera utilisée afin que les boites englobantes tiennent compte des charges. On voit ici l'influence de la forme du nÅ“ud sur le placement des charges: +\exemple{Exemple générique}|\setcharge{debug} +Défaut puis cercle : +\Charge{30=\:,120=$\ominus$,210=$\delta^+$}{Fe}\qquad +\Charge{[circle]30=\:,120=$\ominus$,210=$\delta^+$}{Fe}| -\exemple*{Argument optionnel de \string\lewis}/\chemfig{{\lewis[lewis style=red]{1:3:5:7:,X}}-{\lewis[lewis style=blue]{0:2:4:6:,Y}}}/ +Pour éloigner les charges $\ominus$ et $\delta^+$, on peut jouer sur le \chevrons{décalage} ou mieux, sur l'ancre d'attache : l'\chevrons{angle} où est placé la \chevrons{charge} est stocké dans la macro \verb|chargeangle|; il est donc judicieux de choisir l'ancre d'attache égal à \verb|180+\chargeangle|. Il est également possible de spécifier un nÅ“ud circulaire pour y placer la \chevrons{charge}. -Voici quelques exemple de personnalisation: +\exemple{Position fine}|\setcharge{debug} +\Charge{30=\:,120:3pt=$\ominus$,210:5pt=$\delta^+$}{Fe}\qquad +\Charge{[circle]30=\:, + 120[circle,anchor=180+\chargeangle]=$\ominus$, + 210[anchor=180+\chargeangle]=$\delta^+$}{Fe}| -\exemple{Les paramètres de la macro \string\lewis}*\setchemfig{lewis sep=4pt,lewis length=1.5em,lewis style=red} -\chemfig{A-\lewis{26,B}-C}\bigbreak +Il est important de noter que les nÅ“uds circulaires ont des encombrements \emph{parfois très différents} des nÅ“uds «classiques» rectangulaires, notamment en ce qui concerne l'étendue horizontale et verticale. Il convient donc de rendre \CFval{true} la clé booléenne \CFkey{circle} en connaissance de cause. -\chemfig[lewis style={line width=0.4pt}]{A-\lewis{2|,B}-C}\bigbreak +\exemple{NÅ“uds circulaires}/\chemfig{\charge{90=\.}{N}H_3} : nÅ“ud rectangulaire\smallbreak +\chemfig{\charge{[circle]90=\.}{N}H_3} : nÅ“ud circulaire/ -\Lewis{1:3:5:7:,X}\qquad\Lewis{0:2:4:6:,X}\bigbreak +\subsection{Formules de Lewis} +Lorsque le booléen \CFkey{shortcut} est \CFval{true}, les raccourcis «\verb|\.|», «\verb|\:|», «\verb-\|- et «\verb-\"-» sont disponibles pour tracer les formules de Lewis respectives {\setcharge{extra sep=0pt}«\Charge{0=\.}{\vphantom{A}}», «\Charge{0=\:}{\vphantom{A}}», «\Charge{0=\|}{\vphantom{A}}» et «\Charge{0=\"}{\vphantom{A}}»}. On peut à tout moment les désactiver avec la macro \verb|\disableshortcuts| et les ré-activer avec \verb|\enableshortcuts|. -\Lewis[lewis dist=0.2em]{1:3:5:7:,X}\qquad -\Lewis[lewis dist=0.2em]{0:2:4:6:,X}\bigbreak +Lorsque le booléen \CFkey{shortcut} est \CFval{false} ou que les raccourcis ont été désactivés avec \verb|\disableshortcuts|, «\verb|\.|», «\verb|\:|», «\verb-\|- et «\verb-\"-» ne sont plus programmés pour tracer les formules de Lewis et il faut alors leur substituer les macros \verb|\chargedot|, \verb|\chargeddot|, \verb|\chargeline| et \verb|\chargerect|. +\medbreak -\Lewis[lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt]{1:3:5:7:,X}\qquad -\Lewis[lewis dist=4pt,lewis radius=1.5pt]{0:2:4:6:,X}* +La clé \CFkey{lewisautorot}, qui est \CFval{true} par défaut agit sur {\setcharge{extra sep=0pt}«\Charge{0=\:}{\vphantom{A}}», «\Charge{0=\|}{\vphantom{A}}» et «\Charge{0=\"}{\vphantom{A}}»} et les tourne de telle sorte que leur axe longitudinal soit perpendiculaire au vecteur d'inclinaison \chevrons{angle} avec l'horizontale. -Un problème concernant les décorations de Lewis dans les directions obliques peut parfois survenir. Pour l'atome «O» dans l'exemple ci-dessous, il semble que la décoration en position 1 soit plus éloignée de l'atome que celle en position 4 : -\exemple{Directions obliques}/\huge -\Lewis{1|4|,O}/ -Or, il n'en en rien comme on peut le voir en traçant la boîte englobante de l'atome : -\exemple{Illusion d'optique}/\huge -\fboxsep0pt -\def\printatom#1{\fbox{$\mathrm{#1}$}} -\Lewis{1|4|,O}/ -\label{opt.lewis}L'impression de plus grand éloignement est dû au fait que les contours de la lettre «O» sont plus éloignés de ceux de la boîte englobante dans les coins, c'est-à -dire dans les directions impaires. +\exemple{Autorot}/\Charge{60=\:,150=\"}{A} et +\Charge{[lewisautorot=false]60=\:,150=\"}{A}/ -Pour rapprocher (ou éloigner) les décorations de Lewis dans les directions impaires, la \chevrons{clé} \CFkv{lewis diag coeff}{decimal} spécifie le coefficient qui vient multiplier le décalage entre la boite englobante et la décoration de Lewis. Pour la lettre «O», il semble que la valeur 0.5 soit satisfaisante pour ce coefficient : -\exemple*{Argument optionnel de \string\lewis}/\huge -\Lewis{1|4|,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=0.5]{1|4|,O} +Les macros \verb|\lewis| et \verb|\Lewis| sont encore fonctionnelles, mais ne sont plus maintenues ni documentées et \textcolor{red}{\bfseries seront retirées dans une future version}; il est donc conseillé de leur préférer les macros \verb|\charge| et \verb|\Charge| qui donnent des résultats comparables comme on le voit ci-dessous, tout en étant bien plus puissantes et configurables: -\Lewis{0:5:,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=2]{0:5:,O}\quad \Lewis[lewis diag coeff=0.5]{0:5:,O}/ +\exemple{Comparaison avec \string\Lewis}/\Lewis{1:3.5|,X}\quad\Lewis{0:2.3|,X}\qquad(avec \string\Lewis)\par +\Charge{45=\:,135=\.,225=\"}{X}\quad\Charge{0=\:,90=\.,135=\"}{X}% +\qquad(avec \string\Charge)/ -\subsection{Empilement de caractères} +La personnalisation des formules de Lewis s'effectue via la macro \verb|\setcharge| ou par l'intermédiaire de l'argument optionnel de \verb|\charge| en agissant sur les clés \CFkey{.radius}, \CFkey{:sep}, \CFkey{.style}, \CFkey{|style}, \CFkey{"length}, \CFkey{"width} et \CFkey{"style}. Il est également possible de modifier ces clés pour chaque formule avec leur argument optionnel qui reçoit une liste de \chevrons{clés}${}={}$\chevrons{valeurs}. + +\exemple{Personnalisation}/\Charge{[.radius=1.5pt,.style={draw=gray}] + 45 =\.[{.style={draw=none,fill=red}}], + 135 =\.[{.style={draw=none,fill=blue}}], + -45 =\.[{.style={draw=none,fill=green}}], + -135=\.