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path: root/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig
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authorKarl Berry <karl@freefriends.org>2015-10-08 20:40:39 +0000
committerKarl Berry <karl@freefriends.org>2015-10-08 20:40:39 +0000
commit2e95fbc2467541c9c44c6d25c9d3b5fe4d0f5538 (patch)
tree2464b01528b0f0db9984c1a3e82887e1d0eb6524 /Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig
parentbf01a8d11890c41ee97bc5f393ec8fa7a27de33d (diff)
chemfig (8oct15)
git-svn-id: svn://tug.org/texlive/trunk@38589 c570f23f-e606-0410-a88d-b1316a301751
Diffstat (limited to 'Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig')
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README4
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.pdfbin1086908 -> 1047437 bytes
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.tex749
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.pdfbin1102090 -> 1073187 bytes
-rw-r--r--Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.tex1011
5 files changed, 907 insertions, 857 deletions
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README
index 209f008e6e2..165386e5cbb 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README
+++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/README
@@ -2,9 +2,9 @@ ___________________________________
The
ChemFig package
- v1.1a
+ v1.2
- 2015/02/23
+ 2015/10/08
___________________________________
Maintainer: Christian Tellechea
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.pdf b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.pdf
index 6eb94ba4c77..a6735e525ec 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.pdf
+++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.pdf
Binary files differ
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.tex b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.tex
index b5650588f5f..ef6537bcaaf 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.tex
+++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_en.tex
@@ -1,9 +1,9 @@
% __________________________________________________________________
% | |
% | |
-% | chemfig v1.1a |
+% | chemfig v1.2 |
% | |
-% | 23 february 2015 |
+% | 8 october 2015 |
% | |
% |__________________________________________________________________|
%
@@ -58,6 +58,7 @@
\usepackage{enumitem}
\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}
+\usetikzlibrary{decorations.markings}
\usetikzlibrary{matrix}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{emerald}
@@ -116,6 +117,7 @@
\let\do\@makeother\dospecials
\make@car@active\ { {}}%
\make@car@active\^^M{\par\leavevmode}%
+ \make@car@active\^^I{\space\space}%
\make@car@active\,{\leavevmode\kern\z@\string,}%
\make@car@active\-{\leavevmode\kern\z@\string-}%
\make@car@active\>{\leavevmode\kern\z@\string>}%
@@ -286,37 +288,37 @@ delim_2 "\\dotfill"
\parindent0pt\pagestyle{plain}
\tableofcontents
\parskip\medskipamount
-\vspace{2cm}
+\newpage
\setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt}
\part{Introduction}
-\section{Foreword}
-This package has seen the light of day thanks to the assistance of Christophe \textsc{Casseau}, who had the idea after being confronted with the complexity of the syntax of the \href{http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/ppchtex.html}{\texttt{\textbf{ppchtex}}} package.
+\section{New in v1.2}
+\paragraph{Arrow tips} The default arrow tip in \CF, called ``CF'', is now defined with the macro \verb|\pgfdeclarearrow| and is based on the «Stealth» tip. For this, th ``arrows.meta''e library is loaded. Therefore, ``CF'' and ``Stealth'' tips have the same custumization options. The arrow tip can now be defined with \verb|\setarrowdefault|.
-Throughout the writing of the code, he helped me find interesting features. He always encouraged me to write more advanced features even though I was sometimes (nearly always?) reluctant; if \CF has the features it does, it is in large part thanks to him. I thank him as well for his testing of beta versions of this package, and for his contributions to the writing of this manual.\medskip
+\exemple{Tip customization}/1) Default arrow:\par
+\schemestart A\arrow B\schemestop
-\begingroup
-\leftskip0.1\linewidth
-\rightskip0.1\linewidth
-\itshape\small
-Experience shows that is it has been difficult to combine drawing of molecules with the typographic quality of a program like \LaTeX, leaving little choice for the user who wishes to have a vector format for these drawings. After having abandoned the \emph{ppchtex} package (developed for con\TeX t and available under \LaTeX) because of the complexity of its syntax, I turned to the world of programs outside \LaTeX. The difficulty in this case is finding a compromise between quality and price. After many unsuccessful attempts I found the only option was a new package, and I would like to thank Christian \textsc{Tellechea} for bringing it to life. To meet my requirements, \CF needed to be easy to use but still have advanced features, something well nigh impossible. Yet he was able to put together a very flexible \TeX{} code which makes it a pleasure for me to write my molecules. I hope it will be the same for you readers looking for a package useful in the field of chemistry.\smallskip
+2) Custom arrow:\par
+\schemestart
+ A\arrow[,,->] B\arrow[,,-{Triangle[slant=0.5,blue,width=10pt]}]
+ C\arrow[,,-{CF[sharp]}] D
+\schemestop\par
-\hfill Christophe \textsc{Casseau}\kern0.1\linewidth
-\endgroup\medskip
+3) Default style modified:\par
+\setarrowdefault{,,-{CF[red,open,length=15pt,line width=1pt]}}
+\schemestart A\arrow B\schemestop/
-Finally, I wish to warmly thank Theo \textsc{Hopman} and more recently Nikola \textsc{Castillo} for offering to translate this manual into English.
+\paragraph{Angle increment} When the angle of a bond is specified with \verb|[<n>]| where \verb|<n>| is an integer, the final angle is $45\times\text{n}$. From now on, the 45 default increment can be set with \verb|\setangleincrement{<increment>}| :
-\section{New in v1.1}
-For those who find it ``ugly\footnote{see \texttt{\detokenize{http://tex.stackexchange.com/questions/161796/ugly-bond-joints-in-chemfig}}}'', it is now possible to join simple bonds with a slightly increased compilation time. The macro \idx\enablebondjoin{} enables this feature and \idx\disablebondjoin{} disables it (better behaviour, set by default).
+\exemple{Angle increment}/Default increment: \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}
-\exemple{Bond join}/\setbondstyle{line width=3pt}
-\chemfig{-[1]-[7]} and
-\enablebondjoin\chemfig{-[1]-[7]}\disablefixedbondlength/
+30 increment:
+\setangleincrement{30}\chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/
-When a star follows the macro \verb|\ chemfig*|, the bonds have a fixed length and therefore, the distance between center to center atoms becomes variable. The macro \idx\enablefixedbondlength{} makes this behavior valid for all macros (starred or not) while \idx\disablefixedbondlength{} goes back to the default behavior.
+\paragraph{Macros \texttt{\string\chemrel} et \texttt{\string\chemsign}} These macros are now obsolete and are removed from the \CF package. To write chemical reactions, inside a \verb|\schemestart|...\verb|\schemestop| environement, use \verb|\arrow| and \verb|\+|.
-\exemple{Fixed length}/\chemfig{Cl-Cl}\par
-\chemfig*{Cl-Cl}/
+\paragraph{Librairy «external»}
+Taking into account the limitations pointed in the documentation of the "external" librairy, the \verb|\chemfig| macro is now compatible with this librairy.
\section{Presenting \protect\CF}
To use this package, start by adding the following code to the preamble:
@@ -449,13 +451,26 @@ Here is an example where the three dimensions are changed:
There are several ways of specifying the bond angle.
\subsection{Predefined angles}
-\idx*{bond!angle!predefined}When the angle field contains an integer, this represents the angle the bond makes relative to the horizontal, in multiples of 45\degres. For example, \verb-[0]- specifies an angle of 0\degres, \verb-[1]- is 45\degres, and so on up to \verb-[7]- which specifies an angle of 315\degres. The integer may lie outside the interval $[0,7]$, in which case the angle is reduced to the interval $[0,360)$.
+\idx*{bond!angle!predefined}When the angle field contains an integer, this represents the angle the bond makes relative to the horizontal, in multiples of 45\degres. For example, \verb-[0]- specifies an angle of 0\degres, \verb-[1]- is 45\degres, and so on.
\exemple{Predefined angles}|\chemfig{A-B-[1]C-[3]-D-[7]E-[6]F}|
These angles remain valid if the atoms are empty, and this is the case for all the features we will see below:
\exemple{Predefined angles with empty groups}|\chemfig{--[1]-[3]--[7]-[6]}|
+For those who find this "ugly\footnote{See \texttt{\detokenize{http://tex.stackexchange.com/questions/161796/ugly-bond-joints-in-chemfig detokenize}}}", it is now possible connect the single bonds with a slightly increased compilation time. The macro \idx\enablebondjoin{} enables this feature and \idx\disablebondjoin{} disables (better behavior, set by default).
+
+\exemple{Connecting bonds}/\setbondstyle{line width=3pt}
+\chemfig{-[1]-[7]} et
+\enablebondjoin\chemfig{-[1]-[7]}\disablefixedbondlength/
+
+\label{setangleincrement}The \idx\setangleincrement{} macro sets the default angle used to calculate the angle of a bond:
+
+\exemple{Set the predefined angle}/Default (45) : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}
+
+\setangleincrement{30}
+Angle of 30 : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/
+
\subsection{Absolute angles}
\idx*{bond!angle!absolute}If one wishes to specify an angle in degrees relative to the horizontal, then the optional angle field must take this form: \verb-[:<absolute angle>]-. If necessary, the \verb-<absolute angle>- is reduced to the interval $[0,360)$:
\exemple{Absolute angles}/\chemfig{A-[:30]B=[:-75]C-[:10]D-[:90]>|[:60]-[:-20]E-[:0]~[:-75]F}/
@@ -792,70 +807,80 @@ The optional argument \verb-<opt>- of the \verb-\chemmove- command will be added
\subsection{Mesomeric effects}
To make these concepts concrete, let's take the example of a mesomeric effect involving a double bond and non-bonding lone pair conjugate. Let's begin with the possible delocalization of electrons from the double bond. We will place a node named ``db'' (double bond) in the middle of the double bond and a node named ``a1'' on the end of the double bond.
-\exemple{Mesomeric effect 1}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\lewis{2,X}}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
-\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
-\chemmove{\draw[->](db).. controls +(80:8mm) and +(145:8mm).. (a1);}/
+Les macros \verb|\schemestart|, \verb|\schemestop|, \verb|\arrow| et \verb|\+| sont exposées
+
+\exemple{Mesomeric effect 1}/\schemestart
+ \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\lewis{2,X}}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+ \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\schemestop
+ \chemmove{\draw(db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm).. (a1);}/
As noted above, there is no comma after the node placed in the optional arguments of a bond; we write ``\verb|=_[@{db}::30]|'' and not ``\verb|=_[@{db},::30]|'' as one might be tempted to do.
To link the nodes ``db'' and ``a1'' we have used the following syntax:
-\centerverb|\chemmove{\draw[->](db)..controls +(80:8mm) and +(145:8mm)..(a1);}|
+\centerverb|\chemmove{\draw(db)..controls +(80:8mm) and +(145:8mm)..(a1);}|
\medskip
-In this example we ask for an arrow (\verb/[->]/) and we use two \idx{control points}\footnote{To find all the ways of connecting two nodes with \TIKZ, read the documentation for that package.}. These will be located using polar coordinates at 80\degres{} and 8~mm from ``db'' for the first and at 145\degres{} and 8~mm from ``a1'' for the second. Though this syntax may seem complicated at first reading, one need not be alarmed because its use will usually be a matter of copying and pasting. Only the names and coordinates of the control points need be changed, as can be verified from the example below, where an arrow has been added from the lone pair (node ``dnl'' to the single bond (node ``sb'').
-\exemple{Mesomeric effect 2}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
-\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+For arrows in \verb|\chemmove|, the default tip is ``CF''.In this example we ask for an arrow (\verb/[->]/) and we use two \idx{control points}\footnote{To find all the ways of connecting two nodes with \TIKZ, read the documentation for that package.}. These will be located using polar coordinates at 80\degres{} and 8~mm from ``db'' for the first and at 145\degres{} and 8~mm from ``a1'' for the second. Though this syntax may seem complicated at first reading, one need not be alarmed because its use will usually be a matter of copying and pasting. Only the names and coordinates of the control points need be changed, as can be verified from the example below, where an arrow has been added from the lone pair (node ``dnl'' to the single bond (node ``sb'').
+\exemple{Mesomeric effect 2}/\schemestart
+ \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+ \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\schemestop
\chemmove{
- \draw[->](db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);
- \draw[->](dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/
+ \draw(db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);
+ \draw(dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/
For our new arrow we have set the \idx{control points} as follows: 4~mm at an angle of 90\degres{} from ``dnl'' and 4~mm at an angle of 45\degres{} from ``sb''. But we are not completely satisfied, since we would like the arrow not to touch the line segment representing the lone pair. To do this we will add some options to our arrow.
-\exemple{Mesomeric effect 3}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
-\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
-\chemmove[->]{
+\exemple{Mesomeric effect 3}/\schemestart
+ \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+ \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\schemestop
+\chemmove[->]{% change the tip style
\draw(db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm).. (a1);
\draw[shorten <=3pt,shorten >=1pt](dnl) .. controls +(90:4mm)
and +(45:4mm) .. (sb);}/
The option ``\verb|shorten <=3pt|'' indicates that the tail of the arrow is to be shortened by 3~pt just as ``\verb|shorten >=2pt|'' means that the head of the arrow is shortened by 2~pt.
-We can use all the power of \TIKZ instructions to modify the style of the arrow. Here we change the head of the arrow leaving the double bound, writing ``\verb|-stealth|'' instead of ``\verb|->|'', and we draw the arrow with a fine dashed red line. We also add the letter $\pi$ above the middle of the arrow:
-\exemple{Mesomeric effect 4}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
-\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+We can use all the power of \TIKZ instructions to modify the style of the arrow. Here we change the head of the arrow leaving the double bound and set it to ``\verb|-stealth|'', and we draw the arrow with a fine dashed red line. We also add the letter $\pi$ above the middle of the arrow:
+\exemple{Mesomeric effect 4}/\schemestart
+ \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+ \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\schemestop
\chemmove{
\draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
(db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..
node[sloped,above] {$\pi$} (a1);
- \draw[->, shorten <=3pt, shorten >= 1pt]
+ \draw[shorten <=3pt, shorten >= 1pt]
(dnl).. controls +(90:4mm) and +(45:4mm).. (sb);}/
In the following example, we'll see how to indicate the position of the departure or arrival anchor points of the arrow. If we write
\exemple{Departure or arrival anchor point 1}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
\hspace{2cm}
\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
-\chemmove{\draw[->,shorten >=4pt]
+\chemmove{\draw[shorten >=4pt]
(x1).. controls +(90:1cm) and +(90:1cm).. (x2);}/
Note that the tail of the arrow does not leave correctly from our electrons; it leaves from the middle of the upper edge of the node. Indeed, we chose a departure angle of 90~\degres{} and so \TIKZ makes the arrow leave from the anchor ``x1.90'' which corresponds to the intersection of the ray leaving from the centre of node ``x1'' at a 90\degres{} angle relative to the horizontal and of the edge of the rectangular node. To get the arrow departure angle that we want, we must specify its position. After some trial and error, it is ``x1.57'':
\exemple{Departure or arrival anchor point 2}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
\hspace{2cm}
\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
-\chemmove{\draw[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]
+\chemmove{\draw[shorten <=4pt,shorten >=4pt]
(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/
In some cases it will be easier to use Cartesian coordinated for the \idx{control points}. Here we use just one control point placed 1~cm to the right of and 1.5~cm above ``x1'':
\exemple{A single control point}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
\hspace{2cm}
\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
-\chemmove{\draw[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]
+\chemmove{\draw[shorten <=4pt,shorten >=4pt]
(x1.57).. controls +(1cm,1.5cm).. (x2);}/
All the graphics drawn by means of the command \verb|\chemmove| are superimposed and will not be included in the bounding boxes. We can see this in the preceding example.
@@ -863,22 +888,22 @@ All the graphics drawn by means of the command \verb|\chemmove| are superimposed
\subsection{Reaction mechanisms}
Thanks to the option \verb|remenber picture| which is passed to all the ``tikzpicture'' environments we can easily draw arrows indicating reaction mechanisms. Let's take for example the first step of the esterification reaction\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}.
\exemple{Esterification: step 1}/\setatomsep{7mm}
-\setchemrel{}{}{5mm}
-\chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H}
-\chemsign{+}
-\chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O}
-\chemrel[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]{<>}
-\chemmove[->,shorten <=2pt]{
- \draw[shorten >=2pt](dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc);
+\schemestart
+ \chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H}
+ \+
+ \chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O}
+ \arrow(.mid east--){<->[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]}
+\schemestop
+\chemmove[shorten <=2pt]{
+ \draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc);
\draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/
The use of the \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}|\idx*{\chemabove} command does not change the dimensions of the \idx{bounding box} of \verb|<code>|. For this reason we can run into some difficulty in pointing to the symbol representing the charge carried ($\oplus$ or $\ominus$). In the example above the solution is to create a control point\idx*{control points} with an angle of 110\degres{} at 1~cm from ``atoh'' and to shorten the arrow by 6pt. In the following example, the second step of the esterification reaction, we can see that the arrow can take more complicated forms without complicating the code.
\exemple{Esterification: step 2}/\setatomsep{7mm}
-\setchemrel{}{}{5mm}
\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm}
\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
\chemmove{
- \draw[->,shorten <=2pt, shorten >=7pt]
+ \draw[shorten <=2pt, shorten >=7pt]
(dnl).. controls +(south:1cm) and +(north:1.5cm).. (atoh);}/
The rest is left as an exercise to the reader\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|)}\idx*{electron movements|)}\dots.
@@ -891,24 +916,28 @@ For convenience, \CF can write the name of a molecule underneath it with the com
The \verb-<dim>-, which is 1.5ex by default, will be inserted between the \idx{baseline} of the molecule and the top of the letters of the \verb-<name>-. The \verb-<name>- will be centred relative to the molecule, but the \verb-<name>- may not contain multiple paragraphs. As we see in this example: \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries The water molecule: $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, the \verb-<name>- which is displayed under the molecule is taken into account only for the vertical size of the bounding box. The horizontal size of \verb-<name>- is always zero.
Here is a reaction with the names under the molecules\idx*{chemical reaction}:
-\exemple*{Displaying names of molecules}/
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol}
-\chemrel{->}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}/
+\exemple*{Displaying names of molecules}/\schemestart
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}
+\schemestop
+\chemnameinit{}/
There are some limitations to this command. Suppose we switch the acid and the alcohol on the left side:
-\exemple*{Name alignment 1}/
-\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid}
-\chemrel{->}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}/
+\exemple*{Name alignment 1}/\schemestart
+ \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}
+\schemestop
+\chemnameinit{}/
In fact, to draw the \verb-<name>- the command \idx{\chemname} inserts 1.5ex${}+{}$\emph{the largest of the depths\footnote{In \TeX{} terms, the depth is the dimension which extends vertically below the baseline.} of the molecules thus far} below the baseline of each molecule (light grey for the examples in this manual). The command \idx{\chenameinit}\verb-{<stuff>}- initializes this largest depth with the \verb-<stuff>-. Therefore one should:
\begin{itemize}
@@ -917,26 +946,28 @@ In fact, to draw the \verb-<name>- the command \idx{\chemname} inserts 1.5ex${}+
\end{itemize}
Thus the correct code uses \idx{\chemnameinit} before and after the reaction:
-\exemple*{Name alignment 2}/
-\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}
-\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid}
-\chemrel{->}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}
+\exemple*{Name alignment 2}/\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}
+\schemestart
+ \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic acid}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}
+\schemestop
\chemnameinit{}/
Finally, to write a name on multiple lines, the command \verb-\\-\idx*{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}@\protect\texttt{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}}} encountered in a \verb-<name>- causes a line break\footnote{Conversely, the command \texttt{\textbackslash par} is forbidden and causes a compilation error.}:
-\exemple*{Name on 2 lines}/
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxylic\\acid}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol}
-\chemrel{->}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}
+\exemple*{Name on 2 lines}/\schemestart
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Carboxilic\\Acid}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcohol}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{H_2O}}{Water}
+\schemestop
\chemnameinit{}/
If \verb|\chemname*{<nom>}| is written, the macro does not take into account the previous names.
@@ -1072,27 +1103,30 @@ Shifted bonds are particularly useful in drawing skeleton diagrams of molecules
\chemfig{-[:30]=_[:-30]-[:30]=_[:-30]-[:30]}/
\section{Delocalized double bonds}
-\idx*{bond!delocalized}It is sometimes necessary to draw a double bond so that one line segment is dashed while the other is solid\footnote{Thanks to Andreas \textsc{Bröermann} who suggested this feature and who gave me the solution to this problem.}. This feature is not hard-coded into \CF; instead \TIKZ, its ``decorations'' library and its programmable styles make it possible.
-
-First of all, after having loaded the ``decorations'' library by putting \verb-\usetikzlibrary{decorations}- in the preamble, a decoration named ``ddbond'' (for Dashed Double Bond) is defined (lines 1 to 14) and then two \TIKZ styles called ``lddbond'' and ``rddbond'' (lines 15 and 16). For the former, the dashed line segment is on the left of the solid middle segment; for the latter it is on the right. These styles can be called with the fifth optional argument of bonds:
-\exemple*{Custom decorations}|\pgfdeclaredecoration{ddbond}{initial}
-{
- \state{initial}[width=4pt]
- {
- \pgfpathlineto{\pgfpoint{4pt}{0pt}}
- \pgfpathmoveto{\pgfpoint{2pt}{2pt}}
- \pgfpathlineto{\pgfpoint{4pt}{2pt}}
- \pgfpathmoveto{\pgfpoint{4pt}{0pt}}
- }
- \state{final}
- {
- \pgfpathlineto{\pgfpointdecoratedpathlast}
- }
+\idx*{bond!delocalized}It is sometimes necessary to draw a double bond so that one line would be full and the other dashed. This feature is not hard-coded in \CF since \TIKZ, with its ``decorations.markings'' librairy makes it possible.
+
+\exemple*{Delocalized bonds}|\catcode`\@=11
+\tikzset{
+ ddbond/.style args={#1}{
+ draw=none,
+ decoration={%
+ markings,
+ mark=at position 0 with {
+ \coordinate (CF@startdeloc) at (0,\dimexpr#1\CF@double@sep/2)
+ coordinate (CF@startaxis) at (0,\dimexpr-#1\CF@double@sep/2);
+ },
+ mark=at position 1 with {
+ \coordinate (CF@enddeloc) at (0,\dimexpr#1\CF@double@sep/2)
+ coordinate (CF@endaxis) at (0,\dimexpr-#1\CF@double@sep/2);
+ \draw[dash pattern=on 2pt off 1.5pt] (CF@startdeloc)--(CF@enddeloc);
+ \draw (CF@startaxis)--(CF@endaxis);
+ }
+ },
+ postaction={decorate}
+ }
}
-\tikzset{lddbond/.style={decorate,decoration=ddbond}}
-\tikzset{rddbond/.style={decorate,decoration={ddbond,mirror}}}
-\setatomsep{4em}
-\chemfig{[:-30]R-C-[::60]C(-[::60,,,,rddbond]O)-[,,,,lddbond]N(-[::-60]H)-[::60]C-R}|
+\catcode`\@=12
+\chemfig{A-[,,,,ddbond={+}]B-[,,,,ddbond={-}]C}|
\section{Saving a sub-molecule}\label{definesubmol}
\idx*{save a molecule}\CF is capable of saving a \verb-<code>- as an alias for reuse in a more compact form in the code of a molecule. This is particularly useful when the \verb-<code>- appears several times.
@@ -1220,41 +1254,6 @@ They are sometimes useful for placing pseudo-exponents\idx*{ring!charge} which d
\label{Chemabove}Les commandes \idx{\Chemabove} et \idx{\Chembelow} fonctionnent de la même façon sauf que la boîte englobante \emph{tient compte} du \verb-<matériel>- placé au dessus ou au dessous.% NOUVEAU
-\subsection{Chemical reactions}\idx*{chemical reaction}
-\textbf{warning}: macros in this section are no longer maintained and will be removed in a future version of \CF. Please, prefer a scheme construction with macros \verb|\schemestart| and \verb|\ schemestop| and between these two macros, use \verb|\arrow| and \verb|\+|.\bigskip
-
-To write chemical reactions, \CF provides a command for the signs and a command for the arrows.
-
-\label{chemsign}The command \verb-\chemsign[<dim>]<sign>-\idx*{\chemsign} typesets the \verb-<sign>-, which is surrounded on both sides by an unbreakable horizontal space \verb-<dim>- defaulting to 0.5em.
-
-\label{chemrel}The command \verb-\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<arrow code>}-\idx*{\chemrel} draws an arrow where the optional arguments \verb-<arg1>- and \verb-<arg2>- are placed above and below the arrow respectively, without modifying its bounding box. The \verb-<arrow code>- is passed directly to \TIKZ except when it involves ``\verb/<>/'', which allows two arrows to be drawn one above the other.
-\exemple{Types of arrows}*A\chemrel{->}B\par
-A\chemrel{<-}B\par
-A\chemrel{<->}B\par
-A\chemrel{<>}B\par
-A\chemrel{->,red,thick}B*
-
-\label{setchemrel}The command \verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-\idx*{\setchemrel} allows settings of the dimensions used in drawing the arrow:
-\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- is the vertical spacing between the arrow and the optional text above and/or below it. If the argument is empty, it defaults to 2pt;
- \item \verb-<dim2>- is the unbreakable horizontal space inserted before and after the arrow. If the argument is empty, it defaults to 0.7em;
- \item \verb-<dim3>- is the length of the arrow. If the argument is empty, if defaults to 4em.
-\end{itemize}
-
-\exemple{Text above arrows}*\setchemrel{1pt}{}{6em}
-A\chemrel[\footnotesize above][\tiny below]{<->}B*
-
-Here is an example of a chemical reaction:
-\exemple*{Chemical reaction}|\setchemrel{0pt}{1.2em}{6em}
-\chemfig{**6(------)}\chemsign+\chemfig{H_3C-Cl}
-\chemrel[\itshape\footnotesize Catalyst]{->}
-\chemfig{**6(---(-)---)}\chemsign+\chemfig{H-Cl}|
-
-And another:
-\exemple*{Synthesis of phenylacetylene}/\chemfig{*6(-=*6(-(-Br)-(-Br))-=-=)}
-\chemrel[\chemfig{NaNH_2}][\chemfig{NH_3}]{->}
-\chemfig{*6(-=(-~)-=-=)}/
-
\section{Using {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} in the {\protect\ttfamily tikzpicture} environment}
It is possible to call the \idx{\chemfig} inside a {\ttfamily\idx{tikzpicture}} environment:
\exemple{\textbackslash chemfig inside tikzpicture}|\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
@@ -1658,7 +1657,27 @@ Essai : \mylewis{Cl}{15}\qquad \mylewis[3ex]{Cl}{-60}\qquad \mylewis[1.5ex]{Cl}{
\chemfig{P(-[:72]\mylewis{Cl}{-18,72,162})(-[:-72]Cl)
(-[:144]Cl)(-[:-144]Cl)-\mylewis{Cl}{0,90,-90}}|
-\newpage
+\subsection{Dessiner des liaisons multiples}
+Again, the ``decorations.markings'' librairy allows to draw multiple bonds:
+
+\exemple*{Liaisons multiples}|\catcode`\@=11
+\tikzset{nbond/.style args={#1}{%
+ draw=none,%
+ decoration={%
+ markings,%
+ mark=at position 0 with {\coordinate (CFstart@) at (0,0);},
+ mark=at position 1 with {%
+ \foreach\CF@i in{0,1,...,\number\numexpr#1-1}{%
+ \pgfmathsetmacro\CF@nbondcoeff{\CF@i-0.5*(#1-1)}%
+ \draw ([yshift=\CF@nbondcoeff\CF@double@sep]CFstart@)--(0,\CF@nbondcoeff\CF@double@sep);
+ }%
+ }
+ },
+ postaction={decorate}
+ }
+}
+\catcode`\@=12
+\chemfig{A-[1,,,,nbond=4]B-[:-30,,,,nbond=5]C-[6,,,,nbond=6]D}|
\part{Reaction schemes}\label{schemas}
\idx*{reaction scheme|(}Following several requests from users, it had become evident that \CF had a weakness regarding the drawing of reaction schemes. The gap is now filled. Therefore, \CF has now reached version 1.0 since I consider that the main features sought are now available.
@@ -2116,7 +2135,7 @@ Before going further, let's examine the available internal macros when drawing
\item \verb-#3- and \verb-#7- are the ``+'' or ``-'' characters. ``+'' displays the label above the arrow, while ``-'' does it below it;
\item \verb-#4- and \verb-#8- are the names of the nodes corresponding to the beginning and the end of the arrow.
\end{itemize}
- \item arrow ends\idx*{arrow!end} are either ``\verb-CF@full-''\footnote{this one is similar to the \TIKZ-defined arrow : \texttt{stealth}.} for a full arrow or ``\verb-CF@half-'' for an upper-half arrow.
+ \item arrow tips\idx*{arrow!end} are absed on ``\verb-CF-'' for a full arrow and have the ``harpoon'' option for half arrows.
\end{itemize}
\subsection{First arrow}
@@ -2125,7 +2144,7 @@ As an example, assume we want to make an arrow with a circle on its center. Let'
Let's start with \idx*\definearrow\verb/\definearrow{4}{-.>}/ to declare that the arrow will have 4 optional arguments and that it will be called \verb/-.>/. First, the position of the nodes between which the arrow is to be drawn must be modified in order to take the third-argument shift into account. This is made with the macro \idx{\CF@arrow@shift@nodes}, so the code of the arrow will start with: \idx{\CF@arrow@shift@nodes}\verb-{#3}%-. Then, one must plot the arrow itself, while taking the opportunity to set a node on the center of the segment, which will be called "\verb-mid@point-". Finally, the circle is defined with its center on that node. The whole \idx*{tikz}\TIKZ code is:
{\hskip2em\verb-\edef\pt@radius{\ifx\@empty#4\@empty 2pt\else #4\fi}% circle radius-\par\parskip0pt
-\hskip2em\verb/\expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF@full]/\par
+\hskip2em\verb/\expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF]/\par
\hskip4em\verb/(\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node)coordinate[midway](mid@point);/\par
\hskip2em\verb-\filldraw(mid@point)circle(\pt@radius);%-}
@@ -2138,7 +2157,7 @@ Here is the completed arrow:
\definearrow4{-.>}{%
\edef\pt@radius{\ifx\@empty#4\@empty 2pt\else #4\fi}% dot radius
\CF@arrow@shift@nodes{#3}%
- \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF@full](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node)
+ \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node)
coordinate[midway](mid@point);
\filldraw(mid@point)circle(\pt@radius);%
\CF@arrow@display@label{#1}{0.5}{+}{\CF@arrow@start@node}{#2}{0.5}{-}{\CF@arrow@end@node}
@@ -2149,11 +2168,11 @@ A \arrow{-.>} B \arrow{-.>[above][below][][1pt]} C \arrow{-.>[][below]}[30] D \a
\schemestop/
\subsection{Curved arrow}
-How about a curved arrow? To make things as simple as possible, assume it will have one single optional argument with the \TIKZ code that will specify the point(s) of control. If this argument is empty, a ``\verb/->/'' type arrow will be plotted.
+How about a curved arrow? To make things as simple as possible, assume it will have one single optional argument with the \TIKZ code that will specify the point(s) of control. If this argument is empty, a ``\verb/-CF/'' type arrow will be plotted.