}{A}\quad +\Charge{ + 45 =\"[{"style={draw=red,fill=gray}}], + 135=\"[{"width=3pt,"style={line width=.8pt,draw=blue,fill=cyan}}]}{A}/ + +\subsection{Intégration dans \CF} +Une macro \verb|\charge| peut tenir lieu d'atome, tout comme c'était le cas avec \verb|\lewis|. + +\exemple{Charge dans \CF}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H} +\qquad +\chemfig{H-\charge{45:1.5pt=$\scriptstyle+$,-45=\|,-135=\"}{O}(-[2]H)-H}* + +Cependant, \CF a été modifié pour que les liaisons soient \emph{jointives} lorsque l'encombrement d'un atome est nul, c'est-à -dire si sa largeur, hauteur et profondeur sont toutes nulles. Ce n'était le cas auparavant que si l'atome était vide. Cette nouvelle fonctionnalité permet de placer facilement des charges dans des chaines. + +\exemple{Charge dans chaine}/\chemfig{[:30]-\charge{90=\:}{} +-[:-30]\charge{-90=\"}{}-\charge{90:2pt=$\delta^+$}{}-[:-30]}/ + +\section{Empilement de caractères} Les macros\label{chemabove} \begin{center} \Verb|\chemabove[<dim>]{<code>}{<matériel>}| @@ -1298,11 +1373,18 @@ Ces commandes sont indépendantes de la macro \verb-\chemfig- et peuvent aussi b On peut les utiliser notamment dans les cycles en prenant soin de mettre des accolades autour des lettres A, B, C et D pour éviter que \CF ne stoppe la lecture de l'atome sur ces lettres : \exemple{Superposition dans les cycles}|\chemfig{*5(-\chembelow{A}{B}--\chemabove{C}{D}--)}| -Elles sont parfois utiles pour placer des pseudo exposants tenant lieu de charge qui ne changent pas la boîte englobante de l'atome, de façon à ce que les liaisons n'en soient pas trop éloignées : -\exemple{ion oxonium}*\chemfig{H-\chemabove{\lewis{5|7,O}}{\quad\scriptstyle+}(-[2]H)-H}* - Les commandes \falseverb{\Chemabove} et \falseverb{\Chembelow} fonctionnent de la même façon sauf que la boîte englobante \emph{tient compte} du \Verb-<matériel>- placé au dessus ou au dessous. +Quelle différence y a-t-il entre \verb|\chemabove| et \verb|\charge| lorsqu'il s'agit de placer un contenu au-dessus ou au-dessous d'un autre? +\exemple{\string\chemabove\space ou \string\charge}/\chemfig{*5(----\chemabove{A}{\oplus}-)} +\chemfig{*5(----\charge{90[anchor=-90]=$\oplus$}{A}-)}/ + +Par défaut, les deux macros donnent des résultats très proches. Des différences quant à leur utilisation existent cependant: +\begin{itemize} + \item \verb|\chemabove| et \verb|\chemabelow| ne peuvent être utilisées que dans l'argument de \verb|\chemfig|, ce qui n'est pas le cas de \verb|\charge|; + \item la macro \verb|\charge| requiert l'extension \TIKZ alors que \verb|\chemabove| et \verb|\chemabelow| sont codées avec des primitives de bas niveau de \TeX{} et sont donc \emph{rapides} et indépendantes de toute extension. +\end{itemize} + \section{Utilisation de {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} dans l'environnement \protect\ttfamily tikzpicture} Il est possible d'appeler la commande \falseverb{\chemfig} à l'intérieur d'un environnement {\ttfamily\falseverb{tikzpicture}} : \exemple{\textbackslash chemfig dans tikzpicture}|\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}] @@ -1313,23 +1395,6 @@ Il est possible d'appeler la commande \falseverb{\chemfig} à l'intérieur d'un \node[draw,red,anchor=base] at(3,2){\chemfig{X>[2,,,,blue]Y}}; \end{tikzpicture}| -\section{Au delà de la chimie}\label{style.noeuds} -Intrinsèquement, \CF est un outil pour tracer des graphes, et cet outil a été programmé pour qu'il soit adapté à la chimie. Dans une certaine mesure, il est possible de détourner \CF de son usage premier pour tracer des organigrammes ou autres schémas se ramenant à des graphes. - -Chaque atome est contenu dans un nÅ“ud de \TIKZ. Par défaut, ces nÅ“uds ont un «inner sep» et un «outer sep» égal à 0pt. Ils sont rectangulaires comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Ces valeurs par défaut peuvent être écrasées avec la \chevrons{clé} \CFkey{node style} dont l'argument est passé à \TIKZ et spécifie le style des nÅ“uds contenant les atomes. - -Dans cet exemple, on spécifie simplement «draw,inner sep=2pt» ce qui a pour effet de tracer le contour des nÅ“uds et espacer de 2pt leur contour de leur contenu. On spécifie également \CFkv{bond offset}{0pt} pour que les liaisons touchent les frontières des nÅ“uds. L'espace interatome est allongé à 75pt. Enfin, la commande \falseverb{\printatom} est réduite à sa plus simple expression de façon à ne plus se placer en mode mathématique pour afficher les atomes et donc tenir compte des espaces : -\exemple*{Un organigramme}/\setchemfig{node style={draw,inner sep=2pt},bond offset=0pt,atom sep=75pt} -\renewcommand\printatom[1]{#1} -\chemfig{Le chef-[6]Moi(-[4]Eux(-[6]Les autres)(-[7,2]Groupe 1))-Toi(-[:-120,0.5]Lui)(-[:-60,0.5]Elle)}/ - -Voici un autre organigramme où les nÅ“uds sont circulaires et colorés en bleu cyan : -\exemple*{Schéma de famille}/\setchemfig{bond offset=0pt,atom sep=80pt,node style={draw,circle,fill=cyan,minimum size=25pt}} -\renewcommand\printatom[1]{\textsf{#1}} -\chemfig{Moi(-[:-50,1.2]Frère)(-[:-10]Frère(-[:15]Nièce)(-[:-35]Nièce)) -(-[:-155,0.8]SÅ“ur-[:-80]Neveu)(-[:95,1.25]Père(-[:-25,0.8]Oncle)(-[:-65,0.8]Tante)) -(-[:135]Mère-[:-95,0.5]Oncle)}/ - \section{Exemples commentés}\label{exemples.commentes} Dans ce chapitre, plusieurs molécules seront dessinées en mettant en Å“uvre les méthodes précédemment exposées. Le but recherché ici est de montrer dans quel ordre logique peut se construire une molécule de façon à ce que l'utilisateur peu familier avec \CF acquière une méthode pour construire des molécules complexes. Pour l'y aider, les étapes de la construction seront montrées. @@ -1511,15 +1576,13 @@ Ajouter une \falseverb{charge} sous forme d'exposant mathématique à un atome i \exemple{Charge et liaison}/\chemfig{A^+-[2]B} \qquad \chemfig{A\rlap{${}^+$}-[2]B}/ -Si l'on veut utiliser la commande \verb-\oplus- qui affiche «$\oplus$», on peut trouver que la charge est trop basse : $\mathrm{A^\oplus}$. Dans ce cas, pourquoi ne pas se servir de \falseverb{\chemabove} pour placer aussi précisément que l'on veut, aussi bien verticalement qu'horizontalement la charge : -\exemple{Charge et \string\chemabove}/\chemfig{\chemabove[0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}-[2]B} -\qquad -\chemfig{{\chemabove[-0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}}-[2]B}/ -On remarque un niveau d'accolades supplémentaire pour la seconde molécule. En effet, comme on spécifie «\verb/-0.5pt/» pour l'argument optionnel de \falseverb{\chemabove} pour descendre la charge, il faut éviter que \CF ne comprenne ce signe «\verb/-/» comme une liaison simple. -Pour ajouter une charge près du sommet d'un cycle, la meilleure méthode est de créer une liaison invisible qui parte de ce sommet, ce qu'on fait ici avec \falseverb\definesubmol{} avec une liaison ayant un coefficient de longueur égal à 0.2 : -\exemple{Charges et cycles}/\definesubmol\nobond{-[,0.2,,,draw=none]} -\chemfig{*5(---(!\nobond\scriptstyle\oplus)-(!\nobond\scriptstyle{-})-)}/ +La macro \verb|\charge| permet d'effectuer cette tâche de façon simple et précise. +\exemple{Placement de charges}/\chemfig{\charge{[extra sep=0pt]45[anchor=180+\chargeangle]=% +$\scriptstyle\oplus$}{A}-[2]B} +\qquad +\chemfig{*5(---\charge{90:2pt=$\scriptstyle\oplus$}{}-% +\charge{135:2pt=$\scriptstyle-$}{}-)}/ \subsection{Dessiner une liaison courbe} Nous avons déjà vu qu'avec la librairie «\verb-decorations.pathmorphing-» de \TIKZ, on peut dessiner une liaison ondulée : @@ -1647,39 +1710,6 @@ Molécule d'eau pivotée de +30\textdegree : \chemfig{[:30]@1H-[::37.775,2]@2O-[ \namebond23{\footnotesize0,9584 \angstrom} \arclabel{0.5cm}{1}{2}{3}{\footnotesize104,45\textdegree}| -\subsection{Schéma de Lewis à l'angle près} -Pour quelques cas très particuliers, il est parfois nécessaire de positionner des schémas de Lewis au degrés près et non plus à des multiples de 45 degrés. - -Pour cela, il est relativement facile d'écrire une macro \verb-\mylewis-, admettant un argument optionnel (la longueur du doublet) qui vaut ici 2ex et deux arguments obligatoires; le premier étant le nom de l'atome et le second étant la liste des angles séparés par des virgules. - -L'astuce consiste à créer un n\oe ud invisible circulaire qui contient l'atome et tracer les doublets aux angles désirés de façon à ce qu'ils soient tangents à ce cercle : - -\exemple*{Doublets au degrés prés}|\catcode`\_11 -\newcommand\mylewis[3][2ex]{% #1=longueur, #2=atome #3=liste des angles - \tikzpicture[baseline,anchor=base]% - \node[inner sep=0pt,outer sep=1pt,circle,overlay](atom@@)at(0,0){\phantom{#2}};% - \node[inner sep=0pt,outer sep=0pt]at(0,0){#2};% - \def\list_angle{#3,}% - \loop - \expandafter\grab_angle\list_angle\_nil - \pgfextractx\CF_dim{\pgfpointanchor{atom@@}\current_angle}\edef\CF_dimax{\the\CF_dim}% - \pgfextracty\CF_dim{\pgfpointanchor{atom@@}\current_angle}\edef\CF_dimay{\the\CF_dim}% - \pgfmathparse{#1*sin(\current_angle)/2}\let\offset_xx\pgfmathresult - \pgfmathparse{#1*cos(\current_angle)/2}\let\offset_yy\pgfmathresult - \draw[line width=.4pt,overlay] - (\CF_dimax-\offset_xx,\CF_dimay+\offset_yy)--(\CF_dimax+\offset_xx,\CF_dimay-\offset_yy);% - \unless\ifx\empty\list_angle - \repeat - \endtikzpicture -} -\def\grab_angle#1,#2\_nil{\def\current_angle{#1}\def\list_angle{#2}} -\catcode`\_8 -Essai : \mylewis{Cl}{15}\qquad \mylewis[3ex]{Cl}{-60}\qquad \mylewis[1.5ex]{Cl}{60,120,240,300} -\bigskip - -\chemfig{P(-[:72]\mylewis{Cl}{-18,72,162})(-[:-72]Cl) -(-[:144]Cl)(-[:-144]Cl)-\mylewis{Cl}{0,90,-90}}| - \subsection{Dessiner des liaisons multiples} Là encore, la librairie «decorations.markings» permet de tracer des liaisons multiples : @@ -2369,28 +2399,28 @@ Il peut arriver que l'alignement du signe «+» avec les molécules qui précèd \schemestart \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} \+ - \chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}} + \chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}} \schemestop/ -Ce qui se passe est que le signe «+» est sur la même ligne de base que le composé qui précède, et cette ligne de base est celle de l'atome «C» du haut. On pourrait bien sûr décaler le signe «+» mais cela ne changerait pas la position verticale de «\kern0.3333em\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}\kern0.3333em». En fait, le signe «+» ne stoppe pas la lecture d'un composé pour \CF ce que l'on constate dans l'exemple ci-dessus où tout est englobé dans le composé «c1». On va donc être obligé de stopper le composé après la première molécule avec un \verb-\arrow{0}[,0]- qui produira une flèche invisible de longueur nulle. Pour centrer verticalement le tout, on va également préciser que l'ancre du premier composé doit être «west» (ou «180» qui est un synonyme) avec le deuxième argument optionnel de la commande \verb-\schemestart- : +Ce qui se passe est que le signe «+» est sur la même ligne de base que le composé qui précède, et cette ligne de base est celle de l'atome «C» du haut. On pourrait bien sûr décaler le signe «+» mais cela ne changerait pas la position verticale de «\kern0.3333em\chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}}\kern0.3333em». En fait, le signe «+» ne stoppe pas la lecture d'un composé pour \CF ce que l'on constate dans l'exemple ci-dessus où tout est englobé dans le composé «c1». On va donc être obligé de stopper le composé après la première molécule avec un \verb-\arrow{0}[,0]- qui produira une flèche invisible de longueur nulle. Pour centrer verticalement le tout, on va également préciser que l'ancre du premier composé doit être «west» (ou «180» qui est un synonyme) avec le deuxième argument optionnel de la commande \verb-\schemestart- : \exemple{Alignement du signe +}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart[][west] \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} \arrow{0}[,0]\+ - \chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}} + \chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}} \schemestop/ De cette façon, le premier composé «c1» est la première molécule et le second composé est le reste, c'est-à -dire le signe «+» et la seconde molécule. On aurait pû jouer sur les ancres ou les styles via la commande \verb-\arrow- pour placer le second composé à un autre endroit. Ici, par exemple on décale le second composé de 10pt vers le bas dans le premier cas et on fait coïncider l'ancre «south east» du premier composé avec l'ancre «south west» du second dans le deuxième cas : \exemple{Alignement du signe +}/\setchemfig{scheme debug=true} \schemestart[][west] \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} \arrow(--[yshift=-10pt]){0}[,0]\+ - \chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}} + \chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}} \schemestop \medskip \schemestart[][west] \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} \arrow(.south east--.south west){0}[,0]\+ - \chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}} + \chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{0=\|,90=\|,-90=\|}{Br}} \schemestop/ \newpage @@ -2416,12 +2446,12 @@ Les commandes créées par \CF sont : \item \CFkv{angle increment} {45}: incrément de l'angle des liaisons \item \CFkv{node style} {{}}: style des atomes \item \CFkv{bond style} {{}}: style des liaisons - \item \CFkv{lewis | width} {0.3ex}: largeur du rectangle pour la décoration | de Lewis - \item \CFkv{lewis sep} {0.4ex}: espacement entre l'atome et les décorations de Lewis - \item \CFkv{lewis length} {1.5ex}: longueur des décorations de Lewis - \item \CFkv{lewis style} {{}}: style des décorations de Lewis - \item \CFkv{lewis dist} {0.3em}: espacement entre les disques pour la décoration «\string:» - \item \CFkv{lewis radius} {0.15ex}: rayon des disques des décorations de Lewis + \item \CFkv{lewis | width} {0.3ex}: largeur du rectangle pour la formules | de Lewis + \item \CFkv{lewis sep} {0.4ex}: espacement entre l'atome et les formule de Lewis + \item \CFkv{lewis length} {1.5ex}: longueur des formule de Lewis + \item \CFkv{lewis style} {{}}: style des formules de Lewis + \item \CFkv{lewis dist} {0.3em}: espacement entre les disques pour la formule «\string:» + \item \CFkv{lewis radius} {0.15ex}: rayon des disques des formules de Lewis \item \CFkv{lewis diag coeff} {1}: coefficient multiplicatif de la distance dans les directions impaires \item \CFkv{cycle radius coeff} {0.75}: coefficient du cercle ou de l'arc de cercle tracé dans les cycles \item \CFkv{stack sep} {1.5pt}: espacement vertical pour les arguments des macros \verb-\chemabove- et \verb-\chembelow- @@ -2449,8 +2479,8 @@ Les commandes créées par \CF sont : \falseverb\chemskipalign & Ignore le groupe d'atomes en cours pour le mécanisme d'alignement vertical. Voir page~\pageref{chemskipalign}.