If \verb-#1- is not empty, attention should not be drawn to ``\idx{\CF@arrow@start@node}'' and ``\idx{\CF@arrow@end@node}'' which contain the node names of arrow ends positions, because the location of these nodes is already determined by the anchors\idx*{arrow!anchoring} calculated for \emph{straight} arrows! Instead we will use \idx{\CF@arrow@start@name} and \idx{\CF@arrow@end@name} which contain the names of the compound (which are nodes for \TIKZ), since the arrow must be plotted between them. Here's the \TIKZ code to draw the curved arrow between the two compounds:
-{\verb/\draw[shorten <=\CF@arrow@offset,shorten >=\CF@arrow@offset,\CF@arrow@current@style,-CF@full,/\par\parskip0pt
+{\verb/\draw[shorten <=\CF@arrow@offset,shorten >=\CF@arrow@offset,\CF@arrow@current@style,-CF,/\par\parskip0pt
\verb/(\CF@arrow@start@name).. controls #1 ..(\CF@arrow@end@name);%/}
One must add a \TIKZ code to shorten the arrowby an amount \idx{\CF@arrow@offset} defined by \idx{\setarrowoffset}. Indeed, the nodes ar not the same as those for straight arrows (\idx{\CF@arrow@start@node} and \idx{\CF@arrow@end@node}). So before \idx{\CF@arrow@current@style}, the follwing code must be added\idx*{\CF@arrow@offset}\idx*{\CF@arrow@offset}:
@@ -2164,11 +2183,11 @@ So here is our curved arrow:
\exemple*{Curved arrow}/\makeatletter
\definearrow1{s>}{%
\ifx\@empty#1\@empty
- \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF@full](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node);%
+ \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node);%
\else
\def\curvedarrow@style{shorten <=\CF@arrow@offset,shorten >=\CF@arrow@offset,}%
\CF@expadd@tocs\curvedarrow@style\CF@arrow@current@style
- \expandafter\draw\expandafter[\curvedarrow@style,-CF@full](\CF@arrow@start@name)..controls#1..(\CF@arrow@end@name);
+ \expandafter\draw\expandafter[\curvedarrow@style,-CF](\CF@arrow@start@name)..controls#1..(\CF@arrow@end@name);
\fi
}
\makeatother
@@ -2356,6 +2375,7 @@ The commands created by \CF are:
&\\
\idx\setcrambond\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-& sets the dimensions of the triangles representing Cram bonds: \verb-<dim1>- is the size of the base, \verb-<dim2>- is the spacing between the dashes and \verb-<dim3>- is the side of the dashes. See page~\pageref{setcrambond}\\
\idx\setatomsep\verb-{<dim>}>- & sets the interatomic distance. See page~\pageref{setatomsep}\\
+\idx\setangleincrement\verb-<angle>- & set the angle to multiply for bonds angles. See page~\pageref{setangleincrement}\\
\idx\setbondoffset\verb-{<dim>}- & sets the space between bonded atoms and the bond. See page~\pageref{setbondoffset}\\
\idx\setdoublesep\verb-{<dim>}- & sets the spacing between the two lines of a double bond. See page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline
&\\
@@ -2364,10 +2384,7 @@ The commands created by \CF are:
\idx\setlewis\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<code tikz>}- & sets the Lewis dot parameters; \verb-<dim1>- is the distance between the atoms and the decoration, \verb-<dim2>- is the length of the line representing the pair of electrons and \verb-<tikz code>- is code which is passed directly to \TIKZ. See page~\pageref{setlewis}\\
\idx\setlewisdist\verb-{dim}-& sets the distace between the 2 disks representing a pair of electrons. See page~\pageref{setlewisdist}\\[2ex]\hline
&\\
-\idx\chemmove\verb-[<tikz options>]<tikz code>-& Makes a \verb-tikzpicture- environment, adding to it the \verb-<tikz options>-. Uses the \verb-<tikz code>- to join the nodes specified in the molecules with the help pf the ``\verb-@-'' character. See page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\
-\idx\chemsign\verb-[<dim>]<sign>- & draws the \verb-<sign>-, placing before and after it an unbreakable space of length \verb-<dim>-. See page~\pageref{chemsign}\\
-\idx\chemrel\verb-[<txt1>][<txt2>]{<arrow code>}- & draws an arrow described by its \verb-<arrow code>- and places the optional text \verb-<txt1>- and \verb-<txt2>- above and below the arrow respectively. See page~\pageref{chemrel}\\
-\idx\setchemrel\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}- & sets the dimensions of the arrow drawn with the command \verb-\chemrel-: \verb-<dim1>- is the vertical space between the arrow and the optional text, \verb-<dim2>- is the unbreakable horizontal space inserted before and after the arrow and \verb-<dim3>- is the length of the arrow. See page~\pageref{setchemrel}\\[2ex]\hline
+\idx\chemmove\verb-[<tikz options>]<tikz code>-& Makes a \verb-tikzpicture- environment, adding to it the \verb-<tikz options>-. Uses the \verb-<tikz code>- to join the nodes specified in the molecules with the help pf the ``\verb-@-'' character. See page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline
&\\
\idx\chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chemabove & writes \verb-<txt1>- and places \verb-<txt2>- above, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\
\idx\chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}-\idx*\chembelow & writes \verb-{txt1}- and places \verb-<txt2>- below, leaving \verb-<dim>- of vertical space. This command does not change the bounding box of \verb-<txt1>-. See page~\pageref{chemabove}\\
@@ -2502,41 +2519,42 @@ $\star\quad\star$
\idx*\+
\idx*\schemestart
\exemple*{Fischer indole synthesis}/\schemestart
- \chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)}
- \+
- \chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1}
- \arrow(.mid east--.mid west){->[\chemfig{H^+}]}
- \chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}
+ \chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)}
+ \+
+ \chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1}
+ \arrow(.mid east--.mid west){->[\chemfig{H^+}]}
+ \chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}
\schemestop/
\idx*\chemabove
-\idx*\chemrel
\idx*\lewis
\idx*{"@}
\idx*\chemmove
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Reaction mechanisms: carbonyl group}/
-\chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}}
-\chemrel{<>}
-\chemfig{\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}([3]-)([5]-)-\chemabove
- {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}}
-\chemmove{\draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/
+\schemestart
+ \chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}}
+ \arrow(.mid east--.mid west){<->}
+ \chemfig{\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}([3]-)([5]-)-\chemabove
+ {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}}
+\schemestop
+\chemmove{\draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/
\idx*\chembelow
\idx*\lewis
\idx*\chemabove
\idx*{"@}
-\idx*\chemrel
\idx*\chemmove
-\exemple*{Reaction mechanisms: nitro group}/
-\chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2}
- \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{R-\chemabove{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]-\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})([7]=O)}
+\exemple*{Reaction mechanisms: nitro group}/\schemestart
+ \chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2}
+ \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})}
+ \arrow(.mid east--.mid west){<->}
+ \chemfig{R-\chemabove{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]-\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})([7]=O)}
+\schemestop
\chemmove{
- \draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:5mm)..(atoo1);
- \draw[->,shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb);
+ \draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:5mm)..(atoo1);
+ \draw[shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb);
}/
\idx*\lewis
@@ -2549,42 +2567,42 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Nucleophilic addition. Primary amines}/\setatomsep{2.5em}
\setcompoundsep{5em}
\schemestart
-\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2}
-\+
-\chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O}
-\chemfig{@{atoo2}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
-\chemmove[-stealth,shorten <=3pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw[shorten >=2pt](aton) ..controls +(up:10mm) and +(left:5mm)..(atoc);
- \draw[shorten >=8pt](atoo1) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoo2);}
-\arrow{<=>[\tiny addition]}
-\chemfig{R-@{aton}\chembelow{N}{\scriptstyle\oplus}H([2]-[@{sb}]H)-C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-OH}
+ \chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2}
+ \+
+ \chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O}
+ \chemfig{@{atoo2}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
+ \chemmove[-stealth,shorten <=3pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten >=2pt](aton) ..controls +(up:10mm) and +(left:5mm)..(atoc);
+ \draw[shorten >=8pt](atoo1) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoo2);}
+ \arrow{<=>[\tiny addition]}
+ \chemfig{R-@{aton}\chembelow{N}{\scriptstyle\oplus}H([2]-[@{sb}]H)-C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-OH}
\schemestop
\chemmove{
- \draw[-stealth,dash pattern= on 1pt off 1pt,shorten <=3pt, shorten >=2pt]
- (sb)..controls +(left:5mm) and +(135:2mm)..(aton);}
+ \draw[-stealth,dash pattern= on 1pt off 1pt,shorten <=3pt, shorten >=2pt]
+ (sb)..controls +(left:5mm) and +(135:2mm)..(aton);}
\par
\schemestart
-\arrow{<=>}
-\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo}
-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[1]H)(-[7]H)}
-\chemmove[-stealth,shorten <=3pt,shorten >=2pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw(aton) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(sb);
- \draw(sbh) ..controls +(left:5mm) and +(south west:5mm)..(aton);
- \draw(sbo) ..controls +(up:5mm) and +(north west:5mm)..(atoo);}
-\arrow{<=>[\tiny élimination]}\chemfig{R-N=C(-[1]CH_3)(-[7]CH_3)}
-\+
-\chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}
+ \arrow{<=>}
+ \chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo}
+ \chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[1]H)(-[7]H)}
+ \chemmove[-stealth,shorten <=3pt,shorten >=2pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw(aton) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(sb);
+ \draw(sbh) ..controls +(left:5mm) and +(south west:5mm)..(aton);
+ \draw(sbo) ..controls +(up:5mm) and +(north west:5mm)..(atoo);}
+ \arrow{<=>[\tiny élimination]}\chemfig{R-N=C(-[1]CH_3)(-[7]CH_3)}
+ \+
+ \chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}
\schemestop/
\idx*\setatomsep
\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\merge\idx*\schemestop
\exemple*{Reaction scheme}/\setatomsep{2em}
\schemestart[-90]
- \chemfig{**6(---(-NH _2)---)}\arrow{0}\chemfig{HNO_2}
- \merge(c1)(c2)--()
- \chemfig{**6(---(-N_2|{}^\oplus)---)}\arrow{0}\chemfig{**6(---(-NH _2)---)}
- \merge(c3)(c4)--()
- \chemfig{**6(---(-N=[::-30]N-[::-30]**6(---(-NH_2)---))---)}
+ \chemfig{**6(---(-NH _2)---)}\arrow{0}\chemfig{HNO_2}
+ \merge(c1)(c2)--()
+ \chemfig{**6(---(-N_2|{}^\oplus)---)}\arrow{0}\chemfig{**6(---(-NH _2)---)}
+ \merge(c3)(c4)--()
+ \chemfig{**6(---(-N=[::-30]N-[::-30]**6(---(-NH_2)---))---)}
\schemestop/
\idx*\setatomsep
@@ -2592,14 +2610,14 @@ $\star\quad\star$
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\exemple*{Addition}/\setatomsep{2.5em}
\schemestart
- \chemfig{*6(=-(-)(=[2]O))}
- \arrow{->[\+\chemfig{H^\oplus}]}
- \chemleft[\subscheme[90]{%
- \chemfig{*6((-[2,0.33,,,draw=none]\scriptstyle\oplus)-=(-)-OH)}
- \arrow{<->}
- \chemfig{*6(=-(-)(-[6,0.33,,,draw=none]\scriptstyle\oplus)-OH)}}\chemright]
- \arrow(@c3--)\chemfig{*6((-[2]R)-=(-)-OH)}
- \arrow(@c4--)\chemfig{*6(=-(-)(-[6]R)-OH)}
+ \chemfig{*6(=-(-)(=[2]O))}
+ \arrow{->[\+\chemfig{H^\oplus}]}
+ \chemleft[\subscheme[90]{%
+ \chemfig{*6((-[2,0.33,,,draw=none]\scriptstyle\oplus)-=(-)-OH)}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{*6(=-(-)(-[6,0.33,,,draw=none]\scriptstyle\oplus)-OH)}}\chemright]
+ \arrow(@c3--)\chemfig{*6((-[2]R)-=(-)-OH)}
+ \arrow(@c4--)\chemfig{*6(=-(-)(-[6]R)-OH)}
\schemestop/
\idx*\setatomsep
@@ -2609,18 +2627,19 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Electrophilic aromatic substitution}Z\setatomsep{1.5em}%
\definesubmol{+}{-[,-0.4,,,draw=none]\oplus}%
\schemestart
- \arrow{0}[,0]
- \chemleft[\subscheme{\chemfig{*6(=-=-(-[:120]Br)(-[:60]H)-(!+)-)}
- \arrow{<->}
- \chemfig{*6(-(!+)-=-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}
- \arrow{<->}
- \chemfig{*6(-=-(!+)-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}}\chemright]
- \arrow(@c2--){<-[*0\chemfig{{-}AlBr_4|^\ominus}][*0\chemfig{Br_2/Al_2Br_3}]}[90,1.5]
- \chemname{\chemfig{*6(-=-=-=-)}}{Benzène 1}
- \arrow(@c4--){->[*0\chemfig{{-}H^\oplus}]}[90,1.5]
- \chemname{\chemfig{*6(-=-=(-Br)-=-)}}{Bromobenzène 2}
- \arrow(@c5.mid east--@c6.mid west)
-\schemestop Z
+ \arrow{0}[,0]
+ \chemleft[\subscheme{\chemfig{*6(=-=-(-[:120]Br)(-[:60]H)-(!+)-)}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{*6(-(!+)-=-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{*6(-=-(!+)-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}}\chemright]
+ \arrow(@c2--){<-[*0\chemfig{{-}AlBr_4|^\ominus}][*0\chemfig{Br_2/Al_2Br_3}]}[90,1.5]
+ \chemname{\chemfig{*6(-=-=-=-)}}{Benzène 1}
+ \arrow(@c4--){->[*0\chemfig{{-}H^\oplus}]}[90,1.5]
+ \chemname{\chemfig{*6(-=-=(-Br)-=-)}}{Bromobenzène 2}
+ \arrow(@c5.mid east--@c6.mid west)
+\schemestop
+\chemnameinit{}Z
\idx*\setbondoffset
\idx*\setatomsep
@@ -2630,51 +2649,53 @@ $\star\quad\star$
\idx*{"@}
\exemple*{Reaction mechanism of chlorination}/\scriptsize\setbondoffset{1pt}\setatomsep{2em}\setcompoundsep{4em}
\schemestart
-\chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}\arrow
-\chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)}
-\arrow\chemfig{*6((-O-[:150](=[2]O)-[:-150](=[6]O)-[:150]Cl)=-=-=-)}\+\chemfig{HCl}
-\arrow(@c1--){0}[-90,0.5]
-\chemfig{*6(-=*6(-O-*6(-@{o2}(=[@{o3}]@{o4}O)-Cl)=)-=-=)}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh2}OH)-=)}\arrow
-\chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\lewis{6.,O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)}
-\kern-3em \arrow\chemfig{[:30]*6(=-(-O-[:-60](=O)-[:-120](=[4]O)-[:-60]O-*6(=-=-=-))=-=-)}
-\kern-3em \+\chemfig{HCl}
+ \chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}\arrow
+ \chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)}
+ \arrow\chemfig{*6((-O-[:150](=[2]O)-[:-150](=[6]O)-[:150]Cl)=-=-=-)}\+\chemfig{HCl}
+ \arrow(@c1--){0}[-90,0.5]
+ \chemfig{*6(-=*6(-O-*6(-@{o2}(=[@{o3}]@{o4}O)-Cl)=)-=-=)}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh2}OH)-=)}\arrow
+ \chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\lewis{6.,O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)}
+ \kern-3em \arrow\chemfig{[:30]*6(=-(-O-[:-60](=O)-[:-120](=[4]O)-[:-60]O-*6(=-=-=-))=-=-)}
+ \kern-3em \+\chemfig{HCl}
\schemestop
\chemmove[line width=0.2pt,-stealth,dash pattern = on 2pt off 1pt]{
- \draw[shorten <=2pt](a1)..controls+(200:5mm)and+(200:5mm)..(a2);
- \draw[shorten >=2pt](oh1.west)..controls+(180:15mm)and+(60:5mm)..(a0);
- \draw[shorten <=6pt,shorten >=2pt](o1)..controls+(270:5mm)and+(270:5mm)..(o0);
- \draw[shorten <=2pt](cl0)..controls+(150:5mm)and+(150:5mm)..(cl1.150);
- \draw[shorten <=2pt](o3)..controls +(30:3mm) and +(30:5mm)..(o4.east);
- \draw[shorten >=2pt](oh2.135).. controls +(150:10mm) and +(90:10mm).. (o2);
- \draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5);
- \draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/
-
-\idx*\chemrel
+ \draw[shorten <=2pt](a1)..controls+(200:5mm)and+(200:5mm)..(a2);
+ \draw[shorten >=2pt](oh1.west)..controls+(180:15mm)and+(60:5mm)..(a0);
+ \draw[shorten <=6pt,shorten >=2pt](o1)..controls+(270:5mm)and+(270:5mm)..(o0);
+ \draw[shorten <=2pt](cl0)..controls+(150:5mm)and+(150:5mm)..(cl1.150);
+ \draw[shorten <=2pt](o3)..controls +(30:3mm) and +(30:5mm)..(o4.east);
+ \draw[shorten >=2pt](oh2.135).. controls +(150:10mm) and +(90:10mm).. (o2);
+ \draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5);
+ \draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/
+
\idx*\chemabove
\idx*\chembelow
\idx*{"@}
\idx*\chemmove
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
-\exemple*{Cannizzaro reaction}/\chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)}
-\chemrel[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]{-stealth}
-\chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw[shorten <=8pt](atoo2) ..controls +(up:10mm) and +(up:10mm)..(atoc);
- \draw[shorten <=2pt](db) ..controls +(left:5mm) and +(west:5mm)..(atoo1);}
-\chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([6]-[@{sb1}]@{atoo1}\chembelow{O}{\scriptstyle\ominus})([2]-OH)-[@{sb2}]H)-=-)}
-\hspace{1cm}
-\chemfig{[:-30]*6((-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo2}O)-[2]H)-=-=-=)}
-\chemmove[-stealth,shorten <=2pt,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw([yshift=-4pt]atoo1.270) ..controls +(0:5mm) and +(right:10mm)..(sb1);
- \draw(sb2) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoc);
- \draw(db) ..controls +(right:5mm) and +(east:5mm)..(atoo2);}
-\vspace{1cm}
-\par
-\chemrel{-stealth}
-\chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([1]-@{atoo2}O-[@{sb}0]@{atoh}H)([6]=O))-=-)} \hspace{1cm}
-\chemfig{[:-30]*6((-C(-[5]H)(-[7]H)-[2]@{atoo1}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})-=-=-=)}
-\chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw[shorten <=7pt](atoo1.90) ..controls +(+90:8mm) and +(up:10mm)..(atoh);
- \draw[shorten <=2pt](sb) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo2);}/
+\exemple*{Cannizzaro reaction}/\schemestart
+ \chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)}
+ \arrow(start.mid east--.mid west){->[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]}
+ \chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten <=8pt](atoo2) ..controls +(up:10mm) and +(up:10mm)..(atoc);
+ \draw[shorten <=2pt](db) ..controls +(left:5mm) and +(west:5mm)..(atoo1);}
+ \chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([6]-[@{sb1}]@{atoo1}\chembelow{O}{\scriptstyle\ominus})([2]-OH)-[@{sb2}]H)-=-)}
+ \hspace{1cm}
+ \chemfig{[:-30]*6((-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo2}O)-[2]H)-=-=-=)}
+ \chemmove[-stealth,shorten <=2pt,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw([yshift=-4pt]atoo1.270) ..controls +(0:5mm) and +(right:10mm)..(sb1);
+ \draw(sb2) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoc);
+ \draw(db) ..controls +(right:5mm) and +(east:5mm)..(atoo2);}
+ \arrow(@start.base west--){0}[-75,2]
+ {}
+ \arrow
+ \chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([1]-@{atoo2}O-[@{sb}0]@{atoh}H)([6]=O))-=-)}
+ \arrow{0}
+ \chemfig{[:-30]*6((-C(-[5]H)(-[7]H)-[2]@{atoo1}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})-=-=-=)}
+ \chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten <=7pt](atoo1.90) ..controls +(+90:8mm) and +(up:10mm)..(atoh);
+ \draw[shorten <=2pt](sb) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo2);}
+\schemestop/
\begingroup
\catcode`;=12
@@ -2691,26 +2712,26 @@ $\star\quad\star$
\setcompoundsep{5em}
\setarrowoffset{6pt}
\schemestart
- \chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
- \arrow{<=>[\chemfig{H^\oplus}]}
- \chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}H_2}
- \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=2pt]{
- \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1);
- \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180);}
- \arrow{<=>[\chemfig{{-}H_2O}]}[,1.1]
- \chemleft[\subscheme[90]{%
- \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R}
- \arrow{<->}[,0.75]
- \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}\chemright]
- \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]}[,1.1]
- \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{
- \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);}
- \arrow(@c1--){0}[-90,0.333]
- \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)}
- \arrow{<=>[\chemfig{{-}H^\oplus}]}
- \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}
- \arrow
- \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}
+ \chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
+ \arrow{<=>[\chemfig{H^\oplus}]}
+ \chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}H_2}
+ \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=2pt]{
+ \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1);
+ \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180);}
+ \arrow{<=>[\chemfig{{-}H_2O}]}[,1.1]
+ \chemleft[\subscheme[90]{%
+ \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R}
+ \arrow{<->}[,0.75]
+ \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}\chemright]
+ \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]}[,1.1]
+ \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{
+ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);}
+ \arrow(@c1--){0}[-90,0.333]
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)}
+ \arrow{<=>[\chemfig{{-}H^\oplus}]}
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}
+ \arrow
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}
\schemestop/
\endgroup
@@ -2720,40 +2741,40 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Reaction scheme}/\setatomsep{1.5em}
\setcompoundsep{4em}
\schemestart
- \chemfig{-[::30]=_[::-60](-[:: -60])-[::60]}
- \arrow{->[\chemfig{HCl}]}
- \chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]Cl)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]Cl)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
- \arrow(@c1--.north west){->[\chemfig{H_2O}]}[-45,1.7]
- \chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]OH)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]OH)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
+ \chemfig{-[::30]=_[::-60](-[:: -60])-[::60]}
+ \arrow{->[\chemfig{HCl}]}
+ \chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]Cl)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]Cl)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
+ \arrow(@c1--.north west){->[\chemfig{H_2O}]}[-45,1.7]
+ \chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]OH)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]OH)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
\schemestop/
\idx*\tikzset\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\chemmove\idx*\schemestop
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\exemple*{Esterification of formic acid}Z\tikzset{obrace/.style={left delimiter={[},inner sep=3pt},
- cbrace/.style={right delimiter={]},inner sep=3pt},
- braces/.style={left delimiter={[},right delimiter={]},inner sep=3pt}}
+ cbrace/.style={right delimiter={]},inner sep=3pt},
+ braces/.style={left delimiter={[},right delimiter={]},inner sep=3pt}}
\setatomsep{2em}
\schemestart
- \chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-H}
- \arrow(--M1[obrace]){-U>[\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][][.25]}%
- [,1.5,shorten >=6pt]
- \chemfig{H-@{a2}C(-[:60]O-H)(-[:30,.5,,,draw=none]{\scriptstyle\oplus})-[:-60]O-H}
- \arrow(--[cbrace]){<->}
- \chemfig{H-C(=[:60]\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}-H)-[:-60]O-H}
- \arrow(@M1--){<=>[*{0}\scriptsize\chemfig{H-[:120]@{a1}O-[:60]CH_3}][*{0}\tiny addition]}[-90,1.33]
- \chemfig{H-C(-[2]O-[:30]H)(-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[:60]CH_3)-[:-60]H)-[6]O-[:-30]H}
- \arrow{<=>[\tiny protolysis]}[180]
- \chemfig{H-C(-[2]O-[:30]H)(-O-CH_3)-[@{b1}6]@{a3}\chemabove{O}{\kern-4mm\scriptstyle\oplus}(-[:-150]H)-[:-30]H}
- \arrow(--[obrace]){<=>[*{0}\scriptsize\chemfig{{-}H_2O}][*{0}\tiny elimination]}[-90,,shorten >=6pt]
- \chemfig{H-C(-[:60]O-H)(-[,.5,,,draw=none]{\scriptstyle\oplus})-[:-60]O-CH_3}
- \arrow(--[cbrace]){<->}
- \chemfig{H-C(=[:60]\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}-H)-[:-60]O-CH_3}
- \arrow{-U>[\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][][.25]}[,1.5]
- \chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-CH_3}
- \arrow(@M1--[yshift=-5pt]){0}[180,.5]{\tiny protolysis}
- \chemmove[->,red,shorten <=3pt,shorten >=1pt]{
- \draw(a1)..controls +(0:1.5cm)and+(0:3cm).. (a2);
- \draw(b1)..controls +(0:5mm)and+(20:5mm)..(a3);}
+ \chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-H}
+ \arrow(--M1[obrace]){-U>[\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][][.25]}%
+ [,1.5,shorten >=6pt]
+ \chemfig{H-@{a2}C(-[:60]O-H)(-[:30,.5,,,draw=none]{\scriptstyle\oplus})-[:-60]O-H}
+ \arrow(--[cbrace]){<->}
+ \chemfig{H-C(=[:60]\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}-H)-[:-60]O-H}
+ \arrow(@M1--){<=>[*{0}\scriptsize\chemfig{H-[:120]@{a1}O-[:60]CH_3}][*{0}\tiny addition]}[-90,1.33]
+ \chemfig{H-C(-[2]O-[:30]H)(-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[:60]CH_3)-[:-60]H)-[6]O-[:-30]H}
+ \arrow{<=>[\tiny protolysis]}[180]
+ \chemfig{H-C(-[2]O-[:30]H)(-O-CH_3)-[@{b1}6]@{a3}\chemabove{O}{\kern-4mm\scriptstyle\oplus}(-[:-150]H)-[:-30]H}
+ \arrow(--[obrace]){<=>[*{0}\scriptsize\chemfig{{-}H_2O}][*{0}\tiny elimination]}[-90,,shorten >=6pt]
+ \chemfig{H-C(-[:60]O-H)(-[,.5,,,draw=none]{\scriptstyle\oplus})-[:-60]O-CH_3}
+ \arrow(--[cbrace]){<->}
+ \chemfig{H-C(=[:60]\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}-H)-[:-60]O-CH_3}
+ \arrow{-U>[\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][][.25]}[,1.5]
+ \chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-CH_3}
+ \arrow(@M1--[yshift=-5pt]){0}[180,.5]{\tiny protolysis}
+ \chemmove[red,shorten <=3pt,shorten >=1pt]{
+ \draw(a1)..controls +(0:1.5cm)and+(0:3cm).. (a2);
+ \draw(b1)..controls +(0:5mm)and+(20:5mm)..(a3);}
\schemestop Z
\idx*\schemestart\idx*\subscheme\idx*\arrow\idx*\lewis\idx*\+\idx*\arrow
@@ -2761,31 +2782,32 @@ $\star\quad\star$
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Electrophilic addition of halogen to olefin}/\schemestart
- \subscheme{%
- \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
- \arrow{0}[,0]\+\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}}
- \arrow(@c1--olefin){<=>[*{0}rapide]}[-90]
- \chemfig{>[:-20]C(<[:40])=[@{db}6]C(<[:-130])<[:-20]}
- \arrow(--bromonium){0}[-90]
- \chemname{\chemfig{C*3((<)(<:[:-155])-\raise1.5pt\llap{$\scriptstyle\oplus$}\lewis{17,Br}-C(<:)(<[:155])-)}}
- {bromonium ion}
- \arrow(--carbeniumA){<<->}[,1.5]
- \chemname[12pt]{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<:[:-150])(<[:-100])-[:-30]
- \lewis{157,Br}}}{carbenium ion}
- \arrow(@bromonium--carbeniumB){<<->}[180,1.5]
- \chemname[12pt]{\vflipnext\chemfig{-[:-30]\chembelow{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<[:-150])
- (<:[:-100])-[:-30]\lewis{137,Br}}}{carbenium ion}
- \arrow(@olefin--){0}[,.25]
- \chemfig{@{Br1}\chemabove[3pt]{\lewis{246,Br}}{\scriptstyle\delta\oplus}-[@{b2}]@{Br2}
- \chemabove[3pt]{\lewis{026,Br}}{\scriptstyle\delta\ominus}}
- \arrow(@olefin--[left]){0}[180,0]
- $\pi$ complexe
- \arrow(@carbeniumA--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]}
- \arrow(@carbeniumB--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]}
- \chemmove[-stealth,red,shorten <=3pt,shorten >=2pt]{
- \draw(db) .. controls +(20:5mm) and +(135:5mm) .. (Br1);
- \draw(b2) .. controls +(-90:5mm) and +(-120:5mm) .. (Br2);}
-\schemestop/
+ \subscheme{%
+ \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
+ \arrow{0}[,0]\+\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}}
+ \arrow(@c1--olefin){<=>[*{0}rapide]}[-90]
+ \chemfig{>[:-20]C(<[:40])=[@{db}6]C(<[:-130])<[:-20]}
+ \arrow(--bromonium){0}[-90]
+ \chemname{\chemfig{C*3((<)(<:[:-155])-\raise1.5pt\llap{$\scriptstyle\oplus$}\lewis{17,Br}-C(<:)(<[:155])-)}}
+ {bromonium ion}
+ \arrow(--carbeniumA){<<->}[,1.5]
+ \chemname{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<:[:-150])(<[:-100])-[:-30]
+ \lewis{157,Br}}}{Xarbenium ion}
+ \arrow(@bromonium--carbeniumB){<<->}[180,1.5]
+ \chemname{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<[:-150])
+ (<:[:-100])-[:-30]\lewis{137,Br}}}{carbenium ion}
+ \arrow(@olefin--){0}[,.25]
+ \chemfig{@{Br1}\chemabove[3pt]{\lewis{246,Br}}{\scriptstyle\delta\oplus}-[@{b2}]@{Br2}
+ \chemabove[3pt]{\lewis{026,Br}}{\scriptstyle\delta\ominus}}
+ \arrow(@olefin--[left]){0}[180,0]
+ $\pi$ complexe
+ \arrow(@carbeniumA--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]}
+ \arrow(@carbeniumB--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]}
+ \chemmove[-stealth,red,shorten <=3pt,shorten >=2pt]{
+ \draw(db) .. controls +(20:5mm) and +(135:5mm) .. (Br1);
+ \draw(b2) .. controls +(-90:5mm) and +(-120:5mm) .. (Br2);}
+\schemestop
+\chemnameinit{}/
\idx*\definesubmol
\idx*\setatomsep
@@ -2797,16 +2819,17 @@ $\star\quad\star$
\definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH}
\setatomsep{2.5em}
\schemestart[,1.5]
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}\+\chemfig{H_2SO_4}
- \arrow(nph.mid east--.south west){->[80\degres C]}[45]
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(!\cycleoplus)-(-SO_3H)-)=-=-)}}{Ion 1-arenium}
- \arrow(.mid east--.mid west)
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=(-!{so2oh})-)=-=-)}}{Acide 1-naphthalenesulfonique}
- \arrow(@nph.mid east--.north west){->[160\degres C]}[-45]
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-SO_3H)-(!\cycleoplus)-)=-=-)}}{Ion 2-arenium}\kern-4em
- \arrow(.mid east--.mid west)
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-!{so2oh})=-)=-=-)}}{Acide 2-naphthalenesulfonique}
-\schemestop/
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}\+\chemfig{H_2SO_4}
+ \arrow(nph.mid east--.south west){->[80\degres C]}[45]
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(!\cycleoplus)-(-SO_3H)-)=-=-)}}{Ion 1-arenium}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=(-!{so2oh})-)=-=-)}}{Acide 1-naphthalenesulfonique}
+ \arrow(@nph.mid east--.north west){->[160\degres C]}[-45]
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-SO_3H)-(!\cycleoplus)-)=-=-)}}{Ion 2-arenium}\kern-4em
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-!{so2oh})=-)=-=-)}}{Acide 2-naphthalenesulfonique}
+\schemestop
+\chemnameinit{}/
\begingroup\catcode`;12
\idx*\chemname
@@ -2815,24 +2838,26 @@ $\star\quad\star$
\idx*{"@}
\idx*\chemmove
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\delta}}
-\exemple*{Explanatory diagram}/\parbox{0.8\linewidth}{
-\hspace{10em}
-\tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attacks\\nucleophiles}};\par
-\vspace{2ex}\hspace{15em}
-\chemfig{R^2-(-[:-60]@{a0}H)-[:60]@{a1}(-[:120]R^1)(-[1,0.25,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta+)
- =[@{a2}]@{a3}\lewis{1:7:,O}-[1,0.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta{-}}
-\hspace{5em}
-\chemname[-15ex]{}{\tikz[remember picture]\node(n1){};Addition reactions}\kern1em
-\chemname{}{\tikz[remember picture]\node(n2){};Basic properties}\par
-\vspace{6ex}\hspace{8em}
-\chemname{}{Acidic properties of hydrogen\tikz[remember picture]\node(n3){};
- \\atom in $\alpha$ position}
-\chemmove[-stealth,line width=0.8pt,green!60!black!70]{
- \draw[shorten >=2pt](n0)..controls+(270:4em)and+(180:2em)..(a1);
- \draw[shorten >=8pt](n1)..controls+(180:2em)and+(60:2em)..(a2);
- \draw[shorten >=5pt](n2)..controls+(180:2em)and+(270:2em)..([xshift=3pt]a3.315);
- \draw[shorten >=2pt](n3)..controls+(0:2em)and+(270:2em)..(a0);
-}}/
+\exemple*{Explanatory diagram}/\parbox{0.8\linewidth}{%
+ \hspace{10em}
+ \tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attacks\\nucleophiles}};\par
+ \vspace{2ex}\hspace{15em}
+ \chemfig{R^2-(-[:-60]@{a0}H)-[:60]@{a1}(-[:120]R^1)(-[1,0.25,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta+)
+ =[@{a2}]@{a3}\lewis{1:7:,O}-[1,0.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta{-}}
+ \hspace{5em}
+ \chemname[-15ex]{}{\tikz[remember picture]\node(n1){};Addition reactions}\kern1em
+ \chemname{}{\tikz[remember picture]\node(n2){};Basic properties}\par
+ \vspace{6ex}\hspace{8em}
+ \chemname{}{Acidic properties of hydrogen\tikz[remember picture]\node(n3){};
+ \\atom in $\alpha$ position}
+ \chemmove[-stealth,line width=0.8pt,green!60!black!70]{
+ \draw[shorten >=2pt](n0)..controls+(270:4em)and+(180:2em)..(a1);
+ \draw[shorten >=8pt](n1)..controls+(180:2em)and+(60:2em)..(a2);
+ \draw[shorten >=5pt](n2)..controls+(180:2em)and+(270:2em)..([xshift=3pt]a3.315);
+ \draw[shorten >=2pt](n3)..controls+(0:2em)and+(270:2em)..(a0);
+ }%
+}
+\chemnameinit{}/
\endgroup
\idx*\setatomsep
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf
index a3aa098dbfb..07367f1eabf 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf
+++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.pdf
Binary files differ
diff --git a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.tex b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.tex
index c34d97c35f3..50545fc4153 100644
--- a/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.tex
+++ b/Master/texmf-dist/doc/generic/chemfig/chemfig_doc_fr.tex
@@ -1,9 +1,9 @@
% __________________________________________________________________
% | |
% | |
-% | chemfig v1.1a |
+% | chemfig v1.2 |
% | |
-% | 23 f\'evrier 2015 |
+% | 8 octobre 2015 |
% | |
% |__________________________________________________________________|
%
@@ -58,6 +58,7 @@
\usepackage{enumitem}
\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}
+\usetikzlibrary{decorations.markings}
\usetikzlibrary{matrix}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{emerald}
@@ -116,6 +117,7 @@
\let\do\@makeother\dospecials
\make@car@active\ { {}}%
\make@car@active\^^M{\par\leavevmode}%
+ \make@car@active\^^I{\space\space}%
\make@car@active\,{\leavevmode\kern\z@\string,}%
\make@car@active\-{\leavevmode\kern\z@\string-}%
\make@car@active\>{\leavevmode\kern\z@\string>}%
@@ -194,7 +196,7 @@
\makeatother
\usepackage[frenchb]{babel}
-\frenchbsetup{StandardLists=true}
+\frenchbsetup{StandardLists=true,og=«,fg=»}
\newcommand\CF{{\ECFAugie ChemFig}\xspace}
\newcommand\TIKZ{ti\textit kz\xspace}
@@ -286,37 +288,37 @@ delim_2 "\\dotfill"
\parindent0pt\pagestyle{plain}
\tableofcontents
\parskip\medskipamount
-\vspace{2cm}
+\newpage
\setitemize{leftmargin=3em,topsep=0pt,parsep=0pt,itemsep=0pt,label=--}
\part{Introduction}
-\section{Avant propos}
-Cette extension a pu voir le jour grâce à l'aide de Christophe \textsc{Casseau} qui en a eu l'idée après s'être confronté à la complexité de la syntaxe de l'extension \href{http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/ppchtex.html}{\texttt{\textbf{ppchtex}}}.
+\section{Nouveau dans la v1.2}
+\paragraph{Pointes de flèches} Le modèle de pointe de flèche «CF» utilisé par défaut dans \CF est désormais défini avec la commande \verb|\pgfdeclarearrow| sur le modèle de «Stealth». Pour cela, la bibliothèque «arrows.meta» est chargée. La pointe «CF» admet donc les mêmes possibilités de personnalisation que la pointe «Stealth». Il est maintenant possible de définir le style de la pointe des flèches par défaut par l'intermédiaire de \verb|\setarrowdefault|.
-Il m'a aidé tout au long de l'écriture du code à trouver des fonctionnalités intéressantes. Il m'a souvent encouragé à coder des fonctionnalités plus avancées alors que j'étais parfois (presque toujours ?) réticent et donc, si \CF a les fonctionnalités qu'il a, c'est en grande partie grâce à lui. Je lui adresse également mes remerciements pour les tests qu'il a effectués lors des versions beta de cette extension et pour sa contribution à l'écriture de ce manuel.\medskip
+\exemple{Personnalisation des flèches}/1) Flèche par défaut :\par
+\schemestart A\arrow B\schemestop
-\begingroup
-\leftskip0.1\linewidth
-\rightskip0.1\linewidth
-\itshape\small
-L'expérience montre qu'il est toujours difficile d'associer le dessin des molécules à la qualité typographique d'un logiciel comme \LaTeX, de ce fait l'utilisateur exigeant et désireux d'avoir un format vectoriel pour ses molécules n'a que peu de choix. Après avoir abandonné en raison de sa complexité le package \emph{ppchtex} développé pour con\TeX t et disponible sous \LaTeX, je me suis tourné vers le monde des logiciels extérieurs à \LaTeX. La difficulté est dans ce cas de trouver un compromis entre qualité et gratuité. Après de nombreux essais infructueux le seule alternative était qu'un nouveau package pour les molécules voit le jour et je remercie vivement Christian \textsc{Tellechea} pour la réalisation de \CF. Il a su être attentif à toutes mes exigences, \CF devait être simple d'utilisation mais posséder des fonctionnalités étendues autant dire que ce n'était pas gagné. Il a pourtant su composer un code \TeX{} d'une grande souplesse avec lequel je prends beaucoup de plaisir à écrire mes molécules. J'espère qu'il en sera de même pour vous lecteur à la recherche d'un package efficace dans ce domaine de la chimie.\smallskip
+2) Personnalisation par flèche :\par
+\schemestart
+ A\arrow[,,->] B\arrow[,,-{Triangle[slant=0.5,blue,width=10pt]}]
+ C\arrow[,,-{CF[sharp]}] D
+\schemestop\par
-\hfill Christophe \textsc{Casseau}\kern0.1\linewidth
-\endgroup\medskip
+3) Style par défaut modifié :\par
+\setarrowdefault{,,-{CF[red,open,length=15pt,line width=1pt]}}
+\schemestart A\arrow B\schemestop/
-Enfin, je tiens à chaleureusement remercier Theo \textsc{Hopman} qui m'a spontanément proposé d'effectuer la traduction de ce manuel en anglais.
+\paragraph{Incrément d'angle} Lorsque l'angle d'une liaison est spécifié par \verb|[<n>]| où \verb|<n>| est un entier, l'angle de la liaison vaut $45\times\text{<n>}$. On peut désormais choisir l'angle qui va multiplier \verb|<n>| par \verb|\setangleincrement{<increment>}| :
-\section{Nouveau dans la v1.1}
-Pour ceux qui trouvent cela « affreux\footnote{Voir \texttt{\detokenize{http://tex.stackexchange.com/questions/161796/ugly-bond-joints-in-chemfig}}} », il est désormais possible de raccorder les liaisons simples entres-elles moyennant un temps de compilation légèrement augmenté. La macro \idx\enablebondjoin{} permet d'activer cette fonctionnalité et \idx\disablebondjoin{} la désactive (comportement préférable qui est celui par défaut).
+\exemple{Modification de l'incrément de l'angle}/Par défaut : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}
-\exemple{Raccord entre liaisons}/\setbondstyle{line width=3pt}
-\chemfig{-[1]-[7]} et
-\enablebondjoin\chemfig{-[1]-[7]}\disablefixedbondlength/
+Incrément de 30 :
+\setangleincrement{30}\chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/
-Lorsqu'une étoile suit la macro \verb|\chemfig*|, les liaisons ont une longueur fixe et par conséquent, les atomes ont des distances de centre à centre qui deviennent variables. La macro \idx\enablefixedbondlength{} rend ce comportement valable pour toutes les macros (étoilées ou pas) et \idx\disablefixedbondlength{} revient au comportement par défaut.
+\paragraph{Macros \texttt{\string\chemrel} et \texttt{\string\chemsign}} Ces macros obsolètes sont supprimées du package \CF. Pour écrire des réactions chimiques, il faut se placer dans l'environnement \verb|\schemestart|...\verb|\schemestop| et utiliser les macros \verb|\arrow| et \verb|\+|.
-\exemple{Longueur fixe}/\chemfig{Cl-Cl}\par
-\chemfig*{Cl-Cl}/
+\paragraph{Librairie «external»}
+En tenant compte des limitation exposées dans la documentation de la librairie «external», la macro \verb|\chemfig| est maintenant compatible avec cette librairie.
\section{Présentation}
Pour charger \CF, il faut écrire :
@@ -340,17 +342,17 @@ La commande \verb|\chemfig| dessine une molécule en se servant de commandes de
\newpage
\part{Fonctionnement de \protect\CF}
-Cette partie est consacrée à la description des fonctionnalités les plus courantes de \CF. L'utilisateur trouvera ici les explications suffisantes pour dessiner la plupart des molécules. La présentation des fonctionnalités est faite sous un angle théorique, et le but de cette partie n'est pas de dessiner de vraies molécules chimiques mais de donner à l'utilisateur une description formelle des fonctionnalités de \CF. La partie ``Utilisation avancée'', page~\pageref{utilisation.avancee}, sera plus pratique et dévoilera des fonctionnalités plus avancées pour les utilisations les plus pointues. On y mettra aussi en avant des méthodes pour construire de vraies molécules chimiques, page \pageref{exemples.commentes}. Enfin, la dernière partie présentera des molécules chimiques et le code utilisé pour les dessiner.
+Cette partie est consacrée à la description des fonctionnalités les plus courantes de \CF. L'utilisateur trouvera ici les explications suffisantes pour dessiner la plupart des molécules. La présentation des fonctionnalités est faite sous un angle théorique, et le but de cette partie n'est pas de dessiner de vraies molécules chimiques mais de donner à l'utilisateur une description formelle des fonctionnalités de \CF. La partie «Utilisation avancée», page~\pageref{utilisation.avancee}, sera plus pratique et dévoilera des fonctionnalités plus avancées pour les utilisations les plus pointues. On y mettra aussi en avant des méthodes pour construire de vraies molécules chimiques, page \pageref{exemples.commentes}. Enfin, la dernière partie présentera des molécules chimiques et le code utilisé pour les dessiner.
\section{Groupes d'atomes}
-Intrinsèquement, le dessin d'une molécule chimique consiste à relier par des traits de différents types des groupes d'atomes. Ainsi, dans la molécule \chemfig{O=O}, il y a 2 groupes d'atomes, chacun constitué d'un seul atome ``O''.
+Intrinsèquement, le dessin d'une molécule chimique consiste à relier par des traits de différents types des groupes d'atomes. Ainsi, dans la molécule \chemfig{O=O}, il y a 2 groupes d'atomes, chacun constitué d'un seul atome «O».
{\fboxsep1pt
Mais dans cette molécule
\molht{H_3C-C(-[:-30]OH)=[:30]O}
-on compte 4 groupes d'atomes : ``$\mathrm{H_3C}$'', ``C'', ``O'' et ``OH''. Pour des raisons que nous verrons plus tard, \CF examine chaque groupe d'atomes et le découpe en atomes. Chaque atome s'étend jusqu'à rencontrer une lettre majuscule ou un de ces caractères spéciaux : {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. Pour \CF, tous les caractères entre accolades sont ignorés pour le découpage en atomes\idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes}.
+on compte 4 groupes d'atomes : «$\mathrm{H_3C}$», «C», «O» et «OH». Pour des raisons que nous verrons plus tard, \CF examine chaque groupe d'atomes et le découpe en atomes. Chaque atome s'étend jusqu'à rencontrer une lettre majuscule ou un de ces caractères spéciaux : {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}. Pour \CF, tous les caractères entre accolades sont ignorés pour le découpage en atomes\idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes}.
-Par conséquent, le premier groupe d'atomes ``$\mathrm{H_3C}$'' est découpé en 2 atomes : $\boxednode{H_3}{}$ et $\boxednode C{}$. Chimiquement, il arrive que ce ne soient pas de vrais atomes puisque $\mathrm{H_3}$ par exemple, est constitué de 3 atomes d'hydrogène. Par abus de langage, on parlera d'atomes par la suite. Par conséquent, \CF voit la molécule précédente ainsi :
+Par conséquent, le premier groupe d'atomes «$\mathrm{H_3C}$» est découpé en 2 atomes : $\boxednode{H_3}{}$ et $\boxednode C{}$. Chimiquement, il arrive que ce ne soient pas de vrais atomes puisque $\mathrm{H_3}$ par exemple, est constitué de 3 atomes d'hydrogène. Par abus de langage, on parlera d'atomes par la suite. Par conséquent, \CF voit la molécule précédente ainsi :
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
\molht{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}}
@@ -375,7 +377,7 @@ Un espace est ignoré s'il est au début d'un groupe d'atomes.
\end{center}
\label{setdoublesep}La commande \verb-\setdoublesep{<dim>}-\idx*{\setdoublesep} permet de régler l'espacement entre les traits des liaisons doubles ou triples. Cet espacement vaut 2pt par défaut.
-\label{longueur.liaison}\idx*{liaison!longueur}Lorsqu'une liaison est faite entre 2 atomes, il faut comprendre que ces atomes sont contenus dans des boîtes invisibles rectangulaires. Les centres des deux rectangles sont séparés par une distance réglable $\Delta$, appelée ``distance interatome''. De plus, les liaisons ne relient pas exactement les frontières des rectangles : une distance $\delta$, réglable elle aussi, sépare le bord des rectangles du début et de la fin de la liaison. Pour aider à la compréhension, les boîtes rectangulaires sont rendues visibles dans ce schéma :
+\label{longueur.liaison}\idx*{liaison!longueur}Lorsqu'une liaison est faite entre 2 atomes, il faut comprendre que ces atomes sont contenus dans des boîtes invisibles rectangulaires. Les centres des deux rectangles sont séparés par une distance réglable $\Delta$, appelée «distance interatome». De plus, les liaisons ne relient pas exactement les frontières des rectangles : une distance $\delta$, réglable elle aussi, sépare le bord des rectangles du début et de la fin de la liaison. Pour aider à la compréhension, les boîtes rectangulaires sont rendues visibles dans ce schéma :
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[every node/.style={anchor=base,inner sep=1.5pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt},baseline]
\node[draw] at(0,0)(aa){\huge A};
@@ -415,7 +417,7 @@ Si deux liaisons se suivent, alors \CF insère un groupe vide \verb-{}-, et auto
\exemple{Style des liaisons}/\setbondstyle{line width=1pt,red}
\chemfig{A-B=C>|D<E>:F}/
-\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme ``\verb-#(<dim1>,<dim2>)-'', où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur ``B'', puis partant de ``B'' et enfin pour les deux à la fois :
+\label{modif.retrait}On peut spécifier l'espacement $\delta$ pour une seule liaison avec le caractère \verb-#-\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}. Ce caractère doit se situer \emph{immédiatement} après le signe de liaison et dispose d'un argument obligatoire entre parenthèses de la forme «\verb-#(<dim1>,<dim2>)-», où \verb-<dim1>- représente l'espacement $\delta$ au début de la liaison et \verb-<dim2>- celui de la fin. Si \verb-<dim2>- est omis, l'espacement en fin de liaison prend la valeur de $\delta$ en vigueur à ce moment. On peut observer sur cet exemple comment le retrait, réglé à 4pt pour être plus visible, est rendu nul pour la liaison arrivant sur «B», puis partant de «B» et enfin pour les deux à la fois :
\begingroup
\catcode`\#12
\exemple{Réglage fin du retrait des liaisons}/\setbondoffset{4pt}
@@ -449,13 +451,26 @@ Voici un exemple où les 3 dimensions sont modifiées :
Il y a plusieurs façons de spécifier l'angle d'une liaison.
\subsection{Angle prédéfini}
-\idx*{liaison!angle!prédéfini}Lorsque l'argument optionnel contient un entier celui-ci représente l'angle que fait la liaison avec l'horizontale, en multiples de 45\degres. Ainsi, \verb-[0]- spécifie un angle de 0\degres, \verb-[1]- de 45\degres, ainsi de suite jusqu'à \verb-[7]- qui spécifie un angle de 315\degres. L'entier peut trouver en dehors de l'intervalle $[0\;;\;7]$ auquel cas l'angle est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$.
+\idx*{liaison!angle!prédéfini}Lorsque l'argument optionnel contient un entier celui-ci représente l'angle que fait la liaison avec l'horizontale, en multiples de 45\degres. Ainsi, \verb-[0]- spécifie un angle de 0\degres, \verb-[1]- de 45\degres, etc.
\exemple{Angles prédéfinis}|\chemfig{A-B-[1]C-[3]-D-[7]E-[6]F}|
Ces angles restent valable si les atomes sont vides et il en sera de même par la suite pour toutes les fonctionnalités que nous verrons :
\exemple{Angles prédéfinis, groupes vides}|\chemfig{--[1]-[3]--[7]-[6]}|
+Pour ceux qui trouvent cela « affreux\footnote{Voir \texttt{\detokenize{http://tex.stackexchange.com/questions/161796/ugly-bond-joints-in-chemfig}}} », il est désormais possible de raccorder les liaisons simples entres-elles moyennant un temps de compilation légèrement augmenté. La macro \idx\enablebondjoin{} permet d'activer cette fonctionnalité et \idx\disablebondjoin{} la désactive (comportement préférable qui est celui par défaut).
+
+\exemple{Raccord entre liaisons}/\setbondstyle{line width=3pt}
+\chemfig{-[1]-[7]} et
+\enablebondjoin\chemfig{-[1]-[7]}\disablefixedbondlength/
+
+\label{setangleincrement}Il est possible de modifier l'angle dont on prend les multiples. La macro \idx\setangleincrement{} permet de choisir un autre angle que celui de 45\degres{} sélectionné par défaut :
+
+\exemple{Modification de l'angle prédéfini}/Par défaut (45) : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}
+
+\setangleincrement{30}
+Angle de 30 : \chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]}/
+
\subsection{Angle absolu}
\idx*{liaison!angle!absolu}Si on veut spécifier un angle en degrés avec l'horizontale, alors l'argument optionnel doit prendre cette forme : \verb-[:<angle absolu>]-. S'il le faut, l'\verb-<angle absolu>- est ramené dans l'intervalle $[0\;;\;360]$ :
\exemple{Angles absolus}/\chemfig{A-[:30]B=[:-75]C-[:10]D-[:90]>|[:60]-[:-20]E-[:0]~[:-75]F}/
@@ -466,18 +481,18 @@ Ces angles restent valable si les atomes sont vides et il en sera de même par l
Voici une molécule où les angles des liaisons augmentent de 20\degres{} à chacune après la première dont l'angle est absolu de $-5\degres$ :
\exemple{Suite d'angles relatifs}|\chemfig{A-[:-5]-[::+20]-[::20]B-[::+20]-[::20]C-[::20]}|
-On peut ``casser'' un enchaînement d'angles relatifs en mettant un angle absolu ou prédéfini lorsqu'on le souhaite. Ici, c'est à l'atome ``B'' dont la liaison suivante un angle absolu de 315\degres.
+On peut «casser» un enchaînement d'angles relatifs en mettant un angle absolu ou prédéfini lorsqu'on le souhaite. Ici, c'est à l'atome «B» dont la liaison suivante un angle absolu de 315\degres.
\exemple{Suite d'angles relatif puis angle absolu}|\chemfig{A-[:-5]-[::20]-[::20]B-[7]-[::20]C-[::20]}|
\section{Longueur d'une liaison}
-\idx*{liaison!longueur}En fait, il faudrait plutôt parler d'espace interatome que de longueur d'une liaison. En effet, seul l'espace interatome est réglable avec \idx{\setatomsep} comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Une fois ce paramètre fixé, la longueur d'une liaison dépend du contenu des atomes et, dans une moindre mesure, de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Il est bien évident que deux atomes peu ``encombrants'' auront leurs bords plus lointains que s'il avaient été encombrants. On s'en rend très bien compte sur cet exemple où les atomes ``I'' sont plus étroits que les atomes ``M'' ce qui entraîne que la liaison entre les ``I'' est plus longue que celle entre les ``M'' :
+\idx*{liaison!longueur}En fait, il faudrait plutôt parler d'espace interatome que de longueur d'une liaison. En effet, seul l'espace interatome est réglable avec \idx{\setatomsep} comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Une fois ce paramètre fixé, la longueur d'une liaison dépend du contenu des atomes et, dans une moindre mesure, de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Il est bien évident que deux atomes peu «encombrants» auront leurs bords plus lointains que s'il avaient été encombrants. On s'en rend très bien compte sur cet exemple où les atomes «I» sont plus étroits que les atomes «M» ce qui entraîne que la liaison entre les «I» est plus longue que celle entre les «M» :
\exemple{Influence de la largeur de l'atome}|\chemfig{I-I}\par
\chemfig{M-M}|
Cet aspect de l'encombrement des atomes se fait particulièrement sentir lorsqu'ils comportent les exposants ou des indices. Dans cet exemple, la liaison est bien plus courte, au point de se confondre avec un signe mathématique $-$ :
\exemple{Liaison trop courte}|\chemfig{A^{++}_{2}-B^{-}_3}|
-Il est important de remarquer que l'exposant «\verb+-+» est \emph{mis entre accolades}. En effet si ce n'était pas le cas, \CF stopperait l'atome sur ce caractère qui est un caractère de liaison. L'atome serait donc ``\verb-B^-'', ce qui conduirait à des résultats inattendus.
+Il est important de remarquer que l'exposant «\verb+-+» est \emph{mis entre accolades}. En effet si ce n'était pas le cas, \CF stopperait l'atome sur ce caractère qui est un caractère de liaison. L'atome serait donc «\verb-B^-», ce qui conduirait à des résultats inattendus.
Il est possible de changer le comportement de \CF quant à l'espace interatome. En effet, lorsque la commande \verb+\chemfig+ est immédiatement suivie d'une étoile, la macro \verb-\setatomsep{<dimension>}-\idx*{\setatomsep} ne spécifie plus la distance entre les centres des atomes, notée $\Delta$, mais \emph{la longueur des liaisons}. Dès lors, les liaisons ont des longueurs fixes tandis que la distance entre les centres des atomes devient variable et dépend de leur encombrement. Voici le schéma de la page~\pageref{longueur.liaison} et ce qu'il devient avec la macro \verb|\chemfig*| :
@@ -547,7 +562,7 @@ On peut modifier la taille des molécules\idx*{taille des molécules@taille des
\tiny \chemfig{H-[:30]O-[:-30]H}/
\section{Atome de départ et d'arrivée}
-\idx*{liaison!atome de départ et d'arrivée}Un groupe d'atomes peut contenir plusieurs atomes. Mettons que l'on veuille relier le groupe ``ABCD'' au groupe ``EFG'' avec une liaison. \CF calcule quel atome du premier groupe et quel atome de second groupe il faut relier en fonction de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Si l'angle est compris entre $-90\degres$ et 90\degres{} (modulo 360\degres) ces valeurs étant \emph{non comprises}, alors, la liaison se fait entre le dernier atome du premier groupe et de premier atome du second groupe. Dans tous les autres cas, la liaison se fait par défaut entre le premier atome du premier groupe et le dernier atome du second groupe.
+\idx*{liaison!atome de départ et d'arrivée}Un groupe d'atomes peut contenir plusieurs atomes. Mettons que l'on veuille relier le groupe «ABCD» au groupe «EFG» avec une liaison. \CF calcule quel atome du premier groupe et quel atome de second groupe il faut relier en fonction de l'angle que fait la liaison avec l'horizontale. Si l'angle est compris entre $-90\degres$ et 90\degres{} (modulo 360\degres) ces valeurs étant \emph{non comprises}, alors, la liaison se fait entre le dernier atome du premier groupe et de premier atome du second groupe. Dans tous les autres cas, la liaison se fait par défaut entre le premier atome du premier groupe et le dernier atome du second groupe.
Voici des exemples où les angles sont dans l'intervalle $]-90\;;90[$, et où la liaison se fait donc entre D et E :
\exemple{Atomes liés par défaut}|\chemfig{ABCD-[:75]EFG}\quad
@@ -573,13 +588,13 @@ où \verb-<entier 1>- et \verb-<entier 2>- sont les numéros des atomes de dépa
\centerverb/[,,,,<code tikz>]/
\smallskip
-\idx*{tikz}Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme ``\verb-red-'', de pointillés comme ``\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-'', d'épaisseur comme ``\verb-line width=2pt-'' ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant ``\verb-draw=none-''\idx*{liaison!invisible}. Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule :
+\idx*{tikz}Ce \verb-<code tikz>- est passé directement à \TIKZ lorsque la liaison est tracée. On peut y mettre des attributs de couleur comme «\verb-red-», de pointillés comme «\verb-dash pattern=on 2pt off 2pt-», d'épaisseur comme «\verb-line width=2pt-» ou même de décoration si on a chargé une librairie de décoration de \TIKZ. On peut aussi rendre une liaison invisible en écrivant «\verb-draw=none-»\idx*{liaison!invisible}. Si on veut spécifier plusieurs attributs, on utilise la syntaxe de \TIKZ en les séparant par une virgule :
\exemple{Passage de code tikz}|\chemfig{A-[,,,,red]B}\par
\chemfig{A-[,,,,dash pattern=on 2pt off 2pt]B}\par
\chemfig{A-[,,,,line width=2pt]B}\par
\chemfig{A-[,,,,red,line width=2pt]B}|
-On peut ainsi avoir accès aux nombreuses librairies de décoration de \TIKZ. On peut par exemple utiliser la librairie ``\verb-pathmorphing-'' en écrivant \verb-\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}- dans le préambule pour tracer des liaisons ondulées :
+On peut ainsi avoir accès aux nombreuses librairies de décoration de \TIKZ. On peut par exemple utiliser la librairie «\verb-pathmorphing-» en écrivant \verb-\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}- dans le préambule pour tracer des liaisons ondulées :
\exemple{Liaison ondulée}|\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration=snake]B}|
Les liaisons de Cram sont insensibles aux attributs d'épaisseur et de pointillés.
@@ -597,7 +612,7 @@ On peut changer ces valeurs par défaut pour toute la molécule en débutant le
\centerverb/[<angle>,<coeff>,<n1>,<n2>,<code tikz>]/
\smallskip
-Ainsi, si le code de la molécule commence par \verb-[:20,1.5]-, alors toutes les liaisons auront un angle de 20\degres{} par défaut et les distances interatomes une longueur qui vaut 1,5 fois la distance interatomes par défaut. On peut à tout moment ignorer ces valeurs par défaut en spécifiant un argument optionnel, comme pour la liaison qui suit l'atome ``C'' de cet exemple :
+Ainsi, si le code de la molécule commence par \verb-[:20,1.5]-, alors toutes les liaisons auront un angle de 20\degres{} par défaut et les distances interatomes une longueur qui vaut 1,5 fois la distance interatomes par défaut. On peut à tout moment ignorer ces valeurs par défaut en spécifiant un argument optionnel, comme pour la liaison qui suit l'atome «C» de cet exemple :
\exemple{Écrasement des valeurs par défaut}|\chemfig{[:20,1.5]A-B-C-[:-80,0.7]D-E-F}|
Si on écrit un improbable \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]-, sauf indication contraire, toutes les liaisons auront un angle de 45\degres{} avec l'horizontale, les distances interatomes vaudront 1,5 fois la distance par défaut, les liaisons partiront et arriveront sur le deuxième atome de chaque groupe et seront rouges et épaisses :
@@ -607,19 +622,19 @@ Si on écrit un improbable \verb-[1,1.5,2,2,red,thick]-, sauf indication contrai
\subsection{Principe}
Jusqu'à présent, toutes les molécules étaient linéaires, ce qui est rare. On peut attacher une sous molécule à un atome faisant suivre cet atome d'un \verb-<code>- entre parenthèses. Ce \verb-<code>- est le code d'une sous molécule qui viendra d'attacher sur l'atome.
-Dans cet exemple, la sous molécule ``\verb/-[1]W-X/'' vient s'attacher sur l'atome ``B'' :
+Dans cet exemple, la sous molécule «\verb/-[1]W-X/» vient s'attacher sur l'atome «B» :
\exemple{Ramification}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)-C}|
On peut avoir plusieurs sous molécules qui viennent s'attacher sur un même atome. Il suffit de le faire suivre de plusieurs parenthèses contenant le code de chaque sous molécule :
\exemple{Ramifications multiples}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[6]Y-[7]Z)-C}|
-Le code de chaque sous molécule peut définir ses propres valeurs par défaut qui seront valables dans toute l'étendue de la sous molécule. Ici, on attache sur ``B'' une sous molécule ``\verb/[:60]-D-E/'' dont l'angle par défaut vaut 60\degres{} absolus. On attache également sur ``B'' une sous molécule ``\verb/[::-30,1.5]-X-Y/'' dont l'angle par défaut vaut 30\degres{} de moins que celui de la liaison précédente (qui était celle qui allait de ``A'' à ``B'') et dont la distance interatome est 1,5 fois celle par défaut :
+Le code de chaque sous molécule peut définir ses propres valeurs par défaut qui seront valables dans toute l'étendue de la sous molécule. Ici, on attache sur «B» une sous molécule «\verb/[:60]-D-E/» dont l'angle par défaut vaut 60\degres{} absolus. On attache également sur «B» une sous molécule «\verb/[::-30,1.5]-X-Y/» dont l'angle par défaut vaut 30\degres{} de moins que celui de la liaison précédente (qui était celle qui allait de «A» à «B») et dont la distance interatome est 1,5 fois celle par défaut :
\exemple{Valeur par défaut dans les ramifications}|\chemfig{A-B([:60]-D-E)([::-30,1.5]-X-Y)-C}|
-Maintenant, que se passe t-il si au début de la molécule principale, on écrit ``\verb/[:-45]/'' :
+Maintenant, que se passe t-il si au début de la molécule principale, on écrit «\verb/[:-45]/» :
\exemple{Influence de l'angle par défaut}|\chemfig{[:-45]A-B([:60]-D-E)([::-30,1.5]-X-Y)-C}|
-On constate que l'angle entre la liaison \verb/B-C/ et la liaison \verb/B-X/ reste de 30\degres{} puisqu'il s'agissait d'un angle relatif pour la sous molécule ``\verb/-X-Y/''. Par contre, la branche ``\verb/-D-E/'' reste inclinée à 60\degres{} avec l'horizontale et n'a pas suivi le mouvement de rotation imprimé par l'angle de $-45\degres$ du début, ce qui est normal puisque ``\verb/-D-E/'' a un angle absolu. Pour faire pivoter la totalité d'une molécule il est donc important que tous les angles soient relatifs.
+On constate que l'angle entre la liaison \verb/B-C/ et la liaison \verb/B-X/ reste de 30\degres{} puisqu'il s'agissait d'un angle relatif pour la sous molécule «\verb/-X-Y/». Par contre, la branche «\verb/-D-E/» reste inclinée à 60\degres{} avec l'horizontale et n'a pas suivi le mouvement de rotation imprimé par l'angle de $-45\degres$ du début, ce qui est normal puisque «\verb/-D-E/» a un angle absolu. Pour faire pivoter la totalité d'une molécule il est donc important que tous les angles soient relatifs.
\subsection{Imbrication}
Les sous molécules peuvent être imbriquées, et les règles vues au paragraphe précédent restent valables :
@@ -632,19 +647,19 @@ Mettons maintenant que nous voulions dessiner la molécule d'anhydride d'acide :
La meilleure méthode pour y arriver est de choisir le plus long chemin. Ici nous pouvons par exemple dessiner le chemin \verb/R-C-O-C-R/ en tenant compte des angles et en n'utilisant que les angles relatifs :
\exemple{Structure de l'anhydride d'acide}|\chemfig{R-C-[::-60]O-[::-60]C-[::-60]R}|
-Partant de cette structure, il suffit de rajouter deux sous molécules ``\verb/=O/'' sur les atomes de carbone :
+Partant de cette structure, il suffit de rajouter deux sous molécules «\verb/=O/» sur les atomes de carbone :
\exemple{Anhydride d'acide}|\chemfig{R-C(=[::+60]O)-[::-60]O-[::-60]C(=[::+60]O)-[::-60]R}|
N'ayant utilisé que des angles relatifs, on peut faire pivoter cette molécule, en spécifiant un angle par défaut de 75\degres{} par exemple :
\exemple[70]{Rotation de la molécule}|\chemfig{[:75]R-C(=[::+60]O)-[::-60]O-[::-60]C(=[::+60]O)-[::-60]R}|
\section{Lier des atomes éloignés}
-\idx*{liaison!atomes éloignés}Nous avons vu comment relier des atomes \emph{qui se suivent dans le code}. Il est parfois indispensable de relier entre-eux des atomes ne se suivant pas dans le code. Appelons ``liaisons distantes'' ces liaisons particulières.
+\idx*{liaison!atomes éloignés}Nous avons vu comment relier des atomes \emph{qui se suivent dans le code}. Il est parfois indispensable de relier entre-eux des atomes ne se suivant pas dans le code. Appelons «liaisons distantes» ces liaisons particulières.
Prenons cette molécule :
\exemple{Structure ramifiée}|\chemfig{A-B(-[1]W-X)(-[7]Y-Z)-C}|
-Et mettons que l'on veuille relier les atomes \verb/X/ et \verb/C/. Dans ce cas, \CF permet de poser un ``crochet'' \emph{immédiatement} après l'atome qui nous intéresse. Le caractère utilisé pour poser ce crochet est ``\verb-?-'', pour sa ressemblance avec un crochet. Ainsi, si l'on écrit \verb/X?/, alors, l'atome \verb/X/ portera ce crochet. Par la suite dans le code, tous les atomes suivis d'un \verb-?- seront reliés à \verb/X/ :
+Et mettons que l'on veuille relier les atomes \verb/X/ et \verb/C/. Dans ce cas, \CF permet de poser un «crochet» \emph{immédiatement} après l'atome qui nous intéresse. Le caractère utilisé pour poser ce crochet est «\verb-?-», pour sa ressemblance avec un crochet. Ainsi, si l'on écrit \verb/X?/, alors, l'atome \verb/X/ portera ce crochet. Par la suite dans le code, tous les atomes suivis d'un \verb-?- seront reliés à \verb/X/ :
\exemple{Liaison éloignée}|\chemfig{A-B(-[1]W-X?)(-[7]Y-Z)-C?}|
On aurait pu relier d'autres atomes à X en les faisant suivre de \verb-?-. Ici, ce sont les atomes \verb-C- et \verb-Z- :
@@ -656,7 +671,7 @@ Maintenant, imaginons que nous devions laisser ces liaisons distantes \verb/X-C/
où chaque champ prend sa valeur par défaut s'il est vide :
\begin{itemize}
- \item le \verb-<nom>- est le nom du crochet : tous les caractères alphanumériques (a..z, A..Z, 0..9) sont admis\footnote{Ce n'est pas totalement exact. En réalité, tous les caractères pouvant être mis entre \texttt{\string\csname...\string\endcsname} sont autorisés.}. Ce nom vaut ``\verb-a-'' par défaut. Seul ce champ est pris en compte lors de la première occurrence de ce crochet portant ce nom.