\\ \Verb-\redefinesubmol{<nom>}<n>[<code1>]{<code2>}-& remplace l'alias déjà existant \Verb-!<nom>- par le nouveau \Verb-<code>-. Voir page~\pageref{redefinesubmol}\\[2ex]\hline &\\ -\Verb-\lewis[<paramètres>]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\Verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \Verb-<code>-. Les décorations dessinées ne modifient pas la boîte englobante de l'\Verb-<atome>-. Voir page~\pageref{lewis}\\ -\Verb-\Lewis[<paramètres>]{<codes>,<atome>}-& affiche l'\Verb-<atome>- et positionne les décorations de Lewis selon ce qui est spécifié dans le \Verb-<code>-. Voir page~\pageref{Lewis}\\ +\Verb-\charge{[<paramètres>]<pos>[<tikz>]}{<atome>}-& affiche l'\Verb-<atome>- et positionne les charges selon leurs \Verb-<positions>-. Les charges dessinées sont hors de la boîte englobante de l'\Verb-<atome>-. Voir page~\pageref{charge}\\ +\Verb-\Charge{[<paramètres>]<pos>[<tikz>]}{<atome>}-& Identique à \verb|\charge|, mais les charges sont comptabilisées dans la boite englobante.\\ \Verb-\chemmove[<options tikz>]<code tikz>-& Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \Verb-<options tikz>-, et relie avec le \Verb-<code tikz>- les nÅ“uds posés dans les molécules à l'aide du caractère «\verb-@-». Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline &\\ \Verb-\chemabove[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \Verb-<txt1>- et positionne le \Verb-<txt2>- au dessus en laissant \Verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \Verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\ @@ -2559,11 +2589,28 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Codéïne}/\chemfig{[:-30]**6(-(-OH)-?-*6(-(-[3]-[2,2]-[0,.5])*6(-(<:[:-150,1.155]O?) -(<:OH)-=-)-(<:[1]H)-(-[2]NCH_3)--)---)}/ -\exemple*{Colorant(rouge)}/\chemfig{**6(--*6(-(-NO_2)=-(-\lewis{26,O}-[0]H)=(-\lewis{4,N}=[0]\lewis{2,N}-[0]Ar)-)----)}/ +\exemple*{Colorant(rouge)}/\chemfig{**6(--*6(-(-NO_2)=-(-\charge{90=\|,-90=\|}{O}-[0]H)=(-\charge{180=\|}{N}=[0]\charge{90=\|}{N}-[0]Ar)-)----)}/ -\exemple*{Menthone}/\chemfig{CH_3-?(-[2]H)(-[::-30,2]-[::+60](=[1]\lewis{20,O}) +\exemple*{Menthone}/\chemfig{CH_3-?(-[2]H)(-[::-30,2]-[::+60](=[1]\charge{0=\|,90=\|}{O}) -[::-150,1.5](-[:20]CH(-[1]CH_3)(-[7]CH_3))(-[6]H)-[::-90,2]-[::+60]?)}/ +\exemple*{Fullerène}/\definesubmol\fragment1{ + (-[:#1,0.85,,,draw=none] + -[::126]-[::-54](=_#(2pt,2pt)[::180]) + -[::-70](-[::-56.2,1.07]=^#(2pt,2pt)[::180,1.07]) + -[::110,0.6](-[::-148,0.60](=^[::180,0.35])-[::-18,1.1]) + -[::50,1.1](-[::18,0.60]=_[::180,0.35]) + -[::50,0.6] + -[::110]) +} +\chemfig{ + !\fragment{18} + !\fragment{90} + !\fragment{162} + !\fragment{234} + !\fragment{306} +}/% https://tex.stackexchange.com/questions/506293/how-to-draw-a-fullerene + \exemple*{Synthèse de Fischer de l'indole}/\schemestart \chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)} \+ @@ -2572,29 +2619,28 @@ $\star\quad\star$ \chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)} \schemestop/ -\exemple*{Mécanisme réactionnel : groupement carbonyle}/ -\schemestart - \chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}} +\exemple*{Mécanisme réactionnel : groupement carbonyle}/\schemestart + \chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\charge{0=\|,-90=\|}{O}} \arrow(.mid east--.mid west){<->} - \chemfig{\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}([3]-)([5]-)-\chemabove - {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}} + \chemfig{\charge{90:3pt=$\scriptstyle\oplus$}{C}([3]-)([5]-)-% + \charge{0=\|,90=\|,-90=\|,45:3pt=$\scriptstyle\ominus$}{O}} \schemestop \chemmove{\draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/ \exemple*{Mécanismes réactionnels : dérivés nitrés}/\schemestart - \chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2} - \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})} + \chemfig{R-\charge{225:3pt=$\scriptstyle\oplus$}{N}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2} + \charge{45=\|,-45=\|,-135=\|,45:5pt=$\scriptstyle\ominus$}{O})} \arrow(.mid east--.mid west){<->} - \chemfig{R-\chemabove{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]-\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})([7]=O)} + \chemfig{R-\charge{135:3pt=$\scriptstyle\oplus$}{N}([1]-\charge{90:3pt=$\scriptstyle\ominus$}{O})([7]=O)} \schemestop \chemmove{ - \draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:5mm)..(atoo1); + \draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:7mm)..(atoo1); \draw[shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb); }/ \exemple*{Addition nucléophile. Amines primaires}/\setchemfig{atom sep=2.5em,compound sep=5em} \schemestart - \chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2} + \chemfig{R-@{aton}\charge{90=\|}{N}H_2} \+ \chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O} \chemfig{@{atoo2}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}} @@ -2610,7 +2656,7 @@ $\star\quad\star$ \par \schemestart \arrow{<=>} - \chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo} + \chemfig{R-@{aton}\charge{90=\|}{N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo} \chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[1]H)(-[7]H)} \chemmove[-stealth,shorten <=3pt,shorten >=2pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{ \draw(aton) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(sb); @@ -2662,11 +2708,11 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Mécanismes réactionnels de la chloration}/\scriptsize\setchemfig{bond offset=1pt,atom sep=2em,compound sep=4em} \schemestart \chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}\arrow - \chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)} + \chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\charge{-90=\.}{O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)} \arrow\chemfig{*6((-O-[:150](=[2]O)-[:-150](=[6]O)-[:150]Cl)=-=-=-)}\+\chemfig{HCl} \arrow(@c1--){0}[-90,0.5] \chemfig{*6(-=*6(-O-*6(-@{o2}(=[@{o3}]@{o4}O)-Cl)=)-=-=)}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh2}OH)-=)}\arrow - \chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\lewis{6.,O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)} + \chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\charge{-90=\.