+ \item le \verb-<nom>- est le nom du crochet : tous les caractères alphanumériques (a..z, A..Z, 0..9) sont admis\footnote{Ce n'est pas totalement exact. En réalité, tous les caractères pouvant être mis entre \texttt{\string\csname...\string\endcsname} sont autorisés.}. Ce nom vaut «\verb-a-» par défaut. Seul ce champ est pris en compte lors de la première occurrence de ce crochet portant ce nom.
\item \verb-<liaison>- spécifie avec quelle liaison l'atome portant cette occurrence du crochet doit être reliée a l'atome portant la première occurrence. Deux cas de figure sont possibles; soit ce champ est un entier représentant le type de liaison voulu : 1=liaison simple, 2=liaison double, etc. Voir le tableau page~\pageref{types.liaisons} pour les codes des liaisons.
Soit la \verb-<liaison>- est constituée des caractères codant la liaison, à condition que ces caractères soient \emph{entre accolades};
@@ -684,7 +699,7 @@ L'exemple précédent montre comment tracer un polygone régulier, mais la méth
\verb/<n>/ est le nombre de côtés du polygone et le \verb/<code>/ représente les liaisons et les groupes d'atomes qui constituent ses sommets et arêtes. Ce code \emph{doit} commencer par une liaison puisque l'atome se trouve à l'extérieur du cycle.
-Voici un 5-cycle, attaché a l'atome ``\verb/A/'' :
+Voici un 5-cycle, attaché a l'atome «\verb/A/» :
\exemple{5-cycle}|\chemfig{A*5(-B=C-D-E=)}|
On peut également dessiner un cycle avec un, plusieurs, ou tous les groupes d'atomes vides, comme c'est le cas pour les dessins hors des cycles :
@@ -711,7 +726,7 @@ où chaque champ de l'argument optionnel prend sa valeur par défaut s'il est vi
\subsection{Position angulaire}
\subsubsection{Au départ}
-\idx*{cycle!position angulaire}Comme on le voit dans les exemples ci-dessous, la règle est que l'atome d'attache ``\verb/A/'' se trouve toujours au sud ouest du cycle. De plus, le cycle est toujours construit dans le sens trigonométrique et la dernière liaison tombe verticalement sur l'atome de rattachement :
+\idx*{cycle!position angulaire}Comme on le voit dans les exemples ci-dessous, la règle est que l'atome d'attache «\verb/A/» se trouve toujours au sud ouest du cycle. De plus, le cycle est toujours construit dans le sens trigonométrique et la dernière liaison tombe verticalement sur l'atome de rattachement :
\exemple{Position angulaire des cycles}|\chemfig{A*4(-B-C-D-)}\qquad\chemfig{A*6(------)}|
Si cette position angulaire ne convient pas, il est possible de spécifier via l'argument optionnel du début de la molécule un autre angle par défaut. Voici un 6-cycle qui a été pivoté de $+30\degres$, de $-30\degres$ puis de $+60\degres$ :
@@ -751,18 +766,18 @@ On peut désormais lier des cycles entre eux par des liaisons :
\exemple{Cycles liés}|\chemfig{*6(--(-*5(----(-*4(----))-))----)}|
\subsection{Cycles emboîtés}
-\idx*{cycle!imbrication}Pour ``coller'' 2 cycles entre eux, la syntaxe est légèrement différente : on identifie le sommet d'où va commencer l'autre cycle. Il suffit de faire suivre ce sommet par la syntaxe habituelle d'un cycle. Voici par exemple un 5-cycle qui part du deuxième sommet d'un 6-cycle :
+\idx*{cycle!imbrication}Pour «coller» 2 cycles entre eux, la syntaxe est légèrement différente : on identifie le sommet d'où va commencer l'autre cycle. Il suffit de faire suivre ce sommet par la syntaxe habituelle d'un cycle. Voici par exemple un 5-cycle qui part du deuxième sommet d'un 6-cycle :
\exemple{Cycles imbriqués}|\chemfig{A*6(-B*5(----)=-=-=)}|
-On remarque que le cycle qui vient se greffer sur le cycle principal a une position angulaire telle que deux de leurs côté coïncident. De plus, le 5-cycle n'a que 4 liaisons ``\verb/----/''. En effet, la 5\ieme{} serait inutile puisqu'il s'agit du deuxième côté du 6-cycle qui est déjà tracé.
+On remarque que le cycle qui vient se greffer sur le cycle principal a une position angulaire telle que deux de leurs côté coïncident. De plus, le 5-cycle n'a que 4 liaisons «\verb/----/». En effet, la 5\ieme{} serait inutile puisqu'il s'agit du deuxième côté du 6-cycle qui est déjà tracé.
Il est bien entendu possible de coller plusieurs cycles entre eux :
\exemple{Plusieurs cycles imbriqués}|\chemfig{*5(--*6(-*4(-*5(----)--)----)---)}|
-Il y a un cas où on doit employer une ruse. On voit sur cet exemple que le quatrième côté du deuxième 5-cycle vient boucler sur le centre de l'atome ``\verb-E-''.
+Il y a un cas où on doit employer une ruse. On voit sur cet exemple que le quatrième côté du deuxième 5-cycle vient boucler sur le centre de l'atome «\verb-E-».
\exemple{Dessin non parfait}|\chemfig{A-B*5(-C-D*5(-X-Y-Z-)-E-F-)}|
-Ceci est normal puisque le deuxième 5-cycle (qui part de l'atome ``\verb-D-'') est dessiné \emph{avant} que \CF n'ait pris connaissance de l'atome ``\verb-E-''. Dans ce cas, il faut se servir de deux crochets pour tracer la liaison \verb/Z-E/ :
+Ceci est normal puisque le deuxième 5-cycle (qui part de l'atome «\verb-D-») est dessiné \emph{avant} que \CF n'ait pris connaissance de l'atome «\verb-E-». Dans ce cas, il faut se servir de deux crochets pour tracer la liaison \verb/Z-E/ :
\exemple{Liaison distante et cycle}|\chemfig{A-B*5(-C-D*5(-X-Y-Z?)-E?-F-)}|
On aurait aussi pu utiliser un \verb-\phantom{E}- au dernier sommet du 5-cycle :
@@ -776,65 +791,75 @@ Pour que le cycle ait une forme régulière, il faut passer outre le mécanisme
\exemple{Atomes de départ et d'arrivée imposés}|\chemfig{AB*5(-CDE-[,,1]F-[,,,1]GH-I-)}|\idx*{cycle|)}
\section{Représentation des déplacements d'électrons}\label{mecanismes-reactionnels}\idx*{mécanismes réactionnels|(}
-Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe ``\verb-@{<argument>}-''\idx*{"@}. Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option ``\texttt{remember picture}'' qui est passée à tous les environnements ``\idx{tikzpicture}''. Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le ``\idx{picture remembering}'' et que la compilation soit lancée deux fois.
+Depuis la version 0.3 de \CF, on peut représenter les déplacements d'électrons des effets mésomères ou des mécanismes réactionnels. Cela est rendu possible en marquant le point de départ et le point d'arrivée de la flèche que l'on utilise pour indiquer la migration des électrons à l'aide de la syntaxe «\verb-@{<argument>}-»\idx*{"@}. Cette syntaxe permet de poser un nœud (au sens de \TIKZ) en rendant ce nœud accessible en dehors de l'argument de la commande \verb-\chemfig- grâce à l'option «\texttt{remember picture}» qui est passée à tous les environnements «\idx{tikzpicture}». Cela suppose que le visualiseur prenne en charge le «\idx{picture remembering}» et que la compilation soit lancée deux fois.
Deux cas de figure peuvent se présenter, on peut poser :
\begin{itemize}
- \item un nœud de dimension nulle sur une liaison en utilisant la syntaxe ``\verb-@{<nom>,<coeff>}-'' placée immédiatement au début de l'argument optionnel de la liaison concernée sans être suivi d'une virgule s'il y a un premier argument optionnel. Dans ce cas, le nœud portera le nom ``\verb-<nom>-'' et le \verb-<coeff>-, compris entre 0 et 1, déterminera où le nœud se situera sur la liaison. Si on utilise ``\verb-@{<nom>}-'', le \verb-<coeff>- prend la valeur de 0.5 par défaut ce qui signifie que le nœud est posé au milieu de la liaison;
- \item un nœud sur un atome en utilisant la syntaxe ``\verb-@{<nom>}-'' immédiatement avant l'atome concerné. Dans ce cas, le nœud a exactement le même encombrement que l'atome, il peut notamment être vide et donc avoir des dimensions nulles.
+ \item un nœud de dimension nulle sur une liaison en utilisant la syntaxe «\verb-@{<nom>,<coeff>}-» placée immédiatement au début de l'argument optionnel de la liaison concernée sans être suivi d'une virgule s'il y a un premier argument optionnel. Dans ce cas, le nœud portera le nom «\verb-<nom>-» et le \verb-<coeff>-, compris entre 0 et 1, déterminera où le nœud se situera sur la liaison. Si on utilise «\verb-@{<nom>}-», le \verb-<coeff>- prend la valeur de 0.5 par défaut ce qui signifie que le nœud est posé au milieu de la liaison;
+ \item un nœud sur un atome en utilisant la syntaxe «\verb-@{<nom>}-» immédiatement avant l'atome concerné. Dans ce cas, le nœud a exactement le même encombrement que l'atome, il peut notamment être vide et donc avoir des dimensions nulles.
\end{itemize}
-Une fois que la commande \idx{\chemfig} a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|(}\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} place son argument dans un environnement ``\idx{tikzpicture}'' dans lequel les options sont ``\texttt{remember picture,overlay}''.} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom ``\verb-<nom1>-'' au nœud portant le nom ``\verb-<nom2>-'' :
+Une fois que la commande \idx{\chemfig} a dessiné la (ou les) molécule(s) et a posé les nœuds avec la syntaxe décrite ci dessus, on peut relier ces nœuds entre eux avec les instructions de \TIKZ. Ces instructions seront placées dans l'argument de la commande \verb-\chemmove-\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|(}\footnote{En réalité, la commande \texttt{\string\chemmove} place son argument dans un environnement «\idx{tikzpicture}» dans lequel les options sont «\texttt{remember picture,overlay}».} et auront la syntaxe suivante si par exemple, on doit relier un nœud portant le nom «\verb-<nom1>-» au nœud portant le nom «\verb-<nom2>-» :
\centerverb|\chemmove[<opt>]{\draw[<opt tikz>](<nom1>)<link tikz>(<nom2>);}|
\smallskip
L'argument optionnel \verb-<opt>- de la commande \verb-\chemmove- sera ajouté à l'argument de l'environnement \idx{tikzpicture} dans lequel seront tracées les liaisons entre les nœuds. Les instructions \verb-<opt tikz>- et \verb-<link tikz>- sont exhaustivement décrites dans la documentation de l'extension \TIKZ.
\subsection{Effets mésomères}
-Pour fixer les idées prenons l'exemple d'un effet mésomère impliquant une double liaison et un doublet non liant conjugués. Commençons par la possible délocalisation des électrons de la double liaison. On va poser un nœud nommé ``db'' (double bond) au milieu de la double liaison et un nœud nommé ``a1'' sur l'extrémité de la double liaison.
+Pour fixer les idées prenons l'exemple d'un effet mésomère impliquant une double liaison et un doublet non liant conjugués. Commençons par la possible délocalisation des électrons de la double liaison. On va poser un nœud nommé «db» (double bond) au milieu de la double liaison et un nœud nommé «a1» sur l'extrémité de la double liaison.
-\exemple{Effet mésomère 1}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\lewis{2,X}}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
-\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
-\chemmove{\draw[->](db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm).. (a1);}/
+Les macros \verb|\schemestart|, \verb|\schemestop|, \verb|\arrow| et \verb|\+| sont exposées au chapitre \ref{schemas}, à partir de la page \pageref{schemas}.
-Comme on l'a dit, on remarque qu'il n'y pas de virgule derrière le nœud posé dans les arguments optionnels d'une liaison. On écrit ``\verb|=_[@{db}::30]|'' et non pas ``\verb|=_[@{db},::30]|'' comme on serait tenté de le faire.
+\exemple{Effet mésomère 1}/\schemestart
+ \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[::-60]\lewis{2,X}}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+ \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\schemestop
+ \chemmove{\draw(db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm).. (a1);}/
+
+Comme on l'a dit, on remarque qu'il n'y pas de virgule derrière le nœud posé dans les arguments optionnels d'une liaison. On écrit «\verb|=_[@{db}::30]|» et non pas «\verb|=_[@{db},::30]|» comme on serait tenté de le faire.
-Pour relier les nœuds ``db'' et ``a1'', nous avons utilisé la syntaxe suivante :
-\centerverb|\chemmove{\draw[->](db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);}|
+Pour relier les nœuds «db» et «a1», nous avons utilisé la syntaxe suivante :
+\centerverb|\chemmove{\draw(db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);}|
\medskip
-Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle}\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de ``db'' pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de ``a1'' pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud ``dnl'') vers la liaison simple (nœud ``sb'').
-\exemple{Effet mésomère 2}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
-\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+Le style de flèche par défaut dans \verb|\chemmove| est «CF». Dans cet exemple nous demandons une flèche (\verb/[->]/) et nous utilisons 2 points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle}\footnote{Pour connaître toutes les façons de relier deux nœuds avec \TIKZ, lire la documentation de ce package.}. Ceux-ci seront situés en coordonnées polaires à 100\degres{} et 5~mm de «db» pour le premier et à 145\degres{} et 5~mm de «a1» pour le second. Il ne faut pas être effrayé par cette syntaxe qui peut paraître compliquée en première lecture car son utilisation se réduit dans la plupart des cas à un simple copier-coller dans lequel on modifie juste le nom des nœuds et les coordonnées polaires des points de contrôle. Ce que nous allons vérifier tout de suite avec l'ajout d'une flèche partant du doublet non liant (nœud «dnl») vers la liaison simple (nœud «sb»).
+\exemple{Effet mésomère 2}/\schemestart
+ \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+ \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\schemestop
\chemmove{
- \draw[->](db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);
- \draw[->](dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/
-
-Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle} comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de ``dnl'' et un angle de 45\degres{} à 4~mm de ``sb''. Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche.
-\exemple{Effet mésomère 3}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
-\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
-\chemmove[->]{
+ \draw(db)..controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..(a1);
+ \draw(dnl)..controls +(90:4mm) and +(45:4mm)..(sb);}/
+
+Pour notre nouvelle flèche nous avons fixé les points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle} comme suit : un angle de 90\degres{} à 4~mm de «dnl» et un angle de 45\degres{} à 4~mm de «sb». Mais nous ne sommes pas entièrement satisfaits car nous aimerions que la flèche ne touche pas le trait représentant le doublet non liant. Pour cela nous allons ajouter quelques options à notre flèche.
+\exemple{Effet mésomère 3}/\schemestart
+ \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+ \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\schemestop
+\chemmove[->]{% change le style de flèche
\draw(db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm).. (a1);
\draw[shorten <=3pt,shorten >=1pt](dnl) .. controls +(90:4mm)
and +(45:4mm) .. (sb);}/
-L'option ``\verb|shorten <=3pt|'' indique que le point de départ de la flèche doit être raccourci de 3~pt de même ``\verb|shorten >=2pt|'' indique que le point d'arrivé doit être raccourci de 2~pt.
+L'option «\verb|shorten <=3pt|» indique que le point de départ de la flèche doit être raccourci de 3~pt de même «\verb|shorten >=2pt|» indique que le point d'arrivé doit être raccourci de 2~pt.
-On peut utiliser toute la puissance des instructions de \TIKZ pour modifier le dessin de la flèche. Ici, nous changeons l'extrémité de la flèche partant de la double liaison, non plus écrite ``\verb|->|'' mais ``\verb|-stealth|'', nous la dessinons en pointillés d'épaisseur fine et rouge. Nous rajoutons également la lettre $\pi$ au dessus de la flèche en son milieu :
-\exemple{Effet mésomère 4}/\chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
-\chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+On peut utiliser toute la puissance des instructions de \TIKZ pour modifier le dessin de la flèche. Ici, nous changeons l'extrémité de la flèche partant de la double liaison en «\verb|-stealth|», nous la dessinons en pointillés d'épaisseur fine et rouge. Nous rajoutons également la lettre $\pi$ au dessus de la flèche en son milieu :
+\exemple{Effet mésomère 4}/\schemestart
+ \chemfig{@{a1}=_[@{db}::30]-[@{sb}::-60]@{dnl}\lewis{2,X}}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{\chemabove{\vphantom{X}}{\ominus}-[::30]=_[::-60]
+ \chemabove{X}{\scriptstyle\oplus}}
+\schemestop
\chemmove{
\draw[-stealth,thin,dash pattern= on 2pt off 2pt,red]
(db).. controls +(100:5mm) and +(145:5mm)..
node[sloped,above] {$\pi$} (a1);
- \draw[->, shorten <=3pt, shorten >= 1pt]
+ \draw[shorten <=3pt, shorten >= 1pt]
(dnl).. controls +(90:4mm) and +(45:4mm).. (sb);}/
Dans l'exemple suivant nous allons voir comment indiquer la position de l'ancre de départ ou d'arrivée. Si nous écrivons
@@ -842,43 +867,43 @@ Dans l'exemple suivant nous allons voir comment indiquer la position de l'ancre
\hspace{2cm}
\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
\chemmove{
- \draw[->,shorten >=4pt](x1).. controls +(90:1cm) and +(90:1cm).. (x2);}/
+ \draw[shorten >=4pt](x1).. controls +(90:1cm) and +(90:1cm).. (x2);}/
-Nous constatons que l'ancre de départ de notre flèche ne pointe pas correctement sur nos électrons. La flèche part du milieu du bord supérieur du nœud. En effet, nous avons choisi un angle de départ de 90\degres{} et \TIKZ fait donc partir la flèche de l’ancre ``x1.90'' qui correspond à l’intersection de la demi droite partant du centre du nœud ``x1'' et faisant un angle avec l’horizontale de 90\degres{} avec le bord du nœud qui est un rectangle. Pour obtenir le départ de la flèche d’où nous voulons, nous devons spécifier sa position. Après quelques tâtonnements, c’est ``x1.57'' :
+Nous constatons que l'ancre de départ de notre flèche ne pointe pas correctement sur nos électrons. La flèche part du milieu du bord supérieur du nœud. En effet, nous avons choisi un angle de départ de 90\degres{} et \TIKZ fait donc partir la flèche de l’ancre «x1.90» qui correspond à l’intersection de la demi droite partant du centre du nœud «x1» et faisant un angle avec l’horizontale de 90\degres{} avec le bord du nœud qui est un rectangle. Pour obtenir le départ de la flèche d’où nous voulons, nous devons spécifier sa position. Après quelques tâtonnements, c’est «x1.57» :
\exemple{Ancres de départ et d'arrivée 2}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
\hspace{2cm}
\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
-\chemmove[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]{
+\chemmove[shorten <=4pt,shorten >=4pt]{
\draw(x1.57).. controls +(60:1cm) and +(120:1cm).. (x2);}/
-Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle}. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de ``x1'' et 1,5~cm verticalement :
+Dans certains cas il sera plus facile d'utiliser les coordonnées cartésiennes pour les points de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle}. Ici, nous n'utilisons qu'un seul point de contrôle situé à 1~cm horizontalement de «x1» et 1,5~cm verticalement :
\exemple{Un seul point de contrôle}/\chemfig{@{x1}\lewis{1:,X}}
\hspace{2cm}
\chemfig{@{x2}\lewis{2|,X}}
-\chemmove[->,shorten <=4pt,shorten >=4pt]{
+\chemmove[shorten <=4pt,shorten >=4pt]{
\draw(x1.57).. controls +(1cm,1.5cm).. (x2);}/
-Dans ce cas nous plaçons un point de contrôle à 1~cm horizontalement et 2~cm verticalement de ``x1''. Tous les objets graphiques dessinées par l’intermédiaire de la commande \verb|\chemmove| sont faits en surimpression et ne seront pas comptés dans les boîtes englobantes. On peut le constater sur l’exemple précédent.
+Dans ce cas nous plaçons un point de contrôle à 1~cm horizontalement et 2~cm verticalement de «x1». Tous les objets graphiques dessinées par l’intermédiaire de la commande \verb|\chemmove| sont faits en surimpression et ne seront pas comptés dans les boîtes englobantes. On peut le constater sur l’exemple précédent.
\subsection{Mécanismes réactionnels}
-Grâce à l'option \verb|remember picture| qui est passée à tous les environnements ``tikzpicture'' nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}.
-\exemple{Estérification: étape 1}/\setatomsep{7mm}
-\setchemrel{}{}{5mm}
-\chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H}
-\chemsign{+}
-\chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O}
-\chemrel[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]{<>}
-\chemmove[->,shorten <=2pt]{
- \draw[shorten >=2pt](dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc);
+Grâce à l'option \verb|remember picture| qui est passée à tous les environnements «tikzpicture» nous pouvons facilement dessiner les flèches indiquant les mécanismes réactionnels. Prenons comme exemple la première étape de la réaction d'estérification\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}.
+\exemple*{Estérification: étape 1}/\setatomsep{7mm}
+\schemestart
+ \chemfig{R-@{dnl}\lewis{26,O}-H}
+ \+
+ \chemfig{R-@{atoc}C([6]-OH)=[@{db}]O}
+ \arrow(.mid east--){<->[\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}]}
+\schemestop
+\chemmove[shorten <=2pt]{
+ \draw(dnl)..controls +(90:1cm)and+(north:1cm)..(atoc);
\draw[shorten >=6pt](db)..controls +(north:5mm)and+(100:1cm)..(atoh);}/
-L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}|\idx*{\chemabove} ne change pas les dimensions de la boîte englobante\idx*{boite englobante@boîte englobante} du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle} avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de ``atoh'' et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code.
+L'utilisation de la commande \verb|\chemabove{<code>}{<materiel>}|\idx*{\chemabove} ne change pas les dimensions de la boîte englobante\idx*{boite englobante@boîte englobante} du \verb|<code>|. Pour cette raison on peut rencontrer certaines difficultés pour pointer sur le matériel indiquant la charge portée ($\oplus$ ou $\ominus$). Dans l'exemple ci-dessus la solution est de créer un point de contrôle\idx*{points de controle@points de contrôle} avec un angle de 110\degres{} à 1~cm de «atoh» et de raccourcir la flèche de 6pt. Dans l'exemple suivant, seconde étape de la réaction d'estérification, on peut voir que la flèche peut prendre des formes plus compliquées sans forcément surcharger le code.
\exemple{Estérification: étape 2}/\setatomsep{7mm}
-\setchemrel{}{}{5mm}
\chemfig{R-O-C(-[2]R)(-[6]OH)-@{dnl}\lewis{26,O}H}\hspace{1cm}
\chemfig{@{atoh}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
\chemmove{
- \draw[->,shorten <=2pt, shorten >=7pt]
+ \draw[shorten <=2pt, shorten >=7pt]
(dnl).. controls +(south:1cm) and +(north:1.5cm).. (atoh);}/
Nous laissons le soin au lecteur d'écrire la suite\idx*{chemmove@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemmove}|)}\ldots\idx*{mécanismes réactionnels|)}
@@ -891,24 +916,28 @@ Pour plus de commodité, \CF permet d'écrire le nom d'une molécule sous celle-
La \verb-<dimension>-, qui vaut 1.5ex par défaut, sera insérée verticalement entre la \idx{ligne de base} de la molécule et le haut des lettres du \verb-<nom>-. Le \verb-<nom>- sera centré par rapport à la molécule mais ce \verb-<nom>- ne peut pas contenir plusieurs paragraphes. Comme on le voit sur cet exemple : \chemname{\chemfig{H-O-H}}{\scriptsize\bfseries La molécule d'eau : $\mathrm{\mathbf{H_2O}}$}, le \verb-<nom>- qui est affiché sous la molécule est pris en compte dans la boîte englobante mais uniquement en ce qui concerne sa dimension \emph{verticale}. L'encombrement horizontal du \verb-<nom>- est toujours nul.
Voici une réaction avec les noms sous les molécules\idx*{reaction chimique@réaction chimique} :
-\exemple*{Affichage du nom des molécules}/
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
-\chemrel{->}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}/
+\exemple*{Affichage du nom des molécules}/\schemestart
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\schemestop
+\chemnameinit{}/
Il y a quelques contraintes avec cette commande. Pour en pendre conscience, mettons que l'on ait inversé l'acide et l'alcool dans le membre de gauche :
-\exemple*{Alignement des noms 1}/
-\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
-\chemrel{->}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}/
+\exemple*{Alignement des noms 1}/\schemestart
+ \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\schemestop
+\chemnameinit{}/
En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur les exemples de ce manuel), pour écrire le \verb-<nom>-, la commande \idx{\chemname} insère 1.5ex${}+{}$\emph{la plus grande des profondeurs\footnote{En langage \TeX{}, la profondeur est la dimension qui s'étend verticalement sous la ligne de base.} des molécules rencontrées}. \label{chemnameinit}La macro \verb-\chemnameinit{<argument>}-\idx*{\chemnameinit} initialise cette plus grande profondeur avec le contenu de l'\verb-<argument>-. Il convient donc :
\begin{itemize}
@@ -917,26 +946,28 @@ En fait, au dessous de la ligne de base de chaque molécule (en gris clair sur l
\end{itemize}
Le code correct est donc d'utiliser \idx{\chemnameinit} avant et après la réaction :
-\exemple*{Alignement des noms 2}/
-\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}
-\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
-\chemrel{->}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\exemple*{Alignement des noms 2}/\chemnameinit{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}
+\schemestart
+ \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide carboxylique}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\schemestop
\chemnameinit{}/
Enfin, pour écrire un nom sur plusieurs lignes, la commande \idx*{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}@\protect\texttt{\protect\symbol{'134}\protect\symbol{'134}}} rencontrée dans un \verb-<nom>- effectue un retour à la ligne\footnote{Par contre, la commande \texttt{\textbackslash par} est interdite et provoquera une erreur à la compilation.} :
-\exemple*{Nom sur 2 lignes}/
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide\\carboxylique}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
-\chemrel{->}
-\chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
-\chemsign{+}
-\chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\exemple*{Nom sur 2 lignes}/\schemestart
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OH)=[:30]O}}{Acide\\carboxylique}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{R'OH}}{Alcool}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{R-C(-[:-30]OR')=[:30]O}}{Ester}
+ \+
+ \chemname{\chemfig{H_2O}}{Eau}
+\schemestop
\chemnameinit{}/
Si l'on écrit \verb|\chemname*{<nom>}|, alors la macro ne tient pas compte des noms rencontrés précédemment.
@@ -946,22 +977,22 @@ Si l'on écrit \verb|\chemname*{<nom>}|, alors la macro ne tient pas compte des
\section{Découpage des atomes}\label{decoupage.atomes}
Le mécanisme de découpage en atomes\idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes}, déjà décrit auparavant, fait s'étendre chaque atome jusqu'à la prochaine lettre majuscule ou l'un des caractères {\ttfamily \boxedfalseverb{-} \boxedfalseverb{=} \boxedfalseverb{~} \boxedfalseverb{(} \boxedfalseverb{!} \boxedfalseverb{*} \boxedfalseverb{<} \boxedfalseverb{>} \boxedfalseverb{@}}
-Dans certains cas, ce découpage automatique produit des atomes incorrects ce qui peut se traduire par un affichage imparfait. Prenons cette molécule par exemple où l'on remarquera que le caractère ``\texttt('' est mis entre accolade de façon à éviter que \CF ne comprenne à tort qu'une ramification est créée :
+Dans certains cas, ce découpage automatique produit des atomes incorrects ce qui peut se traduire par un affichage imparfait. Prenons cette molécule par exemple où l'on remarquera que le caractère «\texttt(» est mis entre accolade de façon à éviter que \CF ne comprenne à tort qu'une ramification est créée :
\exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}/
-On constate que la liaison qui arrive sur l'atome de carbone en haut à droite est trop courte. Cela se produit car, si l'on applique les règles de découpage\idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes} de \CF dans le groupe d'atomes en haut à droite, les atomes sont découpés de cette façon : ``\texttt{\detokenize{C{(}}}'', ``\texttt{\detokenize{C}}'', ``\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}''. On comprend alors qu'en mode math, le premier atome qui contient une parenthèse ait une profondeur trop importante comme on le voit en rendant visibles les boîtes contenant les atomes :
+On constate que la liaison qui arrive sur l'atome de carbone en haut à droite est trop courte. Cela se produit car, si l'on applique les règles de découpage\idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes} de \CF dans le groupe d'atomes en haut à droite, les atomes sont découpés de cette façon : «\texttt{\detokenize{C{(}}}», «\texttt{\detokenize{C}}», «\texttt{\detokenize{H_3{)}_3}}». On comprend alors qu'en mode math, le premier atome qui contient une parenthèse ait une profondeur trop importante comme on le voit en rendant visibles les boîtes contenant les atomes :
\begin{center}
\fboxsep=0pt
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}%
\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C{(}CH_3{)}_3}%
\end{center}
-Le caractère ``|'' provoque la coupure de l'atome en cours à l'endroit où il est rencontré. Ainsi, on peut écrire \texttt{C\textcolor{red}{|}\detokenize{{(CH_3)_3}}} pour faire en sorte que \CF ne découpe que 2 atomes ici : ``\texttt{\detokenize{C}}'' et ``\texttt{\detokenize{{(CH_3)_3}}}. Le problème de la liaison trop courte est ainsi résolu :
+Le caractère «|» provoque la coupure de l'atome en cours à l'endroit où il est rencontré. Ainsi, on peut écrire \texttt{C\textcolor{red}{|}\detokenize{{(CH_3)_3}}} pour faire en sorte que \CF ne découpe que 2 atomes ici : «\texttt{\detokenize{C}}» et «\texttt{\detokenize{{(CH_3)_3}}}. Le problème de la liaison trop courte est ainsi résolu :
\exemple*{Alcène}/\chemfig{CH_3CH_2-[:-60,,3]C(-[:-120]H_3C)=C(-[:-60]H)-[:60]C|{(CH_3)_3}}/
\section{Affichage des atomes}\label{perso.affichage}
-Une fois le découpage en atomes effectué, la macro \idx{\printatom} est appelée de façon interne par \CF pour afficher chaque atome. Son unique argument est le code produisant l'affichage de l'atome (par exemple ``\verb-H_3-''). Par défaut, cette macro se place en mode mathématique\idx*{mode mathematique@mode mathématique} et affiche son argument avec la police mathématique ``rm''. Elle est définie par le code suivant :
+Une fois le découpage en atomes effectué, la macro \idx{\printatom} est appelée de façon interne par \CF pour afficher chaque atome. Son unique argument est le code produisant l'affichage de l'atome (par exemple «\verb-H_3-»). Par défaut, cette macro se place en mode mathématique\idx*{mode mathematique@mode mathématique} et affiche son argument avec la police mathématique «rm». Elle est définie par le code suivant :
\begin{itemize}
\item \verb|\newcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathrm{#1}}}|\qquad en compilant avec \LaTeX{}\idx*{Latex@\protect\LaTeX}
\item \verb|\def\printatom#1{\ifmmode\rm#1\else$\rm#1$\fi}|\qquad en compilant avec $\varepsilon$\TeX{}\idx*{etex@$\protect\varepsilon$\protect\TeX} ou Con\TeX tX\idx*{ConTeXt@Con\protect\TeX{}t}.
@@ -972,8 +1003,8 @@ On peut modifier le code de cette macro pour personnaliser l'affichage de atomes
\renewcommand*\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/
-Voici comment la redéfinir pour utiliser de la police ``sf'' du mode math :
-\exemple{Atomes affichés en police ``sf''}/\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{#1}}}
+Voici comment la redéfinir pour utiliser de la police «sf» du mode math :
+\exemple{Atomes affichés en police «sf»}/\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{#1}}}
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)(-[:-30]OH)}/
\section{Arguments optionnels}\label{arguments.optionnels}
@@ -981,7 +1012,7 @@ La commande \idx{\chemfig} admet deux arguments optionnels\idx*{chemfig@\protect
\centerverb|\chemfig[<opt1>][<opt2>]{<code molécule>}|
\smallskip
-Le premier argument optionnel \verb-<opt1>- contient des instructions \TIKZ qui seront passées à l'environnement \idx{tikzpicture} dans lequel est dessinée la molécule. Le deuxième argument optionnel \verb-<opt2>- contient des instructions \TIKZ qui seront exécutées lors du dessin de chaque nœud\footnote{Ces instructions sont ajoutées à la fin de l'argument de \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. Cet argument contient par défaut les instructions suivantes : ``{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}''.}.
+Le premier argument optionnel \verb-<opt1>- contient des instructions \TIKZ qui seront passées à l'environnement \idx{tikzpicture} dans lequel est dessinée la molécule. Le deuxième argument optionnel \verb-<opt2>- contient des instructions \TIKZ qui seront exécutées lors du dessin de chaque nœud\footnote{Ces instructions sont ajoutées à la fin de l'argument de \texttt{every node/.style\{<argument>\}}. Cet argument contient par défaut les instructions suivantes : «{\ttfamily anchor=base,inner sep=0pt,outer sep=0pt,minimum size=0pt}».}.
Par l'intermédiaire du premier argument optionnel, on peut choisir par exemple la couleur générale ou l'épaisseur des lignes :
\exemple{Choix du style}/\chemfig{A-B-[2]C}\par\medskip
@@ -1003,13 +1034,13 @@ Un examen attentif de l'exemple suivant révèle que les groupes d'atomes ne son
\chemfig{A^1-B-C-D}\qquad
\chemfig{E_1-F-G-H}/
-Il est étonnant que le deuxième atome soit correctement aligné alors que les deux derniers subissent un décalage vertical qui semblent être la conséquence de la hauteur différente de la boîte englobant le premier atome ``\verb-A^1-'' et ``\verb-E_1-''.
+Il est étonnant que le deuxième atome soit correctement aligné alors que les deux derniers subissent un décalage vertical qui semblent être la conséquence de la hauteur différente de la boîte englobant le premier atome «\verb-A^1-» et «\verb-E_1-».
Pour comprendre ce phénomène, il faut examiner comment \CF place les groupes d'atomes les uns par rapport aux autres. Pour cela, limitons nous aux liaisons horizontales ce qui permet d'employer un vocabulaire particulier, mais l'algorithme est le même pour les autres inclinaisons. En fait, une liaison horizontale part du milieu du côté droit de la boîte englobant l'atome d'où part cette liaison. L'atome d'arrivée est positionné de telle sorte que le milieu du côté gauche de sa boîte englobante soit à l'extrémité de la liaison. Il en découle que le placement vertical de l'atome d'arrivée dépend de l'encombrement vertical de l'atome de départ. Pour limiter ce phénomène, \CF ajoute devant chaque atome d'arrivée le \idx{\vphantom} de l'atome de départ, mais sans l'inclure dans le contenu de cet atome d'arrivée : ce \idx{\vphantom} n'est donc pas destiné à se répercuter sur les atomes suivants. Les atomes qui restent dans chaque groupe sont alignés de telle sorte que leur ligne de base coïncide avec la ligne de base de l'atome précédent.
-On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes ``\verb-B-'' et ``\verb-F-'' sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \idx\vphantom. Pour les atomes ``\verb-C-'' et ``\verb-F-'', la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes ``\verb-A^1-'' et ``\verb-E_1-'' est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas.
+On peut donc mieux expliquer l'alignement défectueux constaté. Les atomes «\verb-B-» et «\verb-F-» sont correctement alignés car ils tiennent compte de la hauteur des atomes qui les précèdent grâce à leur \idx\vphantom. Pour les atomes «\verb-C-» et «\verb-F-», la hauteur des atomes précédents est prise en compte, mais celle des atomes «\verb-A^1-» et «\verb-E_1-» est oubliée ! Il en résulte que, dépendant de l'altitude de ces liaisons, ces atomes sont un peu trop haut ou trop bas.
-On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englobantes des atomes où l'on voit clairement que les atomes ``\verb-B-'' et ``\verb-F-'' ont des boîtes englobantes dont la hauteur qui tient compte des hauteurs des atomes précédents :
+On peut mettre en évidence ce phénomène en rendant visible les boîtes englobantes des atomes où l'on voit clairement que les atomes «\verb-B-» et «\verb-F-» ont des boîtes englobantes dont la hauteur qui tient compte des hauteurs des atomes précédents :
\exemple*{Placement horizontal et boîtes englobantes}/\Huge\setatomsep{2em}
\fboxsep=0pt
\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm#1}}}
@@ -1031,7 +1062,7 @@ Aucune solution automatique n'étant satisfaisante, on peut contourner manuellem
\chemfig{A-.-B}\quad
\chemfig{A-\chemskipalign.-B}/
-Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \idx{\chemskipalign} contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici ``\verb-\chemskipalign.-'' et ``\verb-B-'' :
+Cette commande est à utiliser avec précaution car l'alignement des atomes dans le groupe d'atomes à venir peut être perturbé. En règle générale, tout se passera bien si le groupe d'atomes dans lequel figure \idx{\chemskipalign} contient \emph{un seul atome} dont la hauteur et la profondeur sont \emph{inférieures} à celles de l'atome qui précède et qui suit, et si les atomes qui précèdent et suivent ont leur profondeur et hauteur égales. Voici par exemple la mésaventure qui arrive lorsque le groupe d'atomes contient 2 atomes, ici «\verb-\chemskipalign.-» et «\verb-B-» :
\exemple{Conséquence de la commande \string\chemskipalign}/\large
\fboxsep=0pt
\renewcommand\printatom[1]{\fbox{\ensuremath{\mathrm{#1}}}}
@@ -1044,7 +1075,7 @@ Cette fonctionnalité peut parfois s'avérer utile. Mettons que l'on veuille des
\def\fulldisk{\chemskipalign\tikz\fill(0,0)circle(2pt);}%
\chemfig{A-#(,0pt)\emptydisk-#(0pt,0pt)\fulldisk-#(0pt)B}%
\end{center}
-On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à-dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \idx{\chemskipalign}. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons ``collent'' aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère ``\verb-#-''\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}, fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option ``frenchb'', il est nécessaire de désactiver le caractère actif ``\verb-;-'' qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}-\idx*{\shorthandoff} :
+On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins avec \TIKZ. Afin que ces disques soit à la bonne hauteur, c'est-à-dire à la hauteur de la liaison qui leur arrive dessus, on se servira de la commande \idx{\chemskipalign}. Pour que, à la deuxième ligne de l'exemple ci dessous, les liaisons «collent» aux disques, nous utiliserons la possibilité de modifier le retrait d'une liaison avec le caractère «\verb-#-»\idx*{\protect\symbol{'043}@\protect\texttt{\protect\symbol{'043}}}, fonctionnalité qui a été vue à la page~\pageref{modif.retrait}. Pour les utilisateurs ayant chargé le package babel avec l'option «frenchb», il est nécessaire de désactiver le caractère actif «\verb-;-» qui marque la fin d'une instruction \TIKZ et qui sinon ne serait pas reconnu en tant que tel. C'est pourquoi on se place dans un groupe où l'on écrit l'instruction \verb-\shorthandoff{;}-\idx*{\shorthandoff} :
\begingroup\catcode`;12 \catcode`#12
\exemple{Utilisation de \string\chemskipalign\ et #}/\begingroup
\shorthandoff{;}
@@ -1055,14 +1086,14 @@ On peut définir les commandes qui vont dessiner les disques vides et pleins ave
\endgroup/\endgroup
\section{Liaisons doubles déportées}
-\idx*{liaison!déportées}Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit sur cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire ``à gauche'' ou ``à droite'' de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé.
+\idx*{liaison!déportées}Toutes les liaisons doubles sont composées de 2 traits et ces traits sont tracés de part et d'autre de la ligne théorique que prendrait la liaison simple. Il est possible de déporter cette liaison double de telle sorte qu'un des deux traits soit sur cette ligne théorique. L'autre trait étant alors au dessus ou au dessous de la liaison. En fait, il est plus rigoureux de dire «à gauche» ou «à droite» de la ligne théorique lorsqu'on parcourt la liaison dans le sens du tracé.
-Pour déporter la liaison vers la gauche, il suffit d'écrire ``\verb-=^-'' et pour la déporter vers la droite ``\verb-=_-'' :
+Pour déporter la liaison vers la gauche, il suffit d'écrire «\verb-=^-» et pour la déporter vers la droite «\verb-=_-» :
\exemple{Liaisons doubles déportées}/\chemfig{A-=-B}\par
\chemfig{A-=^-B}\par
\chemfig{A-=_-B}/
-Dans les cycles, les liaisons doubles sont automatiquement déportées vers la gauche. On peut cependant les déporter vers la droite en le spécifiant avec ``\verb-=_-'' :
+Dans les cycles, les liaisons doubles sont automatiquement déportées vers la gauche. On peut cependant les déporter vers la droite en le spécifiant avec «\verb-=_-» :
\exemple{Liaisons doubles déportées et cycles}/\chemfig{*6(-=-=-=)}\qquad
\chemfig{*6(-=_-=_-=_)}/
@@ -1072,27 +1103,30 @@ Les liaisons déportées sont particulièrement utiles dans le tracé de formule
\chemfig{-[:30]=_[:-30]-[:30]=_[:-30]-[:30]}/
\section{Liaisons doubles délocalisées}
-\idx*{liaison!delocalisee@délocalisée}Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé\footnote{Merci à Andreas \textsc{Bröermann} qui m'a suggéré cette fonctionnalité et m'a donné la solution à ce problème.}. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, sa librairie ``decorations'' et ses styles programmables ont tout ce qu'il faut pour le rendre possible.
-
-Tout d'abord, après avoir chargé la librairie ``decorations'' en mettant \verb-\usetikzlibrary{decorations}- dans le préambule, il faut définir (lignes 1 à 14) une décoration baptisée ``ddbond'' pour \og Dashed Double Bond\fg puis définir (lignes 15 et 16) deux styles de \TIKZ que l'on appelle ``lddbond'' et ``rddbond''. Pour le premier, le trait pointillé se fera à gauche du trait médian et pour le second à droite. Ces styles peuvent désormais être appelés avec le 5\ieme{} argument optionnel des liaisons :
-\exemple*{Décorations personnalisées}|\pgfdeclaredecoration{ddbond}{initial}
-{
- \state{initial}[width=4pt]
- {
- \pgfpathlineto{\pgfpoint{4pt}{0pt}}
- \pgfpathmoveto{\pgfpoint{2pt}{2pt}}
- \pgfpathlineto{\pgfpoint{4pt}{2pt}}
- \pgfpathmoveto{\pgfpoint{4pt}{0pt}}
- }
- \state{final}
- {
- \pgfpathlineto{\pgfpointdecoratedpathlast}
- }
+\idx*{liaison!delocalisee@délocalisée}Il est parfois nécessaire de tracer une liaison double dont un trait serait plein et l'autre en pointillé. Cette fonctionnalité n'est pas codée en dur dans \CF puisque \TIKZ, avec sa librairie «decorations.markings» le rend possible.
+
+\exemple*{Liaisons délocalisées}|\catcode`\@=11
+\tikzset{
+ ddbond/.style args={#1}{
+ draw=none,
+ decoration={%
+ markings,
+ mark=at position 0 with {
+ \coordinate (CF@startdeloc) at (0,\dimexpr#1\CF@double@sep/2)
+ coordinate (CF@startaxis) at (0,\dimexpr-#1\CF@double@sep/2);
+ },
+ mark=at position 1 with {
+ \coordinate (CF@enddeloc) at (0,\dimexpr#1\CF@double@sep/2)
+ coordinate (CF@endaxis) at (0,\dimexpr-#1\CF@double@sep/2);
+ \draw[dash pattern=on 2pt off 1.5pt] (CF@startdeloc)--(CF@enddeloc);
+ \draw (CF@startaxis)--(CF@endaxis);
+ }
+ },
+ postaction={decorate}
+ }
}
-\tikzset{lddbond/.style={decorate,decoration=ddbond}}
-\tikzset{rddbond/.style={decorate,decoration={ddbond,mirror}}}
-\setatomsep{4em}
-\chemfig{[:-30]R-C-[::60]C(-[::60,,,,rddbond]O)-[,,,,lddbond]N(-[::-60]H)-[::60]C-R}|
+\catcode`\@=12
+\chemfig{A-[,,,,ddbond={+}]B-[,,,,ddbond={-}]C}|
\section{Sauvegarde d'une sous molécule}\label{definesubmol}
\idx*{sauvegarde d'une molécule|(}\CF est capable de sauvegarder un \verb-<code>- sous forme d'un alias pour le réutiliser sous forme compacte dans le code d'une molécule. Ceci est particulièrement utile lorsque le \verb-<code>- apparaît plusieurs fois.
@@ -1101,23 +1135,23 @@ Pour cela, on dispose de la commande\idx*{\definesubmol}
\centerverb|\definesubmol{<nom>}{<code>}|
\smallskip
-qui sauvegarde le \verb/<code>/ de façon à l'appeler dans le code de la molécule par le raccourci ``\verb/!{<nom>}/''. Ce \verb-<nom>- peut être :
+qui sauvegarde le \verb/<code>/ de façon à l'appeler dans le code de la molécule par le raccourci «\verb/!{<nom>}/». Ce \verb-<nom>- peut être :
\begin{itemize}
\item une suite de caractères : tous les caractères alphanumériques pouvant se trouver entre \texttt{\string\csname} et \texttt{\string\endcsname} sont acceptés;
\item une séquence de contrôle.
\end{itemize}
-Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \idx{\definesubmol}, d'ailleurs, un ``warning'' sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol}
+Dans tous les cas, si l'alias est déjà défini il est déconseillé de l'écraser avec une nouvelle définition faite avec \idx{\definesubmol}, d'ailleurs, un «warning» sera émis avertissant l'utilisateur que cet alias sera écrasé par le nouveau. Pour écraser la définition d'un alias faite au préalable, il faut utiliser :\label{redefinesubmol}
\centerverb|\redefinesubmol{<nom>}{<code>}|\idx*\redefinesubmol
\smallskip
-Voici un code qui dessine la molécule de pentane. On a pris soin auparavant de définir un alias ``\verb/xy/'' pour le code \verb/CH_2/ :
+Voici un code qui dessine la molécule de pentane. On a pris soin auparavant de définir un alias «\verb/xy/» pour le code \verb/CH_2/ :
\exemple{Pentane}|\definesubmol{xy}{CH_2}
\chemfig{H_3C-!{xy}-!{xy}-!{xy}-CH_3}|
-Ici, la manœuvre n'est pas très intéressante puisque ``\verb/!{xy}/'' est aussi long à taper que le code qu'il remplace.
+Ici, la manœuvre n'est pas très intéressante puisque «\verb/!{xy}/» est aussi long à taper que le code qu'il remplace.
-Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans le code de la molécule et en améliore la lisibilité. Dans l'exemple suivant, on dessine la molécule développée de butane. Pour cela, on va définir un alias avec la séquence de contrôle ``\verb/\xx/'' pour la sous molécule $\mathrm{CH_2}$. Comme on n'emploie que des angles relatifs\idx*{liaison!angle!relatif}, il est possible de faire pivoter la molécule entière de l'angle que l'on veut via l'angle du paramètre optionnel global qui spécifie l'angle par défaut des liaisons de la molécule principale. On met ici 15\degres :
+Mais dans certains cas, cette fonctionnalité fait gagner beaucoup de place dans le code de la molécule et en améliore la lisibilité. Dans l'exemple suivant, on dessine la molécule développée de butane. Pour cela, on va définir un alias avec la séquence de contrôle «\verb/\xx/» pour la sous molécule $\mathrm{CH_2}$. Comme on n'emploie que des angles relatifs\idx*{liaison!angle!relatif}, il est possible de faire pivoter la molécule entière de l'angle que l'on veut via l'angle du paramètre optionnel global qui spécifie l'angle par défaut des liaisons de la molécule principale. On met ici 15\degres :
\exemple{Butane}|\definesubmol\xx{C(-[::+90]H)(-[::-90]H)}
\chemfig{[:15]H-!\xx-!\xx-!\xx-!\xx-H}|
@@ -1125,9 +1159,9 @@ La commande \idx{\definesubmol} admet un argument optionnel et sa syntaxe complÃ
\centerverb/\definesubmol{<nom>}[<code1>]{<code2>}/
\medskip
-Dans la cas où l'argument optionnel est présent, l'alias ``\verb-!<nom>-'' sera remplacé par \verb'<code1>' si la liaison qui arrive sur l'alias vient de droite, c'est à dire si l'angle que fait la liaison entrante est compris entre $-90$\degres{} et 90\degres{}, ces valeurs étant non comprises. Pour tous les autres cas où la liaison arrive de gauche ou verticalement, l'alias sera remplacé par \verb-<code2>-.
+Dans la cas où l'argument optionnel est présent, l'alias «\verb-!<nom>-» sera remplacé par \verb'<code1>' si la liaison qui arrive sur l'alias vient de droite, c'est à dire si l'angle que fait la liaison entrante est compris entre $-90$\degres{} et 90\degres{}, ces valeurs étant non comprises. Pour tous les autres cas où la liaison arrive de gauche ou verticalement, l'alias sera remplacé par \verb-<code2>-.
-On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour ``méthyl'' de telle sorte que l'alias ``\verb-!\Me-'' soit remplacé par ``\verb-H_3C-'' lorsque la liaison arrive de droite et par ``\verb-CH_3-'' lorsqu'elle arrive de gauche. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules plus complexes on ne connaît même pas)\idx*{\definesubmol} :
+On va définir une séquence de contrôle \verb-\Me- pour «méthyl» de telle sorte que l'alias «\verb-!\Me-» soit remplacé par «\verb-H_3C-» lorsque la liaison arrive de droite et par «\verb-CH_3-» lorsqu'elle arrive de gauche. Avec cet alias, on peut observer sur l'exemple que l'on n'a plus à s'occuper de l'angle (que dans certaines molécules plus complexes on ne connaît même pas)\idx*{\definesubmol} :
\exemple{Alias dual}/\definesubmol\Me[H_3C]{CH_3}
\chemfig{*6((-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-(-!\Me)=(-!\Me)-)}/\idx*{sauvegarde d'une molécule|)}
@@ -1145,13 +1179,13 @@ Cette commande peut également être utilisée en dehors de l'argument de \verb-
\chemfig{H-\lewis{26,O}-S(=[2]\lewis{13,O})
(=[6]\lewis{57,O})-\lewis{26,O}-H}|
-Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par ``\verb-:-''. Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un ``\verb-.-''. Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un ``\verb-|-''\idx*{\lewis} :
+Si au lieu d'une paire représentée par une ligne, on souhaite deux points, on fait suivre l'entier par «\verb-:-». Si on veut dessiner un électron, il suffit de le faire suivre par un «\verb-.-». Pour dessiner une lacune, on le fait suivre d'un «\verb-|-»\idx*{\lewis} :
\exemple{Décorations de Lewis}*\lewis{0:2:4:6:,C}\qquad\lewis{1:3:5:7:,C}\par\bigskip
\lewis{0.2.4.6.,C}\qquad\lewis{1.3.5.7.,C}\par\bigskip
\lewis{0:2.4|,X}\par\bigskip
Ion oxonuim : \chemfig{H-\lewis{5|7,O^+}(-[2]H)-H}*
-Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \idx{\lewis} ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante\idx*{boite englobante@boîte englobante} de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre ``Décorations'' où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante.
+Toutes les décorations dessinées par l'intermédiaire de \idx{\lewis} ne sont pas comptabilisées dans la boîte englobante\idx*{boite englobante@boîte englobante} de l'atome. Les décorations sont faites en surimpression. On en voit une conséquence dans les deux exemples ci-dessus où les cadre ne semblent ne plus être correctement ajustés au dessin de la molécule qui dépasse légèrement vers le bas. Ceci sera parfois observable dans ce chapitre «Décorations» où l'on présente des commandes qui ne modifient pas la boîte englobante.
\label{Lewis}Il faut noter que la macro \idx{\Lewis} fonctionne de la même façon que la macro \verb-\lewis- mais les décorations seront \emph{prises en compte} dans la boîte englobante.
@@ -1166,7 +1200,7 @@ On peut le constater de façon plus évidente en traçant une \verb-\fbox- autou
Si un argument est vide, il prend sa valeur par défaut.
\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- est la largeur du rectangle représentant une lacune obtenue avec le caractère ``|''. Elle vaut 0.3ex par défaut;
+ \item \verb-<dim1>- est la largeur du rectangle représentant une lacune obtenue avec le caractère «|». Elle vaut 0.3ex par défaut;
\item \verb-<dim2>- est la distance entre la boîte englobant l'atome et la décoration. Elle vaut 0.4ex par défaut;
\item \verb-<dim3>- est la longueur du trait représentant la paire d'électrons. Elle vaut 1.5ex par défaut;
\item \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Ce code est vide par défaut.
@@ -1177,7 +1211,7 @@ Si un argument est vide, il prend sa valeur par défaut.
\setlewis[0.8ex]{}{}{line width=1pt}
\chemfig{A-\lewis{2|,B}-C}*
-Un problème concernant les décorations de Lewis dans les directions obliques peut parfois survenir. Pour l'atome ``O'' dans l'exemple ci-dessous, il semble que la décoration en position 1 soit plus éloignée de l'atome que celle en position 4 :
+Un problème concernant les décorations de Lewis dans les directions obliques peut parfois survenir. Pour l'atome «O» dans l'exemple ci-dessous, il semble que la décoration en position 1 soit plus éloignée de l'atome que celle en position 4 :
\exemple{Directions obliques}/\huge
\Lewis{1|4|,O}/
Or, il n'en en rien comme on peut le voir en traçant la boîte englobante de l'atome :
@@ -1185,9 +1219,9 @@ Or, il n'en en rien comme on peut le voir en traçant la boîte englobante de l'
\fboxsep0pt
\def\printatom#1{\fbox{$\mathrm{#1}$}}
\Lewis{1|4|,O}/
-\label{opt.lewis}L'impression de plus grand éloignement est dû au fait que les contours de la lettre ``O'' sont plus éloignés de ceux de la boîte englobante dans les coins, c'est-à-dire dans les directions impaires.
+\label{opt.lewis}L'impression de plus grand éloignement est dû au fait que les contours de la lettre «O» sont plus éloignés de ceux de la boîte englobante dans les coins, c'est-à-dire dans les directions impaires.
-Pour rapprocher (ou éloigner) les décorations de lewis dans les directions impaires, les commandes \verb-\lewis- et \verb-\Lewis- admettent un argument optionnel qui contient un coefficient qui vient multiplier le décalage entre la boite englobante et la décoration de Lewis réglé avec la commande \idx\setlewis. Pour la lettre ``O'', il semble que la valeur 0.5 soit satisfaisante pour ce coefficient :
+Pour rapprocher (ou éloigner) les décorations de lewis dans les directions impaires, les commandes \verb-\lewis- et \verb-\Lewis- admettent un argument optionnel qui contient un coefficient qui vient multiplier le décalage entre la boite englobante et la décoration de Lewis réglé avec la commande \idx\setlewis. Pour la lettre «O», il semble que la valeur 0.5 soit satisfaisante pour ce coefficient :
\exemple*{Argument optionnel de \string\lewis}/\huge
\Lewis{1|4|,O}\quad \Lewis[0.5]{1|4|,O}
@@ -1220,41 +1254,6 @@ Elles sont parfois utiles pour placer des pseudo exposants tenant lieu de charge
Les commandes \idx{\Chemabove} et \idx{\Chembelow} fonctionnent de la même façon sauf que la boîte englobante \emph{tient compte} du \verb-<matériel>- placé au dessus ou au dessous.
-\subsection{Réactions chimiques}\idx*{reaction chimique@réaction chimique}
-\textbf{Avertissement} : les macros présentées dans cette section ne sont plus maintenues et seront supprimées dans une future version de \CF. Il est conseillé de construire des schémas réactionnels avec les macros \verb|\schemestart| et \verb|\schemestop| et entre ces deux balises, d'utiliser les macros \verb|\arrow| et \verb|\+|.\bigskip
-
-Pour écrire des réactions chimiques, \CF fournit une commande pour les signes et une commande pour les flèches.
-
-\label{chemsign}La commande \verb-\chemsign[<dim>]<signe>-\idx*{\chemsign} écrit le \verb-<signe>-, celui-ci étant entouré de part et d'autre d'un espacement horizontal insécable \verb-<dim>- qui vaut 0.5em par défaut.
-
-\label{chemrel}La commande \verb-\chemrel[<arg1>][<arg2>]{<code flèche>}-\idx*{\chemrel} trace une flèche où les argument optionnels \verb-<arg1>- et \verb-<arg2>- seront placés respectivement au dessus et au dessous de la flèche, sans que sa boîte englobante soit modifiée. Le \verb-<code flèche>- est directement passé à \TIKZ sauf dans le cas où il comporte ``\verb/<>/'' qui permet de tracer deux flèches l'une au dessus de l'autre.
-\exemple{Types de flèches}*A\chemrel{->}B\par
-A\chemrel{<-}B\par
-A\chemrel{<->}B\par
-A\chemrel{<>}B\par
-A\chemrel{->,red,thick}B*
-
-\label{setchemrel}La commande \verb-\setchemrel{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-\idx*{\setchemrel} permet de régler les dimensions dans le tracé de la flèche :
-\begin{itemize}
- \item \verb-<dim1>- est l'espacement vertical entre la flèche et les textes optionnels écrits au dessus et/ou au dessous. Si cet argument est vide, il prend la valeur 2pt par défaut;
- \item \verb-<dim2>- est l'espacement horizontal insécable inséré avant et après la flèche. Si cet argument est vide, il prend sa valeur par défaut de 0,7em;
- \item \verb-<dim3>- est la longueur de la flèche. Si l'argument est vide, il prend sa valeur par défaut de 4em.
-\end{itemize}
-
-\exemple{Textes au dessus des flèches}*\setchemrel{1pt}{}{6em}
-A\chemrel[\footnotesize au dessus][\tiny au dessous]{<->}B*
-
-Voici un exemple de réaction chimique :
-\exemple*{Réaction chimique}|\setchemrel{0pt}{1.2em}{6em}
-\chemfig{**6(------)}\chemsign+\chemfig{H_3C-Cl}
-\chemrel[\itshape\footnotesize Catalyseur]{->}
-\chemfig{**6(---(-)---)}\chemsign+\chemfig{H-Cl}|
-
-Et en voici une autre :
-\exemple*{Synthèse du phényléthyne}/\chemfig{*6(-=*6(-(-Br)-(-Br))-=-=)}
-\chemrel[\chemfig{NaNH_2}][\chemfig{NH_3}]{->}
-\chemfig{*6(-=(-~)-=-=)}/
-
\section{Utilisation de {\protect\ttfamily\protect\textbackslash chemfig} dans l'environnement \protect\ttfamily tikzpicture}
Il est possible d'appeler la commande \idx{\chemfig} à l'intérieur d'un environnement {\ttfamily\idx{tikzpicture}} :
\exemple{\textbackslash chemfig dans tikzpicture}|\begin{tikzpicture}[help lines/.style={thin,draw=black!50}]
@@ -1268,9 +1267,9 @@ Il est possible d'appeler la commande \idx{\chemfig} à l'intérieur d'un enviro
\section{Au delà de la chimie}\label{style.noeuds}
Intrinsèquement, \CF est un outil pour tracer des graphes, et cet outil a été programmé pour qu'il soit adapté à la chimie. Dans une certaine mesure, il est possible de détourner \CF de son usage premier pour tracer des organigrammes ou autres schémas se ramenant à des graphes.
-Chaque atome est contenu dans un nœud de \TIKZ. Par défaut, ces nœuds ont un ``inner sep'' et un ``outer sep'' égal à 0pt. Ils sont rectangulaires comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Ces valeurs par défaut peuvent être écrasées avec la macro \idx{\setnodestyle} dont l'argument est passé à \TIKZ et spécifie le style des nœuds contenant les atomes.
+Chaque atome est contenu dans un nœud de \TIKZ. Par défaut, ces nœuds ont un «inner sep» et un «outer sep» égal à 0pt. Ils sont rectangulaires comme on l'a vu page~\pageref{longueur.liaison}. Ces valeurs par défaut peuvent être écrasées avec la macro \idx{\setnodestyle} dont l'argument est passé à \TIKZ et spécifie le style des nœuds contenant les atomes.
-Dans cet exemple, on spécifie simplement ``draw,inner sep=2pt'' ce qui a pour effet de tracer le contour des nœuds et espacer de 2pt leur contour de leur contenu. On spécifie également \verb-\setbondoffset{0pt}-\idx{\setbondoffset} pour que les liaisons touchent les frontières des nœuds. L'espace interatome est allongé à 75pt. Enfin, la commande \idx{\printatom} est réduite à sa plus simple expression de façon à ne plus se placer en mode mathématique pour afficher les atomes et donc tenir compte des espaces :
+Dans cet exemple, on spécifie simplement «draw,inner sep=2pt» ce qui a pour effet de tracer le contour des nœuds et espacer de 2pt leur contour de leur contenu. On spécifie également \verb-\setbondoffset{0pt}-\idx{\setbondoffset} pour que les liaisons touchent les frontières des nœuds. L'espace interatome est allongé à 75pt. Enfin, la commande \idx{\printatom} est réduite à sa plus simple expression de façon à ne plus se placer en mode mathématique pour afficher les atomes et donc tenir compte des espaces :
\exemple*{Un organigramme}/\setnodestyle{draw,inner sep=2pt}
\setbondoffset{0pt}
\setatomsep{75pt}
@@ -1294,10 +1293,10 @@ De plus, on mettra en évidence que plusieurs possibilités s'offrent à l'utili
\subsection{L'éthanal}
On va ici dessiner la molécule d'éthanal : \chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}
-La meilleure méthode pour les molécules non cycliques est de choisir la plus longue chaîne. Ici on peut prendre ``\verb|H-C-C=O|'' par exemple. Il faut incliner la liaison \verb|C=O| de 45\degres{} en utilisant l'angle prédéfini ``\verb-[1]-''. On obtient la ``structure'' de la molécule sur laquelle il suffira de rajouter les ramifications\idx*{liaison!angle!prédéfini} :
+La meilleure méthode pour les molécules non cycliques est de choisir la plus longue chaîne. Ici on peut prendre «\verb|H-C-C=O|» par exemple. Il faut incliner la liaison \verb|C=O| de 45\degres{} en utilisant l'angle prédéfini «\verb-[1]-». On obtient la «structure» de la molécule sur laquelle il suffira de rajouter les ramifications\idx*{liaison!angle!prédéfini} :
\exemple{Structure de l'éthanal}|\chemfig{H-C-C=[1]O}|
-Il reste à placer 3 atomes d'hydrogène avec les bonnes inclinaisons à l'aide des angles prédéfinis. Le premier à 90\degres{} avec la ramification\idx*{liaison!ramification} ``\verb/(-[1]H)/'', le second à 270\degres{} avec ``\verb/(-[6]H)/'' et celui de droite à 315\degres{} avec ``\verb/(-[7]H)/'' :
+Il reste à placer 3 atomes d'hydrogène avec les bonnes inclinaisons à l'aide des angles prédéfinis. Le premier à 90\degres{} avec la ramification\idx*{liaison!ramification} «\verb/(-[1]H)/», le second à 270\degres{} avec «\verb/(-[6]H)/» et celui de droite à 315\degres{} avec «\verb/(-[7]H)/» :
\exemple{Ethanal}|\chemfig{H-C(-[2]H)(-[6]H)-C(-[7]H)=[1]O}|
\subsection{L'acide 2-amino-4-oxohexanoïque}
@@ -1306,10 +1305,10 @@ Voici la molécule à dessiner : \chemfig{-[::+30]-[::-60](=[:-90]O)-[::+60]-[::
Il existe ---~comme c'est le souvent cas pour la plupart des molécules~--- plusieurs méthodes, et pour chacune, plusieurs façons différentes d'arriver au résultat. Ici, nous allons examiner 4 méthodes différentes.
\subsubsection{Angles absolus}
-\idx*{liaison!angle!absolu}On va tout d'abord tracer la chaîne médiane avec des angles absolus. On règle l'angle par défaut à $+30\degres$ avec l'argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels}, ainsi seules les liaisons ``descendantes'' auront besoin que l'on spécifie leur angle absolu de $-30\degres$ :
+\idx*{liaison!angle!absolu}On va tout d'abord tracer la chaîne médiane avec des angles absolus. On règle l'angle par défaut à $+30\degres$ avec l'argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels}, ainsi seules les liaisons «descendantes» auront besoin que l'on spécifie leur angle absolu de $-30\degres$ :
\exemple{Structure (angles absolus)}|\chemfig{[:30]--[:-30]--[:-30]--[:-30]OH}|
-Il reste à ajouter les ramifications\idx*{liaison!ramification} ``\verb/(=[6]O)/'', ``\verb/(-[6]NH_2)/'' et ``\verb/(=[2]O)/'' sur les bons sommets :
+Il reste à ajouter les ramifications\idx*{liaison!ramification} «\verb/(=[6]O)/», «\verb/(-[6]NH_2)/» et «\verb/(=[2]O)/» sur les bons sommets :
\exemple{Molécule (angles absolus)}|\chemfig{[:30]--[:-30](=[6]O)--[:-30](-[6]NH_2)-(=[2]O)-[:-30]OH}|
\subsubsection{Angles relatifs}
@@ -1355,10 +1354,10 @@ Et l'ajout des ramifications ne pose pas de problème particulier. On utilise de
\definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)}
\chemfig{[2]OH-[3]-!x-!x-!y-!x-=[1]O}
\end{center}
-L'idée est de commencer à dessiner la plus longue chaîne verticale en indiquant un angle ``\verb-[2]-'' par défaut. Voici la structure où l'on met volontairement des lettres minuscules au bout de chaque liaison verticale :
+L'idée est de commencer à dessiner la plus longue chaîne verticale en indiquant un angle «\verb-[2]-» par défaut. Voici la structure où l'on met volontairement des lettres minuscules au bout de chaque liaison verticale :
\exemple{Structure}|\chemfig{[2]OH-[3]-a-b-c-d-=[1]O}|
-Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui les termineront. Prenons ``\verb-x-'' que nous mettrons à la place des minuscules a, c et d et ``\verb-y-'' qui prendra la place de la lettre c. Comme les alias ne comportent qu'un seul caractère, on peut se passer d'accolade et écrire ``\verb-!x-'' au lieu de ``\verb-!{x}-''\idx*{\definesubmol} :
+Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui les termineront. Prenons «\verb-x-» que nous mettrons à la place des minuscules a, c et d et «\verb-y-» qui prendra la place de la lettre c. Comme les alias ne comportent qu'un seul caractère, on peut se passer d'accolade et écrire «\verb-!x-» au lieu de «\verb-!{x}-»\idx*{\definesubmol} :
\exemple{Glucose (projection de Fisher)}|\definesubmol{x}{(-[4]H)(-[0]OH)}
\definesubmol{y}{(-[0]H)(-[4]OH)}
\chemfig{[2]OH-[3]-!x-!x-!y-!x-=[1]O}|
@@ -1367,7 +1366,7 @@ Ensuite, on définit deux alias pour les liaisons horizontales et les atomes qui
\idx*{representation chaise@représentation chaise}On va représenter cette molécule d'$\alpha$-D-glucose :
\chemfig{?(-[:190]OH)-[:-50](-[:170]OH)-[:10](-[:-55,0.7]OH)-[:-10](-[6,0.7]OH)-[:130]O-[:190]?(-[:150,0.7]-[2,0.7]OH)}
-Pour cela, on va tout d'abord tracer 5 côtés de la chaise et relier le premier sommet au dernier avec un crochet ``\verb-?-''. On adopte les angles absolus suivants, donnés dans l'ordre de parcourt trigonométrique : $-50\degres$, $10\degres$, $-10\degres$, $130\degres$, $190\degres$.