}{O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)} \kern-3em \arrow\chemfig{[:30]*6(=-(-O-[:-60](=O)-[:-120](=[4]O)-[:-60]O-*6(=-=-=-))=-=-)} \kern-3em \+\chemfig{HCl} \schemestop @@ -2718,8 +2764,8 @@ $\star\quad\star$ \chemleft[\subscheme[90]{% \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R} \arrow{<->}[,0.75] - \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}\chemright] - \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]}[,1.1] + \chemfig{R'-\charge{90=\:}{N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}\chemright] + \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\charge{0=\:,90=\:}{O}}]}[,1.1] \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);} \arrow(@c1--){0}[-90,0.333] @@ -2770,21 +2816,21 @@ $\star\quad\star$ \exemple*{Addition électrophile d'halogène sur l'oléfine}/\schemestart \subscheme{% \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]} - \arrow{0}[,0]\+\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}} + \arrow{0}[,0]\+\chemfig{\charge{90=\|,180=\|,270=\|}{Br}-\charge{90=\|,0=\|,270=\|}{Br}}} \arrow(@c1--olefin){<=>[*{0}rapide]}[-90] \chemfig{>[:-20]C(<[:40])=[@{db}6]C(<[:-130])<[:-20]} \arrow(--bromonium){0}[-90] - \chemname{\chemfig{C*3((<)(<:[:-155])-\raise1.5pt\llap{$\scriptstyle\oplus$}\lewis{17,Br}-C(<:)(<[:155])-)}} + \chemname{\chemfig{C*3((<)(<:[:-155])-\charge{45=\|,-45=\|,180:3pt=$\scriptstyle\oplus$}{Br}-C(<:)(<[:155])-)}} {bromonium ion} \arrow(--carbeniumA){<<->}[,1.5] \chemname{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<:[:-150])(<[:-100])-[:-30] - \lewis{157,Br}}}{Xarbenium ion} + \charge{45=\|,-45=\|,225=\|}{Br}}}{Xarbenium ion} \arrow(@bromonium--carbeniumB){<<->}[180,1.5] \chemname{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<[:-150]) - (<:[:-100])-[:-30]\lewis{137,Br}}}{carbenium ion} + (<:[:-100])-[:-30]\charge{45=\|,-45=\|,135=\|}{Br}}}{carbenium ion} \arrow(@olefin--){0}[,.25] - \chemfig{@{Br1}\chemabove[3pt]{\lewis{246,Br}}{\scriptstyle\delta\oplus}-[@{b2}]@{Br2} - \chemabove[3pt]{\lewis{026,Br}}{\scriptstyle\delta\ominus}} + \chemfig{@{Br1}\charge{90=\|,180=\|,270=\|,90:5pt=$\scriptstyle\delta\oplus$}{Br}-[@{b2}]@{Br2} + \charge{90=\|,0=\|,270=\|,90:5pt=$\scriptstyle\delta\ominus$}{Br}} \arrow(@olefin--[left]){0}[180,0] $\pi$ complexe \arrow(@carbeniumA--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]} @@ -2816,8 +2862,8 @@ $\star\quad\star$ \hspace{10em} \tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attaques\\nucléophiles}};\par \vspace{2ex}\hspace{15em} - \chemfig{R^2-(-[:-60]@{m3}H)-[:60]@{m0}(-[:120]R^1)(-[1,0.25,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta+) - =[@{m1}]@{m2}\lewis{1:7:,O}-[1,0.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta{-}} + \chemfig{R^2-(-[:-60]@{m3}H)-[:60]@{m0}\charge{45:5pt=$\scriptstyle\color{red}\delta+$}{}(-[:120]R^1) + =[@{m1}]@{m2}\charge {45=\:,-45=\:,45:7pt=$\scriptstyle\color{red}\delta-$}{O}} \hspace{5em} \chemname[-15ex]{}{\tikz[remember picture]\node(n1){};Réactions d'addition}\kern1em \chemname{}{\tikz[remember picture]\node(n2){};Propriétés basiques}\par diff --git a/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.tex b/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.tex index 046428adc65..10e9b1224ec 100644 --- a/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.tex +++ b/Master/texmf-dist/tex/generic/chemfig/chemfig.tex @@ -4,9 +4,9 @@ %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% % % \def\CFname {chemfig} % -\def\CFver {1.41} % +\def\CFver {1.5} % % % -\def\CFdate {2019/05/21} % +\def\CFdate {2020/03/05} % % % %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% % @@ -17,7 +17,7 @@ % Package URL: https://www.ctan.org/pkg/chemfig | % Bug tracker: https://framagit.org/unbonpetit/chemfig/issues | % Repository : https://framagit.org/unbonpetit/chemfig/tree/master | -% Copyright : Christian Tellechea 2010-2019 | +% Copyright : Christian Tellechea 2010-2020 | % Licence : Released under the LaTeX Project Public License v1.3c | % or later, see http://www.latex-project.org/lppl.txt | % Files : 1) chemfig.tex | @@ -53,6 +53,7 @@ %-------------------- Vérification des prérequis --------------------- \def\CF_error#1{\errmessage{Package \CFname\space Error: #1.}} +\def\CF_warning#1{\immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: #1^^J}} \def\CF_checkprimitive#1#2#3{% Vérifie que #1 est une primitive et sinon, émet le message #2 et exécute #3 \begingroup \edef\__tempa{\meaning#1}\edef\__tempb{\string#1}\expandafter @@ -104,6 +105,8 @@ \newbox\CF_boxlewis \newbox\CF_box \newbox\CF_boxstuff +\newbox\CF_testbox +\newbox\CF_chargebox \newtoks\CF_substtoks @@ -124,6 +127,11 @@ \def\CF_ifx#1#2{\ifx#1#2\expandafter\CF_execfirst\else\expandafter\CF_execsecond\fi} \def\CF_ifempty#1{\ifx\empty#1\empty\expandafter\CF_execfirst\else\expandafter\CF_execsecond\fi} \def\CF_ifnum#1{\ifnum#1\expandafter\CF_execfirst\else\expandafter\CF_execsecond\fi} +\def\CF_ifinsidetikz{\ifdefined\pgfpictureid\expandafter\CF_execfirst\else\expandafter\CF_execsecond\fi} +\def\CF_ifzerodim#1{% + \setbox\CF_testbox\hbox{\printatom{#1}}% + \CF_ifnum{1\ifdim\wd\CF_testbox=\CF_zero0\fi\ifdim\ht\CF_testbox=\CF_zero0\fi\ifdim\dp\CF_testbox=\CF_zero0\fi=1000 } +} \def\CF_doifempty#1{\ifx\empty#1\empty\expandafter\CF_id\else\expandafter\CF_gobarg\fi} \def\CF_doifnotempty#1{\ifx\empty#1\empty\expandafter\CF_gobarg\else\expandafter\CF_id\fi} \def\CF_gobtonil#1\_nil{} @@ -167,7 +175,6 @@ \expandafter\def\expandafter\CF_ifnextcharb\space{\futurelet\CF_temptok\CF_ifnextchara} \def\CF_ifstar#1{\CF_ifnextchar*{\CF_execfirst{#1}}} \def\CF_testopt#1#2{\CF_ifnextchar[{#1}{#1[{#2}]}} -\def\CF_warning#1{\immediate\write-1{Package \CFname\space Warning: #1^^J}} \def\CF_ifinteger#1{% \begingroup \afterassignment\CF_afterinteger @@ -206,10 +213,10 @@ \CF_ifinstra#1\__nil#2\_nil } \def\CF_afterspace#1 #2\_nil{#2} -\def\CF_valuetomacro#1[#2]#3{% #1= macro #2=valeur défaut #3=clé - \CF_eexpsecond{\def#1}{\useKV[chemfig]{#3}}% - \CF_ifx#1\empty - {\def#1{#2}} +\def\CF_valuetomacro[#1]#2[#3]#4{% #1=trousseau #2= macro #3=valeur défaut #4=clé + \CF_eexpsecond{\def#2}{\useKV[#1]{#4}}% + \CF_ifx#2\empty + {\def#2{#3}} {}% } @@ -405,6 +412,8 @@ \CF_makeother\|\CF_makeother\#\CF_makeother\@% } +\def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi} + \def\CF_nodecontent{\CF_expsecond\printatom{\csname atom_\number\CF_cntatom\endcsname\CF_nodestrut}} \def\chemskipalign{% @@ -413,8 +422,6 @@ \let\CF_nodestrut\empty } -\def\CF_emptynode{{}} - \def\definesubmol{\CF_definesubmoltrue\def_submol} \def\redefinesubmol{\CF_definesubmolfalse\def_submol} @@ -532,12 +539,18 @@ {\CF_eaddtomacro#2{\expandafter{\CF_firsttonil#1\_nil}}% \CF_expsecond\CF_seeknodea{\CF_gobarg#1}#2#3% }% - {\CF_iffirsttokina{-=(*<>!~}% - {\def#3{#1}% - }% - {\CF_eaddtomacro#2{\CF_firsttonil#1\_nil}% - \CF_expsecond\CF_seeknodea{\CF_gobarg#1}#2#3% - }% + {\CF_ifx!\CF_toksa% Bugfix v1.5 + {\def\CF_seeksubmloltemp{#1}% + \CF_seeksubmola + \CF_expsecond\CF_seeknodea\CF_seeksubmloltemp#2#3% + } + {\CF_iffirsttokina{-=(*<>~}% + {\def#3{#1}% + }% + {\CF_eaddtomacro#2{\CF_firsttonil#1\_nil}% + \CF_expsecond\CF_seeknodea{\CF_gobarg#1}#2#3% + }% + } }% }% }% @@ -693,29 +706,35 @@ \CF_expsecond{\def#2}{\CF_gobarg#1}% } -\def\CF_seeksubmol{% - \CF_expsecond{\def\CF_molecule}{\romannumeral-`\.