+Pour cela, on va tout d'abord tracer 5 côtés de la chaise et relier le premier sommet au dernier avec un crochet «\verb-?-». On adopte les angles absolus suivants, donnés dans l'ordre de parcourt trigonométrique : $-50\degres$, $10\degres$, $-10\degres$, $130\degres$, $190\degres$.
\exemple{Structure}|
\chemfig{?-[:-50]-[:10]-[:-10]-[:130]O-[:190]?}|
@@ -1380,9 +1379,9 @@ Maintenant, il suffit de rajouter les ramifications entre parenthèses. Les angl
{\setcrambond{2pt}{}{}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7](-[2,0.5]OH)-[,,,,line width=2pt](-[6,0.5]OH)>[1,0.7](-[6,0.5]OH)-[3,0.7]O-[4]?(-[2,0.3]-[3,0.5]OH)}}
-Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe ``HO'' de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe ``HO'', il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} sera donc ``\verb/[2,0.5,2]/''.
+Tout d'abord, on va choisir la plus longue chaîne qui part du groupe «HO» de gauche et continue sur 5 côtés du cycle. Le cycle sera fermé avec un crochet. Pour la liaison verticale qui part du premier groupe «HO», il faut spécifier qu'elle doit partir du second atome avec l'argument optionnel. De plus, elle sera raccourcie avec un coefficient de 0,5. Son argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} sera donc «\verb/[2,0.5,2]/».
-Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc ``\verb/[0,,,,line width=2pt]/''. Voici la structure de la molécule\idx*{\setcrambond} :
+Ensuite, pour donner une impression de perspective au cycle, les liaisons inclinées seront réduites d'un coefficient de 0,7. Pour les traits gras inclinés, on va se servir des liaisons de Cram en ayant redéfini la largeur de la base des triangles à 2pt. Pour la liaison horizontale en trait gras, il faudra la tracer avec une épaisseur de 2pt et son argument optionnel sera donc «\verb/[0,,,,line width=2pt]/». Voici la structure de la molécule\idx*{\setcrambond} :
\exemple{Structure}|\setcrambond{2pt}{}{}
\chemfig{HO-[2,0.5,2]?<[7,0.7]-[,,,,
line width=2pt]>[1,0.7]-[3,0.7]O-[4]?}|
@@ -1407,7 +1406,7 @@ Il faut maintenant compléter la ramification de droite en utilisant, par exempl
\exemple[60]{Adrénaline, étape 2}|\chemfig{*6((-HO)-=-(--[::-60]-[::-60]
HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}|
-Puis, il faut rajouter la liaison de Cram vers \verb-OH- et spécifier que la liaison qui arrive sur ``\verb-NH-'' le fait sur le second atome ``N''. Nous utilisons le 4\ieme{} argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} de la liaison :
+Puis, il faut rajouter la liaison de Cram vers \verb-OH- et spécifier que la liaison qui arrive sur «\verb-NH-» le fait sur le second atome «N». Nous utilisons le 4\ieme{} argument optionnel\idx*{chemfig@\protect\texttt{\protect\string\protect\chemfig}!arguments optionnels} de la liaison :
\exemple[60]{Adrénaline}|\chemfig{*6((-HO)-=-(-(<[::60]OH)-[::-60]-[::-60,,,2]
HN-[::+60]CH_3)=-(-HO)=)}|
@@ -1417,7 +1416,7 @@ Cette méthode est moins naturelle, mais le but est ici d'expliquer comment rend
On pourrait améliorer ce code en considérant que le dessin de la molécule d'adrénaline est constitué de deux 6-cycles accolés\idx*{cycle!imbrication} l'un à l'autre :
\exemple[60]{Adrénaline, structure 2 cycles}|\chemfig{*6((-HO)-=*6(--HN---)-=-(-HO)=)}|
-Il faut donc rendre invisible les deux premières liaisons du cycle de droite. Pour cela, on se sert de l'argument qui est passé à \TIKZ en spécifiant ``\verb-draw=none-''. Ces liaisons ont donc ce code : ``\verb/-[,,,,,draw=none]/''. Pour que le code reste lisible, on définit un alias nommé ``\verb-&-'' pour ces liaisons\idx*{\definesubmol} :
+Il faut donc rendre invisible les deux premières liaisons du cycle de droite. Pour cela, on se sert de l'argument qui est passé à \TIKZ en spécifiant «\verb-draw=none-». Ces liaisons ont donc ce code : «\verb/-[,,,,,draw=none]/». Pour que le code reste lisible, on définit un alias nommé «\verb-&-» pour ces liaisons\idx*{\definesubmol} :
\exemple[60]{Adrénaline, étape 2}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN---)-=-(-HO)=)}|
@@ -1425,7 +1424,7 @@ Le reste devient facile, il suffit d'ajouter les ramification aux bons sommets\i
\exemple[60]{Adrénaline, étape 3}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!&HN(-CH_3)--(<OH)-)-=-(-HO)=)}|
-Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de ``\verb-HN-'' doivent le faire sur deuxième atome. On définit donc un autre alias pour la liaison invisible qui arrive sur ``\verb-HN-''\idx*{\definesubmol} :
+Pour finir, on spécifie que les liaisons qui \emph{arrivent et partent} de «\verb-HN-» doivent le faire sur deuxième atome. On définit donc un autre alias pour la liaison invisible qui arrive sur «\verb-HN-»\idx*{\definesubmol} :
\exemple[60]{Adrénaline}|\definesubmol{&}{-[,,,,draw=none]}
\definesubmol{&&}{-[,,,2,draw=none]}
\chemfig{*6((-HO)-=*6(!&!{&&}HN(-CH_3)-[,,2]-(<OH)-)-=-(-HO)=)}|
@@ -1437,13 +1436,13 @@ Nous allons dessiner la molécule de guanine :
Tout d'abord, commençons par dessiner les cycles imbriqués\idx*{cycle!imbrication} en mettant seulement les atomes d'azote aux sommets :
\exemple{Guanine, structure}|\chemfig{*6(=N-*6(-N-=N)=--N-)}|
-Puis nous allons tracer la liaison horizontale dans le cycle de droite avec un crochet. Nous allons aussi positionner un atome d'hydrogène sous l'atome d'azote du 5-cycle avec la commande \verb-\chembelow{N}{H}-. Il faut aussi écrire ``\verb-HN-'' au lieu de ``\verb-N-'' au sommet en haut à gauche de la molécule\idx*{\chembelow} :
+Puis nous allons tracer la liaison horizontale dans le cycle de droite avec un crochet. Nous allons aussi positionner un atome d'hydrogène sous l'atome d'azote du 5-cycle avec la commande \verb-\chembelow{N}{H}-. Il faut aussi écrire «\verb-HN-» au lieu de «\verb-N-» au sommet en haut à gauche de la molécule\idx*{\chembelow} :
\exemple{Guanine, étape 2}|\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?--HN-)}|
-On constate qu'une liaison part du mauvais atome\footnote{Ceci semble illogique puisque l'angle de la liaison du groupe \texttt{HN} vers le premier sommet du 6-cycle est comprise entre $-90\degres$ et $90\degres$; \CF devrait donc partir du 2\ieme{} atome. Pour expliquer cette contradiction, il faut savoir que dans les cycles, la dernière liaison relie toujours le dernier sommet au premier sommet en ignorant l'angle \emph{calculé théorique} de cette liaison (qui est ici de $-90\degres{}$). \CF utilise cet angle théorique pour déterminer les atomes de départ et d'arrivée, mais ne s'en sert pas pour tracer la liaison puisque les deux extrémités sont déjà définies. L'atome de départ de la dernière liaison est donc le \no1.} ! Il faut corriger le mécanisme de calcul automatique pour que la liaison parte du 2\ieme{} atome ``\verb-N-'' au lieu du premier. Pour cela, on spécifie un argument optionnel pour la dernière liaison du premier 6-cycle ``\verb-[,,2]-'' :
+On constate qu'une liaison part du mauvais atome\footnote{Ceci semble illogique puisque l'angle de la liaison du groupe \texttt{HN} vers le premier sommet du 6-cycle est comprise entre $-90\degres$ et $90\degres$; \CF devrait donc partir du 2\ieme{} atome. Pour expliquer cette contradiction, il faut savoir que dans les cycles, la dernière liaison relie toujours le dernier sommet au premier sommet en ignorant l'angle \emph{calculé théorique} de cette liaison (qui est ici de $-90\degres{}$). \CF utilise cet angle théorique pour déterminer les atomes de départ et d'arrivée, mais ne s'en sert pas pour tracer la liaison puisque les deux extrémités sont déjà définies. L'atome de départ de la dernière liaison est donc le \no1.} ! Il faut corriger le mécanisme de calcul automatique pour que la liaison parte du 2\ieme{} atome «\verb-N-» au lieu du premier. Pour cela, on spécifie un argument optionnel pour la dernière liaison du premier 6-cycle «\verb-[,,2]-» :
\exemple{Guanine, étape 3}|\chemfig{*6(=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?--HN-[,,2])}|
-Il suffit de rajouter les ramifications aux bons sommets. On peut notamment remarquer la ramification qui part du premier sommet du premier 6-cycle ``\verb/(-H_2N)/'' :
+Il suffit de rajouter les ramifications aux bons sommets. On peut notamment remarquer la ramification qui part du premier sommet du premier 6-cycle «\verb/(-H_2N)/» :
\exemple{Guanine}|\chemfig{*6((-H_2N)=N-*6(-\chembelow{N}{H}-=N?)=?-(=O)-HN-[,,2])}|
On aurait aussi pu dessiner cette même molécule avec un 5-cycle \emph{régulier}, comme cela se fait parfois :
@@ -1455,7 +1454,7 @@ On aurait aussi pu dessiner cette même molécule avec un 5-cycle \emph{régulie
\exemple{Couleurs}/\chemfig{C\color{blue}H_3-C(=[1]O)-[7]O\color{red}H}/
-On constate que ce code ne fonctionne pas, toujours à cause de la règle de \idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes} qu'utilise \CF : ici, le premier atome de la molécule commence à ``\verb-C-'' et s'étend jusqu'à la prochaine lettre majuscule. Cet atome est donc ``\verb-C\color{blue}-'' et donc, le changement de couleur se fait en fin d'atome et reste sans effet. Il faut forcer \CF à couper le premier atome juste après ``\verb-C-'' avec le caractère ``\verb-|-'' et ensuite, englober \verb-\color{blue}H_3- entre accolades de façons à ce que \CF ne stoppe pas l'atome \no2 avant le ``\verb-H-'' ce qui laisserait le changement de couleur seul et donc inefficace dans un atome :
+On constate que ce code ne fonctionne pas, toujours à cause de la règle de \idx*{decoupage en atomes@découpage en atomes} qu'utilise \CF : ici, le premier atome de la molécule commence à «\verb-C-» et s'étend jusqu'à la prochaine lettre majuscule. Cet atome est donc «\verb-C\color{blue}-» et donc, le changement de couleur se fait en fin d'atome et reste sans effet. Il faut forcer \CF à couper le premier atome juste après «\verb-C-» avec le caractère «\verb-|-» et ensuite, englober \verb-\color{blue}H_3- entre accolades de façons à ce que \CF ne stoppe pas l'atome \no2 avant le «\verb-H-» ce qui laisserait le changement de couleur seul et donc inefficace dans un atome :
\exemple{Couleurs}/\chemfig{C|{\color{blue}H_3}-C(=[1]O)-[7]O|{\color{red}H}}/
@@ -1470,25 +1469,25 @@ Ajouter une \idx{charge} sous forme d'exposant mathématique à un atome impliqu
\exemple{Charge et liaison}/\chemfig{A^+-[2]B}
\qquad
\chemfig{A\rlap{${}^+$}-[2]B}/
-Si l'on veut utiliser la commande \verb-\oplus- qui affiche ``$\oplus$''\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}, on peut trouver que la charge est trop basse : $\mathrm{A^\oplus}$. Dans ce cas, pourquoi ne pas se servir de \idx{\chemabove} pour placer aussi précisément que l'on veut, aussi bien verticalement qu'horizontalement la charge :
+Si l'on veut utiliser la commande \verb-\oplus- qui affiche «$\oplus$»\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}, on peut trouver que la charge est trop basse : $\mathrm{A^\oplus}$. Dans ce cas, pourquoi ne pas se servir de \idx{\chemabove} pour placer aussi précisément que l'on veut, aussi bien verticalement qu'horizontalement la charge :
\exemple{Charge et \string\chemabove}/\chemfig{\chemabove[0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}-[2]B}
\qquad
\chemfig{{\chemabove[-0.5pt]{A}{\scriptstyle\hspace{3.5mm}\oplus}}-[2]B}/
-On remarque un niveau d'accolades supplémentaire pour la seconde molécule. En effet, comme on spécifie ``\verb/-0.5pt/'' pour l'argument optionnel de \idx{\chemabove} pour descendre la charge, il faut éviter que \CF ne comprenne ce signe ``\verb/-/'' comme une liaison simple.
+On remarque un niveau d'accolades supplémentaire pour la seconde molécule. En effet, comme on spécifie «\verb/-0.5pt/» pour l'argument optionnel de \idx{\chemabove} pour descendre la charge, il faut éviter que \CF ne comprenne ce signe «\verb/-/» comme une liaison simple.
Pour ajouter une charge près du sommet d'un cycle\idx*{charge}, la meilleure méthode est de créer une liaison invisible\idx*{liaison!invisible} qui parte de ce sommet, ce qu'on fait ici avec \idx\definesubmol{} avec une liaison ayant un coefficient de longueur égal à 0.2 :
\exemple{Charges et cycles}/\definesubmol\nobond{-[,0.2,,,draw=none]}
\chemfig{*5(---(!\nobond\scriptstyle\oplus)-(!\nobond\scriptstyle{-})-)}/
\subsection{Dessiner une liaison courbe}
-Nous avons déjà vu qu'avec la librairie ``\verb-decorations.pathmorphing-'' de \TIKZ, on peut dessiner une liaison ondulée\idx*{liaison!courbe} :
+Nous avons déjà vu qu'avec la librairie «\verb-decorations.pathmorphing-» de \TIKZ, on peut dessiner une liaison ondulée\idx*{liaison!courbe} :
\exemple{Liaison ondulée}|\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration=snake]B}
\chemfig{A-[,3,,,decorate,decoration={snake,amplitude=1.5mm,
segment length=2.5mm}]B}|
-Pour plus de souplesse, on peut aussi poser des nœuds avec le marqueur ``\verb-@-''\idx*{"@} et réutiliser ces nœuds après que la molécule ait été tracée pour les relier avec une ligne courbe à l'aide de \idx{\chemmove} :
+Pour plus de souplesse, on peut aussi poser des nœuds avec le marqueur «\verb-@-»\idx*{"@} et réutiliser ces nœuds après que la molécule ait été tracée pour les relier avec une ligne courbe à l'aide de \idx{\chemmove} :
\exemple{Liaisons courbes}/\chemfig{@{a}A-[,,,,draw=none]@{b}B}
\chemmove{\draw[-](a)..controls +(45:7mm) and +(225:7mm)..(b);}
@@ -1525,11 +1524,11 @@ Il est possible d'utiliser le second argument optionnel de \verb-\chemfig-\idx*{
\chemfig[][scale=0.33]{!\hho}/
\subsection{Dessiner un élément de polymère}
-\idx*{polymère}La difficulté réside dans le fait d'afficher des délimiteurs (parenthèses ou crochets) sur des liaisons. Pour cela, on va encore définir avec le caractère ``\verb-@-''\idx*{"@} des nœuds globaux que l'on utilisera ensuite pour qu'ils servent d'ancre aux délimiteurs.
+\idx*{polymère}La difficulté réside dans le fait d'afficher des délimiteurs (parenthèses ou crochets) sur des liaisons. Pour cela, on va encore définir avec le caractère «\verb-@-»\idx*{"@} des nœuds globaux que l'on utilisera ensuite pour qu'ils servent d'ancre aux délimiteurs.
Nous allons écrire une macro toute simple \verb-\setpolymerbracket- dont les deux caractères qui suivent définissent le délimiteur ouvrant et le délimiteur fermant.
-Ensuite, la macro \verb-\makebraces- admettra un argument de la forme``\verb-[<dim up>,<dim down>]-''. Ces deux dimensions seront la hauteur et la profondeur des délimiteurs par rapport à la ligne de base. Les arguments suivants seront l'indice placé après le délimiteur fermant puis les noms des 2 nœuds où doivent être placés les délimiteurs ouvrants et fermants.
+Ensuite, la macro \verb-\makebraces- admettra un argument de la forme«\verb-[<dim up>,<dim down>]-». Ces deux dimensions seront la hauteur et la profondeur des délimiteurs par rapport à la ligne de base. Les arguments suivants seront l'indice placé après le délimiteur fermant puis les noms des 2 nœuds où doivent être placés les délimiteurs ouvrants et fermants.
\exemple*{Polymères}|\newcommand\setpolymerdelim[2]{\def\delimleft{#1}\def\delimright{#2}}
\def\makebraces[#1,#2]#3#4#5{%
@@ -1588,9 +1587,9 @@ Polyphénylène sulfide:
\chemfig{H_3C-C(=[:30]O)-[:-30]OH}/
\subsection{Ajouter du texte au dessus des liaisons et coder les angles}
-\idx*{liaison!avec texte}Une fois que l'on a compris que le caractère ``\verb-@-''\idx*{"@} permet de poser un nœud ``global'' pour \TIKZ, c'est-à-dire accessible après que la molécule ait été dessinée, tout ce qui est possible avec \TIKZ et les nœuds (c'est-à-dire beaucoup de choses) devient envisageable.
+\idx*{liaison!avec texte}Une fois que l'on a compris que le caractère «\verb-@-»\idx*{"@} permet de poser un nœud «global» pour \TIKZ, c'est-à-dire accessible après que la molécule ait été dessinée, tout ce qui est possible avec \TIKZ et les nœuds (c'est-à-dire beaucoup de choses) devient envisageable.
-Pour écrire quelque chose au-dessus ou au-dessous d'une liaison, on peut donc poser des nœuds ``globaux'' sur les atomes situés aux extrémités de cette liaison et écrire à mi-chemin de ces deux nœuds un texte que l'on aura soin d'élever ou d'abaisser pour qu'il se situe juste au dessus ou au dessous de la liaison. C'est ce que fait la commande \verb-\bondname- dans le code ci-dessous\footnote{La commande \texttt{\string\si} est fournie par le package \href{http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/siunitx.html}{\texttt{\textbf{siunitx}}}.}.
+Pour écrire quelque chose au-dessus ou au-dessous d'une liaison, on peut donc poser des nœuds «globaux» sur les atomes situés aux extrémités de cette liaison et écrire à mi-chemin de ces deux nœuds un texte que l'on aura soin d'élever ou d'abaisser pour qu'il se situe juste au dessus ou au dessous de la liaison. C'est ce que fait la commande \verb-\bondname- dans le code ci-dessous\footnote{La commande \texttt{\string\si} est fournie par le package \href{http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/siunitx.html}{\texttt{\textbf{siunitx}}}.}.
\idx*{liaison!angle!codage}Pour les angles entre deux liaisons partant d'un atome, 3 atomes sont impliqués et il faudra poser un nœud global sur chacun d'eux. On peut aisément calculer l'angle entre deux lignes issues d'un même nœud, c'est ce que fait la commande \verb-\arcbetweennodes-. Ensuite, la macro \verb-\arclabel- trace un arc de cercle entre deux liaisons et écrit un texte à côté de cet arc : l'argument optionnel de cette macro est le code passé à \TIKZ. L'argument \no2 est le rayon de l'arc tandis que les trois arguments suivants sont les noms des nœuds globaux entre lesquels doit être tracé l'arc, le nom du milieu devant être celui du sommet de l'angle. Enfin, le dernier argument est le texte à écrire.
@@ -1658,14 +1657,34 @@ Essai : \mylewis{Cl}{15}\qquad \mylewis[3ex]{Cl}{-60}\qquad \mylewis[1.5ex]{Cl}{
\chemfig{P(-[:72]\mylewis{Cl}{-18,72,162})(-[:-72]Cl)
(-[:144]Cl)(-[:-144]Cl)-\mylewis{Cl}{0,90,-90}}|
-\newpage
+\subsection{Dessiner des liaisons multiples}
+Là encore, la librairie «decorations.markings» permet de tracer des liaisons multiples :
+
+\exemple*{Liaisons multiples}|\catcode`\@=11
+\tikzset{nbond/.style args={#1}{%
+ draw=none,%
+ decoration={%
+ markings,%
+ mark=at position 0 with {\coordinate (CFstart@) at (0,0);},
+ mark=at position 1 with {%
+ \foreach\CF@i in{0,1,...,\number\numexpr#1-1}{%
+ \pgfmathsetmacro\CF@nbondcoeff{\CF@i-0.5*(#1-1)}%
+ \draw ([yshift=\CF@nbondcoeff\CF@double@sep]CFstart@)--(0,\CF@nbondcoeff\CF@double@sep);
+ }%
+ }
+ },
+ postaction={decorate}
+ }
+}
+\catcode`\@=12
+\chemfig{A-[1,,,,nbond=4]B-[:-30,,,,nbond=5]C-[6,,,,nbond=6]D}|
\part{Schémas réactionnels}\label{schemas}
\idx*{schéma réactionnel|(}Suite à plusieurs demandes d'utilisateurs et étant devenu évident que \CF présentait une faiblesse quant au tracé de schémas réactionnels, cette lacune est désormais comblée. Par conséquent, \CF passe en version 1.0 puisque je considère que les fonctionnalités principales que je souhaitais implémenter sont désormais disponibles.
Je remercie Clemens \textsc{Niederberger} pour l'aide qu'il m'a apportée et les tests qu'il a effectués sur les nouvelles fonctionnalités présentées dans cette partie.
\section{Généralités}\label{schemestart}
-Un schéma réactionnel doit être contenu entre les commandes ``\idx\schemestart'' et ``\idx\schemestop''. Comme on le constate sur cet exemple, des \idx{informations de débogage} ont été masquées puis rendues visibles pour aider à la compréhension avec la commande ``\idx\schemedebug'' et l'argument ``false'' ou ``true'' :
+Un schéma réactionnel doit être contenu entre les commandes «\idx\schemestart» et «\idx\schemestop». Comme on le constate sur cet exemple, des \idx{informations de débogage} ont été masquées puis rendues visibles pour aider à la compréhension avec la commande «\idx\schemedebug» et l'argument «false» ou «true» :
\exemple[50]{Exemple 1}/\schemedebug{false}
\schemestart
\chemfig{*6(-=-=-=)}\arrow
@@ -1708,7 +1727,7 @@ Lorsque la commande \idx{\arrow} est suivie d'un argument optionnel entre accola
\schemestart A\arrow{<<->}B \schemestop\par
\schemestart A\arrow{0}B \schemestop\par
\schemestart A\arrow{-U>}B \schemestop|
-La flèche ``\verb/-U>/'' n'est pas dessinée de façon complète, un arc de cercle qui lui est tangent en son milieu peut être rajouté avec les arguments optionnels passés à cette flèche, voir page~\pageref{fleche.arg.optionnel}. Voici une flèche ``\verb/-U>/'' avec son arc de cercle : \schemestart A\arrow{-U>[$\scriptstyle x$][$\scriptstyle y$]}B\schemestop
+La flèche «\verb/-U>/» n'est pas dessinée de façon complète, un arc de cercle qui lui est tangent en son milieu peut être rajouté avec les arguments optionnels passés à cette flèche, voir page~\pageref{fleche.arg.optionnel}. Voici une flèche «\verb/-U>/» avec son arc de cercle : \schemestart A\arrow{-U>[$\scriptstyle x$][$\scriptstyle y$]}B\schemestop
Par souci de concision, par la suite, sauf exemple spécial, des lettres majuscules seront mises au lieu de formules chimiques crées via la commande \idx\chemfig. Il est bien évident que les schémas réactionnels fonctionnent de façon identique avec des lettres ou des dessins de molécules. On peut voir dans la galerie plusieurs exemples où les schémas réactionnels entrent en jeu.
@@ -1743,7 +1762,7 @@ Pour modifier localement une, ou toutes ces valeurs par défaut, la commande \id
\schemestart[0,1,thick] A\arrow B\arrow C\schemestop
\schemestart[0,1,black] A\arrow B\arrow C\schemestop/
-Pour le style\idx*{flèche!style}, la règle est la suivante : le style spécifié dans l'argument entre crochets s'applique \emph{après} le style par défaut, sans l'écraser ! C'est pour cette raison que seul l'attribut de couleur ``black'' parvient à écraser celui par défaut qui est ``blue''.
+Pour le style\idx*{flèche!style}, la règle est la suivante : le style spécifié dans l'argument entre crochets s'applique \emph{après} le style par défaut, sans l'écraser ! C'est pour cette raison que seul l'attribut de couleur «black» parvient à écraser celui par défaut qui est «blue».
Enfin, la commande \idx{\arrow} admet un argument optionnel entre crochets de la forme \verb-[angle,coeff,style]- pour modifier les caractéristiques de la flèche concernée. Pour le style, comme précédemment, celui est-ci est appliqué \emph{après} le style par défaut et l'éventuel style spécifié dans l'argument optionnel de la commande \verb-\schemestart-, le tout sans écrasement.
\exemple[50]{Caractéristiques des flèches}/\schemestart
@@ -1757,7 +1776,7 @@ Enfin, la commande \idx{\arrow} admet un argument optionnel entre crochets de la
\schemestop/
\section{Nom des composés}
-\idx*{composé!nom}On peut passer outre le mécanisme automatique qui nomme les composés ``c1'', ``c2'', etc. Pour cela, la commande \idx{\arrow} admet un argument entre parenthèses qui doit suivre immédiatement la commande. Cet argument est de la forme : \verb/(n1--n2)/. Il nomme ``\verb-n1-'' le \idx{composé} se trouvant à l'origine de la flèche et ``\verb-n2-'' celui se trouvant à sa fin. N'importe quelle chaîne de caractères alphanumériques peut être utilisée. La numérotation des noms "c<n>" continue en interne ce qui signifie que si un \idx{composé} porte un autre nom que celui par défaut, cela ne change pas le nom par défaut des composés suivants.
+\idx*{composé!nom}On peut passer outre le mécanisme automatique qui nomme les composés «c1», «c2», etc. Pour cela, la commande \idx{\arrow} admet un argument entre parenthèses qui doit suivre immédiatement la commande. Cet argument est de la forme : \verb/(n1--n2)/. Il nomme «\verb-n1-» le \idx{composé} se trouvant à l'origine de la flèche et «\verb-n2-» celui se trouvant à sa fin. N'importe quelle chaîne de caractères alphanumériques peut être utilisée. La numérotation des noms "c<n>" continue en interne ce qui signifie que si un \idx{composé} porte un autre nom que celui par défaut, cela ne change pas le nom par défaut des composés suivants.
Les noms sont facultatifs et l'argument peut aussi bien être \verb/(n1--)/ que \verb/(--n2)/.
@@ -1775,16 +1794,16 @@ On le voit, les deux méthodes sont équivalentes et l'on peut donc nommer un \i
\schemestart
A\arrow(--foo)B\arrow(bar--)C
\schemestop/
-Ici, le \idx{composé} ``B'' est nommé ``foo'' par la flèche qui lui arrive dessus et ``bar'' par celle qui en part. \CF émet donc le warning suivant annonçant que le nom "foo" sera ignoré :
+Ici, le \idx{composé} «B» est nommé «foo» par la flèche qui lui arrive dessus et «bar» par celle qui en part. \CF émet donc le warning suivant annonçant que le nom "foo" sera ignoré :
\hfill\verb-Package chemfig Warning: two names for the same node, first name "foo" ignored-\hfill\null
\section{Ancres}
-\idx*{composé!ancre}Comme on l'a vu, les flèches sont sur la ligne reliant les centre de boites englobant les composés. On peut spécifier un ancre autre que celui par défaut (qui, au sens de \idx*{tikz}\TIKZ, s'appelle ``center''). On utilise pour cela l'argument entre parenthèses :
+\idx*{composé!ancre}Comme on l'a vu, les flèches sont sur la ligne reliant les centre de boites englobant les composés. On peut spécifier un ancre autre que celui par défaut (qui, au sens de \idx*{tikz}\TIKZ, s'appelle «center»). On utilise pour cela l'argument entre parenthèses :
\hfill\verb/(n1.a1--n2.a2)/\hfill\null
-où l'ancre ''\verb-a1-`` ou ''\verb-a2-`` peut être : north west, north, north east, west, center, east, mid west, mid, mid east, base west, base, base east, south west, south, south east, text, ou n'importe quel angle. Voici un exemple du manuel de \TIKZ où les ancres sont placés sur la boîte englobante :
+où l'ancre »\verb-a1-« ou »\verb-a2-« peut être : north west, north, north east, west, center, east, mid west, mid, mid east, base west, base, base east, south west, south, south east, text, ou n'importe quel angle. Voici un exemple du manuel de \TIKZ où les ancres sont placés sur la boîte englobante :
\exemple*{Ancres de tikz}|\Huge
\begin{tikzpicture}[baseline]
\node[anchor=base west,name=x,draw,inner sep=25pt] {\color{lightgray}Rectangle\vrule width 1pt height 2cm};
@@ -1797,14 +1816,14 @@ node[\placement,inner sep=0pt,outer sep=2pt] {\scriptsize\texttt{(\anchor)}};
\end{tikzpicture}|
Comme les noms, les ancres de départ et de fin sont indépendants et facultatifs.