\expandafter\noexpand\CF_molecule}% - \CF_expsecond\CF_iffirsttokmatch{\CF_molecule}!% - {\CF_eexpsecond{\def\CF_molecule}{\expandafter\CF_gobarg\CF_molecule}% enlève le "!" - \CF_ifx\empty\CF_molecule +\def\CF_seeksubmol#1#2{% cherche et remplace ! au début de #1. #1=code #2=macro recevant le résultat + \def\CF_seeksubmloltemp{#1}% + \CF_seeksubmola + \let#2\CF_seeksubmloltemp +} + +\def\CF_seeksubmola{% + \CF_expsecond{\def\CF_seeksubmloltemp}{\romannumeral-`\.\expandafter\noexpand\CF_seeksubmloltemp}% + \CF_expsecond\CF_iffirsttokmatch{\CF_seeksubmloltemp}!% + {\CF_eexpsecond{\def\CF_seeksubmloltemp}{\expandafter\CF_gobarg\CF_seeksubmloltemp}% enlève le "!" + \CF_ifx\empty\CF_seeksubmloltemp {\CF_error{no submol name found after "!"}} {}% - \ifcat\relax\CF_threeea\noexpand\expandafter\CF_firsttonil\CF_molecule*\_nil - \expandafter\CF_seeksubmola\CF_molecule\_nil + \ifcat\relax\CF_threeea\noexpand\expandafter\CF_firsttonil\CF_seeksubmloltemp*\_nil + \expandafter\CF_seeksubmolb\CF_seeksubmloltemp\_nil \else - \expandafter\CF_seeksubmolb\CF_molecule\_nil + \expandafter\CF_seeksubmolc\CF_seeksubmloltemp\_nil \fi - \CF_seeksubmol + \CF_seeksubmola }% {}% } -\def\CF_seeksubmola#1{\CF_seeksubmolc#1\relax} +\def\CF_seeksubmolb#1{\CF_seeksubmold#1\relax} -\def\CF_seeksubmolb#1{\expandafter\CF_seeksubmolc\csname CF__#1\endcsname\relax}% nom de la sous molécule +\def\CF_seeksubmolc#1{\expandafter\CF_seeksubmold\csname CF__#1\endcsname\relax}% nom de la sous molécule -\def\CF_seeksubmolc#1#2\_nil{%#1=macro de la sous molécule #2=reste du code commençant par \relax - \CF_expsecond{\CF_eexpsecond{\def\CF_molecule}}{\expandafter#1\CF_gobarg#2}% supprime le \relax puis ajoute la macro au début et la 2-développe +\def\CF_seeksubmold#1#2\_nil{%#1=macro de la sous molécule #2=reste du code commençant par \relax + \CF_expsecond{\CF_eexpsecond{\def\CF_seeksubmloltemp}}{\expandafter#1\CF_gobarg#2}% supprime le \relax puis ajoute la macro au début et la 2-développe } \def\CF_insertemptygroup#1{% insère {} au début de la sc #1 @@ -734,6 +753,12 @@ \endgroup \begingroup \setchemfig{#3}% + \CF_ifinsidetikz + {\pgfinterruptpicture + \let\CF_atendofchemfig\endpgfinterruptpicture + } + {\let\CF_atendofchemfig\relax + }% \expanded{% début du tikzpicture \unexpanded{#1}[% remember picture,% @@ -750,7 +775,6 @@ }% \begingroup% \endgroup rajouté en sortie de tracé par \CF_chemfigd \let\CF_hooklist\empty - \CF_expsecond\setchemfig{#3}% \ifboolKV[chemfig]{fixed length} {\CF_macrofixedbondlengthtrue} {\CF_macrofixedbondlengthfalse}% @@ -760,17 +784,17 @@ \ifboolKV[chemfig]{cram rectangle} {\let\CF_clipcramornot\CF_gobtikzinstruction} {\let\CF_clipcramornot\clip}% - \CF_valuetomacro\CF_crambasewidth [1.5ex]{cram width}% - \CF_valuetomacro\CF_cramdashlength [1pt]{cram dash width}% - \CF_valuetomacro\CF_cramdashsep [2pt]{cram dash sep}% - \CF_valuetomacro\CF_atomsep [3em]{atom sep}% espacement des atomes liés - \CF_valuetomacro\CF_bondoffset [2pt]{bond offset}% - \CF_valuetomacro\CF_doublesep [2pt]{double bond sep}% - \CF_valuetomacro\CF_angleincrement [45]{angle increment}% - \CF_valuetomacro\CF_nodestyle []{node style}% - \CF_valuetomacro\CF_bondstyle []{bond style}% - \CF_valuetomacro\CF_stacksep [1.5pt]{stack sep}% - \CF_valuetomacro\CF_cycleradiuscoeff[0.75]{cycle radius coeff}% coeff multiplicateur du rayon des arcs dans les cycles + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_crambasewidth [1.5ex]{cram width}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_cramdashlength [1pt]{cram dash width}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_cramdashsep [2pt]{cram dash sep}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_atomsep [3em]{atom sep}% espacement des atomes liés + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_bondoffset [2pt]{bond offset}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_doublesep [2pt]{double bond sep}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_angleincrement [45]{angle increment}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_nodestyle []{node style}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_bondstyle []{bond style}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_stacksep [1.5pt]{stack sep}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_cycleradiuscoeff[0.75]{cycle radius coeff}% coeff multiplicateur du rayon des arcs dans les cycles \CF_incyclefalse \CF_cntgroup0 \let\CF_lastaction\CF_zero% 0=début du dessin 1=tracé d'un noeud 2=tracé d'une liaison @@ -794,6 +818,7 @@ \CF_expsecond\CF_chemfigc{\CF_molecule}% %\endgroup <-- rajouté par \CF_chemfigd #2% fin du tikzpicture + \CF_atendofchemfig \endgroup \let\CF_flipstate\CF_zero } @@ -813,7 +838,7 @@ \fi \let\CF_currentangle\CF_defaultangle \def\CF_molecule{#1}% - \CF_seeksubmol% alias en premier ? + \CF_expsecond\CF_seeksubmol\CF_molecule\CF_molecule% alias en premier ? \if[\CF_threeea\noexpand\expandafter\CF_firsttonil\CF_molecule\_nil \expandafter\CF_analyseoptarg\CF_molecule\_nil\CF_molecule \CF_expsecond\CF_setbondangle{\CF_currentstringangle}\CF_currentangle @@ -824,7 +849,7 @@ \CF_doifnotempty\CF_currentfromatom {\let\CF_defaultfromatom\CF_currentfromatom}% \CF_doifnotempty\CF_currenttoatom {\let\CF_defaulttoatom\CF_currenttoatom}% \CF_doifnotempty\CF_currenttikz {\let\CF_defaulttikz\CF_currenttikz}% - \CF_seeksubmol + \CF_expsecond\CF_seeksubmol\CF_molecule\CF_molecule \fi \edef\CF_defaultstringangle{:\CF_defaultangle}% \let\CF_currentlength\CF_defaultlength @@ -859,8 +884,7 @@ \CF_ifx\CF_molecule\empty {\let\CF_nextaction\endgroup } - {\CF_seeksubmol - \CF_expsecond\CF_seeknode{\CF_molecule}\CF_currentatomgroup\CF_molecule + {\CF_expsecond\CF_seeknode{\CF_molecule}\CF_currentatomgroup\CF_molecule \CF_ifx\empty\CF_currentatomgroup% pas de noeud pour commencer ? {\def\CF_bondoutnode{% n\CF_lastgroupnumber-% @@ -959,9 +983,9 @@ \CF_cntcycle0 \edef\CF_hookcycle{\CF_bondoutnode}% \let\CF_hookatomgroup\CF_previousatomgroup - \CF_ifx\CF_hookatomgroup\CF_emptynode + \CF_ifzerodim\CF_hookatomgroup {\def\CF_cyclejoinlast{1}}% joindre le dernier - {\def\CF_cyclejoinlast{0}} + {\def\CF_cyclejoinlast{0}}% \CF_incycletrue \ifnum\CF_lastaction=3 \pgfmathsetmacro\CF_initcycleangle{360/\CF_lastcyclenum-180}% c'est un cycle dans un cycle @@ -1052,29 +1076,26 @@ }% } +\def\CF_distancebetweenpoints#1#2#3#4#5{% + \pgfextractx\CF_dim{\pgfpointanchor{#1}{#2}}\edef\CF_dimax{\the\CF_dim}% + \pgfextracty\CF_dim{\pgfpointanchor{#1}{#2}}\edef\CF_dimay{\the\CF_dim}% + \pgfextractx\CF_dim{\pgfpointanchor{#3}{#4}}\edef\CF_dimbx{\the\CF_dim}% + \pgfextracty\CF_dim{\pgfpointanchor{#3}{#4}}\edef\CF_dimby{\the\CF_dim}% + \pgfmathsetmacro#5{veclen(\CF_dimbx-\CF_dimax,\CF_dimby-\CF_dimay)}% +} + \def\CF_computenodevect#1#2{% - \pgfextractx\CF_dim{\pgfpointanchor{#1}{center}}\edef\CF_dimax{\the\CF_dim}% - \pgfextracty\CF_dim{\pgfpointanchor{#1}{center}}\edef\CF_dimay{\the\CF_dim}% - \pgfextractx\CF_dim{\pgfpointanchor{#2}{center}}\edef\CF_dimbx{\the\CF_dim}% - \pgfextracty\CF_dim{\pgfpointanchor{#2}{center}}\edef\CF_dimby{\the\CF_dim}% - \pgfmathsetmacro\CF_vectorlen{veclen(\CF_dimbx-\CF_dimax,\CF_dimby-\CF_dimay)}% + \CF_distancebetweenpoints{#1}{center}{#2}{center}\CF_vectorlen \pgfmathsetmacro\CF_normx{(\CF_dimay-\CF_dimby)/\CF_vectorlen}% \pgfmathsetmacro\CF_normy{(\CF_dimbx-\CF_dimax)/\CF_vectorlen}% } \def\CF_setoffset#1#2{% - \CF_doifempty#1% - {\edef#1{% - \ifx#2\CF_emptynode - 0pt% - \else - \ifx#2\empty - 0pt% - \else - \CF_bondoffset - \fi - \fi}% - }% + \CF_doifempty#1{% + \CF_ifzerodim{#2} + {\def#1{0pt}} + {\edef#1{\CF_bondoffset}}% + }% } \def\CF_drawbond#1#2#3#4#5{% #1=type de liaison #2 et #3:nom de noeuds de début et fin #4 et #5: contenu des atomes de début et fin @@ -1209,7 +1230,7 @@ \else \CF_ifx\CF_previoustikz\CF_currenttikz {\def\CF_joinbond{1}% - \CF_ifx\CF_previousatomgroup\CF_emptynode + \CF_ifzerodim\CF_previousatomgroup {\CF_ifx\CF_previousbondangle\empty% si début molécule {\CF_drawbonda(#1@@)--(#2@@); } @@ -1321,7 +1342,7 @@ \CF_ifinstr{#3}?% {\CF_removehook\CF_currentatomgroup \ifcat\relax\detokenize\expandafter{\romannumeral-`\.\expandafter\noexpand\CF_currentatomgroup}\relax - \let\CF_currentatomgroup\CF_emptynode + \let\CF_currentatomgroup\empty \fi }% {}% @@ -1350,7 +1371,7 @@ }% }% \CF_cntatom\CF_hookatomnumber - \CF_ifx\CF_currentatomgroup\CF_emptynode + \CF_ifzerodim\CF_currentatomgroup {\let\CF_nodestrut\empty } {\CF_ifx\empty\CF_bondoutcontentsaved @@ -1552,12 +1573,195 @@ \def\CF_removehookb#1?[#2]#3\_nil#4{\CF_expsecond{\def#4}{\CF_gobarg#1#3}} +\def\setcharge#{\setKV[charge]} +\def\resetcharge{% + \setKVdefault[charge]{% + debug = false,% trace les contours des noeuds + macro atom = \printatom,%macro qui prendra comme argument l'atome recevant la charge + circle = false,% false => noeud atome = rectangle + macro charge = ,% macro attendue (\printatom ou \ensuremath, par exemple) qui prendra comme argument la charge + extra sep = 1.5pt,% séparation additionnelle entre le noeud (cercle ou rectangle) et la position des charges + overlay = true,% charges en "surimpression" + shortcuts = true,% raccourcis \. \: \| et \" actifs pour Lewis + lewisautorot = true,% rotation auto charge Lewis + .radius = 0.15ex,% rayon du point + :sep = 0.3em,% séparation des deux points + .style = {fill=black},% style des points + "length = 1.5ex,% longueur rectangle + "width = .3ex,% largeur rectangle + "style = {black,line width=0.4pt},% style rectangle + |style = {black,line width=0.4pt},% style ligne + }% +} +\resetcharge +\def\chargedot{\CF_testopt\chargedot_a{}} +\def\chargedot_a[#1]{% + \begingroup + \setKV[charge]{#1}% + \CF_valuetomacro[charge]\CF_dotradius[0.15ex]{.radius}% + \CF_eexpsecond{\tikz\draw[}{\useKV[charge]{.style}}](0,0)circle(\CF_dotradius);% + \endgroup +} +\def\chargeddot{\CF_testopt\chargeddot_a{}} +\def\chargeddot_a[#1]{% + \begingroup + \setKV[charge]{#1}% + \CF_valuetomacro[charge]\CF_dotsep [0.5ex] {:sep}% + \CF_valuetomacro[charge]\CF_dotradius[.15ex]{.radius}% + \ifboolKV[charge]{lewisautorot} + {\pgfmathsetmacro\CF_lewisrot{90+\chargeangle}} + {\def\CF_lewisrot{0}}% + \pgfmathsetmacro\CF_halfsep{\CF_dotsep/2}% + \tikzpicture[anchor=center,rotate=\CF_lewisrot]% + \CF_eexpsecond{\draw[}{\useKV[charge]{.style}}]% + (-\CF_halfsep pt,0)circle(\CF_dotradius)% + (\CF_halfsep pt,0)circle(\CF_dotradius);% + \endtikzpicture + \endgroup +} +\def\chargerect{\CF_testopt\chargerect_a{}} +\def\chargerect_a[#1]{% + \begingroup + \setKV[charge]{#1}% + \CF_valuetomacro[charge]\CF_rectlength[1.5ex]{"length}% + \CF_valuetomacro[charge]\CF_rectwidth [0.3ex]{"width}% + \ifboolKV[charge]{lewisautorot} + {\pgfmathsetmacro\CF_lewisrot{90+\chargeangle}} + {\def\CF_lewisrot{0}}% + \pgfmathsetmacro\CF_halfwidth{\CF_rectwidth/2}% + \pgfmathsetmacro\CF_halflength{\CF_rectlength/2}% + \tikzpicture[anchor=center,rotate=\CF_lewisrot]% + \CF_eexpsecond{\draw[}{\useKV[charge]{"style}}](-\CF_halflength pt,-\CF_halfwidth pt)rectangle(\CF_halflength pt,\CF_halfwidth pt);% + \endtikzpicture + \endgroup +} +\def\chargeline{\CF_testopt\chargeline_a{}} +\def\chargeline_a[#1]{% + \begingroup + \setKV[charge]{#1}% + \CF_valuetomacro[charge]\CF_linelength[1.5ex]{"length}% + \ifboolKV[charge]{lewisautorot} + {\pgfmathsetmacro\CF_lewisrot{90+\chargeangle}} + {\def\CF_lewisrot{0}}% + \pgfmathsetmacro\CF_halflength{\CF_linelength/2}% + \tikzpicture[anchor=center,rotate=\CF_lewisrot]% + \CF_eexpsecond{\draw[}{\useKV[charge]{|style}}](-\CF_halflength pt,0)--(\CF_halflength pt,0);% + \endtikzpicture + \endgroup +} +\def\CF_enableshortcuts{% + \let\CF_saveddot \.\let\.\chargedot + \let\CF_savedddot\:\let\:\chargeddot + \let\CF_savedrect\"\let\"\chargerect + \let\CF_savedline\|\let\|\chargeline + \let\enableshortcuts\relax + \let\disableshortcuts\CF_disableshortcuts +} +\def\CF_disableshortcuts{% + \let\.\CF_saveddot + \let\:\CF_savedddot + \let\"\CF_savedrect + \let\|\CF_savedline + \let\enableshortcuts\CF_enableshortcuts + \let\disableshortcuts\relax +} +\def\charge{% + \begingroup + \catcode`\: 12 + \charge_a{true}% +} +\def\Charge{% + \begingroup + \catcode`\: 12 + \charge_a{false}% +} +\def\charge_a#1#2{% #1=TF #2=liste emplacements + \CF_testopt{\charge_b{#1}}{}#2\_nil +} +\def\charge_b#1[#2]#3\_nil{% + \charge_c{#1}[#2]{#3}% +} +\def\charge_c#1[#2]#3#4{% #1=TF pour overlay, #2= réglages, #3=liste d'emplacements, #4=atome + \setcharge{overlay=#1,#2}% + \setbox\CF_chargebox\hbox{\useKV[charge]{macro atom}{#4}}% + \CF_ifinsidetikz + {\pgfinterruptpicture + \let\CF_atendofcharge\endpgfinterruptpicture + } + {\let\CF_atendofcharge\relax + }% + \expanded{\noexpand + \tikzpicture[every node/.style={% + \ifboolKV[charge]{debug}{draw=red,}{}% + anchor=base,% + inner sep=0pt,% + outer sep=0pt,% + minimum size=0pt},% + baseline]}% + \expanded{\noexpand + \node[% + \ifboolKV[charge]{circle}{circle,}{}% + \ifboolKV[charge]{debug}{draw=green,}{}% + anchor=base% + ]}% + (atombox)at(0,0)% + {\copy\CF_chargebox};% noeud contenant l'atome + \expanded{\noexpand + \node[% + \ifboolKV[charge]{circle}{circle,}{}% + \ifboolKV[charge]{debug}{draw=blue,}{}% + anchor=base,% + inner sep=\useKV[charge]{extra sep},% + overlay% + ]}% + (atom)at(0,0){% + \vrule width0pt height\ht\CF_chargebox depth\dp\CF_chargebox + \vrule width\wd\CF_chargebox height\CF_zero depth\CF_zero};% noeud pour placer les charges + \let\enableshortcuts\relax + \let\disableshortcuts\relax + \ifboolKV[charge]{shortcuts}\CF_enableshortcuts{}% l'atome n'est _PAS_ concerné par les racourcis + \charge_d#3,\CF_quark=% + \endtikzpicture + \CF_atendofcharge + \endgroup +} +\def\charge_d#1={% + \CF_ifx\CF_quark{#1}% + {} + {\expandafter\charge_e\expanded{\skv_removelastspaces{#1}}=}% +} +\def\charge_e#1={% + \CF_ifinstr{#1}[ + {\charge_f#1=} + {\charge_f#1[]=}% +} +\def\charge_f#1[#2]={% + \CF_ifinstr{#1}: + {\charge_g#1[#2]=} + {\charge_g#1:0pt[#2]=}% +} +\def\charge_g#1:#2[#3]=#4,{% #1=angle, #2=offset, #3=code tikz charge, #4=charge + \CF_eexpsecond\CF_ifinteger{\skv_removeextremespaces{#1}} + {\pgfmathsetmacro\chargeangle{mod(#1,360)}% + } + {\pgfmathanglebetweenpoints{\pgfpointanchor{atom}{center}}{\pgfpointanchor{atom}{\skv_removeextremespaces{#1}}}% + \let\chargeangle\pgfmathresult% incorrect si (atom.center==atom.