-Voici un exemple où l'alignement\idx*{schéma réactionnel!alignement} par défaut n'est pas bon car les deux ``A'' ne sont pas alignés verticalement. Les \idx{informations de débogage} ont été rendues visibles pour constater que les ancres ``center'' par défaut ne conviennent pas :
+Voici un exemple où l'alignement\idx*{schéma réactionnel!alignement} par défaut n'est pas bon car les deux «A» ne sont pas alignés verticalement. Les \idx{informations de débogage} ont été rendues visibles pour constater que les ancres «center» par défaut ne conviennent pas :
\exemple[50]{Problèmes d'alignement}/\schemedebug{true}
\schemestart
\chemfig{A*5(-----)}
\arrow
\chemfig{A*5(---(-)--)}
\schemestop/
-Pour que l'alignement\idx*{schéma réactionnel!alignement} soit correct, on va faire partir/arriver la flèche soit des ancres ``base east''/``base west'', soit des ancres ``mid east''/``mid west'' :
+Pour que l'alignement\idx*{schéma réactionnel!alignement} soit correct, on va faire partir/arriver la flèche soit des ancres «base east»/«base west», soit des ancres «mid east»/«mid west» :
\exemple[50]{Problèmes d'alignement}/\schemedebug{true}
\schemestart
\chemfig{A*5(-----)}
@@ -1826,7 +1845,7 @@ Texte qui précède :
\chemfig{A*5(-----)}\arrow A
\schemestop/
-L'emplacement de cet ancre sur la boîte contenant le premier \idx{composé} vaut par défaut ``text''. Il est réglable avec le second argument optionnel de la commande \idx{\schemestart} :
+L'emplacement de cet ancre sur la boîte contenant le premier \idx{composé} vaut par défaut «text». Il est réglable avec le second argument optionnel de la commande \idx{\schemestart} :
\exemple[50]{Réglage de l'ancre initial}/\schemedebug{true}
Texte qui précède :
\schemestart[][south]
@@ -1846,7 +1865,7 @@ Texte qui précède :
\schemestop/
\section{Style des composés}
-\idx*{composé!style}Toujours par l'intermédiaire de l'argument entre parenthèses de la commande \idx{\arrow}, on peut spécifier avec des instructions de \TIKZ le style ``\verb-s-'' de la boîte englobante du \idx{composé} de départ ou de celui d'arrivée. La syntaxe complète de la commande \idx{\arrow} est donc la suivante, où chaque spécification est optionnelle et peut être omise :
+\idx*{composé!style}Toujours par l'intermédiaire de l'argument entre parenthèses de la commande \idx{\arrow}, on peut spécifier avec des instructions de \TIKZ le style «\verb-s-» de la boîte englobante du \idx{composé} de départ ou de celui d'arrivée. La syntaxe complète de la commande \idx{\arrow} est donc la suivante, où chaque spécification est optionnelle et peut être omise :
\hfill\verb/\arrow(n1.a1[s1]--n2.a2[s2]){type flèche}[angle,coeff,style flèche]/\hfill\null
@@ -1883,7 +1902,7 @@ text opacity=1,inner sep=8pt,rounded corners=1mm}
\item \verb/(n1--@n2)/ : cette syntaxe n'est pas admise;
\end{itemize}
-Voici un exemple où 3 embranchements sont créés, l'un partant de ``B'', l'autre de ``D'' et le dernier de ``X''. À la fin, une flèche est tracée entre 2 composés existants \og XX\fg{} et \og D\fg{} :
+Voici un exemple où 3 embranchements sont créés, l'un partant de «B», l'autre de «D» et le dernier de «X». À la fin, une flèche est tracée entre 2 composés existants \og XX\fg{} et \og D\fg{} :
\exemple[50]{Embranchements}/\schemestart
A\arrow(aa--bb)B\arrow(--cc)C\arrow D
\arrow(@bb--xx1)[-90]X\arrow[-90]Y% 1er embranchement
@@ -1892,7 +1911,7 @@ Voici un exemple où 3 embranchements sont créés, l'un partant de ``B'', l'aut
\arrow(@xx2--@c4)% flèche XX à D
\schemestop/
-On pourrait vouloir que ``Y'' et ``XX'' soient sur une même horizontale. Pour cela, on va tracer une liaison invisible horizontale de ``Y'' à ``XX'' et finir le schéma par une flèche entre les deux composés existants ``XX'' et ``D'' :
+On pourrait vouloir que «Y» et «XX» soient sur une même horizontale. Pour cela, on va tracer une liaison invisible horizontale de «Y» à «XX» et finir le schéma par une flèche entre les deux composés existants «XX» et «D» :
\exemple[50]{Embranchements}/\schemestart
A\arrow(aa--bb)B\arrow(--cc)C\arrow D
\arrow(@bb--xx1)[-90]X\arrow[-90]Y\arrow(--xx2){0}XX
@@ -1902,7 +1921,7 @@ On pourrait vouloir que ``Y'' et ``XX'' soient sur une même horizontale. Pour c
\schemestop/
\section{Sous schéma}\label{subscheme}
-\idx*{schéma réactionnel!sous schéma}On peut placer une partie d'un schéma réactionnel dans une boîte englobante unique, considérée par \CF comme un \idx{composé}. La commande \idx{\subscheme} dont l'argument obligatoire contient le sous schéma entre accolades permet de grouper un sous schéma comme un tout et lorsque \idx{\subscheme} se trouve après une flèche, la commande enveloppe ce sous schéma dans un \idx{composé} portant le nom ``c<n+1>'' :
+\idx*{schéma réactionnel!sous schéma}On peut placer une partie d'un schéma réactionnel dans une boîte englobante unique, considérée par \CF comme un \idx{composé}. La commande \idx{\subscheme} dont l'argument obligatoire contient le sous schéma entre accolades permet de grouper un sous schéma comme un tout et lorsque \idx{\subscheme} se trouve après une flèche, la commande enveloppe ce sous schéma dans un \idx{composé} portant le nom «c<n+1>» :
\exemple[50]{Sous schéma}/\schemedebug{true}
\schemestart
A\arrow
@@ -1910,7 +1929,7 @@ On pourrait vouloir que ``Y'' et ``XX'' soient sur une même horizontale. Pour c
\arrow
D
\schemestop/
-Bien que ça ne soit pas clair car les noms se superposent, la boîte contenant le sous schéma porte le nom ``c2'' et la numérotation se poursuit à l'intérieur du sous schéma ``c3'' pour B, ``c4'' pour C. Comme le premier \idx{composé} du sous schéma est ``B'', la ligne de base du sous schéma est celle de ``B''. On peut le mettre en évidence en précisant les ancres\idx*{schéma réactionnel!sous schéma!ancre} :
+Bien que ça ne soit pas clair car les noms se superposent, la boîte contenant le sous schéma porte le nom «c2» et la numérotation se poursuit à l'intérieur du sous schéma «c3» pour B, «c4» pour C. Comme le premier \idx{composé} du sous schéma est «B», la ligne de base du sous schéma est celle de «B». On peut le mettre en évidence en précisant les ancres\idx*{schéma réactionnel!sous schéma!ancre} :
\exemple[50]{Sous schéma}/\schemedebug{true}
\schemestart
A\arrow(--.mid west)
@@ -1926,7 +1945,7 @@ Par conséquent, \idx\subscheme{} admet les mêmes arguments optionnels que \idx
\idx*{schéma réactionnel!sous schéma!délimiteur|(}\label{chemleft}\CF fournit la paire de commandes \idx{\chemleft} et \idx{\chemright} qui permettent de placer des délimiteurs extensibles de part et d'autre d'un matériel. Ces commandes doivent être suivies de délimiteurs, tout comme on en mettrait à la suite des primitives de \TeX{} \verb-\left- et \verb-\right- :
\centerverb/\chemleft<car1><matériel>\chemright<car2>/
-où \verb-<car1>- et \verb-<car2>- sont ``('' et ``)'' ou ``['' et ``]'' ou tout autre délimiteur extensible accepté par les commandes \verb-\left- et \verb-\right-.
+où \verb-<car1>- et \verb-<car2>- sont «(» et «)» ou «[» et «]» ou tout autre délimiteur extensible accepté par les commandes \verb-\left- et \verb-\right-.
\exemple{Les macros \string\chemleft\ et \string\chemright}/\chemleft\lfloor\chemfig{A-[1]B}\chemright)
\chemleft\{\chemfig{A-[1,1.25]B-[6,1.25]C}\chemright|
@@ -1961,7 +1980,7 @@ Avec les styles des composés, il est possible également possible de délimiter
Comme les commandes \idx{\chemleft}, \idx{\chemright}, \idx{\chemup} et \idx{\chemdown} sont disponibles, l'extension \CF ne procède \emph{pas} à ce chargement, il appartient donc à l'utilisateur de le faire s'il souhaite avoir accès à ces délimiteurs.
Voici le sous schéma précédent délimité par des crochets :
-\exemple[50]{les délimiteurs de la librairie ``matrix''}/\schemestart
+\exemple[50]{les délimiteurs de la librairie «matrix»}/\schemestart
A\arrow(--[left delimiter={[}, right delimiter={]}])
\subscheme{B\arrow[-90,2]C}
\arrow
@@ -2011,19 +2030,19 @@ Il sera beaucoup plus simple de procéder sans sous-schéma et en utilisant un e
\section{Arguments optionnels des flèches}\label{fleche.arg.optionnel}
\idx*{flèche!argument optionnel}À l'intérieur de l'argument entre accolades de la commande \idx\arrow, le nom des flèches peut être suivi d'arguments optionnels placés entre crochets. Voici ces arguments optionnels et leur signification pour les flèches définies par \CF :
\begin{itemize}
- \item les flèches ``\verb|->|'', ``\verb|<-|'', ``\verb|<->|'', ``\verb|<=>|'', ``\verb|<<->|'',``\verb|<->>|'', ``\verb|-/>|'' ont trois arguments optionnels :
+ \item les flèches «\verb|->|», «\verb|<-|», «\verb|<->|», «\verb|<=>|», «\verb|<<->|»,«\verb|<->>|», «\verb|-/>|» ont trois arguments optionnels :
\begin{itemize}
- \item le premier contient le ``label'' qui sera placé au dessus de la flèche\idx*{flèche!label};
- \item le second contient le ``label'' qui sera placé sous la flèche. Ces deux labels sont orientés selon le même angle que la flèche. On peut régler le décalage perpendiculaire\idx*{flèche!label!décalage} entre la flèche et l'ancre\idx*{flèche!label!ancre} des labels avec la commande \idx*\setarrowlabelsep\verb-\setarrowlabelsep{<dim>}-\label{setarrowlabelsep}, où l'argument est une dimension valide au sens de \TeX{}. Par défaut, ou si l'argument est vide, cette distance vaut 3pt. Les labels contenus dans les deux arguments optionnels ne \emph{sont pas} composés en mode mathématique.
+ \item le premier contient le «label» qui sera placé au dessus de la flèche\idx*{flèche!label};
+ \item le second contient le «label» qui sera placé sous la flèche. Ces deux labels sont orientés selon le même angle que la flèche. On peut régler le décalage perpendiculaire\idx*{flèche!label!décalage} entre la flèche et l'ancre\idx*{flèche!label!ancre} des labels avec la commande \idx*\setarrowlabelsep\verb-\setarrowlabelsep{<dim>}-\label{setarrowlabelsep}, où l'argument est une dimension valide au sens de \TeX{}. Par défaut, ou si l'argument est vide, cette distance vaut 3pt. Les labels contenus dans les deux arguments optionnels ne \emph{sont pas} composés en mode mathématique.
\item le troisième est une dimension qui correspond au décalage dans la direction perpendiculaire au sens de la flèche\idx*{flèche!décalage} que l'on veut lui faire subir : cette dimension sera positive pour un décalage de la flèche (et ses éventuels labels) vers le haut et négative si l'on souhaite un décalage vers le bas.
\end{itemize}
- \item la flèche ``\verb|-U>|'' dispose de 5 arguments optionnels :
+ \item la flèche «\verb|-U>|» dispose de 5 arguments optionnels :
\begin{itemize}
\item les trois premiers sont identiques à ceux des autres types de flèches;
\item le quatrième est le coefficient (qui vaut 0.333 par défaut) qui multiplie la longueur de la flèche pour obtenir le rayon de l'arc de cercle;
\item le cinquième est le demi angle partant du centre de l'arc de cercle tracé, il vaut 60 degrés par défaut.
\end{itemize}
- \item la flèche invisible\idx*{flèche!invisible} ``\verb-0-'' admet 2 arguments optionnels qui sont du même type que les deux premiers vus au dessus;
+ \item la flèche invisible\idx*{flèche!invisible} «\verb-0-» admet 2 arguments optionnels qui sont du même type que les deux premiers vus au dessus;
\end{itemize}
\exemple[50]{Arguments optionnels des flèches}/\schemedebug{false}
\schemestart A\arrow{->[sur][sous]}B \schemestop
@@ -2068,14 +2087,14 @@ On peut spécifier également l'ancre d'attache\idx*{flèche!label!ancre} pour Ã
[*{0.north west}au-dessous]}[45,2]B
\schemestop/
-Le cas particulier à envisager est la flèche ``\verb/-U>/''. Si l'un des deux labels contenus dans les deux premiers arguments optionnels est présent, l'arc de cercle correspondant est tracé :
+Le cas particulier à envisager est la flèche «\verb/-U>/». Si l'un des deux labels contenus dans les deux premiers arguments optionnels est présent, l'arc de cercle correspondant est tracé :
\exemple[50]{La flèche \texttt{-U>}}/\schemestart A\arrow{-U>[123][456]}B\schemestop
\qquad
\schemestart A\arrow{-U>[123]}[30]B\schemestop
\qquad
\schemestart A\arrow{-U>[][456]}[-30]B\schemestop/
-Le quatrième et cinquième argument optionnel changent les dimensions de l'arc de cercle, respectivement le coefficient qui multiplie la longueur de la flèche pour obtenir le rayon et l'angle correspondant au demi arc de cercle :
+Le quatrième et cinquième argument optionnel changent les dimensions de l'arc de cercle. Ils représentent respectivement le coefficient qui multiplie la longueur de la flèche pour obtenir le rayon et l'angle correspondant au demi arc de cercle (seule la valeur absolue de l'angle est prise en compte) :% TODO : traduire
\exemple[50]{La flèche \texttt{-U>}}/\schemestart A\arrow{-U>[123][456][][0.25]}B\schemestop
\qquad
\schemestart A\arrow{-U>[123][456][][][90]}B\schemestop
@@ -2108,24 +2127,24 @@ Avant d'aller plus loin, examinons les macros disponibles en interne lors du tra
\item \idx{\CF@arrow@start@name} et \idx{\CF@arrow@end@name} contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche;
\item \idx{\CF@arrow@start@node} et \idx{\CF@arrow@end@node} contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches. À la suite de ces noms viennent s'ajouter, s'ils ne sont pas vides, les ancres spécifiés par l'utilisateur dans l'argument entre parenthèses de la commande \idx\arrow;
\item \idx{\CF@arrow@current@style} et \idx{\CF@arrow@current@angle} contiennent le style et l'angle de la flèche devant être tracée\idx*{flèche!angle}\idx*{flèche!style};
- \item \idx{\CF@arrow@shift@nodes}\verb-{<dim>}- décale les nœuds ``\idx{\CF@arrow@start@node}'' et ``\idx{\CF@arrow@end@node}'' de la dimension contenue dans son argument et ce, dans la direction perpendiculaire à la flèche\idx*{flèche!décalage};
+ \item \idx{\CF@arrow@shift@nodes}\verb-{<dim>}- décale les nœuds «\idx{\CF@arrow@start@node}» et «\idx{\CF@arrow@end@node}» de la dimension contenue dans son argument et ce, dans la direction perpendiculaire à la flèche\idx*{flèche!décalage};
\item \idx{\CF@arrow@display@label}\verb/{#1}{#2}{#3}{#4}{#5}{#6}{#7}{#8}/ est la plus complexe et se charge de placer les labels\idx*{flèche!label} avec les arguments suivants :
\begin{itemize}
\item \verb-#1- et \verb-#5- sont les labels a écrire;
\item \verb-#2- et \verb-#6- sont des réels compris entre 0 et 1 spécifiant à quel endroit de la flèche ces labels doivent être écrits, 0 étant le début et 1 étant la fin,, le tout étant supposé que la flèche est \emph{rectiligne};
- \item \verb-#3- et \verb-#7- sont les caractères ``+'' ou ``-'', ``+'' affichant le label au dessus et ``-'' l'affichant au dessous
+ \item \verb-#3- et \verb-#7- sont les caractères «+» ou «-», «+» affichant le label au dessus et «-» l'affichant au dessous
\item \verb-#4- et \verb-#8- sont les nom des nœuds correspondant au début et à la fin de la flèche.
\end{itemize}
- \item les extrémités de flèches\idx*{flèche!extrémité} employées sont ``\verb-CF@full-''\footnote{cette extrémité ressemble à la flèche définie dans \TIKZ : \texttt{stealth}.} pour une flèche complète et ``\verb-CF@half-'' pour la demi flèche supérieure.
+ \item les extrémités de flèches\idx*{flèche!extrémité} employées sont basées sur le modèle «\verb-CF-» pour une flèche complète et avec l'option «harpoon» pour la demi flèche supérieure.
\end{itemize}
\subsection{Une première flèche}
-Pour créer un exemple, mettons que l'on veuille construire une flèche avec un disque en son milieu que l'on va appeler ``\verb/-.>/''. Décidons qu'elle admettra 4 arguments optionnels. Comme pour les flèches déjà définies, le premier et le second seront les labels à mettre au dessus et au dessous et le troisième sera le décalage de la flèche dans le sens perpendiculaire à sa direction. Enfin, le 4\ieme{} argument sera la taille du point que l'on prendra égale à 2pt si le 4\ieme{} argument est absent.
+Pour créer un exemple, mettons que l'on veuille construire une flèche avec un disque en son milieu que l'on va appeler «\verb/-.>/». Décidons qu'elle admettra 4 arguments optionnels. Comme pour les flèches déjà définies, le premier et le second seront les labels à mettre au dessus et au dessous et le troisième sera le décalage de la flèche dans le sens perpendiculaire à sa direction. Enfin, le 4\ieme{} argument sera la taille du point que l'on prendra égale à 2pt si le 4\ieme{} argument est absent.
Nous allons d'abord écrire \idx*\definearrow\verb/\definearrow{4}{-.>}/ pour déclarer que la flèche aura 4 arguments optionnels et s'appellera \verb/-.>/. Tout d'abord, il faut modifier les positions des nœuds entre lesquels doit être tracée la flèche pour tenir compte du décalage contenu dans le 3\ieme{} argument. Ceci est réalisé par la macro \idx{\CF@arrow@shift@nodes}, et il suffit donc de commencer le code de la flèche par : \idx{\CF@arrow@shift@nodes}\verb-{#3}%-. Ensuite, il faut tracer la flèche elle même et en profiter pour poser un nœud au milieu du segment que nous appelons "\verb-mid@point-", puis tracer un cercle dont le centre est ce dernier nœud. Tout ceci est fait par le code \idx*{tikz}\TIKZ suivant :
{\hskip2em\verb-\edef\pt@radius{\ifx\@empty#4\@empty 2pt\else #4\fi}% rayon du point-\par\parskip0pt
-\hskip2em\verb/\expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF@full]/\par
+\hskip2em\verb/\expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF]/\par
\hskip4em\verb/(\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node)coordinate[midway](mid@point);/\par
\hskip2em\verb-\filldraw(mid@point)circle(\pt@radius);%-}
@@ -2134,11 +2153,11 @@ Il ne nous reste plus qu'à placer les labels\idx*{flèche!label} s'ils existent
\hskip2em\verb/\CF@arrow@display@label{#1}{0.5}{+}{\CF@arrow@start@node}{#2}{0.5}{-}{\CF@arrow@end@node}/
Voici notre flèche achevée :
-\exemple*{Flèche ``-.>''}/\makeatletter
+\exemple*{Flèche «-.>»}/\makeatletter
\definearrow4{-.>}{%
\edef\pt@radius{\ifx\@empty#4\@empty 2pt\else #4\fi}% rayon du point
\CF@arrow@shift@nodes{#3}%
- \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF@full](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node)
+ \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node)
coordinate[midway](mid@point);
\filldraw(mid@point)circle(\pt@radius);%
\CF@arrow@display@label{#1}{0.5}{+}{\CF@arrow@start@node}{#2}{0.5}{-}{\CF@arrow@end@node}
@@ -2149,11 +2168,11 @@ A \arrow{-.>} B \arrow{-.>[sur][sous][][1pt]} C \arrow{-.>[][sous]}[30] D \arrow
\schemestop/
\subsection{Une flèche courbe}
-Pourquoi ne pas maintenant créer une flèche courbe ? Pour rendre les choses simples, mettons qu'elle n'aura qu'un seul argument optionnel contenant le code \TIKZ qui définira le (ou les) point de contrôle, et si cet argument est vide, une flèche du type ``\verb/->/'' sera tracée.
+Pourquoi ne pas maintenant créer une flèche courbe ? Pour rendre les choses simples, mettons qu'elle n'aura qu'un seul argument optionnel contenant le code \TIKZ qui définira le (ou les) point de contrôle, et si cet argument est vide, une flèche du type «\verb/-CF/» sera tracée.
Si l'argument \verb-#1- n'est pas vide, ce qui nous intéresse ne sont pas \idx{\CF@arrow@start@node} et \idx{\CF@arrow@end@node} qui contiennent les noms des nœuds où seront placés les extrémités des flèches parce que l'emplacement des ces nœuds est déjà déterminés par les ancres\idx*{flèche!ancre} qui sont calculés pour des flèches \emph{rectilignes} ! Nous allons plutôt prendre \idx{\CF@arrow@start@name} et \idx{\CF@arrow@end@name} qui contiennent les noms des composés (qui sont des nœuds pour \TIKZ) entre lesquels doit être tracée la flèche. Voici le code \TIKZ qui va tracer la ligne courbe entre ces deux composés :
-{\verb/\draw[shorten <=\CF@arrow@offset,shorten >=\CF@arrow@offset,\CF@arrow@current@style,-CF@full,/\par\parskip0pt
+{\verb/\draw[shorten <=\CF@arrow@offset,shorten >=\CF@arrow@offset,\CF@arrow@current@style,-CF,/\par\parskip0pt
\verb/(\CF@arrow@start@name).. controls #1 ..(\CF@arrow@end@name);%/}
On doit rajouter le code \TIKZ qui permet de raccourcir la flèche tracée de la valeur \idx{\CF@arrow@offset} définie par \idx{\setarrowoffset} puisqu'on ne part pas des nœuds correspondant aux flèches rectilignes \idx{\CF@arrow@start@node} et \idx{\CF@arrow@end@node}. Il faudra donc rajouter au début de \idx{\CF@arrow@current@style} le code suivant\idx*{\CF@arrow@offset}\idx*{\CF@arrow@offset} :
@@ -2164,11 +2183,11 @@ Voici donc notre flèche :
\exemple*{Flèche courbe}/\makeatletter
\definearrow1{s>}{%
\ifx\@empty#1\@empty
- \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF@full](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node);%
+ \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node);%
\else
\def\curvedarrow@style{shorten <=\CF@arrow@offset,shorten >=\CF@arrow@offset,}%
\CF@expadd@tocs\curvedarrow@style\CF@arrow@current@style
- \expandafter\draw\expandafter[\curvedarrow@style,-CF@full](\CF@arrow@start@name)..controls#1..(\CF@arrow@end@name);
+ \expandafter\draw\expandafter[\curvedarrow@style,-CF](\CF@arrow@start@name)..controls#1..(\CF@arrow@end@name);
\fi
}
\makeatother
@@ -2193,13 +2212,13 @@ A\arrow(.90--.180){s>[+(90:0.8) and +(180:0.8)]}[45]B
\section{La commande \protect\texttt{\textbackslash merge}}
La commande \idx{\merge} permet de tracer des flèches qui partent de plusieurs composés existants puis qui se rejoignent pour continuer le schéma réactionnel.
-Immédiatement après la commande \idx{\merge}, il faut spécifier dans quelle direction va se faire la progression. Pour cela, on utilise un des 4 caractères de direction : ``\verb->-'' (qui est celui par défaut si le caractère est absent), ``\verb-<-'', ``\verb-^-'' et ``\verb-v-''.
+Immédiatement après la commande \idx{\merge}, il faut spécifier dans quelle direction va se faire la progression. Pour cela, on utilise un des 4 caractères de direction : «\verb->-» (qui est celui par défaut si le caractère est absent), «\verb-<-», «\verb-^-» et «\verb-v-».
La syntaxe devient ensuite :
\hfill\verb/\merge{dir}(n1.a1)(n2.a2)(...)(ni.ai)--(n.a[s])/\hfill\null
-Où les noms ``\verb-ni-'' avant le double tiret sont ceux que des composés déjà existant que l'on veut joindre. On peut également préciser l'ancre ``\verb-ai-'' duquel doit partir la flèche si l'ancre par défaut ne convient pas. Comme pour la commande \idx\arrow, ``\verb-n.a[s]-'' contient le nom, l'ancre et le style du prochain composé.
+Où les noms «\verb-ni-» avant le double tiret sont ceux que des composés déjà existant que l'on veut joindre. On peut également préciser l'ancre «\verb-ai-» duquel doit partir la flèche si l'ancre par défaut ne convient pas. Comme pour la commande \idx\arrow, «\verb-n.a[s]-» contient le nom, l'ancre et le style du prochain composé.
\exemple[50]{La commande \string\merge}/\schemestart
ABC\arrow[30]EFGHIJ\arrow[45]KLM\arrow[60]NO
@@ -2273,7 +2292,7 @@ ABC\arrow{<=>}DEF\merge v[*{0}sur][*{0}sous](c1)(c2)--()[0.25,1,0.75]GHIJ
\schemestop/
\section{Le signe +}\label{signe+}
-Entre les commandes \idx{\schemestart} et \idx{\schemestop}, on dispose de la macro ``\idx\+'' qui affiche un signe ${}+{}$. Elle admet un argument optionnel \emph{entre accolades} contenant 3 dimensions sous cette forme \verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}- où :
+Entre les commandes \idx{\schemestart} et \idx{\schemestop}, on dispose de la macro «\idx\+» qui affiche un signe ${}+{}$. Elle admet un argument optionnel \emph{entre accolades} contenant 3 dimensions sous cette forme \verb-{<dim1>,<dim2>,<dim3>}- où :
\begin{itemize}
\item \verb-<dim1>- et \verb-<dim2>- sont les dimensions qui vont être insérées avant et après le signe ${}+{}$;
\item \verb-<dim3>- est le décalage vertical que l'on veut faire subir au signe.'
@@ -2292,7 +2311,7 @@ A\+B\+{2em,,5pt}C\+{0pt,0pt,-5pt}D\arrow E\+F
Comme on le voit sur l'exemple ci-dessous, il faut comprendre que le signe ${}+{}$ inséré par la commande \idx{\+} fait partie du composé :
\exemple[50]{Les composés et \string\+}/\schemedebug{true}
\schemestart A\+ B\+{,,5pt}C\arrow D\+ E\schemestop/
-Il devient donc difficile de faire partir une flèche exactement sous la lettre``A'' puisque cette lettre n'est pas un composé unique aux yeux de \CF. On peut donc utiliser dans ce cas la commande \idx{\subscheme} pour envelopper dans un composé unique la lettre ``A'', voire même le signe lui même et pouvoir y faire référence par la suite avec le nom qui lui est attribué :
+Il devient donc difficile de faire partir une flèche exactement sous la lettre«A» puisque cette lettre n'est pas un composé unique aux yeux de \CF. On peut donc utiliser dans ce cas la commande \idx{\subscheme} pour envelopper dans un composé unique la lettre «A», voire même le signe lui même et pouvoir y faire référence par la suite avec le nom qui lui est attribué :
\exemple[50]{Sous composé et \string\+}/\schemedebug{true}
\schemestart
\subscheme{A}\+ B\arrow C
@@ -2305,21 +2324,21 @@ A\subscheme{\+}BCDEF \arrow G
\arrow(@c2--)[-90]H
\schemestop/%
\idx*{schéma réactionnel|)}
-Il peut arriver que l'alignement du signe ``+'' avec les molécules qui précèdent ou qui suivent pose problème. Voici un exemple :
+Il peut arriver que l'alignement du signe «+» avec les molécules qui précèdent ou qui suivent pose problème. Voici un exemple :
\exemple{Alignement du signe +}/\schemedebug{true}
\schemestart
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
\+
\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}
\schemestop/
-Ce qui se passe est que le signe ``+'' est sur la même ligne de base que le composé qui précède, et cette ligne de base est celle de l'atome ``C'' du haut. On pourrait bien sûr décaler le signe ``+'' mais cela ne changerait pas la position verticale de ``\kern0.3333em\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}\kern0.3333em''. En fait, le signe ``+'' ne stoppe pas la lecture d'un composé pour \CF ce que l'on constate dans l'exemple ci-dessus où tout est englobé dans le composé ``c1''. On va donc être obligé de stopper le composé après la première molécule avec un \verb-\arrow{0}[,0]- qui produira une flèche invisible de longueur nulle. Pour centrer verticalement le tout, on va également préciser que l'ancre du premier composé doit être ``west'' (ou ``180'' qui est un synonyme) avec le deuxième argument optionnel de la commande \verb-\schemestart- :
+Ce qui se passe est que le signe «+» est sur la même ligne de base que le composé qui précède, et cette ligne de base est celle de l'atome «C» du haut. On pourrait bien sûr décaler le signe «+» mais cela ne changerait pas la position verticale de «\kern0.3333em\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}\kern0.3333em». En fait, le signe «+» ne stoppe pas la lecture d'un composé pour \CF ce que l'on constate dans l'exemple ci-dessus où tout est englobé dans le composé «c1». On va donc être obligé de stopper le composé après la première molécule avec un \verb-\arrow{0}[,0]- qui produira une flèche invisible de longueur nulle. Pour centrer verticalement le tout, on va également préciser que l'ancre du premier composé doit être «west» (ou «180» qui est un synonyme) avec le deuxième argument optionnel de la commande \verb-\schemestart- :
\exemple{Alignement du signe +}/\schemedebug{true}
\schemestart[][west]
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
\arrow{0}[,0]\+
\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}
\schemestop/
-De cette façon, le premier composé ``c1'' est la première molécule et le second composé est le reste, c'est-à-dire le signe ``+'' et la seconde molécule. On aurait pû jouer sur les ancres ou les styles via la commande \verb-\arrow- pour placer le second composé à un autre endroit. Ici, par exemple on décale le second composé de 10pt vers le bas dans le premier cas et on fait coïncider l'ancre ``south east'' du premier composé avec l'ancre ``south west'' du second dans le deuxième cas :
+De cette façon, le premier composé «c1» est la première molécule et le second composé est le reste, c'est-à-dire le signe «+» et la seconde molécule. On aurait pû jouer sur les ancres ou les styles via la commande \verb-\arrow- pour placer le second composé à un autre endroit. Ici, par exemple on décale le second composé de 10pt vers le bas dans le premier cas et on fait coïncider l'ancre «south east» du premier composé avec l'ancre «south west» du second dans le deuxième cas :
\exemple{Alignement du signe +}/\schemedebug{true}
\schemestart[][west]
\chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
@@ -2356,6 +2375,7 @@ Les commandes créées par \CF sont :
&\\
\idx\setcrambond\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-& règle les dimensions des triangles représentant les liaisons de Cram : \verb-<dim1>- est la largeur de la base, \verb-<dim2>- est l'espacement entre les pointillés et \verb-<dim3>- est la largeur des pointillés. Voir page~\pageref{setcrambond}\\
\idx\setatomsep\verb-{<dim>}>-& règle la distance interatome. Voir page~\pageref{setatomsep}\\
+\idx\setangleincrement\verb-<angle>- & spécifie l'angle à multiplier pour les angles de liaisons. Voir page~\pageref{setangleincrement}\\
\idx\setbondoffset\verb-{<dim>}- & règle l'espacement entre les atomes liés et la liaison. Voir page~\pageref{setbondoffset}\\
\idx\setdoublesep\verb-{<dim>}- & règle l'espacement entre les deux traits d'une double liaison. Voir page~\pageref{setdoublesep}\\[2ex]\hline
&\\
@@ -2364,10 +2384,7 @@ Les commandes créées par \CF sont :
\idx\setlewis\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<code tikz>}- & règle les décoration de Lewis; \verb-<dim1>- est la distance entre l'atome et la décoration, \verb-<dim2>- est la longueur du trait représentant la paire d'électrons et \verb-<code tikz>- est le code qui sera passé directement à \TIKZ. Voir page~\pageref{setlewis}\\
\idx\setlewisdist\verb-{dim}-& règle la distance entre les deux disques représentant une paire d'électron. Voir page~\pageref{setlewisdist}\\[2ex]\hline
&\\
-\idx\chemmove\verb-[<options tikz>]<code tikz>-& Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère ``\verb-@-''. Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\
-\idx\chemsign\verb-[<dim>]<signe>-& affiche le \verb-<signe>- en plaçant avant et après un espace insécable de longueur \verb-<dim>-. Voir page~\pageref{chemsign}\\
-\idx\chemrel\verb-[<txt1>][<txt2>]{<code fleche>}-& affiche une flèche décrite par son \verb-<code fleche>- en positionnant les textes optionnels \verb-<txt1>- et \verb-<txt2>- respectivement au dessus et au dessous de la flèche. Voir page~\pageref{chemrel}\\
-\idx\setchemrel\verb-{<dim1>}{<dim2>}{<dim3>}-& règle les dimensions des flèches dessinées avec la commande \verb-\chemrel- : \verb-<dim1>- est l'espacement vertical entre la flèche et les textes optionnels, \verb-<dim2>- est l'espacement horizontal insécable inséré avant et après la flèche et \verb-<dim3>- est la longueur de la flèche. Voir page~\pageref{setchemrel}\\[2ex]\hline
+\idx\chemmove\verb-[<options tikz>]<code tikz>-& Ouvre un environnement \verb-tikzpicture- en y ajoutant à celles qui existent déjà les \verb-<options tikz>-, et relie avec le \verb-<code tikz>- les nœuds posés dans les molécules à l'aide du caractère «\verb-@-». Voir page~\pageref{mecanismes-reactionnels}.\\[2ex]\hline
&\\
\idx\chemabove\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-<txt1>- et positionne le \verb-<txt2>- au dessus en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\
\idx\chembelow\verb-[<dim>]{<txt1>}{txt2}- & écrit le \verb-{txt1}- et positionne le \verb-<txt2>- au dessous en laissant \verb-<dim>- d'espacement vertical. Cette commande ne change pas la boîte englobante de \verb-<txt1>-. Voir page~\pageref{chemabove}\\
@@ -2502,41 +2519,42 @@ $\star\quad\star$
\idx*\+
\idx*\schemestart
\exemple*{Synthèse de Fischer de l'indole}/\schemestart
- \chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)}
- \+
- \chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1}
- \arrow(.mid east--.mid west){->[\chemfig{H^+}]}
- \chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}
+ \chemfig{*6(=-*6(-\chembelow{N}{H}-NH_2)=-=-)}
+ \+
+ \chemfig{(=[:-150]O)(-[:-30]R_2)-[2]-[:150]R_1}
+ \arrow(.mid east--.mid west){->[\chemfig{H^+}]}
+ \chemfig{*6(-=*5(-\chembelow{N}{H}-(-R_2)=(-R_1)-)-=-=)}
\schemestop/
\idx*\chemabove
-\idx*\chemrel
\idx*\lewis
\idx*{"@}
\idx*\chemmove
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Mécanisme réactionnel : groupement carbonyle}/
-\chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}}
-\chemrel{<>}
-\chemfig{\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}([3]-)([5]-)-\chemabove
- {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}}
-\chemmove{\draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/
+\schemestart
+ \chemfig{C([3]-)([5]-)=[@{db,.5}]@{atoo}\lewis{06,O}}
+ \arrow(.mid east--.mid west){<->}
+ \chemfig{\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}([3]-)([5]-)-\chemabove
+ {\lewis{026,O}}{\hspace{5mm}\scriptstyle\ominus}}
+\schemestop
+\chemmove{\draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo);}/
\idx*\chembelow
\idx*\lewis
\idx*\chemabove
\idx*{"@}
-\idx*\chemrel
\idx*\chemmove
-\exemple*{Mécanismes réactionnels : dérivés nitrés}/
-\chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2}
- \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})}
-\chemrel{<->}
-\chemfig{R-\chemabove{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]-\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})([7]=O)}
+\exemple*{Mécanismes réactionnels : dérivés nitrés}/\schemestart
+ \chemfig{R-\chembelow{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]=[@{db}]@{atoo1}O)([7]-[@{sb}]@{atoo2}
+ \chemabove{\lewis{157,O}}{\hspace{7mm}\scriptstyle\ominus})}
+ \arrow(.mid east--.mid west){<->}
+ \chemfig{R-\chemabove{N}{\hspace{-5mm}\scriptstyle\oplus}([1]-\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})([7]=O)}
+\schemestop
\chemmove{
- \draw[->,shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:5mm)..(atoo1);
- \draw[->,shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb);
+ \draw[shorten <=2pt, shorten >=2pt](db) ..controls +(120:5mm) and +(120:5mm)..(atoo1);
+ \draw[shorten <=3pt, shorten >=2pt](atoo2) ..controls +(225:10mm) and +(225:10mm)..(sb);
}/
\idx*\lewis
@@ -2549,42 +2567,42 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Addition nucléophile. Amines primaires}/\setatomsep{2.5em}
\setcompoundsep{5em}
\schemestart
-\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2}
-\+
-\chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O}
-\chemfig{@{atoo2}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
-\chemmove[-stealth,shorten <=3pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw[shorten >=2pt](aton) ..controls +(up:10mm) and +(left:5mm)..(atoc);
- \draw[shorten >=8pt](atoo1) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoo2);}
-\arrow{<=>[\tiny addition]}
-\chemfig{R-@{aton}\chembelow{N}{\scriptstyle\oplus}H([2]-[@{sb}]H)-C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-OH}
+ \chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}H_2}
+ \+
+ \chemfig{@{atoc}C([3]-CH_3)([5]-CH_3)=[@{atoo1}]O}
+ \chemfig{@{atoo2}\chemabove{H}{\scriptstyle\oplus}}
+ \chemmove[-stealth,shorten <=3pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten >=2pt](aton) ..controls +(up:10mm) and +(left:5mm)..(atoc);
+ \draw[shorten >=8pt](atoo1) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoo2);}
+ \arrow{<=>[\tiny addition]}
+ \chemfig{R-@{aton}\chembelow{N}{\scriptstyle\oplus}H([2]-[@{sb}]H)-C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-OH}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-stealth,dash pattern= on 1pt off 1pt,shorten <=3pt, shorten >=2pt]
(sb)..controls +(left:5mm) and +(135:2mm)..(aton);}
\par
\schemestart
-\arrow{<=>}
-\chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo}
-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[1]H)(-[7]H)}
-\chemmove[-stealth,shorten <=3pt,shorten >=2pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw(aton) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(sb);
- \draw(sbh) ..controls +(left:5mm) and +(south west:5mm)..(aton);
- \draw(sbo) ..controls +(up:5mm) and +(north west:5mm)..(atoo);}
-\arrow{<=>[\tiny élimination]}\chemfig{R-N=C(-[1]CH_3)(-[7]CH_3)}
-\+
-\chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}
+ \arrow{<=>}
+ \chemfig{R-@{aton}\lewis{2,N}([6]-[@{sbh}]H)-[@{sb}]C(-[2]CH_3)(-[6]CH_3)-[@{sbo}]@{atoo}
+ \chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[1]H)(-[7]H)}
+ \chemmove[-stealth,shorten <=3pt,shorten >=2pt,dash pattern= on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw(aton) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(sb);
+ \draw(sbh) ..controls +(left:5mm) and +(south west:5mm)..(aton);
+ \draw(sbo) ..controls +(up:5mm) and +(north west:5mm)..(atoo);}
+ \arrow{<=>[\tiny élimination]}\chemfig{R-N=C(-[1]CH_3)(-[7]CH_3)}
+ \+
+ \chemfig{H_3\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}}
\schemestop/
\idx*\setatomsep
\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\merge\idx*\schemestop
\exemple*{Schéma réactionnel}/\setatomsep{2em}
\schemestart[-90]
- \chemfig{**6(---(-NH _2)---)}\arrow{0}\chemfig{HNO_2}
- \merge(c1)(c2)--()
- \chemfig{**6(---(-N_2|{}^\oplus)---)}\arrow{0}\chemfig{**6(---(-NH _2)---)}
- \merge(c3)(c4)--()
- \chemfig{**6(---(-N=[::-30]N-[::-30]**6(---(-NH_2)---))---)}
+ \chemfig{**6(---(-NH _2)---)}\arrow{0}\chemfig{HNO_2}
+ \merge(c1)(c2)--()
+ \chemfig{**6(---(-N_2|{}^\oplus)---)}\arrow{0}\chemfig{**6(---(-NH _2)---)}
+ \merge(c3)(c4)--()
+ \chemfig{**6(---(-N=[::-30]N-[::-30]**6(---(-NH_2)---))---)}
\schemestop/
\idx*\setatomsep
@@ -2592,14 +2610,14 @@ $\star\quad\star$
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\exemple*{Réaction d'addition}/\setatomsep{2.5em}
\schemestart
- \chemfig{*6(=-(-)(=[2]O))}
- \arrow{->[\+\chemfig{H^\oplus}]}
- \chemleft[\subscheme[90]{%
- \chemfig{*6((-[2,0.33,,,draw=none]\scriptstyle\oplus)-=(-)-OH)}
- \arrow{<->}
- \chemfig{*6(=-(-)(-[6,0.33,,,draw=none]\scriptstyle\oplus)-OH)}}\chemright]
- \arrow(@c3--)\chemfig{*6((-[2]R)-=(-)-OH)}
- \arrow(@c4--)\chemfig{*6(=-(-)(-[6]R)-OH)}
+ \chemfig{*6(=-(-)(=[2]O))}
+ \arrow{->[\+\chemfig{H^\oplus}]}
+ \chemleft[\subscheme[90]{%
+ \chemfig{*6((-[2,0.33,,,draw=none]\scriptstyle\oplus)-=(-)-OH)}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{*6(=-(-)(-[6,0.33,,,draw=none]\scriptstyle\oplus)-OH)}}\chemright]
+ \arrow(@c3--)\chemfig{*6((-[2]R)-=(-)-OH)}
+ \arrow(@c4--)\chemfig{*6(=-(-)(-[6]R)-OH)}
\schemestop/
\idx*\setatomsep
@@ -2609,18 +2627,19 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Substitution aromatique éléctrophile}Z\setatomsep{1.5em}%
\definesubmol{+}{-[,-0.4,,,draw=none]\oplus}%
\schemestart
- \arrow{0}[,0]
- \chemleft[\subscheme{\chemfig{*6(=-=-(-[:120]Br)(-[:60]H)-(!+)-)}
- \arrow{<->}
- \chemfig{*6(-(!+)-=-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}
- \arrow{<->}
- \chemfig{*6(-=-(!+)-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}}\chemright]
- \arrow(@c2--){<-[*0\chemfig{{-}AlBr_4|^\ominus}][*0\chemfig{Br_2/Al_2Br_3}]}[90,1.5]
- \chemname{\chemfig{*6(-=-=-=-)}}{Benzène 1}
- \arrow(@c4--){->[*0\chemfig{{-}H^\oplus}]}[90,1.5]
- \chemname{\chemfig{*6(-=-=(-Br)-=-)}}{Bromobenzène 2}
- \arrow(@c5.mid east--@c6.mid west)
-\schemestop Z
+ \arrow{0}[,0]
+ \chemleft[\subscheme{\chemfig{*6(=-=-(-[:120]Br)(-[:60]H)-(!+)-)}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{*6(-(!+)-=-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}
+ \arrow{<->}
+ \chemfig{*6(-=-(!+)-(-[:120]Br)(-[:60]H)-=)}}\chemright]
+ \arrow(@c2--){<-[*0\chemfig{{-}AlBr_4|^\ominus}][*0\chemfig{Br_2/Al_2Br_3}]}[90,1.5]
+ \chemname{\chemfig{*6(-=-=-=-)}}{Benzène 1}
+ \arrow(@c4--){->[*0\chemfig{{-}H^\oplus}]}[90,1.5]
+ \chemname{\chemfig{*6(-=-=(-Br)-=-)}}{Bromobenzène 2}
+ \arrow(@c5.mid east--@c6.mid west)
+\schemestop
+\chemnameinit{}Z
\idx*\setbondoffset
\idx*\setatomsep
@@ -2630,51 +2649,53 @@ $\star\quad\star$
\idx*{"@}
\exemple*{Mécanismes réactionnels de la chloration}/\scriptsize\setbondoffset{1pt}\setatomsep{2em}\setcompoundsep{4em}
\schemestart
-\chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}\arrow
-\chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)}
-\arrow\chemfig{*6((-O-[:150](=[2]O)-[:-150](=[6]O)-[:150]Cl)=-=-=-)}\+\chemfig{HCl}
-\arrow(@c1--){0}[-90,0.5]
-\chemfig{*6(-=*6(-O-*6(-@{o2}(=[@{o3}]@{o4}O)-Cl)=)-=-=)}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh2}OH)-=)}\arrow
-\chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\lewis{6.,O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)}
-\kern-3em \arrow\chemfig{[:30]*6(=-(-O-[:-60](=O)-[:-120](=[4]O)-[:-60]O-*6(=-=-=-))=-=-)}
-\kern-3em \+\chemfig{HCl}
+ \chemfig{Cl-[4]@{a0}(=[@{a1}:120]@{a2}O)-[:-120](=[:-60]O)-[4]Cl}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh1}OH)-=)}\arrow
+ \chemfig{*6((-O-[:150](-[@{o0}:150]@{o1}\lewis{6.,O})(-[@{cl0}:60]@{cl1}Cl)-[:240](-[4]Cl)=[6]O)=-=-=-)}
+ \arrow\chemfig{*6((-O-[:150](=[2]O)-[:-150](=[6]O)-[:150]Cl)=-=-=-)}\+\chemfig{HCl}
+ \arrow(@c1--){0}[-90,0.5]
+ \chemfig{*6(-=*6(-O-*6(-@{o2}(=[@{o3}]@{o4}O)-Cl)=)-=-=)}\+\chemfig{*6(-=-=(-@{oh2}OH)-=)}\arrow
+ \chemfig{*6(-=*6(-O-(-(-[@{cl2}:60]@{cl3}Cl)(-[@{o5}:-120]@{o6}\lewis{6.,O})-O-[::-40]*6(=-=-=-))=)-=-=)}
+ \kern-3em \arrow\chemfig{[:30]*6(=-(-O-[:-60](=O)-[:-120](=[4]O)-[:-60]O-*6(=-=-=-))=-=-)}
+ \kern-3em \+\chemfig{HCl}
\schemestop
\chemmove[line width=0.2pt,-stealth,dash pattern = on 2pt off 1pt]{
- \draw[shorten <=2pt](a1)..controls+(200:5mm)and+(200:5mm)..(a2);
- \draw[shorten >=2pt](oh1.west)..controls+(180:15mm)and+(60:5mm)..(a0);
- \draw[shorten <=6pt,shorten >=2pt](o1)..controls+(270:5mm)and+(270:5mm)..(o0);
- \draw[shorten <=2pt](cl0)..controls+(150:5mm)and+(150:5mm)..(cl1.150);
- \draw[shorten <=2pt](o3)..controls +(30:3mm) and +(30:5mm)..(o4.east);
- \draw[shorten >=2pt](oh2.135).. controls +(150:10mm) and +(90:10mm).. (o2);
- \draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5);
- \draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/
-
-\idx*\chemrel
+ \draw[shorten <=2pt](a1)..controls+(200:5mm)and+(200:5mm)..(a2);
+ \draw[shorten >=2pt](oh1.west)..controls+(180:15mm)and+(60:5mm)..(a0);
+ \draw[shorten <=6pt,shorten >=2pt](o1)..controls+(270:5mm)and+(270:5mm)..(o0);
+ \draw[shorten <=2pt](cl0)..controls+(150:5mm)and+(150:5mm)..(cl1.150);
+ \draw[shorten <=2pt](o3)..controls +(30:3mm) and +(30:5mm)..(o4.east);
+ \draw[shorten >=2pt](oh2.135).. controls +(150:10mm) and +(90:10mm).. (o2);
+ \draw[shorten >=2pt,shorten <=5pt]([xshift=-1.5mm]o6.315)..controls +(315:5mm) and +(315:5mm)..(o5);
+ \draw[shorten <=2pt](cl2)..controls +(135:5mm) and +(135:5mm)..(cl3.north west);}/
+
\idx*\chemabove
\idx*\chembelow
\idx*{"@}
\idx*\chemmove
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
-\exemple*{Cannizzaro}/\chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)}
-\chemrel[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]{-stealth}
-\chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw[shorten <=8pt](atoo2) ..controls +(up:10mm) and +(up:10mm)..(atoc);
- \draw[shorten <=2pt](db) ..controls +(left:5mm) and +(west:5mm)..(atoo1);}
-\chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([6]-[@{sb1}]@{atoo1}\chembelow{O}{\scriptstyle\ominus})([2]-OH)-[@{sb2}]H)-=-)}
-\hspace{1cm}
-\chemfig{[:-30]*6((-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo2}O)-[2]H)-=-=-=)}
-\chemmove[-stealth,shorten <=2pt,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw([yshift=-4pt]atoo1.270) ..controls +(0:5mm) and +(right:10mm)..(sb1);
- \draw(sb2) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoc);
- \draw(db) ..controls +(right:5mm) and +(east:5mm)..(atoo2);}
-\vspace{1cm}
-\par
-\chemrel{-stealth}
-\chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([1]-@{atoo2}O-[@{sb}0]@{atoh}H)([6]=O))-=-)} \hspace{1cm}
-\chemfig{[:-30]*6((-C(-[5]H)(-[7]H)-[2]@{atoo1}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})-=-=-=)}
-\chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
- \draw[shorten <=7pt](atoo1.90) ..controls +(+90:8mm) and +(up:10mm)..(atoh);
- \draw[shorten <=2pt](sb) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo2);}/
+\exemple*{Cannizzaro}/\schemestart
+ \chemfig{[:-30]*6(=-=(-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo1}O)-H)-=-)}
+ \arrow(start.mid east--.mid west){->[\chemfig{@{atoo2}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus}}H]}
+ \chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten <=8pt](atoo2) ..controls +(up:10mm) and +(up:10mm)..(atoc);
+ \draw[shorten <=2pt](db) ..controls +(left:5mm) and +(west:5mm)..(atoo1);}
+ \chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([6]-[@{sb1}]@{atoo1}\chembelow{O}{\scriptstyle\ominus})([2]-OH)-[@{sb2}]H)-=-)}
+ \hspace{1cm}
+ \chemfig{[:-30]*6((-@{atoc}C([6]=[@{db}]@{atoo2}O)-[2]H)-=-=-=)}
+ \chemmove[-stealth,shorten <=2pt,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw([yshift=-4pt]atoo1.270) ..controls +(0:5mm) and +(right:10mm)..(sb1);
+ \draw(sb2) ..controls +(up:10mm) and +(north west:10mm)..(atoc);
+ \draw(db) ..controls +(right:5mm) and +(east:5mm)..(atoo2);}
+ \arrow(@start.base west--){0}[-75,2]
+ {}
+ \arrow
+ \chemfig{[:-30]*6(=-=(-C([1]-@{atoo2}O-[@{sb}0]@{atoh}H)([6]=O))-=-)}
+ \arrow{0}
+ \chemfig{[:-30]*6((-C(-[5]H)(-[7]H)-[2]@{atoo1}\chemabove{O}{\scriptstyle\ominus})-=-=-=)}
+ \chemmove[-stealth,shorten >=2pt,dash pattern=on 1pt off 1pt,thin]{
+ \draw[shorten <=7pt](atoo1.90) ..controls +(+90:8mm) and +(up:10mm)..(atoh);
+ \draw[shorten <=2pt](sb) ..controls +(up:5mm) and +(up:5mm)..(atoo2);}
+\schemestop/
\begingroup
\catcode`;=12
@@ -2691,26 +2712,26 @@ $\star\quad\star$
\setcompoundsep{5em}
\setarrowoffset{6pt}
\schemestart
- \chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
- \arrow{<=>[\chemfig{H^\oplus}]}
- \chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}H_2}
- \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=2pt]{
- \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1);
- \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180);}
- \arrow{<=>[\chemfig{{-}H_2O}]}[,1.1]
- \chemleft[\subscheme[90]{%
- \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R}
- \arrow{<->}[,0.75]
- \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}\chemright]
- \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]}[,1.1]
- \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{
- \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);}
- \arrow(@c1--){0}[-90,0.333]
- \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)}
- \arrow{<=>[\chemfig{{-}H^\oplus}]}
- \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}
- \arrow
- \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}
+ \chemfig{(-[:-150]R')(-[:-30]R)=[2]N-[:30]OH}
+ \arrow{<=>[\chemfig{H^\oplus}]}
+ \chemfig{(-[@{a0}:-150]R')(-[:-30]R)=[2]@{a1}N-[@{b0}:30]@{b1}\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}H_2}
+ \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=2pt]{
+ \draw(a0)..controls +(135:2mm) and +(215:4mm).. (a1);
+ \draw(b0)..controls +(120:2mm) and +(180:3mm).. ([yshift=7pt]b1.180);}
+ \arrow{<=>[\chemfig{{-}H_2O}]}[,1.1]
+ \chemleft[\subscheme[90]{%
+ \chemfig{R'-\chemabove{N}{\scriptstyle\oplus}~C-R}
+ \arrow{<->}[,0.75]
+ \chemfig{R'-\lewis{2:,N}=@{a1}\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}-R}}\chemright]
+ \arrow{<=>[\chemfig{H_2@{a0}\lewis{0:2:,O}}]}[,1.1]
+ \chemmove[red,-stealth,red,shorten <=3pt]{
+ \draw(a0)..controls+(90:10mm)and+(45:10mm)..([yshift=6pt]a1.45);}
+ \arrow(@c1--){0}[-90,0.333]
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus} H_2)}
+ \arrow{<=>[\chemfig{{-}H^\oplus}]}
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-N=(-R)-OH)}
+ \arrow
+ \chemfig{*6(R\rlap{$'$}-\chembelow{N}{H}-(-R)(=[2]O))}
\schemestop/
\endgroup
@@ -2720,40 +2741,40 @@ $\star\quad\star$
\exemple*{Schéma réactionnel}/\setatomsep{1.5em}
\setcompoundsep{4em}
\schemestart
- \chemfig{-[::30]=_[::-60](-[:: -60])-[::60]}
- \arrow{->[\chemfig{HCl}]}
- \chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]Cl)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]Cl)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
- \arrow(@c1--.north west){->[\chemfig{H_2O}]}[-45,1.7]
- \chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]OH)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]OH)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
+ \chemfig{-[::30]=_[::-60](-[:: -60])-[::60]}
+ \arrow{->[\chemfig{HCl}]}
+ \chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]Cl)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]Cl)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
+ \arrow(@c1--.north west){->[\chemfig{H_2O}]}[-45,1.7]
+ \chemfig{-[::30]-[::-60](-[::120]OH)(-[::-60])-[::60]}\+\chemfig{-[::30](-[::60]OH)-[::-60](-[::-60])-[::60]}
\schemestop/
\idx*\tikzset\idx*\schemestart\idx*\arrow\idx*\chemmove\idx*\schemestop
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\exemple*{Estérification de l'acide formique}Z\tikzset{obrace/.style={left delimiter={[},inner sep=3pt},
- cbrace/.style={right delimiter={]},inner sep=3pt},
- braces/.style={left delimiter={[},right delimiter={]},inner sep=3pt}}
+ cbrace/.style={right delimiter={]},inner sep=3pt},
+ braces/.style={left delimiter={[},right delimiter={]},inner sep=3pt}}
\setatomsep{2em}
\schemestart
- \chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-H}
- \arrow(--M1[obrace]){-U>[\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][][.25]}%
- [,1.5,shorten >=6pt]
- \chemfig{H-@{a2}C(-[:60]O-H)(-[:30,.5,,,draw=none]{\scriptstyle\oplus})-[:-60]O-H}
- \arrow(--[cbrace]){<->}
- \chemfig{H-C(=[:60]\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}-H)-[:-60]O-H}
- \arrow(@M1--){<=>[*{0}\scriptsize\chemfig{H-[:120]@{a1}O-[:60]CH_3}][*{0}\tiny addition]}[-90,1.33]
- \chemfig{H-C(-[2]O-[:30]H)(-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[:60]CH_3)-[:-60]H)-[6]O-[:-30]H}
- \arrow{<=>[\tiny protolysis]}[180]
- \chemfig{H-C(-[2]O-[:30]H)(-O-CH_3)-[@{b1}6]@{a3}\chemabove{O}{\kern-4mm\scriptstyle\oplus}(-[:-150]H)-[:-30]H}
- \arrow(--[obrace]){<=>[*{0}\scriptsize\chemfig{{-}H_2O}][*{0}\tiny elimination]}[-90,,shorten >=6pt]
- \chemfig{H-C(-[:60]O-H)(-[,.5,,,draw=none]{\scriptstyle\oplus})-[:-60]O-CH_3}
- \arrow(--[cbrace]){<->}
- \chemfig{H-C(=[:60]\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}-H)-[:-60]O-CH_3}
- \arrow{-U>[\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][][.25]}[,1.5]
- \chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-CH_3}
- \arrow(@M1--[yshift=-5pt]){0}[180,.5]{\tiny protolysis}
- \chemmove[->,red,shorten <=3pt,shorten >=1pt]{
- \draw(a1)..controls +(0:1.5cm)and+(0:3cm).. (a2);
- \draw(b1)..controls +(0:5mm)and+(20:5mm)..(a3);}
+ \chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-H}
+ \arrow(--M1[obrace]){-U>[\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][][.25]}%
+ [,1.5,shorten >=6pt]
+ \chemfig{H-@{a2}C(-[:60]O-H)(-[:30,.5,,,draw=none]{\scriptstyle\oplus})-[:-60]O-H}
+ \arrow(--[cbrace]){<->}
+ \chemfig{H-C(=[:60]\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}-H)-[:-60]O-H}
+ \arrow(@M1--){<=>[*{0}\scriptsize\chemfig{H-[:120]@{a1}O-[:60]CH_3}][*{0}\tiny addition]}[-90,1.33]
+ \chemfig{H-C(-[2]O-[:30]H)(-\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}(-[:60]CH_3)-[:-60]H)-[6]O-[:-30]H}
+ \arrow{<=>[\tiny protolysis]}[180]
+ \chemfig{H-C(-[2]O-[:30]H)(-O-CH_3)-[@{b1}6]@{a3}\chemabove{O}{\kern-4mm\scriptstyle\oplus}(-[:-150]H)-[:-30]H}
+ \arrow(--[obrace]){<=>[*{0}\scriptsize\chemfig{{-}H_2O}][*{0}\tiny elimination]}[-90,,shorten >=6pt]
+ \chemfig{H-C(-[:60]O-H)(-[,.5,,,draw=none]{\scriptstyle\oplus})-[:-60]O-CH_3}
+ \arrow(--[cbrace]){<->}
+ \chemfig{H-C(=[:60]\chemabove{O}{\scriptstyle\oplus}-H)-[:-60]O-CH_3}
+ \arrow{-U>[\scriptsize\chemfig{HSO_4^\ominus}][\scriptsize\chemfig{H_2SO_4^{}}][][.25]}[,1.5]
+ \chemfig{H-C(=[:60]O)-[:-60]O-CH_3}
+ \arrow(@M1--[yshift=-5pt]){0}[180,.5]{\tiny protolysis}
+ \chemmove[red,shorten <=3pt,shorten >=1pt]{
+ \draw(a1)..controls +(0:1.5cm)and+(0:3cm).. (a2);
+ \draw(b1)..controls +(0:5mm)and+(20:5mm)..(a3);}
\schemestop Z
\idx*\schemestart\idx*\subscheme\idx*\arrow\idx*\lewis\idx*\+\idx*\arrow
@@ -2761,31 +2782,32 @@ $\star\quad\star$
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\oplus}}
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\ominus}}
\exemple*{Addition électrophile d'halogène sur l'oléfine}/\schemestart
- \subscheme{%
- \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
- \arrow{0}[,0]\+\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}}
- \arrow(@c1--olefin){<=>[*{0}rapide]}[-90]
- \chemfig{>[:-20]C(<[:40])=[@{db}6]C(<[:-130])<[:-20]}
- \arrow(--bromonium){0}[-90]
- \chemname{\chemfig{C*3((<)(<:[:-155])-\raise1.5pt\llap{$\scriptstyle\oplus$}\lewis{17,Br}-C(<:)(<[:155])-)}}
- {bromonium ion}
- \arrow(--carbeniumA){<<->}[,1.5]
- \chemname[12pt]{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<:[:-150])(<[:-100])-[:-30]
- \lewis{157,Br}}}{carbenium ion}
- \arrow(@bromonium--carbeniumB){<<->}[180,1.5]
- \chemname[12pt]{\vflipnext\chemfig{-[:-30]\chembelow{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<[:-150])
- (<:[:-100])-[:-30]\lewis{137,Br}}}{carbenium ion}
- \arrow(@olefin--){0}[,.25]
- \chemfig{@{Br1}\chemabove[3pt]{\lewis{246,Br}}{\scriptstyle\delta\oplus}-[@{b2}]@{Br2}
- \chemabove[3pt]{\lewis{026,Br}}{\scriptstyle\delta\ominus}}
- \arrow(@olefin--[left]){0}[180,0]
- $\pi$ complexe
- \arrow(@carbeniumA--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]}
- \arrow(@carbeniumB--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]}
- \chemmove[-stealth,red,shorten <=3pt,shorten >=2pt]{
- \draw(db) .. controls +(20:5mm) and +(135:5mm) .. (Br1);
- \draw(b2) .. controls +(-90:5mm) and +(-120:5mm) .. (Br2);}
-\schemestop/
+ \subscheme{%
+ \chemfig{C(<[:40])(<[:160])=[6]C(<[:-130])<[:-20]}
+ \arrow{0}[,0]\+\chemfig{\lewis{246,Br}-\lewis{026,Br}}}
+ \arrow(@c1--olefin){<=>[*{0}rapide]}[-90]
+ \chemfig{>[:-20]C(<[:40])=[@{db}6]C(<[:-130])<[:-20]}
+ \arrow(--bromonium){0}[-90]
+ \chemname{\chemfig{C*3((<)(<:[:-155])-\raise1.5pt\llap{$\scriptstyle\oplus$}\lewis{17,Br}-C(<:)(<[:155])-)}}
+ {bromonium ion}
+ \arrow(--carbeniumA){<<->}[,1.5]
+ \chemname{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<:[:-150])(<[:-100])-[:-30]
+ \lewis{157,Br}}}{Xarbenium ion}
+ \arrow(@bromonium--carbeniumB){<<->}[180,1.5]
+ \chemname{\chemfig{-[:-30]\chemabove{C}{\scriptstyle\oplus}(-[:30])-[6]C(<[:-150])
+ (<:[:-100])-[:-30]\lewis{137,Br}}}{carbenium ion}
+ \arrow(@olefin--){0}[,.25]
+ \chemfig{@{Br1}\chemabove[3pt]{\lewis{246,Br}}{\scriptstyle\delta\oplus}-[@{b2}]@{Br2}
+ \chemabove[3pt]{\lewis{026,Br}}{\scriptstyle\delta\ominus}}
+ \arrow(@olefin--[left]){0}[180,0]
+ $\pi$ complexe
+ \arrow(@carbeniumA--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]}
+ \arrow(@carbeniumB--@olefin){<=>[lent, \chemfig{{-}Br^\ominus}]}
+ \chemmove[-stealth,red,shorten <=3pt,shorten >=2pt]{
+ \draw(db) .. controls +(20:5mm) and +(135:5mm) .. (Br1);
+ \draw(b2) .. controls +(-90:5mm) and +(-120:5mm) .. (Br2);}
+\schemestop
+\chemnameinit{}/
\idx*\definesubmol
\idx*\setatomsep
@@ -2797,16 +2819,17 @@ $\star\quad\star$
\definesubmol{so2oh}{S(=[::90]O)(=[::-90]O)-OH}
\setatomsep{2.5em}
\schemestart[,1.5]
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}\+\chemfig{H_2SO_4}
- \arrow(nph.mid east--.south west){->[80\degres C]}[45]
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(!\cycleoplus)-(-SO_3H)-)=-=-)}}{Ion 1-arenium}
- \arrow(.mid east--.mid west)
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=(-!{so2oh})-)=-=-)}}{Acide 1-naphthalenesulfonique}
- \arrow(@nph.mid east--.north west){->[160\degres C]}[-45]
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-SO_3H)-(!\cycleoplus)-)=-=-)}}{Ion 2-arenium}\kern-4em
- \arrow(.mid east--.mid west)
- \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-!{so2oh})=-)=-=-)}}{Acide 2-naphthalenesulfonique}
-\schemestop/
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=-)=-=-)}}{Naphtalène}\+\chemfig{H_2SO_4}
+ \arrow(nph.mid east--.south west){->[80\degres C]}[45]
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(!\cycleoplus)-(-SO_3H)-)=-=-)}}{Ion 1-arenium}
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-=(-!{so2oh})-)=-=-)}}{Acide 1-naphthalenesulfonique}
+ \arrow(@nph.mid east--.north west){->[160\degres C]}[-45]
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-SO_3H)-(!\cycleoplus)-)=-=-)}}{Ion 2-arenium}\kern-4em
+ \arrow(.mid east--.mid west)
+ \chemname{\chemfig{*6(=-*6(-=-(-!{so2oh})=-)=-=-)}}{Acide 2-naphthalenesulfonique}
+\schemestop
+\chemnameinit{}/
\begingroup\catcode`;12
\idx*\chemname
@@ -2815,24 +2838,26 @@ $\star\quad\star$
\idx*{"@}
\idx*\chemmove
\idx*{charge!\protect\texttt{\protect\string\protect\delta}}
-\exemple*{Schéma explicatif}/\parbox{0.8\linewidth}{
-\hspace{10em}
-\tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attaques\\nucléophiles}};\par
-\vspace{2ex}\hspace{15em}
-\chemfig{R^2-(-[:-60]@{m3}H)-[:60]@{m0}(-[:120]R^1)(-[1,0.25,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta+)
- =[@{m1}]@{m2}\lewis{1:7:,O}-[1,0.5,,,draw=none]\scriptstyle\color{red}\delta{-}}
-\hspace{5em}
-\chemname[-15ex]{}{\tikz[remember picture]\node(n1){};Réactions d'addition}\kern1em
-\chemname{}{\tikz[remember picture]\node(n2){};Propriétés basiques}\par
-\vspace{6ex}\hspace{8em}
-\chemname{}{Propriétés acides des atomes\tikz[remember picture]\node(n3){};
- \\d'hydrogène en position $\alpha$}
-\chemmove[-stealth,line width=0.8pt,green!60!black!70]{
- \draw[shorten >=2pt](n0)..controls+(270:4em)and+(180:2em)..(m0);
- \draw[shorten >=8pt](n1)..controls+(180:2em)and+(60:2em)..(m1);
- \draw[shorten >=5pt](n2)..controls+(180:2em)and+(270:2em)..([xshift=3pt]m2.315);
- \draw[shorten >=2pt](n3)..controls+(0:2em)and+(270:2em)..(m3);
-}}/
+\exemple*{Schéma explicatif}/\parbox{0.8\linewidth}{%
+ \hspace{10em}
+ \tikz[remember picture]\node(n0){\chemname{}{Attaques\\nucléophiles}};\par
+ \vspace{2ex}\hspace{15em}
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+ \hspace{5em}
+ \chemname[-15ex]{}{\tikz[remember picture]\node(n1){};Réactions d'addition}\kern1em
+ \chemname{}{\tikz[remember picture]\node(n2){};Propriétés basiques}\par
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+ \chemname{}{Propriétés acides des atomes\tikz[remember picture]\node(n3){};
+ \\d'hydrogène en position $\alpha$}
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+ }%
+}
+\chemnameinit{}/
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\idx*\setatomsep