#1) && (extra sep==0) TODO: mettre un warning ? + }% + \edef\CF_offset{\the\dimexpr#2+0pt}% + \CF_distancebetweenpoints{atom}{center}{atom}{\skv_removeextremespaces{#1}}\CF_chargedistance + \CF_eexpafter{\node[anchor=center,}{\ifboolKV[charge]{overlay}{overlay,}{}}#3]% + at([shift=(\chargeangle:\CF_chargedistance pt+\CF_offset)]atom.center){\useKV[charge]{macro charge}{#4}};% + \charge_d +} + \def\Lewis{% + \CF_warning{\string\Lewis\space is unmaintained and is likely to be removed in a near future. Please, use \string\Charge.}% \CF_lewisoverlayfalse \CF_testopt\CF_lewisa{}% } \def\lewis{% + \CF_warning{\string\lewis\space is unmaintained and is likely to be removed in a near future. Please, use \string\charge.}% \CF_lewisoverlaytrue \CF_testopt\CF_lewisa{}% } @@ -1565,13 +1769,13 @@ \def\CF_lewisa[#1]{% \begingroup \CF_doifnotempty{#1}{\setchemfig{#1}}% - \CF_valuetomacro\CF_lewiswidthdouble[0.3ex]{lewis | width}% - \CF_valuetomacro\CF_lewisoffset [0.4ex]{lewis sep}% - \CF_valuetomacro\CF_lewislength [1.5ex]{lewis length}% - \CF_valuetomacro\CF_lewisstyle []{lewis style}% - \CF_valuetomacro\CF_lewisdist [0.3em]{lewis dist}% - \CF_valuetomacro\CF_lewisradius [0.15ex]{lewis radius}% - \CF_valuetomacro\CF_lewisdiagcoeff [1]{lewis diag coeff}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_lewiswidthdouble[0.3ex]{lewis | width}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_lewisoffset [0.4ex]{lewis sep}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_lewislength [1.5ex]{lewis length}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_lewisstyle []{lewis style}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_lewisdist [0.3em]{lewis dist}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_lewisradius [0.15ex]{lewis radius}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_lewisdiagcoeff [1]{lewis diag coeff}% \ifCF_lewisoverlay \CF_addtomacro\CF_lewisstyle{,overlay}% \fi @@ -1585,6 +1789,12 @@ \def\CF_lewisc#1,#2\_nil{% \setbox\CF_boxlewis\hbox{\printatom{#2}}% mettre en dehors de tikzpicture (si \printatom ne passe pas en mode math) + \CF_ifinsidetikz + {\pgfinterruptpicture + \let\CF_atendoflewis\endpgfinterruptpicture + } + {\let\CF_atendoflewis\relax + }% \tikzpicture[every node/.style={anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]% \CF_makeother;\CF_makeother:% \node(CF_lewis@anchor){}; @@ -1637,6 +1847,7 @@ \repeat \node[anchor=base west]at(CF_lewis@anchor){\box\CF_boxlewis};% \endtikzpicture + \CF_atendoflewis } \def\Chembelow{\begingroup\let\CF_temp\CF_gobarg\CF_chembelowa} @@ -1778,9 +1989,9 @@ \def\CF_andb#1{% \CF_setstyle#1,\CF_quark,\CF_quark\_nil\CF_signspaceante\CF_signspacepost\CF_signvshift - \CF_doifempty\CF_signspaceante{\CF_valuetomacro\CF_signspaceante[0.5em]{+ sep left}}% - \CF_doifempty\CF_signspacepost{\CF_valuetomacro\CF_signspacepost[0.5em]{+ sep right}}% - \CF_doifempty\CF_signvshift{\CF_valuetomacro\CF_signvshift[0pt]{+ vshift}}% + \CF_doifempty\CF_signspaceante{\CF_valuetomacro[chemfig]\CF_signspaceante[0.5em]{+ sep left}}% + \CF_doifempty\CF_signspacepost{\CF_valuetomacro[chemfig]\CF_signspacepost[0.5em]{+ sep right}}% + \CF_doifempty\CF_signvshift{\CF_valuetomacro[chemfig]\CF_signvshift[0pt]{+ vshift}}% \raise\CF_signvshift\hbox{\kern\CF_signspaceante$+$\kern\CF_signspacepost}% } @@ -1791,23 +2002,23 @@ } \def\CF_schemestarta[#1]{% - \CF_valuetomacro\CF_defaultcompoundstyle[]{compound style}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_defaultcompoundstyle[]{compound style}% \CF_setstyle#1,\CF_quark,\CF_quark\_nil\CF_arrowangle\CF_arrowlength\CF_arrowstyle - \CF_doifempty\CF_arrowangle{\CF_valuetomacro\CF_arrowangle[0]{arrow angle}}% - \CF_doifempty\CF_arrowlength{\CF_valuetomacro\CF_arrowlength[1]{arrow coeff}}% - \CF_valuetomacro\CF_defaultarrowstyle[]{arrow style}% - \CF_valuetomacro\CF_arrowoffset[1em]{arrow offset}% - \CF_valuetomacro\CF_compoundsep[5em]{compound sep}% - \CF_valuetomacro\CF_arrowlabelsep[3pt]{arrow label sep}% - \CF_valuetomacro\CF_arrowhead[-CF]{arrow head}% + \CF_doifempty\CF_arrowangle{\CF_valuetomacro[chemfig]\CF_arrowangle[0]{arrow angle}}% + \CF_doifempty\CF_arrowlength{\CF_valuetomacro[chemfig]\CF_arrowlength[1]{arrow coeff}}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_defaultarrowstyle[]{arrow style}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_arrowoffset[1em]{arrow offset}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_compoundsep[5em]{compound sep}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_arrowlabelsep[3pt]{arrow label sep}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_arrowhead[-CF]{arrow head}% \CF_eexpsecond{\def\CF_arrowtip}{\expandafter\CF_gobarg\CF_arrowhead}% \CF_eexpsecond{\CF_preaddtomacro\CF_defaultarrowstyle}{\useKV[chemfig]{arrow head},}% \CF_ifx\empty\CF_arrowstyle {\let\CF_arrowstyle\CF_defaultarrowstyle} {\CF_expsecond{\CF_preaddtomacro\CF_arrowstyle}{\CF_defaultarrowstyle,}}% se rajoute après le style par défaut - \CF_valuetomacro\CF_arrowdoublesep[2pt]{arrow double sep}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_arrowdoublesep[2pt]{arrow double sep}% \pgfmathsetmacro\CF_arrowdoublesep{\CF_arrowdoublesep/2}% - \CF_valuetomacro\CF_arrowdoubleposstart[0.6]{arrow double coeff}% + \CF_valuetomacro[chemfig]\CF_arrowdoubleposstart[0.6]{arrow double coeff}% \pgfmathsetmacro\CF_arrowdoubleposstart{(1-\CF_arrowdoubleposstart)/2}% \pgfmathsetmacro\CF_arrowdoubleposend{1-\CF_arrowdoubleposstart}% \ifboolKV[chemfig]{scheme debug} @@ -2843,4 +3054,13 @@ v1.41 2019/05/21 les délimiteurs sont automatiquement inclinés - nouvelle clé "rotate" qui n'a de sens que si halign=false ET auto rotate=false : l'inclinaison des délimiteurs peut être - choisie
\ No newline at end of file + choisie +---------------------------------------------------------------------- +v1.5 2020/03/05 + - nouvelles macros \charge et \Charge. Les macros \lewis et \Lewis + sont obsolètes et amenées à disparaitre à moyen terme (au moins + 9 mois), soit fin 2020 + - prise en compte de la dimension d'un groupe d'atome pour tracer + des liaisons jointives + - bug corrigé dans \CF_seeknode + - ajout d'une section dans le manuel (placement des atomes)
\ No newline at end of file |